Universidad Simón Bolı́var

Yeisirhet Guerrero
17-10251
BC3123

Pregunta 1. Los puentes de hidrógeno intracatenarios en las proteı́nas

se forman entre los átomos de hidrógeno de la amina y el átomo de oxı́geno
de carbono que se encuentren a una distancia i + 3 más adelante. En este
sentido, para el aminoácido 1, corresponde formar un enlace de hidrógeno
con el aminoácido 4, análogamente para el aminoácido 2 que formarı́a puente
de hidrógeno con el aminoácido 5.

Pregunta 2.Para responder está pregunta, primero analisemos las cadenas

laterales de los dos aminoácidos que se nos están dando:el glutamato es un
aminoácido con una cadena lateral ácida, por otro lado, la lisina tiene una
cadena lateral básica.
A un pH de 3 el glutamato con su cadena lateral ácida estará totalmente
protonado, porque hay demasiada concentración de protones [H+ ] en el
medio, sin embargo, cuando hacemos alcalinizar el pH hasta 7 esta concentración
disminuye y ambos oxı́genos se desprotonan adquiriendo una carga de -1
cada uno. En consecuencia, estas dos cargas negativas sobre los oxı́genos
desestabilizan las atracciones electrostáticas y fuerzas internas de las hélices
alfa, logrando ası́ que los puentes de hidrógeno se rompen y la proteı́na se
desnaturaliza. Análogamente para la lisina, a un pH básico están desprotonados,
pero a medida que se acidifica el pH se vuelven a protonar causando que las
aminas adquieran una carga positiva que se repelen entre sı́ y desestabiliza
las atracciones electrostáticas de la hélice alfa, llevando ası́ a su rompimiento
y la desnaturalización de la proteı́na.

Pregunta 3. Las vueltas β suelen ocurrir cuando hay presencia de los

aminoacidos Pro y Gly. La prolina causa estas vueltas debido a que el enlace
peptidico en el que participa el nitrogeno imino está en configuracions cis,
lo cual produce está especie de torsion. Por otro lado la glicina debido
a su pequeño tamaño y flexibilidad también causa estas torceduras en las
estructuras. Con base a esto, podemos inferir que en los aminoácidos, 6,7 y
19 se encontraran vueltas β.

1
 Pregunta 4.

(a) Sı́ luego de todo el procedimiento se obtuvo 2,4-dinitrofenilvalina, esto

quiere decir que el oligopéptido tenı́a como n-terminal a la valina,
además podemos estar seguros de esto porque el oligopéptido tiene
sus terminales amino libres, ası́ que el reactivo de Sanger nos dio el n
terminal de todas las cadenas que conforman al péptido.

(b) Para determinar el número de cadenas del peptido, buscamos la proporción

entre los moles de la DNF-valina y los moles del oligopéptido.
1g 1 mol
nDN F −val = 5, 5 mg · · = 1, 936 · 10−5 mol
1000 mg 284 g
1g 1 mol
npéptido = 660 mg · · = 5 · 10−6 mol
1000 mg 132.000 g
1, 936 · 10−5 mol
= 3, 87 = 4
5 · 10−6 mol

Pregunta 5. La glicina es un aminoácido pequeño y flexible. Sólo la

glicina es capaz de acomodarse en las estrechas uniones de las cadenas alfa,
recordemos que el colágenos tiene una estructura de triple hélice. Al ser
cambiada por cisteı́na, éste aminoácido es muy grande y no encaja bien, por
tanto rompe con la estructura de hélice.

Pregunta 6.

(a) Tenemos la siguiente secuencia para los péptidos de las hormonas:

Hormona I: CYFQNCPRG
Hormona II: CYIQNCPLG

Como vemos, solo difieren en los aminoácidos en posición 3 y 8.

Analizando las cadenas laterales de los aminoácidos nos podemos dar
cuenta que en la hormona I tenemos un aminoácido aromático en
posición 3 (Fen) y en la posición 8 tenemos uno básico (Arg), en
contraste, para la hormona II se tiene en ambas posiciones aminoácidos
alifáticos (Ile y Leu respectivamente). Está diferencia entre las cadenas
laterales de estos aminoácidos hará que la hormona I tenga un espectro
UV/Visible cercano a la región UV cercana, alrededor de 250 a 300 nm,
caracterı́stico para aromáticos, además cuenta con Tyr que también es

2
 aromático. La hormona 2 tendrá un espectro con bandas hacia la
región de 160 a 200 nm por los enlaces peptı́dicos.

(b) El hecho de que haya reaccionado con un agente reductor solo nos
puede confirmar que habı́a enlaces disulfuro que fueron reducidos quı́micamente
en el péptido.

(c)
Pregunta 7.
(a) En la imagen se puede observar que al formarse la hélice alfa ‘engrapada’
se forman alrededor de 2 vueltas, teniendo en cuenta que en cada
vuelta de una hélice alfa hay aproximadamente 3,6 aminoácidos por
vuelta, pudiéramos inferir que los residuos x y y debieran estar a
aproximadamente 7,2 residuos de aminoácidos de distancia.

(b) El espectro A, ya que se encuentra en la región caracterı́stica de las

hélices alfa.
Pregunta 8. Usaremos la siguiente ecuación para hallar la masa molecular
del ion sin ionizar:

M +nx
(m/z) =
n
Donde n es el número de cargas incorporadas, x es igual a 1 y M es nuestra
incógnita buscada. Si despejamos M nos queda:

M = ((m/z) · n) − n
Aplicamos la ecuación a cada valor de (m/z) en el espectro de masas:

M1 = (824, 79 · 15) − 15 = 12.356, 85

M2 = (883, 81 · 14) − 14 = 12.359, 34
M3 = (951, 68 · 13) − 13 = 12.358, 84
M4 = (1.030, 88 · 12) − 12 = 12.358, 56
M5 = (1.124, 47 · 11) − 11 = 12.358, 4
M6 = (1.236, 84 · 10) − 10 = 12.358, 4
M7 = (1.374, 05 · 9) − 9 = 12.357, 44

3
 Promediamos las masas encontradas:
86.507, 22
Mprom = = 12.358, 22
7

Pregunta 9. Para conseguir la secuencia de aminoácidos del péptido,

debemos tener en cuenta lo siguiente: primero, la masa total del péptido sin
fragmentar es de 574,1, segundo, los demás picos en el espectro b corresponden
a fragmentaciones, siendo ası́ que las fragmentaciones ‘b’ incluyen el n-
terminal, mientras que las fragmentaciones tipo ‘y’ contienen al c-terminal.
De está forma, restando unos fragmentos con otros, podemos conseguir las
masas de restos de aminoácidos, compararlas con las tablas y determinar
cuál es el aminoácido.

b3 − b2 = 278, 0 − 220, 9 = 57, 1 Gly

b4 − b3 = 425, 0 − 278, 0 = 147 Phe
y3 − y2 = 354, 0 − 297, 0 = 57 Gly
574, 1 − b4 = 574, 1 − 425, 0 = 149 Met, c terminal
574, 1 − y4 = 574, 1 − 410, 9 = 163, 2 Tyr, n terminal

De esta forma, obtenemos la siguiente secuencia:

T yr − Gly − Gly − P he − M et
Pregunta 10. Para elucidar la estructura se siguió la siguiente lı́nea de
razonamiento:
(a) La reacción con cloruro de dansilo y la hidrólisis ácida nos dan el
aminoterminal. Ası́, la Lys será nuestro n terminal.
(b) La reacción con CNBr produjo un dipéptido porque rompe en el lado
c terminal de las metioninas, entonces, el orden del dipéptido es Lys-
Met.
(c) La carboxipeptidasa rompe el c terminal de la proteı́na, ası́ que la Gly
será nuestro carboxiterminal
(d) La quimotripsina corta en el lado c terminal de aminoácidos con grupo
aromáticos, por lo que el orden de los restos es: Lys-Met-Tyr; Ser-Phe;
Ala-Gly.
Finalmente, el orden es:
Lys − M et − T yr − Ser − P he − Ala − Gly

4
 Pregunta 11. Al usar un agente reductor como el β-mercaptoetanol
se sometió a la proteı́na a reducir sus enlaces disulfuros. Esto lo podemos
comprobar ya que que los resultados de la primera electroforesis indican tres
bandas, a 180, 160 y 60 KDa, luego en la segunda electroforesis obtenemos
nuevamente tres bandas, pero ahora con los siguientes pesos: 90,160 y 60
KDa. De estos resultados podemos inferir que la proteı́na está formada por
cuatro cadenas polipeptı́dicas de: 60, 160 y dos 90 KDa. Estas últimas
estaban unidad como una misma cadena por los puentes disulfuros, pero
luego al reducirlos se separaron en dos cadenas distintas de 90 KDa cada
uno.
Pregunta 12.

(a) Para la mioglobina la gráfica de Ramachandran muestra una alta

concentración de los residuos de aminoácidos en la región que corresponde
a las hélices alfa dextrógiras. Podemos concluir, viendo su estructura,
que la gráfica de Ramachandra si predice la estructura de la proteı́na.

(b) La gráfica de Ramachandran de la rodopsina muestra que los residuos

de aminoácidos están concentrados en dos regiones: una gran parte se
encuentran en la región correspondiente a las hélices alfa dextrógiras
(hay algunos en la región de las hélices alfa levógiras pero es casi nula),
y otra pequeña parte está en la región de las hojas beta, paralelas o
antiparalelas. Podemos concluir que la gráfica predice la estructura,
ya que podemos observar que se compone de una gran cantidad de
hélices alfa y una pequeña cantidad de hojas beta.

(c) En la proteı́na VAPB se observa una mayor concentración de residuos

en las zonas correspondientes a hojas beta, ya sea paralelas o antiparalelas,
y una menor concentración en la zona de hélices alfa dextrógiras. La
gráfica de Ramachandra y la estructura observada se corresponden, ya
que en su mayorı́a está formada por hojas beta.

Pregunta 13. Cuando está a pH fisiológico, la gráfica nos muestra la lı́nea

a, la cual tiene una banda ancha alrededor de los 210 hasta un poco más
allá de los 220 nm, pudiéramos pensar que por estar en pH fisiológico y la
presencia de está banda que la α-lactalbúmina se encuentra en forma de
hélice alfa, o al menos, la mayorı́a de su estructura. Luego de ser incubada
a un pH de 2, la presencia de iones [H+ ] en el medio puede afectar la carga
de la hélice y desnaturalizarla. En la gráfica, la lı́nea punteada que marca
este proceso (b) muestra un pico intenso alrededor de los 207 nm, por lo que
pudiéramos pensar que aun en este pH queda algo de hélice alfa que aún

5
no se ha desnaturalizado. Finalmente, cuando la proteı́na es incubada en
presencia de 6M de hidrocloruro de guanidina se le agrega iones cloruro muy
concentrados, los cuales aportan cargas negativas a la hélice alfa logrando
desnaturalizarla por completo, esto es congruente con el proceso marcado en
la gráfica por el camino c, ya que muestra bandas representativas de random
coil.