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ESTRUCTURA PRIMARIA
Los ácidos nucléicos hacen parte de los nucleoprotéidos, el grupo más importante de los
heteroprotéidos o proteínas conjugadas. Los nucleoprotéidos resultan de la interacción
mediante enlaces electrostáticos fuertes cationicos de ciertas proteínas (histónas,
protaminas) y los grupos fosfato aniónicos.
DNA
LOCALIZACIÓN
EN EUCARIOTAS
EN PROCARIOTAS
EN VIRUS
FUNCIÓN
RNA
LOCALIZACION
EN EUCARIOTAS
En citosol
EN VIRUS
Dentro de la cápsida
FUNCION
El carácter ácido de los nucleótidos es debido a la presencia del fosfato que se disocia
liberando iones hidrógeno H+ en condiciones fisiológicas. Cuando los nucleótidos se
polimerizan para formar ácidos nucléicos, el grupo OH unido al C3’ del azúcar de un
nucleótido forma un éster con el fosfato del otro nucleótido, eliminando una molécula de
agua.
La estructura primaria de los ácidos nucleicos hace referencia a una cadena sencilla
polinucleotídica, que es un polímero de fosfato pentosa unido a las bases puricas o
pirimidinicas como grupos laterales.
Por convenio, la secuencia siempre se indica en dirección 5’---- 3’; 5’ terminal (5’P) y 3’
terminal (3’ OH).
Ejemplo: 5’ AGUC3’
PROPIEDADES FISICOQUIMICAS DE LOS ACIDOS NUCLEICOS
1. PROPIEDADES DE DISOLUCIÓN
A pH fisiológico con pKa cercano a 6, los grupos fosfato se ionizan por completo, con
cargas negativas, comportándose de esta manera como ácidos. Por este carácter
polianiónico, los ácidos nucléicos se encuentran neutralizados por interacción ionica con las
cargas positivas de otras moléculas. Por ejemplo, el DNA se encuentra unido a proteínas
(Histonas), ricas en arginina y lisina, cargadas positivamente a pH fisiológico, dando lugar
a nucleoprotéidos o nucleoproteínas, en otras ocasiones, el DNA se une a poliaminas.
Ejemplo, en el virus T4 las poliaminas neutralizan un 40% de las cargas negativas del
DNA, estabilizando su conformación. También la carga negativa se compensa con la unión
de iones metálicos en el proceso de cristalización.
2. REACTIVIDAD
Los ácidos nucléicos son poco reactivos es decir son muy estables, especialmente el DNA
por que los grupos OH están comprometidos en los enlaces. El RNA es algo más reactivo
gracias a que el OH del 2’ está en estado libre, ejemplo, la hidrólisis en medio alcalino.
HIDRÓLISIS ACIDA
Los ácidos fuertes rompen los enlaces fosfodiester como los enlaces N-glicosidicos de cada
nucleótido. Sirven para analizar la composición de las bases más no para determinar su
secuencia, es decir, destruyen la cadena polinucleotídica. Ejemplo de ácido fuerte el HCl,
1M.
Los ácidos débiles respetan los enlaces fosfodiester entre nucleósidos, pero rompen los
enlaces N-glicosídicos. Este enlace es más débil con purinas que con pirimidinas. A pH =3
se puede escindir las bases purínicas dando lugar a los denominados ácidos apurínicos. Esta
hidrólisis se utiliza para estudiar parcialmente la secuencia del DNA
Ácido nucléico normal
Pur pir pir pur pur pir pur
5’........ P –drib – P – drib – P – drib – P – drib – P – drib – P – drib – P – drib.......3’
pir pir pir
El medio básico afecta a los enlaces fosfodiester, hidrolizando los del RNA, menos a los de
DNA . Los enlaces N-glucosídicos son resistentes.
3. ABSORCIÓN EN EL ULTRAVIOLETA
REGLAS DE CHARGAFF
Esta observación fue esencial para que Watson y Crick postulasen los pares AT y
GC que definen la complementariedad de las bases en el DNA de doble hebra.
A + G T + C 50% Razón (A + G ) / (T + C ) 1
CARACTERISTICAS BASICAS
Apareamiento Hoogsteen C→ U
CONSECUENCIAS DE LA COMPLEMENTARIEDAD.
Por otra parte, las secuencias nucleotídicas de las dos hebras son totalmente
diferentes, es decir, son hebras no idénticas. Este hecho es de gran importancia
por cuanto en el proceso de transcripción la molécula de RNA que se sintetiza es
diferente según cuál de las dos hebras del DNA se transcribe, tal como se explica
en el siguiente esquema.
El apareamiento completo de las dos hebras solo se puede establecer si los pares
de bases sucesivos van girando unos con respecto a otros: Como consecuencia
de la acumulación de estos giros, las hebras de DNA adoptan una disposición
helicoidal, es decir, cada hebra describe una hélice, por lo tanto, la molécula de
DNA es una doble hélice. En el caso del B-DNA ambas hebras se enrollan
alrededor de un eje común longitudinal dextrógira
PARAMETROS CUANTITATIVOS DE LA DOBLE HEBRA
Angstrom= Å= 0.1 nm
Nanómetro= nm= 1x 10-9 metros
El apareamiento completo de las dos hebras solo se puede establecer si los pares
de bases sucesivos van girando unos con respecto a otros: Como consecuencia
de la acumulación de estos giros, las hebras de DNA adoptan una disposición
helicoidal, es decir, cada hebra describe una hélice, por lo tanto, la molécula de
DNA es una doble hélice. En el caso del B-DNA ambas hebras se enrollan
alrededor de un eje común longitudinal.
Carácter hidrofílico
Debido a la interacción entre las bases de las dos hebras, los esqueletos azúcar-
fosfato de ambas se disponen hacia el exterior, por lo que el DNA dúplex muestra
un marcado carácter hidrofílico, favoreciendo la interacción con el medio acuoso
circundante
Carácter hidrofóbico
TIPOS DE RNAs
E coli Ribosómico 25 31 22 21
De transferencia 19.3 32.0 28.3 16.0
Mensajero 24.1 27.7 24.7 23.5
Se observa una variación en la composición de las bases dentro de una misma
especie, a diferencia de lo que ocurre en el DNA y no existe una equivalencia
entre bases AU, GC, purinaspirimidinas.
5 120 ribosoma
hnRNA núcleo (E) minoritario 200-30.000 transcrito primario, precursor del mRNA
snRNA núcleo (E) minoritario 100-300 forma parte de ribonucleoproteínas
nucleares pequeñas
El mRNA sale del núcleo con el mensaje codificado y se agarra a los ribosomas.
Estos son los orgánulos citoplasmáticos en los cuales se lleva a cabo la síntesis
de la proteína. En los ribosomas el mRNA sirve de molde para la síntesis de
proteínas. El ribosoma opera en la síntesis de proteína de acuerdo con las
especificaciones dadas por el DNA y transmitidas al mRNA. En otras palabras, el
mRNA, formado a la imagen del DNA nuclear, actúa como molde para la
síntesis de proteínas en los ribosomas. Su secuencia de bases nitrogenadas
determina la secuencia de aminoácidos en la proteína.
Tres brazos o asas principales: una central y dos periféricas; cada una con un tallo
y bucle
Brazo aceptor. Formado por dos extremos (5’ y 3’) de la cadena, apareados hasta
el 6º o 5º último nucleótido. El extremo 5’ es pG en la mayoría de los tRNAs.
Mientras que en el extremo 3’ termina en CCA –OH en la mayoría de los tRNAs.
Es importante la terminación OH porque se une al grupo –COOH del aminoácido;
de ahí el nombre de brazo aceptor.
Brazo menor En los tRNAs de clase I tiene entre 3 y 5 nucleótidos (en este grupo
se incluye el 75 % de los tRNAs. Cuando la longitud es de 13 a 21 nucleótidos
apareados, con un lazo de 5 nucleótidos, se habla de tRNAs de clase II.
Brazo D, DHU Llamado también brazo de la dihidrouridina (D), (UH 2), Participa en
la unión del aminoacil-tRNA al ribosoma. (Ver figura)
Los rRNAs adoptan una conformación compleja. Están formados por una sola
hebra con regiones helicoidales cortas resultantes del apareamiento intracatenario
de bases. Son moléculas con muchos repliegues sobre si mismas muy flexibles y
deformes. Parece que su estructura constituye el armazón o molde sobre el
que ensamblan varias proteínas para dar lugar al ribosoma.
Los viroides son moléculas circulares de RNA monohebra con capacidad para
infectar plantas. Existen ribozimas que en su sitio de reconocimiento actúan sobre
un RNA sustrato, reconociendo las secuencias de este por apareamiento de bases
complementarias y el centro catalítico denominada “cabeza de martillo” produce la
escisión del RNA sustrato, inactivándolo.
LOS RIBOSOMAS
Los ribosomas están formados por dos subunidades de tamaño diferente y forma
irregular, cada una constituida por uno o más rRNAs y varias proteínas de
diversa masa molecular (entre 6 y 75 kDa). Tanto el ribosoma completo como sus
subunidades y los rRNAs componentes se denominan según su coeficiente de
sedimentación. Las proteínas, por su parte, se designan por números
consecutivos precedidos por L (large) o S (small), según pertenezcan a la
subunidad grande o pequeña, respectivamente.
HISTONAS
PROTEINAS NO HISTONAS
Proteínas básicas:
Proteínas ácidas
Proteínas del esqueleto o matriz nuclear. Esta estructura sirve de soporte o guía
en el empaquetamiento de la cromatina, está formada por diversas proteínas,
incluyendo algunas HMG y otras proteínas de carácter ácido.
La fibra de 10 nm se enrrolla en sentido levógiro para dar lugar a una forma más
condensada, denominada solenoide o fibra de 30 nm, que supone un grado de
empaquetamiento 40 veces superior a la de doble hélice original. Esta fibra
contiene algo más de 6 nucleosomas por cada vuelta de solenoide. Esta es
probablemente la forma fisiológica más descondensada de la cromatina adoptada
durante la interfase.
ESQUEMA DE LOS NIVELES DE CONDENSACIÓN
Estudios moleculares han demostrado que la mayor parte del DNA presente en la
heterocromatina es DNA altamente repetitivo que nunca o raramente es transcrito
Se ha deducido que un elevado nivel de metilación del DNA es uno de los cambios
relacionados con la inactivación del cromosoma X.
Gata calicó
Al final de la fase G2, previa a la división por mitosis o meiosis, toda la cromatina
de la célula adopta la forma de heterocromatina (antes de condensarse aún más
para dar el cromosoma). Es la cromatina transcripcionalmente inactiva.
CROMOSOMA METAFASICO
Los cromosomas se clasifican atendiendo a la posición del centrómero y, por tanto, según el
tamaño relativo de sus brazos
Son varios los métodos desarrollados para el análisis del cariotipo. Normalmente
este estudio se realiza sobre cromosomas en el estado de prometafase o
metafase. Las preparaciones de cromosomas metafásicos se emplean además
para analizar anomalías cromosómicas, determinar la presencia o ausencia de
cromosomas extra.
BANDEADO
CENTROMERO.
Las secuencias esenciales para la función de los centrómeros son muy ricas en
pares AT, tiene unos 170 pb en humanos y se repiten entre 2.000 y 30.000 veces
en cada centrómero. Forman parte del llamado DNA repetitivo y también hacen
parte de una fracción de heterocromatina constitutiva.
TELOMEROS
Los Telómeros están formados por dos tipos de secuencias de DNA, una de ellas
denominada secuencia telomérica, repetición telomérica o repetición terminal,
constituye el extremo de la cadena de DNA del cromosoma mediante la repetición
en tándem de un oligonucleótido corto (en humanos es TTAGGG). Generalmente
esta secuencia telomérica es rica en G en una de las hebras, la que forma el
extremo 3’, que sobresale unos 12 – 16 nucleótidos sobre la hebra que aporta el
extremo 5’. Ese extremo saliente es reconocido por proteínas ligántes del telómero
(TBP, telomere binding protein), que actúan a manera de “caperuza” protectora de
dicho DNA terminal. Existen unas secuencias adyacentes a los telómeros, más
complejas llamadas secuencias subteloméricas.