Para combatir la contaminación bacteriana no deseada en la fermentación de levaduras,

se pueden utilizar agentes químicos antimicrobianos.

Entre ellos podemos encontrar ácidos, amoníaco y el peróxido de hidrógeno, que son
tóxicos para las células bacterianas.

Uno de los tratamientos comúnmente utilizados en la industria del bioetanol es:

 El lavado ácido de las células de levadura con ácido sulfúrico diluido antes y
después de la fermentación, para así reducir los contaminantes bacterianos 
 La solución de ácido sulfúrico con 5% de etanol (pH 2,0) puede ser más eficaz que
el uso de la solución de ácido sulfúrico sola en la eliminación del crecimiento
celular total del contaminante Lactobacillus fermentum después del primer ciclo de
fermentación.
 Otro ácido del que se han realizado varios estudios es el ácido performativo ya
que puede reducir significativamente el número de L. fermentum, Lactobacillus
paracasei, Lactobacillus plantarum, y Leuconostoc mesenteroides sin afectar el
crecimiento de la levadura y el rendimiento de la fermentación, añadiendo una
pequeña cantidad de la solución (5 a 60 mg/L) a la crema de levadura en cada
día de fermentación por lotes.
Sin embargo, el lavado con ácido y el reciclaje múltiple

 Pueden reducir la viabilidad de las células de levadura, lo que resulta en una

disminución de la eficiencia

Otro agente químico es el amoníaco que se ha utilizado para el tratamiento del sustrato
para la fermentación del etanol para disminuir la contaminación bacteriana del sustrato e
hidrolizar la biomasa lignocelulósica.

En investigaciones se ha tenido que el uso de una solución de amoníaco débil (0.5%

a 1.5% p/v) para desinfectar los granos de maíz

 resultó en una disminución del crecimiento de bacterias y mohos de ácido láctico y

un aumento de la producción de etanol en comparación con el uso de granos de
maíz no desinfectados

Por otro lado, el peróxido de hidrógeno de urea (30 a 32 mmol / L) también fue
efectivo para:

 reducir el número de múltiples contaminantes bacterias del ácido láctico (LAB),

incluidos L. plantarum, L. paracasei, L. rhamnosusy L. fermentum en puré de trigo
sin alterar el crecimiento de levadura durante la fermentación de etanol durante 36
h

Mientras que el peróxido de hidrógeno en concentraciones de 1 a 10 mmol/L y el

sulfito en concentraciones de 100 a 400 mg/L

 redujeron efectivamente cepas seleccionadas de bacterias del ácido láctico (LAB)

como L. casei y L. fermentum durante las fermentaciones de etanol reciclado en
células

También se tienen los biocidas, y los más conocidos utilizados en el tratamiento del agua,
el dióxido de cloro (ClO2), ha sido probado para controlar la contaminación bacteriana por
contaminantes  bacterias del ácido láctico (LAB)
  L. plantarum, L. fermentumy L. mesenteroides)y Bacillus subtilis en fermentación
alcohólica

Otro biocida como el dióxido de cloro en el rango de 10-200 ppm se ha obtenido que

 inhibió con éxito el crecimiento de los contaminantes bacterianos

Pero una concentración superior a 50 ppm

 también afectó el crecimiento de levaduras industriales 

En la vinificación, dióxido de azufre (SO2) se ha utilizado comúnmente

 como agente antimicrobiano para inhibir el desarrollo de bacterias no deseadas,

moho y levaduras de deterioro durante la fermentación y la conservación

El uso de antibióticos es un método eficaz para matar selectivamente los contaminantes

bacterianos en las fermentaciones de levadura.

La industria del bioetanol a menudo utiliza varios antibióticos como la penicilina G, la

tetraciclina, la virginiamicina o un cóctel de estos antibióticos contra Lactobacillus spp. y
otras especies bacterianas en fermentaciones en un rango de concentraciones de 0.1 mg /
L a 20 mg / L.

La virginiamicina ha sido ampliamente considerada para la fermentación de

levaduras pues:

 Muestra actividad contra los lactobacilos a pH más bajos que otros antibióticos
Pero sin embargo como ya hemos escuchado antes existen problemas principales
asociados con el uso de antibióticos:

 antibióticos residuales en el caldo de fermentación

 aparición de cepas resistentes a los medicamentos
 Y las cantidades y los costos de los antibióticos utilizados en la fermentación a
gran escala son significativos

Finalmente, en el caso de la fermentación de levadura para la producción de alimentos son

más problemáticas por las estrictas normas de seguridad alimentaria y por ello se ha
optado por el uso de mejores estrategias para controlar la contaminación bacteriana como
lo son los compuestos antimicrobianos naturales y bacteriocinas.

Los compuestos antimicrobianos naturales se derivan de diferentes fuentes

naturales, como animales, plantas y microorganismos, y se han utilizado para el
tratamiento de infecciones humanas, así como para la prevención del deterioro de
los alimentos

 Por ejemplo: en el proceso de elaboración de cerveza se adiciona lúpulo (que

proporciona sabor único y amargor característico)
 También está el uso de extractos de hierbas para se usados como sustitutos
naturales de antibióticos y agentes saborizantes en la producción de cerveza.

Otro grupo de agentes microbianos naturales con alta especificidad son los péptidos
conocidos como bacteriocinas:

son secretados principalmente de LAB para competir con otros LAB de la misma especie u
otros géneros, teniendo en cuenta que los principales contaminantes en los fermentadores
de etanol son LAB
  Por ejemplo: la nisina, que es utilizada para controlar la contaminación bacteriana
en la producción de vino y cerveza 

Sin embargo, las bacteriocinas como la nisina son caras de producir, y esto limita su uso a
estudios de procesos de elaboración de cerveza a pequeña escala