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Biosíntesis de proteínas:

Una vez que se


transcribe el
mensajero y se
procesó (en
eucariotas) sale
del nucleo al
citosol y se
produce el
proceso de
traducción (se
necesita el
mensajero, ribosomas, aa activados y el ARNde transferencia que lleva a cuestas al aa
que se va a tener que unir a la cadena proteína de formación)

Traducción: traduce
el triplete de
codones en aa

 Los pasos esenciales en la síntesis proteica de procariotas y eucariotas son


similares pero existen algunas diferencias significativas
 AA (20) codificados por mas de un triplete difieren en la última base, ej
isoleucina (AUU, AUC, AUA). Hay aa que son codificados por mas de un triplete.
 Metionina y triptofano tienen codones únicos
 AA similares codones semejantes, isoleucina (AUU), Leucina (CUU)
codones escritos en
dirección 5 prima – 3 prima

como se describió la síntesis de


proteínas: se inyectaron en ratas aa
radiomarcados, se separo el hígado y en
términos de minutos la marca se
encontraba en ribonucleoproteinas, lo
cual indica que la síntesis proteína se
genera en ribosoma. Luego de horas o
días esa marca se encontró en
fracciones subcelulares (en Golgi, en
retículo y otras organelas), lo cual
significa que la proteína se sintetiza y luego migra hacia los lugares donde funciona.

Componentes del aparato traduccional:


se necesitan ARNt que son los
encargados de llevar al aa. Se
necesita tambien el mensajero, los
ribosomos, factores proteicos (de
iniciación, de elongación y de
terminación), tambien se requiere
de energia, GTP y una serie de
proteínas G monomericas como son
algunos factores proteicos
mencionados anteriormente, por ejemplo GTPasas, factores de intercambio GDP-GTP y
actividades de la actividad GTPasicas de estas proteínas G monomerica que interviene
en el proceso.

Activacion de aa:

¿Cómo es que el aa se une al ARNt? Necesitamos que el aa este activado.

Los ARNt son específicos para unir aa.

- Se tiene que activar el grupo carboxilo (se requiere de ATP)


- Y ese anticodon que luego se va a aparear con el codón del mensajero es el que
determina que aa va cargado.
- Esta union del aa al ARNt lo llevan a cabo las enzimas aminoacil-tRNA sintetasas

Estructura del ARNt:


El anticodon se aparea al mensajero y de este anticodon depende el aa que se una

Interacción codón-anticodon:

(Siempre leer desde el extremo 5 prima)


Las dos primeras bases se aparean con una union bastante fuerte y estable. Y la
tercera es mas débil. Tiene que ver con el balanceo y con que los codones respetan las
primeras bases y la ultima puede modificarse, es por ello que mas de un aa es
transcripto a partir de distintos codones
la interaccion entre la
tercera base del codón y
la primera del anticodon
permite varias
combinaciones. Entonces
si la primer base del
anticodon son las que
figuran, existen en
algunos casos varias posibilidades para la tercera base del codón.
Esto se conoce como balanceo, es decir, el hecho de que la primera base del anticodon
pueda modificarse en base a la tercer base del codón.
Ejemplo: se pueden tener dos tipos de
codones pero en anticodon será el
mismo. Es decir que la ultima base
puede modificarse en base al codon y
eso da origen al mismo aa

ACTIVACION DE AA:
 AminoaciltRNAligasas (20 tipos diferentes)
 Cada enzima reconoce un AA apropiado y un tRNA específico
el aa no puede unirse al ARNt por
asi nomas, sino que debe activarse
previamente y eso lo hace en
presencia de ATP. Forma aminoacil
AMP, este es transferido al ARNt
liberándose el AMP y formándose
el aminoacil ARNt. A este proceso
lo llevan a cabo las
aminoaciltRNAligasas (hay una
para cada aa). Cada aminoaciltRNA
reconoce a un aa y tRNA especifico

Aminoacil tRNA ligasa/sintetasa:


El aa es activado por ATP formando aminoacilAMP. Este ultimo es transferido al tRNA y esto lo
llevan a cabo aminoacil tRNA ligasas o sintetasas, se libera el AMP y queda formando el
aminoaciltRNA (union ester) en extremo 3 prima.

hay dos isoformas


de aminoacil tRNA
ligasa/sintetasa.
Aquellas que unen
al aa en la posición
2 prima del azúcar
o en la posición 3
prima. Depende
del tipo de aa que
se va a unir.

Estas enzimas aminoacil tRNA ligasa/sintetasa tiene sitios del tRNA y sitios de union del aa. Por
ejemplo para el triptófano se ve en la imagen. Se observa la enzima especifica para el
triptófano. Entonces es capaz de unir solo al triptófano y solo el tRNA que tiene el anticodon
para llevar al triptófano. Luego el tRNA se va a aparear con el triplete del mensajero.
RIBOSOMAS:

Se necesitan ribosomas, están formandos por ARNribosomico


Ribosomas de bacterias y de eucariotas. Son mas grandes los de eucariotas, tienen mas
proteínas asociadas. Ambos formados por una subunidad mayor y menor
Subunidad menor en eucariotas es mayor
Subunidad mayor en eucariotas ARNr mas pesados

Sintesis de la cadena polipeptidica:


el mensajero se lee en dirección 5 prima – 3
prima y las proteínas se sintetizan en
dirección amino – carboxilo, es decir que el
primer aa que se incorpora va a dar origen al
amino terminal de la proteína.

Etapas:

1. Iniciación: comienza la síntesis propiamente dicha


2. Elongación: es la mas larga porque se van incorporando mas aa
3. Terminación

1. Iniciacion
 Ensamblaje de componentes
 Selección del codón de iniciación (AUG)
 Regulación
Diferentes complejos de iniciación para bacterias y para eucariotas
En bacterias y en eucariotas el primer aa es la metionina, con la diferencia que en las
primeras esa metionina esta formilada
Eucariotas:
AUG iniciador e internos (metionina inicial y metioninas que van en el medio de la
cadena). El sistema se da cuenta de si tiene que meter una metionina inicial o interna
por los factores que hay iniciadores o de elongación (específicos para cada una de las
etapas). ARNt para la metionina inicial y para la interna. En el citosol hay tRNA para la
metionina inicial y para la metionina interna.
Lo que ocurre en procariotas es lo que esta en el recuadro: la metionina se une al tRNA
porque el triplete que codifica para metionina formilada y luego de unido se le une el
formilo. El formilo es llevado por el THF.
El que inicia el proceso de incorporación de aa en mitocondrias y en cloroplasto, al
igual que en procariotas, es una metionina formilada.

Policistronico: un mismo mensajero puede dar origen a varias proteínas porque se


unen a distintas secuencias de iniciación el complejo ribosómico. SD: secuencia de
shine-dalgarno, esta secuencia no esta en eucariota.
Monocistronico: cada mensajero da una proteína. El extremo 5 prima tiene una
caperuza (G fosforilada) mientras que en el extremo 3 prima hay una cola de poliA.

Sitios de union al ribosoma:


El ribosoma tiene 3 sitios que trabajan para ir
incorporando los aa:
Sitio A: se une el aminoacilARN (el ARN de
transferencia que trae el aa)
Sitio P: se une el peptidilARNt. Se empieza a
formar el enlace péptido (tiene actividad
catalitica)
Sitio E: sale en ARNt vacio

Iniciacion de la traducción en procariotas:

En la subunidad menor del ribosoma hay un sitio A (sitio aminoacil) y otro sitio P (sitio
peptidil), se une el mensajero y se unen dos factores de iniciación. El IF-1 impide que
hasta ese momento se un ARTt cargado y el IF-3 que impide el ensamblamiento con la
subunidad mayor. El primer aa (f-met) es llevado hasta el complejo de iniciación por el
IF-2 que depende de GTP. Esto hace que se ubique en el sitio peptidil, se produce una
hidrolisis del GTP, se separan IF-2 y el IF-1 y se ensambla la subunidad mayor; es decir
que esta ultima solo se ensambla cuando ya esta en el sitio P el primer aa

Elongación del polipéptido en procariotas:


El primer aminoácido esta unido al ARNt en el sitio P (for-met) y el sitio A esta vacio,
este ultimo sitio va a estar ahora con el nuevo aa con el nuevo ARNt (aa que tiene que
entrar). El ARNt con el aa 2 se une a un factor de elongación (proteína Tu con actividad
GTPasa), cuando se hidroliza se libera y esto ubica al aa2 en la posición aminoacil
Tu-GDP: inactivo
Tu-GTP: activo. Esto es gracias a un intercambiador Ts (intercambiador GDP – DTP)
Una vez incorporado el segundo aa con el ARNt en el sitio A, se produce el proceso
catalítico por la actividad que tiene el ARN del sitio P, formándose el primer enlace
peptídico (Se produce sobre el segundo aa, por eso el primer aa siempre va a hacer el
grupo terminal de la proteína). Esto se vuelve a mover de forma tal que por acción de
una translocasa que en el sitio P va a quedar la cadena en crecimiento. El ARNt que
llevaba el aa va a pasar al sitio E y se libera.

Factores de elongación:

Tienen distintos nombres en procariotas y en eucariotas pero la función es la misma.


Terminación en procariotas:

Termina cuando el ribosoma se encuentra sobre el mensajero con un codón de


terminación. Hay tres codones de terminación y tres factores de terminación (uno para
cada codón). Cuando se llega a ese codón se unen esos factores de terminación de
forma tal que no se puede meter ningún otro ARNt y queda en el sitio P el ARNt con el
ultimo aa que se incorporo y la cadena en crecimiento. Se produce la hidrolisis del
peptidil-ARNt (en presencia de agua) de forma tal que se libera la proteína, se produce
perdida e intercambio de factores porque se produce la hidrolisis de GTP por actividad
de la GTPasa. Esto genera un desensamblamiento (perdida de la unidad mayor del
ribosoma). El sitio P sigue con el ARNt, el cual en presencia de IF-3 es expulsado y
queda la subunidad menor lista para genera un nuevo ciclo

ARN policistronico en procariotas:

- Los ARNm procariotas son policistronicos


- Los ARNm eucariotas son monocistronicos, aunque pueden tener sitios donde los
ribosomas pueden unirse en los triples internos del mensajero

El ARNm tiene sitios de union al ribosoma previo a la secuencia de inicio. Cada grupo
de triplete entre dos AUG dan origen a distintas proteínas.

Diferencias en la traducción entre procariotas y eucariotas:


 En eucariotas los ribosomas son mayores. La metionina es el primer aa y no
esta formilado. Existe un metionil-tRNA para la iniciación y otro para la
elongación (un tRNA que une la metionina de iniciación y otro que une la
metionina de elongación, esto tiene que ver con factores de iniciación o
elongación que reconoce a un tRNA metionil o a otro ). Frecuentemente la
metionina se escinde del péptido antes que este sea liberado, el proceso
proteolítico de la perdida de ese aa es previo a la liberación de la proteína.
 En eucariotas el ensamblaje del complejo de iniciación es distinto. El mRNA
presenta un nucleótido de guanina metilado en el extremo 5 primer, al que se
le unen una seria de factores proteicos y el Met-tRNA y se fijan en la subunidad
40S
 No hay secuencia Shine- Dalgarno, el complejo se sitúa en el extremo 5´donde
se encuentra el nucleótido de guanina metilado, lejos del triplete de iniciación
AUG (hay un fragmento que no se traduce)
 El complejo ribosómico se desplaza por el mensajero hasta encontrar dicho
triplete y ahí se une la subunidad de 60S, mecanismo dependiente de ATP
 En bacterias la transcripción y la traducción están estrechamente acopladas
 En eucariotas y en bacterias los mRNA se sintetizan y traducen en igual
dirección 5´- 3´
 En bacterias los ribosomas empiezan a traducir el extremo 5´ del mRNA antes
que se termine la transcripción
 En eucariotas los mRNA transcriptos salen del núcleo para encontrase con los
ribosomas (citosólicos)

Complejo de iniciación en eucariotas:

Mensajero en forma circular


Todo el complejo de factores de iniciacion ensamblado con la subunidad menor.
Cuando este complejo empieza a moverse y se encuentra con el AUG se ensambla con
la subunidad mayor y sigue la síntesis igual que en procariotas

Proceso postraducional:
Tenemos una proteína naciente (desplegada), se foldea (plegarse) hasta que avanza al
carboxilo terminal ayudado por ejemplo por chaperonas, puede sufrir modificaciones
covalente por union de H de C, fosforilacion, por incorporación de grupos acetilos. Se
puede unir a otras subunidades. Se termina de plegar una vez liberado del ribosoma.
De esta manera la proteína madura y se transforma en funcional. Todo esto ocurre
cuando la proteína es correctamente plegada.
Desde el amino terminal comienza a plegarse. Se termina de plegar una vez que se
libera del ribosomas.

Plegamiento de proteínas:
Cuando no son correctamente plegadas es ayudado por chaperonas

Estas proteínas se
unen a residuos
hidrofóbicos de la
cadena
polipeptidica en
crecimiento o
pueden una vez
que la cadena
esta
desnaturalizada
(desplegada)
unirse a ella. Es
decir que se
pueden unir a la cadena en crecimiento o a la cadena ya liberada
Estas chaperonas tienen actividad ATPasas y en esa actividad permiten la interaccion
con grupos hidrofóbicos del propio polipéptido y se liberan las chaperonas de la
proteína, quedando este ultima plegada.
Como es la secuencia:

En procariotas hay un complejo llamado GroEL que se encuentra en estado trans y


luego pasa a cis el cual reconoce e incorpora a la proteína no plegada hace una vuelta
de 180 grados e intercambia en la subunidad superior ADP por ATP hace mucho mas
hidrofóbico el entorno compactando mas a la proteína, la pliega y para que no se
escape la subunidad + ATP tiene afinidad para otra parte llamada GROES, de esta
manera se produce el plegamiento dentro de la chaperona y la hidrolisis del ATP
vuelve a hacer mas hidrofilico al interior haciendo que se libere la proteína y la tapa de
GroES para hacer un nuevo ciclo.
Por lo tanto la proteína se puede:
- Plegar espontáneamente
- No plegarse espontáneamente y necesitar de chaperonas para hacerlo
Cuando pasa por chaperonas (que en general hace mas de un ciclo) y no logra
plegarse:
- Esa proteína que no va hacer funcional va a hacer digerida por proteosomas

Degradación proteosomal:

Para que el proteosoma la reconozca y la degrada tiene que tener un sello (ubiquitina).
Primero se activa la ubiquitina (en presencia de ATP) y se une a una enzima llamada
E1, esta enzima transfiere la ubiquitina a una enzima E2 y esta ultima tiene afinidad
pro una tercera enzima que a su vez tiene afinidad por el sustrato. En este complejo de
E3, E2 ubiquitinada y sustrato; esa ubiquitina se transfiere al sustrato (proteína)
desensamblándose el complejo y liberándose la proteína ubiquitinada, E2 y E3
E1: activa a la
ubiquitina en
presencia de ATP y
se forma Ub-AMP
Esta Ub activa se
transfiere a la E2 que
conjuga ubiquitina. Y
esta pasa a otra
enzima que es la E3.
E3: sitio de
reconocimiento para
la E2+Ub y otro sitio
para la proteína en cuestión. La ubiquitina se transfiere a la proteína que tiene que ser
degradada y se libera la enzima 2 y 3.
Ahora esa proteína ubiquitinada va hacia el proteosoma

Llega al proteosoma
(marcada con ubiquitina)
por un proceso
dependiente de ATP y
dentro de este se libera la
ubiquitina y se hidrolizan
los péptidos.
Digestion proteosomica:

Se observa la proteína con ubiquitina. Dentro del proteosoma se encuentra la enzima


ubiquitina hidrolasa y a demás hay un receptor de ubiquitina. Lo primero que ocurre es
la hidrolisis de ubiquitina y luego se produce el clivaje del enlace peptídico.

 Modificaciones amino y carboxi terminales


• N- formilmetionina y metionina pueden eliminarse (primer aa que se incorpora).
Tanto en eucariota como procariotas.
• 50% de proteínas el residuo amino es N-acetilado
• Pueden modificarse los carboxilos terminales

 Pérdida de secuencia final


• 15-30 AA de amino terminal eliminadas por peptidasas
El hecho de que una proteína este plegada significa que sea funcional, sino que algunas
sufren distintas modificaciones ya sea en los amino o carboxilos terminales.

 Modificación de ciertos aminoácidos:


• Fosforilaciones por ATP (Ser, Thr, Tyr)
• Ciclos de fosforilación-desfosforilación
• Grupos carboxilos a Glutamato

 Unión de cadenas de glúcidos


(unir H de C)
 Isoprenilación: proteínas para
unirse laxamente a la membrana (a una de las monocapas) sufren
procesos de isoprenilacion como proteína G o Ras, también pueden
unirse por AG
• Proteínas Ras
• Proteínas G
 Adición grupos prostéticos
• Unidos covalentemente (biotina en acetil Coa carboxilasa)

 Modificación proteolítica proteínas que se sintetizan como pre o


proproteinas. Pierden secuencias de los aa para ser funcionales
 Formación puentes disulfuro
Son distintas modificaciones que pueden sufrir las proteínas para que sean funcionales

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