TALLER 2: DB Aplicadas y Generalidades

1. Filogenéticamente cuál es el grupo más cercano en el que tanto el Oso Panda como Aspergillus sp.
pueden ser mutuamente agrupados.

Para este punto deberá utilizar la base de datos (DB) de “Taxonomy” de NCBI, y utilizar el sistema de linaje para
encontrar dicha categoría. Cuál es el clado (puede o no tener rango taxonómico) donde los dos organismo pueden
ser agrupados más específicamente. Vibrio cholerae y Klebsiella pneumoniae pueden ser agrupados como bacterias
u organismos celulares, sin embargo, este no es el grupo más específico, la clase gammaproteobacteria sí lo es.
Moviendo suevamente el cursor sobre los ítems podrá identificar los rangos taxonómicos.

2. Elija un organismo de su interés y determine si hay genoma referencia, cuántos hay y cuantos
ensamblajes hay para este. Qué es un genoma de referencia, qué tamaño tiene ese o esos genomas
referencias.

Para resolver esto deberá utilizar el buscador general “entrez”

Utilizando la herramienta “Genome”, encontrará toda la información de su organismo
 3. Del organismo de su interés, elija un gen/proteína y describa su ontología. Anote su código de acceso.

Ahora visitaremos una DB de proteínas, recuerde que toda proteína debe estar codificada en al menos un gen. Existe
un código para escribir proteína y gen por convención. El símbolo internacional de un gen se forma por abreviación
de su nombre descriptivo en inglés, y únicamente puede contener letras pertenecientes al alfabeto latino y cifras
arábigas nunca letras griegas. Así, CDH1 es el símbolo del gen de la cadherina 1[1, 2].

Dado que tanto el gen como su correspondiente producto proteico tienen exactamente el mismo nombre e idéntico
símbolo abreviado, la nomenclatura genética se ve obligada a echar mano de los recursos tipográficos para distinguir
claramente entre el símbolo de un gen y el de su proteína resultante: CDH1 corresponde a la proteína cadherina 1.
Esto aplica principalmente a genes/proteínas humanas, porque para otros organismos aplican reglas diferentes. En
los roedores como la rata (género Rattus) y el ratón (género Mus) los genes se escriben en cursiva y solo con la
primera letra en mayúscula, mientras que las proteínas van en redonda y todo en mayúsculas. Para la neuroligina 1,
pues, Nlgn1 y NLGN1, respectivamente. En ranas del género Xenopus, los símbolos de los genes se escriben en
cursiva y todo en minúsculas; los símbolos de proteínas, en redonda y todo en minúsculas: nlgn1 y nlgn1,
respectivamente[1, 2].

En Drosophila melanogaster, por ejemplo, la inicial mayúscula o minúscula denota el mutante dominante o recesivo,
respectivamente: LanA y lanA para el gen de la laminina A. En la levadura Saccharomyces cerevisiae, en cambio,
todas las letras van en mayúscula para el alelo dominante, y en minúscula para el alelo recesivo: CUP1 y cup1, por
ejemplo, para el gen de la metalotioneína y cuya proteína resultante, se abrevia en esta especie Cup1p) [1, 2].

Así, tenga cuidado dado que en cada base de datos se utiliza un código diferente para hacer referencia a cada una
de las diferentes secuencias.
En filosofía la ontología es la parte de la metafísica que estudia el ser en general y sus propiedades. Es invitación es
a leer en la DB qué es la “Gene Ontology (GO)” y como se asocia con genes y proteínas.

4. Del organismo elegido, busque una proteína del cual exista modelado cristalográfico o computacional.
Identifique al menos un dominio y un ligando. Anote su código de acceso.

Es imposible ver una proteína en un microscopio, por eso los modelos que nos muestran las DB son aproximaciones
a través de técnicas como difracción de rayos x o modelos computacionales basados en otras proteínas preexistentes.
Siembre que veamos una estructura 3D de una proteína, veremos la técnica con la que fue desarrollada, sumada a
toda la información bibliográfica del artículo que muestra cómo se determinó esa molécula y otros datos de la
investigación. Para la información de dominios y ligandos, lo invito a explorar dentro de cada DB, fácilmente encontrará
esta información.
REFERENCIAS

1. Duester, G., et al., Recommended nomenclature for the vertebrate alcohol dehydrogenase gene family.
Biochemical pharmacology, 1999. 58(3): p. 389-395.
2. Wain, H.M., et al., Guidelines for human gene nomenclature. Genomics, 2002. 79(4): p. 464-470.