ESTUDIO DE PROTEINAS

MEDIANTE BASES DE DATOS:

PROTEINA PRIÓNICA OVINA

Mario Anaya García

Explorar la información genética y molecular de una proteína específica, en este caso
la proteína priónica de la especie Ovis Aries (oveja común), nos sumerge en un
fascinante viaje a través de diversas bases de datos científicas y plataformas
especializadas. Este proceso de investigación detallada nos permite desentrañar los
misterios de la genética y comprender mejor la función de esta proteína en particular.

- La PrPc ovina es una glicoproteína presente en las células de ovejas,

principalmente en la superficie de las células nerviosas, incluyendo las neuronas. Su
expresión la regula el gen PRNP ovino, que codifica la Proteína Priónica Celular en
ovejas.

- Aunque no se comprende completamente su función normal en ovejas, se postula

que podría desempeñar un papel en la protección neuronal y la regulación del estrés
oxidativo.

1. Entrada al NIH: Explorando la información básica

Comenzamos nuestra odisea científica accediendo al Instituto Nacional de la Salud

(NIH) para investigar la proteína prionica de la especie Ovis Aries. En este primer
paso, analizamos datos cruciales, como el número de nucleótidos y otra información
relevante que proporciona una visión inicial de la composición genética de esta
proteína.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB370307.1

1.1 ¿Cuántas secuencias de proteína priónica ovina figuran en la base de datos?

En la exploración en la base de datos, encontramos una cifra notable: 488 secuencias

de proteína priónica ovina se identificaron. Este descubrimiento plantea preguntas
intrigantes sobre la diversidad genética en las ovejas con respecto a esta proteína
específica.

1.2 ¿Por qué existe esta notable cantidad? ¿Recuerdas la importancia de la

proteína priónica ovina y cuál es su función?

La presencia de 488 secuencias de proteína priónica ovina en la base de datos sugiere

una diversidad genética significativa en las ovejas respecto a esta proteína. Esta
variabilidad genética puede tener implicaciones importantes en la adaptación y
resistencia de las ovejas a enfermedades priónicas, como la tembladera, lo cual resalta
la importancia de comprender a fondo la función de esta proteína.

2. Investigación en "related information-gene": Ubicación en el cromosoma

El siguiente paso nos lleva a explorar el enlace de "related information-gene", donde
averiguamos la ubicación específica de la información genética de la proteína priónica
en el cromosoma. Esta investigación nos proporciona una comprensión más profunda
de la disposición genómica de la proteína y su relación con otros genes circundantes.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB370307.1

 2.1¿Cuántos aminoácidos conforman esta secuencia? La secuencia cuenta con

402 aminoácidos en total.
 2.2¿Corresponde esta secuencia a la proteína completa o a una subunidad
específica? Corresponde a la totalidad de la proteína priónica ovina, pues esta
no es excesivamente larga.
 2.3¿En qué cromosoma de la oveja se localiza el gen que codifica para esta
proteína? Se encuentra en el cromosoma N.º 13

3. Búsqueda en Taxonomy para datos adicionales

Proseguimos nuestra investigación dirigiéndonos a la base de datos de Taxonomy

(Taxonomía) en el NIH. Aquí, nos enfocamos en la especie Ovis Aries y recopilamos
información valiosa de la tabla proporcionada, que incluye datos sobre nucleótidos,
proteínas y el genoma en general. Este paso amplía nuestro conocimiento sobre la
especie y su genética asociada.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?
mode=Info&id=9940&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock

 3.1 Proporciona los datos totales de Nucleótidos, Proteínas y Genoma en el

contexto de las ovejas:

 ¿Cuántas secuencias de genes conocidos se registran en las bases de datos

(nucleotide, nucleotide EST y nucleotide GSS)? La cifra asciende a 35,057.
 ¿Cuántas proteínas se han estudiado hasta ahora? El número total de proteínas
estudiadas es de 21,300.
 ¿Cuántos estudios de genoma se han llevado a cabo? Se han realizado un total
de 57 estudios de genoma.
 ¿Cuántos cromosomas tiene la oveja? La oveja presenta 54 cromosomas,
indicados por 2n=54.
https://helvia.uco.es/bitstream/handle/10396/3268/11_18_26_144_5.pdf?
sequence=1&isAllowed=y

 3.2 ¿Qué implica ser una especie alotetraploide? Explícita el significado de

esta condición.

Ser una especie alotetraploide implica que el organismo en cuestión tiene un conjunto
completo de cromosomas duplicado (tetraploide) y que estos dos conjuntos son
derivados de dos especies diferentes (alotetraploide). Vamos a desglosar estos
términos para entender mejor su significado:

 Alotetraploide:
o Alo-: Prefijo que indica que los conjuntos de cromosomas provienen de
diferentes fuentes o especies.
o Tetraploide: Indica que hay cuatro juegos completos de cromosomas en
cada célula.
  Significado de la condición:
o Duplicación de cromosomas: El término "tetraploide" sugiere que el
número normal de juegos de cromosomas para la especie se ha
duplicado, pasando de un conjunto diploide (2n) a un conjunto
tetraploide (4n). En lugar de tener dos copias de cada cromosoma (uno
heredado de cada progenitor), un organismo alotetraploide tiene cuatro
copias.
o Derivado de dos especies diferentes: La parte "alo-" indica que estos
conjuntos de cromosomas duplicados provienen de dos especies
diferentes. Esto podría deberse a procesos como la hibridación entre dos
especies, seguida de la duplicación de cromosomas en la descendencia.
o Variabilidad genética: La condición alotetraploide puede llevar a una
mayor variabilidad genética, ya que la combinación de material genético
de dos especies diferentes podría resultar en nuevas combinaciones de
genes y características. Esto puede tener implicaciones evolutivas y
adaptativas para la especie alotetraploide.
o Fenómenos como la esterilidad: En algunos casos, los organismos
alotetraploides pueden experimentar problemas de esterilidad debido a
la incompatibilidad genética entre los dos conjuntos de cromosomas. Sin
embargo, en otros casos, la adaptación y evolución pueden conducir al
desarrollo de una nueva especie con características únicas.

https://es.wikipedia.org/wiki/Heteroploidía#:~:text=Especiación%20por
%20poliploidía.-,Alotetraploides,)%20y%20centeno%20(Secale%20cereale)

3.3 Exploración de la secuencia de nucleótidos en NCBI

A continuación, accedemos a la base de datos del Gen en el NIH

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/) para examinar la secuencia de nucleótidos de
Ovis Aries. Este paso es crucial para comprender la composición específica del ADN
que codifica la proteína prionica.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?id=GCF_016772045.2
4. Artículos adicionales sobre Ovis Aries
Entramos en “NAVIGATE ACROSS additional projects” donde buscamos algú n artículo
sobre la especie Ovis Aries, hasta que encontramos el artículo de “Vaginal microbiota in
nulliparous ewes” https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/1047459

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=ovis+aries
Este artículo resulta interesante por varias razones clave. En primer lugar, aborda la
relevancia del microbiota vaginal en ovejas, ofreciendo una perspectiva valiosa sobre
su composición y diversidad durante el ciclo reproductivo. Utiliza una metodología
avanzada, la secuenciación del gen 16S rRNA, para obtener datos precisos sobre la
composición bacteriana.

El estudio observa cambios significativos en el microbiota vaginal durante el

embarazo en ovejas, lo que contribuye a nuestra comprensión de las dinámicas
microbiotas asociadas con la gestación. Además, aborda momentos cruciales en la
reproducción ovina, como la sincronización del estro, el apareamiento y el diagnóstico
de embarazo.

Una conexión intrigante es la relación entre el microbiota vaginal de las ovejas y el

microbiota preputial de los carneros, sugiriendo la posibilidad de transferencia
bacteriana durante el apareamiento.

En términos prácticos, el conocimiento generado puede tener aplicaciones directas en

la gestión ganadera, identificando biomarcadores y probióticos potenciales para
mejorar los resultados reproductivos. Además, la posibilidad de acceder a proyectos
relacionados por organismos ofrece una ventana adicional para explorar otras
investigaciones en curso sobre el tema.

5. Obtención de la secuencia de aminoácidos: El papel de FASTA

Regresamos a la página de la proteína prionica y seleccionamos el formato FASTA.

Aquí, podemos visualizar la secuencia de aminoácidos de la proteína, lo que nos
brinda información crucial sobre la estructura y función de la proteína.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB370307.1

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB370307.1

 5.1 ¿Cuáles son los cuatro primeros aminoácidos en la secuencia de la

proteína priónica ovina?Haciendo una rapida conversión de nucleótidos a
aminoácidos descubrimos que los primeros cuatro aminoácidos son: glicina,
glutamina, glicina y glicina
https://cdn.kastatic.org/ka-perseus-images/a736126e791afe019d17e4d1a1e6a10eff462cf5.png

6 y 7. Desafíos en la búsqueda de la secuencia genómica completa. Estructura de

la proteína priónica ovina

En este punto, nos encontramos con un obstáculo: la incapacidad de localizar la

secuencia genómica completa. A pesar de este tropiezo, persistimos en nuestra
búsqueda para desentrañar los secretos genéticos de la proteína prionica.
Entramos en “Stucture” y buscamos nuestra proteína en el buscador. Encontramos una
versión tridimensional con la que podemos apreciar mejor la estructura de nuestra
proteína (que, siendo esta una proteína priónica es aún más importante)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/pdb/2N53

8. Un vistazo a la esclerosis lateral amiotrofica

Dirigimos nuestro enfoque hacia https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books y exploramos el

libro "Amyotrophic Lateral Sclerosis" para aprender más sobre esta enfermedad.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK573426/
9. Investigación de enfermedades hereditarias en OMIM: Angiodema hereditario
de tipo III

Nos sumergimos en la base de datos de enfermedades hereditarias en

https://www.omim.org/ y seleccionamos "Angiodema hereditario de tipo III" como
nuestro tema de estudio. Aquí, proporcionamos información esencial sobre esta
enfermedad y exploramos su origen y consecuencias mediante "Phegene graphics-
linear".

https://www.omim.org/entry/610618?search=hereditary&highlight=hereditary

https://
www.omim.org/graph/linear/610618
10. Exploración de funciones en UniProt: Más allá de la secuencia

Accedemos a https://www.uniprot.org para examinar nuestra proteína y obtener

información detallada sobre las funciones que desempeña. Descubrimos que su
función fisiológica principal no está clara, pero también desempeña un papel en la
protección celular contra estrés interno o ambiental, el desarrollo neuronal y la
plasticidad sináptica, así como en el mantenimiento de la vaina de mielina neuronal y
la homeostasis del hierro.

https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=prion+protein+ovis+aries

https://www.uniprot.org/uniprotkb/P23907/entry
11. Profundizando en la estructura con PDBsum

Finalmente, ingresamos a http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/ e introducimos el código de

nuestra proteína (2N53) para examinar tanto su estructura como su secuencia, similar
a lo realizado en NCBI. Este paso nos proporciona una comprensión más detallada de
la arquitectura tridimensional de la proteína.

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/
http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl

A lo largo de este intrincado viaje a través de diversas bases de datos y plataformas

científicas, hemos explorado la información genética y molecular de la proteína
priónica de Ovis Aries desde diversas perspectivas. Este proceso no solo aumenta
nuestra comprensión de la genética de esta especie en particular, sino que también
arroja luz sobre enfermedades hereditarias y nos brinda conocimientos valiosos sobre
la estructura y función de proteínas específicas. Este enfoque integral en la
investigación molecular nos permite avanzar en nuestro entendimiento de la biología y
sus complejidades.