Capítulo

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Uso de tecnologías ómicas en el aprovechamiento
de subproductos para el desarrollo de alimentos
funcionales y nutracéuticos

Manuel H. Cháirez-Ramírez, M. Rocío Moreno-Jiménez, J. Alberto

Gallegos-Infante, Rubén F. González-Laredo, J. Omar Díaz-Rivas,
Nuria E. Rocha-Guzmán

Grupo de Investigación de Alimentos Funcionales y Nutracéuticos,

Unidad de Posgrado, Investigación y Desarrollo Tecnológico
(UPIDET), TecNM-Instituto Tecnológico de Durango

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Resumen

A partir de los avances obtenidos en el campo de la biología, instrumentación analítica

y la bioinformática se ha desarrollado una visión global de los procesos biotecnológi-
cos. En este sentido, el concepto de ciencias ómicas recoge aquellas áreas de vanguar-
dia como la genómica, nutrigenómica, transcriptómica, proteómica y metabolómica.
Todas ellas tienen una contribución importante al conocimiento básico de los temas
biológicos, además tienen un impacto enorme, en el desarrollo del análisis de la fun-
cionalidad celular, así como en sus aplicaciones en diferentes ámbitos del quehacer
tecnológico como lo es la tecnología de alimentos y sus subproductos. Un tema central
en la regulación de la expresión génica es la asociación de los factores de transcripción
con secuencias promotoras pertinentes. Los avances tecnológicos han permitido a los
investigadores analizar estos procesos a escala genómica. Al convertir la bioquímica de
una célula en una serie de tópicos metabólicos medibles, la metabolómica proporciona
información vinculada directamente con la generada a partir de la proteómica y otros
estudios de expresión del genoma.
En tanto la transcriptómica, ayuda a determinar el cuándo y dónde se expresan los
genes de interés ya sea en el campo de la salud, los alimentos o la biotecnología. La
dieta es el factor principal que impacta en el estado nutricional, y por tanto puede te-
ner una mayor influencia en la incidencia y desarrollo de distintas enfermedades, por
lo que la nutrición y la genómica se integran en una sola área de estudio, la nutrige-
nómica. Todo lo anterior resulta fundamental en el área de investigación de alimentos
funcionales y nutracéuticos, por lo que la integración de todas estas ramas de la ciencia
es necesaria para lograr avances significativos en este campo de estudio.

Palabras clave: subproductos alimenticios, transcriptómica, metabolómica, pro-

teómica, nutrigenómica.

Introducción

En la actualidad se considera que la alimentación del ser humano es un conjunto de

procesos biológicos, sociológicos y psicológicos que se relacionan con la ingestión
de alimentos que le proveen al organismo los nutrimientos que éste necesita, para así
lograr la satisfacción estética, emocional, sociocultural e intelectual que le es indis-
pensable para el disfrute de una vida plena (Guzmán et al., 2009). Es importante re-
saltar que, en nuestros días, la calidad de un alimento no es evaluada únicamente por
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su contenido de macronutrientes (carbohidratos, proteínas y lípidos) y micronutrientes

(vitaminas y minerales) sino también se analiza su contenido de sustancias bioactivas
(p. ej., fitoquímicos con actividad biológica), de este modo también el papel que éstas
desempeñan en la prevención y tratamiento de enfermedades. Es por ello que se deben
tomar en cuenta factores tales como la biodisponibilidad, su concentración y la mag-
nitud de su ingesta, observando el número de veces que se rebasa su consumo diario
recomendado (Ramírez, 2009).
Actualmente, cada vez un mayor número de personas toman conciencia de la impor-
tancia que tienen los hábitos alimenticios en la nutrición y en la reducción del riesgo
de padecer enfermedades crónico-degenerativas como el cáncer, enfermedades car-
diovasculares, entre otras. Por tal motivo, ha surgido el fenómeno “self-care” que es el
factor principal que motiva la decisión por comprar alimentos saludables (Sloan, 2000),
debido a que se demandan alimentos que no sólo aporten nutrientes, sino que también
promuevan beneficios a la salud, a través de sustancias activas contenidas en ellos que
desempeñen acciones profilácticas en las funciones fisiológicas del organismo, coad-
yuvando de esta forma a una mejora física. Los alimentos que comparten estas caracte-
rísticas se conocen como alimentos funcionales. Además de los alimentos funcionales
existen otros productos de origen natural denominados nutracéuticos, los cuales son
suplementos que forman parte de la dieta o de algún alimento que se presentan de una
manera concentrada y se les atribuye un efecto biológico. Estos ingredientes funciona-
les o nutracéuticos muestran efectos prometedores para usarlos como ingredientes en
productos alimenticios y de esta forma darle un valor añadido que beneficie a la salud
de quienes los consuman (Coppens et al., 2006). Los nutracéuticos se presentan en
formas no alimenticias y se usan con la finalidad de mejorar la salud en dosis que exce-
den aquellas alcanzables en la dieta normal (Zeisel, 1999). Éstos se han usado durante
mucho tiempo como fuente de agentes profilácticos para prevenir y tratar enfermedades
en los seres humanos (Bagchi, 2006).
La capacidad que muestran algunos alimentos vegetales de reducir enfermedades
crónico-degenerativas, se ha relacionado con su contenido de fitoquímicos que han
mostrado actividades biológicas. Sin embargo, aunque su efecto es más discreto en
comparación con los fármacos sintéticos, el consumo regular de estos ingredientes
puede provocar efectos fisiológicos favorables a largo plazo. La mayoría de los nutra-
céuticos son seguros, menos tóxicos y presentan menores efectos secundarios que los
fármacos, aunque también cabe la posibilidad que estos no exhiban el tipo de actividad
esperada (McAlindon, 2006).
Antiguamente, investigar los posibles efectos que exhibían los compuestos bioactivos
presentes en alimentos y vegetales era muy complicado ya que las herramientas mole-
culares existentes no eran tan sensibles, sin embargo, gracias al surgimiento de las tec-
nologías ÓMICAS ha sido posible incrementar el conocimiento y entender un poco más

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sobre la complejidad de los sistemas biológicos (Silvestri et al., 2011). Estos beneficios
se pueden obtener a costos y esfuerzos relativamente pequeños. Las OMICS son disci-
plinas que engloban la descripción de acontecimientos e interacciones de la estructura
celular y procesos fisiológicos; desde el ADN (p. ej., genes) a la función biológica.
Las principales tecnologías ómicas disponibles en la actualidad para investigación en
ciencia y tecnología de alimentos, así como en ciencias de la salud son la epigenómica,
la genómica, la proteómica y la metabolómica. La epigenómica que emplea la secuen-
ciación alelo específica por bisulfito con el fin de saber su patrón de metilación (Cha-
tterjee et al., 2012), sabiendo que la metilación es la forma de regulación epigenética
más común (Phillips, 2008) y la pirosecuenciación (Colella et al., 2003). La Genómica
que utiliza técnicas tales como los arrays de polimorfismo de nucleótido simple (aS-
NPs) (Wang et al., 2014), arrays de hibridación genómica comparativa (aCGH) (Pinkel
& Albertson, 2005), hibridación fluorescente in situ (FISH) (Hein et al., 2008) y la tan
esencial reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR). La Proteómica
utiliza técnicas para la separación y el análisis de mezclas complejas proteicas, como
el gel de poliacrilamida de dodecil sulfato de sodio de 2D (Vercauteren et al., 2006),
cromatografía de líquidos de alta resolución (Mitulović & Mechtler, 2006), arreglos de
proteínas, técnicas de espectrometría de masas como la desorción láser asistida por la
matriz con detección de masas por tiempo de vuelo (MALDI-TOF) (Neto et al., 2006),
entre muchas otras. La metabolómica emplea técnicas cromatográficas, como la de
gases acoplada a espectrometría de masas (GS-MS) o la de líquidos de alta resolución
(HPLC); asimismo, la resonancia magnética nuclear (NMR), la espectroscopia de infra-
rrojo cercano (Cevallos-Cevallos et al., 2009), entre otras.
Estas técnicas en la actualidad son elementales para la investigación en las ciencias
de los alimentos, ya que permiten identificar las actividades de los componentes de la
dieta tanto nutricios como no nutricios. Estos componentes interactúan con el organis-
mo a nivel sistémico, orgánico, celular y molecular, brindando la información necesaria
para caracterizar y recomendar los alimentos y nutracéuticos, así como determinar las
dosis de su consumo seguro que muestren adicionalmente beneficios en la conserva-
ción de la salud y la prevención de enfermedades.

4.1. Subproductos como fuente de compuestos bioactivos

Un subproducto agroalimentario es aquél que se obtiene como resultado del aprove-

chamiento o industrialización de un producto agrícola, es decir, un residuo de valor
no identificado de la elaboración de otro producto. En este sentido, la industria de los
alimentos debido a su gran diversidad genera una gran cantidad de productos de dese-

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cho de los procesos principales de producción tales como la industria de lácteos, jugos,
cereales, etc. Esto es sin lugar a dudas una obligación ética y gran área de oportuni-
dad, debido a que los desechos de tales industrias pueden servir como base para otros
alimentos y para el aislamiento de principios bioactivos, tales como los nutracéuticos.
El concepto de nutracéutico fue acuñado por primera vez por el médico Stephen
Defelice en 1989 y el término engloba los conceptos de nutrición y farmacéutico (Kal-
ra, 2003). De acuerdo con su definición, un nutracéutico es un alimento o parte de un
alimento que provee beneficios médicos o a la salud, incluyendo la prevención o tra-
tamiento de una enfermedad (Trottier et al., 2009). Otro concepto íntimamente relacio-
nado con los nutracéuticos es el de los alimentos funcionales, los cuales son alimentos
comunes que tienen componentes incorporados a ellos para producir algún beneficio a
la salud aunado a su valor nutricional (Kalra, 2003).
Los nutracéuticos pueden tener mecanismos de acción variados; algunos pueden
funcionar como sustrato para reacciones bioquímicas, cofactores enzimáticos, inhibi-
dores enzimáticos, eliminadores de radicales libres, mejora de la absorción de nutrien-
tes esenciales, ligandos que pueden interactuar con receptores celulares, etc. (Chauhan
et al., 2013). Es aquí donde radica la importancia de este tipo de compuestos, a pesar
de carecer de valor nutricional, promueven un buen estado de salud y reducen el riesgo
de incidencia de enfermedades crónicas no transmisibles.
Al extraer selectivamente compuestos de interés de una matriz, se requiere sortear
distintos obstáculos, tales como la polaridad y estabilidad de los compuestos extraíbles,
la pureza, toxicidad y volatilidad del solvente de extracción, así como la cantidad y
complejidad de la muestra que será sujeta a la extracción. En la actualidad existen
distintas técnicas para extraer compuestos bioactivos, las cuales incluyen los procedi-
mientos de extracción clásicos (en el cual se realiza una extracción con solventes or-
gánicos con distintas polaridades, agua o una mezcla de ambas), la extracción asistida
por ultrasonido, la extracción asistida por microondas, extracción con líquidos iónicos,
extracción acelerada con disolventes, extracción con fluidos supercríticos, extracción
en fases sólidas, extracción facilitada con enzimas, etc. (Bucar et al., 2013). La industria
alimentaria provee una gran variedad de subproductos que pueden ser aprovechados
para la obtención de bioactivos, como por ejemplo las hojas y semillas de Crataegus
pinnatifida que pueden ser ricas en fitoquímicos con alta actividad antioxidante y an-
tiinflamatoria (Huang et al., 2015), la recuperación de polifenoles de los residuos de
la industria del vino (Louli et al., 2004) con potencial uso como agentes anti-oscure-
cimiento, anti microbianos, saborizantes y colorantes (Ayala-Zavala et al., 2011), así
como para la obtención de fibra dietética y funcional a partir de subproductos (Sharma
et al., 2016), e incluso durante la fermentación alcohólica por levaduras es posible
obtener productos como terpenos bioactivos (Hock et al., 1984). Dicho lo anterior, es
posible comprender que los subproductos agroindustriales representan una fuente de
gran potencial para el aislamiento de principios activos con efectos benéficos a la salud.
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4.2. Genómica y transcriptómica

La genómica es el estudio del genoma de los seres vivos. El genoma es el total de la in-
formación genética que posee un organismo. Según el dogma central de la vida es que
la información del ADN se transcribe a ARN y este es traducido a proteínas, las cuales
son esenciales para el funcionamiento y mantenimiento de las rutas bioquímicas del
organismo. Desde el ambicioso proyecto del genoma humano fue posible dilucidar que
está compuesto por 3.2 mil millones de pares de bases (Baltimore, 2001) y que existen
aproximadamente 30,000 genes que codifican para proteínas. Este proyecto permitió la
identificación de diferentes secuencias pequeñas o polimorfismos de nucleótido simple
(SNPs) que se dan cada 1,500 pares de bases (Livingston et al., 2004), los cuales van a
contribuir a obtener diferentes respuestas a nutrientes específicos por parte de la pobla-
ción (Subbiah et al., 2007).
En nuestros días sabemos que tanto los nutrientes como los componentes bioactivos
de los alimentos, son capaces de afectar la expresión del genoma a distintos niveles
(ARNm y proteínas) y de esta manera afectar la producción de metabolitos (Müller &
Kersten, 2003). Este conocimiento ha llevado a estudiar como la dieta afecta la relación
entre las enfermedades y la salud. Así surgió el concepto de nutrigenómica, que es el
estudio científico de la forma en la cual actúan componentes bioactivos alimenticios y
genes específicos; este concepto no debe confundirse con la nutrigenética que estudia
como la variabilidad genética influye en la respuesta de un organismo a los nutrientes.
La transcriptómica se encarga del estudio del ARN mensajero (ARNm) total (transcripto-
ma) de una célula u organismo, e indica los genes que se encuentran expresados en un
momento o condiciones determinadas. Esta es la tecnología ómica que parece ser más
promisoria en los estudios nutrigenómicos debido a sus características de eficiencia
(Kato, 2008). El análisis de los patrones de cambio en la expresión del ARNm debido a
componentes bioactivos de la dieta, es un paso primordial para estudiar el flujo mole-
cular del genoma al proteoma y metaboloma (Müller & Kersten, 2003).
En años anteriores las técnicas disponibles sólo permitían el análisis individual de
genes, utilizando técnicas clásicas como Northen Blot, la cual fue reemplazada paula-
tinamente por técnicas más sensibles como la reacción en cadena de la polimerasa en
tiempo real (RT-PCR). La RT-PCR se basa en la cuantificación de un grupo fluorescente
reportero (Heid et al., 1996), el cual es proporcional a la cantidad de producto de la
reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que se haya generado.
Esta técnica mide la amplificación durante la fase exponencial de la amplificación y
por tanto requiere 1000 veces menos ADN que una PCR en punto final. La RT-PCR es,
hoy por hoy, la herramienta más usada para la expresión de uno ó un pequeño número
de genes (Giulietti et al., 2001) y los resultados de la expresión genética pueden ob-
tenerse aproximadamente en 2 a 3 h. A pesar de su utilidad ambas técnicas presentan
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una limitante importante para el estudio de la nutrigenómica, esto debido a que sólo
se puede estudiar un número muy reducido de genes a la vez, lo que no permite una
vinculación acertada entre el componente bioactivo y su efecto biológico (Gohil &
Chakraborty, 2004).
Por otra parte, el análisis masivo de genes puede proporcionar una mejor perspectiva
del efecto de los componentes bioactivos en las vías metabólicas y la homeostasis, así
como la manera en que este efecto es alterado durante algunas enfermedades crónicas
(Hu & Kong, 2004). En el presente, tenemos dos principales plataformas para la ex-
presión masiva de genes: las que se basan en la secuenciación del ADN (Morozova &
Marra, 2008) y Microarreglos de ADN. Esta última tecnología es la más común para el
análisis de los perfiles de expresión y consiste en un arreglo predefinido de múltiples
secuencias de prueba, las cuales se emplean para el arreglo de múltiples genes.
Los Microarreglos de ADN, dependen de los ADN complementarios (ADNc) amplifi-
cados por PCR (100-3000 pares de bases), de los oligonucleóticos cortos (15-25 mers)
y de los largos (50-120 mers), mismos que generan señales por fluorescencia. Esta tec-
nología resulta muy útil porque permite el análisis de los niveles de expresión, siendo
usada para la investigación de la regulación genética e interacción a nivel genoma; por
ejemplo, en comparaciones entre tejidos enfermos y sanos (Li et al., 2004), las respues-
tas de cultivos celulares a diferentes tratamientos (Buchholz et al., 2005), así como en la
exploración del efecto de subproductos de la pulpa del vino como el ácido oleanólico
y su efecto sobre la expresión de genes lipogénicos, de gluconeogénesis y citocinas pro
inflamatorias (Yunoki et al., 2008).
Indudablemente, sus principales ventajas son su alta eficiencia y la sensibilidad que
muestran en comparación a las técnicas como el Blotting. Sin embargo, se pueden
resaltar algunos problemas que se tienen con esta tecnología, las formas variables de
manejo de datos y muestras entre laboratorios, distintas plataformas de microarrays y
los tiempos de realización del experimento, producen una falta de homogeneidad que
complica la comparación entre resultados obtenidos. Para la reducción de problemas
por falta de normalización, se establecieron las guías de información mínima acerca
de los experimentos de microarrays (MIAME) para los reportes de datos (Brazma et al.,
2001).
Existen múltiples estudios en los que la tecnología de los microarrays de ADN ha
sido aplicada en las ciencias de los alimentos para probar distintos componentes bioac-
tivos de la dieta en las respuestas celulares y los perfiles del transcriptoma obtenidos
en estos experimentos permiten la identificación de sus dianas moleculares. El perfil
del transcriptoma obtenido con moléculas bioactivas permite identificar el efecto del
compuesto en algunas patologías. Por ejemplo, se han probado polifenoles como la
epigalocatequina-3-galato en células bronquiales epiteliales (Vittal et al., 2004) y célu-
las HT-29 (McLoughlin et al., 2004), antocianinas y su efecto sobre adipocitos humanos

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(Tsuda et al., 2006), terpenos como la cucurbitacina E y su actividad anticancerígena en

células malignas humanas de glioma (Hsu et al., 2014), el consumo de colesterol y los
cambios en la expresión genética en el corazón de ratas (Puskás et al., 2004), el efecto
anticancerígeno de la quercetina en células de adenocarcinoma de colon (Murtaza et
al., 2006), entre otros estudios.
Se debe tomar en cuenta que no únicamente son importantes los niveles de expresión
de ARNm, sino también la cantidad y las modificaciones postraduccionales de las pro-
teínas para determinar la actividad real del gen. Debido a que los organismos vivos son
sistemas biológicos altamente complejos, es importante apoyarse de las demás tecno-
logías ómicas, tales como la proteómica y la metabolómica para generar conocimiento
de una forma integral.

4.2.1. Proteómica

El proteoma se define como el conjunto de todas las proteínas expresadas en una cé-
lula, tejido u organismo (Theodorescu & Mischak, 2007). La proteómica se encarga del
estudio a gran escala y los cambios (p. ej. anabolismo, catabolismo y modificaciones
postraduccionales) que ocurren en el proteoma expresado a partir del genoma (Jeon et
al., 2007; Lyakhovich et al., 2007; Petricoin et al., 2002).
La proteómica nace como un complemento a la genómica cuando su potencial y
limitaciones se hicieron evidentes. La proteómica es una tecnología muy promisoria
en la investigación biológica (Marte, 2003). A pesar de que en tiempos recientes se ha
avanzado en la adquisición y procesamiento de información por la proteómica, ésta
tiene algunos problemas inherentes como lo son su vasto campo de estudio (>100,000
proteínas) y la limitación en la detección de proteínas poco abundantes. Es importante
señalar que el proteoma ofrece una promisoria fuente de biomarcadores, debido a que
es una imagen en tiempo real de los genes expresados en ese instante de tiempo y los
factores ambientales. Esto ocasiona que el proteoma sea diferente entre individuos y las
propias células, brindando información durante patologías, ya que es probable que las
proteínas sean afectadas durante la enfermedad (Rifai et al., 2006).
El flujo para hacer análisis en proteómica es la preparación de la muestra, la se-
paración de las proteínas, su cuantificación, identificación y el análisis de datos y su
interpretación. Generalmente, la extracción de proteínas puede ser difícil por sí misma,
por lo que cada técnica se concentra en un tipo particular de proteínas debido a su
complejidad química y su gran diversidad. Las técnicas de prefraccionamiento como la
separación de orgánulos utilizando diferentes densidades de ultracentrifugación pue-

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den ser útiles para la obtención de las proteínas objetivo (Ho et al., 2006). Debido a
que la popularidad de la proteómica ha ido en aumento, se han sofisticado distintos
métodos de análisis de proteínas, aquellos basados en separaciones en gel o las cuan-
titativas sin gel.
Ambas técnicas proporcionan una visión de la expresión proteica desde la identi-
ficación a la cuantificación (Szopinska & Morsomme, 2010). Ningún proteoma es lo
suficientemente simple para ser analizado directamente por técnicas de espectrometría
de masas. Esto conlleva la realización de una separación preliminar para reducir la
complejidad de la muestra.
La separación por técnicas basadas en gel incluye principalmente a la electroforesis
bidimensional en gel de poliacrilamida (2D), la cual permite identificar de 1000 a 2000
proteínas en un solo gel, esto con el fin de separar, visualizar y cuantificar proteínas en
una imagen para dar paso a otras técnicas más sensibles (Panchaud et al., 2008). Esta
separación consiste en aislar las proteínas de acuerdo con dos parámetros importan-
tes: su punto isoeléctrico (pI), usando un gradiente de pH y su peso molecular por una
combinación secuencial de isoelectroenfoque y electroforesis en gel de poliacrilamida
en gradiente por SDS (SDS-PAGE) (Vercauteren et al., 2006).
Una vez que las proteínas se encuentran separadas se obtienen los mapas de pro-
teínas utilizando distintas técnicas de tinción para visualizarlas, tales como el azul de
coomassie, el radio marcaje y la fluorescencia (Miller et al., 2006). Con ello es posible
identificar las proteínas expresadas en un momento dado, debido a que la intensidad
de cada mancha indica la expresión de una determinada proteína. Sin embargo, esta
electroforesis tiene un problema principal y es que pueden existir distintas variaciones
gel-gel y es difícil discernir entre una variación por el manejo de la muestra o por va-
riación biológica.
Para eliminar este problema se resolvió con la electroforesis diferencial en gel (DIGE),
en la cual se cargan las muestras en el mismo gel (Marouga et al., 2005) e implica el uso
con colorantes fluorescentes altamente sensibles (Cy3, Cy5 y Cy2). Después del análisis
de imagen de los geles en 2D, las manchas de proteína de interés son posteriormente
digeridas por una proteasa (tripsina) para someterla a un análisis de espectrometría de
masas (MS).
La proteómica basada en espectrometría de masas es una herramienta útil y se ha
usado para diagnóstico e identificación de marcadores de cáncer (Zhang et al., 2007).
Entre sus principales atributos están su alta sensibilidad, especificidad, velocidad y re-
solución de masas. Las herramientas más utilizadas son la desorción-ionización láser
asistida por matriz con detección de iones por tiempo de vuelo (MALDI-TOF), la ioni-
zación por electrospray (ESI-MS) y la espectrometría de masas por tiempo de vuelo me-
diante desorción-ionización por láser de superficie (SELDI-TOF-MS) y la más sensible
y con mayor poder de resolución la resonancia ciclotrónica de iones por transformada
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de Fourier (FTICR-MS) (Bogdanov & Smith, 2005). La notable potencia que muestra el
análisis proteómico por técnicas de espectrometría de masas puede inclusive incre-
mentarse si se combina con alguna técnica de separación como cromatografía de gases
(GC), cromatografía líquida (LC), electroforesis capilar (CE) o el Tándem MS/MS.
La aplicación de estas técnicas proteómicas a la investigación en compuestos bioac-
tivos presentes en alimentos y subproductos agroindustriales es muy importante, ya que
tanto tejidos como fluidos biológicos (sangre, orina, saliva) contienen proteómicas que
pueden ser útiles en cuanto a diagnósticos se refiere. El mayor reto que sigue enfrentan-
do la investigación proteómica no es la resolución (>100,000), la sensibilidad absoluta
(actualmente en el rango picomolar) o la exactitud de las masas (subpartes por millón),
sino el rango dinámico de proteínas (~1000) en sangre (Jacobs et al., 2005). Las téc-
nicas actuales de espectrometría de masas únicamente pueden trabajar en el rango
de 104, lo que provoca que la atención en el proteoma poco abundante y por lo tanto
inaccesible, se dirija hacia las proteínas que muestren mayor abundancia.
Actualmente, es posible encontrar también nuevas tecnologías como los arrays
de proteínas, los cuales están compuestos de anticuerpos inmovilizados o de proteí-
nas recombinantes en una superficie de alta densidad. Existen dos principales clases
de arreglos para proteína: los analíticos y los funcionales, siendo los microarreglos de
anticuerpo los más comunes (Wingren & Borrebaeck, 2007). Estos pueden fabricarse
con un gran número de anticuerpos específicos y son capaces de proveer los perfiles de
proteínas inclusive de las poco abundantes en mezclas muy complejas. Los microarre-
glos permiten generar un mapa proteómico para así dilucidar el proteoma, al facilitar
también la realización del análisis estadístico de los resultados obtenidos.
Hoy en día es posible encontrar múltiples estudios donde se aplica la proteómica
en las ciencias de los alimentos, lo que ha dado lugar a la identificación de nuevas
proteínas y que se consideren tanto a los alimentos como a los compuestos bioactivos
contenidos en ellos como agentes profilácticos. En 2010, se aisló mediante cromatogra-
fía de intercambio iónico y se identificó un pentapéptido en salvado de arroz mediante
MALDI-TOF-MS; se encontró que éste poseía actividades antiproliferativas contra cé-
lulas de cáncer intestinal (Caco-2), hepático (HepG2), de mama (MCF-7) y de pulmón
(A-549) (Kannana et al., 2010).
Se han encontrado biomarcadores para deficiencias de vitamina A en plasma me-
diante SELDI-TOF-MS (Linke et al., 2004); se ha demostrado la actividad anticanceríge-
na del estilbeno resveratrol en células de hígado, haciendo uso de 2DE y MALDI-TOF
(Choi et al., 2009); se han detectado cinco péptidos alérgenos de cacahuates procesa-
dos mediante LC con nano-ESI-Q-TOF-MS/MS (Chassaigne et al., 2007); se ha analiza-
do el patrón de expresión proteica y su patrón de fosforilación inducido por colesterol,
mediante el uso de los arrays de proteína (Puskas et al., 2006); se han utilizado arreglos
para el conocimiento del patrón pro-inflamatorio ocasionado por dieta (Fenton et al.,

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 Capítulo4

2009). Todo el conjunto de técnicas y avances proteómicos son promisorios para la

investigación actual y futura en las ciencias de los alimentos.

4.2.2. Metabolómica

La metabolómica es la tecnología ómica más reciente, uniéndose a la genómica, trans-

criptómica y proteómica, es útil para el entendimiento de los sistemas biológicos (Sch-
midt, 2004) y se encarga del estudio del metaboloma. El metaboloma es todo el con-
junto de metabolitos, compuestos de bajo peso molecular (<1000 Da) tanto endógenos
como exógenos que están presentes en un sistema biológico (célula, tejido u organis-
mo) (Trujillo et al., 2006); los compuestos más comunes son los aminoácidos, carbohi-
dratos, lípidos y vitaminas. La metabolómica debe su importancia a que los metabolitos
son los productos finales de la expresión genética, ya que cambios en la presencia de
algún metabolito puede dar una estimación más exacta de la bioquímica de un sistema
biológico que la transcriptómica o la proteómica (Rimbach et al., 2008).
El objetivo de la metabolómica dentro del campo de la ciencia de los alimentos es
investigar las alteraciones metabólicas producidas por efecto de los nutrientes o com-
puestos bioactivos en las distintas rutas metabólicas. La metabolómica es de gran im-
portancia no sólo por la información que genera sobre los sucesos moleculares que
ocurren en la nutrición, sino también por la identificación de biomarcadores que son
compuestos que cuando muestran una presencia prominente son indicativos de una
perturbación metabólica en un organismo. Los biomarcadores son distintivos del estado
de salud (Kussmann et al., 2008), por ejemplo, en patologías como la diabetes (Wei et
al., 2012) y en el cáncer (Ikeda et al., 2012).
El análisis metabolómico está conformado por una serie de pasos que incluyen la
preparación de la muestra, la extracción de metabolitos, derivatización, separación, de-
tección y el análisis de datos; lo anterior no quiere decir que todos los pasos sean nece-
sarios, los únicos pasos indispensables que son reportados en los estudios metabólicos
son la detección y el análisis de datos. Para saber qué pasos son necesarios depende del
tipo de estudio a realizar (p. ej., dirigido vs no dirigido), naturaleza de la muestra (p. ej.,
liquido vs sólido), método de separación (p. ej., LC vs GC) y la forma de detección (p.
ej., MS vs NMR) (Brown et al., 2005; Dunn & Ellis, 2005).
La resonancia magnética nuclear es una técnica cuantitativa, no destructiva, rápida
(2-3 min/muestra en resonancia de protones), no requiere necesariamente de separacio-
nes, es una tecnología robusta y madura capaz de analizar todas las clases orgánicas,
permite la identificación de compuestos nuevos y es de muy buen rendimiento. Es usa-

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da como herramienta primaria para las investigaciones metabolómicas estructurales,

debido a que permite realizar análisis metabólicos en extractos crudos, suspensiones
celulares, tejidos u organismos.
Sin embargo, su sensibilidad es relativamente moderada (aproximadamente 1 nmol)
en comparación con los métodos basados en espectrometría de masas, los equipos son
muy costosos, no puede determinar sales inorgánicas o iones inorgánicos y requiere
una abundante cantidad de muestra (0.5 mL). Por su parte, la espectrometría de masas,
es una herramienta muy sensible que es usada para la identificación, caracterización y
cuantificación de varios compuestos en muestras biológicas en concentraciones varia-
bles (Fiehn, 2002; Shellie et al., 2005). La cromatografía líquida acoplada a espectro-
metría de masas (LC-MS) es una tecnología muy flexible, que requiere de poca muestra
y puede usarse para visualización metabólica (MALDI); además es de inyección directa
(sin separación) y puede detectar una amplia porción del metaboloma. La LC-MS, sin
embargo, tiene algunas desventajas como es, que la muestra no es recuperable, no es
muy cuantitativa, la instrumentación es costosa y lenta (20-30 min/muestra), además
de pobre resolución y reproducibilidad comparada con la cromatografía de gases (GC).
Con esta tecnología la identificación de compuestos nuevos sin estándares de referen-
cia es difícil y las bases de datos aún son limitadas. La cromatografía de gases acoplada
a espectrometría de masas (GC-MS) es insuperable en eficiencia, es relativamente ba-
rata, con excelente reproducibilidad de separación, cuantitativa (con curvas de calibra-
ción), requiere de poca cantidad de muestra, tiene buena sensibilidad, detecta la mayor
parte de las moléculas orgánicas e inorgánicas y están disponibles bases de datos co-
merciales para la identificación metabólica. La GC tiene algunas desventajas como que
requiere derivatización de las muestras no volátiles, lo que consecuentemente limita el
análisis, ya que moléculas muy grandes no pueden volatilizarse o detectarse, la muestra
no es recuperable, requiere separación, es un proceso de separación lento (20-30 min/
muestra) y la identificación de compuestos nuevos es complicada (Kaddurah-Daouk et
al., 2008; Wisharta, 2008).
Recientemente se han realizado numerosos estudios aplicando las técnicas meta-
bolómicas para el estudio en las ciencias de los alimentos de modelos in vivo, espe-
cialmente en humanos. Es importante destacar que los estudios en humanos son muy
complicados debido a la alta variabilidad que pueden presentar, dados los aspectos de
edad, el género, medicamentos y el estilo de vida que pueden impactar sobre el estudio
metabólico. Se han realizado estudios por NMR para ver la viabilidad de la realización
de estudios metabolómicos en sangre y orina, sin embargo, se ha reportado gran varia-
bilidad entre los sujetos de estudio (Lenz et al., 2003).
En un intento por estandarizar dietas para la evaluación de perfiles metabólicos en
sujetos sanos se ha encontrado alta variabilidad entre fluidos analizados (orina, saliva y
plasma) y entre individuos (Walsh et al., 2006); en este sentido, otro estudio con dieta
estándar encontró una reducción en la variabilidad en orina, no así en plasma y saliva
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 Capítulo4

(Rezzi et al., 2007). Otros autores se han centrado en la importancia que tiene la dieta
en la regulación de la microbiota intestinal (Jacobs et al., 2008), en la identificación de
metabolitos en plasma mediante HPLC (Juan et al., 2010), en el papel de la microbiota
en la fermentación de polifenoles y en el perfil metabólico de sus productos por GC-MS
(Grün et al., 2008), en el acoplamiento de técnicas como CE/LC-MS para la observación
del efecto antiproliferativo de polifenoles en células de cáncer HT-29 (Ibáñez et al.,
2012), entre múltiples estudios encontrados en la literatura.
Con ello es inevitable percibir que la metabolómica es una ciencia que permite y per-
mitirá en el futuro aumentar el conocimiento acerca de los efectos de los componentes
dietarios y su impacto en la salud de las personas.

Conclusión

El avance en las tecnologías ómicas en las ciencias de los alimentos, tiene como objeti-
vo principal ayudar en la comprensión de cómo los componentes bioactivos presentes
en los alimentos y sus subproductos ayudan a la prevención y mejora del estado de
salud al interferir con el desarrollo de enfermedades como el cáncer, las enfermedades
cardiovasculares, entre otras.
Estas tecnologías permitirán tener un mejor conocimiento de la relación entre la
nutrición y la enfermedad, y con ello será posible realizar recomendaciones persona-
lizadas de nutrición como tratamientos preventivos, siempre apoyándose en las he-
rramientas como la transcriptómica, proteómica y metabolómica para tener un mejor
entendimiento de la función celular, de tejidos y organismos, lo cual es un punto de
partida para el entendimiento de los complejos sistemas biológicos y su importancia
en la naturaleza. Por otro lado, gracias al aprovechamiento de los subproductos agroin-
dustriales es posible obtener compuestos de interés, que vienen a darle valor agregado
a materiales que son considerados como un desecho, con lo cual no sólo se puede
reducir el volumen generado sino también, obtener nutracéuticos con reconocidas ac-
tividades biológicas.

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