UNIVERSIDAD DE CARTAGENA

FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES

PROGRAMA DE BIOLOGIA

GENETICA

ANALISIS DE SECUENCIA DE ADN EN BASES DE DATOS

Rodriguez-padilla zuleima 1, Palomino hernandez jungleys 1

1
Programa de Biología, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de
Cartagena, Colombia.

RESUMEN
Las bases de datos son una gran herramienta ya que nos permiten adquirir y organizar
grandes cantidades de datos, este laboratorio se realizó con el fin de adquiere el
conocimiento y manejo de bases de datos que nos brindan información de secuencias de
ADN, secuencias homologas entre otras, realizando la búsqueda del gen APOE en Homo
sapiens y Pan troglodytes con el fin de comprar sus secuencias de ADN.
Palabras clave: APOE, bases de datos, gen, secuencia de ADN, búsqueda.
ABSTRACT
Databases are a great tool because they allow us to acquire and organize large amounts of
data, this laboratory was conducted in order to acquire the knowledge and management of
databases that provide us with information of DNA sequences, homologous sequences
among others, performing the search of the APOE gene in Homo sapiens and Pan
troglodytes in order to buy their DNA sequences.
key words: APOE, databases, gene, DNA sequence, search.

INTRODUCCION
La apoliproteina E (APOE) es una
proteína de 299 aminoácidos, principal
componente de las apoproteinas en los
quilomicrones, tiene afinidad por un
receptor específico que encuentra en los
hepatocitos, codificada por un gen el el
cromosoma 19. El gen APOE es
polimorfico, con tres alelos que se
traducen en isoformas de la proteína
conocidos como E2, E3, y E4, E3 normal
y E2 y E4 disfuncional, estos se heredan
de manera codominante. Cada uno de los
pares aporta un alelo lo cual da como
resultado la obtención de tres genotipos
homocigotos y tres heterocigotos.
(Arango j et al 2013).
En la actualidad las bases de datos son
una herramienta de mucha utilidad ya que
nos brindan información de mucha
importancia como datos que nos muestran
secuencias de ADN y ARN idénticas,
secuencias homologas, ubicación
cromosómica, función, rutas de
interacción de genes, mecanismos de
expresión y evolución.
Este gen se estudio con el fin de estudiar
la enfermedad de Alzheimer en la especie
de Homo sapiens y Pan troglodytes y
realizar la comparación de sus secuencias
MATERIALES Y METODOS
Con la ayuda de un computador se realizó
la búsqueda primeramente en la base
datos de GENBACK de las especies
Homo sapiens y Pan troglodytes,
posterior a esto se ingresó a la base de
datos de BLAST para la comparación de
secuencias de ADN de dichas especies.
RESULTADOS
APOE apolipoprotein E [ Homo
sapiens (human) ]
Posición del cromosoma: 19q13.32
Número de exones: 6
Tipo de gen: codificador de proteínas
FIGURA1. Segmento del cromosoma
19q13.32, con solapamiento completo
BUSQUEDA DE SECUENCIA DE
ADN EN BASE DE DATOS
GENBANK
NC_000019.10:44905796-44909393
Homo sapiens chromosome 19,
GRCh38.p13 Primary Assembly
CTACTCAGCCCCAGCGGAGGTGAA
GGACGTCCTTCCCCAGGAGCCGGT
GAGAAGCGCAGTCGGGGGCACG
GGGATGAGCTCAGGGGCCTCTAGA
AAGAGCTGGGACCCTGGGAACCCC
TGGCCTCCAGGTAGTCTCAGGA
GAGCTACTCGGGGTCGGGCTTGGG
GAGAGGAGGAGCGGGGGTGAGGC
AAGCAGCAGGGGACTGGACCTGG
GAAGGGCTGGGCAGCAGAGACGA
CCCGACCCGCTAGAAGGTGGGGTG
GGGAGAGCAGCTGGACTGGGATG
TAAGCCATAGCAGGACTCCACGAG
TTGTCACTATCATTTATCGAGCACC
TACTGGGTGTCCCCAGTGTCC
TCAGATCTCCATAACTGGGGAGCC
AGGGGCAGCGACACGGTAGCTAGC
CGTCGATTGGAGAACTTTAAAA
TGAGGACTGAATTAGCTCATAAAT
GGAACACGGCGCTTAACTGTGAGG
TTGGAGCTTAGAATGTGAAGGG
AGAATGAGGAATGCGAGACTGGGA
CTGAGATGGAACCGGCGGTGGGGA
GGGGGTGGGGGGATGGAATTTG
AACCCCGGGAGAGGAAGATGGAAT
TTTCTATGGAGGCCGACCTGGGGA
TGGGGAGATAAGAGAAGACCAG
GAGGGAGTTAAATAGGGAATGGGT
TGGGGGCGGCTTGGTAAATGTGCT
GGGATTAGGCTGTTGCAGATAA
TGCAACAAGGCTTGGAAGGCTAAC
CTGGGGTGAGGCCGGGTTGGGGCC
GGGCTGGGGGTGGGAGGAGTCC
TCACTGGCGGTTGATTGACAGTTTC GGGCAACATAGTGAGACCCTGTCT
TCCTTCCCCAGACTGGCCAATCACA CTACTAAAAATACAAAAATTAGCC
GGCAGGAAGATGAAGGTTCT AGGCATGGTGCCACACACCTGT
GTGGGCTGCGTTGCTGGTCACATTC GCTCTCAGCTACTCAGGAGGCTGA
CTGGCAGGTATGGGGGCGGGGCTT GGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAG
GCTCGGTTCCCCCCGCTCCTC AAGGTCAAGGTTGCAGTGAACC
CCCCTCTCATCCTCACCTCAACCTC ATGTTCAGGCCGCTGCACTCCAGC
CTGGCCCCATTCAGGCAGACCCTG CTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGT
GGCCCCCTCTTCTGAGGCTTC TTATAAATACATAATGCTTTCC
TGTGCTGCTTCCTGGCTCTGAACAG AAGTGATTAAACCGACTCCCCCCT
CGATTTGACGCTCTCTGGGCCTCGG CACCCTGCCCACCATGGCTCCAAA
TTTCCCCCATCCTTGAGATA GAAGCATTTGTGGAGCACCTTC
GGAGTTAGAAGTTGTTTTGTTGTTG TGTGTGCCCCTAGGTACTAGATGCC
TTGTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTT TGGACGGGGTCAGAAGGACCCTGA
TTGAGATGAAGTCTCGCTC CCCACCTTGAACTTGTTCCAC
TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG ACAGGATGCCAGGCCAAGGTGGAG
GCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGC CAAGCGGTGGAGACAGAGCCGGA
TCCGCCTCCCAGGTCCACGCCA GCCCGAGCTGCGCCAGCAGACCG
TTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTA AGTGGCAGAGCGGCCAGCGCTGGG
GCTGGGACTACAGGCACATGCCAC AACTGGCACTGGGTCGCTTTTGGG
CACACCCGACTAACTTTTTTG ATTACCTGCGCTGGGTGCAGAC
TATTTTCAGTAGAGACGGGGTTTCA ACTGTCTGAGCAGGTGCAGGAGGA
CCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGA GCTGCTCAGCTCCCAGGTCACCCA
ACTCCTGACCTCAGGTGATCT GGAACTGAGGTGAGTGTCCCCA
GCCCGTTTCGATCTCCCAAAGTGCT TCCTGGCCCTTGACCCTCCTGGTGG
GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGC GCGGCTATACCTCCCCAGGTCCAG
ACCTGGCTGGGAGTTAGAGGT GTTTCATTCTGCCCCTGTCGC
TTCTAATGCATTGCAGGCAGATAG TAAGTCTTGGGGGGCCTGGGTCTCT
TGAATACCAGACACGGGGCAGCTG GCTGGTTCTAGCTTCCTCTTCCCAT
TGATCTTTATTCTCCATCACCC TTCTGACTCCTGGCTTTAGC
CCACACAGCCCTGCCTGGGGCACA TCTCTGGAATTCTCTCTCTCAGCTT
CAAGGACACTCAATACATGCTTTTC TGTCTCTCTCTCTTCCCTTCTGACTC
CGCTGGGCGCGGTGGCTCACC AGTCTCTCACACTCGTCCT
CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG GGCTCTGTCTCTGTCCTTCCCTAGC
GCCAAGGTGGGAGGATCACTTGAG TCTTTTATATAGAGACAGAGAGAT
CCCAGGAGTTCAACACCAGCCT GGGGTCTCACTGTGTTGCCCA
GGCTGGTCTTGAACTTCTGGGCTCA CAGGCCCAGCAGATACGCCTGCAG
AGCGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCC GCCGAGGCCTTCCAGGCCCGCCTC
AAAGTGCTGGGATTAGAGGC AAGAGCTGGTTCGAGCCCCTGG
ATGAGCCACCTTGCCCGGCCTCCTA TGGAAGACATGCAGCGCCAGTGGG
GCTCCTTCTTCGTCTCTGCCTCTGC CCGGGCTGGTGGAGAAGGTGCAGG
CCTCTGCATCTGCTCTCTGC CTGCCGTGGGCACCAGCGCCGC
ATCTGTCTCTGTCTCCTTCTCTCGG CCCTGTGCCCAGCGACAATCACTG
CCTCTGCCCCGTTCCTTCTCTCCCT AACGCCGAAGCCTGCAGCCATGCG
CTTGGGTCTCTCTGGCTCAT ACCCCACGCCACCCCGTGCCTC
CCCCATCTCGCCCGCCCCATCCCAG CTGCCTCCGCGCAGCCTGCAGCGG
CCCTTCTCCCCGCCTCCCACTGTGC GAGACCCTGTCCCCGCCCCAGCCG
GACACCCTCCCGCCCTCTCG TCCTCCTGGGGTGGACCCTAGT
GCCGCAGGGCGCTGATGGACGAGA TTAATAAAGATTCACCAAGTTTCAC
CCATGAAGGAGTTGAAGGCCTACA GCA.
AATCGGAACTGGAGGAACAACT
APOE apolipoproteína E [ Pan
GACCCCGGTGGCGGAGGAGACGCG troglodytes (chimpancé)]
GGCACGGCTGTCCAAGGAGCTGCA
Posición del cromosoma: 19
GGCGGCGCAGGCCCGGCTGGGC
Número de exones: 4
GCGGACATGGAGGACGTGTGCGGC
CGCCTGGTGCAGTACCGCGGCGAG Tipo de gen: codificador de proteínas
GTGCAGGCCATGCTCGGCCAGA
GCACCGAGGAGCTGCGGGTGCGCC
TCGCCTCCCACCTGCGCAAGCTGC
GTAAGCGGCTCCTCCGCGATGC
CGATGACCTGCAGAAGCGCCTGGC
AGTGTACCAGGCCGGGGCCCGCGA
GGGCGCCGAGCGCGGCCTCAGC
FIGURA 2. Segmento del cromosoma
GCCATCCGCGAGCGCCTGGGGCCC 19, con solapamiento completo
CTGGTGGAACAGGGCCGCGTGCGG
GCCGCCACTGTGGGCTCCCTGG BUSQUEDA DE SECUENCIA DE
ADN EN BASE DE DATOS
CCGGCCAGCCGCTACAGGAGCGGG GENBANK
CCCAGGCCTGGGGCGAGCGGCTGC
GCGCGCGGATGGAGGAGATGGG NC_036898.1:42847981-42851477 Pan
troglodytes isolate Yerkes chimp pedigree
CAGCCGGACCCGCGACCGCCTGGA #C0471 (Clint) chromosome 19,
CGAGGTGAAGGAGCAGGTGGCGG Clint_PTRv2, whole genome shotgun
AGGTGCGCGCCAAGCTGGAGGAG sequence
CAGCGGAGGTGAAGGACGTCCTTC GGCTGCGTTGCTGGTCACATTCCTG
CCCAGGAGCCGGTGAGAAGCGCAG GCAGGTATGGGGGCGGGGCTTGCT
TCGGGGGCACGGGGATGAGCTC CGGTTCCCCCCGCTCCTCCCC
AGGGGCCTCTAGAAAGATGTAGCT CTCTCATCCTCACCTCAACCTCCTG
GGGACCTTGGGAAGCCCTGGCCTC GCCCCATTCAGGCAGACCCTGGGC
CAGGTAGTCTCAGGAGAGCTAC CCCCTCTTCTTCTGCTGGTCT
TCGGGGTCGGGCTTGGGGAGAGGA GTCTTCCCCTTGAGAGGAAGGCCC
GGAGCGGGGGTGAGGCAAGCAGC AGGTCTGAGGCTTCTGTGCTGCTTC
AGGGGACTGGACCTGGGAAGGGC CTGGCTCTGAACAGCGATTTG
TGGGCAGCAGAGACGACCCGACCC ACGCTCTCTGGGCCTCGGTTTCCCC
GCTAGAAGGTGGGGTGGGGAGAGC CATCCTTGAGACAGGAGTTAGAAG
AGCTGGACTGGGATCTAAGCCA TTGTTTTGTTGTTGTTGTTTG
TAGCAGGACTCCACGAGTTGTCAC TTGTTGTTTTGTTTTTTTGAGATGA
TATCATTTATCGAGCACCTACTGGG AGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGG
TGTCCCCAGTGTCCTCAGATC AGTGCAGTGGCTCCCAGGCT
TCCATAACTGGGGAGCCAGGGGCA GGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGC
GCGACACGGTAGCTAGCCGTCGAT TCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGT
TGGAGAACTTTAAAATGAGGAC CCACGCCATTCTCCTGCCTCA
TGAATTAGCTCATAAATGGAACAC GCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACA
GGCGCTTAAATGTGAGGTTGGAGC GGCACATGCCACCACACCCGACTA
TTAGAATGTGAAGGGAGAATGA ACTTTTTTGTATTTTTAGTAGA
GGAATGCGAGACTGGGACTGAGAT GACGGGGTTTCACCATGTTGGCCA
GGAACCGGCGGTGGGGAGGGGGT GGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTC
GGGGGGATGGAATTTGAACCCCG AGGTGATCTGCCCGTTTCGATC
GGAGAGGAAGATGGAATTTTCTAT TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC
GGAGGCCGACCTCGGGATGGGGAG GTGAGCCACCGCGCCTGGCTGGGA
ATAAGAGAAGACCAGGAGGGAG GTTAGAGGTTTCTAATGCATTG
TTAAATAGGGAATGGGTTGGGGGC CAGGCAGGTAGTGAATACCAGACA
GGCTTGGTAAATGTTTGTGCTGGG CGGGGCAGCTGTGATCTTTATTCTC
ATTAGGCTGTTGCAGATAATGG CATCACCCCACACAGCCCTGC
AACAAGGCTTGGAAGGCTAACCTG CTGGGGCACACAAGGACACTCAAT
GGGTGAGGCCGGGTTGGGGCCGGG ACATGCTTTTCCGCTGGGCGCGGTG
CTGGGGGTGGGAGGAGTCCTCA GCTCACCCCTGTAATCCCAGC
CTGGCGGTTGATTGACAGTTTCTCC ACTTCGGGAGGCCAAGGTGGGAGG
CTCCCCAGACTGGCCAATCACAGG ATCACTTGAGCCCAGGAGTTCAAC
CAGGAAGATGAAGGTTCTGTG ACCAGCCTGGGCAACATAGTGA
GACCCTGTCTCTACTAAAAATACA CTGGGCTCAAGCGATCCTCCCGCCT
AAAATTAGCCAGGCATGGTGCCAC CGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA
ACACCTGTGGTCTCAGCTACTC GAGGCATGAGCCACCTTGCCC
AGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCG GGCCTCCTAGCTCCTTCTTCGTCTC
CTTGAGCCCAGAAGGTCAAGGTTG TGCCTCTGCTCTCTGCATCTGTCTC
CAGTGAACTATGTTCAGGCCGCT TGTCTCCTTCTCTCGGCCTC
GCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGC TGCCCCGTTCCTTCTCTCCCTCTTG
AAGACCCTGTCTATAAATACATAA GGTCTCTCTGGCTCATCCCCATCTC
CGCTTGTCAAGTGATTAAACCG GCCCGCCCCCATCCCAGCCC
ACTCCCCCCTCACCCTGCCCACCAT TTCTCCCCGCCTCCCACTGTGCGAC
GGCTCCAAAGAAGCATTTGTGGAG ACCCTGCCGCCCTCTCGGCCGCAG
CACCTTCTGTGTGCCCCTAGG GGCGCTGATGGACGAGACCAT
TACTAGATGCCTGGACGGGGTCAG GAAGGAGTTGAAGGCCTACAAATC
AAGGACCCTGACCCACCTTGAACT GGAACTGGAGGAACAACTGACCCC
TGTTCCACACAGGATGCCAGGC GGTGGCGGAGGAGACGCGGGCC
CAAGGTGGAGCAAGTGGTGGAGAC CGGCTGTCCAAGGAGCTGCAGGCG
AGAGCCGGAGCCCGAGCTGCACCA GCGCAGGCCCGGCTGGGCGCGGAC
GCAGGCCGAGTGGCAGAGCGGC ATGGAGGACGTGCGCGGCCGCC
CAGCGCTGGGAACTGGCGCTGGGT TGGTGCAGTACCGCGGCGAGGTGC
CACTTTTGGGATTACCTGCGCTGGG AGGCCATGCTCGGCCAGAGCACCG
TGCAGACACTGTCTGAGCAGG AGGAGCTGCGGGCGCGCCTCGC
TGCAGGAGGAGCTGCTCAGCTCCC CTCCCACCTGCGCAAGCTGCGCAA
AGGTCACCCAGGAACTGACGTGAG GCGGCTGCTCCGCGATGCCGATGA
TGTCCCCATCCTGGCCCTTGAC CCTGCAGAAGCGCCTGGCAGTG
CCTCCTGGTGGGCGGCTATACCTCC TACCAGGCCGGGGCCCGCGAGGGC
CCAGGTCCAGGTTTCATTCTGCCCC GCCGAGCGCGGCGTCAGCGCCATC
TGTCGCTAAGTCTTGGGGGG CGCGAGCGCCTGGGGCCCCTGG
CCTGGGTCTCTGCTGGTTCTAGCTT TGGAACAGGGCCGCGTGCGGGCCG
CCTCTTCCCATTTCTGACTCCTGGC CCACTGTGGGCTCCCTGGCCGGCC
TTTAGCTCTCTGGAATTCTC AGCCGCTGCAGGAGCGGGCCCA
TCTCAGCTTTGTCTCTCCCTCTTCCC GGCCTGGGGCGAGCGGCTGCGCGC
TTCTGACTCAGTCTCTCACACTCGT GCGGATGGAGGAGATGGGCAGCCG
CCTGGCTCTGTCTCTGTCC GACCCGCGACCGCCTGGACGAG
TTCCCTAGCTCTTTTATATAGAGAC GTGAAGGAGCAGGTGGCGGAGGTG
AGAGAGATGGGGTCTCACTGTGTT CGCGCCAAGCTGGAGGAGCAGGCC
GCCCAGGCTGGTCTTGAACTT CAGCAGATACGCCTGCAGGCCG
AGGCCTTCCAGGCCCGCCTCAAGA GCTGGTGGAGAAGGTGCAGGCTGC
GCTGGTTCGAGCCCCTGGTGGAAG CATGGGCACCAGCGCCGCCCCTGT
ACATGCAGCGCCAGTGGGCCGG GCCCAGCGACAATCACTGA.
COMPARACIÓN DE SECUENCIAS DE ADN EN BASES DE DATOS BLAST
Porcentaje de identidad: 97,21%
En la comparación de secuencias de ADN
con la base de datos BLAST, en esta
podemos entonces sustituciones de
transversion y transición, también
podemos observar en letras grises y
minúsculas dónde la señal del estudio no
es muy clara pero la base de datos supone
que esa es la secuencia de nucleótidos que
sigue, por otro lado, también tenemos
varias deleciones, toda esta información
obtenida gracias a la secuencia que nos
brinda la base de datos.
Revisión de las primeras 14 filas.
Sustitución en las filas:
Fila 2, 6, 8, 11,14 (transición)
Fila 13(transición y transversion)
Señal no encontrada: filas 2,3
Delesion: fila 3
Inserción: fila 9
DISCUSION
Las cadenas de DNA y RNA en el cuerpo
humano tienen usa secuencia de unión en
los pares de bases que poseen. Estas bases
de datos vienen pareadas por un patrón de
unión entre la adenina (A) se une a la
timina (T) y la citosina (C) se une a la
guanina (G) dado para el DNA.
En los procesos de replicación se dan
sustituciones de bases, proceso en el que
un aminoácido sustituye a una de las
bases que van en la secuencia
nucleotídica. En la actualidad por medio
de la genética y la biología molecular los
cambios proteicos en secuencias son
estudiados ya pueden cambiar de manera
global la expresión génica indicada para
un individuo.
CONCLUSION
Finalmente podemos decir que las bases
de datos son de gran importancia por la
información que nos brindan ya que con
esta podemos realizar comparaciones de
ADN con distintas especies y observarlos
los factores que estas secuencias nos
muestran al realizar dicha comparación.
La presencia del alelo apoE epsilon4
conlleva un mayor riesgo de desarrollo de
EA. La ApoE también puede desempeñar
un papel importante en la transformación
de placas difusas no neuríticas en placas
neuríticas difusas.
REFERENCIAS
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N, Palacio C, Arbeláez Me, Berrío G,
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