Análisis del gen 16S rRNA

Luisa Mangones, Luisa Parra , Lucia Avila , Ian Pacheco, Luis Macea, Gerlyn Reyes,
Luis Luna.
Basic Science Department,
Technology of Bolívar University
24/09/2019
RESUMEN
El gen 16S rRNA se encuentra presente en todas las bacterias el cotejo de este, permite
establecer las relaciones filogenéticas existentes entre los organismos procariotas. También
la presencia de este en animales está dada por las relaciones simbióticas, donde interactúan
animales y bacterias.
Palabras claves: Bacteria, gen, secuencia, rRNA.

ABSTRACT
The 16S rRNA gene is present in all bacteria the matching of this, allows to establish the
phylogenetic relationships existing between prokaryotic organisms. Also the presence of
this in animals is given pr symbiotic relationships, where animals and bacteria interact.
Keywords: Bacteria, gene, sequence, rRNA

1. INTRODUCCIÓN Por otro lado, en los océanos, que son el

El rrna ribosomal 16s (o 16s rrna) es un
componente de la subunidad pequeña 30s
de los ribosomas procariotas[1]. A los
genes que la codifican se les llama 16s
rRna y se utilizan para reconstruir
filogenias, también se puede decir que la
conservación universal de algunas
regiones permite el diseño de pares de
primeras capaces de amplificar regiones
específicas de prácticamente todos los
genes 16S bacterianos. La especificidad
del gen 16S en algunas regiones variables
hace posible la identificación de las
bacterias a un nivel taxonómico
suficientemente informativo[2]
sistema ecológico más grande del mundo,
habitan aproximadamente 3.6 × 1028
microorganismos a una densidad
promedio de 5 × 105 células mL–1[3].
Además de abundantes, las comunidades
microbianas marinas son altamente
diversas debido a que los
microorganismos se originaron en un
mismo ambiente y han evolucionado
adaptaciones fisiológicas exitosas
Las importancias de los microorganismos
participan en procesos ecológicos que
permiten el funcionamiento de los
ecosistemas, y biotecnológicos que son
esenciales para la industria farmacéutica,
alimenticia y médica. Ellos son los
principales responsables de la
descomposición de la materia orgánica y
del ciclage de los nutrientes (carbono,
nitrógeno, fósforo, azufre, etc.). Por
ultimo hay que decir que los
microorganismos son utilizados por la
comunidad científica para aumentar el
conocimiento sobre múltiples procesos
biológicos, entre los que se pueden citar
algunos:
Estudios sobre la estructura y
composición del ADN y ARN la forma de
replicación del ADN, y la trascripción y
la traducción del ARN
Estudios acerca la evolución mediante la
comparación de ADN y ARN de distintos
organismos
2. METODOLOGIA.
En este experimento tenemos como
herramienta fundamental una base de
datos llamada “NCBI” la cual nos permite
realizar cada una de las investigaciones
que necesitamos para reconocer, entender
y diagnosticar cada una de las variables
que nos piden en nuestro estudio,
teniendo una guía especializada y
descriptiva para podernos guiar e ir paso a
paso en búsqueda de cada uno de los
puntos especificados.
Nuestra palabra clave es “Análisis genes
16S rRNA”. Toda nuestra investigación
está basada en genes de diferentes
dominios, ya sea, animal, protista, fungí,
etc.
Cabe resaltar que nuestra investigación se
nos ha hecho un poco ardua y compleja
ya que para nosotros los estudiantes la
página es totalmente nueva y no tenemos
mucho manejo sobre ella.
3. RESULTADOS
Iniciando nuestra investigación en la
“database nucleótidos” encontramos
38.354.469 secuencias. Entre ellas
36.831.492 son bacterias y 428.001
animales.
Luego seguimos nuestro estudio pero
ahora nos estuvimos basando en las
mitocondrias y los cloroplastos donde
pudimos hallar que existen 409.943
secuencias de mitocondrias y 14.200
secuencias de cloroplastos.
A continuación les presentaremos dos
secuencias de bacterias encontradas en el
estudio.
Caloramator quimbayensis 16S rRNA
----( Bp 1, 517).
>NR_109502.1 Caloramator
quimbayensis strain USBA A 16S
ribosomal RNA, partial sequence
CGGAGGGCGCTGCTTACCATGCAGTCGAGCGGA
GGGGAAATTAATGCTGATTGCTTATTGGTGAGA
GCTTAAATTAAGTTAGTCTGCGTCAAGACCGCG
TAAGCAGGCTTCACGCTATATAATAATAACACA
AAAGCTGAGCATTGAGTGTTAAGGGCTGCCTTA
GCGGCGGACGGTTGAGTAACACGTGGGTAACCT
GCCTCATGGAGGGGGATAACACTAAGAAATTGG
TGCTAATACCGCATAAAACCGCAGGGTCACATG
ACCTAACGGTCAAAGATTTATCAGAATGAGATG
GGCCCGCGGCCCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAA
CGGCTCACGGGGCGACGATGGGTAGCCGACCTG
AGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACAC
TGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGA
ATATTGCACCATGGGGGAAACCCTGATGCAGCA
ACGCCGCGTGAGCGAAGAAGGCCTTCGGGTTGT
AAAGCTCTGTCTTCCCTGACGATAATGACGGTA
AGGGAGGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA
GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTG
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGC
GGTTTTTTAAGTGGGATGTGAAATCCATGGGCT
TAACCCATGAATTGCATTCCAAACTGGAAAGCT
TGAGTGCAGGAGAGGAAAGCGGAATTCCCAGTG
TAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACA
CCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGACTGTAACT
GACGCTGAGCCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAAC
GATGGGTACTAGGTGTAGGGGGCGTAGCCCTCT
GTGCCGCAGTTAACACATTAAGTACCCCGCCTG
GGAAGTACGATCGCAAGATTAAAACTCAAAGGA
ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATG
TGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC
CAGGGCTTGACATCCTACTAATCCTGTAGAGAT
ACGGGAGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGACAGG
TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAG
ATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCC
CTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACT
CTAAAGGGACTGCTAGGGTTAACCTAGAGGAAG
GTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTAT
GCCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGT
ACAAAGAGCAGCGAGGCCGCGAGGCGGAGCAAA
TCTTAAAAACCGGTCCCAGTTCAGATTGTAGGC
TGCAACTCGCCTACATGAAGCCGGAGTTGCTAG
TAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATGCGT
TCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA
TGAGAGTCTGCAACACCCGAAGTCAGTGGGCTA
ACGCGAAAGCGAGGCAGCTGCCGAAGGTGGGG
Tistlia conostensis 16S rRNA------- (Bp
1,299)
>EU728658.1 Tistlia consotensis
USBA 355 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
CCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTA
ACACATGCAAGTCGAACGCTCTCTTCGGAGAGA
GTGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACCTA
CCCCGAGGTCCGGGACAACCGCTGGAAACGGCG
GCTAATACCGGATGTGTCCTGAGGGAGAAAGAT
TCATCGCCTTGGGAGGGGCCCGCGTCCGATTAG
GTAGTTGGTGTGGTAACGGCGCACCAAGCCTTC
GATCGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCA
CACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACG
GGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC
GCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGAA
GAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACGGG
CGACGATGATGACGGTAGCCCGAGAAGAAGCCC
CGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATAC
GGAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGC
GTAAAGGGCGCGTAGGCGGTTTGGTCAGTTGGA
GGTGAAAGCCCTGGGCTCAACCTGGGAGGTGCC
TTCAATACGGCCAGACTTGAGAGCGGGAGAGGA
TGACGGAATTCCCAGTGTAGAGGTGAAATTCGT
AGATATTGGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGG
TCATCTGGCCCGTTTCTGACGCTGAGGCGCGAA
AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGG
TAGTCCACGCCGTAAACGATGTGCGCTAGCCGT
CGGGGGACATAGTTTCTCGGTGGCGCAGCTAAC
GCGATAAGCGCACCGCCTGGGGAGTACGGCCGC
AAGGTTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCC
GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAA
GCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATG
GGGGTCGCAGTCTCCGGAGACGGAGACATCAGT
TCGGCTGGACCCCGCACAGGTGCTGCATGGCTG
TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAG
TCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCCCTTAGTTG
CCATCAGGTTGGGCTGGGCACTCTAAGGGAACC
GCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGCGGGGATGAC
GTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTA
CACACGTGCTACAATGGCGGTGACAGTGGGCAG
CGAAAGGCGCGAGCCGGAGCCAATCCCCAAAAG
CCGTCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGG
GTGCATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGTGAT
CAGCATGCCACG
Ahora bien, realizando un blast pudimos
comparar cada uno de los siguientes
organismos:
Kareius bicoloratus
(Bp 569)
>AB987772.1 Kareius bicoloratus
mitochondrial gene for 16S rRNA,
partial sequence, haplotype: KB3-
16S
GTCCCGCCTGCCCAGTGACAACTTAGTTCAACG
GCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTA
ATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAA
TGGCATAACGAGGGCTTAACTGTCTCCTTCCCC
CAGTCAATGAAATTGATCTCCCCGTGCAGAAGC
GGGGATAAAATCATAAGACGAGAAGACCCTATG
GAGCTTTAGACACACAGGTGGACCATGTCAAGT
ACCCCCAGCTAAGGGTCCGAACTAAATGGAGCC
TGCCTTGATGTCTTCGGTTGGGGCGACCATGGG
GAATACAAAACCCCCACGTGGAAAGGGAGCACA
CCCCTAAGTTACTTCTTCTCCCGCAAGCCAGAG
CAACAGCTCTAACAAGCAGAAATTCTGACCAAA
CTGATCCGGTAAAACCGATCAACGAACCAAGTT
ACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTTAGA
GCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGAT
GTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCT
ATTAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCC
TACGTGAT
Vigna unguiculata
(Bp 942)
>XR_003602111.1 PREDICTED: Vigna
unguiculata putative pre-16S rRNA
nuclease (LOC114172511),
transcript variant X3, misc_RNA
TTAATTTTTAAAACAAAAAGATAAAGAAACTTA
ACATATACTGTTGGTGGGGTTGGTTCATACTCC
GATCGGTGCTGGTGGAAGAGAAGAGAGGCTGAG
GTAGACGAAATGAGGTACGTGAAGCCCTTGCAG
TTGTTTCAGGATTTGACTAATTCAACCCAGAAC
CAACGCGGAAGGTTGCTTGGTTTGGATGTCGGG
GAAAAATATGTTGGTCTTGCTCTTTCTGACTTC
GACAACAAAATTGCTTCACCTTTCAGTGTTCTC
GTCAGGAAGAAGTCAAATATTAGTTTAATGGCT
TCTGATTTTCAGAGCCTGATATCTAAATATTCC
CTGAAGGGCTTTGTTGTTGGCGTCCCTTTTGAC
AGACATCGGGTGGCTGCCGAAGCTTTTCCGGTG
AAGGGTTTAATTGATCACCTCTGTAGAACAAAA
ATGCTTGAAGGAGTAAAGTATACATATTGGAAT
GAGTGCTTTACATCAAAGAATGTGGAATTGCTG
TTAAAGCCTTTGAACTTGAATAAACCAGTACTC
TCCAAGACTATTCTAGACAAGTTTGCAGCGGTA
GGAATACTTCAAGGGTACCTGGATTTTGTCAAC
AGGAAAATGAAGCTGACAGCAGTGGAGTGAAGA
ACTCTTAATTTTTTGTTACTTTTCAAGTTTACT
ATGTGTAGGCATGGGTCACAAATCACAACTACC
TCTGAATTAAAGACTGTGACCGATTGAGGTGAA
AGCTCCGCGTGGAAGATTTTGGTTAAACTATTT
GAGGTGCGGGGAAAATTGGCACCTTATGTATGA
TTTTGTAGAAAAAAAGAAAGACAGAAAAAAGGC
TAGCATATCCTAGAGACAATTTCTCACCATATG
TAAAAATATTTGAAAGAATCATTGTATGTAGTC
TTAATCTTGCATCTGCAAAGAGGAGAAAAAAAG
ACATAATTTTTCATTAAA
Rhizopogon roseolus
(Bp 680)
>AJ810073.1 Rhizopogon roseolus
partial 16S rRNA gene, 5.8S rRNA
gene, partial 18S rRNA gene, ITS1
and ITS2, isolate 4ROS2922
CATTAACGAATATAATTCGGAGGGGGTGTAGGT
GGTCTCGAGAGACGAGGCATGTGCACGCTCTTC
CGATTTTCACAACTCACCTGTGCACCTAATGTA
GGATGCTCCTCTTTCGGGAGGGGGGACCTATGT
CTTCATATACCGCTTCGTGTAGAAAGTCTTAGA
ATGTTTTACTATCGGAGAGTCGCGACTTCTAGG
AGACGCGAATCTACGAGATAAAAGTTAATTACA
ACTTTCAGCAATGGATCTCTTGGCTCTCGCATC
GATGAAGAACGCAGCGAAAAGCGATATGTAATG
TGAATTGCAGATCTACAGTGAATCATCGAATCT
TTGAACGCACCTTGCGCTCCTCGGTGTTCCGAG
GAGCATGCCTGTTTGAGTGTCAGTAAATTCTCA
ACCCCTCTCGATTTGTTTCGAGGGGGAGCTTGG
ATGGTGGGGGCTGCCGGAGACTAGGACTCGTCC
TGGACTCGGGCTCTCCTTAAATGCATCGGCTTG
CGGTCGACTTTCGACTTTGCGCGACAAGGCTTT
CGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCTGAAGCGC
ATGAATGAAGGTCCCGCGCCTCTAATACGTCGA
CTGTTACTATCTCTTCGGAGAGAAAACGTCTTC
CTCGATTGACTTTTGACCTCAAATCAGGTAGGA
CTACCCGCTGAACTTAAGCA
Giardia ardeae
(Bp 1,435)
>Z17210.1 Giardia ardeae of gene
encoding rRNA
CATCCGGTTGATCCTGCCGGAGCGCGACGCTCG
CCCCAAGGACACAAGCCATGCACGCCGGCGCGG
CACGGCGAAGGGGCGGACGGCTCAGTACACCGG
TTGCACCCTGCGCGGCGGTCGGGGCTAGCCGGA
CACCGCTGGCAACCCAGCGACAAGACGAGCGCT
CAAGCGCGGCCGGGGAGCCGGCGCGACGCAGCG
AATGGCCGCCTGGGCTTCCGCGGCATCACCCCG
CGGGCACGGTCGCGGCGTGCCCGGGGTCTCACG
CCTGGCGGAGGATCAGGGTTCGACTCCGGAGAG
CGGGCCTGAGAGACGGCCCGCACATCCAAGGAC
GGCAGCAGGCGCGGAACTTGCCCAATGCGCGGG
GCGCGAGGCAGCGACGGGGCGTGCCGGGACCCG
GCGCGGGCGTGGCGTACAGCCCCACGCGTGGAG
TCGAGGGAAAGGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGT
AATTCCAGCTCGGCAGGCGTCGCGCGGCGCTGC
TGCAGTTAAAACGTCCGGCGTCGGGCCGCCCTG
CCGGGAGGAAAGGGGAGCGCTCGAGGCAGGCTC
GTTGGACCTACCGCCCGGGACGGCGAGGAGAGT
GGGCGGGGGCATTAGTACCGGACGGGGACGGGT
GAAACAGGATGATCCCTCCGAGACTCCCCGCGG
CGCAGGCGTCTGCCAGGGCCACCTCTGTCGATC
CAGGGCGAAGGCCGGGGGCGAGAAGGCGATTAG
ACACCACCGTATTCCCGGGCGTAAACGGTGCCG
CCCCGGCGCCGGCGTCGGTCGGCGCCCCAGGGA
AACCGGTCAGGCTCCGGCTCTGGGGGGAGTATG
GCCGCAAGGCTGGAACTTGAAGGCATTGACGGA
GGGGTACCACCAGATGTGGAGTCTGCGGCTCAA
TTTGACTCAACGCGAACACCTTACCAGGCCCGG
ACGCGCGGAGGATCGACAGCCGGGTGCGCTTTC
GTGATCGCGCGGGCGGTGGTGCATGGCCGTTCC
CAGCCCGTGGCGCGAGCCGTCTGCTTCACTGCG
ACAACGAGCGAGACCCCGGCCACACCCGCGTGT
GGGACCGCCGCCGGGGAGGCGGAGGAAGGCGGG
GCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTCAGACGCCC
TGGGCCGCACGCGTACTACACTGGGCCGGGCAG
CGCGCGCGCGGCCGCGAGGCCGGGCGACCCGCC
AAGCCGGCCCGTGGTTGGGATCGCGGGCTGGAA
CGCCCCCGTGAACCCGGAATATCTCGTAGGCGC
GTGTCCCCAACGCGCGCCGGATGCGTCCCTGCC
CCTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGACT
GGGCGCCGCGGCGAGTCCCCGGGAGCCCCCGGT
GAACGGCGACGAGCCCTGGCGCCTGGAGGAAGG
AGAAGTCGTAACAAGGTATCCGTAGGTGAACCT
GCGGATGGATCCCTAG
Haloarcula salaria
(Bp 1,479)
>FJ429317.1 Haloarcula salaria
strain HST01-2R 16S ribosomal RNA
(rrnA) gene, partial sequence
GATTCCGGTTGATCCTGCCGGAGGCCATTGCTA
TCGGAGTCCGATTTAGCCATGCTAGTCGCACGA
GTTCATACTCGTGGCATATAGCTCAGTAACACG
TGGCCAAACTACCCTACAGACCGCAATAACCTC
GGGAAACTGAGGCCAATAGCGGATATAACTCTC
ATGCTGGAGTGCCGAGAGTTAGAAACGTTCCGG
CGCTGTAGGATGTGGCTGCGGCCGATTAGGTAG
ATGGTGGGGTAACGGCCCACCATGCCGATAATC
GGTACGGGTTGTGAGAGCAAGAACCCGGAGACG
GTATCTGAGACAAGATACCGGGCCCTACGGGGC
GCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGCACGACA Rta/:a)
GTGCGATAGGGGGACTCCGAGTGCGAGGGCATA
TAGCCCTCGCTTTTCTGTACCGTAAGGTGGTAC
AGGAACAAGGACTGGGCAAGACCGGTGCCAGCC
GCCGCGGTAATACCGGCAGTCCAAGTGATGGCC
GATATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCTTGC
TGTGTAAGTCCATTGGGAAATCGACCAGCTCAA
CTGGTCGGCGTCCGGTGGAAACTACACAGCTTG
GGGCCGAGAGACTCAACGGGTACGTCCGGGGTA b)
GGAGTGAAATCCTGTAATCCTGGACGGACCACC
AATGGGGAAACCACGTTGAGAGACCGGACCCGA
CAGTGAGGGACGAAAGCCAGGGTCTCGAACCGG
ATTAGATACCCGGGTAGTCCTGGCTGTAAACAA c)
TGCTCGCTAGGTATGTCACGCGCCATGAGCACG
TGATGTGCCGTAGTGAAGACGATAAGCGAGCCG
CCTGGGAAGTACGTCCGCAAGGATGAAACTTAA
AGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAACCGGAGGA d)
GCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACAT
CTCACCGGTCCCGACAGTAGTAATGACAGTCAG
GTTGACGACTTTACTCGACGCTACTGAGAGGAG
GTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCGTGAGGC e)
GTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCGC
ACTTCTAGTTGCCAGCAATACCCTTGAGGTAGT
TGGGTACACTAGGAGGACTGCCGCTGCTAAAGC
GGAGGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTCAGTATG Las últimas comparaciones se encontraran
CCCCGAATGGACCGGGCAACACGCGGGCTACAA
TGGCTATGACAGTGGGATGCAACGCCGAGAGGC
en los anexos del articulo, debido a su
GAAGCTAATCTCCAAACGTAGTCGTAGTTCGGA complejidad.
TTGCGGGCTGAAACCCGCCCGCATGAAGCTGGA
TTCGGTAGTAATCGCGTGTCAGAAGCGCGCGGT
GAATACGTTCCCTGCTTCCTTGCACACACCGCC
CGTCAAAGCACCCGAGTGGGGTCCGGATGAGGC
CGTCATGCGACGGTCGAATCTGGGCTCCGCAAG
GGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGAGG
AATCTGTGGCTGGATCACCTCCTTAAT

Para finalizar, hallamos comparaciones

entre los siguientes ítems:

- las dos secuencias de Bacteria (a).

- una secuencia de Bacteria con la secuencia
de Archaea (b).
- una secuencia de Archea con una secuencia
de Animal (c).
- una secuencia de Planta con una secuencia
de Animal (d).
- una secuencia de Planta con una secuencia
de Hongo (e).
Figura1.arbol filogénico
DISCUSION
¿Por qué aparecen 16S en Animales?
Debido a las relaciones simbióticas donde
interactúan animales con las bacterias, las
cuales son parasitismo, comensalismo…
estas son producto de un proceso de
asociación íntima, debido a una historia
evolutiva entrelazada.
CONCLUSIONES
Para concluir podemos decir que la base
para realizar las investigaciones
correspondientes acerca del “Análisis
genes 16S rRNA”, fue comprender y
entender cada una de las variables que
pudimos encontrar en sus características,
tanto como en secuencias de mitocondrias
y cloroplastos, observamos mucha
variedad de relacione entre cada una de
las secuencias, dando como resultado
final, un conocimiento nuevo para
nosotros como estudiantes ya que no
imaginamos que existía tanta información
dentro de esta parte de nuestra genética,
generando así nuevas expectativas para
seguir buscando y analizar nuevas
características o información de estas
cadenas.
REFERENCIAS
.[1] C. R. Woese and G. E. Fox,
“Phylogenetic structure of the
prokaryotic domain: The primary
kingdoms,” Proc. Natl. Acad. Sci. U.
S. A., vol. 74, no. 11, pp. 5088–5090,
1977.
[2] “Microbiomas: Análisis de 16S - Era7
Bioinformatics.” [Online]. Available:
https://era7bioinformatics.com/es/pag
e.cfm?id=2015. [Accessed: 24-Sep-
2019].
[3] F. Valenzuela-Gonzalez, “The 16S
rRNA gene in the study of marine
microbial communities,” Ciencias
Mar., vol. 41, no. 4, pp. 297–313,
2015.

ANEXOS
En los anexos encontramos el taller
resuelto de manera puntual.
 UNIVERSIDAD TECNOLÓGICA DE BOLIVAR
BIOLOGÍA CELULAR
FACULTAD DE CIENCIAS BÁSICAS. Carolina Rubiano Labrador, PhD.

Taller 3. Análisis genes 16S rRNA

NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

1. Ingrese al NCBI. Busque secuencias de nucleótidos ingresando a la página

de “Nucleotide database”: se escoge en el menú superior derecho. Escribir:
“16S rRNA”
¿Cuántas secuencias encuentra, cuántas son de Bacteria? ¿Porqué aparecen
16S en Animales? Haga click en el link de “Animals” para ver que aparece.
Remueva el filtro volviendo a hacer click en “Animals”.

R: R/= 38354469 SECUENCIAS ENCONTRADAS

36,831,492 SECUENCIAS DE BACTERIAS

¿Porqué aparecen 16S en Animales?

DEBIDO A LAS REALCIONES SIMBIOTICAS DONDE INTERACTUAN ANIMALES
CON LAS BACTERIAS, LAS CUALES SON PARASITIMO, COMENZALISMO… estas
son producto de un proceso de asociación íntima, debido a una historia evolutiva
entrelazada.

R= 428,001

2. Ahora filtre por a) Mitochondrion y luego por b) Chlorplast. ¿Cuántas

secuencias encuentra en cada caso?

R/ A. 409,943
B. 14,200
3. Vamos a buscar dos secuencias que sean de Bacteria. Aplique los filtros
necesarios para obtener esta lista. Palabras claves que puede usar para
obtener las secuencias (ejemplos):
Caloramator quimbayensis 16S rRNA ----( Bp 1, 517)

>NR_109502.1 Caloramator quimbayensis strain USBA A 16S ribosomal RNA,

partial sequence
CGGAGGGCGCTGCTTACCATGCAGTCGAGCGGAGGGGAAATTAATGCTGATTGCTTATTGGTGAGAGCTT
AAATTAAGTTAGTCTGCGTCAAGACCGCGTAAGCAGGCTTCACGCTATATAATAATAACACAAAAGCTGA
GCATTGAGTGTTAAGGGCTGCCTTAGCGGCGGACGGTTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTCATGGAGG
GGGATAACACTAAGAAATTGGTGCTAATACCGCATAAAACCGCAGGGTCACATGACCTAACGGTCAAAGA
TTTATCAGAATGAGATGGGCCCGCGGCCCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACGGGGCGACGATG
GGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACTGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAG
CAGTGGGGAATATTGCACCATGGGGGAAACCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGCGAAGAAGGCCTTCGG
GTTGTAAAGCTCTGTCTTCCCTGACGATAATGACGGTAAGGGAGGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCC
AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGT
TTTTTAAGTGGGATGTGAAATCCATGGGCTTAACCCATGAATTGCATTCCAAACTGGAAAGCTTGAGTGC
AGGAGAGGAAAGCGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAA
GGCGGCTTTCTGGACTGTAACTGACGCTGAGCCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG
GTAGTCCACGCTGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGGGGCGTAGCCCTCTGTGCCGCAGTTAACACATT
AAGTACCCCGCCTGGGAAGTACGATCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCA
GCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCTACTAATCCTGT
AGAGATACGGGAGTGCCCTTCGGGGAAAGTAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG
AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCT
AAAGGGACTGCTAGGGTTAACCTAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGCCCTG
GGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAAAGAGCAGCGAGGCCGCGAGGCGGAGCAAATCTTAAAAAC
CGGTCCCAGTTCAGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCCGGAGTTGCTAGTAATCGCGAATCAG
CATGTCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCTGCAACACCC
GAAGTCAGTGGGCTAACGCGAAAGCGAGGCAGCTGCCGAAGGTGGGG

Tistlia conostensis 16S rRNA------- (Bp 1,299)

>EU728658.1 Tistlia consotensis USBA 355 16S ribosomal RNA gene, partial
sequence
CCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGCTCTCTTCGGAGAGAGTGG
CGCACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACCTACCCCGAGGTCCGGGACAACCGCTGGAAACGGCGGCTAATAC
CGGATGTGTCCTGAGGGAGAAAGATTCATCGCCTTGGGAGGGGCCCGCGTCCGATTAGGTAGTTGGTGTG
GTAACGGCGCACCAAGCCTTCGATCGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACA
CGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATG
CCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACGGGCGACGATGATGACGGTAGCCCGAG
AAGAAGCCCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATTAC
TGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTTTGGTCAGTTGGAGGTGAAAGCCCTGGGCTCAACCTGGGAGGTGC
CTTCAATACGGCCAGACTTGAGAGCGGGAGAGGATGACGGAATTCCCAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGA
TATTGGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGGTCATCTGGCCCGTTTCTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGG
GGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTGCGCTAGCCGTCGGGGGACATA
GTTTCTCGGTGGCGCAGCTAACGCGATAAGCGCACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAA
AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTAC
CAGCCCTTGACATGGGGGTCGCAGTCTCCGGAGACGGAGACATCAGTTCGGCTGGACCCCGCACAGGTGC
TGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCCCT
TAGTTGCCATCAGGTTGGGCTGGGCACTCTAAGGGAACCGCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGCGGGGATG
ACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGGTGACAGTGGGCAGCG
AAAGGCGCGAGCCGGAGCCAATCCCCAAAAGCCGTCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGGGTGCAT
GAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGTGATCAGCATGCCACG
Para obtener la secuencia de cada bacteria de click en la opción FASTA

Una vez seleccione esta opción aparecerá la secuencia de nucleótido del gen
seleccionado. Cuántos pares de base (bp) tiene el gen 16S rRNA de cada una
de las bacterias analizadas.

6. Vamos a comparar las secuencias haciendo un BLAST. Para esto puede

hacer una de dos cosas: Kareius bicoloratus, Vigna unguiculata, Rhizopogon
roseolus, Giardia ardeae y Haloarcula salaria. Ahora debe tener 7 secuencias
en su documento de word.

Kareius bicoloratus
(Bp 569)
>AB987772.1 Kareius bicoloratus mitochondrial gene for 16S rRNA, partial
sequence, haplotype: KB3-16S
GTCCCGCCTGCCCAGTGACAACTTAGTTCAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCA
CTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTTAACTGTCTCCTTCCCCCAGTCAAT
GAAATTGATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGGATAAAATCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACA
CACAGGTGGACCATGTCAAGTACCCCCAGCTAAGGGTCCGAACTAAATGGAGCCTGCCTTGATGTCTTCG
GTTGGGGCGACCATGGGGAATACAAAACCCCCACGTGGAAAGGGAGCACACCCCTAAGTTACTTCTTCTC
CCGCAAGCCAGAGCAACAGCTCTAACAAGCAGAAATTCTGACCAAACTGATCCGGTAAAACCGATCAACG
AACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTTAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACC
TCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTC
CTACGTGAT

Vigna unguiculata
(Bp 942)

>XR_003602111.1 PREDICTED: Vigna unguiculata putative pre-16S rRNA

nuclease (LOC114172511), transcript variant X3, misc_RNA
TTAATTTTTAAAACAAAAAGATAAAGAAACTTAACATATACTGTTGGTGGGGTTGGTTCATACTCCGATC
GGTGCTGGTGGAAGAGAAGAGAGGCTGAGGTAGACGAAATGAGGTACGTGAAGCCCTTGCAGTTGTTTCA
GGATTTGACTAATTCAACCCAGAACCAACGCGGAAGGTTGCTTGGTTTGGATGTCGGGGAAAAATATGTT
GGTCTTGCTCTTTCTGACTTCGACAACAAAATTGCTTCACCTTTCAGTGTTCTCGTCAGGAAGAAGTCAA
ATATTAGTTTAATGGCTTCTGATTTTCAGAGCCTGATATCTAAATATTCCCTGAAGGGCTTTGTTGTTGG
CGTCCCTTTTGACAGACATCGGGTGGCTGCCGAAGCTTTTCCGGTGAAGGGTTTAATTGATCACCTCTGT
AGAACAAAAATGCTTGAAGGAGTAAAGTATACATATTGGAATGAGTGCTTTACATCAAAGAATGTGGAAT
TGCTGTTAAAGCCTTTGAACTTGAATAAACCAGTACTCTCCAAGACTATTCTAGACAAGTTTGCAGCGGT
AGGAATACTTCAAGGGTACCTGGATTTTGTCAACAGGAAAATGAAGCTGACAGCAGTGGAGTGAAGAACT
CTTAATTTTTTGTTACTTTTCAAGTTTACTATGTGTAGGCATGGGTCACAAATCACAACTACCTCTGAAT
TAAAGACTGTGACCGATTGAGGTGAAAGCTCCGCGTGGAAGATTTTGGTTAAACTATTTGAGGTGCGGGG
AAAATTGGCACCTTATGTATGATTTTGTAGAAAAAAAGAAAGACAGAAAAAAGGCTAGCATATCCTAGAG
ACAATTTCTCACCATATGTAAAAATATTTGAAAGAATCATTGTATGTAGTCTTAATCTTGCATCTGCAAA
GAGGAGAAAAAAAGACATAATTTTTCATTAAA

Rhizopogon roseolus
(Bp 680)
>AJ810073.1 Rhizopogon roseolus partial 16S rRNA gene, 5.8S rRNA gene,
partial 18S rRNA gene, ITS1 and ITS2, isolate 4ROS2922
CATTAACGAATATAATTCGGAGGGGGTGTAGGTGGTCTCGAGAGACGAGGCATGTGCACGCTCTTCCGAT
TTTCACAACTCACCTGTGCACCTAATGTAGGATGCTCCTCTTTCGGGAGGGGGGACCTATGTCTTCATAT
ACCGCTTCGTGTAGAAAGTCTTAGAATGTTTTACTATCGGAGAGTCGCGACTTCTAGGAGACGCGAATCT
ACGAGATAAAAGTTAATTACAACTTTCAGCAATGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCG
AAAAGCGATATGTAATGTGAATTGCAGATCTACAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC
TCGGTGTTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCAGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTTGTTTCGAGGG
GGAGCTTGGATGGTGGGGGCTGCCGGAGACTAGGACTCGTCCTGGACTCGGGCTCTCCTTAAATGCATCG
GCTTGCGGTCGACTTTCGACTTTGCGCGACAAGGCTTTCGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCTGAAGCG
CATGAATGAAGGTCCCGCGCCTCTAATACGTCGACTGTTACTATCTCTTCGGAGAGAAAACGTCTTCCTC
GATTGACTTTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCA

Giardia ardeae
(Bp 1,435)
>Z17210.1 Giardia ardeae of gene encoding rRNA
CATCCGGTTGATCCTGCCGGAGCGCGACGCTCGCCCCAAGGACACAAGCCATGCACGCCGGCGCGGCACG
GCGAAGGGGCGGACGGCTCAGTACACCGGTTGCACCCTGCGCGGCGGTCGGGGCTAGCCGGACACCGCTG
GCAACCCAGCGACAAGACGAGCGCTCAAGCGCGGCCGGGGAGCCGGCGCGACGCAGCGAATGGCCGCCTG
GGCTTCCGCGGCATCACCCCGCGGGCACGGTCGCGGCGTGCCCGGGGTCTCACGCCTGGCGGAGGATCAG
GGTTCGACTCCGGAGAGCGGGCCTGAGAGACGGCCCGCACATCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGGAACTTG
CCCAATGCGCGGGGCGCGAGGCAGCGACGGGGCGTGCCGGGACCCGGCGCGGGCGTGGCGTACAGCCCCA
CGCGTGGAGTCGAGGGAAAGGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCGGCAGGCGTCGCGCGGC
GCTGCTGCAGTTAAAACGTCCGGCGTCGGGCCGCCCTGCCGGGAGGAAAGGGGAGCGCTCGAGGCAGGCT
CGTTGGACCTACCGCCCGGGACGGCGAGGAGAGTGGGCGGGGGCATTAGTACCGGACGGGGACGGGTGAA
ACAGGATGATCCCTCCGAGACTCCCCGCGGCGCAGGCGTCTGCCAGGGCCACCTCTGTCGATCCAGGGCG
AAGGCCGGGGGCGAGAAGGCGATTAGACACCACCGTATTCCCGGGCGTAAACGGTGCCGCCCCGGCGCCG
GCGTCGGTCGGCGCCCCAGGGAAACCGGTCAGGCTCCGGCTCTGGGGGGAGTATGGCCGCAAGGCTGGAA
CTTGAAGGCATTGACGGAGGGGTACCACCAGATGTGGAGTCTGCGGCTCAATTTGACTCAACGCGAACAC
CTTACCAGGCCCGGACGCGCGGAGGATCGACAGCCGGGTGCGCTTTCGTGATCGCGCGGGCGGTGGTGCA
TGGCCGTTCCCAGCCCGTGGCGCGAGCCGTCTGCTTCACTGCGACAACGAGCGAGACCCCGGCCACACCC
GCGTGTGGGACCGCCGCCGGGGAGGCGGAGGAAGGCGGGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTCAGACGC
CCTGGGCCGCACGCGTACTACACTGGGCCGGGCAGCGCGCGCGCGGCCGCGAGGCCGGGCGACCCGCCAA
GCCGGCCCGTGGTTGGGATCGCGGGCTGGAACGCCCCCGTGAACCCGGAATATCTCGTAGGCGCGTGTCC
CCAACGCGCGCCGGATGCGTCCCTGCCCCTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGACTGGGCGCCGCG
GCGAGTCCCCGGGAGCCCCCGGTGAACGGCGACGAGCCCTGGCGCCTGGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAA
GGTATCCGTAGGTGAACCTGCGGATGGATCCCTAG

Haloarcula salaria
(Bp 1,479)
>FJ429317.1 Haloarcula salaria strain HST01-2R 16S ribosomal RNA (rrnA)
gene, partial sequence
GATTCCGGTTGATCCTGCCGGAGGCCATTGCTATCGGAGTCCGATTTAGCCATGCTAGTCGCACGAGTTC
ATACTCGTGGCATATAGCTCAGTAACACGTGGCCAAACTACCCTACAGACCGCAATAACCTCGGGAAACT
GAGGCCAATAGCGGATATAACTCTCATGCTGGAGTGCCGAGAGTTAGAAACGTTCCGGCGCTGTAGGATG
TGGCTGCGGCCGATTAGGTAGATGGTGGGGTAACGGCCCACCATGCCGATAATCGGTACGGGTTGTGAGA
GCAAGAACCCGGAGACGGTATCTGAGACAAGATACCGGGCCCTACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTT
ACACTGCACGACAGTGCGATAGGGGGACTCCGAGTGCGAGGGCATATAGCCCTCGCTTTTCTGTACCGTA
AGGTGGTACAGGAACAAGGACTGGGCAAGACCGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCAGTCCAAGTGA
TGGCCGATATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCTTGCTGTGTAAGTCCATTGGGAAATCGACCAGCTCA
ACTGGTCGGCGTCCGGTGGAAACTACACAGCTTGGGGCCGAGAGACTCAACGGGTACGTCCGGGGTAGGA
GTGAAATCCTGTAATCCTGGACGGACCACCAATGGGGAAACCACGTTGAGAGACCGGACCCGACAGTGAG
GGACGAAAGCCAGGGTCTCGAACCGGATTAGATACCCGGGTAGTCCTGGCTGTAAACAATGCTCGCTAGG
TATGTCACGCGCCATGAGCACGTGATGTGCCGTAGTGAAGACGATAAGCGAGCCGCCTGGGAAGTACGTC
CGCAAGGATGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAACCGGAGGAGCCTGCGGTTTAATTGGAC
TCAACGCCGGACATCTCACCGGTCCCGACAGTAGTAATGACAGTCAGGTTGACGACTTTACTCGACGCTA
CTGAGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCGTGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAG
ACCCGCACTTCTAGTTGCCAGCAATACCCTTGAGGTAGTTGGGTACACTAGGAGGACTGCCGCTGCTAAA
GCGGAGGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTCAGTATGCCCCGAATGGACCGGGCAACACGCGGGCTACAATG
GCTATGACAGTGGGATGCAACGCCGAGAGGCGAAGCTAATCTCCAAACGTAGTCGTAGTTCGGATTGCGG
GCTGAAACCCGCCCGCATGAAGCTGGATTCGGTAGTAATCGCGTGTCAGAAGCGCGCGGTGAATACGTTC
CCTGCTTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAAGCACCCGAGTGGGGTCCGGATGAGGCCGTCATGCGACGGT
CGAATCTGGGCTCCGCAAGGGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGAGGAATCTGTGGCTGGATCAC
CTCCTTAAT

7. Describa las características de cada uno de los organismos en cuanto a tipo

de célula, dominio al que pertenece, ecosistema en el que habita y
características fisiológicas.

8. De acuerdo al instructivo del punto 9 haga comparación entre a) las dos

secuencias de Bacteria, b) una secuencia de Bacteria con la secuencia de
Archaea, c) una secuencia de Archea con una secuencia de Animal d) una
secuencia de Planta con una secuencia de Animal e) una secuencia de Planta
con una secuencia de Hongo, f) una secuencia de Bacteria con una secuencia
de Hongo, g) una secuencia de Protisto y una secuencia de Planta, y h) una
secuencia de Protisto y una secuencia de Animal ¿Que encuentra? ¿Qué puede
inferir con respecto a los resultados obtenidos?

Rta/: a)

b)

c)

d)
e)
9. Instructivo para comparar las secuencias

a) Ingrese a Blast (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). ¿Qué tipo de

blast usaría? seleccione la opción mas apropiada. Investigue que es el BLAST
b) Luego seleccione la opción “Align two or more sequences”

c) Copie y pegue las secuencias (la comparación se realiza de acuerdo a las

instrucciones en el punto 8). Recuerde que el formato Fasta requiere la
información al incio (>texto) en una línea separada.

d) Anote la información que obtiene, los puntajes, cobertura e identidad. Estos

resultados los encontrará en la parte inferior. Per. Ident es el valor de % de
identidad que indica que tan cercanamente emparentados estas los
organismos analizados.
10. Con base a los resultados obtenidos, las características de los organismos y
los conocimientos adquiridos en clase, realice un árbol de la vida y ubique los
organismos analizados.

El genio se hace con el 1% de talento y el 99% de trabajo

Albert Einstein