Universidades de Alcalá, Complutense y S.

Pablo-CEU
Doctorado en Química Médica

Diseño de Fármacos. Tema 1

Ana Ramos
Relación Estructura-Actividad
USP-CEU

BASF AG
Professor of Pharm Chem
University of Heidelberg
 Relación Estructura-Actividad
USP-CEU

Objetivo de las Relaciones Estructura-Actividad (REA):

Identificar qué grupos funcionales son importantes para la unión al receptor y/o
para la actividad

Farmacóforo:
El grupo farmacóforo es el fragmento estructural mínimo necesario para que el
fármaco presente una actividad concreta, es decir, la parte de la estructura que
interacciona con la diana farmacológica y que, por tanto, explica la acción
biológica a nivel molecular

Farmacóforo 3D:
Representa las posiciones relativas en el espacio de los grupos claves en la
interacción fármaco-receptor, pasando por alto el esqueleto molecular que
coloca esos grupos en esas posiciones.
Así, el farmacóforo 3D para el sitio de unión de un determinado receptor
debería ser común a todos los ligandos que se unen a él
Relación Estructura-Actividad
USP-CEU
 Diseño de Inhibidores de 17β-HSD3
Diseño racional basado en el ligando
FARMACÓFORO
Cabeza hidrofóba

Cl Cl

Grupo
N
hidrófobo
O

Aceptor de enlace de
hidrógeno
Relación Estructura-Actividad
USP-CEU

Patrick G. L. An Introduction to Medicinal Chemistry. Oxford University Press. 2ª Ed., 2001

Relación Estructura-Actividad
USP-CEU

Establecimiento de la Relación Estructura-Actividad (MC1.pdf)

Enlaces de Hidrógeno
Hidroxilos
Carbonilos
Amidas
Aminas 1ª, 2ª y 3ª
Nitrógenos aromáticos
Ácidos carboxílicos
Éteres
Nitrilos
Interacciones iónicas
Aminas y ácidos carboxílicos
Interacciones hidrofóbicas
Anillos y cadenas
Tamaño de los bolsillos hidrofóbicos
Polaridad de los bolsillos hidrofóbicos
Geometría de los ligandos
 Enlace de hidrógeno

Buen aceptor Aceptor débil No aceptor

O O
H O O O
N O H3C CH 3 CH 3

H
No aceptor
Aceptor débil

O
N H
N N
O H H O
N H
Aceptor débil N N N
O- H H
Aceptor débil
dador
aceptor

H
N N

N N
H
dador aceptor
 Enlace de Halógeno:
un mundo paralelo al enlace de Hidrógeno

D H A D X A
 Enlace de Halógeno:
un mundo paralelo al enlace de Hidrógeno
D H A D X A

Halogen Bonding. A Novel Interaction for Rational Drug Design?

J. Med. Chem., 2009, 52 (9), pp 2854–2862
 Enlace de Halógeno:
un mundo paralelo al enlace de Hidrógeno
Cation-π Interactions in Structural Biology
.One cation-π interaction for every 77 amino acids
.Arginine preferred over lysine
.Over 25% of all tryptophans involved
in a cation-π interaction
J. P. Gallivan and D. A. Dougherty, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96,
9459-9464.

Cation-π Contributions to Protein-Ligand/Drug-Receptor

Interactions
Multidrug resistance protein and related transporters
(MDR/Pglycoprotein)
Antibody hypervariable regions
Factor XA (coagulation factor; serine protease)
Alkylamine dehydrogenases
Cationic polyene cyclization of terpene/steroid biosynthesis
Glutamate receptors
SH2 domains - bind phosphotyrosine
mRNA cap recognition (7-Me-G)
S-Adenosylmethionine (SAM, Ado-Met) reactions
G protein-coupled receptors for ACh, dopamine, epinephrine
.Cys-loop receptors binding ACh, serotonin, and GABA
 Diseño de Inhibidores de 17β-HSD3
Diseño racional basado en el ligando
FARMACÓFORO
Cabeza hidrofóba

Cl Cl

Grupo
N
hidrófobo
O

Aceptor de enlace de
hidrógeno
 Diseño de Inhibidores de 17β-HSD3

Hydrophobic head
X

Cl
O
X
HN O
O
O
Cl HN
S O
Initial
database mining Targets
of Maybridge
O NH

R
O NH
H-Bond X
acceptor
X O

Cl HN

Hit from data base New designed NH

mining compounds
O R
 Evaluación Biológica

•Ensayo radiométrico para la determinación de la actividad inhibitoria, usando una línea celular
293-EBNA establemente transfectada con el gen de 17β-HSD3 humana

Cl Cl
Cl
CF3 O
O O
O
O N
Cl O N Ph O N
Cl O N HN
HN HN
HN
O
O O
O
STX1604 31% @ 10 µM STX1605 27% @ 10 µM STX1606 51% @ 10 µM STX1617 32% @ 10 µM

CF 3 Cl Cl Cl
O O O O

O N Ph O N O N Ph O N Ph
HN Cl HN Cl HN HN

O O O O
STX1607 38% @ 10 µM STX1614 66% @ 10 µM STX1613 45% @ 10 µM STX1615 14% @ 10 µM

Cl Cl Cl
Cl
Cl
O O O
O
O HN HN HN
Cl HN
Cl HN
N N Ph N
N
N Ph
O O O
O
O
STX1616 83% @ 10 µM STX1623 64% @ 10 µM STX1629 89% @ 10 µM STX1630 67% @ 10 µM STX1631 43% @ 10 µM

IC50 = 750 nM
Selectivo frente a HSD1 y HSD2
 Diseño de Inhibidores de 17β-HSD3

Cl
Cl

O
O
HN
HN

N
O N
O

Molecular and Cellular Endocrinology 2009, 301, 259-265

Prueba de concepto
Efecto de STX2171 a 500 nM sobre el
crecimiento de células LNCaP[HSD·3]
estimulado por Androstendiona

Ensayos in vivo:
STX2171 (25 mg/(kg día) inhibe en 81%
el crecimiento estimulado por
Androstendiona (100 µg/día) en
tumores LNCaPwt xenoimplantados en
ratones castrados MF-1

Molecular and Cellular Endocrinology 2009, 301, 259-265

Cl

O
HN

STX2171 N
O

Actividad inhibitoria en 293-EBNA[HSD3]

IC50 = 208 nM
Inactivo frente a 17β-HSD1 y 17β-HSD2