ENZIMAS

Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

Universidad de Cartagena
2013
1
Funciones de la proteínas
 ENZIMAS
Todas las enzimas son proteínas
pero no
Aminoácidos todas las proteínas son enzimas

Excepción RIBOZIMA
Molécula de ARN con capacidad catalítica INTRONES

Proteínas

Nelson. D., Cox. M. 2007. Lehninger: principles of Biochemistry. Third Ed. Worth Publishers.
Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
 Enzimas
Biocatalizadores producidos por los organismos vivos
Incrementan la velocidad de las reacciones sin alterar el equilibrio

ENZIM
Sustrato Producto
A

Producto

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 Características de las enzimas

1. Eficientes catalizan la conversión de mil moléculas de sustrato por segundo

actividad enzimática:

catalasa: 5.6 x 10 6
una mol de catalasa transforma 5.6 x 10 6 mol de H 2O2 por minuto

2. Regulables variaciones en su entorno, sustrato, producto, intermediarios temperatura y

pH

Pepsina
Velocidad de reacción

Quimotripsina

Acido Básico

pH

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 3. Específicas forma y ordenamiento espacial única reconocida por el sustrato

Representación tridimensional de un sustrato

(dipeptido glicil-tirosina), unido dentro del
sitio activo de la enzima carboxipepetidasa A

Sitio de la enzima Sustrato

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 Tipos de Especificidad
Enzimática
Propiedad que tienen las enzimas de transformar sólo uno o varios sustratos

Especificidad

Absoluta Relativa

• Ureasa De enlace Óptica De función

• Fumarasa
• Peroxidasa Lipasa Fructosa-6-Fosfato

Esterasas GLUCOSA – 6- FOSFATO

ISOMERASA

Peptidasas
GLUCOSA – 6- 6-Fosfogluconolactona
FOSFATO
GLUCOSA – 6- FOSFATO
DESHIDROGENASA

GLUCOSA + Pi
GLUCOSA – 6-
FOSFATASA

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 Tipos de Especificidad Enzimática

Sitio de unión

Sitio Catalítico

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 Teorías de la interacción enzima-sustrato
Emil Fischer-1894: llave-
cerradura

David Koshland-1958: Modelo del ajuste

inducido

Cualquiera sea el modelo que usa la enzima para actuar el resultado es

un gasto mínimo de energía
un mayor producto en menos tiempo

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 Tipos de enzimas
Enzimas monoméricas
H M
Enzimas oligomericas
M H

Precursores inactivos de una enzima

Zimógenos carecen de sitio activo

Complejos
Multienzimátic Conjunto de enzimas en la que cada una
cataliza una reacción parcial
os

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 Sitio
alostérico Sitio activo

Cofactor

Enzima

Proteico Apoenzima No proteico

Grupo prostético Cofactor Coenzima

Fuertemente unido a la enzima FMN, Unión transiente a la enzima Transporte de grupos necesarios
FAD, Fe +2 , Cu +2 , Zn +2 , Co +2 ATP, Fe +2 , Co +2 , Mg +2 , Mn +2 para la actividad dolicol, folato,
Metaloenzimas enzimas activadas por metales coenzima A, vitaminas

Apoenzima + cofactor Holoenzima

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 Coenzima
De transporte de grupos:
Vitaminas Acilo : CoA (Ácido pantoténico)
Amino: Fosfato de piridoxal (Piridoxina)
Fragmentos Monocarbonados (THF – Acido
fólico)
De transporte electrónico
Nucleótidos de piridina
Nucleótidos de flavina

Naturaleza diferente a vitaminas De transporte de grupos:

Fosforilo: Trifosfatos de nucleósidos

De transporte electrónico
Ubiquinona (Coenzima Q)
Ácido dihidrolipoico

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 Nomenclatura enzimática

Antiguamente… sustrato + “asa”

lipasa lípidos
ureasa urea
ATPasa ATP

Aumento en el número de enzimas … UIB – IUPAC

TRES TIPOS DE NOMENCLATURA

1. Sistemática según la reacción que cataliza pero origina nombres muy largos
2. Recomendada nombre trivial, corto practico
3. Numérica relacionada con la clasificación internacional de las enzimas
EC 1.2.3.4.
EC Enzyme clasification
1. clase
2. subclase
3. grupo
4. orden dentro del grupo
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 N O Serial de en
CLASE SUBCLASE SUBSUBCLASE
Su subclase
1. Grupo funcional que
sufre Cuál es el aceptor
Oxidorreductasas Oxidación (14)
Subdivisión de la
Naturaleza del grupo naturaleza
2. Transferasas Transferido (8) Química del grupo
transferido
Tipo de enlace hidrolizado Especifica aún más el tipo
3. Hidrolasas (8) De enlace hidrolizado

Especifica aún más el tipo

Tipo de enlace que unía el
4. Liasas Grupo removido.(3)
De enlace removido

Isomerización implicada Naturaleza de la

5. Isomerasas (5) transformación

Naturaleza de la
Tipo de enlace formado
6. Ligasas (4)
sustancia
Formada.

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 Clasificación de las enzimas

según la reacción que catalicen

No. Clase Tipo de reacción catalizada

1 Oxidoreductasas – deshidrogenasa Transfiere electrones (ion hidruro o átomos de H)
Lactato deshidrogenasa, deshidrogenasa alcohólica
2 Transferasas – sintasas Transfiere grupos funcionales entre dadores y aceptores
Creatina cinasa, aminotransferasas
3 Hidrolasas Reacción de hidrólisis con participación del agua
Amilasa, lipasa, proteasa
4 Liasas Adicionan o remueven los elementos del agua, amonio o dióxido
de carbono a o desde dobles enlaces
Piruvato descarboxilasa
5 Isomerasas Cambios dentro de moléculas produciendo isómeros
Racemasa, mutasa, isomerasa, fosfoglucosa isomerasa
6 Ligasas – sintetasas Formación de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N a expensas del
clivaje de ATP
Piruvato carboxilasa, glutamina sintetasa

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 Nomenclatura de las enzimas

Numérica Sistemática Recomendada Abreviatura

EC 1.1.1.27 L-lactato:NAD+ oxidoreductasa Lactato deshidrogenasa LD (LDH)

EC 2.7.3.2 ATP:creatinina N- Creatina cinasa CK (CPK)

fosfotransferasa
EC 3.2.1.1 1,4-α­D-glucano α­amilasa AMS - AMY
glucanohidrolasa
EC 4.1.1.1 2-oxo-acido carboxilasa Piruvato descarboxilasa PDC
EC 5.1.3.1 D-ribulosa 5-P Epimerasa
3-epimerasa
EC 6.4.1.1 piruvato:CO2 ligasa Piruvato carboxilasa PC

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Clase 1: OXIDOREDUCTASAS
Catalizan reacciones de oxidoreducción, transferencia de hidrogeno o electrones de un
sustrato a otro

AH2 + B A + BH2
 Clase 2: TRANSFERASAS
Catalizan la transferencia de un grupo químico (distinto del hidrogeno) de un sustrato a
otro
A-B + C A + C-
B

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 Clase 3: HIDROLASAS
Catalizan reacciones de hidrólisis

A – B + H2O AH + B-
OH

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 Clase 4: LIASA
Catalizan reacciones de ruptura o unión de sustratos

A-B A+
B

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 Clase 5: ISOMERASA
Catalizan la interconversion de isómeros

A B

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 Clase 6: LIGASA
Catalizan la unión de dos sustratos con hidrólisis simultanea de un nucleótido
trifosfato (ATP, GTP, etc)

A + B + XTP A-B +
XDP + Pi

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 Actividad Enzimática

1. Midiendo la cantidad de sustrato que desaparece

2. Midiendo la cantidad de producto que aparece

3. Midiendo la cantidad de Cofactor que aparece

4. Midiendo la cantidad de Cofactor que desaparece

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 Medida de la actividad enzimática

Actividad enzimática cantidad de enzima que cataliza la transformación de un micromol de

sustrato por minuto bajo condiciones optimas de medida

Actividad especifica Número de unidades de enzima activa por miligramo de proteína total
presente

Número de recambio (turnover) Actividad Molar numero de moléculas de sustrato

metabolizada por molécula de enzima por unidad de tiempo

Número de recambio (k cat) de algunas enzimas

Enzima Sustrato k cat (s -1)

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 Factores que modulan la actividad de una enzima

Cambios en el pH
Cambios en la temperatura
Presencia de cofactores
Concentración de sustrato
Concentración de producto
Presencia de inhibidores
Modulación alostérica
activación por proteólisis
Isoenzimas e isoformas

Cinética enzimática

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 Cinética enzimática
medida cuantitativa de la velocidad de reacciones catalizadas enzimáticamente y de los factores
que influyen

E
A P A P

Reacción no catalizada Reacción catalizada

V [sustrato] V no es [sustrato] sino de [enzima]

Formación de Formación de
velocida

velocida
producto producto
d

d
[sustrato [sustrato
] ]

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 Etapas de una reacción enzimática

E + S ES EP E + P

Ea sin enzima
ES

Ea con enzima
Energía

∆G

Curso de la reacción

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 Importancia de la formación del estado de transición

Sin enzima

Energía libre, G
Sustrato Estado de Producto
transición

Complementariedad de la enzima con el sustrato

Energía libre, G
Complementariedad de la enzima con el estado de transición

Energía libre, G
Curso de la reacción

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 Cinética de reacción química Cinética de reacción enzimática
Estado de transición Estado de transición

∆G +no cat
Energía libre, G

Energía libre, G
∆G +cat

Curso de la reacción Curso de la reacción

Con la presencia de una enzima en una reacción se produce un cambio en la velocidad de

formación del complejo ES y por ende del producto
Se disminuye energía libre de Gibbs y la reacción aumenta la tendencia a la espontaneidad

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 Cualquier reacción…

A + B P + Q

d [A][B] [P][Q ]
V= Keq = ∆G = - RT ln Keq
t [A][B]

El cambio en la energía libre de Gibbs es un función dependiente de Keq concentración de

sustratos y productos
dirección y estado de equilibrio
es independiente del mecanismo de reacción
no da información de la velocidad de reacción

Cinética Enzimática

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 La velocidad de una reacción catalizada por enzimas depende de

1. Concentración de la enzima

2. Concentración de sustrato [s]

3. Presencia de moduladores

4. Temperatura

5. pH del medio

K1
K3
E + S ES E + P
K2

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 La velocidad de una reacción catalizada por enzimas depende de

1. Concentración de la enzima

2. Concentración de sustrato [s]

3. Presencia de moduladores

4. Temperatura

5. pH del medio

K1
K3
E + S ES E + P
K2

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 1. Efecto de la concentración de la enzima en la velocidad de reacción

K1
K3
E + S ES E + P
K2

Velocidad
[Sustrat
o]

[Enzim
a]

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 La velocidad de una reacción catalizada por enzimas depende de

1. Concentración de la enzima

2. Concentración de sustrato [s]

3. Presencia de moduladores

4. Temperatura

5. pH del medio

K1
K3
E + S ES E + P
K2

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 2. Efecto de la concentración del sustrato en la velocidad de reacción

K1
K3
E + S ES E + P
K2

Baja concentración de sustrato Concentración media Alta concentración

de sustrato Vmax/2 = K M de sustrato Vmax

Equilibrio
Producto

Tiempo
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 2. Efecto de la concentración del sustrato en la velocidad de reacción

En equilibrio…
K1
K3
E + S ES E + P
K2

Modelo Cinético de Michaelis -

Menten
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 Modelo Cinético de Michaelis - Menten

Baja concentración Concentración media de sustrato Alta concentración alta

de sustrato Vmax/2 = K M de sustrato Vmax

[E T] = [Elibre] + [ES] = constante

Estado estacionario
K1
K3
E + S ES E + P

Velocidad , V, (μmol/min)
K2

Etapa rápida Etapa lenta

Estado Pre-estacionario Estado Estacionario Estado pre-estacionario

Concentración de sustrato, [S], (mM)

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 Modelo Cinético de Michaelis - Menten

Velocidad , V, (μmol/min)

Concentración de sustrato, [S], (mM)

[S] >> [E]

[P] i ≅ 0
paso limitante: ES P, Vo=k 3 [ES]

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 Modelo Cinético de Michaelis - Menten

Constante de Michaelis: Concentración de sustrato en el que se alcanza la mitad de la

velocidad máxima

Km para algunas enzima y sus sustratos

Enzima Sustrato Km (mM)

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 Modelo Cinético de Michaelis - Menten

¿Por qué determinar Km?

Km es una medida de la afinidad de la enzima por el sustrato

A menor numero de K m mayor afinidad
A mayor número de K m menor afinidad

Km establece un valor aprox. para el valor intracelular de sustrato

Km es constante para una enzima dada, permite comparar enzimas de diferentes

organismos o tejidos o entre distintas proteínas

Un cambio en el valor de K m es un modo de regular la enzima

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 Ecuación de Lineweaver-Burk
doble recíproco

Pendiente

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 Representación Eadie-Hofstee

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 Representación Hanes-Woolf

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 Cinetica no Michaeliana

Cooperativismo

Ecuacion de Hill describe cuantitativamente el grado de

cooperatividad en cinéticas no michaelianas

Coeficiente de Hill (n) indica cuántas de las zonas de unión

de sustrato de una enzima afectan a la afinidad de la unión
del sustrato en el resto de las zonas de unión.
n < 1: indica cooperatividad negativa tirosil ARNt-
transferasa
n > 1: indica cooperatividad positiva fosfofructoquinasa

Enzimas Alostéricas

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 La velocidad de una reacción catalizada por enzimas depende de

1. Concentración de la enzima

2. Concentración de sustrato [s]

3. Presencia de moduladores

4. Temperatura

5. pH del medio

K1
K3
E + S ES E + P
K2

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 3. Efecto de la moduladores
moléculas que alteran la función de la enzima y por ende la velocidad de
reacción

Inhibidores
Activadores

Sustrato
Modulador positivo

Enzima menos activa

Enzima mas activa

Complejo activo
enzima-sustrato

Nelson. D., Cox. M. 2007. Lehninger: principles of Biochemistry. Third Ed. Worth Publishers.
Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
 INHIBIDORES
Disminuye la actividad enzimática, a través de interacciones con el centro activo u otros
centros específicos(alostéricos).

Isostericos ejercen su acción sobre el centro activo

Alostericos ejercen su acción sobre otra parte de la molécula, causando un cambio

conformacional que disminuye la actividad enzimática

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Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
 INHIBIDORES
moléculas diferente al sustrato que pueden unirse ala enzima reduciendo parcial o
totalmente la actividad catalítica

son los agentes terapéuticos mas importantes

aspirina inhibe la enzima que cataliza el primer paso de la síntesis de
prostaglandinas

Hay dos clases de inhibidores

1. Inhibidores reversibles: ocupan temporalmente el sitio activo competitiva

2. Inhibidores irreversibles: alteran la conformación espacial de la enzima

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 Inhibidor Irreversible
Reacciona con la enzima para producir una proteína que no tiene actividad
Enzimática y a partir de la cual es imposible regenerar la original enlace covalente
con la enzima)

E+I E’

Inhibidor Reversible
Establece un equilibrio con la enzima libre, con el complejo enzima-substrato o con
ambos.
No establece enlaces covalentes

Competitiva
E+I E
I No Competitivo
ES + I ESI Acompetitivo

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Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
 Inhibidor Irreversible – inhibidores suicidas

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Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
 Inhibición Competitiva
el inhibidor tiene semejanza estructural con el sustrato y compiten por el sitio activo
de la enzima, pueden formar un complejo EI

K m en presencia del inhibidor es

llamada “K m aparente”

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Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
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Murray. R., Granner. D., Mayes. P., Rodwell. V. 2003. Harper´s Illustrated Biochemistry. 26th. Ed. Mc Graw Hill Inc; Alvear. C. 2007. Bioquímica Humana: De las bases a la
 Inhibición Competitiva

En presencia del inhibidor V es

menor
Vmax es la misma
KM aumenta

KM K Mapar

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 Inhibición No Competitiva
inhibidor y sustrato no compiten por el sitio activo de la enzima, se une en un sitio
diferente, se une solamente al complejo ES

K m en presencia del inhibidor es

llamada “K m aparente”

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 Inhibición No Competitiva

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 Inhibición No Competitiva

En presencia del inhibidor V es

menor
Vmax menor
KM es la misma

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 Inhibición Acompetitiva
inhibidor se une al complejo ES

K m en presencia del inhibidor es

llamada “K m aparente”

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 Inhibición Acompetitiva

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 Inhibición Acompetitiva

En presencia del inhibidor V es

menor
Vmax cambia
KM cambia

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CONTROL POR RETROACCION
 La velocidad de una reacción catalizada por enzimas depende de

1. Concentración de la enzima

2. Concentración de sustrato [s]

3. Presencia de moduladores

4. Temperatura

5. pH del medio

K1
K3
E + S ES E + P
K2

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 4. Efecto de la temperatura en la velocidad de reacción
A medida que aumenta la temperatura por lo general aumenta la actividad catalitica
dentro del margen de estabilidad de la enzima

Incrementos de temperatura aceleran las reacciones químicas:

cada 10ºC la velocidad de reacción se duplica

al ser proteínas…a cierta temperatura, se desnaturalizan

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 La velocidad de una reacción catalizada por enzimas depende de

1. Concentración de la enzima

2. Concentración de sustrato [s]

3. Presencia de moduladores

4. Temperatura

5. pH del medio

K1
K3
E + S ES E + P
K2

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 5. Efecto del pH en la velocidad de reacción
Al ser proteínas…
Sitio activo de la enzima grupos ionizables forma iónica adecuada para mantener la
conformación, unir los sustratos o catalizar la reacción

La actividad de la enzima debe ser medida al pH óptimo Desviaciones de pocas décimas por encima
o por debajo del pH óptimo pueden afectar drásticamente su actividad

Pepsina Ureasa Arginasa

Residuos de Donador de Aceptor de protones
aminoácidos protones (ácido) (base)

% de actividad enzimática maxima

pH óptimo

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 CINETICA MULTISUSTRATO
La mayor parte de la reacción catalizadas por las enzimas hay dos o mas
sustratos.

A + B P + Q

Reacciones de dos sustratos y dos productos: reacciones “bi-bi”

Reacción de desplazamiento secuencial

Reacciones de ping-pong
 Analisis de cinética en estado estacionario de reacciones bisustrato

Formación de complejo terciario No formación de complejo ternario

Sustrato 1 variable
Sustrato 2 constante

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 Mecanismos enzimaticos en reacciones de dos o mas sustratos
1. Mecanismo de formación de un complejo ternario o secuencial
a. Aleatorio

b. Ordenado

2. Mecanismo sin formación de complejo ternario o Ping-Pong o de doble

desplazamiento

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 De orden forzoso

Lactato
deshidrogenasa

De orden aleatorio

Creatina cinasa
Reacción de Ping-Pong
Aspartato amino
transferasa
 i as !!
G r ac
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