03/04/2019

UNIVERSIDAD NACIONAL DEL ALTIPLANO

FACULTAD DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA
LABORATORIO DE BIOQUIMICA

Enzimología

 ©Pedro Coila

Introducción

 La célula es
una máquina
que tiene
vida por que
en ella
ocurren miles
de reacciones
químicas en
forma
simultánea.

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Rutas o vías metabólicas y metabolismo

Ruta metabólica Metabolismo

 Las actividades celulares con frecuencia son análogas a las

que realiza esta máquina de Rube Goldberg, en la cual un
suceso activa “de manera automática” a otro posterior, en
una secuencia de reacciones. (Rube Goldberg® y © de Rube Goldberg, Inc.)

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Breve historia

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Estatuillas de mujeres
haciendo pan hace 6000 años.
Fábrica de cerveza
en la Edad Media.

Fabricación de cerveza
en Egipto hace 4400
años.

Fábrica de cerveza Cocción del pan

en el antiguo Egipto en la Edad Media

 1857, L. Pasteur → “la fermentación

es catalizada por una fuerza vital
contenida en las levaduras, a los que
denomina fermentos; es decir, la
fermentación estaba relacionado con la
vida y no con la muerte” → ” Teoría del
vitalismo”.

Azúcar Alcohol + CO2

(glucosa) Levaduras (etanol)
(0rganismos vivos)

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 1878, F. Kuhne denomina a los

fermentos “enzimas” para
referirse a sustancias catalíticas
presente en los organismos vivos
. La palabra enzima deriva del
griego:
“en” y “zymee” = “en la
levadura”
 Lo que no se conocía en ese
entonces era la naturaleza
química de estas sustancias.

1897 – Edward Buchner, utilizando un

extracto inerte de levaduras demostró
que este extracto conservaba la
capacidad de fermentación → Fin de la
teoría del vitalismo

Conclusión: la fermentación no es exclusiva de

los seres vivos y las enzimas son fermentos
inertes.
1907, Buchner recibió el PN de Química
El siguiente paso era demostrar la naturaleza
química de las enzimas.

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• En 1926 - James B. Summer cristaliza

ureasa del frijol y tras 20 años de
esfuerzo, postuló que “todas las enzimas
eran proteínas”. La comunidad científica
dudó de su hallazgo.
• Entre 1930 -1936, J. Northrop y W.
Stanley cristalizan enzimas digestivas
(pepsina, tripsina y quimotripsina)
confirman que las enzimas eran
proteínas.
• Premio Nobel de Química en 1946.

• En 1980, T. Cech, descubre

un nuevo tipo de enzimas (las
ribozimas) que corresponde a
RNA y no proteínas.

Definición
ENZIMAS = BIOCATALIZADORES =
CATALIZADORES ORGANICOS

Las enzimas son proteínas

globulares sintetizadas por los
organismos vivos cuya función
es aumentar la velocidad de las
reacciones químicas
(celeridad).

Como cualquier otra proteína, para

ejercer su función biológica, dependen
de su conformación nativa (estructura
3D).
La desnaturalización → pérdida de su
actividad

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Disminuyen
grandemente el valor
de la Energía de
Activación (Ea)

Ejemplo de la diferencia entre un

catalizador inorgánico y una enzima

H2O2 → H2O + O2
Ea =18 kcal/mol (sin catalizador)
Energía libre

Ea =11,7 kcal/mol (con platino)

Ea =2 kcal/mol (con catalasa)

H2 O2
Reactante
Conclusión:
H2 O + O 2 El platino acelera
Productos
la reacción 20000
veces y la
Curso de la reacción→ catalasa 270000
veces.

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Terminología

Sustrato

Enzima Producto(s)
Sustrato(s)

Sitio activo

Complejo ES

Modificaciones de los componentes de la reacción enzimática

S
P
Concentration

ES
E [E]T = [E]+[ES]

Time of reaction

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El sitio activo (= centro activo o catalítico)

- Es una entidad 3D única. Cada enzima tiene una
topografía 3D exclusiva (solo puede unirse un S).
- Lo conforman las cadenas laterales de los
residuos de contacto y los residuos catalíticos.
- Aprox. representa 5% de la superficie total de la
enzima

Tipos de aminoácidos en una enzima

Sitio activo

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Etapas de mecanismo básico de acción enzimática

1. Unión de la E con el S
(formación del complejo ES)
2. Modificación del S
(conversión en P).
3. Liberación del P .

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Fuerzas que mantienen el complejo ES

1. Interacciones no covalentes.- Son
las principales.
-Interacciones electrostáticas
-Puentes de hidrógeno
-Contactos de Van der wals
- Interacciones hidrofóbicas
2. Interacciones
covalentes
temporales

Formación del complejo ES

Gly 193

Ser 195 Asp 194

Met 192

His 57
Sitio activo
Cys 191
Asp 102

Thr 219
Cys 220

Ser 214
Sustrato
Trp 215

Gly 216 Ser 218

Ser 217

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Ejemplo de catalisis
Carboxipeptidasa A
(248)
(270)
Sitio Tyr
Glu 3 4
activo
COO - O-
H H
+ H O-
C N R 5
N C C
2
Sustrato: O-
Cadena 1 + COO - +Arg (145)
peptídica His
(196)
Zn Glu C-terminal
(72)
His (69)

Propiedades de las enzimas

1. Son extremadamente eficientes.

Enzima No catalizada Catalizada Orden de

(s-1) (s-1) elevación

Anhidrasa carbónica 1,3 x 10-1 1 000 000 7,7 x 106

Triosa fosfato isomerasa 4,3 x 10-6 4 300 1,0 x 109
Quimotripsina 1,0 x 10-9 190 1,7 x 1011
Adenosina deaminasa 1,8 x 10-10 370 2,1 x 1012
Nucleasa estafilocócica 1,7 x 10-13 95 5,6 x 1014
Orotidina descarboxilasa 2,8 x 10-16 39 1,4 x 1017

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2. Poseen alto grado de especificidad (tanto

por sus sustratos como por sus productos).

Hay 2 tipos de especificidad:

- Absoluta
- Relativa

Modelos que explican la especificidad enzimática

- Modelo de la llave y la cerradura (de Fisher).- El
sitio activo es rígido y perfectamente
complementario al S = especificidad absoluta.

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Modelos que explican la especificidad enzimática

- Modelo de la adaptación inducida (de Koshland).- El
sitio activo es flexible y no complementario al S. La
enzima es inducida a tomar la forma
complementaria a medida que el S se fija =
especificidad relativa.

3. No sufren modificación en el proceso de reacción.

4. No cambian la Keq de la reacción, simplemente

aumentan la velocidad para alcanzar ese
equilibrio.
5. Están sujetas a regulación o control

6. Están presentes en pequeñas cantidades (nano o

micromolares)

7. Son proteínas globulares generalmente de alto

PM, solubles
8. Actúan en condiciones moderadas de presión y
temperatura.

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Clasificación de enzimas
Clase Nombre Tipo de reacción catalizada
1 Oxidorreductasas Reacciones de oxidorreducción

2 Transferasas Transferencia de grupos funcionales

3 Hidrolasas Reacciones de hidrólisis

4 Liasas Remoción de grupos para formar dobles

enlaces
5 Isomerasas Isomerización

6 Ligasas Formación de enlaces entre dos moléculas

7 Translocasas Transferencia de iones o moléculas a

través de la membrana.

Clase 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreducción
(redox) de diversos tipos.

Ared + Box Aox + Bred

A : es el agente reductor o dador electrónico; en el
curso de la reacción se oxida (pierde electrones) Nomenclat. Alternat.
• Deshidrogenasas
B : es el agente oxidante o aceptor electrónico; en el • Oxidasas
curso de la reacción se reduce (gana electrones) • Peroxidasas
• Oxigenasas
Ejemplo:
• Hidroxilasas
• Reductasas

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Clase 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de
agrupaciones atómicas de una molécula donadora
a otra aceptora.

A-X + B
A : molécula dadora o donadora
B : molécula aceptora
X : grupo transferido
Ejemplo:
A + B-X
Sub-clases de transferasas
2.1.-.- Grupos monocarbonados
2.2.-.- Grupos aldehido o ceto
2.3.-.- Aciltransferasas
2.4.-.- Glicosiltransferasas
2.5.-.- Alquil- o Ariltransferasas
2.6.-.- Grupos nitrogenados
2.7.-.- Grupos fosfato
2.8.-.- Grupos sulfato

Clase 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones hidrolíticas (ruptura de
enlaces químicos) con participación del agua.

A-B + H2O A-OH + B-H

Es difícil la utilización de nombres sistemáticos en las hidrolasas. Muchas
de ellas conservan el nombre primitivo: tripsina, pepsina, papaína, etc.
Ejemplo:
Sub-clases de hidrolasas
3.1.-.- Esterasas
3.2.-.- Glucosidasas
3.3.-.- Eter hidrolasas
3.4.-.- Peptidasas
3.5.-.- Acil anhidro hidrolasas
Etc.

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Clase 4: Liasas
Catalizan reacciones de adición o
remoción de grupos a enlaces C=C
(ruptura o formación de dobles
enlaces.

Catalizan la ruptura de enlaces por

medios distintos a la hidrólisis. Algunas liasas

- Descarboxilasas
Ejemplo:
- Aldolasas
- Anhidrasa carbónica
- Adenilato ciclasa

Clase 5: Isomerasas
Catalizan reacciones que implican cualquier tipo de isomerización,
tales como, racemizaciones, epimerizaciones e isomerizaciones cis-
trans. Es decir, modificación interna de una molécula (sin agregarle ni
quitarle grupo o átomo alguno).
Ejemplo: Algunas isomerasas

- Epimerasas
- Racemasas
- Mutasas
- Isomerasas

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Clase 6: Ligasas
Catalizan reacciones de unión (o condensación)
de dos moléculas (formación de enlaces) acoplado
a la hidrólisis del ATP o de otro compuesto de alta
energía.

A + B + ATP A-B + ADP + Pi

Ejemplo:

Algunas iigasas
-Sintetasas
- Carboxilasas
- Tiokinasas

Clase 7: Translocasas
Catalizan el movimiento de iones o moléculas a
través de las membranas o su separación en
membranas.

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Número de enzimas
Según la Base de Datos de Enzimas (EC-PDB):
Còdigo Clase 12/04/17 4/2/18
E.C.1.-.-.- Oxidoreductasas 11232 11653

E.C.2.-.-.- Transferasas 22963 24143

E.C.3.-.-.- Hidrolasas 25714 27222

E.C.4.-.-.- Liasas 4630 4785

E.C.5.-.-.- Isomerasas 2866 2958

E.C.6.-.-.- Ligasas 1888 1966

E.C.7.-.-.- Translocasas ? ?
TOTAL 58162 72727

Nomenclatura de las enzimas

Nombre común (no sistemática, tradicional o trivial)
- Antes de 1965 el nombre no guardaba ninguna relación
con la reacción que catalizaba, ni con el S.
Ejemplos: pepsina, tripsina, quimotripsina,
- Luego se nombran a las enzimas con el nombre del S sobre
el cual actuaba, con el sufijo “asa”
Ejemplos: ureasa, maltasa, amilasa, arginasa, catalasa
- En algunos casos se incluye el tipo de reacción que
catalizaba la enzima
Ejemplos: lactato deshidrogenasa,
piruvato descarboxilasa,
glucosa oxidasa

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Nombre sistemático --- 1965 UIB – a través de

la Comisión de Enzimas (EC) establece reglas
para nombrar a las enzimas:
- Toda enzima debe tener un número de
clasificación de 4 dígitos y un nombre
sistemático.

Nombre sistemático Nombre común

EC 1.1.1.1. Etanol: NAD oxidorreductasa Alcohol deshidrogenasa

EC 1.1.11.6. H2O2: Oxidorreductasa Catalasa

EC 2.7.1.1. ATP: D-hexosa fostotransferasa Hexoquinasa

EC 2.6.1.2. L-alanina: 2-cetoglutarato Alanina transaminasa

aminotransferasa
EC 3.1.3.1. Ortofosfórico monoester fosfohidrolasa Fosfatasa alcalina

EC 3.1.1.8. Acilcolina acilhidrolasa Colinesterasa

EC 1.9.3.1. Citocromo c: O2 oxidorreductasa Citocromo oxidasa

EC 3.5.1.5. Urea amidohidrolasa Ureasa

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Cofactores enzimáticos
• Sustancias no proteicas requeridas
por muchas enzimas para que
puedan catalizar. Su presencia es
indispensable.
• Generalmente, se sitúan en el
sitio activo de la enzima, en
donde se fija de manera covalente
o no. Complementan el sitio
activo.
• Actúan modificando la estructura
3D de la enzima, la del sustrato o
ambas e incrementando al máximo
la interacción de estos

Terminología

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Tipos de cofactores
1. Cofactores inorganicos
Son las sustancias iónicas (cationes o aniones) de los
metales. Por esta razón son nutrientes esenciales para el
organismo. Se unen mediante enlaces de coordinación
con las cadenas laterales de ciertos AA del sitio activo.

2. Cofactores orgánicos: Pueden ser

A. COENZIMAS
Se unen a la enzima en forma transitoria,
generalmente durante la catálisis.
Una misma coenzima puede actuar en
numerosas reacciones enzimáticas.
Los componentes esenciales de muchas
coenzimas son la vitaminas (la mayoría del
Complejo B)

B. GRUPOS PROSTETICOS
Están unidos permanentemente a la enzima
mediante enlaces covalentes.
A diferencia de las coenzimas, los GP son más
grandes.
Ejemplo: el grupo heme de la catalasa

22

Coenzima
Tiamina pirofosfato (TPP)
Flavinas: Flavín adenín
dinucleótido (FAD) y flavín
mononucleótido (FMN)
Piridoxal fosfato (PLP)
Nicotinamida adenina
dinuclétido (NAD y NADP)
Coenzima (CoA)
Biocitina
Tetrahidrofolato (THF)
Desoxiadenosil cobalamina Cobalamina (B12)
y metil cobalamina
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Fuente Reacciones catalizadas
vitamínica /Ejemplo de enzima
Tiamina (B1) Descarboxilación, transferencia de
grupo fosfato y aldehído. Ej.
piruvato deshidrogenasa
Riboflabina (B2) Redox. Ej. monoaminooxidasa
Piridoxina (B6) Transferencia de grupos amino. Ej.
glucógeno fosforilasa
Niacina Redox . Ej. lactato deshidrogenasa
Ac. Pantoténico Transferencia de grupos acilo. Ej.
acetil-CoA carboxilasa
Biotina Carboxilación. Ej. piruvato
carboxilasa
Ac. fólico Transferencia de grupos de un
carbono. Ej. timidilato sintetasa
Isomerizaciones, alquilaciones
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Isoenzimas o isozimas
Enzimas diferentes que catalizan la
misma reacción química pero con
cinéticas diferentes.
Difieren en su estructura primaria
y, por tanto, en los valores de sus
puntos isoeléctricos (pI).
Pueden estar presentes en una
misma especie e incluso en una
misma célula.
El ejemplo más cásico es el de la
lactato deshidrogenasa (LDH)
presente en todos los tejidos.

Lactato deshidrogenasa (LDH).- tetrámero con dos clases de

subunidades (H y M) de 35 kd cada una.
Ambas subunidades difieren en el contenido de sus AA y están
codificados por genes diferentes.

Presenta 5
isoenzimas y
todas catalizan
la misma
reacción.

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Las 5 formas
isoenzimáticas son:
La isoenzima H4 predomina
en el corazón (heart) y la
M4 en el músculo
esquelético (muscle). Las
otras 3 isozimas en
distintos tejidos.
Todas difieren
significativamente en su
Vmáx y Km.

Zimógenos o proenzimas
Precursores inactivos de ciertas enzimas,
que más tarde en respuesta a una señal
bioquímica, se convierten en activas.

 La mayoría de
enzimas
digestivas se
sintetizan bajo
la forma de
zimógenos.

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Activación de zimógenos (cascada de reacciones)

 Son inactivos porque el sitio activo no está disponible para

el sustrato ya sea por que se encuentra “sellado” por un
segmento peptídico o porque los residuos de fijación y
catálisis no tienen la alineación apropiada.
 El rompimiento de uno o más enlaces produce nuevas
interacciones de los grupos R lo que produce una nueva
conformación de la proteína.
 Se sintetizan en forma inactiva con la finalidad de proteger
a la célula (u órgano) que lo produce. Si se sintetizaría en
su forma activa sería autodestructivo ya que hidrolizaría a
cualquier proteína celular.
 De hecho, una de las causas de pancreatitis (a veces
mortal) es la liberación prematura de enzimas activas.

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Localización de las enzimas

1. Enzimas intracelulares.- Son la mayoría. Llevan
a cabo el metabolismo celular. Se distribuyen en
los diferentes organelos. Ej:

- Catalasa en peroxisomas
- G6Pasa en RE
- ATPasa en membrana
- Alfa manosidasa en Golgi
- Citocromo c en mitocondria
- Etc.

Cada organelo o parte de la célula realiza funciones

específicas, por lo tanto, requiere también enzimas
específicas.

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2. Enzimas extracelulares.- Actúan fuera de la célula

pero son sintetizados por las células. P. ej. Las enzimas
digestivas.

3. Enzimas órgano específicas.- Muchas enzimas

actúan en determinados órganos. Ej. AST en músculo
esquelético y cardíaco, la ALT en hígado, la fosfatasa
ácida en próstata, la fosfatasa alcalina en hueso e
hígado, etc.
Estas sirven como marcadores enzimáticos en el
diagnóstico de enfermedades.

Organización de las enzimas

Las enzimas que participan en una vía metabólica se
encuentran organizadas para hacer más eficiente la
vía.
En la célula existen 3 formas de enzimas.
1. Enzimas libres
o solubles.- Son
las que catalizan
solo una reacción.

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2. Complejos enzimáticos.- Son grupos

físicamente unidas unas con otras por
interacciones no covalentes , pudiendo
disociarse. Los intermediarios (sustratos) pasan
de un sitio activo a otro sin abandonar el
sistema.

COMPLEJO DE LA PDHasa

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3. Enzimas multifuncionales (o multienzimas).- Es

una gran proteína con distintos sitios activos.
A diferencia de los complejos, éstos no pueden disociarse ya que
todo el sistema está unido covalentemente.

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