CURSO DE BIOLOGIA Y

BIOQUIMICA BASICA
ENZIMAS
GENERALIDADES
PEDRO LEZAMA ASENCIO & PABLO CHUNA MOGOLLON
20/02/2009
Se les brinda un resumen del contenido temtico del Mdulo I, con enlaces a
paginas web interesantes ue les permita ampliar su aprendi!a"e
EL METABOLISMO CELULAR: GENERALIDADES. ENZIMAS
METABOLISMO
La nutricin de las clulas supone una serie de complejos procesos qumicos
catalizados por enzimas que tienen como finalidad la obtencin de materiales
y/o energa. Este conjunto de procesos recibe el nombre de metabolismo.
ANABOLISMO Y CATABOLISMO
El metabolismo va a poder descomponerse en dos series de reacciones:
Anabolismo . on aquellos procesos qumicos que se producen en la clula y que
tienen como finalidad la obtencin de sustancias org!nicas complejas a partir de
sustancias m!s simples con un consumo energa. on anablicos" por ejemplo" la
fotosntesis" la sntesis de protenas o la replicacin del #$%.
Catabolismo . En estos procesos las molculas complejas son degradadas
f orm!ndose mol cul as m!s si mpl es. e t rat a de procesos dest ruct i vos
generadores de energa& como por ejemplo: la glucolisis.
ENZIMAS
Los enzimas son catalizadores biolgicos" es decir" sustancias que" sin consumirse en una
reaccin" aumentan notablemente su velocidad. 'umicamente" en su mayor parte son protenas"
y no (acen factibles las reacciones imposibles" sino aquellas normalmente pueden darse" pero
sera muy lento sin su presencia.
ASPECTOS GENERALES Y ESTRUCTURA
)r!cticamente todas las reacciones qumicas que tienen lugar en los seres vivos est!n catalizadas
por enzimas" los mismos son especficos" es decir: cada enzima cataliza un solo tipo de reaccin" y
casi siempre act*a sobre un *nico sustrato o sobre un grupo muy reducido de ellos. En una
reaccin catalizada por un enzima" se aprecia la siguiente reaccin general:
+ E ,E- ,E)- ) + E
En ella:
.. La sustancia sobre la que act*a el enima !E" se llama s#st$ato !S".
/. El sustrato se une a una regin concreta de la enzima" llamada %ent$o a%ti&o. El centro
activo comprende 0.1 un sitio de unin formado por los amino!cidos que est!n en contacto
directo con el sustrato y 0/1 un sitio cataltico" formado por los amino!cidos directamente
implicados en el mecanismo de la reaccin
2. 3na vez formados los '$o(#%tos !P") la enzima puede comenzar una nueva reaccin
Las enzimas son protenas globulares" que en su estructura" se entrelazan y se pliegan una o m!s
cadenas polipeptdicas" que aportan un peque4o grupo de amino!cidos para formar el sitio activo"
o lugar donde se ad(iere el sustrato" y donde se realiza la reaccin. 3na enzima y un sustrato no
llegan a ad(erirse si sus formas no encajan con e5actitud. Este (ec(o asegura que la enzima no
participa en reacciones equivocadas.
PROPIEDADES DE LAS ENZIMAS
Las propiedades de los enzimas derivan del (ec(o de ser protenas y de actuar como
catalizadores. 6omo protenas" poseen una conformacin natural m!s estable que las dem!s
conformaciones posibles. #s" %ambios en la %on*o$ma%i+n suelen ir asociados en %ambios en
la a%ti&i(a( cataltica. Los factores que influyen de manera m!s directa sobre la actividad de un
enzima son:
7 6oncentracin de ustrato
7 p8
7 9emperatura
7 6ofactores
7
E,ECTO DE LAS CONCENTRACIONES SOBRE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA La velocidad de una
reaccin enzim!tica depende de la concentracin de sustrato. La :igura de la derec(a muestra la
velocidad de una reaccin enzim!tica a ; concentraciones distintas de sustrato.
#dem!s" la '$esen%ia (e los '$o(#%tos *inales puede (acer que la reaccin sea m!s lenta" o
incluso invertir su sentido
E,ECTO DEL '/ SOBRE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA
La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de p8. $esviaciones de pocas
dcimas por encima o por debajo del p8 ptimo pueden afectar dr!sticamente su actividad. #s" la
pepsina g!strica tiene un p8 ptimo de /" la ureasa lo tiene a p8 < y la arginasa lo tiene a p8 .= .
6omo ligeros cambios del p8 pueden provocar la desnaturalizacin de la protena" los seres vivos
(an desarrollado sistemas m!s o menos complejos para mantener estable el p8 intracelular: Los
amo$ti0#a(o$es *isiol+0i%os.
E,ECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA
En general" los aumentos de temperatura aceleran las reacciones qumicas: por cada .=>6 de
incremento" la velocidad de reaccin se duplica. Las reacciones catalizadas por enzimas siguen
esta ley general. in embargo" al ser protenas" a partir de cierta temperatura" se empiezan a
desnaturalizar por el calor. La temperatura a la cual la actividad cataltica es m!5ima se llama
tem'e$at#$a +'tima . )or encima de esta temperatura" el aumento de velocidad de la reaccin
debido a la temperatura es contrarrestado por la prdida de actividad cataltica debida a la
desnaturalizacin trmica" y la actividad enzim!tica decrece r!pidamente (asta anularse
E,ECTO DE LOS CO,ACTORES SOBRE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA
# veces" un enzima requiere para su funcin la presencia de sustancias no proteicas que
colaboran en la cat!lisis: los %o*a%to$es. Los cofactores pueden ser iones inorg!nicos como el
:e
++
" ?g
++
" ?n
++
" @n
++
etc. 6uando el cofactor es una molcula org!nica se llama %oenima.
?uc(os de estos coenzimas se sintetizan a partir de vitaminas. 6uando los cofactores y las
coenzimas se encuentran unidos covalentemente a la enzima se llaman 0$#'os '$ost1ti%os. La
forma catalticamente activa de la enzima" es decir" el enzima unida a su grupo prosttico" se llama
2oloenima. La parte proteica de un (oloenzima 0inactiva1 se llama apoenzima" de forma que:
A'oenima 3 %o*a%to$ 4 2oloenima
NOMENCLATURA DE LOS ENZIMAS
#ntiguamente" los enzimas reciban nomb$es 'a$ti%#la$es" asignados por su descubridor. #l ir
aumentando el n*mero de enzimas conocidos" se (izo necesaria una nomenclatura sistem!tica
que informara sobre la accin especfica de cada enzima y los sustratos sobre los que actuaba"
usando la terminacin AasaB. )or ejemplo la enzima que (idrolisis a la sacarosa se le llama
sacarasa" si (idroliza a la urea: ureasa
CLASI,ICACI5N DE LOS ENZIMAS
En funcin de su accin cataltica especfica" los enzimas se clasifican en ; grandes grupos o
clases:
6lase . : o5idorreductasas
6lase /: transferasas
6lase 2: (idrolasas
6lase C: Liasas
6lase D: Esomerasas
6lase ;: ligasas
NOTA: E6em'li*i%a$ %a(a #na (e ellas
MODO DE ACCI5N DE LOS ENZIMAS
En las reacciones espont!neas" los productos finales tienen menos energa libre de Fibbs 0$F1
que los reactantes . )or tanto" en las reacciones espont!neas se libera energa de Fibbs 0$FG=1.
in embargo" el comienzo de la reaccin requiere un aporte inicial de energa. Esta energa inicial
que (ay que suministrar a los reactantes para que la reaccin transcurra se llama ene$07a (e
a%ti&a%i+n 0Ea1. 6uanto menor es la Ea m!s f!cilmente transcurre la reaccin.
La a%%i+n (e los %atalia(o$es %onsiste) '$e%isamente) en (ismin#i$ la Ea 0:igura
superior derec(a1. Los enzimas son catalizadores especialmente eficaces" ya que disminuyen
la Ea a*n m!s que los catalizadores inorg!nicos. )or ejemplo" la descomposicin del agua
o5igenada 08/H/1 para dar 8/H y H/ puede ocurrir sin catalizador" con un catalizador
inorg!nico 0platino1" o con un enzima especfico 0catalasa1. Las respectivas Ea para cada
proceso son .I" ./ y ; Jcal/mol. #s" se puede calcular que el platino acelera la reaccin
/=.=== veces" mientras que la catalasa la acelera 2<=.=== veces.
)ara que una reaccin qumica tenga lugar" las molculas de los reactantes deben c(ocar con
una energa y una orientacin adecuadas. La actuacin del enzima 0.1 permite que los reactantes
0sustratos1 se unan a su centro activo con una orientacin ptima para que la reaccin se
produzca y 0/1 modifica las propiedades qumicas del sustrato unido a su centro activo"
debilitando los enlaces e5istentes y facilitando la formacin de otros nuevos
8ay dos modelos sobre la forma en que el sustrato se une al centro activo del enzima
MODELO LLA-E8CERRADURA: supone que la estructura del sustrato y la del centro activo son
complementarias" de la misma forma que una llave encaja en una cerradura. Este modelo es
v!lido en muc(os casos" pero no es siempre correcto
MODELO DEL ENCA9E INDUCIDO. En algunos casos" el centro activo adopta la conformacin
Energa de
activacin
Energa de
activacin
idnea slo en presencia del sustrato. La unin del sustrato al centro activo del enzima
desencadena un cambio conformacional que da lugar a la formacin del producto. Este es el
mo(elo (el a6#ste in(#%i(o
E,ECTO DE
LOS
IN/IBIDORES
SOBRE LA
ACT I-IDAD ENZIM.TICA
6iertas molculas pueden in(ibir la accin cataltica de un enzima: son los in2ibi(o$es. Estos
in(ibidores bien pueden ocupar temporalmente el centro activo por semejanza estructural con el
sustrato original 0in2ibi(o$ %om'etiti&o1 o bien alteran la conformacin espacial del enzima"
impidiendo su unin al sustrato 0in2ibi(o$ no %om'etiti&o1
In2ibi(o$ %om'etiti&o In2ibi(o$ no %om'etiti&o
MODULACI5N ALOST:RICA DE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA
#lgunas enzimas tienen un sitio especial" 7diferente al sitio activo7" donde se unen los moduladores
alostricos" los que pueden ser positivos" o negativos" si favorecen o retardan las reacciones
respectivamente.
E,ECTO DE LA MODI,ICACI5N CO-ALENTE SOBRE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA
Htros enzimas pasan de una forma menos activa a otra m!s activa unindose covalentemente a
un grupo qumico de peque4o tama4o como el )i o el #?). 9ambin se da el caso inverso" en
el que un enzima muy activo se desactiva al liberar alg*n grupo qumico. En las enzimas de
las vas degradativas del metabolismo" la forma fosforilada es m!s activa que la no
fosforilada" mientras que en las vas biosintticas ocurre lo contrario. En las figuras inferiores
se ilustra la activacin de una protena por fosforilacin.
ACTI-ACI5N PROTEOL;TICA DE LA ACTI-IDAD ENZIM.TICA
#lgunas enzimas no se sintetizan como tales" sino como protenas precursoras sin actividad
enzim!tica. Estas protenas se llaman '$oenimas o im+0enos. )ara activarse" los zimgenos
sufren un ataque (idroltico que origina la liberacin de uno o varios pptidos. El resto de la
molcula proteica adopta la conformacin y las propiedades del enzima activo. ?uc(os enzimas
digestivos se secretan en forma de zimgenos y en el tubo digestivo se convierten en la forma
activa. Es el caso de la a8<#imot$i'sina" que se sintetiza en forma de quimotripsingeno 0:igura
superior1. i estos enzimas se sintetizasen directamente en forma activa destruiran la propia clula
que las produce. #s" la tripsina
pancre!tica 0una proteasa1 se
sintetiza como tripsingeno
0inactivo1. i por alguna razn se
activa en el propio p!ncreas" la
gl!ndula sufre un proceso de
autodestruccin 0pancreatitis
aguda1" a menudo mortal.
ISOENZI
MAS
#lgunos enzimas tienen distinta
estructura molecular aunque su
funcin biolgica es similar. e
llaman isoimas o isoenimas.
Estas diferencias de estructura se
traducen en ligeros cambios en sus
propiedades" de forma que cada isozima se adapta perfectamente a la funcin que debe
realizar. #s" podemos observar la e5istencia de isoenzimas en funcin de: el ti'o (e te6i(o: )or
ejemplo" la lactato des(idrogenasa presenta isozimas distintos en m*sculo y corazn. el
%om'a$timento %el#la$ donde act*a: )or ejemplo" la malato des(idrogenasa del citoplasma es
distinta de la de la mitocondria& el momento %on%$eto (el (esa$$ollo del individuo: )or ejemplo"
algunos enzimas de la glicolisis del feto son diferentes de los mismos enzimas en el adulto.
Elementos (e la $ea%%i+n la enima no *os*o$ila(o es ina%ti&o la enima *os*o$ila(o es a%ti&o
CIN:TICA ENZIM.TICA
La cintica enzim!tica est#(ia la &elo%i(a( (e las $ea%%iones %atalia(as 'o$ enimas. Estos
estudios proporcionan informacin directa acerca del mecanismo de la reaccin cataltica y de
la especificidad de la enzima. La velocidad de una reaccin catalizada por un enzima puede
medirse con relativa facilidad" ya que en muc(os casos no es ne%esa$io '#$i*i%a$ o aisla$ el
enima. La medida se realiza siempre en las %on(i%iones +'timas de p8" temperatura"
presencia de cofactores" etc" y se utilizan concentraciones saturantes de sustrato. En estas
condiciones" la velocidad de reaccin observada es la velocidad m!5ima 0Kma51. La velocidad
puede determinarse bien midiendo la aparicin de los productos o la desaparicin de los
reactivos.
MODELO CIN:TICO DE MIC/AELIS8MENTEN Los estudios sistem!ticos del efecto de
la concentracin inical del sustrato sobre la actividad enzim!tica comenzaron a realizarse
a finales del siglo LEL. Ma en .II/ se introdujo el concepto del complejo enzima7sustrato
como intermediario del proceso de cat!lisis enzim!tica. En .N.2" Leono$ Mi%2aelis
0foto de la izquierda1 = Ma#( Menten 0foto de la derec(a1 (esa$$olla$on esta teo$7a y
propusieron una ecuacin de velocidad que e5plica el comportamiento cintico de los
enzima
)ara e5plicar la relacin observada entre la velocidad inicial 0v=1 y la concentracin inicial de
sustrato 0,-=1 ?ic(aelis y ?enten propusieron que las reacciones catalizadas
enzim!ticamente ocurren en (os eta'as: En la primera etapa se *o$ma el %om'le6o
enima8s#st$ato y en la segunda" el complejo enzima7sustrato da lugar a la *o$ma%i+n (el
'$o(#%to" liberando a la enzima libre.
8ay enzimas que no obedecen la ecuacin de
?ic(aelis7?enten. e dice que su cintica no es
?ic(aeliana. Esto ocurre con los enimas
alost1$i%os" cuya gr!fica v frente a ,- no es una
(iprbola" sino una sigmoide 0:igura de la derec(a1.
En la %in1ti%a si0moi(ea" peque4as variaciones
en la ,- en una zona crtica 0cercana a la J?1 se
traduce en grandes variaciones en la velocidad de
reaccin
C.LCULO DE LA >M Y DE LA -ma? DE UN ENZIMA
La representacin gr!fica de la ecuacin de
?ic(aelis7?enten 0v= frente a ,-=1 es una (iprbola
0:igura de la izquierda1. La Kma5 corresponde al
valor m!5imo al que tiende la curva e5perimental" y la
J? corresponde a la concentracin de sustrato a la
cual la velocidad de la reaccin es la mitad de la
Kma5.
)ara determinar gr!ficamente los valores de J? y Kma5 es m!s
sencillo utilizar la $e'$esenta%i+n (oble $e%7'$o%a 0./v= frente
a ./,-=1" ya que es una lnea recta. Esta representacin
doble recproca recibe el nombre de $e'$esenta%i+n (e
Line@ea&e$8B#$A 0:igura de la derec(a1. Es una recta en la
cual:
La pendiente es KM/Vmax
La abscisa en el origen (1/v0 = 0) es 1/KM
La ordenada en el origen (1/!"#0 = 0) es 1/Vm
$e esta forma" a partir de los datos e5perimentales se puede
calcular gr!ficamente" los valores de J? y Kma5 de un enzima
para diversos sustratos.
UNIDAD DE ACTI-IDAD ENZIM.TICA
e define la #ni(a( (e a%ti&i(a( enimBti%a 031 como la cantidad de enzima que cataliza la
conversin de . Omol de sustrato en un minuto. La actividad especfica es el n*mero de
unidades de enzima por miligramo de protena 03/mg prot1 o por mililitro de disolucin 03/ml1.
Pecientemente" el istema Enternacional de unidades 0E1 (a definido la unidad de actividad
enzim!tica como la cantidad de enzima que transforma . mol de sustrato por segundo. Esta
unidad se llama Aatal 0Qat1. 6omo . mol son .=
;
Omoles y . minuto son ;= segundos" resulta
que . Qatal equivale a ;= 5 .=
;
3. Esta unidad es muy grande" de forma que se utilizan
frecuentemente los subm*ltiplos como el microQatal 0OQat" .=
7;
Qat1 o el nanoQatal 0nQat" .=
7N
Qat1.
6uando se conoce el peso molecular del enzima puro y el n*mero de centros activos por
molcula de enzima" las medidas de actividad enzim!tica permiten calcular el nCme$o (e
$e%ambio del enzima" o sea" el n*mero de reacciones elementales que realiza el enzima
por cada centro activo y por unidad de tiempo.