INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

ESCUELA NACIONAL DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

MAESTRIA EN BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA

“Caracterización molecular de microbiota intestinal en recién nacidos eutróficos y

modificación dependiente del tipo de alimentación”.

Avances de Resultados

Presenta: Biol. Tomas Guerrero Rubio.

Asesores de Tesis:

Dra. Martha Eunice Rodriguez Arellano

Dr. Miguel Ángel Ibáñez Hernandez

Este trabajo se realiza en el Laboratorio de Medicina Genómica y biología molecular del

Hospital Regional Lic. Adolfo López Mateos, en colaboración con el Laboratorio de
Terapia Génica del Departamento de Bioquímica de la Escuela Nacional de Ciencias
Biológicas del Instituto Politécnico Nacional
Microbiota

Se de f in e como el
c o n ju n t o d e c o m u n id ad e s
d e m i c r o o rg a n i sm o s v iv o s
c o l on i z ad o r e s de un
n ic ho

Microbioma no solo se
r e f i e r e a l o s o rg a n i s m o s
sino también a los
elementos del ecosistema,
genes, metabolitos,
sustratos (Fontané et al.,
2018)
 La compleja comunidad que
conforma la microbiota intestinal
tiene funciones fisiológicas críticas
(Aron-Wisnewsky et al., 2020)

• Digestión
• Desarrollo de la inmunidad
• Metabolismo

(Young,. 2017)

INTRODUCCIÓN 5
 Desarrollo de la microbiota

Este proceso es
influenciado por factores
ambientales que incluyen:

• El tipo de nacimiento
• El tipo de alimentación
• La duración de la
gestación y
• Medio ambiente

(Droga et al., 2015) (Shao

Modificado de https://www.pressonline.com/bmi-pro/es/biblioteca/ et al., 2019)

INTRODUCCIÓN 6
Abundancia relativa (%)

Cuatro phyla dominantes

• Firmicutes
• Bacteroidetes
• Actinobacteria
• Proteobacteria

Edad
(años)

Odamaki et al., 2016

INTRODUCCIÓN 7
Los desequilibrios de la microbiota
intestinal pueden conducir a una serie
de patologías como la obesidad, la
diabetes tipo 1 y tipo 2, la enfermedad
inflamatoria intestinal (EII), el cáncer
colorrectal (CCR) y la inflamación /
imunosenscencia en los ancianos

INTRODUCCIÓN 8
 Asociación entre el tipo de alimentación y el desarrollo de la
microbiota

80
En Neonatos amamantados, predominaban las
70
bifidobacterias (72.25%) seguidas de
Porcentaje de colonización

60
Bacteroides (11.85%), E. coli (2.94%) y
50 Atopobium (1.21%), estreptococos y
40 estafilococos, 0,55%, 0,07 , respectivamente.
30
En recién nacidos alimentados con fórmula,
20
Bifidobacterium (31,17%), seguido de un
10
número creciente de Bacteroides (28,73%) y
0
Bifidobacterias Bacteroides E. coli Atopobium Estreptococos Estafilococos Atopobio (6,82%). (Bezirtzoglou et al., 2011)
LM Formula

Diferencias de bacterias encontradas en neonatos

alimentados con LM (verde) y con Formula (azul) según
(modificado de Bezirtzoglou et al., 2011).

INTRODUCCIÓN 9
Lactancia Materna

Lactancia materna menores de 2 años. Indicadores de Lactancia Materna en

menores de 2 años 2012 – 2018 modificado de (ENSANUT., 2018)

INTRODUCCIÓN 10
 Parto Eutócico Cesárea

Abundancia relativa (%)

Abundancia relativa (%)

Cesárea Pe Cesárea Pe Grupos de edad de muestreo (días)

Droga et al., 2015 Shao et al., 2019

Efectos del tipo de resolución del embarazo en la adquisición y el desarrollo de

la microbiota
 Efectos del tipo de resolución del embarazo en la adquisición y el desarrollo de
Periodo de la toma Tipo de Bacteria la microbiota
Tasas de Tasas de Interpretación Referencia
de muestra Fecal identificada Colonización colonización
resolución resolución cesárea
eutócica
Nacimiento-7 Bacteroidetes 73% 11% Menor Jakobsson HE et
días Bacteroides colonización en al., 2014
nacidos por
cesarea

Nacimiento-7 Firmicutes 59% 4% Menor Mitsou EK et al.,

días Lactobacilli colonización en 2008
nacidos por
cesarea

31- 90 días Bacteroidetes 78% 14% Menor Gronlund MM et

Bacteroides colonización en al., 1999
fragilis nacidos por
cesarea

INTRODUCCIÓN 12
 En México, según la OMS (2019), de 2008 a 2017 hubo en promedio 2 114 630
nacidos vivos por año a nivel nacional, de los cuales el 53,5% fueron partos
eutócicos (pe) y 45,3% fueron partos por cesárea (Cs).

INTRODUCCIÓN 13
Justificación
 

• La microbiota intestinal es determinante en el desarrollo del recién

nacido
• Contando con antecedentes en la modificación de la misma
dependiendo de la resolución del embarazo, así como del tipo de
alimentación que recibe el individuo
• Permitirá la contribución del conocimiento de la colonización de la
microbiota intestinal, en una población donde existe un abuso de la
resolución del embarazo por vía cesárea y una cultura de alimentación
ajena a las recomendaciones de la Lactancia Materna (LM)
• Esto podría eventualmente favorecer intervenciones eficaces o
tratamientos puntuales para evitar el desarrollo de patologías
prevalentes relacionadas con la microbiota intestinal.

15
Hipótesis

La hipótesis de este estudio se basa en que, el microbioma del neonato

comienza a establecerse a partir del nacimiento e involucra factores
ambientales como el tipo de alimentación y el tipo de resolución de
embarazo, por consiguiente, existirá una diferencia entre la ecología
microbiana de los grupos de neonatos nacidos eutócicos contra los
nacidos por cesárea, así como los alimentados al seno materno contra
ingesta mixta, de esta manera, podría existir una relación entre las
variables descritas y una estructura filogenética diferente de la
microbiota de los niños del Hospital Regional Lic. Adolfo López
Mateos

16
Objetivos

General

Identificar la composición y la modificación de la microbiota intestinal en

recién nacidos a término y eutróficos dependiente de la resolución del
embarazo eutócico o por cesárea, así como la modificación de microbiota
dependiente de alimentación al seno materno o con lactancia mixta.

17
Objetivos
Específicos
 Obtener muestras de heces en 4 tiempos (recién nacido, 10 días, 30 días y 6 meses) de
recién nacidos que cumplan con los criterios de inclusión

 Estandarizar la técnica de extracción y purificación del DNA que cumpla con los
modelos de calidad para la secuenciación masiva de próxima generación

 Secuenciar el genoma bacteriano mediante el perfilado del gen RNA ribosomal 16s
 Analizar la composición filogenética de las muestras de heces

18
Materiales y
Métodos
 Criterios de inclusión Criterios de Exclusión
 Recién nacidos vivos • Recién nacidos con
 Obtenidos con resolución fetopatías,
de embarazo por parto sufrimiento fetal o
eutócico o cesárea sin complicaciones
complicaciones
durante la resolución
 De ambos sexos
del embarazo.
 De termino
 Eutróficos • Recién nacidos con
 Con consentimiento inestabilidad
parental informado metabólica.
 Pertenecientes al servicio • Recién nacidos hijos
de neonatología del de madre con
Hospital Regional Lic. patología previa o
Adolfo López Mateos aguda.

20
Grupos y tamaño de muestra

21
 Toma de muestra • Perímetro cefálico
fecal por el Perímetro máximo de la
médico cabeza
neonatólogo

• Peso: masa corporal  total del individuo

• Talla: Longitud vertical total del cuerpo

• Perímetro braquial: punto medio entre el

hombro y el codo
MATERIALES Y
MÉTODOS
RETO: Que la muestra cumpla con los estándares de
calidad para la técnica de secuenciación.
 QIAmp Powerfecal Pro DNA kit
Microbiome pure link cat. A29789
LISIS CELULAR
UNIÓN A LA COLUMNA
ELUCIÓN DNA
Cuantificación
e integridad de
DNA
MATERIALES Y
MÉTODOS
 Diversidad Alfa y Beta por QIIME

Determinar el numero de especies por individuo por

tipo de parto
Porcentaje de colonización
Diversidad Alfa: índice de Shannon
Índice de Bray−Curtis
Diferencias entre grupos (tipo de parto): t-student o
U de Mann-Whitney dependiendo de la distribución
de los datos.
Inferencia filogenética

METODOLOGÍA 32
 Parto Eutócico Cesárea  p-valor
N (%) 3 6
Genero, femenino 2 3
Semanas de gestación, media (DE) 39.33 (0.66) 37.86 (0.52) 0.15

Peso al nacimiento, media (DE) 3387 (257) 2953 (177) 0.12

Peso a los 7 días, media (DE) 3227 (161) 2918 (156) 0.24

Peso a los 30 días, media (DE) 3895 (97.6) 3573 (180) 0.36

Peso a los 180 días, media (DE) 7325 (390) 7245 (277) 1.00

Talla al nacimiento, media (DE) 49,66 (.333) 52 (2,28) 0.89

Talla a los 7 días, media (DE) 60.66 (.333) 49,50 (0.76) 0.43

Talla a los 30 días, media (DE) 53.33 (1.33) 52,50 (0,99) 0.69

Talla a los 180 días, media (DE) 65.67 (1.86) 65,50 (0,88) 0.79

RESULTADOS
Pb al nacimiento, media (DE) 10.67 (0.50) 10.16 (016) 0.69

Pb a los 7 días, media (DE) 11.00 (0.57) 10.35 (0.20) 0.60

Pb a los 30 días, media (DE) 11.83 (0.44) 10.85 (0.39) 0.19

Pb a los 180 días, media (DE) 13.25 (0.25) 14.37 (0.47) 0.35

Pc al nacimiento, media (DE) 34,33 (0.66) 34.33 (0.42) 1.00

Pc a los 7 días, media (DE) 35.67 (0.88) 34.83 (0.30) 0.43

Pc a los 30 días, media (DE) 38.00 (0.00) 36.16 (0.30)

Pc a los 180 días, media (DE) 44.00 (0.57) 42.33 (0.61) 0.15

Tabla 1. Datos generales y antropométricos.

La variable categórica género se presenta en dato numérico absoluto. Las variables cuantitativas Semanas de g
estación, Peso, Talla, Perimetro braquial (Pb) y Perimetro cefálico (Pc)
en semanas, gramos y centímetros respectivamente. Se calculó la media y la desviación estandar.
Se realizó una prueba deU de MannWhitney para comparar las medianas entre los grupos y demostrar que la 
diferencia no se debe al azar. No se presentaron diferencias significativas para ninguno de los grupos.
Cuantificación DNA

Día 0  Día  7 Día 30 Día 180

1 2 3 4 5 6 7 8 9
0 22500 113.85 150.75
12 3 4 123 4 1 234 12 3 4 1 234 1 2 34 1 2 3 4 12 34 1 234
0 180.6 423.5 74.2
0 36 308.8 1500
0 1.274 63.7 42.7
1.1704 47.95 27.3 38.5
1.232 78.05 105 46.9 M. De
6.79 44.1 28.42 243.6 Talla
10.29 47.25 14.84 205.8 molecu
24.5 221.2 104.3 54.6
lar
Max 24.5 22500 423.5 1500
Min 0 1.27 14.84 38.7
Promedio
4,88 2572,93 132,19 261,89

Cantidad total de DNA aislada expresada en nanogramos. 

 0    7   30  6m    +      -​

200 pb

(Modificado de Fukuda K., et al 2016)

Electroforesis en gel de agarosa al 1%. Se muestra el

producto de PCR de una muestra de DNA  al amplificar
las regiones 4-6-8 del gen 16S ribosomal ​
 Cronograma de Actividades
ACTIVIDAD PRIMER SEMESTRE SEGUNDO
SEMESTRE
TERCER SEMESTRE CUARTO SEMESTRE

Clases

Escritura de
protocolo
Reclutamiento de
pacientes y
obtención de
muestra
Estandarización

Secuenciación

Análisis y
publicación de
resultados

39
Alcances

Nuestra investigación de la
microbiota intestinal evaluara
el impacto del modo de
nacimiento y alimentación en
el establecimiento de la
microbiota a través de un
periodo de tiempo.

Esto da pie para que futuras

investigaciones puedan
identificar estrategias para
modular la microbiota
intestinal con el fin de
corregir los disbiosis y
restaurar la homeostasis