Conceptos fundamentales en

circuitos genéticos
 La biología sintética como base para el
desarrollo de redes biológicas

 La biología sintética está creciendo rápidamente como un

campo interdisciplinario que involucra la aplicación de los
principios de la ingeniería al diseño y construcción de
sistemas biológicos sintéticos.

 Los avances en la biología sintética del RNA proveen

herramientas y conocimientos fundamentales para el
procesamiento de información y control de operaciones de
las moléculas de RNA sintético e integrar estos
componentes a redes biológicas para programar funciones
biológicas de niveles superiores.
 El RNA y sus diversas funciones
 Puede ser agrupado en RNA codificante y no codificante.
 El RNA no codificante tiene funciones diversas tales como
regulador genético, enzimáticas y unión a ligandos.
 Posee gran flexibilidad, por lo que puede adoptar diferentes
conformaciones y por lo tanto, diferentes propiedades.
 RNA

ncRNA
mRNA No codificante;
transcrito con un
Codifica proteínas
papel funcional,
catálitica o estructural

rRNA tRNA snRNA snoRNA RNAi Otros

Síntesis Interfase entre Forma parte de Modificaciones Regulación de Incluyen RNA
proteíca mRNA y aa´s spliceosoma en el rRNA la expresión largos

miRNA siRNA
Regulación de Moléculas activas
en interferencia de
la expresión RNA
RNA como “parte” de un mecanismo
 En ingeniería, una parte es un componente que puede
ejercer una función básica.
 Las partes de RNA son componentes genéticos formados de
moléculas de RNA que son capaces de realizar una función
biológica básica, tal como regulación de genes, dirigir
cambios conformacionales y unión a ligandos.

 Pueden agruparse en 3 categorías basadas en su función:

Sensores, actuadores y transmisores

 Sensores RNA
 Parte que detecta diversas señales, tales como temperatura y
ligandos moleculares.
 Necesitan acoplarse a otras partes de RNA para realizar un efecto
medible.
Sensores de temperatura:
 Sensibles a pequeños cambios de temperatura que se traducen
en cambios conformacionales de secuencias de RNA.
Sensores moleculares:
 Detecta señales moleculares a través de la unión directa al blanco
molecular.
 Actuadores RNA
 Son las partes que controlan un proceso o evento; en el caso de los
actuadores RNA controlan la actividad de otras moléculas
biológicas, por lo tanto, afectan respuestas en sistemas vivos y
exhiben una variedad de funciones como la regulación de
expresión de genes, regulación post-traduccional y localización
dirigida.
 Pueden ejercer sus efectos tanto en cis (unido al transcrito blanco)
o trans (separado del RNA blanco), regulando así la expresión
genética.
 Actuadores RNA
 Pueden ejercer su función en puntos como:
 Terminación de la transcripción (Transcription terminators)
 Inicio de la traducción (Ribosome Binding Site, RBS)
 Procesos cataliticos (Ribozimas; catalizan el rompimiento
y/o ligación de moléculas de RNA utilizando cofactores)
 Splicing constitutivo/alternativo (spliceosoma)
 Interferencia del RNA (siRNA o miRNA)
 Transmisores RNA
 Son las partes que envían o convierten señales entre
diferentes componentes
 Son secuencias de RNA que traducen un evento informativo
(como la detección de señal a través de un sensor) de una
parte de RNA a otra, a través de cambios conformacionales;
usualmente están acoplados a otras partes de RNA.
 Mecanismos RNA
 En ingeniería, es una combinación de partes que pueden
ejercer una función determinada.
 Los mecanismos RNA están compuestos de diferentes
partes de RNA funcionales y son capaces de realizar
funciones biológicas determinadas.

Sensor + actuador= ON/OFF

Sensor+ transmisor + actuador= ON/OFF

Sensor+ transmisor + actuador= ON/OFF

 Los primeros pasos
 Los primeros circuitos genéticos reguladores
funcionaban de manera similar a circuitos eléctricos.

capacitor inductor

Útil en almacenamiento de Mecanismos de tiempo

datos (en biología, relacionados a producción de
diferenciación celular a partir señales electrónicas periódicas
de un estado indiferenciado) (en biología, ciclos circadianos;
fotosíntesis y fijación de N en
cianobacterias)
Los interruptores genéticos
 Primer reporte de un circuito genético
(2000)
Toggle switch (interruptor de encendido y apagado)
transcripcional
Circuito genético que pueden cambiar entre dos estados de
expresión estables, debido a un estímulo transitorio.
 Un segundo circuito genético
Repressilator (red oscilatoria de reguladores
transcripcionales)
Consiste en un ciclo de retroalimentación negativa compuesto de 3
pares de promotores genéticos, en donde el “primer” promotor en el
ciclo induce la expresión del represor del “segundo” promotor;
utilizado para expresión oscilatoria de determinados genes.
 Interruptores post-transcripcionales
 Regulan el paso de DNA a mRNA; controlan función,
estabilidad y/o splicing de moléculas de mRNA.
 RNAi (RNA de interferencia): conduce a la producción de RNA
cortos interferentes (small interfering RNAs; siRNA) que
permiten el control sobre la degradación de mRNA.

(RNA-induced
signaling complex)
 Interruptores post-transcripcionales
 Aptámeros: ácidos nucléicos pequeños de cadena sencilla,
altamente plegados con gran afinidad y afinidad por sus
moléculas blanco (pequeñas moléculas o ligandos de
proteínas).