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RESEÑAS

Terminación y antiterminación:
La ARN polimerasa ejecuta una señal de alto
Thomas J. Santangelo e Irina Artsimovitch
Resumen | Las señales de terminación inducen una disociación rápida e irreversible del transcrito
naciente de la ARN polimerasa. Los terminadores al final de los genes evitan la transcripción no
deseada en los genes aguas abajo, mientras que los terminadores en las regiones líder reguladoras
aguas arriba ajustan la expresión de los genes estructurales en respuesta a las señales metabólicas
y ambientales. La terminación prematura dentro de un operón conduce a defectos potencialmente
perjudiciales en la expresión de los genes aguas abajo, pero también proporciona un importante
mecanismo de vigilancia. Esta revisión analiza las acciones de los antiterminadores bacterianos y
de fagos que permiten que la ARN polimerasa anule un terminador cuando las circunstancias lo
exigen.

Pausar sitio
Una señal que hace que el
complejo de elongación se
detenga temporalmente.
sitio de arresto
Una señal en la que el complejo de
elongación se detiene por completo
pero no se disocia.
Departamento de Microbiología y The
RNA Group, The Ohio State University,
Columbus, Ohio 43210, EE. UU.
Correspondencia a IA
correo
electrónico: artsimovitch.1@osu.edu
doi:10.1038/nrmicro2560
Publicado en línea el 11 de abril de 2011
La transcripción es el primer paso, y probablemente el más altamente
regulado, en la expresión génica. Las polimerasas de ARN de múltiples
subunidades celulares (RNAP) inician la síntesis de ARN en un
promotor, extienden la cadena de ARN naciente en muchos pasos y
luego liberan el mensaje completo en un terminador1 .
La distancia entre el promotor y el terminador puede ser de hasta 105
pb en bacterias, pero la enzima transcriptora debe atravesarla en un
solo intento. RNAP inicia la síntesis de ARN de novo a partir de 5ÿ-
trifosfatos (NTP) de un solo nucleósido y, aunque a veces puede usar
ARN cortos de 2 a 4 nucleótidos como cebadores2 , los ARN más
largos liberados prematuramente se pierden de forma irreversible.
En la mayoría de las posiciones a lo largo de la plantilla de ADN,
el complejo de elongación de la transcripción (FIG. 1) es muy estable
y puede moverse contra una gran fuerza aplicada3, agregando
rápidamente 1 nucleótido y avanzando 1 nucleótido en cada paso. Sin
embargo, ciertas señales de ácidos nucleicos y factores auxiliares
pueden ralentizar el RNAP (en un sitio de pausa), inducirlo a retroceder
unos pasos (en un sitio de detención) o desencadenar su disociación
del ARN y el ADN (en un terminador). Algunas de estas señales sirven
como puntos de control de la expresión génica; por ejemplo, una pausa
puede mediar en el reclutamiento de un factor regulador para RNAP4,5
o proporcionar tiempo suficiente para que el ribosoma inicie la
traducción6 .
Otras señales son simplemente obstáculos que la enzima debe sortear
para completar la síntesis de una cadena de ARN; por ejemplo, las
secuencias que favorecen el retroceso y la detención7 o las proteínas
que están unidas a DNA8 dificultan el movimiento de RNAP. La
ejecución exitosa del programa de expresión génica requiere que
RNAP responda adecuadamente a las señales regulatorias genuinas
y evite caer en trampas espurias en el camino.
En esta revisión, describimos los mecanismos antiterminación
bacterianos que suprimen la acción de los terminadores y los factores
de terminación para aumentar la expresión de los genes posteriores.
Algunos factores de antiterminación permiten eludir un solo terminador
en respuesta a una señal reguladora, mientras que otros actúan sobre
RNAP para aumentar su procesividad.
El segundo mecanismo podría ser particularmente importante en los
eucariotas superiores, en los que el RNAP puede tardar horas en
transcribir los genes, ya que están estrechamente empaquetados en
los nucleosomas y pueden ser muy largos (por ejemplo, el gen de la
distrofina humana es de 2,4 × 106 pb). . Dado que la organización
estructural y funcional de todos los RNAP celulares está notablemente
conservada9 , Las lecciones aprendidas
de las bacterias han sido, y probablemente serán en el futuro,
aplicables a organismos superiores.
Señales de terminación bacteriana
Las señales de terminación tienen un efecto dramático en el complejo
de elongación, que normalmente tiene una vida media de días, pero
se deshace en segundos cuando llega a un terminador.
Los terminadores sirven como signos de puntuación que demarcan
los límites de los genes y como objetivos para la regulación. Se pueden
agrupar en dos clases: terminadores intrínsecos y dependientes de
factores (FIG. 2).
En sitios intrínsecos, una señal de ácido nucleico desencadena
la disociación del complejo de elongación. El reconocimiento de estas
señales por parte del complejo de elongación no requiere ningún
factor, pero puede mejorarse mediante proteínas accesorias, como la
proteína de elongación de la transcripción general NusA10. Un
terminador intrínseco canónico que ha sido carácter
ized en gran detalle en Escherichia coli es una señal de ARN
compuesta de una horquilla de ARN rica en GC seguida de una ejecución

RESEÑAS DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 9 | MAYO 2011 | 319

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RESEÑAS

Las señales de terminación dependientes de Rho son complejas

ÿ
ÿ y no se pueden predecir fácilmente mediante el análisis de
NTP canal secundario
ÿ-NTD
Mg2+ Sitio activo
ÿ-CTD
Transcripción
salida de ARN ARN-ADN ÿ
canal híbrido
Figura 1 | Modelo esquemático del complejo de elongación. Núcleo de ARN
Nature polimerasa
Reviews | Microbiología
(RNAP) (en bacterias, un complejo compuesto por un dímero ÿ, una subunidad ÿ, una subunidad
ÿÿ y una subunidad ÿ) se une al dúplex de ADN compuesto por la hebra molde (negra) y la
cadena no hebra plantilla (azul) y el ARN naciente (rojo). Los dominios ÿ-amino-terminales (ÿ-
NTD) sirven como andamio para el ensamblaje complejo; los dominios ÿ-carboxi-terminales (ÿ-
CTD) y la subunidad ÿ desempeñan funciones reguladoras durante la iniciación. Las subunidades
ÿ y ÿÿ forman conjuntamente el sitio activo y hacen todos los contactos con los ácidos nucleicos.
Se cree que el sustrato nucleósido 5ÿ-trifosfato (NTP) (unido a un segundo ion Mg2+ ) ingresa a
través del canal secundario. De 12 a 14 pb del ADN se funden en la burbuja de transcripción. La
hebra de ADN que no es plantilla se expone en la superficie, donde puede interactuar con
proteínas reguladoras. El ARN naciente se hibrida con la hebra molde para formar 8–9 pb del
híbrido ARN-ADN, que es el determinante clave de la estabilidad del complejo de elongación7,98,99.
El ARN aguas arriba se extruye a través del canal de salida de ARN formado entre el colgajo ÿ y
la abrazadera ÿÿ.
de residuos de U. La terminación se produce en dos pasos: la pausa
del RNAP dentro de la pista U11, seguida de la liberación del ARN.
En contraste con el papel directo de las horquillas de ARN que
inducen la pausa por interacciones con el dominio de solapa ÿ de
RNAP12, el papel de la horquilla de terminación parece ser indirecto,
ya que puede ser reemplazado por oligonucleótidos que se
emparejan con el ARN naciente para imitar la horquilla13 -dieciséis.
Las señales de terminación intrínsecas se pueden identificar
fácilmente mediante enfoques computacionales y generan ~80% de
los extremos de ARN en E. coli 17. Sin embargo, Thermus thermophilus RNAP lee muchos terminadores consecutivos.
RNAP responde mal a los terminadores canónicos de E. coli in
Polaridad
Un mecanismo de control de calidad vitro18, y muchos genomas bacterianos y de arqueas carecen de
en el que Rho termina el señales de terminación intrínsecas, lo que implica la existencia de
transcripción de ARNm que un tipo diferente de señal o dependencia de un factor de terminación
no están traducidos.
en estas especies19.
La terminación en señales dependientes del factor depende de
R-bucles
Los bucles de ADN detrás la acción de una proteína reguladora, como Rho20. La terminación
de la ARN polimerasa que se dependiente de Rho genera los extremos 3ÿ de ~20 % de los
crean cuando el ARN naciente invade
mensajes, incluidos los ARNm y los ARN pequeños estables, y
el dúplex de ADN y se empareja con
puede regular la transcripción antisentido generalizada17.
la cadena de ADN molde.
Rho también lleva a cabo varias tareas de control de calidad dentro
operones rrn de los genes: media la polaridad21, protege a E. coli contra la
Los operones que contienen expresión de ADN adquirido horizontalmente22 y ayuda a resolver
ARN ribosomal y ARNt
los bucles R perjudiciales23. Se ha propuesto que Rho elimine los
genes
RNAP lentos que escaparon de la modificación a un estado de
Regiones líderes antiterminación de los operones rrn24 y, más recientemente, para
Regiones de ADN que separan los proteger el cromosoma contra roturas de ADN de doble cadena al
promotores de los genes
eliminar los complejos de elongación que obstruyen el camino de un
estructurales. Los líderes juegan
replisoma en avance25. En todos los casos, Rho actúa sobre un
diversos roles regulatorios como
ribointerruptores, atenuadores y transcrito naciente desnudo que no participa en la traducción ni se
objetivos para factores auxiliares. une a las proteínas de unión al ARN.
secuencias. El sitio de utilización (rut) de Rho es un elemento de
ARN rico en pirimidina que tiene una longitud de más de 30
nucleótidos que puede separarse del sitio de su acción por cientos de nucleótidos2
Rho es una translocasa dependiente de ATP que se une a ARN no
estructurados y libres de ribosomas y utiliza la
energía que se libera de la hidrólisis de ATP para moverse a lo largo
de la transcripción hasta alcanzar el complejo de elongación27.
Luego, Rho puede usar su actividad de translocasa para impulsar el
RNAP o extraer el ARN naciente, o usar su actividad de helicasa
para desenrollar el híbrido ARN-ADN. Aunque estudios recientes
sugieren que Rho puede asociarse con RNAP a lo largo de todos
los pasos de la transcripción28,29, impulsa la liberación de ARN
solo en ciertos sitios17. Las posiciones en las que Rho induce la
liberación de ARN con frecuencia corresponden a los sitios de pausa
donde RNAP se detiene en ausencia de Rho30. Si Rho contacta
RNAP en todo momento o solo en un sitio terminador, debe ser
reclutado y translocado a lo largo del ARN para inducir su liberación
del complejo de elongación.
Tipos de mecanismos antiterminación
Dado el dramático resultado de la terminación, se esperaría que los
mecanismos que la controlan tengan efectos igualmente dramáticos
sobre la expresión génica. Las proteínas, las moléculas pequeñas,
los ARN e incluso la temperatura pueden modular la eficiencia de la
terminación, lo que afecta la expresión de los genes posteriores.
Los antiterminadores pueden tener un efecto pasivo o activo en
RNAP. En el primer caso, la acción de la propia señal de terminación
está comprometida (por ejemplo, porque el antiterminador impide la
formación de la horquilla de ARN o la acción de Rho), pero RNAP
no se altera. Por ejemplo, los factores que inhiben la unión de Rho
al ARN o la translocación a lo largo del ARN (como YaeO31 y la
proteína de supresión de la polaridad de la proteína del fago (Psu)32,
respectivamente) inhibirán la terminación. En el segundo caso, la
acción de una proteína o ARN unido promueve RNAP que pasa por
alto las señales de terminación que de otro modo serían funcionales.
En este escenario, también llamado antiterminación procesiva33,
Anulando un solo terminador
La mayoría de los mecanismos antiterminación conocidos son
pasivos (TABLA 1) y son específicos para los terminadores
intrínsecos, en parte porque estas señales son simples e inducen la
terminación en una posición definida. También se ha informado la
exclusión de la unión de Rho34, pero este es un caso único. Las
regiones líder transcritas de muchos operones se pliegan en al
menos dos estructuras de ARN mutuamente excluyentes: un
terminador y un antiterminador (FIG. 3a). El cambio entre diferentes
conformaciones del líder y, por lo tanto, la expresión de los genes
estructurales posteriores, está controlado por diversos reguladores
que incluyen proteínas accesorias, moléculas pequeñas, ARNt sin
carga y ribosomas de traducción.
Es importante destacar que, una vez que se forma la estructura del
ARN, no se puede remodelar dentro de la escala de tiempo de la
transcripción. Así, cada efector debe actuar mientras se transcribe
la región reguladora. En esta Revisión, describimos brevemente
algunos ejemplos; varias revisiones excelentes ofrecen una
descripción completa de estos mecanismos35–38.

320 | MAYO 2011 | VOLUMEN 9 www.nature.com/reviews/micro

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RESEÑAS

terminador intrínseco Terminador dependiente de Rho

Hélices de abrazadera ÿ

NusG
ADN

ARN Rho
colgajo ÿ RNAP
rodera

NusA

Figura 2 | Señales de terminación bacteriana. Los terminadores intrínsecos están compuestos por una horquilla de ARN estable que puede
extenderse
dentro de los 8 nucleótidos del extremo 3 'del ARN y interrumpe el borde aguas arriba del híbrido ARN-ADN. a Nature
La proteína Reviews |de
de elongación Microbiología

la transcripción NusA interactúa con el ARN naciente cerca del canal de salida y puede estimular la terminación107. En los terminadores
dependientes de Rho, un elemento (naranja) de utilización de Rho (rut ) codificado en el ARN naciente se une a Rho. Las interacciones
iniciales Rho-rut desencadenan la formación de un complejo estable en el que el hexámero Rho rodea el ARN y se transloca hacia la ARN
polimerasa (RNAP). Los contactos con la rutina pueden persistir115 hasta que Rho alcanza RNAP en el sitio real de liberación de ARN,
que puede estar ubicado aguas abajo; sin embargo, datos recientes sugieren que los contactos de Rho-rut se pierden antes 116,117. El
dominio carboxi-terminal de NusG se une a Rho y estimula fuertemente su actividad in vivo e in vitro67,68.

RF2
Factor de liberación 2. Una liberación
factor que media la hidrólisis del enlace
éster peptidil-tRNA en la parada UAA y
UGA
codones.
Antiterminación por una proteína unida a ARN. Muchas
proteínas se unen al ARN y desfavorecen la formación de
horquillas de ARN, ya sea directamente (al unirse preferentemente antiterminador: solo la GlcT no fosforilada puede formar un
al ARN monocatenario) o indirectamente (al estabilizar una
estructura alternativa competitiva). En la mayoría de los casos,
la unión del ARN es específica de secuencia y la actividad
antiterminación regula la expresión de solo unos pocos genes.
Una excepción es la respuesta global a las bajas temperaturas
mediada por proteínas de choque frío, que son chaperonas de
ARN que se sobreproducen después de un descenso de la
temperatura y que se unen y estabilizan los ARN
monocatenarios39. La unión de antiterminadores específicos de
sitio al ARN generalmente se controla mediante cambios
conformacionales en el antiterminador tras la unión del ligando o
como resultado de una modificación covalente como la
fosforilación. La base estructural de los mecanismos moleculares
subyacentes se ha descrito solo para unos pocos reguladores
de unión al ARN. Entre éstas se encuentran las proteínas
antiterminador His (hut), la proteína reguladora positiva del
operón (HutP)40, el antiterminador del operón PtsGHI GlcT41 y
el antiterminador de la transcripción LicT42.
HutP regula el operón hut en Bacillus subtilis en respuesta a
l-His. Un hexámero HutP se une a una región de ARN no
traducida que separa el gen hutP de los genes corriente abajo
que codifican enzimas que degradan His. HutP se une al ARN
solo cuando es activado por His, lo que induce reordenamientos
estructurales significativos de los residuos involucrados en la
unión del ARN40. HutP se une a
seis trillizos NAG, tres aguas arriba y tres dentro de la estructura
del terminador. La unión de HutP interrumpe el terminador y
permite la expresión de los genes hut43.
Varios sistemas de antiterminación homólogos regulan la
expresión de operones metabolizadores de azúcar en B. sub
tilis44. Cada uno de estos sistemas está compuesto por una
permeasa de azúcar sensorial, una proteína antiterminadora y
una región de ARN reguladora que se pliega en al menos dos un péptido corto, el péptido líder de triptofanasa (TnaC). En
estructuras mutuamente excluyentes. GlcT es un antiterminador dimérico
ausencia de Trp, Rho finaliza la transcripción aguas abajo del
que se une al líder del gen ptsG, que codifica una permeasa de
glucosa. GlcT se une a una horquilla antiterminador y la
estabiliza, lo que evita la formación de un terminador superpuesto
y permite la transcripción.
en el gen ptsG. Este sistema regulador acopla la disponibilidad
del inductor, la glucosa, al estado de fosforilación del
dímero y unirse al ARN41.
En ausencia de glucosa, la permeasa transfiere un fosfato a un
residuo de His en GlcT, inactivando así el antiterminador. Si hay
glucosa presente, los grupos fosfato se transfieren de PtsG al
azúcar.
En LicT, un antiterminador homólogo a GlcT que controla el
transporte y el metabolismo de los ÿ-glucósidos, el dominio del
sensor está conectado al dominio de unión al ARN mediante un
enlazador que experimenta una transición hélice-espiral tras la
unión del inductor para permitir que LicT se una a su objetivo de ARN42 .
El antiterminador relacionado, BglG, está regulado tanto por
fosforilación reversible como por secuestro en un complejo
inactivo45. Los reguladores que contienen dominios de unión a
ARN ANTAR46 pueden utilizar mecanismos similares para
bloquear la formación de la horquilla terminadora47,48.
Antiterminación por un ribosoma estancado. En la mayoría
de las bacterias Gram negativas, el ribosoma controla la expresión
de los operones de biosíntesis de aminoácidos en respuesta a la
disponibilidad del aminoácido afín al detectar el nivel de ARNt
cargado49. En el operón trp de E. coli, un pequeño péptido líder
contiene dos codones Trp en tándem (Figura 3b). Cuando los
niveles de Trp y tRNATrp cargados son altos, el ribo algunos
completa la síntesis del péptido líder, se forma el terminador y se
libera RNAP. Por el contrario, a niveles bajos de tRNATrp
cargado, el ribosoma se detiene dentro del péptido líder, lo que
permite que se forme la horquilla antiterminador; el RNAP luego
procede a los genes de biosíntesis de Trp. El estancamiento de
ribosomas también se utiliza para controlar la expresión del
operón tna de E. coli, lo que permite que las bacterias utilicen
Trp como fuente de nitrógeno o carbono. Los genes estructurales
de triptofanasa están precedidos por una región líder que codifica
codón50 de terminación de tnaC. Cuando Trp está presente, se
une al ribosoma e inhibe la escisión mediada por RF2 del péptido
líder naciente, deteniendo el ribosoma.

RESEÑAS DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 9 | MAYO 2011 | 321

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Tabla 1 | Reguladores antiterminación en bacterias y fagos

antiterminador Requerimientos de Sitios de acción Cofactores y mecanismos Sitios de interacción
ADN y/o ARN complejos de elongación
conocidos o previstos

Antiterminadores procesivos codificados por bacterias

RfaH secuencia de operaciones Adquirido horizontalmente Sin cofactores Hélices de abrazadera ÿÿ, bucle de
operones puerta ÿ y la hebra sin plantilla de la
burbuja de transcripción

S4 tuerca y boxA operones rrn NusA, NusB, S10 y NusG ARN y el canal de salida del ARN

Antiterminadores procesivos codificados por fagos

Proteína N del fago ÿ tuerca y boxA Fago ÿ t yt Puede funcionar solo; NusA, NusB, ARN y el canal de salida del ARN
L R
S10 y NusG proporcionan procesividad

Proteína Q del fago ÿ salir Fago ÿ t Rÿ

Puede funcionar solo; pero NusA puede ÿ-flap y el canal de salida del ARN
estimular la actividad

Fago HK022 poner ARN Ninguno Fago HK022 t yt Sin cofactores ÿÿ-dedo de zinc y la abrazadera ÿÿ
L R

Fago Xp10 p7 Ninguna Phage Xp10 operones Sin cofactores; unión directa a El término amino de la subunidad
Xanthomonas oryzae RNAP inhibe ÿÿ y el borde aguas arriba de la burbuja
liberación de ARN de transcripción

Antiterminadores celulares pasivos específicos del sitio codificados por bacterias

yaeo Ninguna Se une directamente a Rho, Sin cofactores Ninguna

bloqueando las interacciones

Rho-ARN

HutP ARN intergénico Choza de Bacillus subtilus Su unión es necesaria para permitir Ninguna
aguas abajo de hutP operón Unión de ARN

GLCT Secuencia líder de pstG pstG Solo la GlcT no fosforilada puede unirse Ninguna
al ARN líder.

licencia elemento RAT en el licS Secuencia de terminador La unión de ÿ-glucano es necesaria para Ninguna
líder aguas arriba de licS permitir la unión de ARN

BglG Secuencia líder de la bgl operón bgl La fosforilación mediada por BglF dicta la Ninguna

operón dimerización y la unión del ARN

Riboswitches y T-box ARN líder muchos y variados Moléculas pequeñas, cationes, proteínas, Ninguna

sistemas metabolitos y ARNt

Atenuación a través del ARN líder Típico de los operones de El posicionamiento del ribosoma estancado Ninguna

posicionamiento de los ribosomas. biosíntesis de aminoácidos bloquea la formación del terminador

Inhibición de Rho a través del ARN líder Típico de los operones de El ribosoma estancado ocluye la rutina o Ninguna

posicionamiento de los ribosomas biosíntesis de aminoácidos dificulta las interacciones Rho-NusG

proteinas csp Horquillas de ARN Actividades Las interacciones directas Csp-ARN Ninguna
celulares globales desestabilizan las estructuras de ARN

Antiterminadores pasivos específicos del sitio codificados por fagos

fuente de alimentación Ninguna Se une directamente a Sin cofactores Ninguna
Rho y reduce
Hidrólisis y translocación
de ATP

bgl, utilización de b-glucósido; Csp, proteína de choque frío; hut, utilización de histonas; HutP, proteína reguladora positiva del operón hut ; GlcT, antiterminador del operón PtsGHI; licS, una
b-endoglucanasa secretada; LicT, proteína antiterminadora de transcripción LicT; N, proteína N del fago ÿ; nuez, utilización de N; ops, supresor de polaridad de operón; Psu, proteína de
supresión de polaridad; puesto, utilización de polimerasa; pstG, glucosa permeasa; Q, proteína Q del fago ÿ; qut, sitio de utilización de Q; RAT, antiterminador ribonucleico; rut, sitio de
utilización de Rho; RNAP, ARN polimerasa; S4, proteína ribosómica S4; S10, proteína ribosomal 30S S10 (también conocida como NusE); Lt, terminador del operón izquierdo;
t R, terminador del operón derecho; YaeO, inhibidor de Rho.

que está traduciendo tnaC mRNA51. El ribosoma estancado
ocupa las secuencias rut superpuestas, evitando así la unión
de Rho y aumentando la transcripción de la tna.
operón50.
Antiterminación por ARNt sin carga. En la mayoría de las
bacterias Gram positivas, la carga del ARNt se detecta
directamente, independientemente del ribosoma52 , a través de
interacciones entre el ARNt y el transcrito líder, que también
codifica un terminador y un antiterminator53 alternativo.
El antiterminador incluye un nucleótido conservado de 14
secuencia llamada T-box (ver REF. 54 para una revisión
reciente). La expresión de genes que están regulados por una
caja T (incluidos los genes que codifican proteínas involucradas
en el metabolismo de aminoácidos y las aminoacil tRNA
sintetasas) se induce mediante la estabilización de un
antiterminador en el RNA líder por el tRNA no cargado afín. La
especificidad de esta respuesta depende de un codón especificador

322 | MAYO 2011 | VOLUMEN 9 www.nature.com/reviews/micro

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a
ARN naciente
5ÿ

antiterminador

DETÉNGASE VAMOS

Horquilla Terminator Horquilla antiterminator

b
1 2 3 4 trpEDCBA

MKAIFVLKGWWRTS atenuador

Low Trp: conformación antiterminación Alto Trp: conformación de terminación

Ribosoma RNAP

TRP
El ribosoma se detiene en Ribosoma completa
un codón de control el líder

Figura 3 | Plegamiento diferencial de un ARN naciente. un | Las regiones líder de muchos operones codifican elementos de ARN que pueden
aparearse con diferentes segmentos del mismo ARNm. En un escenario simple, se formará un terminador aguas arriba y Nature Reviews |
Microbiología
la transcripción se detendrá a menos que se evite la formación de la horquilla terminadora, por ejemplo, mediante una proteína
antiterminadora de unión al ARN. En este caso, se formará una horquilla antiterminador. El número y la complejidad de las estructuras
alternativas y los mecanismos reguladores que controlan el destino del ARN naciente varían mucho entre los operones, y quedan por
identificar nuevos reguladores. segundo | Atenuación en el operón trp de Escherichia coli . La región líder aguas arriba de los genes trp
estructurales codifica un péptido líder de 14 residuos (región 1) y varios elementos de ARN que pueden formar estructuras secundarias
alternativas. La región 3 puede formar pares de bases con la región 2 (para formar una horquilla antiterminador) o con la región 4 (para
formar una horquilla terminadora). Cuando los niveles de Trp son bajos, el ribosoma se detiene en uno de los dos codones de Trp (en las
posiciones 10 y 11 dentro del péptido líder), se forma la horquilla antiterminador y se expresan los genes de biosíntesis de Trp, lo que lleva
a un aumento en la concentración de Trp. Cuando los niveles de Trp son altos, el ribosoma avanza hacia la región 2 y bloquea el antiterminador.
En su lugar, se forma la estructura terminadora y la ARN polimerasa (RNAP) se disocia cadena arriba del gen trpE .

en el líder que se empareja con el anticodón del ARNt53
correspondiente. Las interacciones entre un ARNm líder de la
caja T (algunos de los cuales se pliegan en estructuras muy
complejas) y un ARNt son independientes de las proteínas
accesorias, involucran varias partes del ARNt, se acompañan
de cambios estructurales en ambos socios y están cinéticamente
controladas54. La detección directa de la carga del ARNt
también se puede usar para co-regular la capacidad de
traducción de la célula en respuesta al estrés55.
Antiterminación por una molécula pequeña. Los
ribointerruptores son regiones líderes de ARNm que
experimentan reordenamientos estructurales56 en respuesta a
cambios en las concentraciones de iones celulares57 o tras la
unión de una molécula pequeña como el mononucleótido de
flavina, una purina, lisina, S-adenosil l-metionina y pirofosfato
de tiamina (revisado recientemente en REFS 35,37,58). Estos
ligandos se unen a sus objetivos de ARN con alta afinidad y
selectividad en ausencia de proteínas accesorias59–61. Los
ribointerruptores codifican varios elementos reguladores: unión de un
(ver
efector
más abajo). En
favorece una configuración estructural del riboswitch sobre otra,
alterando así la expresión de los genes aguas abajo. La mayoría
de los ribointerruptores conocidos estabilizan un estado
"apagado"; sin embargo, el líder del gen ydhL de B. subtilis (que
codifica una bomba de salida de adenina) se pliega en una
estructura terminadora muy estable que se interrumpe al unirse
a adenina62, lo que lleva a la desrepresión del gen.
Como el mecanismo de conmutación es conceptualmente el
mismo tanto si se prefiere un terminador como un antiterminador,
es probable que existan otros riboconmutadores que activan la
expresión.
Antiterminación por traducción. La transcripción y la
traducción están acopladas en bacterias y arqueas63,64, lo que
permite su regulación coordinada. La traducción concurrente
juega un papel clave en la síntesis ininterrumpida de ARN27,65;
si un mensaje no se traduce (por ejemplo, cuando se inserta un
codón prematuro sin sentido), será terminado por la acción de
Rho, a menos que el RNAP sea modificado por un antiterminador

RESEÑAS DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 9 | MAYO 2011 | 323

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Alargamiento y S10 se cree que unen el ribosoma posterior al complejo de

Pre-translocado Post-translocado Pre-translocado elongación para establecer una conexión funcional entre los dos
antiterminador complejos69, que controla la tasa de transcripción en respuesta a
la capacidad de traducción celular70. Por lo tanto, un ribosoma
anclado puede funcionar como un antiterminador al evitar la unión
de Rho al ARNm, inhibiendo la liberación de ARN mediada por
Sitio activo NTP Rho secuestrando la superficie de interacción Rho en NusG y
bloqueando la formación de una horquilla terminadora. El ribosoma
RNAP posterior también puede empujar RNAP hacia adelante, inhibiendo
Escapar
la pausa y evitando la detención de la transcripción70.
NTP
Pausa

Pausa elemental Omitir múltiples terminadores consecutivos

Los mecanismos específicos de la señal descritos anteriormente
equilibran la expresión génica del operón objetivo en respuesta a
Extremo 3ÿ deshilachado
una señal reguladora, como la concentración de un metabolito.
Por el contrario, los mecanismos de antiterminación procesiva
Terminación aumentan la probabilidad de que RNAP llegue al final de un
terminador rho terminador intrínseco
operón que contiene varias señales de terminación intragénicas.
Los antiterminadores de fagos y bacterias difieren en varios
aspectos: los reguladores de fagos normalmente modifican RNAP
Cizallamiento
para permitir la lectura de todos los terminadores, mientras que
modelo
los reguladores bacterianos, la proteína ribosomal S4 y RfaH, no
tienen efectos fuertes en los sitios intrínsecos5,71 . Algunos
antiterminadores bacterianos pueden haber evolucionado para
disminuir la eficiencia de los terminadores intrínsecos, pero la
alostérico inhibición de la actividad de Rho es probablemente su objetivo
modelo principal. Los operones de ARN ribosomal esenciales no se
traducen y serían un objetivo fácil para Rho en ausencia del
complejo de antiterminación rrn que contiene S4. Muchos otros
Rho
genes clave en las bacterias (como los operones de biosíntesis de
Figura 4 | Un modelo de terminación y antiterminación. Durante la elongación
Reseñas rápida
de la naturaleza | Microbiología la pared celular, que son los objetivos de RfaH) se han adquirido
(fila superior), el sitio activo de la ARN polimerasa (RNAP) se optimiza para la catálisis. a través de la transferencia horizontal y se traducen de manera
Después de que la enzima haya agregado un nucleótido al ARN naciente, la enzima se ineficiente debido a su sesgo de codón; la transcripción de estos
encuentra en el 'estado pretranslocado' donde el nucleótido 3' del ARN ocupa la mitad genes sería terminada por Rho22 a menos que existiera un
aguas abajo del sitio activo. Luego, la enzima se transloca a lo largo del ADN para formar
mecanismo anti-Rho. Además, los antiterminadores celulares
el 'estado posterior a la translocación', en el que el grupo 3 'OH del ARN naciente se coloca
deberían permitir la liberación de RNAP al final de un operón, y la
en la mitad anterior del sitio activo, y el nucleósido entrante 5'-trifosfato (NTP) puede unirse
mayoría de los terminadores intergénicos son intrínsecos17. Por
fácilmente al semisitio aguas abajo vacante del sitio activo y posteriormente se incorpora al
ARN. Cuando el RNAP alcanza un sitio de pausa, el grupo 3' OH permanece en la configuración el contrario, es probable que los antiterminadores de fagos tengan
pretranslocada, lo que inhibe la unión del sustrato NTP, y el sitio activo sufre un reordenamiento un conjunto de tareas más complejo para ejecutar.
para producir el intermedio de pausa elemental en el que el 3' OH puede deshilacharse74 En el genoma del fago ÿ existen numerosos terminadores
,109. De este intermedio, RNAP puede escapar al agregar otro nucleótido o isomerizarse en dependientes de horquilla y dependientes de Rho, y algunas de
un complejo de terminación. Actualmente se debaten dos mecanismos para la formación del estas señales se conservan en otros fagos lambdoides, lo que
complejo de terminación. En el primer modelo (cizallamiento o hipertranslocación), el extremo sugiere que pueden desempeñar funciones importantes durante
3ÿ del ARN se pierde del sitio activo cuando Rho o una horquilla de ARN tiran hacia arriba del el ciclo de vida del fago. Se han ofrecido muchas propuestas para
ARN naciente o cuando el RNAP es empujado hacia adelante14,15,104. En el segundo
explicar por qué el fago ÿ retuvo sus terminadores y
modelo (alostérico), la formación de Rho o horquilla terminadora induce cambios dramáticos
antiterminadores, desde la estabilización del estado lisogénico por
dentro del complejo (indicado por una forma alterada de la enzima), pero el extremo 3 'del
la proteína N del fago ÿ hasta un reinicio rápido de la transcripción
ARN se retiene en el sitio activo28,101. Una proteína antiterminadora puede bloquear
directamente la formación del complejo de terminación, prevenir la isomerización en la pausa tardía del gen por la proteína Q72 del fago ÿ.
elemental o estabilizar el complejo de elongación contra la disociación. ¿Cómo puede un regulador evitar la terminación en múltiples
sitios? El modelo actual de control de elongación de la transcripción
postula que RNAP sufre reordenamientos estructurales en ciertos
sitios en respuesta a señales que están codificadas en ADN y
un modelo, los ribosomas de traducción ocluyen el ARN naciente, ARN (FIG. 4). Estos reordenamientos conducen a la formación de
bloqueando la unión de Rho al elemento rut. un estado de 'pausa elemental' a partir del cual surgen intermedios
En otro modelo, el ribosoma compite con Rho por unirse a de pausa, detención y terminación de larga duración73.
NusG66. Los contactos entre Rho y NusG, que juegan un papel El estado de pausa elemental se forma a partir de un complejo de
clave en la terminación mediada por Rho67,68, no se pueden elongación pretranslocado y se caracteriza por un 3 'deshilachado
establecer si NusG forma un complejo con la proteína ribosomal final del naciente RNA74 que impide la adición rápida de
30S S10 (también conocida como NusE), como se observó nucleótidos. Hay tres mecanismos por los que un antiterminador
recientemente por RMN69. Interacciones entre NusG puede actuar sobre el ARN: puede favorecer la

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RESEÑAS

NusG los mecanismos antiterminación conocidos (FIG. 5) a continuación y

a CTD discutir E. coli RfaH como un ejemplo de un antiterminador que
S10 NTD
utiliza varias estrategias para maximizar sus efectos.

+1 NusB
La proteína N del fago ÿ. N fue el primer ejemplo informado de un
NusA
antiterminador. Permite la transición entre
5' norte
las etapas temprana y media de la transcripción del fago ÿ mediante
cajaA la supresión de varios terminadores dependientes de Rho20. El N
nuez
es reclutado para el complejo de elongación a través de interacciones
con una horquilla de ARN de utilización de N (tuerca) (FIG. 5a)
b
1 y puede actuar solo en la vecindad del sitio de la nuez75; sin
+1
ÿ2–3 embargo, su acción a distancia requiere el ensamblaje de un
salir
4 complejo multipartito que incluye las proteínas bacterianas NusA,
q NusB, S10 y NusG76. N suprime la pausa y la terminación en los
5'
sitios intrínsecos y dependientes de Rho, en parte al estabilizar el
colgajo ÿ complejo de elongación, lo que evita la disociación de RNAP77. En
los sitios de terminación intrínsecos, se propone que N, junto con
C NusA, se una a la porción 5' de la horquilla terminadora e impida su
formación78. No se sabe si el complejo antiterminador que contiene
N inhibe activamente Rho bloqueando su acceso a RNA79 o
+1 simplemente acelera el RNAP, permitiéndole escapar del avance
poner
de Rho.
5'
dedo de ÿÿ-zinc

bucle de puerta ÿ
d
RfaH operaciones
RfaH
Proteína Q del fago ÿ. Q media la antiterminación en el operón
NTD
operaciones
tardío del fago ÿ. Durante el reclutamiento, un dímero Q interactúa

+1
con un sitio de ADN bicatenario específico (el sitio de utilización de
CTD
Q (qut)) justo aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción del
5' promotor tardío, PRÿ , y con la región 4 del factor
( REF.
de iniciación-ÿ
80) en un
Hélices de abrazadera ÿ Ribosoma
complejo de elongación detenido cerca del último promotor4 (FIG.
5b). Después del reclutamiento, Q viaja con RNAP largas distancias

Figura 5 | Mecanismos de antiterminación procesiva. En cada panel, solo las Reseñas de Naturaleza |
y modifica la enzima en una forma resistente a la terminación; La
Microbiología
Se muestran los elementos de la ARN polimerasa (RNAP) implicados en la antiterminación. actividad Q se ve potenciada por NusA in vitro, pero no está claro si
un | La antiterminación por la proteína N del fago ÿ requiere el ensamblaje de un gran complejo de están implicados otros factores celulares81. El modelo
ribonucleoproteína en dos elementos de ARN, boxA y la horquilla de ARN de utilización de N (nuez) . N
puede unir directamente la horquilla de tuerca por sí solo y permite que RNAP lea a través de un solo para la antiterminación mediada por Q14 sugiere que Q actúa
terminador118 (izquierda). Sin embargo, establecer la modificación resistente a la terminación de larga
inhibiendo la pausa y, por lo tanto, aumentando la barrera cinética
duración de RNAP también requiere varias proteínas Nus del huésped (NusA, NusB, proteína ribosómica
a la terminación e interfiriendo con la formación de una horquilla
30S S10 (también conocida como NusE) y NusG) para estabilizar el complejo antiterminador a través de
terminadora. Actuando junto con NusA, Q protege al ARN naciente
una red de interacciones (derecha) 76. segundo | El reclutamiento de proteína Q del fago ÿ a RNAP
requiere el elemento de ADN de utilización de Q (qut) , que se superpone al promotor y se une
de la acción de Rho y de los oligonucleótidos que inducen la

directamente a Q, y una pausa proximal al promotor, que es inducida por interacciones de la región 2 del terminación, que se hibridan con el ARN naciente para imitar la
factor de iniciación-ÿ con un – elemento promotor similar a 10 en el ADN transcrito81 ; factor ÿ horquilla16, lo que implica que Q y NusA forman un escudo
la región 4 también interactúa con Q (REF. 80). Después del reclutamiento, Q se convierte en una alrededor de la transcripción. La identificación reciente del colgajo ÿ
subunidad RNAP y modifica la enzima a un estado de proceso. NusA puede estimular la actividad Q. de RNAP como un objetivo de Q es consistente con este mecanismo
do | La antiterminación por utilización de polimerasa (put) RNA es independiente de las proteínas de exclusión directa y sugiere una explicación para la estabilización
accesorias pero requiere una unión estable de put RNA a la enzima119. re | El dominio amino-terminal del complejo de elongación mediada por Q82. Cuando actúa por sí
(NTD) de RfaH se une al ADN que no es plantilla en el complejo de elongación detenido en el sitio
mismo, es probable que Q impida la terminación a través de su
supresor de polaridad del operón (ops) (izquierda), lo que desencadena la disociación del dominio, que
actividad anti-pausa16.
a su vez desenmascara el sitio que se une al ÿ ÿ-hélices de sujeción92. RfaH permanece unido al
complejo de elongación a través de los contactos de NTD con las hélices de abrazadera ÿÿ, el bucle de
puerta ÿ y el ADN sin plantilla (derecha). CTD, dominio carboxi-terminal.
Antiterminación en los operones de ARNr. Los operones rrn no
traducidos son especialmente vulnerables a la terminación por parte
de Rho debido a su longitud y falta de traducción. Varios mecanismos
estado post-translocado del complejo de elongación; puede anclar de antiterminación impiden el efecto de Rho en estos operones.
el extremo 3ÿ en el sitio activo; y puede bloquear el acceso de Rho Primero, las transcripciones de ARN ribosómico se pliegan en
al ARN o prevenir la formación de la horquilla terminadora. Los dos estructuras secundarias elaboradas que pueden enmascarar los
primeros mecanismos afectarán necesariamente tanto a los sitios de celo. En segundo lugar, las proteínas ribosómicas
terminadores intrínsecos como a los dependientes de factores, así interactúan con el rRNA naciente co-transcripcionalmente83,
como a la pausa y detención de RNAP, mientras que el tercer protegiendo el transcrito de Rho. En tercer lugar, un complejo de
mecanismo puede ser específico de la señal. Describimos brevemente antiterminación rrn modifica el RNAP en un estado resistente a Rho84. Este

RESEÑAS DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 9 | MAYO 2011 | 325

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RESEÑAS
dedo de zinc
Un pequeño motivo proteico en el
que la estructura está estabilizada
por un ion Zn2+ unido .
Burbuja de transcripción
Una región de 12 a 14 nucleótidos
en la que la ARN polimerasa separa
las hebras de ADN molde y no molde.
326 | MAYO 2011 | VOLUMEN 9
El complejo está compuesto por los mismos determinantes de ácido
nucleico y proteína que el complejo N del fago ÿ85, excepto que N se
sustituye por S4, que se une directamente a RNAP y puede actuar
como un antiterminador por sí mismo71. Eso
se desconoce si la actividad de Rho se inhibe directamente (por
oclusión estérica) o cinéticamente (la tasa de síntesis de rRNA es
mucho mayor que la de los genes codificadores) y si S4 es el
antiterminador clave en este complejo.
El fago HK022 puso ARN. Los transcritos de los genes de utilización
de polimerasa L (putL) y putR se pliegan en dos estructuras de bucle
de tallo de ARN (figura 5c). Un brazo de cada ARN puesto se une
directamente a RNAP durante la elongación; Las enzimas modificadas
por put se transcriben a velocidades más rápidas que las enzimas
que no están unidas por ARN put y leen a través de terminadores
ubicados miles de pares de bases aguas abajo86. La actividad de los
transcritos de put puede reconstituirse in vitro en ausencia de factores
accesorios y se cree que está mediada por una interacción directa
con el dedo de zinc ÿÿ87. Los ARN de put inhiben el retroceso de
RNAP cerca del sitio de reclutamiento al bloquear el reingreso de la
transcripción en el canal de salida del ARN88, pero el mecanismo de
modificación de antiterminación de largo alcance y la participación de
cualquier proteína celular siguen siendo desconocidos. Un elemento
de ARN que actúa en cis recientemente descrito (ARN asociado a
eps) que activa la expresión de genes de exopolisacáridos en B.
subtilis89
puede utilizar un mecanismo similar para modificar RNAP en el
estado de antiterminación.
RfaH. RfaH es un parálogo especializado de NusG que
aumenta la expresión de genes distales en varias operaciones en E.
coli y bacterias relacionadas90. A diferencia de NusG, que es esencial
en E. coli 68 de tipo salvaje y está asociado con RNAP durante la
transcripción de la mayoría de E. coli str. Sust. K12 MG1655 genes29,
RfaH es prescindible para el crecimiento de E. coli comensal y se
dirige solo a aquellos operones que tienen un supresor de polaridad
de operón de 12 nucleótidos (ops)
elemento en sus regiones líderes no traducidas91. El elemento ops
(FIG. 5d) media la unión específica de secuencia de RfaH al ADN5
que no es plantilla y puede inducir la isomerización del complejo de
elongación en el estado distinto que es necesario para el reclutamiento
de RfaH. Después del reclutamiento, RfaH permanece unido a RNAP
durante la transcripción de un operón completo in vivo91 y reduce la
pausa y la terminación in vitro91,92.
E. coli RfaH y NusG constan de dos dominios92,93.
Los dominios amino-terminales son muy similares; interactúan con
las hélices de sujeción ÿÿ y median los efectos antipausa de RfaH y
NusG in vitro. Por el contrario, los dominios carboxi-terminales de
estas dos proteínas tienen estructuras muy diferentes (una horquilla
helicoidal ÿ en RfaH y un barril ÿ en NusG) y confieren funciones
específicas de proteína. En RfaH, el dominio C-terminal enmascara
el sitio de unión a RNAP en el dominio N-terminal a menos que el
sitio ops esté presente en el ADN transcrito, lo que restringe la acción
de RfaH a los operones que contienen ops92.
En NusG, el dominio C-terminal interactúa con Rho para aumentar la
terminación dependiente de Rho93,94 y con la proteína ribosomal
S10 para acoplar la transcripción a la traducción69,70.
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Estudios recientes revelan que NusG y RfaH tienen funciones
reguladoras opuestas en la célula. NusG actúa junto con Rho para
inhibir la expresión de genes extraños22, mientras que RfaH inhibe
la acción de Rho y, por lo tanto, activa la expresión de genes
adquiridos lateralmente91. RfaH reduce la polaridad mediada por
Rho por varios mecanismos independientes.
Primero, RfaH se une fuertemente a las hélices de abrazadera ÿÿ
y compite contra un gran exceso de NusG91 o ÿ-factor95
in vitro. NusG también está ausente de las operaciones controladas
por RfaH in vivo91. Por lo tanto, RfaH excluye a NusG del complejo
de elongación, lo que inhibe la liberación de ARN mediada por Rho.
En segundo lugar, RfaH modifica RNAP en un estado resistente a la
pausa, lo que inhibe Rho, que se dirige preferentemente a RNAP en
pausa30. Este efecto se compone de dos componentes. RfaH induce
la translocación hacia adelante de RNAP96, lo que probablemente se
deba a que favorece la reasociación de la cadena de ADN en la parte
anterior de la burbuja de transcripción, y RfaH también puede inhibir
la isomerización al estado de pausa elemental (FIG. 4) al controlar el
ÿÿ- movimientos de abrazadera a través de sus contactos con las
hélices ÿÿ-clamp96. Finalmente, RfaH puede limitar el acceso de Rho
a operones que contienen ops pobremente traducidos al reclutar
ribosomas. Argumentamos que el estable in vivo
asociación de RfaH con el complejo de elongación 91
requiere el secuestro del dominio C-terminal de RfaH, probablemente
por el ribosoma. Tal interacción ha sido detectada directamente97 ,
pero aún se desconoce si,complejo
de manera
de elongación69,
similar a la interacción
tiene un NusG-
papel
regulador.
Resumen y perspectivas
Dos clases de reguladores ayudan al RNAP a leer los terminadores.
La clase más grande comprende proteínas, ARN y moléculas
pequeñas que actúan sobre un terminador. Estos reguladores
controlan la transcripción en respuesta a, por ejemplo, metabolitos,
capacidad de traducción celular y condiciones ambientales. Sus
mecanismos son increíblemente diversos pero comparten un tema
común: todos afectan indirectamente al complejo de elongación. Por
el contrario, los reguladores de la segunda clase modifican RNAP en
un estado de procesamiento, resistente a pausas y terminaciones.
Aunque las proteínas antiterminación se han estudiado durante
más de 40 años33, el mecanismo molecular de la antiterminación ha
tardado en emerger. En primer lugar, se desconocían las estructuras
de los antiterminadores y sus sitios de unión en el complejo de
elongación. En segundo lugar, el mecanismo molecular detallado de
terminación permanece
claro, en parte debido a la naturaleza transitoria de los intermedios
de terminación que son difíciles de caracterizar incluso
en solución, y mucho menos capturar en un cristal.
El híbrido ARN-ADN es el elemento clave que determina la alta
estabilidad del complejo de elongación7,98,99 .
Tres modelos pueden explicar cómo Rho o una horquilla terminadora
desestabilizan el híbrido, provocando la disociación del complejo de
elongación (ver REFS 66,100
para análisis detallados). En el modelo alostérico, los cambios
estructurales en la hendidura del sitio activo que son inducidos por
una horquilla de ARN12,101 o Rho28 debilitan las interacciones con
el híbrido y desestabilizan el complejo de elongación. En el modelo
de translocación hacia adelante, RNAP se empuja hacia adelante sin
agregar nucleótidos al ARN, por lo que
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bucle de puerta ÿ
Híbrido ARN-ADN
RfaH
objetivos
Mg2+
Hélices de
abrazadera ÿ
ÿÿ-tapa y
cremallera
Zn2+
subunidad ÿÿ
terminal N
Extremo 5ÿ del ARN
dedo de zinc
p7 y poner
objetivos
Transcripción
Figura 6 | Destinos para antiterminadores procesivos. La subunidad ÿ (amarillo claro) y Nature Reviews |
Microbiología
La subunidad ÿÿ (verde claro) de la ARN polimerasa (RNAP) se muestra en representación de superficie,
con los elementos clave mostrados como dibujos animados. La cadena de ADN que no es plantilla se
muestra en azul y la cadena de ADN plantilla en negro. Se muestran el ion Mg2+ del sitio activo (magenta)
y el ion Zn2+ (negro) en el motivo de dedos de zinc. El extremo amino de la subunidad ÿÿ está marcado
con una esfera verde. Los sitios objetivo para los factores de antiterminación se muestran como óvalos
transparentes. RfaH tiene dos objetivos, las hélices de abrazadera ÿÿ y el bucle de puerta ÿ.
N, proteína N del fago ÿ; puesto, utilización de polimerasa; Q, proteína Q del fago ÿ.
acortar el híbrido usando la energía de la formación de la
horquilla, o la hidrólisis de ATP por Rho o Mfd (también conocido
como TRCF)15,102, o la energía de la unión de la proteína de
atenuación de unión a ARN Trp (TRAP)103. En la cizalla híbrida
modelo, el ARN se extrae del RNAP estacionario en ausencia de
translocación11,104, y el complejo de elongación se disocia.
Algunos datos bioquímicos argumentan a favor del modelo
alostérico de terminación intrínseca101, mientras que otros
análisis bioquímicos y de una sola molécula respaldan la
translocación hacia adelante o el mecanismo de cizallamiento,
según la señal15,104–106. Se requerirá una combinación de
enfoques y análisis de diversas señales de terminación para
identificar las características que dictan la ruta de terminación
preferida en cada sitio.
Durante la terminación, se alteran las interacciones RNAP
con el ARN naciente y se cree que la pausa precede a la liberación
del ARN. Un antiterminador puede proteger el ARN cerca
el canal de salida o inhibir la pausa, favoreciendo así cinéticamente
la vía de elongación. El canal de salida se forma entre dos
dominios móviles: el colgajo ÿ y la abrazadera ÿÿ (que incluye las
hélices de abrazadera y varias
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RESEÑAS
presillas flexibles, la tapa, la cremallera y el dedo de zinc (FIG.
6)). Un antiterminador que estabiliza el ARN en el canal de salida
a través de contactos con el colgajo ÿ o la abrazadera ÿ' resistirá
la acción de Rho o una horquilla naciente. De hecho, muchos
antiterminadores parecen apuntar al canal de salida: Q se une al
ÿ-flap82, N se une a la nuez
horquilla que probablemente se une a NusA y el ÿ-flap12,78,107 ,
es probable que el ARN interactúe con el ÿÿ-zinc-finger88, y la
proteína p7 del fago Xp10 se une al extremo N de la subunidad
ÿÿ que está desordenada en todos estructuras actuales, pero
pueden estar cerca de la salida del ARN108. N parece inhibir la
formación de la horquilla terminadora78. Q, actuando en conjunto
con NusA, protege ~10 nucleótidos adicionales de la transcripción
colgajo ÿ emergente de la digestión con nucleasas y resiste la acción de
Rho y los oligonucleótidos que imitan la horquilla16.
La actividad antipausa también es común entre los
antiterminadores, pero se desconoce su mecanismo detallado.
Los antiterminadores pueden apuntar a la abrazadera RNAP73
objetivo de
porque se cree que el estado cerrado de la abrazadera es
N y Q en
la necesario para la elongación procesiva. En un sitio de pausa, la
subunidad ÿ abrazadera puede abrirse parcialmente para permitir que se deshilache el 3 '
nucleótido fuera del sitio activo74,109. En un terminador, la
abrazadera podría abrirse aún más para permitir la liberación del
ADN; los modelos alostéricos de terminación invocan grandes
movimientos de la pinza28,101. Al estabilizar la abrazadera, un
regulador podría favorecer el estado activo catalíticamente
competente del complejo de elongación. Nuestros estudios
recientes sugieren que RfaH reduce la pausa por este mecanismo.
RfaH se une simultáneamente a las hélices de abrazadera ÿÿ y al
bucle de puerta ÿ110, los dos elementos ubicados en los lados
opuestos del canal principal (FIG. 6), y cierra la brecha a través
del ADN aguas abajo. La abrazadera continua formada por las
hélices de abrazadera ÿÿ, RfaH y el bucle de puerta ÿ garantiza
que la abrazadera permanezca bloqueada incluso cuando el
RNAP encuentra una señal de pausa. Otras proteínas
estructuralmente no relacionadas pueden inhibir la pausa y la
terminación bloqueando la abrazadera mediante la unión a los
mismos o diferentes determinantes en RNAP.
El mecanismo de bloqueo de la abrazadera puede ser antiguo
y omnipresente. En todos los dominios de la vida, RNAP debe
superar numerosas barreras, como secuencias que inducen
pausas, reguladores unidos al ADN o proteínas de
empaquetamiento del ADN (por ejemplo, proteínas asociadas a
nucleoides en bacterias y crenarchaeota, y nucleosomas en
eucariotas y euryarchaeota). La organización estructural de los
RNAP de subunidades múltiples está muy conservada, lo que
sugiere que el control de la procesividad RNAP también es
universal. De hecho, RfaH pertenece al único grupo conocido de
factores de elongación de la transcripción ubicuos111, y se ha
informado que la proteína archaeal Spt5 aumenta la elongación a
través de los contactos con las hélices de sujeción112 y une el
canal principal113,114 .
Los estudios estructurales recientes de RNAP y sus complejos,
la localización de factores de transcripción en todo el genoma, los
análisis de moléculas individuales y los estudios de soluciones
convencionales han llevado a avances tremendos en nuestra
comprensión del mecanismo y la regulación de la elongación de
la cadena de ARN. Para comprender la terminación y su control
por factores accesorios, ahora debemos probar la estructura y la
dinámica de los intermediarios de terminación en tiempo real.
VOLUMEN 9 | MAYO 2011 | 327
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RESEÑAS
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Agradecimientos
Agradecemos a N. Ruiz ya los árbitros anónimos por su ayuda en la mejora
del manuscrito. Este trabajo fue apoyado por las subvenciones GM67153 (a
IA) y F32-GM073336 (a TJS) de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU.
Declaración de intereses contrapuestos
Los autores declaran no tener intereses financieros en competencia.
MÁS INFORMACIÓN
Página de inicio de Irina Artsimovitch:
http://microbiology.osu.edu/faculty/artsimovitch-irina
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