Escuela de Ciencias Aplicadas e Ingenierías

Curso Biología S2461-0236

Taller Reconstrucción Filogenética (10%)

Nombres: Maria José Giraldo, Pablo Arboleda y Antonio Gutiérrez

PARTE 1:

1. (Valor = 0.5) Basándose en la siguiente filogenia, mencione o señale 3 grupos monofiléticos, 3

parafiléticos y 2 polifiléticos.

L. Marivaux et al. A fossil lemur from the Oligocene of Pakistan. Science 294, 587 (2001). [The above
is only a portion of the figure].

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2. (Valor = 0.5) A partir de la filogenia anterior, grafique 3 topologías diferentes (cada una con 5
terminales) que no representen incongruencias en las relaciones entre taxa (Genere sus propios
valores de Bootstrap). Grafique una cuarta topología que sea incongruente con las demás. Recuerda
que valores de Bootstrap > 75 indican alto soporte.
Nota: Puedes adjuntar una foto o realizar las topologías en Paint o Power Point.

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3. (Valor = 0.1) Con referencia al siguiente anterior, ¿Cuál de las siguientes es una declaración
precisa de las relaciones?
a. Un alga verde está más estrechamente relacionada con un alga roja que con un musgo.
b. Un alga verde está más estrechamente relacionada con un musgo que con un alga roja.
c. Un alga verde está igualmente relacionada con un alga roja y un musgo.
d. Un alga verde está relacionada con un alga roja, pero no está relacionada con un musgo.

4. (Valor = 0.1) Con referencia al siguiente anterior, ¿Cuál de las siguientes es una declaración
precisa de las relaciones?
a. Una foca está más estrechamente relacionada con un caballo que con una ballena.
b. Una foca está más estrechamente relacionada con una ballena que con un caballo.
c. Una foca está igualmente relacionada con un caballo y una ballena.
d. Una foca está relacionada con una ballena, pero no está relacionada con un caballo.

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5. (Valor = 0.1) En el siguiente árbol, suponga que el ancestro más antiguo (señalado por la flecha
roja) tenía cola larga, solapas en las orejas, testículos externos y garras fijas. Según el árbol y
suponiendo que se muestran todos los cambios evolutivos en estos rasgos, ¿Qué rasgos tiene un
león marino?
a. cola larga, orejeras, testículos externos y garras fijas
b. cola corta, sin orejeras, testículos externos y garras fijas
c. cola corta, sin orejeras, testículos abdominales y garras fijas
d. cola corta, orejeras, testículos abdominales y garras fijas
e. cola larga, orejeras, testículos abdominales y garras retráctiles

6. (Valor = 0.1) ¿Cuál de las cinco marcas en el árbol de abajo corresponde al ancestro
común más reciente de un hongo y una esponja?
6: d

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7. (Valor = 0.1) ¿Cuál de los árboles de abajo es falso o incongruente dada la siguiente
filogenia?

7: d

PARTE 2:

Para el desarrollo del taller será necesario descargar e instalar los siguientes programas:
1. Geneious (Kearse et al., 2012) http://www.geneious.com. Al descargar este programa tendrá una
versión gratuita por 30 días donde podrá usar libremente todas sus herramientas.

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2. MEGA (Kumar et al., 2016) http://www.megasoftware.net.

Realizar análisis filogenéticos requiere de un detallado diseño experimental, en especial seleccionar

el gen adecuado para responder cada pregunta. Usted deberá evaluar cuál es el gen ideal para resolver
las relaciones filogenéticas de un grupo de chuchas andinas de alta montaña pertenecientes al género
Caenolestes. Para ello deberá realizar una reconstrucción filogenética de dos matrices de genes
adjuntas, una correspondiente al gen mitocondrial Citocromo-b (Caenolestes_CYTB_seq.fasta), y otra
del intrón 14 del gen nuclear OGT ligado al cromosoma X (Caenolestes_OGT.nex).

El primero de los archivos corresponde a un conjunto de secuencias (formato.fasta) que no están

alineadas. Por lo tanto, usted deberá realizar el alineamiento de las secuencias.

Primero, cargue el archivo en

Geneious. Como podrá observar,
hay algunas secuencias
que están invertidas (reversed) y no
sirven para realizar análisis
filogenéticos. Por lo tanto, asegúrese
de seleccionarlas y generar el
complemento haciendo click en R.C
(Reverse Complement…).

Una vez las secuencias están listas, seleccionar todas las secuencias e ir a la opción Align/Assemble –
Multiple Align– MUSCLE Assemble. Posteriormente, seleccione el archivo resultante “Nucleotide
alignment” y verifique que todas las secuencias estén en el marco de lectura adecuado (Frame 1, 2 o 3)

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y que por supuesto sean “Open Reading Frame”. Para ello, diríjase a la pestaña indicada en el recuadro
azul y marque las opciones señaladas.

El segundo archivo (Caenolestes_OGT.nex) es un alineamiento listo para la inferencia filogenética.

Nota: Antes de iniciar los análisis siguientes, descargue el “plugin” del programa de inferencia
filogenética RAxML en Geneious (Tools - Plugins - Busque el plugin RaxML – Install - OK).

Cada uno de los alineamientos (tanto CYTB como OGT) deberá ser sometido a un método de
reconstrucción filogenética haciendo uso de Geneious como se detalla a continuación. Seleccione el
alineamiento de uno de sus genes (CYTB o OGT), y realice una reconstrucción filogenética usando
RaxML que incluya valores de soporte de Boostrap (Tools – Tree – RaxML – Nucleotide Model [GTR
GAMMA] – Algorithm [Rapid Bootstrapping and search for best-scoring ML tree] – Number of
bootstrap replicates[100]- OK). Este procedimiento le debe arrojar dos archivos, donde uno de ellos es
un árbol de Maximum Likelihood con valores de soporte de las ramas para el gen seleccionado. Repita
el proceso para el otro gen.

Adicional a la reconstrucción filogenética, será importante conocer la variabilidad genética de las

muestras de cada uno de los genes, para lo cual usaremos el estadístico más sencillo: la distancia-p
(distancia genética promedio de las muestras). En Geneious, genere una copia de cada uno de sus
alineamientos donde solo incluya el grupo interno, es decir, elimine la secuencia del grupo externo
(Monodelphis). Posteriormente diríjase a File – Export – Selected Documents – seleccione la opción
MEGA format y guarde el archivo con la extensión *.meg. Cada uno de los archivos .meg los abrirá en

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MEGA: File – Open file y siga las instrucciones dependiendo del archivo que esté abriendo (i.e.,
codifica para proteínas? de qué genoma?). Diríjase a Distance – Compute Overall Mean Distance – siga
las opciones de la siguiente figura (luego discutiremos los detalles de las opciones).

Responda las siguientes preguntas:

1. (Valor Total = 0.5) ¿Qué es un alineamiento de secuencias de ADN?

Un alineamiento de ADN es un método de comparación de dos o más cadenas genéticas, es decir,
alinear es organizar las cadenas de ADN para que sean homólogas y se puedan comparar con lo
comparable. Esto ayuda a cubrir puntos genéticos en común.
2. (Valor Total = 0.5) ¿Por qué el alineamiento de CYTB debe ser “Open Reading Frame”? ¿El
alineamiento de OGT también debe serlo?
El alineamiento del gen CYTB debe ser marco de lectura abierto debido a que este gen tiene como
función codificar proteínas para la mitocondria, es decir, para que sus funciones se den de manera

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correcta las secuencias deben estar en el marco de lectura correcto para que su traducción no
conlleve errores que afecten el proceso consiguiente de traducción de la información genética en
una secuencia de proteínas. Por otro lado, el fen OGT que proviene del intrón 14 del gen nuclear,
en pocas palabras hace parte del ADN Nuclear, sin embargo, que sea un intrón nos dice que tiene
información genética no codificable por lo que no debe ser “open Reading frame”.

3. (Valor Total = 1) ¿Cuál de los dos genes parece más adecuado para responder la pregunta de
investigación? ¿Por qué? Adjunte evidencia.
De los dos genes el que parece más adecuado es el gel CYTB, de acuerdo con nuestra recreación de
las relaciones filogenéticas del género caenolestes, el gen CYTB nos arroja valores de Boostrap
coherentes de acuerdo con la organización de las ramas dando a entender la diversidad entre esta
especie, es decir, puedo interpretar fácilmente los ancestros comunes y dado a los valores interpreto
que especies son hermanas dentro de este clado. Además, este gen es un buen marcador genético, la
alta variabilidad genética y la capacidad del gen CYTB para proporcionar información sobre linajes
o ancestros lo convierten en una elección sólida para resolver las relaciones evolutivas en este
grupo de mamíferos.

GEN CYTB GEN OGT

4. (Valor Total = 0.5) ¿Cuál es el porcentaje de divergencia de cada set de datos? ¿Cómo se
relacionan estos valores con su respuesta del numeral 3? Adjunte evidencia.

Para el gen CYTB tenemos un porcentaje (%) de divergencia de 0.10095 y para el gen OGT
tenemos un porcentaje (%) de divergencia de 0.00907. Estos valores se relacionan con la respuesta

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anterior (numeral 3) ya que seguimos netamente la significancia de distancia-p, con esto queremos
decir que la variabilidad del gen CYTB se debe a que se posee una tasa de evolución alta y “rápida”
que evidencia cambios en la secuencia de ADN y el árbol congruente con esta respuesta en el gen
CYTB, el grado de variación alto proporciona más información sobre la diversidad genética de la
especie estudiada.

GEN CYTB GEN OGT

5. (Valor Total = 1) Como ingenier@, plantee una pregunta de investigación donde deba
implementar las herramientas otorgadas en este taller (Máximo 500 palabras).

¿Cómo influye el cambio climático en la producción agrícola y en la genética de los cultivos?

El cambio climático es un problema inminente al que se enfrenta toda la humanidad, debido al

aumento de las temperaturas, los cambios en patrones de lluvia y la frecuencia de eventos
climáticos extremos. La producción agrícola es uno de los sectores más afectados, pero no solo a
gran escala, también los productores de alimentos a pequeña escala ponen en riesgo su sustento
económico lo que hace ver a la industria en la necesidad de desarrollar especies modificadas, por
medio de la genética, más resistentes y adaptadas a condiciones climáticas cambiantes.

Genious prime es una herramienta versátil que puede utilizarse en aspectos de la investigación de
plantas y el impacto que genera el cambio climático, En particular, puede ser útil en el análisis de
secuencias genéticas de plantas expuestas a estas variables del cambio, en ejemplo, determinar en

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algunas especias (pimentón, tomate, entre otros) que produce en ellas el aumento de CO2 en el
ambiente, el incremento de la temperatura o como afecta la transpiración la sequía.

La expresión génica puede ser otra aplicación o uso de las herramientas-mega, genious prima- ,
sería útil comprender en como los genes cambian a medida que son expuestas a condiciones
extremas, la investigación puede ser llevada a cabo con plantas que están plantadas al aire libre y en
invernadero. Estas últimas están en un ambiente protegido y “controlado” a diferencia de la
producción tradicional, lo cual confiere investigar si por esa razón las plantas al aire libre
expresarían genes de una manera dispar haciendo uso de la comparación de genomas.

Siguiendo este contexto la humanidad se ve en la necesidad de hacer uso de la biotecnología para

enfrentar esta situación. Mediante el mejoramiento genético y agrobiotecnología se puede mejorar
la adaptabilidad de las plantas a ciertos factores climáticos extremos siendo los más comunes la
sequía y su contraparte la inundación, también sumamos factores cómo los calores extremos que
aumentan desproporcionadamente el uso de agua para el riego, aunque el engendramiento de
mejoras genéticas en los agroecosistemas puede tomar bastante tiempo y a su vez construir árboles
filogenéticos pueden ayudar a resolver temas de variabilidad para indagar o seleccionar especies de
plantas que muestras suficiente variabilidad para adaptase al nuevo ambiente

En resumen, Genious prime es una herramienta poderosa e interesante que puede utilizarse además
de lo dicho, en diseños de primers, análisis de secuencias genéticas asentados a la investigación de
genética de plantas y su correlación con la producción. Incluso podemos abordar este desafío con
técnicas modernas cómo el CRISPR/cas9, el cual consiste en una técnica de edición genética puede
permitirle a una planta desarrollar una mayor resistencia frente a la adversidad climatológica
presentada. Sin embargo, es crucial mantener una diversidad genética adecuada al utilizar técnicas
de edición genética. Esta es fundamental para garantizar resistencia a enfermedades y plagas, así
como para mantener adaptabilidad al diferente entorno, aprovechando la biotecnología. Aunado a
esto, los arboles filogenéticos darían una perspectiva más completa.

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