Aminoácidos, Interacciones y

Estructura de proteínas
Wilfredo Evangelista Falcón. PhD.
wilfredo.evangelista@upch.pe
El Dogma Central de la Biología Molecular
La dirección de lectura del mRNA corresponde a la
direccionalidad química de las proteínas

5’ 3’
mRNA
+NH -terminus
3

COO--terminus
ESTRUCTURA – FUNCIÓN
Aminoácido
Enlace peptídico
El polipéptido Enlaces simples: orbitales sigma
Enlaces dobles: orbitales pi
Estructura de un péptido
• Reconozca los aminoácidos de la
figura.
• ¿Cuántos aminoácidos hay en
este péptido?
Estructura de un péptido
• ¿Qué indican los puntos rojos?
Estructura de un péptido
• ¿Cuál(es) es un aminoácido
hidrofílico?
• .
• .
• .
• .
• ¿Cuál(es) es un aminoácido
hidrofóbico?
• .
• .
• .
• .
Estructura de un péptido
• ¿Puedes saber a qué pH estamos
observando este péptido?

• Relativamente básico (>8) Poco[H+]

O- • Neutro (~7)

• Relativamente ácido (<5) Mucho[H+]

• ¿Cómo lo sabes?
O-
ESTRUCTURA – FUNCIÓN
 “Interacciones débiles” – conducen y estabilizan el plegamiento

Puentes de hidrógeno
Tienen energía de enlace de
2-5 kcal/mol; parece débil en
relación a un enlace covalente
(70-100 kcal/mol), pero son
muy numerosos.

Puente disulfuro
La oxidación de grupos
sulfhidrilo de dos cisteínas. Puentes iónico
Intramolecular (p.ej. (o salino)
Ribonucleasa, lisozima); Energía de
Intermolecular (p.ej. enlace de ~3
Inmunoglobulinas). kcal/mol. Su
valor depende
del pH y se
reduce con la
Interacciones de Van der Waals salinidad del
Las nubes electrónicas cercanas medio.
oscilan formando dipolos
inducidos que se atrane entre
síDipole molecules attract each
other by van der Waals force
(energía de enlace: 0.1-0.2 Efecto hidrofóbico
kcal/mol) Es el principal motor inicial del plegamiento. Su contribución
puede aumentar con la temperatura y la salinidad del medio.
Los Sistemas Biológicos son guiados fundamentalmente por Interacciones
Electromagnéticas

• Enlaces Covalentes
• Enlaces No-covalentes (Interacciones Débiles):
• Puentes de Hidrógeno
• Efecto Hidrofóbico
• Interacciones Iónicas
• Interacciones Ión-Dipolo
• Interacciones Dipolo-Dipolo
• Fuerzas de Van der Waals
Enlace Covalente
 Covalente: puente disulfuro

Cisteína
Cys
C
No Covalente: interacción iónica
No Covalente: puente de hidrógeno
No Covalente: dipolo-dipolo
No Covalente: Van der Waals
Las interacciones débiles dirigen el proceso de ‘docking’ molecular
Solutos no-
polares
Lípidos dispersos
Cada molécula de lípido obliga a
las moléculas de agua
circundantes a mantenerse
altamente organizadas.

Condición inicial
DS = Sfinal-Sinicial >0, para el Sistema de ácidos grasos + agua.
¿y si el Sistema que mido es solo los ác. grasos?
DS = Sfinal-Sinicial <0

Lípidos aglomerados
Solo los bordes del aglomerado obligan
a las moléculas de agua a organizarse.
Menos moléculas se organizan.
La aglomeración aumenta la entropía

DS = Sfinal-Sinicial >0
Condición final
Lípidos en micelas
Todos los grupos hidrofóbicos
están secuestrados fuera del
agua; la proporción de
moléculas de agua organizadas
es mínima y la entropía
aumenta.
La estructura de la proteína depende de su secuencia de aminoácidos – esto es, de las
interacciones que esta permite

1ria: secuencia

2ria: interacciones
locales 3ria:
interacciones
de secuencias
lejanas 4ria: interacciones
entre subunidades
El experimento de Anfinsen

https://www.youtube.com/watch?v=tTNH6EVB_0w
Cambio de energía libre por plegamiento, DGF

DG

DGfold

https://www.youtube.com/watch?v=zm-3kovWpNQ
 Ángulos de torsión del polipéptido

Ángulos
permitidos
 Ángulos
prohibidos
Plots de Ramachandran

Proteína con hojas beta

(puntos amarillos) y una
alfa hélice (puntos
rojos)
Estructura Secundaria
• Alfa hélice
• Hojas beta
• Beta–turn (U-turn) (Reverse–turn)
The α-helix.

0.5nm
Pauling and Corey
twisted models of
polypeptides around to
find ways of getting the
backbone into regular
conformations which
would agree with α-
keratin fibre diffraction
data.
alpha-helix dipole
membrana ¿cuánto mide la
membrana?

Bovine rhodopsin (PDB file 1GZM), with a

bundle of seven helices crossing the
membrane (membrane surfaces marked by
horizontal lines)
 Hoja Beta

Pauling and Corey

derived a model for
the conformation of
fibrous proteins
known as β-keratins.
The axial distance between adjacent residues is
3.5 Å.
the parallel β-sheet has
somewhat more distorted
and consequently weaker
hydrogen bonds between
the strands than the
classical Pauling-Corey
models :
Estructura Super-secundaria

Secondary structure elements are observed to combine in

specific geometric arrangements known as motifs or
super-secondary structures.

1. Beta-hairpins
2. Beta-corners
3. Helix hairpins
4. Alpha-Alpha corners
5. Helix-Turn-Helix
6. Beta-Alpha-Beta
 6. Beta-Alpha-Beta
Parallel β-strands are
connected by longer regions
of chain which cross the β-
sheet and frequently contain
α-helical segments. This motif
is called the β-a-β motif and is
found in most proteins that
have a parallel β-sheet.
Estructura Terciaria

• Proteínas fibrosas
• Estructural (citoesqueleto, soporte)
• Prevalencia de una dimensión
• Relativamente baja solubilidad

• Proteínas Globulares
• Funcional (enzimas)
• Prevalencia de tres dimensiones
• Alta solubilidad (excepto en proteínas de membrana)
Estructura Terciaria
Proteínas fibrosas
Alfa-hélices (alfa-keratina)
Alfa - keratina
Estructura del colágeno
(Triple hélice, hélice tipo II)

Gly en rojo
hélices interconectadas por puentes disulfuro
(colágeno)
Estructura de la seda (fribroína)
{hojas beta}
Ejemplos de fibroína
Proteínas Globulares
• En las proteínas globulares, la diversidad estructural refleja la
diversidad funcional

• Topologías de proteínas globulares:

• Todo Alfa
• Todo Beta
• Alfa / Beta
Diversidad de topologías y arquitecturas
• Observar la “Protein Chart”

• Bioquímica: Fundamentos para medicina y ciencias de la vida.

• Centelles Serra, Josep; Müller-Esterl, Werner
• https://www.digitaliapublishing.com/a/67910
Métodos para la determinación de la estructura 3D de proteínas:

• Métodos experimentales
• Cristalografía por rayos-X
• Resonancia Magnética Nuclear (NMR)
• Críomicroscopía electrónica (CryoEM)

• Métodos teóricos
• Por homología
X-Ray Crystallography

protein crystal
diffracted
x-ray
incoming
x-ray

detector
goniometer controls crystal
orientation diffraction pattern
Purified
Protein

Solve the Phase Problem

-MIR, MAD or MR
CryoEM Single-Particle Analysis