UNIVERSIDAD NACIONAL AGRARIA LA MOLINA

FACULTAD DE CIENCIAS
DEPARTAMENTO ACADÉMICO DE BIOLOGÍA

SÍLABO

1. INFORMACIÓN GENERAL
Asignatura: Principios de Bioinformática
Código: CC4089
Créditos: 03
Horas de Teoría: 2 H. semanales
Horas de Practica: 2 H. semanales
Requsitos: CC3031 Genética
CC2003 Biología Celular
Profesores: Roberto Carlos Mansilla Samaniego
(rmansilla@lamolina.edu.pe )
Ana Vargas Paredes
(anavargas@lamolina.edu.pe )
Ciclo: 07
Semestre: 2023 II

2. Sumilla
El curso Principios de Bioinformática, es un curso teórico práctico de pregrado que pertenece a la
formación profesional de carácter electiva. El propósito del curso es permitir a los estudiantes
lograr capacidades para comprender conceptos y el uso de la bioinformática y la biología
computacional, útil en el análisis de la información biológica en especial genética y genómica que
se generan con las últimas tecnologías de secuenciación. Se imparte a los participantes los
conocimientos básicos de la biología computacional, el uso de bases de datos de información
biológica, alineamiento de secuencias, análisis filogenético con recursos computacionales,
técnicas de secuenciación, tipos de archivos, control de calidad de secuencias y mapeo. Así como
también la instalación y uso de sistemas Linux y de ambientes o programas bioinformáticas.
3. Competencias

Competencias genéricas

CG-1. Habilidades interpersonales:

Desarrolla habilidades y usa herramientas de comunicación, análisis, solución de
problemas, pensamiento crítico y creativo para trabajar en equipo, compatibles con la
Misión de la Facultad y la Universidad.

Competencias específicas.

CE-1. Diversidad y funcionamiento de los sistemas biológicos

Analiza las estructuras básicas y procesos fundamentales de los sistemas biológicos y/o
ecológicos para describir la vida aplicando métodos, técnicas y procedimientos de
acuerdo con las orientaciones de Biotecnología y/o Ecología.
El curso de bioinformática contribuye con las competencias especializadas del egresado
del programa de estudios de Biología, permitiéndole utilizar herramientas de la biología
computacional en las labores específicas de investigación, así como, en el desarrollo y
uso de la biotecnología.
 Competencias del curso.

Propone soluciones a problemas en el tratamiento de datos de secuencias biológicas,

mediante análisis de datos provenientes de secuenciación de ADN y proteínas utilizando
herramientas bioinformáticas.

4. PROGRAMACIÓN CALENDARIZADA DE CONTENIDOS

CAPÍTULO 01:” INTRODUCCIÓN”

Logro: Al finalizar la unidad el estudiante explicará lo que es la bioinformática, reconocerá

la potencialidad en el desarrollo del conocimiento de los genomas.
Contenidos conceptuales: lo qué es la Bioinformática. Historia de la Bioinformática, los
principales usos de la bioinformática y la potencialidad en el desarrollo del conocimiento de los
genomas.
Semana Contenidos procedimentales: Identifica los problemas que pueden ser solucionados
1 mediante las técnicas bioinformáticas. Identifica los momentos más importantes en el
desarrollo de la bioinformática.
Contenidos actitudinales: Puntualidad, fomenta mediante una actitud de responsabilidad
el trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales planteados
en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informes de seminarios. Examen en la semana 7.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- Baxevanis, Andreas D.; B. F. Francis Ouellette. 2020. Bioinformatics a Practical Guide to the Analysis
of Genes and Proteins 4ta Edición. 457p
- Sepúlveda, Yulian Adalberto. 2019. Bioinformática: una mirada epistemológica y conceptual desde
su interdisciplinaridad. Artículo de Conferencia.
https://www.researchgate.net/publication/332220213_Bioinformatics_an_epistemological_and_conc
eptual_look_from_its_interdisciplinarity_Bioinformatica_una_mirada_epistemologica_y_conceptual
_desde_su_interdisciplinaridad.

CAPÍTULO 02: TIPOS DE SECUENCIAS USO DE BASES DE DATOS, INTRODUCCIÓN AL

DISEÑO DE CEBADORES
Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de descargar desde las bases de datos
de secuencias de proteínas, de ARN y de ADN, secuencias de genes específicos.
Contenidos conceptuales: Las más importantes bases de datos de secuencias de
proteínas y de DNA, y como descargar información de estas. Bases de Datos de nucleótidos,
bases de datos de proteínas, bases de datos de secuencias NGS.
Semanas
Contenidos procedimentales: Reconoce y describe las principales bases de datos de
2, 3 Y 4
secuencias de datos biológicos. Establece los parámetros de búsqueda de secuencias de
proteínas, ARN y ADN.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el trabajo en
equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales planteados
en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informes de seminarios. Examen en la semana 7.
Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:
- Blanco-García, Enrique. 2013. Genómica Computacional 1ra Edición. Ed. UOC.
247p.

CAPÍTULO 03 ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS PAR A PAR

Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de alinear dos secuencias de

ácidos nucleicos par a par identificando los parámetros usados comúnmente.
Contenidos conceptuales: ¿Qué es el alineamiento de secuencias? Principales
pasos y algoritmos utilizados en el alineamiento de secuencias. Matrices de escoreo.
Programación dinámica, métodos heurísticos. Estadísticos del escoreo de
alineamiento.
Semanas
4y5 Contenidos procedimentales: Reconoce los algoritmos que generalmente son
utilizados para el alineamiento de secuencias.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el
trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales
planteados en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informes de seminarios. Examen en la semana 7.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- Blanco-García, Enrique. 2013. Genómica Computacional 1ra Edición. Ed.
UOC. 247p.
- Mukhopadhyay, Chandra Sekhar; Choudhary, Ratan Kumar; Iquebal, Mir Asif. 2018.
Basic Applied Bioinformatics. 1ra Edición. John Wiley & Sons. 505 p.

CAPÍTULO 04: ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE SECUENCIAS

Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de explicar los principales

algoritmos utilizadnos en el mapeo múltiple de secuencias.
Contenidos conceptuales: Principales pasos y algoritmos utilizados en el
alineamiento múltiple de secuencias. Algoritmos utilizados en la comparación múltiple
de secuencias Clustal W. Hidden Markov.
Semanas
Contenidos procedimentales: Reconoce y describe los principales algoritmos
6y7
utilizados para el alineamiento múltiple de secuencias de ácidos nucleicos.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el
trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales
planteados en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informes de seminarios. Examen en la semana 7.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- Blanco-García, Enrique. 2013. Genómica Computacional 1ra Edición. Ed. UOC.
247p.
- Mukhopadhyay, Chandra Sekhar; Choudhary, Ratan Kumar; Iquebal, Mir Asif. 2018. Basic
Applied Bioinformatics. 1ra Edición. John Wiley & Sons. 505 p.

EVALUACIÓN Nº 1
 CAPÍTULO 05: ALGORITMOS PARA LA FILOGENIA COMPUTACIONAL

Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de explicar los principales

algoritmos computacionales utilizados en la construcción de árboles filogenéticos.
Contenidos conceptuales: Algoritmos computacionales para la construcción de
árboles filogenéticos. Métodos: Máxima verosimilitud, máxima parsimonia, métodos
bayesianos. UPGMA. Visualización de árboles filogenéticos.
Semanas
Contenidos procedimentales: Reconoce los procedimientos para la construcción de
8, 9, 10 y
los árboles filogenéticos. Utiliza los programas bioinformáticos para la construcción
11
de árboles filogenéticos y para su visualización.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el
trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales
planteados en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informe del seminario. Práctica calificada 2.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- Mukhopadhyay, Chandra Sekhar; Choudhary, Ratan Kumar; Iquebal, Mir Asif. 2018.
Basic Applied Bioinformatics. 1ra Edición. John Wiley & Sons. 505 p.
– Abascal, Federico; Irisarri Aedo, Iker; Zardoya, Rafael. 2014. Filogenia y evolución
molecular. En Bioinformática con ñ. Capítulo 9. Disponible en:
https://zenodo.org/communities/bioinfconn/about/
– Tokumasa Horiike. 2021. An introduction to molecular phylogenetic analysis.
Disponible en:
https://www.researchgate.net/publication/309394030_AN_INTRODUCTION_TO_MOL
ECULAR_PHYLOGENETIC_ANALYSIS/citations.

CAPÍTULO 06: MÉTODOS DE SECUENCIACIÓN DE DNA

Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de describir los métodos de

secuenciación de ácidos nucleicos y las características de cada uno de ellos.
Contenidos conceptuales: Secuenciación por el método de dideoxi, llamado de
Sanger. Características de las plataforma de secuenciación masiva: Illuminna,
nanopore.
Semanas
Contenidos procedimentales: Reconoce las ventajas y desventajas del uso de cada
12 y 13
uno de los métodos de secuenciación.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el
trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales
planteados en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informe del seminario.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- James M. Heather, Benjamin Chain. 2016. The sequence of sequencers: The history of
sequencing DNA. Genomics, Vol. 107. Issue 1. Pages 1-8.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754315300410.

Semanas CAPÍTULO 07: TIPOS DE ARCHIVOS UTILIZADOS EN BIOINFORMÁTICA Y LOS

14 y 15 CAMPOS PARA EL USO DE LA BIOINFORMÁTICA
 Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de interpretar el contenido de
los archivos utilizados en bioinformática.
Contenidos conceptuales: Características y tipo de información de los archivos de
texto, FASTA, FASTQ, BAM Y SAM. Uso en genómica de la bioinformática.
Contenidos procedimentales: Describe las características de los archivos utilizados
en bioinformática y la forma de generarlos mediante programas bioinformáticos.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el
trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales
planteados en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informe del seminario.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- Guillermo Ayala. Bioinformática Estadística. Análisis estadístico de datos ómicos.

Disponible en:
https://www.uv.es/ayala/docencia/tami/tami13.pdf

CAPÍTULO 08: CONTROL DE CALIDAD DE LECTURAS Y MAPEO DE

SECUENCIAS

Logro: Al finalizar la unidad el estudiante será capaz de explicar los componentes

que arrojan los programas bioinformáticos en los que se reporta la calidad de las
secuencias.
Contenidos conceptuales: Control de calidad de grandes cantidades de secuencias,
corte de los extremos 5’ y 3’, eliminación de iniciadores y adaptadores. Mapeo de
secuencias en genomas de referencia.
Semanas
16 y 17 Contenidos procedimentales: Identifica los parámetros que determinan la buena
calidad de las secuencias obtenidas mediante secuenciación con la plataforma
Illumina.
Contenidos actitudinales: Fomenta mediante una actitud de responsabilidad el
trabajo en equipo.
Contribución a la investigación formativa: Analizar los datos experimentales
planteados en las situaciones problemáticas presentadas en los seminarios.
Evaluación de la Unidad: Informe del seminario.

Lecturas obligatorias / bibliografía sugerida:

- Guillermo Ayala. 2022. Bioinformática Estadística. Análisis estadístico de datos
ómicos. Disponible en: https://www.uv.es/ayala/docencia/tami/tami13.pdf

EVALUACIÓN Nº 2

5. PROGRAMA CALENDARIZADO DE EVALUACIONES

Instrumento de
Unidad Semana Título de la evaluación
evaluación

1 1 Examen de entrada Escala de valoración

2 2, 3 y 4 Informe de seminarios Rúbrica
 3 4y5 Informes de seminarios Rúbrica
4 6y7 Informes de seminarios Rúbrica
7 Evaluación Nº 1 Escala de valoración
7 Práctica calificada 1 Escala de valoración
5 8, 9. 10 y Informes de seminarios Rúbrica
11

11 Práctica calificada 2 Escala de valoración

6 12 y 13 Informes de seminarios Rúbrica
7 14 y 15 Informes de seminarios Rúbrica
8 16 y 17 Informes de seminarios Rúbrica
18 Evaluación Nº 2 Escala de valoración

6. ESTRATÉGIAS METODOLÓGICAS

El profesor asegurará el logro de los objetivos de aprendizaje mediante el uso de estrategias

didácticas que promuevan la participación del estudiante en las actividades programadas en el curso
bajo su seguimiento, la misma que hará efectivo el proceso de enseñanza aprendizaje.

SESIONES TEÓRICAS

Son sesiones de aprendizaje en las que el profesor, utilizando estrategias de problematización,

busca facilitar la interiorización de conceptos relacionados al quehacer profesional de acuerdo con
las unidades de aprendizaje programadas.

TRABAJOS ENCARGADOS Y TALLERES

Son actividades integradoras de aprendizaje en las que se planteará a los estudiantes problemas a
resolver, presentación de casos, exposición de temas, preparación de materiales diversos,
relacionados a las unidades de aprendizaje. Se incentivará el trabajo grupal supervisado.

SESIONES PRÁCTICAS

Se realizarán 10 sesiones prácticas en el laboratorio:

1. Uso de bases de datos y descarga de secuencias.

2. Búsqueda de secuencias en bases de datos

3. Diseño de cebadores

4. Alineamiento de secuencias par a par.

5. Alineamiento múltiple de secuencias.

6. Elaboración de árbol filogenético usando secuencias de ADN.

7. Comandos usados para Linux

8. Instalación de R y principales comandos

9. Uso de R en Bioinformática

10. Programas usados para control de calidad de Secuencias

7. CRITERIOS DE EVALUACIÓN

Se muestra a continuación, los criterios para la evaluación del curso:

Ponderación de los Criterios de

Competencias Metodología
criterios evaluación

Exposición oral y/o

a Práctica calificada 15%
escrita
Procedimentales Puntualidad, Detalles
Experiencias
b 25% en el procedimiento,
prácticas
creatividad

Valoración de Puntualidad,
Actitudinales c actitud y 20% responsabilidad, actitud
participación y participación

Evaluación teórica -
d Evaluación Nº 1 20%
práctica
Conceptuales
Evaluación teórica –
e Evaluación Nº 2 20%
práctica

100%

8. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS (SI NO HA SIDO ESTABLECIDA ANTERIORMENTE)

N° Autor Titulo Edición Paginas

Andreas D. Baxevanis, Bionformatics a Practical Guide to 4da Edición 457
B. F. Francis Ouellette the Analysis of Genes and Proteins
David Roldán Martínez Bioinformática, el ADN en un solo 1ra Edición 262
clic
Enrique Blanco García Genómica Computacional 1ra Edición 247

Jonathan Pevsner Bioinformatics and Functional 3ra Edición 1109

Genomics
Matthew He, Mathematics of Bioinformatics 1ra Edición 297
Sergey Petoukhov Theory, Practice, and Applications
Reena Singh Chopra Metagenomics: Techniques, 1ra Edición 227
Chirag Chopra Applications, Challenges and
Neeta Raj Sharma Opportunities
Philippe Lemey, Marco The Phylogenetic Handbook. 2da 2017
Salemi and Anne-Mieke edición
Vandamme.
Modern Statistics for Modern Biology Libro en línea
Susan Holmes, http://web.stanford.
Wolfgang Huber
edu/class/bios221/b
ook/

La Molina, 20 de abril de 2023