Tarea N°3: Alineamiento de Secuencias

En el alineamiento, identificar:

A. Región homologa conservada y no conservada.

B. Mutaciones conservativas y no conservativas.
C. Delecciones e inserciones.

REGION HOMOLOGA CONSERVADA

DELECCIÓN
REGION HOMOLOGA NO CONSERVADA

MUTACIONES CONSERVATIVAS INSERCIÓN

MUTACIONES NO CONSERVATIVAS
 1. Realizar una búsqueda BLASTp con la siguiente secuencia y describir como en el
video:
>SeqX
VRLKARSYELQESNVRLKLTIVDTVGFGDQINKDDSYKPIVEYIDAQFEAYLQEELKIKRSLFNYHDTRIHACLYFIA
PTGHSLKSLDLVTMKKLDSKVNIIPIIAKADTIAKNELHKFKSKIMSELVSNGVQIYQFPTDEETVAEINAT

FIG. N° 1: ID de nuestra búsqueda, el título de nuestra secuencia problema, nos muestra la secuencia de nucleótidos
del tipo de molécula, y el número de pares de base de nucleótidos presente en nuestro gen.

FIG. N° 2: Resultado gráfico de BLAST, cada uno de esos colores nos indica el grado de coincidencia que existe entre la
secuencia que nosotros le brindamos a la base de datos con las secuencias identificadas por el BLAST, el resultado
esperado es que haya mayor porcentaje de color rojo, esto nos quiere decir que ha encontrado mayores coincidencias,
siendo un valor óptimo para la búsqueda del BLAST.
 FIG. N° 3: En esta parte encontramos la descripción de cada una de las coincidencias.

2. Descargar 20 secuencias de superoxide dismutase de Mn (especies diferentes) en

formato fasta y realizar un alineamiento múltiple con Jalview, usando Clustal.
Describa su alineamiento como mostrado en el video. Resalte los aminoácidos del
sitio activo en el alineamiento.

1) Superoxide dismutase de Mn (Sinorhizobium meliloti

2) Superoxide dismutase (Comamonas testosteroni KF-1)
3) Superoxide dismutase (Kribbella flavida DSM 17836)
4) Superoxide dismutase (Streptococcus infantarius9
5) Superoxide dismutase (plásmido) (Azospirillum brasilense Sp245)
6) Superoxide dismutase (plásmido) (Azospirillum brasilense Sp245)
7) Superoxide dismutase (Azospirillum brasilense sp. Sp 7)
8) Superoxide dismutase (Azospirillum brasilense sp. Sp 7)
9) Superoxide dismutase (Conexibacter woesei DSM 14684)
10) Superoxide dismutase (Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110)
11) Superoxide dismutase (Penicillium chrysogenum)
12) Superoxide dismutase (Dictyostelium discoideum AX4)
13) Superoxide dismutase (Dictyostelium discoideum AX4)
14) Superoxide dismutase, parcial (Mus spretus)
15) Superoxide dismutase de Mn (Escherichia coli)
16) Superoxide dismutase (Mn) 2 (Bacillus cereus
17) Superoxide dismutase de Mn (Candidatus Hamiltonella defensa (Bemisia tabaci))
18) Superoxide dismutase (Mn) 2 (Pseudomonas aeruginosa)
19) Superoxide dismutase de Mn (Klebsiella pneumoniae)
20) Superoxide dismutase de Mn (citrobacter)
FIG. N° 4: Se ingresó al Jalview/Archivo /Alineamiento de entrada/Desde un área de texto – obteniendo un
alineamiento de secuencias en extenso.

FIG. N° 5: Se ingresó al servicio web/alignment/clustal/por defecto.

FIG. N° 6: Obteniendo de esta manera un alineamiento de secuencas en extenso en clustal.

 FIG. N° 7: En Jalview en esta región nos da información de que regiones son las que mantienen el mayor grado de
conservación. En las imágenes podemos observar que lo que está encerrado son los que presentan un alto grado de
conservación.
 FIG. N° 8: En Jalview otra de las observaciones que se realiza en los alineamientos múltiples son los extremos poco
conservados, pero esto es debido al método utilizado para realizar el alineamiento múltiple. En las imágenes podemos
observar que lo que está encerrado son los que presentan un bajo grado de conservación.
 FIG. N° 9: La flecha nos muestra la barra de calidad del alineamiento que tiene coincidencia con las regiones
conservadas. Así mismo abajo observamos el consenso el cual se encuentra encerrado en un recuadro, ahí nos
muestra cuáles serían los aminoácidos que se observan en un número mayor de veces.

FIG. N° 10: El consenso muestra cuáles serían los aminoácidos que se observan en un número mayor de veces. Al
hacer click en consenso nos muestra todas las secuencias en esta posición. Podemos observar que todas las secuencias
en la posición 72 presentan una HISTIDINA.
FIG. N° 11: color/% de identidad; Todo se encuentra coloreado en azul, pero en gradiente siendo que lo tiene mayor
grado de conservación en la posición tiene un color azul más intenso, las que tiene un azul bajo tienen un grado de
conservación menor. Y las que no se encuentran pintadas son las regiones que tienen un grado de conservación
mínima. La coloración azul intenso son las determinantes para mantener la función de la proteína.

FIG. N° 12: otra de las coloraciones que se dan son la de los aminoácidos, esta coloración se da según las
características químicas de los aminoácidos.

 P: Hidrofóbico.
 I – L: Hidrofóbico
 Y: polar sin carga
 R – K: AMINOÁCIDO CON CARGA POSITIVA.
 A: hidrofóbico
 N: polar sin carga
 G: polar sin carga
 H: aminoácido con carga positiva
 L – F – M – W: hidrofóbico
 E – D: aminoácido con carga negativa
 S: polar sin carga