Universidad Politécnica de Sinaloa

Ingeniería en biotecnología

Metabolómica

Adrián González Castillo

EVIDENCIA DE DESEMPEÑO I

Portillo Juárez Nicole

BT 8-1

Mazatlán, Sin.

28 de enero de 2024
 Panorama de aplicaciones de la metabolómica

El cambio en el ámbito de las ciencias de la vida, especialmente en la revolución de

la biología de sistemas. Un fenómeno notable que emergió en ese período y
continúa moldeando el paisaje científico actual es la proliferación de la terminología
"-ómica", derivada del inglés "-omics", que denota la totalidad de los individuos de
un conjunto. Este fenómeno ha dado origen a más de cien neologismos, como
genómica, proteómica y metabolómica, transformando la manera en que
comprendemos y abordamos la biología. En este contexto, el metaboloma, definido
como el conjunto de compuestos de bajo peso molecular sintetizados en un
momento dado por un sistema biológico, se destaca como un nivel crítico en la
cascada funcional que refleja el estado fisiológico. A diferencia de otras "-ómicas",
el metaboloma se revela como el más sensible a cambios internos o externos,
siendo la expresión última de estos cambios, ya que los metabolitos son los agentes
activos que regulan la homeostasis. (Rojo y Barbas, 2015)

Quizá el aspecto de la metabolómica que resulta más sugerente desde un enfoque

clínico es la potencial identificación de nuevos biomarcadores que contribuyan a
superar los actuales tests diagnósticos, mejorándolos en selectividad, especificidad
e incluso permitiendo matizar entre fases de una enfermedad o su detección más
temprana. Se ha aplicado la metabolómica para la caracterización de marcadores
de resorción ósea en el plasma de buceadores profesionales lo que hasta ahora,
quedando los estudios en un screening preliminar basado en algún as decenas de
individuos. En la actualidad, algunas grandes convocatorias europeas están
apostando por la validación y desarrollo de kits diagnóstico, lo que sin duda lograría
la traslación de estos resultados. La farmacometabolómica se erige como una
disciplina esencial en la terapéutica contemporánea al proporcionar información
crucial para la definición de dianas terapéuticas y la elucidación de los mecanismos
de acción o resistencia de los medicamentos. Un ejemplo paradigmático de la
medicina personalizada se evidencia en un estudio que evaluó la eficacia de la
mitomicina C y la rapamicina en el tratamiento de un cáncer de páncreas específico.
Este análisis reveló que, a pesar de la aparente idoneidad de la terapia combinada,
las modificaciones genéticas en el tumor indicaban que solo la mitomicina C ofrecía
resultados, mientras que la rapamicina interfería contraproducentemente con su
acción. De manera análoga, se ha aplicado la farmacometabolómica en el estudio
de enfermedades como la leishmaniasis, donde se han investigado las razones
detrás de la resistencia a tratamientos clásicos con sales de antimonio. A lo largo
de más de una década de uso clínico, las causas de la generación de resistencias
han permanecido inciertas, y la metabolómica ha contribuido a arrojar luz sobre este
enigma. Además, la aplicación de la farmacometabolómica ha alcanzado áreas
como el tratamiento del trastorno bipolar con ketamina, identificando marcadores
asociados a la respuesta de los pacientes. También se ha explorado el impacto de
los antibióticos en la microbiota intestinal, logrando una integración multómica
reveladora en este último caso. En la vertiente clínica, la nutrimetabolómica emerge
como una herramienta valiosa para comprender el impacto de los alimentos en la
salud. Estudios han utilizado esta disciplina para identificar marcadores específicos
relacionados con el consumo de determinados alimentos, validando cuestionarios
nutricionales y evaluando extractos con potencial nutracéutico en humanos. (Rojas
y Barbas, 2015)

Por último, la microbiota intestinal se presenta como un campo novedoso y

fascinante en la farmacometabolómica. La concepción de la microbiota como un
"órgano extra" metabólicamente activo ha abierto una nueva ventana de análisis.
Se han publicado estudios que exploran la interacción entre la microbiota y la
metabolómica, proporcionando insights valiosos sobre cómo este componente
esencial del organismo influye en la respuesta a tratamientos y en la salud en
general. En este sentido, la farmacometabolómica se consolida como una disciplina
integral, capaz de revelar los misterios del metabolismo y su interacción con los
tratamientos médicos y la dieta, promoviendo así un enfoque más preciso y
personalizado en la práctica clínica. (Roja y Barbas, 2015)
La información proporcionada refleja una comprensión profunda y profunda de la
importancia de la farmacometabolómica en la medicina y la investigación biomédica.
La capacidad de resolver ejemplos específicos, como estudios de resistencia a
medicamentos en cáncer de páncreas y leishmaniasis, demuestra un conocimiento
sólido y la capacidad de integrar información en aplicaciones prácticas. Además, el
enfoque en la medicina personalizada y el papel central de la farmacometabolómica
en la identificación de objetivos terapéuticos y la comprensión de los mecanismos
de acción/resistencia subrayan la importancia de esta disciplina en el desarrollo de
tratamientos más precisos y eficaces. También es destacable la relación con la
metabolómica de la dieta, destacando el enfoque actual en los efectos de los
alimentos en la salud y cómo la disciplina puede contribuir a una mejor comprensión
de estas relaciones.

caso práctico de polihidroxialcanoatos en Pseudomonas putida

Las bacterias del género Pseudomonas, bacilos Gram negativos pertenecientes a

la clase de las gamma proteobacterias, conforman un importante grupo de
microorganismos ubicuos caracterizados por su amplia versatilidad metabólica. Las
bacterias pertenecientes a este grupo se distinguen por su gran adaptabilidad a
diversos medios, han sido aisladas en suelos, aguas, alimentos, así como asociados
a distintas especies de animales y plantas. Entre las bacterias del género
Pseudomonas de importancia biotecnológica y medioambiental destaca
Pseudomonas putida, un microorganismo no patógeno capaz de vivir en suelos,
rizosfera y aguas dulces, que es un paradigma de versatilidad metabólica Su gran
versatilidad metabólica está en consonancia con la identificación de al menos 350
sistemas de transporte en la membrana citoplasmática (un 12% de su secuencia
genómica), muchos de ellos directamente implicados en el transporte de
compuestos aromáticos. (Fernández, 2012)
RUTAS BIOSINTÉTICAS

La producción de PHA en Pseudomonas putida comienza con la acumulación de

ácido 3-hidroxipentanoico (3-HPA) en el citosol de la célula El 3-HPA se utiliza para
sintetizar polihidroxibutirato (PHB), que es el PHA más simple y el más estudiado.

La síntesis de PHB involucra la acción de enzimas como la 3-hidroxipentanoato-coA

transferasa (PhaA) y la 3-hidroxipentanoato-coA hidratasa (PhaB). Además de PHB,
Pseudomonas putida también puede sintetizar polihidroxivalerato (PHV) a partir de
3-HPA La síntesis de PHV involucra la acción de enzimas como la 3-
hidroxipentanoato-coA transferasa (PhaA) y la 3-hidroxipentanoato-coA hidratasa
(PhaB), así como la 3-hidroxipentanoato-coA deshidratasa (PhaC) Los PHA se
acumulan en el citosol de la célula como granos de polímero La acumulación de
PHA puede ser regulada por factores ambientales, como la disponibilidad de
nutrientes y la presencia de estrés Los PHA pueden ser extraídos de la célula y
utilizados como bioplásticos La extracción de PHA puede ser realizada mediante
técnicas de extracción química o biológica. (Obeso, 2017)

MÉTODO PARA CUANTIFICAR METABOLITOS

La investigación sobre Pseudomonas putida, una bacteria conocida por su

capacidad para producir polihidroxialcanoatos (PHA), requiere métodos analíticos
para identificar y caracterizar metabolitos clave. La cromatografía de gases (GC) es
el método básico para la cuantificación de PHA en muestras de P. putida. Al extraer
PHA de células bacterianas y luego separarlas mediante cromatografía de gases,
se pueden identificar y cuantificar los diferentes tipos de PHA presentes en una
muestra. (Fernández, 2012)
La combinación de cromatografía de gases y espectrometría de masas (GC-MS)
mejora la precisión de la identificación de PHA. Tras la separación mediante
cromatografía de gases, la espectrometría de masas analiza y cuantifica
compuestos específicos, permitiendo una caracterización más detallada de los
diferentes tipos de polihidroxialcanoatos que se encuentran en Pseudomonas
putida. (Fernández, 2012)

La espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN) se utiliza para obtener

información estructural detallada sobre los PHA, lo que facilita la identificación de
diferentes monómeros y la cuantificación precisa de polímeros en muestras. El
análisis del peso molecular mediante cromatografía de exclusión molecular (SEC)
ayuda a determinar el peso molecular promedio del PHA producido por P. putida.
Después de la exclusión por tamaño de la extracción de PHA, la cromatografía
separa los polímeros según su tamaño molecular, lo que proporciona información
valiosa sobre las propiedades físicas de los PHA. Finalmente, los grupos hidroxilo
en PHA se cuantificaron mediante análisis de valoración ácido-base del contenido
de grupos hidroxilo. Este método proporciona información sobre la composición
química del polímero, permitiendo una comprensión integral de la estructura y
propiedades del PHA producido por Pseudomonas putida. (Fernández, 2012)

TRATAMIENTOS PARA LA GENERACIÓN DE METABOLITOS ESPECÍFICOS

Para optimizar el metabolismo del polihidroxialcanoato (PHA) en Pseudomonas

putida, se han llevado a cabo extensos estudios utilizando enfoques de biología
sintética y de sistemas. Estas estrategias intentan aumentar la producción de PHA
y otros metabolitos específicos modulando la expresión genética y la actividad
enzimática. Utilice la manipulación genética y la ingeniería de sistemas para
aumentar la eficiencia metabólica, aumentar la síntesis de PHA y promover la
producción de los metabolitos deseados. (Tsampika, 2020)
Se ha investigado el uso de diferentes sustratos y condiciones de cultivo para influir
en la producción de metabolitos específicos. La adaptación de las bacterias a
diferentes compuestos y medios de cultivo permite dirigir la síntesis de metabolitos
a formas más eficientes y específicas. Pseudomonas putida optimiza su
metabolismo y crecimiento principalmente utilizando sustratos preferidos. Además,
la aplicación de métodos de bioaumentación para la biorremediación de suelos
contaminados con hidrocarburos que involucran Acinetobacter spp. y Pseudomonas
putida. Acinetobacter spp. Pseudomonas putida ha demostrado la eficacia del uso
de alcanos de cadena larga en la producción de tensioactivos y la biorremediación
de suelos contaminados. Esta combinación estratégica utiliza las capacidades
complementarias de las dos bacterias para brindar una solución integral para la
degradación de hidrocarburos y la generación de productos de interés como
surfactantes. (Tsampika, 2020)

VALORES DE PRODUCTIVIDAD DE LOS METABOLITOS GENERADOS

No existen valores específicos para la productividad de los metabolitos producidos

por P. putida. La cantidad de PHA producida por esta bacteria puede variar mucho
dependiendo de factores como el sustrato utilizado, las condiciones de cultivo y la
cepa específica de Pseudomonas putida. (Braibant, 2004)

Pseudomonas putida puede utilizar diferentes sustratos como fuente de carbono

para la síntesis de PHA. Estos incluyen alcoholes, ácidos grasos y compuestos
relacionados con la descomposición de los hidrocarburos. Las condiciones óptimas
de pH y temperatura pueden variar según la cepa y el sustrato. Generalmente se
prefieren condiciones neutras o ligeramente alcalinas. En algunos estudios, la
producción de PHA por P. putida ha alcanzado entre 0,5 y 1,5 g/L, dependiendo de
las condiciones de cultivo y del sustrato utilizado. La optimización de las
condiciones, como la adición de precursores metabólicos específicos y la ingeniería
genética de cepas, han mejorado la productividad de los PHA. (Braibant, 2004)
RESULTADOS DE LOS METABOLITOS GENERADOS
Pseudomonas putida tiene una notable capacidad para producir o sintetizar
polihidroxialcanoatos (PHA). Estos polímeros biodegradables son producidos
por bacterias a partir de diversas matrices, como aceites vegetales o residuos
industriales ricos en carbono. La versatilidad metabólica de P. putida permite
el uso de estos sustratos como fuentes de carbono para la síntesis de PHA,
que tiene importantes aplicaciones en la industria de biomateriales. Como
parte de este proceso teórico, Pseudomonas putida también puede producir
biosurfactantes, especialmente ramnolípidos con propiedades surfactantes.
Estos biosurfactantes se pueden utilizar en la industria, por ejemplo, para
mejorar la recuperación de petróleo o para crear productos de limpieza
orgánicos. Además de los PHA y los biosurfactantes, estas bacterias pueden
producir ácidos grasos como subproductos que pueden utilizarse en la
producción de biocombustibles o como materias primas para la industria
química. La diversidad de sustratos disponibles para Pseudomonas putida y
su capacidad para degradar compuestos tóxicos indican su gran potencial
para producir metabolitos valiosos con diversas aplicaciones industriales.
(Molina, La Rosa, Nogales, Rojo, 2019)

CONLUSIÓN
En resumen, la capacidad de Pseudomonas putida para producir
polihidroxialcanoatos (PHA) brinda oportunidades para el desarrollo de
biomateriales sostenibles. La optimización de las condiciones de cultivo, la
cuidadosa selección del sustrato y la ingeniería de cepas son factores clave
que influyen en la productividad de los PHA. En situaciones reales, se pueden
considerar estrategias como seleccionar fuentes de carbono sostenibles,
optimizar las condiciones de cultivo, mejorar la expresión de enzimas clave
mediante ingeniería genética e implementar sistemas de monitoreo continuo
para desarrollar un proceso de producción eficiente. Además, se deben
considerar aspectos como la viabilidad económica y ambiental del proceso,
el coste del sustrato y la posibilidad de utilizar residuos industriales como
fuente de carbono. Este enfoque no sólo puede reducir la dependencia de
recursos no renovables, sino que también abre la puerta a soluciones más
ecológicas y económicamente viables que pueden utilizarse en la industria
del embalaje, la medicina y otros campos.
 REFERENCIAS

Rojo, David & Barbas, Coral. (2015). La ventana de la metabolómica,

vislumbrando el panorama de sus aplicaciones. Revista de la Sociedad
Española de Bioquímica y Biología Molecular. 186. 11-13.

Fernández Escapa, I. (2012). Estudio del metabolismo de

polihidroxialcanoatos en Pseudomonas putida: Implicaciones fisiológicas y
aplicaciones en el desarrollo de bioplásticos funcionalizados.

Obeso Rodriguez José Ignacio (2017). Síntesis de polihidroxialcanoatos en

Pseudomona putida: estudios bioquímicos, genéticos y ultraestructurales.

Manoli, M. T. (2020). Optimización del metabolismo de polihidroxialcanoatos

de Pseudomonas putida KT2440 mediante abordajes de biología sintética y
de sistemas.

Waynes Braibant, Caroline. (2004) Estudio del potencial de degradación de

los hidrocarburos por Acinetobacter sp. y Pseudomonas putida para su
aplicación en la biorremediación de suelos contaminados

Molina, L., Rosa, R., Nogales, J., & Rojo, F. (2019). Pseudomonas putida
KT2440 metabolism undergoes sequential modifications during exponential
growth in a complete medium as compounds are gradually
consumed. Environmental microbiology, 21(7), 2375–2390.
https://doi.org/10.1111/1462-2920.14622