La biofísica busca conocer la estructura molecular de las proteínas y cómo funcionan

estas máquinas a nivel atómico.

Las proteinas son biopolímeros (macromoléculas orgánicas), de elevado peso
molecular, constituidas basicamente por carbono (C), hidrógeno (H), oxígeno (O) y
nitrógeno (N); aunque pueden contener también azufre (S) y fósforo (P) y, en menor
proporción, hierro (Fe), cobre (Cu), magnesio (Mg), yodo (Y)
Los aminoácidos.
Son las unidades básicas que forman las proteínas. Su denominación responde a la
composición química general que presentan, en la que un grupo amino (-NH2) y otro
carboxilo o ácido (-COOH) se unen a un carbono α (-C-). Las otras dos valencias de ese
carbono quedan saturadas con un átomo de hidrógeno (-H) y con un grupo químico
variable al que se denomina radical (-R)
Tridimensionalmente el carbono α presenta una configuración tetraédrica en la que el
carbono se dispone en el centro y los cuatro elementos que se unen a él ocupan los
vértices. Cuando en el vértice superior se dispone el -COOH y se mira por la cara
opuesta al grupo R, según la disposición del grupo amino (-NH2) a la izquierda o a la
derecha del carbono α se habla de α-L-aminoácidos o de α-D-aminoácidos
respectivamente. En las proteínas sólo se encuentran aminoácidos de configuración L.
Existen 20 aminoácidos distintos, cada uno de los cuales viene caracterizado por su
radical R:
Enlace peptídico
Los aminoácidos se encuentran unidos linealmente por medio de uniones peptídicas.
Estas uniones se forman por la reacción de síntesis (vía deshidratación) entre el grupo
carboxilo del primer aminoácido con el grupo amino del segundo aminoácido. La
formación del enlace peptídico entre dos aminoácidos es un ejemplo de una reacción
de condensación. Dos moléculas se unen mediante un enlace de tipo covalente CO-NH
con la pérdida de una molécula de agua y el producto de esta unión es un dipéptido. El
grupo carboxilo libre del dipéptido reacciona de modo similar con el grupo amino de un
tercer aminoácido, y así sucesivamente hasta formar una larga cadena. Podemos seguir
añadiendo aminoácidos al péptido, porque siempre hay un extremo NH2 terminal y un
COOH terminal.
Por otra parte, el carácter parcial de doble enlace del enlace peptídico (-C-N-) determina
la disposición espacial de éste en un mismo plano, con distancias y ángulos fijos. Como
consecuencia, el enlace peptídico presenta cierta rigidez e inmoviliza en el plano a los
átomos que lo forman.
Estructura primaria
La estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminoácidos en la cadena
proteica, es decir, el número de aminoácidos presentes y el orden en que están
enlazados Las posibilidades de estructuración a nivel primario son prácticamente
ilimitadas. Como en casi todas las proteínas existen 20 aminoácidos diferentes, el
número de estructuras posibles viene dado por las variaciones con repetición de 20
elementos tomados de n en n, siendo n el número de aminoácidos que componen la
molécula proteica.
Estructura secundaria La estructura secundaria de las proteínas es el plegamiento que
la cadena polipeptídica adopta gracias a la formación de puentes de hidrógeno entre los
átomos que forman el enlace peptídico. Los puentes de hidrógeno se establecen entre
los grupos -CO- y -NH- del enlace peptídico (el primero como aceptor de H, y el segundo
como donador de H). De esta forma, la cadena polipeptídica es capaz de adoptar
conformaciones de menor energía libre, y por tanto, más estables
Estructura terciaria
Se llama estructura terciaria a la disposición tridimensional de todos los átomos que
componen la proteína, concepto equiparable al de conformación absoluta en otras
moléculas. La estructura terciaria de una proteína es la responsable directa de sus
propiedades biológicas, ya que la disposición espacial de los distintos grupos
funcionales determina su interacción con los diversos ligandos. Para las proteínas que
constan de una sola cadena polipeptídica (carecen de estructura cuaternaria), la
estructura terciaria es la máxima información estructural que se puede obtener.
Estructura cuaternaria
Cuando una proteína consta de más de una cadena polipeptídica, es decir, cuando se
trata de una proteína oligomérica, decimos que tiene estructura cuaternaria. La
estructura cuaternaria debe considerar:
Estructura y Propiedades de las Proteínas
El número y la naturaleza de las distintas subunidades o monómeros que integran el
oligómero y La forma en que se asocian en el espacio para dar lugar al oligómero.
La estructura cuaternaria deriva de la conjunción de varias cadenas peptídicas que,
asociadas, conforman un multímero, que posee propiedades distintas a la de sus
monómeros componentes
ÁCIDOS NUCLEICOS
Los Ácidos Nucleicos son las biomoléculas portadoras de la información genética. Son
biopolímeros, de elevado peso molecular, formados por otras subunidades estructurales
o monómeros, denominados Nucleótidos. Desde el punto de vista químico, los ácidos
nucleicos son macromoléculas formadas por polímeros lineales de nucleótidos, unidos
por enlaces éster de fosfato, sin periodicidad aparente.
De acuerdo a la composición química, los ácidos nucleicos se clasifican en Ácidos
Desoxirribonucleicos (ADN) que se encuentran residiendo en el núcleo celular y algunos
organelos, y en Ácidos Ribonucleicos (ARN) que actúan en el citoplasma.
BASES PÚRICAS Y PIRIMIDÍNICAS
Las Bases Nitrogenadas son las que contienen la información genética. En el caso del ADN las
bases son dos Purinas y dos Pirimidinas. Las purinas son A (Adenina) y G (Guanina). Las
pirimidinas son T (Timina) y C (Citosina). En el caso del ARN también son cuatro bases, dos
purinas y dos pirimidinas. Las purinas son A y G y las pirimidinas son C y U (Uracilo).

Bases púricas Están basadas en el Anillo Purínico. Puede observarse que se trata de un sistema
plano de nueve átomos, cinco carbonos y cuatro nitrógenos.

Bases pirimidínicas Están basadas en el Anillo Pirimidínico. Es un sistema plano de seis átomos,
cuatro carbonos y dos nitrógenos.

Nucleósidos La unión de una base nitrogenada a una pentosa da lugar a los compuestos llamados
Nucleósidos. La unión base-pentosa se efectúa a través de un enlace glicosídico, con
configuración beta (β) entre el carbono uno de ribosa o desoxirribosa, y un nitrógeno de las
base, el 1 en las pirimidinas, y el 9 en las purinas, con la pérdida de una molécula de agua

Nucleótidos Los nucleótidos son los ésteres fosfóricos de los nucleósidos. Están formados por la
unión de un grupo fosfato al carbono 5’ de una pentosa. A su vez la pentosa lleva unida al
carbono 1’ una base nitrogenada.

Se forman cuando se une ácido fosfórico a un nucleósido en forma de ión fosfato (PO43-)
mediante un enlace éster en alguno de los grupos -OH del monosacárido. El enlace éster se
produce entre el grupo alcohol del carbono 5´ de la pentosa y el ácido fosfórico. Aunque la ribosa
tiene tres posiciones en las que se puede unir el fosfato (2’, 3’ y 5’), y en la desoxirribosa dos (3’
y 5’), los nucleótidos naturales más abundantes son los que tienen fosfato en la posición 5’.
Nucleótidos con fosfato en 3’ aparecen en la degradación de los ácidos nucleicos.

El ADN

Ácido Desoxirribonucleico (ADN), material genético de todos los organismos celulares y casi
todos los virus. Es el tipo de molécula más compleja que se conoce. Su secuencia de nucleótidos
contiene la información necesaria para poder controlar el metabolismo un ser vivo. El ADN lleva
la información necesaria para dirigir la síntesis de proteínas y la replicación. En casi todos los
organismos celulares el ADN está organizado en forma de cromosomas, situados en el núcleo
de la célula. Está formado por la unión de muchos desoxirribonucleótidos. La mayoría de las
moléculas de ADN poseen dos cadenas antiparalelas (una 5´-3´ y la otra 3´-5´) unidas entre sí
mediante las bases nitrogenadas, por medio de puentes de hidrógeno. La adenina enlaza con la
timina, mediante dos puentes de hidrógeno, mientras que la citosina enlaza con la guanina,
mediante tres puentes de hidrógeno. El estudio de su estructura se puede hacer a varios niveles,
apareciendo estructuras, primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria y niveles de
empaquetamiento superiores.

El ARN

El Ácido Ribonucleico se forma por la polimerización de ribonucleótidos, los cuales se unen entre
ellos mediante enlaces fosfodiéster en sentido 5´-3´ (igual que en el ADN). Estos a su vez se
forman por la unión de un grupo fosfato, una ribosa (una aldopentosa cíclica) y una base
nitrogenada unida al carbono 1’ de la ribosa, que puede ser citosina, guanina, adenina y uracilo.
Esta última es una base similar a la timina. En general los ribonucleótidos se unen entre sí,
formando una cadena simple, excepto en algunos virus, donde se encuentran formando cadenas
dobles. Un gen está compuesto, como hemos visto, por una secuencia lineal de nucleótidos en
el ADN, dicha secuencia determina el orden de los aminoácidos en las proteínas. Sin embargo,
el ADN no proporciona directamente de inmediato la información para el ordenamiento de los
aminoácidos y su polimerización, sino que lo hace a través de otras moléculas, los ARN. Se
conocen tres tipos principales de ARN y todos ellos participan de una u otra manera en la síntesis
de las proteínas. Ellos son: El ARN mensajero (ARNm), el ARN ribosomal (ARNr) y el ARN de
transferencia (ARNt).