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asociadas a lácteos
Palmiro Poltronieri1, Giovanna Battelli2 y
Nicoletta Pasqualina Mangia3
1Instituto de Ciencias de la Producción de Alimentos (CNR-ISPA), CNR, Consejo Nacional de
Investigación de Italia, Lecce, Italia
2 ISPA-CNR, Instituto de Ciencias de la Producción de Alimentos, Milán , Italia
3 Departamento de Agricultura, Universidad de Sassari, Italia
6.1 INTRODUCCIÓN
Las bacterias del ácido láctico (LAB) son ampliamente utilizadas para la producción
industrial de productos lácteos fermentados y forman unaserie de bacterias Gram
positivas relacionadas con bajo contenido de GC. Las LAB tienen la capacidad de
producir ácido láctico durante el metabolismo homo‐ o heterofermentativo. La
acidificación y los procesos enzimáticos que acompañan el crecimiento de LAB afectan
el sabor, la textura y lascualidades reservativas. Las aplicaciones lácteas industriales de
especies LAB dependen de Lactococcus lactis (Lc. lactis), Lactobacillus (Lb.) spp.,
Leuconostoc (Ln.) spp., Pediococcus (Pd.) spp. y Streptococcus (S.) thermophilus .
Las cepas LAB tecnológicamente relevantes se aplican como cultivos iniciadores o se
encuentran como principales especies no iniciales, o se agregan como probióticos
administrados a través de productos lácteos. Los beneficios incluyen una influencia
positiva en la microbiota normal, la exclusión competitiva de patógenos y la
modulación de lainmunidad de la mucosa.
La composición de la pared celular difiere ligeramente en varias especies de LAB.
Las diferencias de peptidoglicano se encuentran en los aminoácidos utilizados en las
secuencias peptídicas unidas a través de enlaces peptídicos entre cadenas y en ácidos
teicoicos, dando fuerza y rigididad a través de la unión de iones de magnesio. La
presencia de ácido meso-diaminopimélico en la pared celular de Lactobacillus
plantarum es una de las diferencias clave con respecto a las otras especies. El tipo Lys‐
d‐Asp es predominante en el género Lactobacillus y es útilpara diferenciar, a nivel de
especie, Weissella de otras LAB y Lactobacillus reuteri de Lactobacillus fermentum
(Orn‐d‐Asp) (Dellaglio y Felis, 2005).
Este capítulo revisa la bioquímica de las especies de LAB, el uso de carbohidratos
para la producción de energía y la proteólisis de LAB. Se presenta la producción de
sabor y el origen de compuestos específicos.
98
Glucosa‐CO2 − +
Gluconato fermentado − + +
a
Fuente: Hammes y Hertel (2003).
Aminopeptidasas
Metalopeptidasa, con una
PepA1, en L. lactis
cisteína sensible a la TDT Glutamil/aspartil aminopeptidasa específica,
posiblemente implicada en liberando residuos ácidos N-terminales de
el plegamiento péptidos de tres a nueve residuos
PepA2 en L. delbrueckii Metalopeptidasa No inhibido por el ditiothreitol (DTT), ni por su
producto glutamato
PepC Cisteína peptidasa
Metionina aminopeptidasa Metalopeptidasa, con preferencia Escinde N-terminal Met en péptidos con Gly, Ala,
MetAP por cationes divalentes Co, Mn Ser, Val, Pro o Thr penúltimo aminoácido. La
enzima es activa en tetrapéptidos (en L. lactis, S.
thermophilus)
PepN aminopeptidasa Metalopeptidasa
general
PepP aminopeptidasa Metalopeptidasa
general
Peps Metall peptidasa Muestra preferencia por péptidos que contienen de
dos a cinco residuos con Arg o residuos de
aminoácidos aromáticos en la posición N-
terminal, actividad desamargante en péptidos
amargos
PepX Serina peptidasa X-prolil dipeptidil peptidasa
Endopeptidasas PepD
Cisteína peptidasa Dipeptidasa
PepE (E1, E2) Metalopeptidasa
endopeptidasa
Metabolismo y bioquímica de LAB y especies asociadas a lácteos 105
aminoácidos libres liberados por Lb. bulgaricus 2-11 fueron similares a las de
Lactobacillus casei RP5. Se encontró que esta cepa possesses aminopeptidasas capaces
de liberar ácido glutámico. Se han realizado estudios sobre el efecto de las cepas
entrantes y no iniciadoras en la maduración de varios tipos de queso, como Parmigiano
Reggiano (Qian y Reineccius, 2002), gorgonzola (Moio et al., 20 00), mozzarella (Moio
et al., 1993), y en modelos de queso de laboratorio (Randazzo et al., 2007; Ruggirello
et al., 2014).
Las enzimas LAB mesófilas y termófilas tienen una participación particularmente
intensa durante la proteólisis del queso, especialmente en la segunda mitad del período
de maduración del queso. En diferentes tipos de queso, la capacidad de LAB para
transformar nitrógeno soluble en compuestos de bajo peso molecular y nitrógeno
sugiere una alta actividad de peptidasa y aminopeptidasa de las cepas mesófilas y
termófilas (Simov e Ivanov, 2005; Madrau y otros, 2006; Candioti y otros, 2010; Tabet
et al., 2016).
En particular en la fabricación de queso, cepas mesófilas, como Lc. lactis ssp. lactis
(LMG S 19870), Lb. brevis (LMG 6906) y Lb. plantarum (LMG S 19557), fueron
capaces de hidratarpéptidos de ólisis en FAA (Pereira et al., 2010).
Las características distintivas del queso maduro se determinaron por las
concentraciones de aminoácidos libres individuales. El empleo de LAB con peptidasa
específica de prolina tiene una importancia crucial ya que las caseínas son ricas en este
residuo de aminoácido (Ozer y Akdemir-Evrendilek, 2015).
Los quesos suizos son ricos en prolina libre, que se asocia con el sabor dulce. En el
queso Emmental, S. thermophilus participa en la degradación peptídica, con la
producción de aminopeptidasa general PepN, PepX y aminopeptidasa PepS (Gagnaire
et al., 2004). Dado que S. thermophilus no puede liberarlo, la cantidad de prolina libre
depende directamente de la actividad de las ptidasas (PepIP y PepQ) de los lactobacilos
termófilos y de su disponibilidad en la matriz del queso después de la lisis bacteriana
(Deutsch et al., 2000).
6.3.4 Peptidólisis y represión catabolítica
El represor transcripcional CodY detecta el conjunto interno de aminoácidos de cadena
ramificada (isoleucina, leucina y valina) (Guédon et al., 2001); utilizando estos residuos
como cofactores, CodY reprime la expresión de Opp y de los genes del sistema
proteolítico en Lc. lactis. En varias especies de LAB se describió un regulador de la
transcripción sensible a aminoácidos de cadena ramificada (BCAA), BCARR, que
reprime la expresión de los genes en el sistema proteolítico, en varias especies de LAB
(Klaenhammer et al., 2007) y en Lb. helveticus (Wakai y Yamamoto, 2013). La
disponibilidad de BCAA aumenta la inhibición de la expresión de los genes del sistema
proteolítico. En S. thermophilus, CodYSt reprimió la transformación de la vía
metabólica central al metabolismo de aminoácidos y mejoró la utilización de la lactosa
(Lu et al., 2015).
Aunque los péptidos y aminoácidos tienencaracterísticas de sabor específicas, como
dulce, amargo o malta, se cree que el sabor básico del queso ya está definido. La
estimulación o sobreexpresión de varias enzimas proteolíticas y también la adición de
Metabolismo y bioquímica de LAB y especies asociadas a lácteos 107
aminoácidos al queso no influyeron en lapercepción positiva del sabor del queso. Sin
embargo, la proteólisis desequilibrada puede conducir a un exceso de péptidos amargos
(Lemieux y Simard, 1992), lo que puede conducir a una disminución de la percepción
del sabor del queso. Se han seleccionado cultivos específicos con capacidad para
degradarpéptidos de sabor amargo. Estos cultivos se utilizan en el procesamiento de
queso y cuajada. Los aminoácidos libres son entonces sustratos para sucesivas
reacciones formadoras de sabor. Por lo tanto, la proteólisis y la peptidólisis contribuyen
a la formación de sabores, pero no controlan la velocidaden la formación de sabores.
Sin embargo, el proceso de maduración puede acelerarse mediante la adición de
enzimas exógenas, el uso de cepas complementarias o iniciadores con altas actividades
proteolíticas, iniciadores atenuados (choque por calor o congelación) o inactivados, y
lodos de queso, o mediante la adición de aminoácidos libres (Fox et al., 1996).
no se asocian naturalmente con un ambiente rico en such como la leche, lo que las hace
más dependientes de su propia biosíntesis de aminoácidos en comparación con las cepas
industriales.
La proteólisis de caseína y los péptidos derivados, las fracciones de urea y nitrógeno
no proteico (NPN) liberadas por el tratamiento térmico de la leche pueden inducir la
expresión de genes como las vías biosintéticas para la cisteína y la metionina en
Bifidobacterium bifidum (Ferrario et al., 2015). El análisis transcripcional con B.
bifidum PRL2010 cultivado en proteínas de suero o hidrolizado de caseína reveló que
las vías biosintéticas para la cisteína y la metionina están moduladas por la presencia
de hidrolizado de caseína (Ferrario et al., 2015).
La auxotrofia o prototrofia de aminoácidos en Bifidobacterias y lactobacilos
depende de especies (Deguchi y Morishita, 1 992) y está vinculada a la presencia en el
genoma de genes que codifican transaminasas y vías metabólicas de aminoácidos
(Ferrario et al., 2015). Una aminotransferasa de cadena ramificada (ilvE) de Lc. lactis
LM0230 (Atiles et al., 2000; Ganesan y Weimer, 2004) sepropuso sintetizar Ile y Val a
partir de cetoácidos precursores (Santiago et al., 2012).
La metilación de la homocisteína, el paso final de la biosíntesis de metionina, puede
ser catalizada por dos enzimas no homólogas, es decir, una homocisteína
metiltransferasa dependiente de cobalamina (MetH) o una metionina sintasa
independiente de cobalamina (MetE).
La biosíntesis de metionina a partir de homoserina puede ser iniciada por homoserina
quinasa (HSK), homoserina trans-succinylasa (HSST) y homoserina O-
acetiltransferasa (HSAT). En los enomas LAB g secuenciados, HSK y HSST están bien
distribuidos.
HSST y HSAT comparten poca similitud de secuencia, pero tienen una especificidad
de sustrato similar (Liu et al., 2008). El gen ortólogo en Lb. plantarum se localiza en el
mismo operón que los genes que codifican O-acetilhomoseri ne sulfhidrilasa (AHSH)
y homoserina deshidrogenasa (HSDH), con correlación funcional entre HSDH, HSST
y AHSH. Debido a que Lb. plantarum es una especie que carece de un ciclo de ácido
tricarboxílico para producir succinilCoA, necesita usar acetil-CoA para sintetizar
metionueve (Liu et al., 2008).
Alcoholes Etanol
Carbohidratos Seco, polvo, alcohol Suizo
2-Propanol Carbohidratos Afrutado, etéreo, vinícola Suizo
1‐Butanol Carbohidratos Plátano, vino, fueloil Parmesano
2‐Butanol Proteínas Dulce, afrutado, fueloil, similar al Suizo
vino
2‐Methy‐1‐lbutanol Proteínas Malteado, vino, cebolla Suizo
3-metil-1-butanol Proteínas Queso fresco, alcohólico, afrutado, Mozzarella, Gouda
similar a un disolvente
2‐Pentanol Proteínas Verde, alcohólico, afrutado, fresco Parmesano
2-Heptanol Proteínas Alfombra afrutada, terrosa, verde, Camembert
dulce, seca y polvorienta
1‐Octen‐3‐ol Proteínas Parecido a un hongo, mohoso, Camembert
terroso
2‐Nonanol Proteínas Verde graso Camembert
Feniletanol Proteínas Inmundo, rosa, violeta, miel, floral Mozzarella, Camembert, azul
Esteres
Acetato de etilo Carbohidratos Disolvente, afrutado, piña Parmesano, Suiza
Butirato de etilo Lípidos Afrutado, verde, manzana, plátano Cheddar, Gouda, Parmesano,
Suiza
Caproato de etilo Lípidos Piña, dulce, afrutado, plátano Cheddar, parmesano, azul
Octanoato de etilo Lípidos Pera, albaricoque, dulce, afrutado, Parmesano
plátano, piña
Acetato de fenilo de Proteínas Floral, rosa, lirio-jazmín, miel Camembert
etilo
Acetato de 3-metil-1- Proteínas
butanol
(continuación)
113 Microbiología en el procesamiento de lácteos
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Autorización de Derechos de Autor .
Tabla 6.5 Compuestos aromatizantes a partir de aminoácidos por transaminación y formación de α-cetoácido.
Aminoácido Alcohol o tiol
cetoácido
Aldehído Ácido orgánico Esteres
Con α-ceto-3- 2-metilbutanal Ácido 2- 2-metilbutanol
metilpentanoico metilbutírico
ácido
Leu α-Ácido 3-metilbutanal Ácido 3- 3-metilbutanol Etil-
cetoisocaproico metilbutírico 3metilbutanoato
Leu 2-metilpropanal Ácido 2- 2-metilpropanol
metilpropanoico
6.9 CONCLUSIONES
Las BAL aisladas denichos naturales y productos lácteos tienen un mayor potencial de
explotación, gracias a la variabilidad de los fenotipos, las diferencias en los requisitos
de aminoácidos y las matrices de enzimas codificadas en sus genomas. Su aplicación
puede permitir la producción de una amplia gama de componentes de sabor y perfiles
de sabor. Esta biodiversidad natural podría ofrecer un mayor potencial para producir
nuevos tipos de queso y productos lácteos.
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7 Necesidades de crecimiento y medios de cultivo
para LAB y especies asociadas a lácteos
Giuseppe Blaiotta1, Maria Aponte2 y Palmiro Poltronieri3
Agrícolas, División de Ciencias de la Uva y el Vino, Universidad de Nápoles
1 Departamento de Ciencias
Investigación de Italia,
Lecce, Italia
7.1 INTRODUCCIÓN
Lactobacillus (Lb.), Leuconostoc (Ln.), Lactococcus (Lc.), Pediococcus (Ped.),
Streptococcus (St.) y Enterococcus (Ent. ) son géneros de bacterias del ácido láctico
(LAB) comúnmente recuperados en ambientes lácteos donde pueden encontrar
compuestos para mantener su crecimiento. Según lo descrito por varios grupos de
investigación, basados en análisis genéticos y caracterización fenotípica, cada especie
puede mostrar necesidades específicas de aminoácidos como fuente de nitrógeno,
utilización de proteína de suero, preferencia por proteínas de suero modificadas con
ácido N-acetil neuramínico (NANA), lípidos y oligosacáridos, explotados para
promover su crecimiento. Además, este capítulo discutirá las especies asociadas a los
lácteos, como las Bifidobacterias.
El agar MRS puede acidificarse agregando 1,23 ml de ácido acético por litro (MRSa),
como se informó anteriormente para Rogosa agar. Las placas pueden incubarse en
condiciones anaeróbicas a dos temperaturas, para el recuento de lactobacilos mesófilos
y termófilos (Galat et al., 2016).
Alternativamente, MRS puede complementarse con carbonato de calcio (0,3-0,5%),
que confiere un color vítreo alagar. Las colonias de especies LAB altamente
acidificantes exhiben un halo claro. Esta observación puede ser una alternativa al uso
de indicadores de pH, que generalmente se vuelven rojos / amarillos al bajar el pH.
Tabla 7.4 Composición del agar ST (por litro de agua purificada) y comparación con caldo Elliker.
Caldo ST Elliker
Las cepas de LAB en una población mixta o superadas en número por otras especies
más abundantes pueden necesitar algunos agentes selectivos para apoyar su
crecimiento. Entre estos agentes, a menudo se usa una fuente única de carbohidratos
para distinguir las BAL a nivel de especie o cepa.
trifeniltetrazolio (TTC) (Sakai et al., 2010; Sutula et al., 2012; Colombo et al., 2014).
Además, la selectividad puede aumentarse reemplazando la glucosa y Lab-Lemco en la
composición MRScon una fuente de carbono diferente, como lactitol, ramnosa o
maltosa (Sakai et al., 2010). Por ejemplo, Sakai y colaboradores (2010) enumeraron
selectivamente Lb. casei Shirota (LcS) en agar cin modificado-ramnosa-2,3,5-
trifeniltetrazolio-cloruro-LBS-vancomia (agar M-RTLV; Cuadro 7.6), explotando el
uso selectivo de la l-ramnosa como fuente de carbono. En detalle, en el agar M-RTLV,
Lb. casei y Lactobacillus paracasei formaron colonias rojas, mientras que
Lactobacillus rhamnosus formaron colonias de tonos rosados o colonias conuna
mancha roja.
MRS-S (pH 5.7) es MRS suplementado con 0.1% de ácido sórbico y se utiliza como
medio selectivo general para Lactobacillus, Leuconostoc y Weissella spp. (Reuter,
1985).
Se ha propuesto un medio multiuso (APT) (pH 6.7) parala enumeración y el cultivo
de LAB heterofermentativos que incluyen lactobacilos, leuconóstocs y estreptococos
lácticos, así como otros microorganismos con altos requerimientos de tiamina en
productos cárnicos, alimentos enlatados, jugos de frutas y otros alimentos (Evans y
Niven, 1951).
TPPY (triptosa proteosa peptona extracto de levadura eriocromo T agar) puede
usarse para el conteo de St. thermophilus, Lb. delbrueckii. Ssp. bulgaricus y Lb.
acidophilus. St. Las colonias de termófilos aparecen circulares o semicirculares,
conveX, opacas, blanco-violeta, y a menudo tienen un centro oscuro. Lb. Delbrueckii
SSP. Las colonias de bulgaricus son planas, transparentes, de forma indefinida, con
un borde irregular, mientras que las colonias de Lb. acidophilus son pequeñas, de color
blanco a violeta, ligeramente elevadas y algo borrosas (Braquart, 1981).
7.4.3 VSM más agentes selectivos para la enumeración de grupos de Lb. casei
El agar MRS suplementado con ácido nalidíxico, bilis, cloruro de litio, metronidazol,
propionato de sodio y vancomicina puede usarse para el aislamiento selectivo de
Lactobacillus paracasei. Con base en la tolerancia de los miembros de la especie del
grupo Lb. casei a TTC, Sutula y colaboradores (2012) desarrollaron un medio
diferencial, LcS Select, para el aislamiento selectivo y el conteo del probiótico Lb. casei
Shirota. En detalle, el agar MRS se complementó con azul de bromofenol como
indicador de pH, vancomicina y agente reductor clorhidrato de l-cisteína para el
desarrollo de la morfología diferencial de la colonia. Lb. casei Shirota cultivado en el
medio produjo morfologías de colonias distintivas. Elrecuento viabl e de colonias de
LcS se correlacionó con las aisladas en agar lactitol-LBS-vancomicina (LLV) (Sakai et
al., 2010).
Según Van de Casteele et al. (2006), el agar MRS-CC debe considerarse el medio
electivo para la enumeración selectiva de las cepas probióticos comerciales Lb.
acidophilus La-145 y Lafti L10. La Organización Internacional de Normalización (ISO,
20128/IDF 192: 2006) (ISO, 2006) ha recomendado agar MRS-CC para la enumeración
de presuntas Lb. acidophilus en productos lácteos, incluidas leches fermentadas y no
fermentadas, leche en polvo y fórmulas infantiles, donde las cepas presuntas de Lb.
acidophilus están presentes junto con otras BAL y bifidobacterias.
7.4.8 mMRS-BPB
Lee y Lee (2008) desarrollaron un medio MRS modificado (mMRS-BPB), a saber,
MRS que contiene cisteína y azul de bromofenol (pH 6.5), que, incubado en
anaerobiosis, permite la enumeración diferencial de varias especies, incluyendo Lb.
plantarum, Lb. casei, Lb. paracasei y Lb. rhamnosus, en leche fermentada. Según
Ricciardi et al. (2015), quienes probaron el procedimiento en 461 cepas de LAB
pertenecientes a ocho géneros y 35 especies, el medio discriminó correctamente a los
miembros de los grupos Lb. plantarum y Lb. casei de otras especies de LAB (Ricciardi
et al., 2015).
Medio que contiene ácido. Más tarde, McDonald et al. (1987) diseñaron un medio
homofermentativo-heterofermentativo (HHD) que permitió la enumeración diferencial
de los dos tipos fisiológicos de LAB. El medio, cuya composición se indica en la Tabla
7.8, se basa enel uso de verde de bromocresol como indicador de pH. El caldo HHD
inoculado con BAL homofermentativo es verde, mientras que permanece azul en el
caso de BAL heterofermentativo. Además, las células de las especies
homofermentativas en la parte inferior del tubo son de color azul a verde, mientras que
las células heterofermentativas permanecen blancas. Por lo tanto, la diferencia en la
reducción del pH puede ser explotada para discriminar LAB homofermentativo y
heterofermentativo en caldo HHD. En placas de agar HHD, después de 3 días de
incubación a 30 °C, las BAL homofermentativas producen colonias azules a verdes,
mientras que las BAL heterofermentativas muestran colonias blancas (McDonald et
al., 1987).
En realidad, la fórmula HHD se basa en el medio MD (Daeschel et al., 1984), que
contiene fructosa (14 mM, 0,25%), KH 2PO4 (18 mM, 0,25%) y fuentes de aminoácidos
.
7.5.3 MRS-ABC
La composición de MRS-ABC (A: solución de dicloxacilina, B: solución de cloruro de
litio, C: solución de cisteína) se informa en la Tabla 7.11. MRS-NNLP y MRS-ABC se
utilizaron en asociación con el sistema de recubrimiento de Petrifilm 3 M (3 M
Corporation, Food Safety Division, St. Paul, MN, EUA) para enumerar bifidobacterias
en leche fermentada (Miranda et al., 2011). En otros estudios, se utilizaron sistemas de
Petrifilm para la enumeración de St. thermophilus (Miranda et al., 2015) y con MRS
vancomicina (M RS-V) para la resolución de colonias de Lb. casei incubadas en
condiciones anaeróbicas (Di Lena et al., 2015).
La fiabilidad de RP-MUP se evaluó mediante la comparación con protocolos de
referencia y medios de cultivo para la enumeración de bifidobacterias.
MRS-ABC se presenta en la Tabla 7.11. Después de la incubación, se contaron las
colonias formadas en cada composición de medio de cultivo y los resultados se
expresaron como unidades formadoras de colonias por mililitro (UFC/ml).
140 Microbiología en el procesamiento de lácteos
Un Dicloxacilina, 10 mg/100 ml de agua destilada Filtro esterilizado (0,22 μm) 0,5% en MRS
B LiCl, 2 g/18 ml de agua destilada Filtro esterilizado (0,22 μm) 1,0% en MRS
C L-cisteína, 10 g/100 ml de agua destilada Autoclave (121°C/15 min) 0,5% en MRS
7.6 FENOTIPADO
La caracterización fenotípica de las cepas de BAL puede basarse en características
bioquímicas, serológicas y morfológicas. Recientemente, los microarrays de fenotipo
automatizados de Biolog (Hayward, CA, EUA) pueden proporcionar hasta 100
caracteres para ser examinados en un solo paso. Sobrela base del uso de diferentes
fuentes de carbono, nitrógeno, fosfato y azufre, en la inclusión de aditivos nutricionales
o agentes inductores de estrés (sales, pH, agentes antimicrobianos), se pueden comparar
alrededor de 2000 fenotipos (Galat et al., 2016). Estos métodos permitenperfiles
fenotípicos específicos para cepas específicas. Se pueden observar y seleccionar
patrones diferenciales de fermentación de carbohidratos para pruebas preliminares de
las actividades enzimáticas correspondientes.
Las características fisiológicas y bioquímicas de las BAL se basan en propiedades
generales conocidas y ensayos tentativos. Leuconostoc spp. son mesófilos, mientras
que muchos otros pueden crecer a temperaturas superiores a 37 °C. Algunas especies
se agrupan por fermentación homoláctica, mientras que otras son heterofermentativas
y producen CO2. Esto puedeevidenciarse utilizando un agar colocado sobre el agar
selectivo después de la inoculación de la bacteria. Después de unos días, el gas empujará
el agar en la parte superior del vial.
La caracterización se realiza mediante monitorización: tolerancia al ácido, la sal y la
temperatura; la naturaleza óptica del isómero del ácido láctico producido, "D, L, o
ambos (meso) ácido láctico; ensayos enzimáticos" (API20, Biolog, ensayos de
fenotipado); cribado en los medios para determinar las necesidades de nutrientes y
temperaturas; crecimiento en citrato, metabolismo en diferentes azúcares; pH final del
caldo fermentado; Cromatografía de gases o cromatografía en capa fina (TLC) o
cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) para análisis de metabolitos;
Identificación de exopolisacáridos sintetizados y propiedad viscosa del caldo
fermentado.
La producción depolisacáridos exo (EPS) en asociación con la detección del gen eps
de cepas de St. thermophilus se puede cribar en placas de leche roja de rutenio (Stingele
et al., 1996).
7.7 CONCLUSIONES
En microbiología láctea, los medios utilizados para cultivar y reintegrar selectivamente
lactococos,estreptococos, lactobacilos y bifidobacterias de comunidades microbianas
Necesidades de crecimiento y medios de cultivo para LAB y especies asociadas a lácteos 141
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8 Identificación de especies y cepas de LAB
Cinzia Randazzo 1, Alessandra Pino1, Koenraad Van
Hoorde2 y Cinzia Caggia1
1Departamento de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente (Di3A), Universidad de Catania, Catania,
Italia
Laboratorio de Elaboración de Cerveza y Bioquímica, Facultad de Ingeniería de Biociencias ,
2
8.1 INTRODUCCIÓN
La leche se convierte en una gran cantidad de productos lácteos, y su alto contenido de agua y su
valor de pH casi neutro apoyan el crecimiento de una variedad de microorganismos. Ya se han
detectado más de 100 géneros y 400 especies microbianas en la leche cruda (ver revisión Montel et
al., 2014). Se trata tanto de levaduras como de bacterias, principalmente bacterias grampositivas o
negativas halófilas y/o alcalófilas, que pueden tener efectos negativos considerables sobre la calidad
de la leche y los productos lácteos (Cousin, 1982). También pueden ser de relevancia tecnológica,
como las bacterias del ácido láctico (LAB). Las BAL están naturalmente presentes en la leche como
contaminantes de fuentes diversas, tales como: la superficie de la ubre, el equipo de ordeño, el
entorno de la fábrica de productos lácteos, las operaciones de transporte y llenado, las superficies
de almacenamiento (Eneroth et al., 1998; McPhee y Griffiths, 2002). Desde un punto de vista
tecnológico, la mayoría de los estudios se han centrado en la detección e identificación de especies
LAB, que están principalmente implicadas en la formación de textura y sabor de los productos
lácteos. La rápida conversión de la lactosa en ácido láctico, junto con la actividad de sus enzimas
proteolíticas, responsables de la formación de pequeños péptidos y aminoácidos, especialmente en
los quesos, se consideran las principales contribuciones de LAB. Durante siglos, la investigación se
ha centrado en la exploración de la biodiversidad autóctona de LAB de varios nichos lácteos
ecológicos con el fin de abordar su papel en la formación de texturas y sabores y seleccionar cepas
para ser utilizadas como cultivos iniciadores. En este contexto, es muy ú til investigar la
composición microbiana láctea, abordando las preguntas "¿qué microorganisms están presentes" y
"¿qué puede hacer la comunidad"?
Como resultado del uso de enfoques genotípicos moleculares, nuestro conocimiento sobre la
diversidad de comunidades microbianas de diferente complejidad ha mejorado enormemente.
Muchas de estas técnicas se basan en información de secuenciainferida del gen 16S rRNA, de genes
de mantenimiento y de genomas parciales o completos. Desde que Woese (1987) propuso el
concepto de reconstrucción de la filogenia bacteriana basada en secuencias de ARN ribosómico, la
secuenciación del gen 16S rRNA y, en gran medida, el gen 23S rRNA, se ha utilizado rutinariamente
para la identificación de bacterias, permitiendo la construcción de un marco filogenético para la
taxonomía bacteriana. Por lo tanto, la identificación a través de la secuenciación del gen 16S rRNA
de los diversos miembros que prosperan en la leche y los productos lácteos ha sido ampliamente
utilizada (Delbes et al., 2007; Randazzo y otros, 2010; Van Hoorde, 2010; Caro et al., 2013;
Bautista‐Gallego et al., 2014; Franciosi et al., 2015; Carafa et al., 2015, 2016; Tsafrakidou et al.,
2016). Ahora, gracias a loscontinuos avances y mejoras en las tecnologías de secuenciación, se
utilizan cada vez más enfoques de secuenciación de alto rendimiento utilizando ácidos nucleicos
extraídos directamente de la matriz láctea. Estas técnicas de secuenciación denominadas de segunda
y tercera generación permitieronuna caracterización microbiana más profunda y aumentaron el
número de muestras analizadas (Leite et al., 2012; O'Sullivan et al., 2013; De Pasquale et al., 2014a;
Riquelme et al., 2015).
Este capítulo ofrecerá una visión general de los enfoques dependientes e independientes del
cultivo utilizados para evaluar la composición microbiana de los productos lácteos. Además, se
discutirán los avances recientes en las tecnologías ómicas, utilizadas para comprender la
funcionalidad metabólica y la diversidad de la microbiota láctea. La figura 8.1 muestra un flujode
las técnicas moleculares actuales utilizadas individualmente o en combinación para estudiar la
microbiota láctea.
ECOSISTEMA MICROBIANO LÁCTEO
Actividad microbiana
Aislamiento de
ADN
Aislamiento de ácidos nucleicos de
Genotípico No genotípico Matriz láctea Sondas de ARN
Huellas digitales Huellas digitales
Figura 8.1 Diagrama de flujo de las técnicas moleculares actuales utilizadas individualmente o en combinación para estudiar la
microbiota láctea.
8.3 ENFOQUES DEPENDIENTES DE LA CULTURA
Los productos lácteos generalmente están poblados por una gran variedad de tipos de células,
incluidas células intactas, viables, no viables y parcial o totalmente desintegradas (es decir,
autolizadas) (Carraro et al., 2011), que contribuyen a las características fisicoquímicas y
microbiológicas del producto final. Durante siglos,se han utilizado técnicas dependientes del cultivo
para permitir la identificación bacteriana. Los métodos se basan en el cultivo de los
microorganismos, en medios específicos y en la caracterización fenotípica y/o genotípica de una
fracción de la comunidad (Ward y Roy, 2005; Jany y Barbier, 2008).
Mangia et al., 2016; Tsafrakidou et al., 2016), para monitorear la dinámica de cepas específicasa lo
largo de la maduración del queso (Bove et al., 2011; Feligini et al., 2012; Pogačić et al., 2013; Silva
et al., 2015) y/o como herramienta para la caracterización de aislados lácteos con características
específicas de cepas como propiedades tecnológicas, propiedades proteolíticas, producción de ácido
γ-aminobutírico (GABA), producción de antimicrobianos o susceptibilidad a antibióticos, en vista
de una posible aplicación futura en el desarrollo de nuevos cultivos iniciadores o adjuntos (Morandi
y Brasca, 2012; Baruzzi et al., 2012; Franciosi et al., 2015; Carafa et al., 2016). En el queso Pecorino
di Filiano DOP (Denominación de Origen Protegida), un queso tradicional de leche de oveja del sur
de Italia, el recuento en placa en combinación con RAPD-PCR y el análisis de restricción de ADN
ribosómico amplificado (ARDRA) permitieron la identificación de Lactobacillus paracasei subsp.
paracasei como especie dominante durante el proceso de maduración (Bonomo y Salzano, 2012).
Resultados similares fueron mostrados por Tsafrakidou y colaboradores (2016), demostrando el
predominio de L. paracasei, seguido de Lactobacillus brevis, en Graviera Kritis DOP, un queso
griego duro hecho de leche de oveja (Tsafrakidou et al., 2016). Además, aplicando el enfoque
RAPD-PCR, fue posible detectar Lactococcus lactis subsp. lactis dominance tanto en queso
Casizolu pasta hilata, elaborado con leche cruda de vaca (Mangia et al., 2016), como en quesos
frescos y maduros Feta DOP, elaborados con leche ovina y con una mezcla de leches ovina y caprina
(Bozoudi et al., 2016). Además, algunos informes incluyeron el uso del análisis RAPD-PCR,
combinado con otras técnicas moleculares, para determinar la ocurrencia y la biodiversidad
genotípica de Geotricum candidum en el queso Armada (Sacristán et al., 2013) y para proporcionar
una imagen completa de la alta biodiversidad, a nivel genéticoy fenotípico, entre la población de
Kluyveromyces marxianus, aislada de Pecorino di Farindola (Tofalo et al., 2014).
Identificación de especies y cepas de LAB 143
8.3.3 Ribotipado
El ribotipado es una variación del RFLP convencional y permite la generación de un
patrón menos complejo ya que el ADN genómico se digiere enzimáticamente, y los
fragmentos resultantes se transfieren posteriormente a una membrana y se hibridan con
una sonda de ADNr. Las túnicas p utilizadas en el ribotipadovarían desde secuencias
parciales de los genes de ADN o de sus regiones espaciadoras hasta el operón de ADNr
completo, que podría usarse como sonda en un Southern blot clásico de varios pasos o
en ribotipado automatizado. Si la sonda contiene regiones d conservadas de ADNr, se
puede utilizar para el ribotipado de una amplia gama de bacterias, incluso
filogenéticamente distantes. Evidentemente, más fragmentos se hibridarán con sondas
que abarcan una gran región del operón de ADNr que con una sonda más corta. Por lo
tanto, elpoder discriminatorio de la técnica no sólo depende del tamaño de la sonda,
sino también de la(s) enzima(s) de restricción utilizada(s) (Randazzo et al., 2009). Caro
y sus colaboradores caracterizaron los aislados de LAB de un queso de leche cruda
utilizando solo una endonucleasa EcoRI y unasola sonda. Recientemente, Mormile y
sus colaboradores (2016) utilizaron ribotipado para identificar 169 LAB aislados del
queso artesanal Pecorino di Tremonti. La técnica permitió agrupar los aislados en las
siguientes especies: Enterococcus faecium, Lc. lactis subsp. lactis, Lc. lactis subsp.
cremoris, Enterococcus faecalis y Enterococcus durans. Una combinación de RFLP y
ribotipado permitió la discriminación entre las cepas de Lactobacillus helveticus,
según el queso del que fueron aisladas (Giraffa et al., 2000). Sin embargo, es importante
recordar que siempre que se quiera utilizar la información dentro del ADN ribosómico,
tales enfoques pueden fallar en la discriminación filogenéticamente de especies o
subespecies estrechamente relacionadas (Felis y Dellaglio, 2007) y, como se mencionó
anteriormente,ciertamente no permiten el enfoque a nivel de cepa. Existen alternativas
que proporcionan una mejor discriminación de especies estrechamente relacionadas que
comparten secuencias de genes de ARNr muy similares, si no idénticas; Algunos de
estos métodos de huellas dactilares de alta resolución permiten observar más de cerca
el nivel de tensión cuando sea necesario.
escala con un objetivo taxonómico descriptivo. Por otro lado, como este método es
altamente discriminatorio, PFGE es un método poderoso para la tipificación de cepas
de aislados lácteos (Blasco et al., 2015; Tsafrakidou et al., 2016), y a menudo es el
método de elección para las aplicaciones de seguimiento de fuentes (Freitas et al., 2015;
Terzić‐Vidojević et al., 2015; Acciari et al., 2016). Usando una combinación de RAPD
y PFGE, Coppola y sus colaboradores (2006) pudieronrecuperar la mayoría de los
aislados, desde el queso maduro para pasta hilada hasta la leche cruda.
Cada método tiene sus puntos fuertes y sus limitaciones. Por lo tanto, para tratar de
eludir parcialmente los inconvenientes inherentes, a menudo se combinan dos o más
técnicas para beneficiarse al máximo de cada uno de los métodos utilizados. Siempre
que la información de múltiples enfoques, tanto fenotípicos como genotípicos, se
integra para una diferenciación, identificación y clasificación más robustas, esto se
denomina "estrategia de taxonomía polifásica" (Vandamme et al., 1996). En la mayoría
de los estudios antes mencionados, se implementó dicha estrategia polifásica.
8.4 MÉTODOS DE HUELLAS DACTILARES NO GENOTÍPICAS
Posiblemente los nuevos avances en ecología microbiana también pueden dar una
respuesta adicional a los problemas antes mencionados. Una técnicaque surgió
recientemente en el campo de la microbiología es la espectrometría de masas de tiempo
de vuelo por ionización por desorción láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS).
MALDI-TOF MS es un enfoque proteómico que genera huellas dactilares que
representan las masas moleculares depéptidos y proteínas pequeñas. Como estas
proteínas confieren información genética, los perfiles se consideran adecuados para
fines de identificación. Es un método de ionización suave, y los iones generados se
separan y detectan de acuerdo con su masa molecular y carga, generalmente una carga
única positiva . Su alta sensibilidad y alto rendimiento lo han convertido en un método
muy interesante para la caracterización e identificación de (gran número de) aislados
microbianos. Para obtener los extractos celulares proteicos fo análisis, en general se
pueden utilizar tres enfoques: el método más corto se basa en la aplicación directa de
material celular como una capa delgada en la placa objetivo (es decir, el método de
frotis directo); posteriormente, la muestra se seca y se cubre con la matriz antes de ser
analizada. Algo más elaborada es la extracción en el objetivo en la que se agrega ácido
fórmico al frotis celular para mejorar la extracción de proteínas. La tercera opción
consiste en realizar una extracción de etanol-ácido fórmico-acetonitrilo y, a
continuación, después de la centrifugación, se aplica 1 μl de sobrenadantes sobre la
placa objetivo, se deja secar y se cubre con matriz antes del análisis. La naturaleza del
analito determina el tipo de matriz utilizada: para fines de identificación microbiana
que dependen de proteínas, generalmente se utiliza ácido α-ciano-4-hidroxicinámico
(CHCA) y, con menor frecuencia, ácido sinapínico (SA). Mientras que el uso de
MALDI‐TOF MS se limitó inicialmente a un contexto de microbiología clínica
(Carbonnelle et al., 2011), cada vez con más frecuencia se está explotando MALDI‐
TOF MS para la caracterización de microorganismos de origen alimentario en general
y lácteos en particular, aunque su uso sigue siendo limitado (Pavlovic et al., 2013).
Utilizando la huella digital MALDI-TOF MS, Dušková et al. (2012) identificaron con
Identificación de especies y cepas de LAB 147
éxito el 93% de las 148 BAL aisladas de diversas fuentes de alimentos (carne y lácteos).
Esta tasa de éxito fue notablemente mayor en comparación con ARDRA, para la cual
solo el 77% de los aislamientos se identificaron sin ambigüedades. Varios estudios
utilizaron MALDI‐TOF MS para caracterizar microorganismos de espo ilage de
cerveza(Wieme et al., 2014a; Turvey et al., 2016), y MALDI-TOF MS se utilizó para
evaluar la biodiversidad de consorcios microbianos psicrotróficos en leche cruda
(Vithanage et al., 2014; 2016) e identificar especies de Enterococcus y Escherichia coli
recuperadas del queso Bryndza (Vrabec et al., 2015). Al igual que con la mayoría de
las estrategias de huellas dactilares, un enfoque basado en la biblioteca que contiene
espectros de tipo conocido y bacterias de referencia para identificar incógnitas es el más
común. Sin embargo, además, también es posibleidentificar una especie dada a través
de biomarcadores únicos (es decir, picos de masa con una cierta relación m/z en el
espectro MS), y con esto, ventajas importantes son la simplicidad comparativa de los
espectros de masas y la alta reproducibilidad de la técnica (Sauer et al., 2008). De esta
manera, Fernández-No y colaboradores (2010) pudieron diferenciar inequívocamente
entre 16 bacterias entéricas y marinas productoras de aminas biogénicas a través de la
asignación de picos específicos de marcadores de proteínas. Del mismo modo, los
aislados de dos subspecies del microorganismo probiótico Bifidobacterium animalis,
subsp. lactis y subsp. animalis, podría ser discriminado en base a picos específicos
(Ruiz‐Moyano et al., 2012). Esto abre perspectivas hacia una descripción e
identificación más precisas de los diferentes miembros de una comunidad hasta el nivel
de cepa a través de la generación de espectros de MALDI-TOF MS específicos de la
cepa, ya sea en combinación o no con picos de biomarcadores específicos de la cepa
(Sandrin et al., 2013). Sin embargo, el potencial de MALDI‐TOF MS para clasificar
más allá del nivel de subespecie sigue siendo un tema de debate, con algunos estudios
a favor (Kern et al., 2014; Wieme et al., 2014b) y otros que han encontrado las
limitaciones taxonómicas a menudo dependientes de taxones (Ghyselinck et al., 2011)
del t echnique (Zeller‐Péronnet et al., 2013).
Otra técnica no nueva (con los primeros proyectos que datan de hace 20 a 30 años)
(Naumann et al., 1991) pero hoy en día emergente en el campo de la microbiología, es
la espectroscopia infrarroja por transformada de Fourier (FTIR). Mientras que MALDI-
TOF MS registra simplemente un espectro de masas con contenido de proteínas de
células bacterianas completas, la espectroscopia FTIR genera huellas bioquímicas
generales: la absorbancia de la luz infrarroja (IR) por los compuestos celulares de las
células da como resultado un espectro similar a una huella digital que contiene señales
de muchos grupos funcionales y biomoléculas diferentes, incluidos lípidos, proteínas,
carbohidratos, ácidos nucleicos e incluso agua. Al igual que MALDI-TOF MS, es una
técnica rápida y sencilla que ofrece una identificación confiable a nivel de género,
especie, incluso hasta cepa (Wenning et al., 2014). En un estudio de 2015, por ejemplo,
von Neubeck y sus colegas pudieron asignar 2906 aislados de leche cruda a 169
especies de 61 géneros utilizando espectroscopia FTIR (von Neubeck et al., 2015).
están sesgadas porque las bacterias solo pueden cultivarse si sus necesidades
metabólicas y fisiológicas pueden reproducirse in vitro (Ndoye et al., 2011). Las
técnicas dependientes del cultivo utilizadas actualmente para la caracterización de la
microbiota de los productos lácteos se presentan en la figura 8.1.
los fragmentos de ADN de cadena única marcados no pueden ser secuenciados para
confirmar las designaciones de especies derivadas de la base de datos.
El polimorfismo de longitud de fragmento de restricción terminal (T-RFLP) es un
enfoque molecular rápido y sensible con una alta resolución y capacidad para evaluar
diferencias genéticas sutiles entre cepas, proporcionando una visión más profunda de la
estructura delas comunidades microbianas. La técnica combina la amplificación
selectiva por PCR de genes diana con digestión enzimática de restricción, electroforesis
de alta resolución y detección fluorescente. El uso de un cebador marcado con
fluorescencia restringe el análisis únicamente al fragmento terminal. T-RFLP se utiliza
cada vez más para analizar comunidades microbianas debido a su simplicidad y
fiabilidad para los genes 16S rRNA bacterianos (Schütte et al., 2008; Arteau et al.,
2010; Rasolofo et al., 2011). Además, se ha convertido en un método valioso para
comparar ociosamente los cambios temporales y las relaciones de las comunidades
bacterianas, así como para revelar las secuencias microbianas más dominantes en
muestras lecheras (Ndoye et al., 2011). Fuka y colaboradores (2013) aplicaron T-RFLP
y 454 pirosecuenciación de amplicones marcados del gen 16S rRNA marcados para
obtener una visión completa de la estructura de la comunidad bacteriana de los quesos
croatas de leche cruda de oveja.
La PCR de heterogeneidad de longitud (PCR-LH) es un método de toma de huellas
dactilares capaz de estudiar la diversidad microbiana, asociada a un ecosistema
particular, basada en las variaciones en la longitud de las secuencias del gen 16S rRNA
u otros genes (Giraffa y Neviani, 2001). La LH-PCR se realiza utilizando un
oligonucleótido marcado con colorante fluorescente como cebador directo junto con un
prímero inverso no marcadopara amplificar las regiones hipervariables. Los fragmentos
marcados se separan posteriormente y la fluorescencia se detecta con un secuenciador
automatizado. La LH-PCR es capaz de discriminar amplicones originarios de diferentes
organismos en función de la variación natural en las longitudes de sus regiones diana
de ADN . Se ha demostrado que este método es fácil, rápido, confiable y altamente
reproducible (Quigley et al., 2011). Se utilizó para explorar la estructura y la dinámica
de la microbiobio ta del queso Grana Padano DOP, así como para evaluar la tendencia
de la dinámica microbiana de
LABs durante todo el proceso de elaboración del queso (Pogačić et al., 2013; Santarelli
et al., 2013). Recientemente, Lazzi y colaboradores (2016) aplicaron el mismo enfoque
para estudiar la relación entre la dinámica de crecimiento ylisis de LAB en queso Grana
Padano y su vínculo con la formación de compuestos de sabor volátiles durante el
tiempo de maduración.
El análisis automatizado de espaciadores intergénicos ribosómicos (ARISA),
introducido por Fisher y Triplett (1999), es un método comúnmente utilizado para el
análisis de comunidades microbianas. Sobre la base de la heterogeneidad de longitud
del operón de ARNr bacteriano 16S-23S espaciador intergénico, ARISA proporciona
estimaciones de la riqueza y diversidad microbiana. Este método se ha utilizado con
frecuencia para estudiar una variedad de hábitats, incluidos los productos lácteos,
convirtiéndose en una herramienta muy útil para comparar la estructura de la
comunidad a través de múltiples muestras basadas en perfiles de patrones. Además, el
enfoque ARISA presenta perspectivas importantes en términos de aplicabilidad a lo
Identificación de especies y cepas de LAB 151
largo de toda la cadena de producción láctea con fines de diagnóstico, así como para la
evaluación de la calidad microbiológica de la leche (Feligini et al., 2014). Se utilizó un
enfoque de perfil basado en ARISA, asociado a T-RFLP, en combinación con el
componente principal de la lisis anal para evaluar los cambios fúngicos en el queso
Camembert, de acuerdo con los parámetros del proceso (Arteau et al., 2010). Este
enfoque fue lo suficientemente sensible como para detectar diferencias en las
poblaciones de hongos entre lotes y tipos de queso (Camembert y Brie). Además,
Porcellato y colaboradores (2014) evaluaron la aplicación de ARISA como método de
cribado para estudiar la microbiota del queso y evaluar la dinámica microbiana en
quesos cheddar que difieren en tipo y nivel de catión salado. Los resultados indicaron
que ARISA es una técnica útil para el análisis de la ecología microbiana del queso y,
debido a su alta resolución y similitud con otros métodos moleculares utilizados para
estudios comunitarios, puede utilizarse como método de cribado para estudiar un gran
número de muestras. Los mismos autores también determinaron la dinámica de la
microbiota durante el tiempo de maduración de los quesos cheddar aplicando el LAB-
ARISA. Los resultados de ARISA indicaron que los lactobacilos primarios presentes
en la matriz del queso durante la maduración fueron L. helveticus y Lactobacillus
curvatus. Una aplicación original de ARISA fue desarrollada por Panelli y
colaboradores (2013). De hecho, basándose en un conjunto de cebadores específicos de
múltiples especies, fue posible mostrar simultáneamente huellas dactilares distintivas
diagnósticas para Clostridium tyrobutyricum y para las otras especies asociadas hasta
ahora con el soplado tardío en el queso Grana Padano DOP. Además, se diseñó y utilizó
un conjunto de imprimaciones específicas de especies para el ARISA con el fin de
diagnosticar la presencia de C. tyrobutyricum en la producción de leche cruda antes de
la fabricación de queso (Panelli et al., 2013).
La diversidad bacteriana también puede evaluarse mediante la secuenciación de
bibliotecas de clones generadas a partir de la amplificación del gen 16S rRNA del ADN
extraído de productos lácteos (Rasolofo et al., 2010; Schornsteiner et al., 2014; Carafa
et al., 2015; Avnİ Kırmacı et al., 2015). A pesar del progreso realizado en el campo de
la secuenciación de alto rendimiento, este enfoque es costoso y requiere mucho tiempo.
Además, las bibliotecas de clones a menudo se construyen en un enfoque paralelo para
complementar las técnicas de fingerprin tingcomo DGGE, T-RFLP o SSCP.
8.7 CONCLUSIONES
Los métodos de huellas moleculares son altamente discriminatorios a nivel de especie
y cepa, lo que permite una evaluación exhaustiva de la diversidad de los aislados
recuperadosde las placas de cultivo. Sin embargo, la elección de un método de
154 Microbiología en el procesamiento de lácteos
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