CUARTA

PARTE. PROBLEMA (4 puntos)

En diciembre de 2022 se inauguró el Centro deEstudios e Investigación en

Biocultura, Agroecología, Ambiente y Salud (CEIBAAS) en el estado de
Guerrero. El CEIBAAS Guerrero se perfila como estrategia y espacio de
encuentro regional y nacional; se sostiene desde redes territoriales de
colaboración, que incluyen a diversos agentes sociales en el desarrollo de
proyectos y 11 programas con perspectiva de construcción horizontal del
conocimiento y de acceso universal a los avances científicos.” Como parte de la
estrategia del gobierno de Guerrero en coordinación con el CONACYT, se
pretende desarrollar un proyecto interdisciplinario para caracterizar
genéticamente la flora y fauna nativos del estado de Guerrero. Te invitan a
participar en este proyecto como responsable de la secuenciación de algunas de
las especies nativas.  Te dan la libertad de elegir con que especie trabajar
(insecto, animal, planta) y decidir que estrategia propones utilizar. Describe qué
organismo propones estudiar para secuenciar su genoma (justifica tu
propuesta), qué método de secuenciación propones utilizar y explica por qué lo
elegiste.  Describe de manera sintética la estrategia experimental que seguirías
desde la toma y procesamiento de la muestra, extracción del ADN y
secuenciación.

Descripción
Haematoxylum brasilett o (palo de Brasil), Son árboles que
alcanzan un tamaño de 2–12 m de alto, tronco
profundamente estriado; ramas frecuentemente espiraladas
y armadas con espinas fuertes de hasta 2 cm de largo. Es
Organismo una especie común, que se encuentra en los bosques secos,
en la zona pacífi ca llega a presentar fl ores amarillas, y
propuesto
frutos en valvas; a una alti tud de 0–450(–550) m. En México
se distribuye en la parte del Pacífi co. Sonora, Sinaloa,
Jalisco, Michoacán, Guerrero, Oaxaca, Chiapas y Baja
California Sur.

Por qué se eligio ese Elegí esta planta porque su aprovechamiento es con fi nes
organismo medicinales principalmente, por ejemplo se han descrito
quee es efi caz contra la tuberculosis y la disentería. Ademas
que el empleo del tallo de palo brasil, ya sea la corteza, se
uti liza para tratar padecimientos del sistema cardiovascular
como el ritmo cardíaco acelerado y mareos o desmayos, así
como tambieen se ha cmprobado que ayuda
considerablemente a purifi car la sangre. También se
menciona su empleo en ataques epilépti cos, alferecía,
diabetes, fi ebres e infl amaciones. Es por ello que propongo
una linea de investi gación para encontrar los prncipios
acti vos de la planta que haceen que las personas mejoren
 considerablemente la calidad de su salud, para que una vez
identi fi cados estos principios acti vos se separen y se creen
farmacos menos nocivos a la salud pero con una calidad y/o
efi cacia igual o mayor a los ya establecidos comercialmente,
logrando reducir costos de venta y haciendolo accesible al
publico.

Al tratarse de un genoma considerablemente extenso yo

propongo uti lizar el método de secuenciación PACBIO ya
que esta opción permite secuenciar genomas de 8 hasta de
Método de 30KB, presenta una tasa de error baja de al menos el 1% de
error y permiti ria secuencias con una presicion
secuenciación considerabblemente aceptada en poco ti empo. La
secuenciación PacBio ti ene ventajas únicas en los estudios
de genómica, metagenómica, transcriptómica y epigenéti ca.

Al tratarse de una planta, primeramente see debe ubicar la

parte de la planta de nuestro interes y evaluar los riesgos al
momento de la toma de la muestra, esto con la fi nalidad de
que la planta no sufra daños que puedan ocasionar su
muerte. Para este esdio se trabajara con muestras de
Toma de muestra corteza del tronco del árbol, es por ello que una vez
ideti fi cado el arbol correcto se colectará una viruta de 5 a
10 cm de longitud con un barreno de Pressler bien afi lado.
Solamente en caso de ser madera extremadamente dura, se
puede susti tuir la viruta por una muestra de madera menos
profunda, sacada con el cincel.

Es esencial de que para cada colecta se llene un formato de

campo con la información sobre la misma. Posteriormente la
información se debe capturar en una base de datos en Excel.
Además de formar la base para cualquier análisis sobre las
Procesamiento de la colectas, esta información servirá para elaborar la eti queta
muestra de los ejemplares. Las muestras de corteza y madera se
ti enen que empezar a secar en una estufa de campo
idealmente el mismo día, aunque a más tardar tres días
después.

Debido a que el ADN de madera se encuentra en poca

canti dad y está muy degradado se realiza una PCR para
determinar la calidad del ADN extraído. La purifi cación de
Extracción de ADN los ácidos nucleicos (ADN) se realiza mediante la extracción
de las proteínas y los lípidos con solventes orgánicos, y su
recuperación, en un paso posterior, al precipitarlos con
alcohol (isopropanol o etanol).

Secuenciación La secuenciación de genomas de plantas es cada vez más

fácil y rentable, incluso para los proyectos de secuenciación
orientados hacia la obtención de la secuencia genéti ca
primaria de especies vegetales de interés medico. Las
tecnologías de secuenciación de últi ma generación
secuencian millones de bases de una sola vez. Este salto en
el rendimiento permite a los investi gadores ir más allá de
los organismos modelo, así como obtener conocimientos
sobre todos los genomas vegetales. Es por ello que a parti r
de la obtención de la muestra de ADN de la viruta del tronco
del palo de Brasil se somete a secuenciuación por PACBIO
donde la polimerasa se fi ja al fondo del pocillo y permite
que la hebra de ADN progrese a través de la ZMW. Como
resultado, el sistema puede concentrarse en una sola
molécula. La secuenciación SMRT permite obtener imágenes
en ti empo real de nucleóti dos marcados con fl uorescencia
que se sinteti zan junto con moléculas molde de ADN
individuales. La reacción de secuenciación termina cuando
la planti lla y la polimerasa se disocian. La longitud de
lectura promedio del instrumento PacBio es de
aproximadamente 2 kb y algunas lecturas pueden superar
los 20 kb.