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INGENIERÍA BIOQUÍMICA
BIOQUÍMICA
CLAVE DE LA ASIGNATURA: AEJ-1007
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UNIDAD I. FUNDAMENTOS DE LA BIOQUIMICA ................................................ 6
1.1 Fundamentos .................................................................................................... 6
1.1.1 Antecedentes ................................................................................................ 6
1.1.2 Ciencias auxiliares ......................................................................................... 7
1.1.3 Actualidades ................................................................................................... 7
1.2 Bases Molesculares .......................................................................................... 8
1.2.1 Proteinas ........................................................................................................ 8
1.2.1.1 Aminoácidos (estructura, clasificación, propiedades, estereoquímica y
métodos de obtención ............................................................................................. 9
1.2.1.2 Péptidos (estructura, nomenclatura, síntesis e importancia ...................... 10
1.2.1.3 Proteínas (Estructura, función e importancia) ........................................... 10
1.2.2 Carbohidratos ............................................................................................... 11
1.2.2.1 Estructura, clasificación, propiedades ....................................................... 11
1.2.2.2 Glicosidos (enlaces, clasificación, características, métodos de obtención,
hidrólisis) …………………………………………………...…………………………….15
1.2.3 Lípidos .......................................................................................................... 17
1.2.3.1 Estructura, clasificación y propiedades ..................................................... 18
1.2.4 Acidos Nucleicos .......................................................................................... 19
1.2.4.1 Estructura, clasificación y propiedades ..................................................... 21
UNIDAD II. BIOENERGÈTICA.............................................................................. 22
2.1 Conceptualización ........................................................................................... 22
2.1.1 Termodinámica ............................................................................................. 22
2.1.1.1 Primera Ley de la Termodinámica ............................................................. 22
2.1.1.1 Segunda Ley de la Termdinámica ............................................................. 24
2.2 Energía libre .................................................................................................... 24
2.3 Cambios de energía libre estándar ................................................................. 25
2.4 Reacciones acopladas .................................................................................... 25
2.5 Reacciones de oxido reducción....................................................................... 26
2.6 ATP y compuestos de alta energía ................................................................. 27
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1.1 Fundamentos
1.1.1 Antecedentes
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1.1.3 Actualidades
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1.2.1. Proteínas
Los aminoácidos son las unidades elementales constitutivas de las moléculas
denominadas Proteínas. Son pues, y en un muy elemental símil, los "ladrillos" con
los cuales el organismo reconstituye permanentemente sus proteínas específicas
consumidas por la sola acción de vivir.
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Se han propuesto varios métodos para clasificar los aminoácidos sobre la base de
sus grupos R. El más significativo se funda en la polaridad de los grupos R.
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Obtención de aminoácidos
Los péptidos se diferencian de las proteínas en que son más pequeños (tienen
menos de 10.000 o 12.000 Daltons de masa) y que las proteínas pueden estar
formadas por la unión de varios polipéptidos y a veces grupos prostéticos.
Para nombrar un péptido se empieza por el aminoácido que porta el grupo –NH2
terminal, y se termina por el aminoácido que porta el grupo -COOH. En el sistema
clásico cada aminoácido se representa por tres letras, y en el moderno, impuesto
por la genética molecular, por una letra.
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Función
Entre las funciones biológicas más importantes que realizan los péptidos podemos
destacar las siguientes:
Número de
Hormona Función
aminoácidos
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➢ Estructura
La estructura de las proteínas reúne las propiedades de disposición en el espacio
de las moléculas de proteína que provienen de su secuencia de aminoácidos, las
características físicas de su entorno y la presencia de compuestos simples o
complejos que las estabilicen y/o conduzcan a un plegamiento específico.
➢ Funciones e importancia
Las proteínas determinan la forma y la estructura de las células y dirigen casi
todos los procesos vitales.
Las funciones de las proteínas son específicas de cada tipo de proteína y
permiten que las células defenderse de agentes externos, mantener su integridad,
controlar y regular funciones, reparar daños. Todos los tipos de proteínas realizan
su función de la misma forma: Por unión selectiva a moléculas
.
Figura 3. Niveles de organización de las proteínas.
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1.2.2 Carbohidratos
➢ Estructura
Si bien su fórmula general es (CH2O)n, la estructura química de los
carbohidratos dependerá del tipo de azúcar de que se trate.
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a) Monosacáridos
Poseen 4, 5, 6 carbonos. Estos sacáridos se distinguen por la orientación de los
grupos hidroxilos (-OH). Esto le brinda propiedades químicas y organolépticas
especiales.
b) Disacáridos
Dentro de este grupo encontramos la sacarosa, maltosa o lactosa. Estos se
forman por la unión de diferentes monosacáridos, los cuales se encuentran unidos
en carbonos específicos de cada molécula.
c) Polisacáridos
Estos representan la fuente de reserva de hidratos de carbono simples. Son
estructuras más complejas formadas por varias uniones de diferentes sacáridos.
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➢ Clasificación
✓ Glucósidos antraquinónicos
✓ Glucósidos fenólicos simples
✓ Glucósidos alcohólicos
✓ Glucósidos flavonicos
✓ Glucósidos cardíacos
✓ Glucósidos cumarínicos
✓ Glucósidos cianogénicos
1.2.3 Lípidos
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➢ Estructura
Los lípidos son un conjunto de moléculas orgánicas, la mayoría biomoléculas,
compuestas principalmente por carbono (C) e hidrógeno (H) y en menor medida
oxígeno (O), aunque también pueden contener fósforo (P), azufre (S) y nitrógeno
(N).
➢ Clasificación
➢ Estructura
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Clasificación
El ácido ribonucleico (ARN o RNA) es un ácido nucleico formado por una cadena
de ribonucleótidos. Está presente tanto en las células procariotas como en
las eucariotas, y es el único material genético de ciertos virus (virus ARN).
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UNIDAD 2. BIOENERGÉTICA
2.1 Conceptualización
2.1.1 Termodinámica
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Donde:
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➢ Descripción general
La energía libre es aquella porción de cualquier energía de la primera ley que está
disponible para realizar trabajo termodinámico, es decir, el trabajo por medio de
energía térmica. La energía libre está sujeta a una pérdida irreversible en el curso
de este trabajo. Dado que la energía de la primera ley siempre se conserva,
resulta entonces evidente que la energía libre es un tipo de energía de la segunda
ley, expandible que puede realizar trabajo dentro de lapsos de tiempo finitos
(energías libres).
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Ejemplo
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UNIDAD 3. ENZIMAS
➢ Enzimas
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas en las
reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio químico. La gran diversidad de
enzimas existentes cataliza alrededor de 4000 reacciones bioquímicas distintas.
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras moléculas. Los
inhibidores enzimáticos son moléculas que disminuyen o impiden la actividad de
las enzimas, mientras que los activadores son moléculas que incrementan dicha
actividad.
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➢ Coenzimas
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3. El grupo de las hidrolasas es el más simple para nombrar, pues basta con
hacer terminar el nombre del sustrato en el sufijo asa.
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4. Las liasas son las más difíciles de nombrar, por ejemplo, las hidratasas,
que adicionan agua a los dobles enlaces.
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➢ Nomenclatura
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➢ Tipos de cofactores
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➢ Generalidades
1. Existen sistemas multienzimáticos donde el producto de la reacción actúa
como inhibidor específico de una enzima situada al comienzo de la
secuencia.
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a) Coenzima A (CoA)
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d) Vitamina K
e) Glutatión
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f) Ácido ascórbico
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Todas las reacciones del metabolismo están reguladas por enzimas, que son
específicas para cada metabolito inicial o sustrato y para cada tipo de
transformación. Las sustancias finales de una vía metabólica se denominan
productos. Las conexiones existentes entre diferentes vías metabólicas reciben el
nombre de metabolismo intermediario.
✓ Catabolismo
✓ Anabolismo
Figura 12. Visión global del metabolismo, anabolismo y catabolismo en sus tres
etapas
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Tomamos del medio ambiente o externo todo lo necesario para que nuestras
células puedan trabajar, es decir metabolizar, y regresamos al medio ambiente
todos los productos de desecho que nuestro organismo debe eliminar.
4.2 Glucólisis
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Como puede inferirse del estudio de la glucólisis, dado que la fructosa 1,6
bisfosfato se escinde en dos triosas y ambas pueden continuar su degradación en
la segunda etapa de la glucólisis, al realizar los cálculos para el balance
energético de la vía debe tenerse en cuenta que cada glucosa origina 2 triosas.
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4.3 Gluconeogénesis
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✓ De glucosa a glucosa-6-fosfato.
✓ De fructosa-6-fosfato a fructosa-1,6-bifosfato.
✓ De fosfoenolpiruvato a piruvato.
c) Regulación de la fosforilación
d) Regulación alostérica
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1. Degradación
La vía degradativa que moviliza al glucógeno almacenado en el hígado y musculo
esquelético no es la reversa o inversa de las reacciones sintéticas. De hecho, se
necesita un juego independiente de enzimas cuando el glucógeno es degradado,
el producto primario es la glucosa-1-fosfato que se obtiene por la fractura de los
enlaces alfa1-4 cuando la ramificación que se rompe es la alfa1-6, se libera
glucosa libre directamente:
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2. Biosíntesis
La regulación implica control alostérico, llevado a cabo por METABOLITOS y
también por modificaciones covalentes, realizada por ENZIMAS bajo CONTROL
HORMONAL.
3. Regulación de la glucogenolisis
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Seis vueltas del ciclo, con la introducción de seis átomos de carbono, son
necesarios para producir un azúcar de seis carbonos, tal como la glucosa. La
ecuación general para la producción de una molécula de glucosa es:
6CO2 + 12NADPH + 12H+ + 18 ATP —> 1glucosa + 12NADP+ + 18ADP + 18Pi + 6H2O
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➢ Regulación de la rubisco.
Está formada por 8 subunidades grandes y 8 pequeñas. Éstas están reguladas por
el genoma nuclear y cloroplástico.
La cantidad de luz afecta vía fitocromo a la expresión de los genes del cloroplasto
que codifican a las subunidades grandes, que son las que tienen los centros
activos. El genoma nuclear regula a las pequeñas. El ensamblaje de las
subunidades y la expresión de los mensajeros están regulados por luz incidente
sobre el genoma nuclear o cloroplástico.
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4.6.2 Regulación
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Esta vía es mucho más activa en el tejido adiposo (biosíntesis de ácidos grasos)
que en otros.
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Los ácidos grasos de entre 4–8 y 6–12 átomos de carbono de longitud, conocida
como corta- y medianas cadenas de ácidos grasos, se oxidan exclusivamente en
las mitocondrias.
Los ácidos grasos deben primero ser activados en el citoplasma antes de ser
oxidados en la mitocondria. La activación es catalizada por la acil-CoA ligasa
grasa (también llamada acil-CoA sintasa o tiocinasa). El resultado neto de este
proceso de activación es el consumo de 2 moles de ATP.
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La oxidación de los ácidos grasos produce más energía por átomo de carbono que
la oxidación de los carbohidratos. El resultado neto de la oxidación de un mol de
ácido oleico (un ácido graso de 18 carbonos) será 146 moles de ATP (se utilizan 2
moles de ATP durante la activación de los ácidos grasos), comparados con 114
moles de un numero equivalentes de átomos de carbono de la glucosa.
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Para entender el como la síntesis y degradación de las grasas se regula, uno debe
considerar los requerimientos energéticos del organismo como un todo.
El metabolismo de los lípidos también puede ser regulado por la inhibición mediada
por la malonil-CoA de la carnitina aciltransferasa I. tal regulación sirve para
prevenir que los ácidos grasos sintetizados de novo entren a la mitocondria para
ser oxidados.
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5.3. Triacilgliceroles
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transportados a todo el organismo para dar energía o para ser almacenados como
grasa. Un exceso en este tipo de grasa puede contribuir al endurecimiento y el
estrechamiento de las arterias. Eso lo pone en riesgo de tener un infarto o un
ataque cerebral (derrame). Enfermedades como la diabetes, la obesidad, la
insuficiencia renal o el alcoholismo pueden causar un aumento de los triglicéridos.
Cuando los ácidos grasos son liberados del tejido adiposo entran en la circulación
los ácidos grasos libres (AGL) y se unen a la albúmina para su transporte hacia los
tejidos periféricos. Cuando los ácidos grasos complejos interactúan con la
superficie celular se disocian de la albúmina, este es el primer paso del proceso de
la captación celular.
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La lipólisis es el proceso metabólico mediante el cual los lípidos del organismo son
transformados para producir ácidos grasos y glicerol para cubrir las necesidades
energéticas. La lipolisis es el conjunto de reacciones bioquímicas inversas a la
lipogénesis.
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En última instancia, los productos finales de la lipolisis son agua, gas carbónico y
energía, según el esquema:
5.3.4 Biosíntesis
➢ Degradación
La degradación de los fosfolípidos corre a cargo de las fosfolipasas, enzimas que
liberan los ácidos grasos componentes de estos compuestos. Tiene lugar de forma
continua, en todos los tejidos del organismo. Estas fosfolipasas se clasifican según
su especificidad, es decir, según el ácido graso que liberen, en fosfolipasas Al, A2,
C y D. Las fosfolipasas están ampliamente distribuidas en la naturaleza: se
localizan tanto en el jugo intestinal como en las secreciones bacterianas o en los
venenos actuando como enzimas digestivas.
➢ Síntesis
Como metabolito intermedio utilizan la molécula de ácido fosfatidico al igual que
los triacilgliceroles. Para la síntesis de los fosfoglicéridos se une un nucleótido acti-
vado CTP, formando un intermediario CDP-diacilglicerol, la hidrolisis del pirofos-
fato (PPi) favorece la reacción hacia la derecha.
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Los esfingolípidos son lípidos complejos que derivan del amino alcohol insaturado
de 18 carbonos esfingosina. Son una clase importante de lípidos de las
membranas celulares de animales y vegetales y son los más abundantes en los
tejidos de los organismos más complejos. El más simple de los esfingolípidos es la
ceramida la cual funciona como molécula clave en la señalización celular y como
precursora de esfingolípidos más complejos. Contrariamente con lo que ocurre
con los esfingolípidos más complejos que contienen regiones hidrofóbicas, tales
como fosfato en el caso de la esfingosina 1 fosfato (S1P) y en la ceramida 1
fosfato, fosforilcolina en la esfingomielina, y residuos de azúcares en los
glicoesfingolípidos, la ceramida tiene una región hidrofílica mínima constituida por
dos grupos hidroxilo siendo por lo tanto una molécula altamente hidrofóbica.
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o Acetil CoA, cuyos grupos acetilos proveen todos los carbonos del
colesterol
1. Síntesis de mevalonato
2. Conversión de mevalonato en unidades activas de isopreno.
3. Formación de escualeno por condensación de unidades de isopreno activo.
4. Ciclizacion de escualeno y transformación en colesterol
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Una hormona esteroide es un esteroide que actúa como una hormona. Las
hormonas esteroides pueden ser agrupadas en cinco grupos por el receptor al
que se unen: glucocorticoides, mineral corticoide, andrógenos, estrógenos, y
progestágenos. Los derivados de la vitamina D son un sexto sistema hormonal
estrechamente relacionado con receptores homólogos. Ayudan en el control del
metabolismo, inflamación, funciones inmunológicas, equilibrio de sal y agua,
desarrollo de características sexuales, y la capacidad de resistir enfermedades y
lesiones.
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La mayor parte del ATP utilizado por muchas células para mantener la
homeostasis se produce por oxidación del piruvato en el ciclo del ácido
tricarboxílico (ATC o ciclo de Krebs). Durante este proceso de oxidación, se
generan nicotinamida adenina di nucleótido reducida (NADH) y flavina adenina
di nucleótido (FADH2).
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Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2 H2O → CoA-SH + 3 (NADH + H+) + FADH2 + GTP + 2 CO2
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➢ Reacción global
Acetil-CoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2H2O ® 2CO2 + 3NADH+H+ + FADH2 + GTP + CoA
✓ Glucosa y piruvato
✓ Piruvato y CH3CO-CoA
✓ CH3CO-CoA + OA e intermediarios de ciclo de Krebs.
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Son reacciones que regeneran intermediarios del ciclo de Krebs cuando éstos
han sido utilizados en reacciones biosintéticas, situación en la cual no hay
disponible oxalacetato (sustrato regenerador) indispensable para el inicio del
ciclo.
Muchas de las enzimas del ciclo de Krebs son reguladas por retroalimentación
negativa, por unión alostérica del ATP, que es un producto de la vía y un indicador
del nivel energético de la célula. Entre estas enzimas, se incluye el complejo de la
piruvato deshidrogenasa que sintetiza el acetil-CoA necesario para la primera
reacción del ciclo a partir de piruvato, procedente de la glucólisis o del catabolismo
de aminoácidos. También las enzimas citrato sintasa, isocitrato deshidrogenasa y
α-cetoglutarato deshidrogenasa, que catalizan las tres primeras reacciones del
ciclo de Krebs, son inhibidas por altas concentraciones de ATP. Esta regulación
frena este ciclo degradativo cuando el nivel energético de la célula es bueno.
El ciclo del glioxilato, una variación del ciclo del ácido tricarboxílico, es una vía
anabólica que ocurre en plantas, bacterias, protistas, y hongos. Los centros del
ciclo de glioxilato es la conversión de acetil-CoA en succinato para la síntesis de
hidratos de carbono. En los microorganismos, el ciclo del glioxilato permite que las
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El ciclo del glioxilato es una variante del ciclo del ácido que ocurre en los
glioxisomas de las células vegetales (también ocurre en muchos hongos y
protozoos). Permite generar glucosa a partir de ácidos grasos, esto es muy
importante en las semillas, debido a que la mayor parte de la energía metabólica
necesaria para su desarrollo se encuentra en forma de triacilgliceroles.
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Pese a que la fosforilación oxidativa es una parte vital del metabolismo, produce
una pequeña proporción de especies reactivas del oxígeno tales como
superóxido y peróxido de hidrógeno, lo que lleva a la propagación de radicales
libres, provocando daño celular, contribuyendo a enfermedades y, posiblemente,
al envejecimiento.
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Las especies reactivas del oxígeno (ERO) incluyen iones de oxígeno, radicales
libres y peróxidos tanto inorgánicos como orgánicos.
Aunque el nivel del estrés oxidativo está influido por mecanismos genéticos, el
incremento en la formulación de ERO es un fenómeno epigenético. La mitocondria
es el principal sitio productor de ERO y también el primer blanco para el efecto
deletéreo de estas moléculas, por lo que se genera un ciclo vicioso: formación de
ERO daño mitocondrial (ADN, membrana, transportadores) alteraciones en la
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Los seres vivos utilizan moléculas antioxidantes para protegerse de los radicales.
Algunos antioxidantes destacados son el GSH, el β tocoferol (vitaminas E), el
ácido ascórbico (vitamina C) y el β ± caroteno El β- tocoferol, un potente
eliminador de radicales pertenece a una clase de compuestos que se denomina
antioxidantes fenólicos. Los fenoles son antioxidantes eficaces debido a que los
productos radicales de electrones y moléculas se estabilizan por resonancia y son
así relativamente estables. Los antioxidantes pueden prevenir o retardar la
oxidación de un sustrato biológico, y en algunos casos revertir el daño oxidativo de
las moléculas afectadas.
7.2 Fotofosforilación
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✓ Clorofila
Las clorofilas son una familia de pigmentos de color verde que se encuentran en
las cianobacterias y en todos aquellos organismos que contienen plastos en
sus células, lo que incluye a las plantas y a las diversas algas eucarióticas. La
clorofila es una biomolécula extremadamente importante, crítica en la fotosíntesis,
proceso que permite a las plantas y algas absorber energía a partir de la luz solar.
✓ Cloroplastos
Los cloroplastos son los orgánulos celulares que en los organismos eucariontes
fotosintetizadores se ocupan de la fotosíntesis. Están limitados por una envoltura
formada por dos membranas concéntricas y contienen vesículas, los tilacoides,
donde se encuentran organizados los pigmentos y demás moléculas que
convierten la energía lumínica en energía química, como la clorofila. El término
cloroplastos sirve alternativamente para designar a cualquier plasto dedicado a la
fotosíntesis, o específicamente a los plastos verdes propios de las algas verdes y
las plantas. El cloroplasto es el orgánulo donde se realiza la fotosíntesis de los
organismos eucariotas autótrofos
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7.2.1.1 Luz
Una vez excitado un electrón, puede volver al estado basa de varias formas:
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➢ Reacciones luminosas
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