Métodos Diagnósticos Genética

jueves, 9 de noviembre de 2023 8:29

• Enfermedades genéticas:
• También llamadas enfermedades raras
• Individualmente poco frecuentes
• Hospitalizaciones más prolongadas y con mayor costo asociado
• Avances en:
• Conocimiento del genoma humano
• Desarrollo de tecnologías NGS
• Amplio espectro de metodologías
• Aumento número de enfermedades en que está disponible un test genético

• Test diagnósticos:
• Confirmación de una enfermedad genética sugerida clínicamente
• Ejemplo: estudio molecular del gen FMR1 para confirmación de diagnóstico de X frágil
• Mutación dinámica --> expansión de trinucleótidos
• Southern Blot
• Test predictivos pre sintomáticos:
• Individuos en riesgo de enfermedad de presentación tardía ej. enfermedad de Huntingon
• Si se hereda alelo expandido, si o si se presentará la enfermedad
• Fenómeno de anticipación --> mientras más grande sea el alelo, antes se presentan los síntomas
• Pre disposición genética:
• Ej. cáncer de mama o síndrome de Lynch
• Positivos --> riesgo de padecer la enfermedad (sin poder asegurar que se va a presentar), aunque riesgo es alto
• Farmacogenética:
• Estudio de genes codificantes de enzimas metabolizadoras de fármacos
• Predecir respuesta a tratamiento
• Dosificación de fármacos

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• Dependiendo de la cantidad de material genético alterado, se debe escoger la metodología
• Metodologías de alteraciones genómicas o cromosómicas numéricas:
• Tradicional --> cariotipo (Gold Standard)
• Más reciente --> FISH (hibridación de sondas fluorescentes con centrómeros de cromosomas)
• Nuevos: a nivel molecular --> QF PCR
• Alteraciones estructurales (translocaciones, inversiones, etc.):
• Tradicional --> cariotipo (Gold Standard dependiendo del tamaño de la alteración)
• Más recientes --> FISH
• Nuevos --> CGH array
• Alteraciones génicas (a nivel de DNA, no de cromosomas)
• Tradicional --> PCR convencional
• Más recientes --> qPCR
• Actuales --> qPCR fluorescente, MLPA, NGS

• Problema de sustituciones, deleciones e inserciones --> cambio de marco de lectura, codones de STOP anticipado
• Dado crecimiento de regiones, epigenética cambia actividad de las proteínas cambian

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• Ejemplo: diagnóstico de síndrome de X frágil
• Se buscan regiones de repetición CGG en gen FMR1, aumento de repeticiones por expansión
• PCR convencional --> métodos de detección
• Electroforesis en gel de agarosa
• Análisis de fragmentos fluorescentes (electroforesis capilar, partidores marcados, mucho más sensible)
• qPCR --> análisis de melting curve

• Más de dos mil variantes patogénicas descritas

• Panel de al menos 23 variantes patogénicas
• Método: detección simultánea de 50 mutaciones en el gen CFTR

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• Búsqueda de ambos alelos porque es una enfermedad recesiva
• Homocigoto = misma variante en ambos alelos
• Heterocigoto = variante en un solo alelo, el otro normal
• Heterocigoto compuesto = variantes distintas en ambos alelos
• Triplet repeat primed PCR (TP PCR) --> se obtienen todos los posibles tamaños porque la región está expandida.
Distintos partidores se unen a distintas regiones. Se favorecen regiones pequeñas
• MLPA = multiplex ligation - dependent probe amplification
• Identificación de variaciones en números de copias. Uso de sondas que se unen en todas las copias
• Importancia de secuenciación de Sanger --> gold standard, confirmación de exámenes por NGS

• Progeria --> mutaciones silentes, sitios de splicing diferente

• Dificultades de NGS --> necesidad de librerías, muchas lecturas
• Panel de Rasopatías (síndrome de Noonan)

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• Requisitos para implementación:
• Validación analítica
• Validación clínica
• Utilidad clínica

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