TEMA 1

INTRODUCCIÓN A LA BIOQUÍMICA
• Concepto y fines de la Bioquímica
• Características esenciales de la materia viva
• Bioelementos y biomoléculas
• Enlaces no covalentes
• El agua
• Codificación y flujo de la información genética

Concepto y fines de la bioquímica

La bioquímica es una ciencia que estudia la base molecular de la vida, es decir, las moléculas
que forman parte de los seres vivos.

Los humanos podemos tener hasta 100.000 moléculas diferentes organizadas en diferentes
partes de la célula. Nosotros tendemos a mantener nuestra propia estructura obteniendo y
utilizando energía que en última instancia procede del Sol.
La Bioquímica tiene como objetivo explicar en términos químicos (moleculares) las estructuras,
organización y funciones de la materia viva.

¿Cuál es el origen de la bioquímica?

Se inicia a principios del siglo XIX, cuando Wöhler

sintetizó urea a partir de amonio cianato. Las moléculas
orgánicas se podían sintetizar artificialmente.

En 1833 Payen descubre y purifica la enzima diastasa

(degrada al almidón) amilasa de malta.

La bioquímica, fundamentalmente extrae conocimientos de

biología,química y genética, y usa técnicas que ha importado de la
física.
Se ha empezado a desarrollar plenamente en la segunda mitad del
siglo XX gracias a técnicas nuevas (cromatografía, difracción de
rayos…).

Bioelementos y biomoléculas

Los oligoelementos son esenciales para

las enzimas (Co,Cu,Mn,Zn…).

El carbono puede formar enlaces

covalentes con 4 átomos diferentes o
con otros átomos de carbono y que
pueden ser simples o dobles (dando
lugar a estructuras lineales, ramificadas
o cíclicas). Por ello es el elemento clave
para la vida.
Todos los compuestos que nos constituyen son derivados de hidrocarburos sustituidos.

Composición de los seres vivos

Todos contamos con los mismo monómeros (proteínas, ácidos nucleicos…) pero su
combinación es la que da lugar a las diferencias entre seres vivos.

Interacciones moleculares no covalentes

- Importantes en la formación de macromoléculas

Dictan su conformación nativa y permiten flexibilidad
- Esenciales en los procesos bioquímicos
Permiten interacción molecular dinámica

Al hablar de macromoléculas ya no solo son importantes los enlaces

covalentes, sino que se dan otras interacciones (son entre 10 y 100 veces
menos energéticas que el enlace covalente): como su energía es menor se
rompen y forman con mayor facilidad. Además son más largas.

1. Enlaces o interacciones electrostáticas (enlace iónico). Ejemplo: extremo amino(carga

positiva) y carboxilo( negativa) de una proteína. La energía depende del producto de
las cargas y es inversamente proporcional a la distancia a la que se encuentran los
grupos que interaccionan y a la constante dieléctrica (ley de Coulomb).
D (agua)=80 interacciones iónicas dentro de la célula son de mucha menor energía
que cuando se dan en el vacío o el aire.
2. Puente de hidrógeno: se da cuando el H forma un enlace covalente con un elemento
muy electronegativo lo que hace que haya una densidad de carga parcial positiva en el
H y esto hace que interaccione con otro átomo electronegativo. Ej: ácidos nucleicos.
Tienen una longitud de enlace fija. La distancia se define como la que hay entre el
átomo dador de electrones y el otro átomo electronegativo unido al H mediante
 enlace covalente. Siempre que sea posible, los tres átomos implicados se encuentran
en línea recta (la fuerza del enlace es máxima) formando un ángulo de 180º.
3. Interacciones de van der Waals: interacciones entre dipolos (la distribución de cargas
no siempre es simétrica). Los dipolos se atraen hasta una distancia en la que
interaccionan las nubes electrónicas y comienzan a darse repulsiones.
4. Interacciones hidrófobas: cuando se ponen sustancia hidrófobas en agua.

Características del enlace de hidrógeno

•Se forma entre un átomo electronegativo con electrones sin compartir (aceptor) y un
hidrógeno unido a otro átomo electronegativo (donador). La longitud de enlace es fija. El
enlace es direccional. La fuerza del enlace es máxima cuando los tres átomos están alineados.
El agua y la materia viva: Estructura y propiedades.

La mayor parte de la célula está compuesta de agua.

- Los procesos fisiológicos sólo se producen en medio acuoso.
- La molécula de agua participa en muchas reacciones enzimáticas.
- Sirve como solvente natural para iones y moléculas polares.

- El oxígeno presenta cuatro orbitales híbridos sp3, dispuestos según los vértices de un
tetraedro.
- Los enlaces O—H se forman por solapamiento de un orbital sp3 de oxígeno y un orbital 1s del
hidrógeno.
- Los átomos de hidrógeno de la molécula de agua se localizan en dos vértices del tetraedro,
mientras que los dos pares de electrones del oxígeno que no participan en el enlace se
localizan en los otros dos vértices.

Calor de vapor: calor que hay que darle a un mol de agua líquida para pasarla a estado
gaseoso.

El agua es líquida a temperatura ambiente debido a la estructura de la molécula de agua. Los

orbitales en los que se encuentran los electrones del
oxígeno se denominan no enlazantes.

Estructura y propiedades del agua

- Elevada cohesividad Forma puentes de

hidrógeno
- Elevada tensión superficial y viscosidad
Formación de películas
- Elevado calor específico y de vaporización
Control de temperatura
- Ionizable H+ (H3O+) y OH-
El agua como disolvente

1. Las capas de hidratación están favorecidas energéticamente.

2. La constante dieléctrica del agua disminuye la interacción carga-carga entre iones.
Tensión superficial: energía que hay que darle para aumentar su superficie. El agua tiende a
formar películas, tiende a minimizar la exposición de moléculas en la superficie.

Calor específico: calor que hay que darle al agua para aumentar su temperatura en 1 grado.

La vida media de un enlace de H es de 1 a 20 picosegundos. Se están formando y rompiendo

constantemente. Una molécula interacciona con un promedio de 3.4 moléculas vecinas
mediante los puentes de H (estructura de agrupación parpadeante).

Es capaz de solubilizar iones. Al disolverse la sal, aumenta la entropía del sistema.

Es capaz de formar puentes de H con nuestras propias proteínas (solubiliza también nuestras
moléculas) y modifica sus estructuras permitiendo los procesos biológicos.

Efecto hidrófobo

Al tratar de disolver un compuesto apolar, como un alcano, en agua, las moléculas de agua se
ordenan en torno a las del alcano, disminuyendo la entropía del sistema.

Al agregar las dos moléculas apolares, el número de moléculas de agua que se ordenan
disminuye, aumentando la estabilidad del sistema
Esta tendencia de los compuestos hidrófobos a agruparse en un medio acuoso, denominada
efecto hidrófobo, es un factor muy importante en la determinación de la estructura y la
función de las moléculas biológicas

El agua se ordena en torno a las moléculas insolubles como los hidrocarburos.

Los clatratos son compuestos cristalinos formados por moléculas apolares y agua. El agua se
ordena en torno a las sustancias polares con una estructura similar al clatrato.
Interacciones de moléculas anfipáticas con el agua.

Codificación y flujo de la información genética

El ADN es capaz de almacenar toda la información genética de un

organismo. La mayoría de seres vivos presentan ADN en forma de doble
hélice (excepto los virus)

1868 Miescher aisla por primera vez la Nucleína

1944 Experimento de Avery, McLeod y McCarty: DNA portador de la

información genética.
Miescher digerió células con pepsina que degradaba el citoplasma y le dejaba el núcleo intacto
y allí vio una molécula a la que llamó nucleina. No sabía cuál era su función.

Griffith trabajó con neumococos(Pneumococcus) y con dos cepas la S(virulenta) y la R(no

virulenta). La S tenían un aspecto liso debido a un polisacárido que presentaban y que hace
que sea infecciosa. La R era rugosa y no presentaba el polisacárido. Introdujo la S en un ratón y
este moría. A otro le introdujo la R y no moría. Calentó las virulentas y las mató y el ratón vivía.
Por último le inyectó las bacterias muertas por calor y las vivas no virulentas: el ratón moría. En
estas células muertas por calor quedaba algún principio que hacía que se el ratón enfermara.

Avery, McCarty hicieron un lisado de células muertas por calor. Primero eliminaron los
polisacáridos. El ratón sigue muriendo (quedaban las proteínas y los ácidos nucleicos). A
continuación se añadió tripsina y se eliminaron las proteínas: el ratón continuaba muriendo.
Los ácidos nucleicos eran el principio transformante. Añadieron una sustancia que eliminaba el
ARN y el ratón seguía muriendo. Con una última sustancia se quita el ADN y el ratón sigue vivo.
Confirma los resultados.

1952 Experimento de Hersey y Chase: DNA portador de la información genética.

Este experimento confirmó que el ADN era el portador de la información genética: se sirvieron
de la interacción de una bacteria y de un virus bacteriófago. Utilizaron S-35 y P-32 (marcan las
proteínas los primeros y los ácidos nucleicos los segundos). Generaron virus con proteínas
radiactivas, batieron los virus que se encontraban en las bacterias y centrifugaron. Las
proteínas del virus no entraban en la bacteria. Si marcaban los á.nucleicos , el precipitado
estaba marcado por lo que el material que pasaba a la bacteria era el material genético.

1943 Difracción de RX del DNA (Rosalind Franklin)

1953 Modelo de la estructura del DNA (Watson y Crick)

El siguiente paso fue averiguar la estructura del ADN. Mediante la difracción de rayos X
obtuvieron la estructura y vieron que los ácidos nucleicos van en doble hélice. La distancia
entre los puntos permitía averiguar la distancia entre bases.

Watson y Crick elaboraron la teoría de la doble hélice. Tenemos dos cadenas porque si una se
nos daña por la exposición a un agente nocivo tenemos otra para mantener la información
genética. Nos permite sobrevivir mejor en situaciones adversas.

La replicación o duplicación del ADN:

- La doble hélice se abre y cada cadena da lugar a una nueva cadena (teoría
semiconservativa :Watson y Crick)
- El ADN nuevo estaba formado por dos hebras nuevas (conservativa)
- La nueva tenía fragmentos al azar de las dos cadenas

Messelson y Stalh cogieron bacterias creciendo en isótopos de N-14. Las cultivaron en isótopos
de N-15. Hacían una centrifugación en gradiente de densidad (cuanto más densa más al
fondo). Al medir absorbancia a 260 veíamos un pico que correspondía al del N-14.

El ADN con N-15 lo introducen a un medio con N-14 y vieron una banda de densidad media
(por lo que cada cadena estaba formada por una hebra vieja y otra nueva). A medida que
suceden las generaciones aumenta la cantidad de N-15 y sigue alguna con densidad
intermedia.

En este mismo año, Kornberg aisló la primera ADNpolimerasa.

Replicación del DNA

Demostración de la replicación semiconservativa del

DNA
Las células de E. coli se cultivaron en:
-15N durante 14 generaciones
-Se pasan a medio con 14N y se estudia el DNA en las
sucesivas generaciones
Vista simplificada de una horquilla de replicación

Maquinaria enzimática de la replicación:

Proceso de la replicación:

Se necesita un lugar de inició. Las helicasas reconocen el sitio de inició y provocan una orquilla
de replicación y a partir de ahí se origina cada una de las nuevas cadenas. Hay una cadena que
se sintetiza de forma continua y la otra en forma de fragmentos de Okazaki. Las helicasas
abren la doble hélice, las topoisomerasas impiden que las hebras que ya se han separado se
vuelvan a unir, las proteínas de unión a cadena simple estabilizan las cadenas abiertas. Las
primasas sintetizan los cebadores de ARN.
Kornberg aisló la ADNpolimerasa I que no es la que está implicada en la replicación. Las
polimerasas sintetizan nucleótidos en sentido 5’-3’. La ADNpol III se encarga de la replicación.
La ADNpol I une los fragmentos de Okazaki, elimina errores y cebadores.

Inicio de la transcripción
Proceso transcripción:

Comienza en las regiones promotoras y es llevada a cabo por las enzimas ARN polimerasas. Las
ARNpol abren un bucle para que tenga lugar la separación de las hebras. Termina en regiones
terminales.

La realiza la cadena molde que al transcribirla da lugar a una cadena que es igual a la otra
cadena.

Flujo de información en eucariota y procariota

En procariotas se pueden dar a la vez

la transcripción y traducción.

En eucariotas hay exones e intrones.

Al ARNm se le añade una caperuza
de 7metilguanosina que evita que se
degrade, para que se transporte al
citoplasma y permite que sea
reconocido por los ribosomas.Se
añade en el extremo 3’ una cola poli
A (adenina).

Luego se eliminan los intrones a

través de los espliceosomas que son proteínas y ARNpn que realizan procesos de corte y
empalme. El ARN ya maduro sale al citosol.

Comparación ARNm procariota-eucariota

Eucariotas: para cada proteína un ARN. Procariotas: varias proteínas por un ARN.

Organización de los genes

Los genes procarióticos pueden estar organizados en operones

Traducción: el código genético

Traducción: los ribosomas se unen al ARNm y se comienzan a sintetizar las proteínas.

Las ARNpol también sintetizan el resto de ARN. El más abundante es el ribosómico, seguido del
transferente y los menos abundantes son los mensajeros (<5%).

ARNt

Actúa de adaptador entre el ARNm y los aminoácidos.El ARN

transferente están formados por 75 nucleótidos que en el
extremo 5’ tienen unidos un aa y en el extremo inferior curvo
tienen una secuencia anticodón que los asocia con el codón.

Cada 3 nucleótidos se sintetiza un aminoácido.

Características del código genético

-Escrito en forma lineal usando las bases del ARNm

-Cada grupo de tres ribonucleótidos (codón) especifica un aminoácido
-Inequívoco: cada triplete especifica un solo aminoácido
-Degenerado: un aminoácido puede ser codificado por más de un triplete. Sólo Met y Trp están
representados por un solo codón
-Contiene señales de inicio y de parada
-El código es casi universal en procariotas, arqueas y eucariotas, pero hay excepciones
(mitocondrias y ciliados)

Traducción

El ribosoma lleva a cabo la traducción de la información contenida en el RNAm a proteínas.