INSTITUTO TECNOLÓGICO DE DURANGO

MAESTRIA EN CIENCIAS BIOQUIMICAS

BIOQUIMICA MICROBIANA

Tema 1
EL AGUA

Alumna: Cynthia Karina Rosales Villarreal 11040119.

BIOMOLÉCULAS
Cualquier molécula que forme parte de un organismo vivo. Desde una molécula de
oxígeno o de dióxido de carbono hasta agua, proteínas y ácidos nucleicos.

Principales bioiones y biomoléculas:

Inorgánicas: O2, CO2, H2O, Cl-, PO4-3, CO3-2, Na+, K+, NH4+, Ca+2, Mg+2, Mn+2,
Fe+3,Zn+2, Cu+1, Co, Mb.

Orgánicas: azúcares, lípidos, proteínas y ácidos nucleícos.

Características de las biomóleculas orgánicas.

En la naturaleza existen más de 109 biomoléculas orgánicas diferentes, e incluso

en una misma célula puede haber decenas de miles de biomoléculas diferentes.

Biomoléculas sencillas: oligomoléculas y macromoléculas. Están formadas por la

polimerización de moléculas más sencillas (secuencia; estructura primaria). Así, a
pesar de la gran diversidad, la mayoría de las macromoléculas de todas las especies
están formadas por la polimerización de 10 monosacáridos, 10 ácidos grasos, 20
aminoácidos y 8 nucleótidos.
Muchas de las biomoléculas de un organismo son diferentes en otro organismo:
especificidad de especie (diferencias en secuencia; a pesar de eso se sigue
manteniendo el mismo nombre para las biomoléculas que realizan la misma
función). Además, los diferentes organismos sintetizan todas sus biomoléculas por
rutas similares Estos descubrimiento apoya fuertemente el origen común de todas
las especies y la teoría dela evolución celular (árboles filogenéticos y divergencia
de especies).
Las biomoléculas interaccionan y reaccionan unas con otras para originar la vida
(estereoespecificidad de las interacciones)

Macromoléculas: composición atómica, estructura primaria (secuencia) y

conformación espacial (estado nativo, conformación tridimensional, estructura
terciaria), interacción entre biomoléculas. En las diferentes macromoléculas varía
mucho el tamaño, la densidad y las características ácido-base, de ahí que se pueda
hablar de separación de macromoléculas por tamaño, por densidad o por
intercambio iónico.
Masa molecular de las biomoléculas:
1. Masa molecular relativa (Mr): Relación entre la masa de la biomolécula y 1/12
de la masa del carbono-12 (al ser una relación no tiene dimensiones ni
unidades asociadas)
2. Masa molecular (m): masa de una molécula expresada en daltons (Da).
1 Da = masa molecular dividido por Nº Avogadro (Nº Avogadro = 6,02 x
1023)1 Da = 1/12 de la masa del C-12 (masa C-12 = 1,9926 x 10-23 g)1 Da
= uma (ahora u) = 1/12 de la masa del carbono-12 = 1,6606 x 10-
24 g; 1 kDa = 1.000 Da; 1 MDa = 1 x 106 Da

Biomoléculas conjugadas y asociaciones supramoleculares.

Función de las biomoléculas:
Las diferentes biomoléculas desempeñan diferentes funciones en un
organismo: disolvente, estructural, reserva metabólica, catalizador,
reconocimiento, transporte desustancias, transmisión de señales, almacenamiento
y expresión de la información genética, etc.

Interacciones no covalentes

Interacciones electrostáticas:
La que tiene lugar entre un par de partículas cargadas. Muchas de las biomoléculas
tienen carga neta (macromoléculas como ácidos nucleicos y proteínas; moléculas
pequeñas como aminoácidos, nucleótidos; iones pequeños como Na, K, Mg, Cl,
HOPO3, etc. En la naturaleza se dan estas interacciones entre grupos amino y
carboxilo de proteínas, o entre grupos fosfato y Mg o amino, etc.

Enlace de hidrógeno: Es un tipo de enlace que tiene una gran importancia en las
interacciones de las biomoléculas tanto intra como inter-moleculares. Se produce
por la interacción de un H, que se encuentra unido a un átomo electronegativo
(grupo donador), con un átomo que tenga pares electrónicos sin compartir en su
órbita externa, como O y N (raro el S) (grupo aceptor). Por una parte, representa
una interacción entre la carga parcial positiva del H con la negativa del par de
electrones, y por otra es un enlace covalente parcial ya que se comparten electrones
entre el H y el aceptor. Debido a ello, los enlaces de hidrógeno tienen una energía
de enlace superior a las interacciones no covalentes, longitudes fijas, la distancia
entre el H y el átomo aceptor es menor que la suma de sus radios de van der Waals,
y es un enlace altamente direccional; todo esto no ocurre con otras interacciones no
covalentes. La distancia de un enlace de H se define como la distancia existente
entre el átomo aceptor y el donador.

Interacciones de dipolos permanentes e inducidos:

Moléculas que no tienen carga neta pueden tener una distribución asimétrica de sus
cargas, por lo que son dipolos permanentes y tienen un momento dipolar
permanente, m. Para que esto ocurra la distribución de cargas debe ser asimétrica,
y así las moléculas de CO2 o de para-diclorobenceno no tienen momento dipolar,
mientras que moléculas como el CO o el agua, sí lo tienen. También presentan
momento dipolar aquellas moléculas que contienen cargas positivas y negativas
sobre la misma molécula, anfolitos o sustancias anfóteras. Punto isoeléctrico.

Repulsión de van der Waals: Es la repulsión que ocurre entre átomos o

grupos sin enlaces covalentes, cuando se acercan tanto entre ellos que sus orbitales
electrónicos externos comienzan a solaparse. Existe una distancia r en que esta
energía de repulsión impide que a un átomo o grupo se le pueda acercar otro, y esta
distancia se conoce como radio de van der Waals. Esto es lo que impide que dos
anillos bencénicos se puedan solapar entre sí a una distancia menor de 0,34 nm,
ya que el radio de van der Waals del C es de 0,17 nm.

CARBOHIDRATOS
Los glúcidos son las biomoléculas más abundantes de la Tierra. Cada año, la
fotosíntesis convierte más de 100.000 millones de toneladas métricas de CO2 y II2O
en celulosa y otros productos vegetales. Ciertos glúcidos (como el azúcar y el
almidón) son fundamentales en la dieta humana en la mayor parte del mundo y la
oxidación de glúcidos es la principal ruta de obtención de energía en la mayoría de
las células no fotosintéticas. Los polímeros glucídicos insolubles actúan como
elementos estructurales y de protección en las paredes celulares de las bacterias y
las plantas y en los tejidos conjuntivos de los animales. Otros polímeros glucídicos
lubrican las articulaciones óseas y participan en el reconocimiento y la adhesión
intercelulares. Polímeros glucídicos más complejos, unidos covalentemente a
proteínas o lípidos, actúan como señal de localización intracelular o de destino
metabólico de estas moléculas híbridas denominadas glucoconjugados.
Existen tres clases principales de glúcidos: monosacáridos, oligosacáridos y
polisacáridos.

Los monosacáridos

Son azúcares simples, consisten en una sola unidad de cetona. El monosacárido

más abundante en la naturaleza es la n-glucosa de seis átomos de carbono, a veces
llamada dextrosa. Los monosacáridos de más de cuatro átomos de carbono suelen
poseer estructuras cíclicas.
Las familias de monosacáridos que tienen entre tres y siete átomos de carbono.

Las dos familias de monosacáridos son las aldosas y las cetosas

Los monosacáridos son sólidos incoloros y cristalinos, solubles en agua e insolubles
en disolventes no polares. La mayoría tienen sabor dulce. El esqueleto de los
monosacáridos comunes consiste en una cadena de carbonos no ramificada en la
que todos los átomos de carbono están unidos por enlaces simples. En todas las
formas de cadena abierta, uno de los átomos de carbono está unido a un átomo de
oxígeno por un doble enlace, formando un grupo carbonilo; cada uno de los demás
átomos de carbono tiene un grupo hidroxilo. Si el grupo carbonilo se halla en un
extremo de la cadena carbonada, el monosacárido es un aldehído y recibe el
nombre de aldosa; si el grupo carbonilo se encuentra en cualquier otra posición, el
monosacárido es una cetona y se denomina cetosa. Los monosacáridos más
simples son las dos triosas de tres átomos de carbono: el gliceraldehído, una
aldotriosa, y la dihidroxiacetona, una cetosa.
Los monosacáridos que poseen cuatro, cinco, seis y siete átomos de carbono en
su cadena carbonada se denominan, respectivamente, tetrosas, pentosas,
hexosas y heptosas.

Las formas isoméricas de los monosacáridos que difieren entre sí únicamente en la

configuración alrededor del átomo de carbono hemiacetálico o hemicetólico se
denominan anómeros. El átomo de carbono hemiacetálico o carbonílico se
denomina carbono anomérico. Los anómeros a y b de la D-glucosa se
interconvierten en disolución acuosa mediante un proceso denominado
mutorrotación. De este modo, una disolución de a-D-glucosa y una disolución de D-
glucosa dan lugar finalmente a mezclas idénticas en el equilibrio que tienen las
mismas propiedades ópticas. Esta mezcla está formada por aproximadamente un
tercio de a-D-glucosa, dos tercios de /3-n-gJucosa y una proporción muy pequeña
de las formas lineal y cíclica de cinco átomos (glucofuranosa).

Los organismos contienen numerosos derivados de las hexosas

Además de las hexosas sencillas tales como la glucosa, la galactosa y la mañosa,
existen una serie de derivados en los que un grupo hidroxilo del compuesto original
está reemplazado por otros sustituyentes o bien uno de los átomos de carbono se
encuentra oxidado en forma de ácido carboxílico.

Cuando el carbono carbonílico (aldehídico) de la glucosa se oxida para formar un

ácido carboxílico se produce ácido glucónico; otras aldosas dan lugar a otros ácidos
aldónicos. La oxidación del carbono del otro extremo de la cadena -el C-G de
glucosa, galactosa o mañosa- da lugar al correspondiente ácido urónico:
glucurónico, galacturónico o manurónico. Tanto los ácidos aldónicos como los
urónicos forman esteres intramoleculares estables denominados lactonas.

Los disacáridos
Los disacáridos (tales como la maltosa, la lactosa y la sacarosa) están formados por
dos monosacáridos unidos covalentemente mediante un enlace O-glucosídico, que
se forma cuando un grupo hidroxilo de un azúcar reacciona con el carbono
anomérico del otro.

Oligosacáridos
Los oligosacáridos son polímeros cortos de varios monosacáridos unidos por
enlaces glucosídicos. En un extremo de la cadena, el extremo reductor, hay un
monosacárido cuyo carbono anomérico no forma parte de un enlace glucosídico.
La nomenclatura común para los di- u oligosacáridos especifica el orden de las
unidades monosacáridas, la configuración en cada carbono anomérico y los átomos
de carbono que intervienen en el enlace (s) glucosídico(s).

Polisacáridos
La mayoría de glúcidos naturales se encuentran en forma de polisacáridos,
polímeros de media y elevada masa molecular. Los polisacáridos, denominados
también glucanos, difieren entre sí en la naturaleza de sus unidades monoméricas
repetitivas, en la longitud de sus cadenas, en los tipos de enlace que se forman
entre las unidades y en su grado de ramificación. Los homopolisacáridos contienen
un único tipo de monómero; los heteropolisacáridos contienen dos o más tipos
diferentes.
Algunos homopolisacáridos sirven para el almacenamiento de monosacáridos que
se usan como combustible biológico; el almidón y el glucógeno son
homopolisacáridos de este tipo. Otros homopolisacáridos (como por ejemplo la
celulosa y la quitina) actúan como elementos estructurales en las paredes celulares
de plantas y en el exoesqueleto de animales.

Los heteropolisacáridos proporcionan soporte extracelular a todos los organismos.

La capa rígida de la envoltura de la célula bacteriana (el peptidoglucano) es un
heteropolisacárido formado por dos unidades de monosacárido alternadas. En los
tejidos animales, el espacio extracelular se encuentra ocupado por diversos tipos
de heteropolisacáridos, que forman una matriz que mantiene unidas a las células
individuales y proporciona protección, forma y sostén a células, tejidos y órganos.

Algunos homopolisacáridos son formas de almacenamiento de combustible Los

polisacáridos de reserva más importantes son el almidón de las células vegetales y
el glucógeno de las células animales. Ambos polisacáridos se encuentran en el
interior de la célula formando agregados o gránulos de gran tamaño.

El almidón contiene dos tipos de polímero de glucosa, la amilosa y la amilopectina.

El primero consiste en cadenas largas y no ramificadas de unidades de D-glucosa
conectadas por enlaces. Éstas tienen una masa molecular de irnos pocos miles a
más de un millón.

El glucógeno es el polisacárido de reserva más importante en las células animales.

Al igual que la amilopectina, el glucógeno es un polímero con subunidades do
glucosa unidas por enlaces (al—»4) y con ramificaciones del tipo (al—>6), pero el
glucógeno está más ramificado (en promedio, cada 8 a 12 residuos) y es más
compacto que el almidón. El glucógeno es especialmente abiuidante en el hígado,
donde puede llegar a representar el 7% de su peso húmedo; también se encuentra
en el músculo esquelético.

Los dextranos son polisacáridos de D-glucosa unida por enlaces, presentes en

bacterias y levaduras; todos tienen ramificaciones. La placa dental, producida por
las bacterias que crecen en la superficie de los dientes, es rica en dextranos.

La quitina es un homopolisacárido lineal compuesto por residuos de N-

acetilglucosamina que se encuentran unidos por enlaces. La única diferencia
química con res- pecio a la celulosa es el cambio del grupo hidroxilo en C-2 por un
grupo amino acetilado. La quitina forma fibras extendidas similares a las de la
celulosa y no es digerible por los vertebrados. Es el componente principal de los
duros exoesqueletos de casi el millón de especies de artrópodos insectos, langostas
y cangrejos, por ejemplo y es, probablemente, el segundo polisacárido más
abundante en la naturaleza, después de la celulosa.

Los glucosaminoglucanos son heteropolisacáridos extracelulares en los cuales una

de las unidades de monosacárido es el ácido urónico y la otra un amino-azúcar N-
acetilado. Los ésteres sulfato de algunos de los grupos hidroxilo confieren a estos
polímeros una elevada densidad de carga negativa, que fuerza la adopción de
estructuras extendidas. Estos polímeros (hialuronato, sulfato de condroitina, sulfato
de dermatán, sulfato de queratán y heparina) son responsables de la viscosidad,
adhesividad y resistencia a la tensión de la matriz extracelular.

Tabla 1. Clasificación y funciones de los carbohidratos.

Tabla 2. Características de los carbohidratos

LIPIDOS

Constituyen un grupo químicamente diverso de compuestos cuya característica

común y definitoria es su insolubilidad en agua. Las funciones biológicas de los
lípidos son igualmente diversas. En muchos organismos, las grasas y los aceites
son las formas principales de almacenamiento energético, mientras que los
fosfolípidos y los esteróles constituyen los principales elementos estructurales de
las membranas biológicas.

Lípidos de almacenamiento

Las grasas y aceites, utilizados casi universalmente como formas de

almacenamiento de energía en los organismos vivos, son compuestos derivados de
los ácidos grasos. Los ácidos grasos son derivados hidrocarbonados con un nivel
de oxidación casi tan bajo (esto es, tan reducidos) como el de los hidrocarburos de
los combustibles fósiles. La oxidación de los ácidos grasos (a CO2 y H2O) en las
células, al igual que la oxidación explosiva de los carburantes fósiles en los motores
de combustión interna, es muy exergónica.

Los ácidos grasos son derivados de hidrocarburos

Los ácidos grasos son ácidos carboxílicos con cadenas hidrocarbonadas de 4 a 36

carbonos CC4 a C36). En algunos ácidos grasos, esta cadena, está completamente
saturada (no tiene dobles enlaces) y sin ramificar; otros contienen uno o más dobles
enlaces. La nomenclatura simplificada de estos compuestos especifica la longitud
de la cadena y el número de dobles enlaces separados por dos puntos; el ácido
palmítico, que tiene 16 átomos de carbono y es saturado, se abrevia 16:0 y el ácido
oleico de 18 carbonos con un doble enlace es 18:1.
Los puntos de fusión están también muy influidos por la longitud y grado de
saturación de la cadena hidrocarbonada. A temperatura ambiente (25 °C), los ácidos
grasos saturados desde 12:0 a 24:0 tienen una consistencia cérea, mientras que los
ácidos grasos insaturados de estas longitudes son líquidos oleosos. Esta diferencia
en tos puntos de fusión se debe a los diferentes grados de empaquetamiento de las
moléculas de los ácidos grasos.
En los vertebrados los ácidos grasos libres circulan por las sangres unidos de forma
no covalente a una proteína portadora, la albúmina sérica. No obstante, los ácidos
grasos en su mayoría se encuentran presentes en el plasma sanguíneo en forma
de derivados del ácido carboxílico tales como ésteres o amidas. Al carecer del grupo
carboxilato cargado, estos derivados de los ácidos grasos son generalmente aún
menos solubles en agua que los ácidos grasos libres.

Los triacilgliceroles son ésteres de ácidos grasos y glicerol

Los lípidos más sencillos obtenidos y partir de los ácidos grasos son los
triacilgliceroles. Los triacilgliceroles están compuestos por li es ácidos grasos unidos
por enlace éster con un solo glicerol. Los que contienen el mismo tipo de ácido graso
en las tres posiciones se denominan triacilgliceroles simples y se denominan según
el ácido graso que contienen. La triestearina, la tripalmitinay la trioleína son,
respectivamente, ejemplos de triacilgliceroles.

Los aceites vegetales tales como el aceite de maíz y el de oliva están compuestos
mayoritariamente por triacilgliceroles con ácidos grasos insaturados, por lo que son
líquidos a temperatura ambiente. Se convierten industrialmente en grasas sólidas
por hidrogenación catalítica que reduce algunos de sus dobles enlaces a enlaces
sencillos y otros a dobles enlaces trans. Los triacilgliceroles que sólo contienen
ácidos grasos saturados, talos como la triestearina, componente principal de la
grasa de buey, son sólidos blancos y grasos a temperatura ambiente.

Las ceras

Las ceras biológicas son esteres de ácidos grasos de cadena larga saturados e
insaturados (de 14 a 36 átomos de carbono) con alcoholes de cadena larga (de 16
a 30 átomos de carbono). Sus puntos de fusión (60 a 100 °C).
Las ceras también realizan diversas funciones en la naturaleza, relacionadas con
sus propiedades repelentes del agua y su consistencia firme. Ciertas glándulas de
la piel de los vertebrados secretan ceras para proteger el pelo y la piel
manteniéndolos flexibles, lubricados e impermeables. Las aves, sobre todo las
acuáticas, secretan coras que mantienen la impermeabilidad de sus plumas. Las
hojas brillantes del acebo, rododendro y muchas plantas tropicales están
recubiertas por una espesa capa de ceras que las protege de los parásitos e impide
la evaporación excesiva del agua. Las ceras biológicas tienen diversas aplicaciones
en las industrias farmacéutica, cosmética y otras.
PROTEINAS
Las proteínas son las macromoléculas biológicas más abundantes y están
presentes en todas las células y en todas las partes de las mismas. Las proteínas
también presentan una gran variedad; en una sola célula se pueden encontrar miles
de clases de proteínas diferentes, que varían en tamaño desde péptidos
relativamente pequeños hasta polímeros enormes de masas moleculares del orden
de millones.
La clave de la estructura de los miles de proteínas diferentes se encuentra en unas
subunidades monoméricas relativamente simples. Todas las proteínas, tanto si
provienen de los linajes bacterianos más antiguos como de las formas de vida más
complejas, están construidas a partir del mismo conjunto ubicuo de 20 aminoácidos,
unidos de forma covalente en secuencias lineales características. Debido a que
cada uno de estos aminoácidos tiene una cadena lateral propia que determina sus
propiedades químicas.
El hecho más notable es que las células puedan producir proteínas con propiedades
y actividades muy diferentes uniendo los mismos 20 aminoácidos en multitud de
combinaciones y secuencias diferentes. A partir de estos bloques estructurales los
diferentes organismos pueden fabricar productos tan diversos como enzimas,
hormonas, anticuerpos, transportadores, fibras musculares, la proteína del cristalino
del ojo, plumas, telarañas, cuernos de rinoceronte, proteínas de la leche,
antibióticos, venenos de hongos y un sinfín de otras sustancias con actividades
biológicas distintas.

Las proteínas son polímeros de aminoácidos, en los que cada residuo aminoácido
está unido al siguiente a través de un tipo específico de enlace covalente. (El
término “residuo” refleja la pérdida de los elementos del agua cuando un aminoácido
se une a otro.) Las proteínas se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus aminoácidos
constituyentes mediante diversos métodos y los estudios iniciales sobre las
proteínas se centraron, naturalmente, en los aminoácidos libres procedentes de las
mismas. Veinte son los aminoácidos comúnmente encontrados en proteínas.

Los péptidos que se encuentran en la naturaleza varían en tamaño desde

pequeñas moléculas que contienen dos o tres aminoácidos hasta moléculas muy
grandes que contienen miles de ellos.

Los péptidos son cadenas de aminoácidos

Dos moléculas de aminoácidos pueden unirse de forma covalente a través de un
enlace amida sustituido, denominado enlace peptídico, formando un dipéptido. Este
enlace se forma por eliminación de los elementos del agua (deshidratación) del
grupo α-carboxilo de un aminoácido y el grupo a-amino de otro.
Cuando se unen unos pocos aminoácidos de este modo, la estructura resultante se
denomina oligopéptido. Cuando se unen muchos aminoácidos el producto se
denomina polipéptido. Las proteínas pueden tener miles de residuos aminoácidos.
Aunque a veces los términos “polipéptido” y “proteína” son intercambiables, las
moléculas denominadas polipéptidos tienen generalmente masas moleculares
inferiores a 10.000 y las que se denominan proteínas tienen masas moleculares
superiores.

ÁCIDOS NUCLEÍCOS
El DNA celular se encuentra especificadas las secuencias de aminoácidos de todas
las proteínas y las secuencias de nucleótidos de todas las moléculas de RNA.
Las únicas funciones conocidas del DNA son el almacenamiento y la transmisión de
la información biológica. En la célula hay varias clases de RNA, que cubren una
amplia variedad de funciones. Los RNA ribosómicos (rRNA) son componentes de
los ribosomas, complejos que llevan a cabo la síntesis de proteínas. Los RNA
mensajeros (mRNA) actúan como intermediarios, transportando la información
desde un gen o unos pocos genes hasta el ribosoma, donde se sintetizan las
proteínas. Los RNA de transferencia (tRNA) son moléculas adaptadoras que
traducen con fidelidad la información genética contenida en el mRNA a secuencias
específicas de aminoácidos.

Los nucleótidos y ácidos nucleicos están formados por bases y pentosas

características
Los nucleótidos están formados por tres componentes: (1) una base nitrogenada,
(2) una pentosa y (3) un fosfato. La molécula sin el grupo fosfato se denomina
nucleósido. Las bases nitrogenadas derivan de dos compuestos parentales,
pirimidina y purina.

Tanto el DNA como el RNA contienen dos bases purínicas principales, la adenina
(A) y la guanina (G). El DNA y el RNA contienen también dos bases pirimidínicas
principales. La citosina (C) se encuentra en ambos tipos de ácido nucleico. Pero la
segunda base pirimidínica es timina (T) en el DNA y uracilo (U ) en el RNA.

A pesar de que la mayoría de nucleótidos contienen solamente estas cuatro bases,

el DNA y el RNA contienen también otras bases secundarias. En el DNA, las más
comunes son las formas motiladas de las bases principales; en algunos DNA víricos,
ciertas bases pueden estar hidroximetiladas o glucosiladas. Las bases alteradas o
poco comunes del DNA sirven a menudo como señales específicas para la
regulación o la protección de la información genética

Un ácido nucleico de cadena corta se denomina oligonocleótido. El calificativo

“corta” es en cierto modo arbitrario, aunque el término oligonucleótido se utiliza a
menudo para polímeros de hasta 50 nucleótidos. Los ácidos nucleicos de mayor
longitud se denominan polinucleótidos.