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ANTONIO PARDO MELERO BIOTECNOLOGÍA
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ANTONIO PARDO MELERO

BIOTECNOLOGÍA

Antonio Pardo Melero G2

Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural TEMA 1: BASES DE BIOQUÍMICA 2 TEMA 2: EL AGUA

TEMA 1: BASES DE BIOQUÍMICA

2

TEMA 2: EL AGUA Y EL PH

6

TEMA 3: AMINOÁCIDOS

11

TEMA 4: ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS

17

TEMA 5: ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE LAS PROTEÍNAS

28

TEMA 6: ENZIMAS

47

TEMA 7: CARBOHIDRATOS Y GLUCCCOBIOLOGÍA

64

TEMA 8: NÚCLEOTIDOS Y ÁCIDOS NUCLEICOS

83

TEMA 9: LÍPIDOS

99

TEMA 10: MEMBRANAS BIOLÓGICAS

115

TEMA 11: BIOSEÑALIZACIÓN

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Bioquímica estructural

INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN
Definición de Bioquímica
Definición de Bioquímica
estructural INTRODUCCIÓN Definición de Bioquímica Es la química de la vida, la ciencia que estudia los

Es la química de la vida, la ciencia que estudia los procesos biológicos a nivel molecular, es decir, se encarga de la descripción de la estructura, la organización y las funciones de la materia viva en términos moleculares.

Propiedades de los seres vivos 
Propiedades de los seres vivos

Complejidad y alto grado de organización: esto va en contra del 2º principio de la termodinámica: “La entropía del universo tiende a ser máxima”.

Cada componente tiene una función específica.

Capacidad de extraer y transformar la energía del medio.

Capacidad para percibir señales y responder a alteraciones medioambientales.

Capacidad de producir réplicas exactas de sí mismos.

Capacidad de cambiar a lo largo del tiempo (evolución gradual).

COMPLEJIDAD DE LOS SERES VIVOS
COMPLEJIDAD DE LOS SERES VIVOS
de sí mismos.  Capacidad de cambiar a lo largo del tiempo (evolución gradual). COMPLEJIDAD DE
de sí mismos.  Capacidad de cambiar a lo largo del tiempo (evolución gradual). COMPLEJIDAD DE
de sí mismos.  Capacidad de cambiar a lo largo del tiempo (evolución gradual). COMPLEJIDAD DE

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Bioquímica estructural

JERARQUÍA Y ORGANIZACIÓN DE LOS SERES VIVOS
JERARQUÍA Y ORGANIZACIÓN DE LOS SERES VIVOS
SILLARES ESTRUCTURALES Y MACROMOLÉCULAS
SILLARES ESTRUCTURALES Y MACROMOLÉCULAS

Las biomoléculas dan lugar a los sillares estructurales, biomoléculas solubles en agua con un peso molecular menor que 350 Da presentes en todos los seres vivos y que se sintetizan a través de intermedios metabólicos. Son: monosacáridos, nucleótidos y aminoácidos. Los sillares estructurales se unen entre sí mediante enlaces característicos para dar lugar a las macromoléculas. Las macromoléculas se unen para formar complejos supramoleculares.

se unen para formar complejos supramoleculares. COMPOSICIÓN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS Los bioelementos son
COMPOSICIÓN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS
COMPOSICIÓN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Los bioelementos son aquellos que forman parte permanente de los seres vivos (30% del total). Los bioelementos mayoritarios son: C, H, Na, K, N, P, S y Cl; el resto de elementos que no forman parte permanente de los seres vivos son los oligoelementos. Los seres vivos están compuestos por un 70% de agua y el resto son biomoléculas, como glúcidos, aminoácidos o nucleótidos.

vivos están compuestos por un 70% de agua y el resto son biomoléculas, como glúcidos, aminoácidos
vivos están compuestos por un 70% de agua y el resto son biomoléculas, como glúcidos, aminoácidos

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Bioquímica estructural

Propiedades de los bioelementos 
Propiedades de los bioelementos

Reactividad: capacidad de completar electrones en la capa externa. Tienen la posibilidad de formar enlaces covalentes muy estables con otros elementos.

Versatilidad del carbono para formar enlaces: el C puede formar enlaces simples con el H y tanto simples como dobles con otros átomos de C, O y N. Cada átomo de carbono pude formar hasta 4 tipos de enlace distintos. Los átomos de carbono enlazados covalentemente pueden formar cadenas lineales, ramificadas y estructuras circulares. A esos esqueletos de C se les añaden grupos funcionales, que confieren propiedades químicas específicas a las moléculas. Por esta razón el C ha sido seleccionado evolutivamente.

GRUPOS FUNCIONALES Y ESTEROQUÍMICA
GRUPOS FUNCIONALES Y ESTEROQUÍMICA
evolutivamente. GRUPOS FUNCIONALES Y ESTEROQUÍMICA Geometría de las moléculas: aunque dos biomoléculas
evolutivamente. GRUPOS FUNCIONALES Y ESTEROQUÍMICA Geometría de las moléculas: aunque dos biomoléculas

Geometría de las moléculas: aunque dos biomoléculas tengan la misma composición (misma fórmula molecular), son muy distintas por su estructura y su geometría. Hay dos tipos de isomería:

Geométricos o cis-trans: estos isómeros no pueden ser interconvertidos sin romper temporalmente uno o más enlaces covalentes. Difieren en la disposición de sus grupos sustituyentes con respecto al doble enlace, que no posee capacidad de rotación.

Moléculas quirales y aquirales: Cuando un átomo tiene sus 4 sustituyentes diferentes, éstos pueden disponerse de dos maneras que dan lugar a dos moléculas no superponibles, siendo cada una la imagen especular de la otra (enantiómeros). Estos átomos de carbono asimétricos son átomos quirales. Cuando alrededor del átomo de carbono tetraédrico se disponen sólo 3 sustituyentes (hay dos iguales), sólo existe una disposición espacial. En este caso la imagen puede superponerse. La molécula es aquiral.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Los sillares estructurales se unen entre sí mediante enlaces
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Los sillares estructurales se unen entre sí mediante enlaces

Los sillares estructurales se unen entre sí mediante enlaces característicos:

se unen entre sí mediante enlaces característicos: REACCIONES ENZIMÁTICAS EN SERES VIVOS  Oxidorreductasa:
REACCIONES ENZIMÁTICAS EN SERES VIVOS
REACCIONES ENZIMÁTICAS EN SERES VIVOS

Oxidorreductasa: transferencia de electrones de unos compuestos a otros. EJ: alcohol deshidrogenasa.

Tranferasa: enzimas que transfieren grupos funcionales. EJ: Hexoquinasa.

Hidrolasa: rompen enlaces introduciendo moléculas de agua. EJ: Quimiotripsina.

Liasa: rompen dobles enlaces introduciendo moléculas sencillas. EJ: piruvato descarboxilasa.

Isomerasa: intervienen en reacciones donde se reorganiza internamente la molécula. EJ: Alanina racemasa.

Ligasa: catalizan la unión de un grupo a una molécula o de moléculas entre sí.

molécula. EJ: Alanina racemasa.  Ligasa: catalizan la unión de un grupo a una molécula o
molécula. EJ: Alanina racemasa.  Ligasa: catalizan la unión de un grupo a una molécula o
molécula. EJ: Alanina racemasa.  Ligasa: catalizan la unión de un grupo a una molécula o
molécula. EJ: Alanina racemasa.  Ligasa: catalizan la unión de un grupo a una molécula o
molécula. EJ: Alanina racemasa.  Ligasa: catalizan la unión de un grupo a una molécula o

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DEL AGUA Una molécula de agua está
ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DEL AGUA
ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DEL AGUA

Una molécula de agua está formada por dos átomos d hidrógeno unidos a uno de oxígeno con un ángulo de 104.5º. El oxígeno presenta densidad de carga negativa y los hidrógenos positiva, lo que significa que el agua tiene un momento dipolar. Entre las distintas moléculas de agua se forman puentes de hidrógeno, que son enlaces transitorios y que determinan las propiedades del agua.

En el hielo, entre dos moléculas de agua pueden formarse 4 puentes de H, mientras que cuando el agua está en forma líquida se forman de media 3.4 puentes de H por cada dos moléculas de agua, por eso la red cristalina del hielo es menos densa que la del agua líquida porque al unirse entre sí muchas moléculas de agua por medio de puentes de H se forma una malla tridimensional debida a estos enlaces.

Los enlaces entre los átomos de H con el oxígeno dentro de una misma molécula son covalentes y más cortos (0.0965nm) que los puentes de H (0.177nm).

y más cortos (0.0965nm) que los puentes de H (0.177nm). El agua es un compuesto importantísimo
y más cortos (0.0965nm) que los puentes de H (0.177nm). El agua es un compuesto importantísimo
y más cortos (0.0965nm) que los puentes de H (0.177nm). El agua es un compuesto importantísimo

El agua es un compuesto importantísimo en los seres vivos gracias a su comportamiento solvente, a que actúa como electrolito y sirve para ayudar a las reacciones químcas de los organismos.

PUENTES DE HIDRÓGENO E INTERRACIONES HIDROFÓBICAS
PUENTES DE HIDRÓGENO E INTERRACIONES HIDROFÓBICAS

Los puentes de H están continuamente rompiéndose y reformándose, y como consecuencia se disuelven las sales y las biomoléculas hidrosolubles. Son enlaces transitorios que permiten la movilidad.

se disuelven las sales y las biomoléculas hidrosolubles. Son enlaces transitorios que permiten la movilidad. 6
se disuelven las sales y las biomoléculas hidrosolubles. Son enlaces transitorios que permiten la movilidad. 6

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural La atracción entre las cargas parciales es mayor si los

La atracción entre las cargas parciales es mayor si los 3 átomos implicados (en este caso O,H y O) están en línea. Cuando la movilidad de los puentes de H está limitada (si por ejemplo forman parte de una proteína), esta geometría ideal no es posible por lo que el puente de H resultante es más débil.

posible por lo que el puente de H resultante es más débil. La fuerza de las

La fuerza de las interacciones iónicas en una disolución depende de la magnitud de las cargas, la distancia que separa dichas cargas y de la constante (ε, adimensional) dieléctrica del disolvente en el que ocurre la interacción. La constante dieléctrica del agua es 78.5, mientras que la del benceno es 4.6. Por eso las interacciones entre iones disueltos es más fuerte en disolventes poco polares. La alta constante del agua favorece la versatilidad que permite la vida.

Existen compuestos hidrófilos, hidrófobos y anfipáticos.

Los compuestos hidrófilos son aquellos que presentan la capacidad de interaccionar con moléculas de agua de forma atractiva. Tienen que ser solubles y son polares.

Los compuestos hidrófobos son los que no presentan dicha capacidad. Son compuestos no iónicos, no polares y no solubles (lípidos y ceras).

Los compuestos anfipáticos son aquellos que presentan partes hidrófilas y partes hidrófobas, generalmente los extremos. (Algunos lípidos pueden ser anfipáticos, generando así varias disposiciones de las estructuras que forman).

extremos. (Algunos lípidos pueden ser anfipáticos, generando así varias disposiciones de las estructuras que forman). 7
extremos. (Algunos lípidos pueden ser anfipáticos, generando así varias disposiciones de las estructuras que forman). 7

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Bioquímica estructural

Disolvente polar
Disolvente polar

Los gases biológicamente importantes (CO₂, N₂ y O₂) no son polares y su entropía en disolución acuosa disminuye (aumenta el orden), por lo tanto son poco solubles en agua pero gracias a las proteínas carrier hicieron que la hemoglobina y la mioglobina si sean solubles.

que la hemoglobina y la mioglobina si sean solubles. El oxígeno tiene muy poca solubilidad, pero

El oxígeno tiene muy poca solubilidad, pero esto se ha solucionado evolutivamente con la hemoglobina. La baja solubilidad del CO₂ se resuelve convirtiéndolo en bicarbonato (HCO₃-). En el dibujo (a) hay moléculas de agua (rojo) unidas a la hemoglobina, mientras que en (b) la hemoglobina no está hidratada.

mientras que en (b) la hemoglobina no está hidratada. Dependiendo del grado de hidratación de la

Dependiendo del grado de hidratación de la proteína hay ligandos que se pueden unir o no a la superficie celular. Al agruparse en micelas, las moléculas de ácidos grasos exponen al agua la mínima superficie hidrófoba posible, y se necesitan menos moléculas de agua en la capa de agua ordenada. La micela se estabiliza gracias a la energía ganada en la liberación de moléculas de agua inmovilizada. El agua no forma puentes de H con los lípidos, sino que sus moléculas se ordenan alrededor de los lípidos para formar puentes de H entre ellas.

de los lípidos para formar puentes de H entre ellas. El carácter dipolar del agua determina
de los lípidos para formar puentes de H entre ellas. El carácter dipolar del agua determina
de los lípidos para formar puentes de H entre ellas. El carácter dipolar del agua determina

El carácter dipolar del agua determina que sus moléculas rodean a los distintos iones, aislándolos del resto. A este fenómeno se lo denomina hidratación o solvatación de iones y facilita a su la separación de iones de diferente carga lo que contribuye a la propiedad anteriormente mencionada de solubilizar compuestos iónicos. La esfera de solvatación o hidratación puede producir cambios en el radio iónico efectivo de un ión.

iónicos. La esfera de solvatación o hidratación puede producir cambios en el radio iónico efectivo de

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Bioquímica estructural

PROPIEDADES COLIGNATIVAS.ÓSMOSIS
PROPIEDADES COLIGNATIVAS.ÓSMOSIS

Propiedades coligativas del agua: solutos de cualquier tipo alteran las propiedades físicas del agua.

Mediante el proceso de ósmosis el agua entra a la zona de mayor concentración de solutos generando una fuerza osmótica. Los seres vivos debemos regular la osmolaridad para evitar la muerte celular.

IONIZACIÓN DEL AGUA, ÁCIDOS Y BASES DÉBILES La ionización del agua nos lleva a los
IONIZACIÓN DEL AGUA, ÁCIDOS Y BASES DÉBILES
La ionización del agua nos lleva a los conceptos de pH, acidez, basicidad, etc.

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Bioquímica estructural

Un par ácido-base consiste en un dador y un aceptor de protones. Algunos compuestos como el ácido acético y el ión amonio son monopróticos, es decir, pueden ceder solamente un protón. Otros son dipróticos (H₂CO3 y glicina) o tripróticos (H3PO4). Se muestran las reacciones de disociación para cada par en donde tienen lugar a lo largo de un gradiente de pH. Para cada reacción se muestra la constante de equilibrio o disociación (Ka) y su logaritmo negativo, el pKa.

SISTEMAS TAMPÓN
SISTEMAS TAMPÓN
(Ka) y su logaritmo negativo, el pKa. SISTEMAS TAMPÓN Comparación de las curvas de titulación de
(Ka) y su logaritmo negativo, el pKa. SISTEMAS TAMPÓN Comparación de las curvas de titulación de

Comparación de las curvas de titulación de tres ácidos débiles: Se muestran las curvas de titulación de CH3COOH, H₂PO4- y NH4+. En los recuadros se muestran las formas iónicas predominantes en los puntos señalados de la titulación. Las regiones con capacidad tamponante están indicadas a la derecha. Los pares ácido-base conjugados son tampones efectivos entre aproximadamente el 10 y el 90% de la neutralización de la especie dadora de protones.

Los seres vivos no podemos vivir a pH extremos, por lo que necesitamos numerosos tampones que lo regulen. Las proteínas y otras moléculas solo pueden actuar a un determinado pH, de lo contrario se desnaturalizarían.

En el tampón del bicarbonato, el COde los pulmones está en equilibrio con el bicarbonato de la sangre: como el CO₂ no es polar, se disuelve y pasa a carbonato y después a bicarbonato (esta reacción depende del pH). Como la concentración de CO₂ disuelto se puede ajustar rápidamente, el tampón bicarbonato de la sangre está casi en equilibrio con una gran reserva de CO₂.

ajustar rápidamente, el tampón bicarbonato de la sangre está casi en equili brio con una gran

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural INTRODUCCIÓN Definición Son los sillares estructurales (es decir, las
INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN
Definición
Definición

Son los sillares estructurales (es decir, las biomoléculas que conforman las proteínas) de las proteínas, que son los componentes más abundantes de las células (50% de su peso seco). Se localizan por toda la célula

(membrana, citoplasma, núcleo

).

por toda la célula (membrana, citoplasma, núcleo ). Composición Están formados por C, H,O, N y
Composición
Composición

Están formados por C, H,O, N y a veces S. Pueden contener P, glúcidos, y demás, debido a modificaciones postraduccionales. Nosotros tenemos 20 aminoácidos (aa) que son los que incorporamos con la dieta (proviniendo directa o indirectamente de las plantas) para constituir las proteínas. No obstante, tenemos la capacidad (poca) de generar aa y los formamos mayormente en la dieta. Se unen mediante enlace peptídico (amida secundaria) para formar largas cadenas. Las modificaciones se producen después de la traducción, por ejemplo: un OH se puede añadir a un aa que forma parte de una proteína; si está aislado no es posible.

Características
Características

Los aa tienen una composición química específica y un peso molecular característico. Los residuos aminoácidos de las proteínas son estereoisómeros L. Los aminoácidos tienen tres nomenclaturas: Alanina, Ala, A. El peso molecular medio por aa es 120 Da y la Mr es variable (75-204).

Tipos 
Tipos

Estándar o primarios (α-aminoácidos): Son 20 y forman parte de las proteínas.

Aminoácidos con funciones específicas (no estándar)

ESTRUCTURA, PROPIEDADES Y CLASIFICACIÓN
ESTRUCTURA, PROPIEDADES Y CLASIFICACIÓN

No polares, apolares: como la prolina, que es particular, pues el grupo NH3+ forma parte del grupo R:

es un iminoácido. Esto modifica la libertad de giro del aa. En este tipo de aminoácidos, cuanto mayor sea la longitud de R menos polares serán. R=CADENAS CARBONATADAS.

Polares no cargados: R= CADENAS HIDROFÍLICAS QUE NO SE PUEDEN DESPROTONAR CON C, N, O, S.

Polares cargados: a pH fisiológico (7.4) los grupos R es desprotonan. El aa está siempre en equilibrio y dependiendo del pH dicho equilibrio estará desplazado en una dirección. R=CADENAS CARGADAS A pH FISIOLÓGICO.

Aromáticos.

Esteroquímica de los aminoácidos
Esteroquímica de los aminoácidos

En las proteínas hay aa de la serie L. Sin embargo, se pueden secunciar aa de la serie D y hacer proteínas. Este fue el experimento de S.Kent, que modificó la proteasa del VIH y la sintetizó con la serie D (misma secuencia pero de distinta serie da lugar a estructuras muy distintas). La proteasa D sí puede hidrolizar el enlace peptídico de los aa1-aa2 del virus, pero el inconveniente es que el resto de proteínas no funcionan. Es decir, la traducción solo reconoce aa L.

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Todos los aminoácidos menos la Glicina son ópticamente activos ya que el Carbono α es un C asimétrico.

En las proteínas los aa son de la serie L (a-NH3 a la izq.).

La

C

Treonina/Isoleucina

tienen

2

asimétricos.

aa son de la serie L (a-NH3 a la izq.).  La C Treonina/Isoleucina tienen 2
Principales aminoácidos
Principales aminoácidos

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Propiedades espectroscópicas Las proteínas se pueden medir según su
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Propiedades espectroscópicas Las proteínas se pueden medir según su
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Propiedades espectroscópicas Las proteínas se pueden medir según su
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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Propiedades espectroscópicas Las proteínas se pueden medir según su
Propiedades espectroscópicas
Propiedades espectroscópicas

Las proteínas se pueden medir según su capacidad para absorber luz UV. Los únicos aa que podemos medir son 3, los que tienen anillos aromáticos, porque absorben luz ultravioleta. No son muy frecuentes en las proteínas, pero éstas tienen tantos aa que existe una alta probabilidad de que se encuentren. La absorbancia se mide con el espectrofotómetro.

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Índice de hidropatía
Índice de hidropatía

Indica la polaridad de la cadena R. El grupo NH hace que Trp sea más polar que fenilalanina; la frecuencia de los aa en las proteínas está relacionada con su función. Las más voluminosas suelen ser menos frecuentes porque ocupan más espacio y dificultan el plegamiento. Si el índice de hidropatía es positivo la cadena R es poco polar y si es negativo la cadena R será muy polar.

Peptidoglucáno
Peptidoglucáno

El peptidoglicano o mureína es un copolímero formado por una secuencia alternante de N-acetil-glucosamina y el Ácido N-acetilmurámico unidos mediante enlaces β-1,4. El peptidoglucano es muy resistente y protege a las bacterias de una ruptura osmótica en ambientes acuáticos y da a los tipos diferentes de bacterias sus formas. La cadena es recta y no ramificada. Constituye la estructura básica de la pared celular de las bacterias y de las Prochlorophyta. Las arqueo-bacterias no poseen mureína, sino pseudopepti- doglicano formado por N-acetil-glucosamina unida a N- acetiltalosaminomurámico mediante enlace β-1,4.

AMINOÁCIDOS NO ESTÁNDAR
AMINOÁCIDOS NO ESTÁNDAR

La -alanina no se encuentra en las proteínas y está implicada en la transmisión nerviosa.

La desmosina aparece en los ligamentos.

La citrulina es el precursor de la urea.

Las cisteínas se unen por puentes disulfuro y se forma cistina (muy estable).

Las alergias alimentarias vienen de proteínas que no podemos hidrolizar debido a las fuerzas del puente disulfuro: se reconocen los aa como extraños y se generan las alergias. A lo largo de la historia, los aa que no cumplían los requisitos estructurales necesarios se han ido descartando de formar proteínas.

historia, los aa que no cumplían los requisitos estructurales necesarios se han ido descartando de formar

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Algunos aa no son apropiados para formar proteínas debido a una ciclación indeseada. La homoserina puede ciclarse para formar un anillo estable de 5 miembros, resultando potencialmente en un enlace peptítido. La ciclación de la serina formaría un anillo torcido de 4 miembros y esto es desfavorable. X puede ser un grupo amino de un aa vecino u otros grupos potenciales.

PROPIEDADES ÁCIDO-BASE Y CURVAS DE VALORACIÓN
PROPIEDADES ÁCIDO-BASE Y CURVAS DE VALORACIÓN
potenciales. PROPIEDADES ÁCIDO-BASE Y CURVAS DE VALORACIÓN A pH fisiológico los grupos COOH están desprotonados,
potenciales. PROPIEDADES ÁCIDO-BASE Y CURVAS DE VALORACIÓN A pH fisiológico los grupos COOH están desprotonados,

A pH fisiológico los grupos COOH están desprotonados, mientras que los NH3+ están protonados. Esto provoca que los aa interaccionen entre sí iónicamente originando redes cristalinas muy estables. Esto eleva el punto de fusión de los aa. Tienen un elevado momento dipolar y son muy solubles.

Además son anfóteros:

Forma A+: NH3+-CH(CH3)-COOH (Ácido, protonado)

Forma B-: NH₂-CH(CH3)-COOH (Base, desprotonada)

Forma Z (zwiteron), carga neutral: NH3+-CH-(CH3)-COO-

A pH fisiológico, la forma Z es la mayoritaria. Punto isoeléctrico: punto en el que la carga neta del aa es cero. Es la media de la suma de la forma anterior y posterior a la forma Z.

punto en el que la carga neta del aa es cero. Es la media de la
punto en el que la carga neta del aa es cero. Es la media de la

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INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN
Definición
Definición

Las proteínas son los componentes más abundantes de la célula y ocupan un 50% del peso seco. Se encuentran localizadas por toda la célula y presentan gran variabilidad y especialización: estructurales, de reserva, reguladoras… Mediante ellas se expresa la información génica. Las proteínas representan el 15% de los componentes de las células (en este caso bacteriana) es decir, la mitad del componente químico.

Composición
Composición

Están formadas por C, H, O, N y a veces S (cuando llevan aa azufrados). Se presentan en forma de largas cadenas de α-aminoácidos unidos por enlace peptídico (amida). Si son cíclicas es debido a modificaciones postraduccionales. Los oligómeros son proteínas formadas por más de una cadena polipeptídica, dichas cadenas pueden ser iguales o distintas entre sí.

Características
Características

Tienen una composición química específica y un peso molecular característico. Son una secuencia ordenada y fija de aminoácidos (información). El tamaño es variable, desde 6000 a 106 kDa. El peso medio molecular por aa es 120 Dalton.

Tipos
Tipos

Simples: por hidrólisis solo dan aa.

Conjugadas: por hidrólisis dan aa y moléculas orgánicas o inorgánicas, es decir, están formadas por aa y por un grupo prostético.

es decir, están formadas por aa y por un grupo prostético. Un grupo prostético es un

Un grupo prostético es un componente de las proteínas que puede ser un metal, un glúcido, un lípido, un ácido fosfórico… (nucleo-, glico-, lipo-, metalo-). Las proteínas conjugadas se clasifican según la naturaleza de su grupo prostético:

glucoproteínas, lipoproteínas, metaloproteínas… Normalmente el grupo prostético juega un papel importante en la función biológica de la proteína. Algunas tienen más de un grupo prostético.

PÉPTIDOS
PÉPTIDOS

Un péptido es la unión de dos o más aa mediante un enlace peptídico, que es un enlace amida secundaria. El enlace se forma entre el grupo carboxilo del primer aa y el grupo amino del siguiente aa.

enlace amida secundaria. El enlace se forma entre el grupo carboxilo del primer aa y el

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Propiedades del enlace peptídico
Propiedades del enlace peptídico

Las propiedades de este enlace vienen derivadas de su estructura resonante. Los enlaces son entre simples y dobles y esto determina la estructura de las proteínas. Los enlaces dobles impiden el giro. El enlace peptídico no es ni simple ni doble y por tanto su longitud tampoco es la de ninguno de estos dos enlaces.

su longitud tampoco es la de ninguno de estos dos enlaces. La estructura de una proteína
La estructura de una proteína va a venir determinada por los ángulos de giro ϕ
La estructura de una proteína va a venir determinada por los ángulos
de giro ϕ y ψ.
Si al girar las dos R son grandes se repelen. Si no, se unen. Los Cα
siempre estarán en posición trans respecto al doble enlace. Ψ y ϕ
varían de -180º a 180º. La glicina es el único aa que puede cubrir
todos los ángulos. Las propiedades de los péptidos son parecidas a
las d los aa.

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Representación de Ramachandran
Representación de Ramachandran

Las representaciones de Ramachandrán consisten en la superposición de los valores ϕ y ψ para las diversas estructuras secundarias permitidas. Las conformaciones consideradas posibles son las que entrañan poca o ninguna interferencia estérica. Las zonas más oscuras reflejan conformaciones sin solapamiento estérico y por tanto están totalmente permitidas; las zonas intermedias indican conformaciones permitidas en los límites extremos de contactos atómicos desfavorables; la zona más clara indica conformaciones que están permitidas si se permite cierta flexibilidad en algunos ángulos de enlace.

El residuo de Gly, el que tiene menos impedimentos estéricos, presenta un margen mucho más amplio de conformaciones permitidas. El margen para los residuos de Pro está muy restringido debido a que el valor de ϕ está limitado a un margen entre -35º a - 85º debido a su cadena lateral cíclica.

entre -35º a - 85º debido a su cadena lateral cíclica. PROPIEDADES DE LOS PÉPTIDOS Las
PROPIEDADES DE LOS PÉPTIDOS
PROPIEDADES DE LOS PÉPTIDOS

Las propiedades de los péptidos son semejantes a las de los aa: forman redes cristalinas, tienen altos puntos de fusión y alta solubilidad. Los péptidos dan dos tipos de reacciones:

de Biuret y de Lowry. Podemos calcular el punto isoeléctrico (pI) de los péptidos, que nos permite separar una proteína de otra aplicando un campo eléctrico en un pH adecuado para esa proteína.

Cuantificación de las proteínas
Cuantificación de las proteínas
para esa proteína. Cuantificación de las proteínas Las proteínas absorben luz UV a 280 nm. -

Las proteínas absorben luz UV a 280 nm. - R. de Biuret (Cu2+) - R: de Lowry: interacciona con las tiroxinas. El problema es que si una proteína no tiene tiroxina este método falla, así que no puede usarse con proteínas puras sino con mezclas. - La absorbancia del enlace peptídico se da a 216 nm.

ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS

La estructura de una proteína depende de la naturaleza y orden de los aminoácidos que la forman. La secuencia de aa incluye el número, el tipo y el orden. En la estructura primaria las posibilidades son ilimitadas. La estructura cuaternaria se da sólo en proteínas oligoméricas.

primaria las posibilidades son ilimitadas. La estructura cuaternaria se da sólo en proteínas oligoméricas. 19

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA La similitud de secuencias
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
estructural DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA La similitud de secuencias implica cambios conservados en la

La similitud de secuencias implica cambios conservados en la proteína. La enumeración de aa se realiza desde el extremo N-terminal al C-terminal. Hay varios métodos para la determinación de la estructura primaria:

1. Expresión del genoma: expreso el genoma en busca de genes que codifican proteínas y a partir de ahí se deducen las proteínas. Este método es teórico y hay que comprobar si la proteína existe en el ser vivo.

2. Aproximación bioquímica: si tenemos una mezcla, se obtiene primero la proteína pura y después
2. Aproximación bioquímica: si tenemos una mezcla, se
obtiene primero la proteína pura y después se estudia
una secuencia. Para ello, se hidroliza química o
enzimáticamente mediante un ácido que rompe los
enlaces y genera una mezcla de aa. Si aumentamos la
temperatura, favoreceremos la desnaturalización de la
proteína y obtendremos una estructura primaria.

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2.1. Hidrólisis química:

Degradación secuencial de Edman: es un método de secuenciación que consiste en utilizar fenilisotiocianato (PITC), un compuesto que reacciona con los grupos amino libres en el extremo (N- terminal) de una cadena polipeptídica. Se forma una estructura intermedia que al tratarse con un ácido sufre una hidrólisis entre el primer aa (unido al PITC) y el 2º aa. Este método tiene dos limitaciones: una es que si se nos acaba el PITC no podremos seguir secuenciando la proteína y la otra limitación es respecto a la cadena, ya que solo se recorren 30 aa. Con este método identificamos los aa terminales (en el extremo amino). Los compuestos que se liberan se identifican por cromatografía.

compuestos que se liberan se identifican por cromatografía. 2.2. Hidrólisis enzimática con proteasas Es realizada por

2.2. Hidrólisis enzimática con proteasas

Es realizada por hidrolasas que hidrolizan el enlace peptídico, que se llaman genéricamente proteasas o peptidasas, que dependiendo de los enlaces que hidrolicen se clasifican en endopeptidasas (1 y 2) y exopeptidasas, éstas últimas a su vez divididas en aminopeptidasas (muchos tipos) y carbopeptidasas.

(1 y 2) y exopeptidasas, éstas últimas a su vez divididas en aminopeptidasas (muchos tipos) y

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural MÉTODOS DE SEPARACIÓN DE BIOMOLÉCULAS Por fraccionamiento podemos
MÉTODOS DE SEPARACIÓN DE BIOMOLÉCULAS
MÉTODOS DE SEPARACIÓN DE BIOMOLÉCULAS

Por fraccionamiento podemos separar lípidos, glúcidos, proteínas…

Espectrometría de masas
Espectrometría de masas

Es un método que separa las proteínas en función de su peso molecular. Se basa en cargar o ionizar una molécula con por ejemplo un protón. Si tengo esa molécula en un tubo al vacío arriba del cual tengo un detector con carga negativa, la molécula se moverá hacia el polo negativo. El equipo puede calcular el tiempo que tarda cada molécula, d manera que las más pesadas tardan más, y así se detecta la masa respecto a la carga. Como cada péptido tiene un peso molecular característico y único, con este método se diferencian muy bien unos de otros. El error es mínimo. Peso molecular: m/z.

y único, con este método se diferencian muy bien unos de otros. El error es mínimo.

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Espectrometría de masas con electrospray
Espectrometría de masas con electrospray

Una disolución de proteína es dispersada en microgotas altamente cargadas mediante el paso a través de una aguja bajo la influencia de un campo eléctrico de alto voltaje. Las microgotas se evaporan y los iones (con protones añadidos en este caso) entran en el espectómetro de masas para la medición del peso molecular (m/z).

El espectro generado es un conjunto de picos, con cada pico sucesivo (de derecha a izquierda) correspondiendo a especies cargadas aumentando en una unidad la masa y la carga. Imagen: transformación generada por ordenador de este espectro.

transformación generada por ordenador de este espectro. Cromatografías La cromatografía es un método que consiste
transformación generada por ordenador de este espectro. Cromatografías La cromatografía es un método que consiste
Cromatografías
Cromatografías

La cromatografía es un método que consiste en la purificación de proteínas a través de su separación por carga, tamaño o afinidad según sean cromatografías de intercambio iónico, de exclusión por tamaño o de afinidad. Las tres son cromatografías en columnas. Este tipo de cromatografías consiste en que tenemos una columna que rellenamos de un material poroso, generalmente SEPHADEX. Conectamos la columna a un detector que mide la absorbancia en UV, en luz visible, etc.

 Cromatografía exclusión por tamaño
 Cromatografía exclusión por tamaño

Yo tengo una mezcla de moléculas que se separarán en función de su tamaño (si la cromatografía es de exclusión por tamaño) de manera que las moléculas grandes cogen una ruta más directa porque no caben por los poros y salen antes, mientras que las moléculas pequeñas se desplazan entre los poros y son retardadas debido a la ruta laberíntica que siguen. Mientras salen, el detector mide la absorbancia. Si utilizásemos otro material no poroso en vez de SEPHADEX como por ejemplo la agarosa, las moléculas pequeñas saldrían antes debido a que se introducirían entre los huecos y las grandes tardarían más. Dependiendo de lo grandes que sean los poros, separaremos moléculas de unos tamaños u otros.


poros, separaremos moléculas de unos tamaños u otros.  C roma tografía de intercambio iónico Se

Cromatografía de intercambio iónico

u otros.  C roma tografía de intercambio iónico Se cargan las esferillas del material de
u otros.  C roma tografía de intercambio iónico Se cargan las esferillas del material de

Se cargan las esferillas del material de relleno (por ejemplo positivo), entonces las moléculas positivas saldrán y las negativas se unirán. Si se va variando el pH, irán cambiando las cargas de las moléculas e irán saliendo.

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Cromatografía de afinidad
Cromatografía de afinidad

Separa las proteínas en función de su especificidad de unión. Las proteínas retenidas en la columna son las que se unen específicamente a un ligando unido covalentemente a las partículas. Una vez se han lavado las proteínas que no se unen a través de la columna, la proteína unida de interés se eluye mediante una solución que contiene ligando libre.

se eluye mediante una solución que contiene ligando libre.  Cromatografía líquida de alta resolución (HPLC)
 Cromatografía líquida de alta resolución (HPLC)
 Cromatografía líquida de alta resolución (HPLC)
 Cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) En la HPLC el compuesto pasa por la columna

En la HPLC el compuesto pasa por la columna cromatográfica a través de la fase estacionaria (normalmente, un cilindro con pequeñas partículas redondeadas con ciertas características químicas en su superficie) mediante el bombeo de líquido (fase móvil) a alta presión a través de la columna. La muestra a analizar es introducida en pequeñas cantidades y sus componentes se retrasan diferencialmente dependiendo de las interacciones químicas o físicas con la fase estacionaria a medida que adelantan por la columna.

El grado de retención de los componentes de la muestra depende de la naturaleza del compuesto, de la composición de la fase estacionaria y de la fase móvil.

El tiempo que tarda un compuesto a ser eluido de la columna se denomina tiempo de retención y se considera una propiedad identificativa característica de un compuesto en una determinada fase móvil y estacionaria.

La utilización de presión en este tipo de cromatografías incrementa la velocidad lineal de los compuestos dentro de la columna y reduce así su difusión dentro de la columna mejorando la resolución de la cromatografía. Los disolventes más utilizados son el agua, el metanol y el acetonitrilo. El agua puede contener tampones, sales, o compuestos como el ácido trifluoroacético, que ayudan a la separación de los compuestos.

Una mejora introducida a la técnica de HPLC descrita es la variación en la composición de la fase móvil durante el análisis, conocida como elución en gradiente. Un gradiente normal en una cromatografía de fase reversa puede empezar a un 5% de acetonitrilo y progresar de forma lineal hasta un 50% en 25 minutos. El gradiente utilizado varía en función de la hidrofobicidad del compuesto. El gradiente separa los componentes de la muestra como una función de la afinidad del compuesto por la fase móvil utilizada respecto a la afinidad por la fase estacionaria.

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 Conclusiones
Conclusiones
Electroforesis
Electroforesis

La electroforesis consiste en un soporte gelificado que tiene unos huecos (pocillos). Este gel puede ser por ejemplo de agarosa o acrilamida. Aplicamos un campo eléctrico en el gel, el cual está sumergido en un tampón a pH concreto. Las moléculas se separarán en función de su carga. El avance de las moléculas dependerá sobre todo de su carga (cuanta más carga más avanzan) pero también dependerá del tamaño y la forma. La electroforesis es muy útil como método analítico y permite la determinación del pI de una proteína y su masa molecular aproximada.

Un método electroforético que se usa para medir la pureza emplea el detergente SDS. El SDS se une a la mayoría de las proteínas en una cantidad aproximadamente proporcional a la masa molecular de la proteína.

proporcional a la masa molecular de la proteína. El SDS proporciona una carga neta negativa a
proporcional a la masa molecular de la proteína. El SDS proporciona una carga neta negativa a

El SDS proporciona una carga neta negativa a la proteína que hace insignificante la suya propia y confiere un cociente carga/masa similar. Además el SDS altera la conformación nativa de la proteína y adoptan todas una forma similar. Por tanto, la electroforesis con SDS va a separar las proteínas en función casi exclusivamente de su masa molecular, de forma que los polipéptidos pequeños se desplazan más rápidamente. Después de la electroforesis las proteínas se visualizan añadiendo colorante, que se fija a las proteínas pero no al gel. El número de bandas proteicas visibles debe disminuir tras cada nuevo paso de purificación

Estas técnicas están asociadas a la hidrólisis enzimática. En resumen, para secuenciar podemos: hacer una hidrólisis química, determinar aa del extremo amino-terminal (PITC, FDNB) o hacer una hidrólisis enzimática.

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Bioquímica estructural

Centrifugación
Centrifugación
MÉTODOS DE SÍNTESIS ORGÁNICA (FMOC) DE PÉPTIDOS
MÉTODOS DE SÍNTESIS ORGÁNICA (FMOC) DE PÉPTIDOS

Consiste en identificar el gen que produce una proteína y se genera in vivo o in vitro.

In vivo: una bacteria me produce lo que quiero.

In vitro: echo toda la maquinaria de biosíntesis en un tubo y también se produce lo que quiero.

Las proteínas también se pueden obtener por síntesis química orgánica o FMOC, que consiste en incorporar los aa como quieras para crear un péptido. Se inicia desde el extremo carboxilo al amino, al contrario de lo que ocurre naturalmente. No funciona para péptidos de más de 50 aa y si hay puentes disulfuro se complica. Hay que eliminar los agentes bloqueantes para que se produzcan los enlaces.

aa y si hay puentes disulfuro se complica. Hay que eliminar los agentes bloqueantes para que

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PROTEÍNAS HOMÓLOGAS
PROTEÍNAS HOMÓLOGAS

Proteínas homólogas: con un ancestro común.

Proteínas análogas: proteínas que evolucionaron por separado pero que tienen la misma función (hemoglobina de humanos y hemocianina de invertebrados son diferentes pero realizan la misma función).

Proteínas ortólogas: proteínas de especies diferentes que han evolucionado de un ancestro común por especiación (ribonucleasa bovina à ribonucleasa humana).

Proteínas parálogas: Son genes parálogos aquéllos relacionados por duplicación en el genoma. Los ortólogos mantienen la función a lo largo de la evolución, mientras que los parálogos evolucionan realizando nuevas funciones. (ribonucleasa humana à angiogenina: angiogenina humana divergió de la ribonucleasa, 35% identidad, similar en estructura terciaria pero las funciones en la célula son muy diferentes).

la ribonucleasa, 35% identidad, similar en estructura terciaria pero las funciones en la célula son muy
la ribonucleasa, 35% identidad, similar en estructura terciaria pero las funciones en la célula son muy

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural ESTRUCTURA Y CONFORMACIÓN DE LAS PROTEÍNAS La estructura de las
ESTRUCTURA Y CONFORMACIÓN DE LAS PROTEÍNAS
ESTRUCTURA Y CONFORMACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

La estructura de las proteínas depende de la naturaleza y orden de los aminoácidos, es decir, de la estructura primaria. La conformación de una proteína se define como su estructura tridimensional característica. Para cada pH, temperatura y fuerza iónica (determinada por el solvente), las proteínas presentan una configuración única. Si estos parámetros son los fisiológicos, decimos que se encuentran en conformación nativa. Esta conformación nativa viene determinada por la estructura primaria. Este proceso será favorable cuanto menor sea la ∆G. Al perder la forma nativa pierde sus propiedades y funciones.

Existe un fenómeno, la desnaturalización, que ocurre cuando se pierde la conformación nativa por variación del pH, de la temperatura o del solvente, pudiendo llegar la proteína a conservar únicamente la estructura primaria. La desnaturalización es reversible (renaturalización).

ESTRUCTURA SECUNDARIA
ESTRUCTURA SECUNDARIA

La proteína se pliega para minimizar la exposición hidrofóbica de la cadena lateral, maximizar la exposición hidrofílica al medio y facilitar la formación de puentes de hidrógeno (para la formación de puentes de hidrógeno, ambos grupos deben estar a una distancia de entre 1.8 y 2.4Å). La única posibilidad para que la proteína se pliegue es que haya fuerzas que compensen el segundo principio de la termodinámica. Esto se hace a través de los enlaces. La estabilidad depende del número de enlaces que se formen. Las proteínas se pueden clasificar por su forma en:

Fibrosas: son proteínas insolubles en agua, las cadenas polipeptídicas se ordenan paralelamente por lo que se forman estructuras fibrosas. Hay tres tipos: α-queratinas-que se encuentran en el pelo, uñas, piel y lana, β-queratinas en la seda, tela de araña, plumas y escamas y el colágeno.

Globulares: son más complejas que las fibrosas y tienen funciones enzimáticas, de defensa, de reconocimiento de anticuerpos…

Para determinar la estructura de las proteínas es posible utilizar técnicas como la cristalografía, la difracción de rayos X o NHR. Sin embargo, son técnicas muy caras. Una técnica más barata es el dicroísmo circular que mide la absorbancia de luz polarizada (varía debido a la asimetría de las estructuras secundarias).

circular que mide la absorbancia de luz polarizada (varía debido a la asimetría de las estructuras

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Bioquímica estructural

Hélice α 
Hélice α

La estructura de α-hélice fue descrita por Linus Pauling en 1951.

Esta estructura secundaria presenta forma de hélice, que puede ser dextrógira (más frecuente ya que los aa de tipo L forman esta permanentemente) o levógira, con los grupos R orientados al exterior debido a que su radio es tan pequeño que no pueden orientarse hacia dentro.

Se estabiliza por puentes de hidrógeno paralelos al eje (intracatenarios) entre el grupo amino y el grupo carboxilo (se forman entre el aa i y el i+4 en todas las posiciones).

La periodicidad de la hélice es de 3.6 aminoácidos/vuelta y sus ángulos son ψ (-47º) y φ (-57º).

Están formados generalmente por tramos de 10 a 12 aa pero el mínimo es 3.

Tienen un momento dipolar: en el extremo amino está cargado positivamente y en el carboxilo negativamente.

Estabilidad de la hélice:

el carboxilo negativamente.  Estabilidad de la hélice:  Los aa con cadenas R muy voluminosos

Los aa con cadenas R muy voluminosos y cargados desestabilizan la hélice, si en un extremo hay muchos aa cargados positivamente se repelerán y no favorecerá la estructura α. También influye la posición de dichos aa, cuanto más cercanos estén, peor.

La prolina desestabiliza, porque es un iminoácido (no posee grupo α-amino libre) y no tiene giro ɸ.

La glicina también desestabiliza.

Los aminoácidos que favorecen la α-hélice son: A, R, N, G, C, Q, H, I. Estos forman una estructura de coiled coil con dos cadenas α que se giran formando una superhélice, una estructura muy resistente y muy frecuente en las proteínas.

estructura muy resistente y muy frecuente en las proteínas. Lámina β  Esta estructura secundaria es
estructura muy resistente y muy frecuente en las proteínas. Lámina β  Esta estructura secundaria es
estructura muy resistente y muy frecuente en las proteínas. Lámina β  Esta estructura secundaria es
Lámina β 
Lámina β

Esta estructura secundaria es más extendida que la α-hélice y en vez de forma de hélice, se extiende longitudinalmente en zigzag.

secundaria es más extendida que la α -hélice y en vez de forma de hélice, se

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Bioquímica estructural

La lámina β puede presentar cadenas peptídicas paralelas (7A=2aa) o antiparalelas (6.5A) con los grupos R orientados hacia el exterior y unidas por puentes de hidrógeno intercatenarios.

Se trata de tramos cortos (de 5 a 10 aa) separados entre sí por giros (loops) sin estructura definida.

La formación de lámina β está favorecida por aminoácidos pequeños y no cargados a pH fisiológico (para evitar repulsiones electroestáticas).

Estabilidad:

La estructura antiparalela es más estable, porque los grupos CO y NH están enfrentados, lo que favorece la formación de puentes de H, mientras que en la paralela hay un cierto ángulo entre ellos. Los puentes de hidrógeno son intercatenarios.

No son muy frecuentes los aa aromáticos voluminosos.

Los ángulos predominantes son: para la antiparalela ψ (113º) y ɸ (-119º) y para la paralela ψ (135º) y ɸ (-139º).

Los grupos R están orientados al exterior, y la formación de la lámina β está favorecida por aa con grupos R pequeños y no cargados a pH fisiológico y por la presencia de Gly (glicina).

a pH fisiológico y por la presencia de Gly (glicina). Giros β  L os giros
Giros β 
Giros β

Los giros β conectan los extremos adyacentes de conformaciones β antiparalelas y estructuras de la cadena peptídica.

Están compuestos por entre 2 y 12 aminoácidos (4 de media) dispuestos de manera que permiten a la cadena producir un cambio de 180º.

La estructura se estabiliza mediante un pdH entre el O del carbonilo del primer aa y el H del grupo amino del 4 aa.

Es frecuente encontrar residuos de Pro y de Gly.

Los giros β suelen encontrarse en superficies expuestas (aa polares y cargados); en zonas variables, flexibles y susceptibles de evolucionar estructuralmente, y en sitios de unión (a biomoléculas como antígenos, a iones como el Ca2+…).

de evolucionar estructuralmente, y en sitios de unión (a biomoléculas como antígenos, a iones como el
de evolucionar estructuralmente, y en sitios de unión (a biomoléculas como antígenos, a iones como el

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Bioquímica estructural

Hay dos tipos de giros β. En el tipo I, la posición 2 siempre es prolina trans y la posición 3, glicina. En el tipo II, la prolina es cis y la posición 3 varía de aminoácido.

la prolina es cis y la posición 3 varía de aminoácido. ESTRUCTURA TERCIARIA Los plegamientos entre
la prolina es cis y la posición 3 varía de aminoácido. ESTRUCTURA TERCIARIA Los plegamientos entre
ESTRUCTURA TERCIARIA Los plegamientos entre estructuras secundarias dan lugar a estructuras terciarias. Estos
ESTRUCTURA TERCIARIA
Los plegamientos entre estructuras secundarias dan lugar
a estructuras terciarias. Estos plegamientos se estabilizan
por puentes de hidrógeno o disulfuro, interacciones de
van der Waals o hidrofóbicas y por enlaces iónicos. Las
conformaciones no se estabilizan por enlaces covalentes,
a excepción del -S-S y están influenciadas por pH,
temperatura, la conformación de una proteína puede
variar con el entorno.
Las proteínas con estructura terciaria suelen tener
propiedades más funcionales que estructurales.

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Proteínas fibrosas.
Proteínas fibrosas.

Son proteínas resistentes e insolubles en agua. Presentan una ordenación paralela de las cadenas peptídicas y poseen función estructural y protectora. Existen varios tipos: α-queratina, β-queratina, colágeno y elastina.

α-Queratina
α-Queratina

La α-Queratina es una proteína con estructura de hélice superenrollada (coiled coil), es decir, se trata de dos α-hélices levógiras enrolladas sobre sí mismas en sentido destrógiro.

Suelen ser patrones repetidos de 7 aminoácidos con grupos apolares para evitar que se disuelvan y que no haya interacciones, dando lugar a una estructura hidrofóbica.

Estas superhélices se asocian, a su vez en protofilamentos, y estos a su vez en protofibrillas (32 cadenas de α-hélice). Cerca de 4 protofibrillas se combinan para formar un filamento intermedio.

Las hélices superenrolladas de dos en dos cadenas presentes en las diversas estructuras están entrelazadas.

La α-Queratina está presente en cabello, lana, uñas, plumas, cuernos… En el pelo, son frecuentes las Cys (que poseen el grupo SH y pueden formar puentes disulfuro cuando se oxida).

Se reduce con compuestos como el DTT o β-mercaptoetanol.

Dependiendo del nº de puentes disulfuro el pelo (que contiene queratina) será más liso o más rizado (cuantos menos puentes disulfuro hay más rizado será).

Se desconoce el sentido de giro en la unión de dos hélices superenrolladas .

de giro en la unión de dos hélices superenrolladas . Fibroina de la seda  Las
de giro en la unión de dos hélices superenrolladas . Fibroina de la seda  Las
Fibroina de la seda
Fibroina de la seda

Las fibras de las telas de arañas están compuestas por secuencias repetitivas de láminas beta. Tiene zonas más o menos compactas, pero, en general, es más resistente que el acero.

Dominios variables en N y C terminal, dominios centrales de hasta 800 Aa en las que hay secuencias repetidas que alterna regiones de polyA (8-10) y GGX (X es S, Y o N).

Cuando se sintetiza la proteína de seda se dan zonas muy organizadas y zonas sin ordenar, por lo que se forma una mezcla.

El Nylon formado por polímeros sintéticos (poliamidas).

y zonas sin ordenar, por lo que se forma una mezcla.  El Nylon formado por
y zonas sin ordenar, por lo que se forma una mezcla.  El Nylon formado por

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Tropocolágeno 
Tropocolágeno

Está formado por varias cadenas polipeptídicas, normalmente 3, de unos 1000 aa que pueden ser idénticas o distintas. Cada una está enrollada a izquierdas y juntas están enrolladas a derechas, creando tensión y haciendo una estructura muy fuerte.

El colágeno está formado por tropocolágeno, pero sólo es un tercio de la proteína.

Tiene 3,3 aa por vuelta de hélice (2,9A=9,6 A/vuelta en las 3 cadenas).

Los ángulos que se encuentran son ψ (153º) y ɸ (-51º).

Hay abundancia de aa pequeños, por ejemplo (G/AXZ)n: Gly y Ala, X=Pro y Z=hidroxi-Pro. Uno de cada tres aminoácidos es glicina.

El tropocolágeno también se denomina Polyproline helix type II.

El tropocolágeno proviene del protocolágeno y tiene extensiones globulares (200 aa) en los extremos N y C terminal, para formar el tropocolágeno se eliminan los extremos.

Colágeno
Colágeno

Es una glicoproteína: posee un glicosacárido (Glu1α -> 2 Gal) unido a la hidroxi-Pro.

Esta estructura está estabilizada por puentes de hidrógeno intercatenarios entre Gly-Pro, y covalentes entre Lys-Lys (norleucina + OH-Lys). La Gly se orienta hacia el interior por su pequeño tamaño.

El colágeno es codificado a partir de 27 genes.

Al desnaturalizar el colágeno, se pierden las hélices y se forma gelatina.

Si no se incorpora el disacárido no se formará el colágeno. Una enfermedad relacionada con esto es el escorbuto, por falta de vitamina C, que es necesaria para la formación de hidroxi-Pro.

Otras enfermedades asociadas a la malformaciones del colágeno: osteogénesis imperfecta y SED (hiperelasticidad).

En mamíferos hay más de 30 tipos de colágeno. Las hélices se agrupan una detrás de la otra con un espacio regular dando lugar a un bandeado característico.

Las hélices se agrupan una detrás de la otra con un espacio regular dando lugar a
Las hélices se agrupan una detrás de la otra con un espacio regular dando lugar a

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Elastinas  Se trata de una proteína fibrosa presente en
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Elastinas  Se trata de una proteína fibrosa presente en
Elastinas 
Elastinas
Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Elastinas  Se trata de una proteína fibrosa presente en vasos

Se trata de una proteína fibrosa presente en vasos sanguíneos y ligamentos (impide el desengrasado).

Posee una alta resistencia, pero una flexibilidad y extensibilidad limitada, ya que se estabiliza por enlaces covalentes (aparte de por puentes de hidrógeno).

Es muy rica en G, A, V y K (la elastina forma enlaces cruzados entre 4 Lys, dando lugar a desmosina).

Actina y miosina 
Actina y miosina

Están presentes en tejido muscular formando estructuras repetidas (fibras) y bandeadas.

La actina es una proteína muscular y la miosina es fibrosa (estructura coiled coil).

Ambas proteínas se asocian y son las responsables de la contracción muscular.

La miosina se encuentra asociada a la actina, exponiendo un sitio de unión a una molécula de ATP. Esa unión provoca un cambio conformacional en la miosina, que se desplaza a la siguiente molécula de actina defosforilando el ATP. El ADP se desprende del sitio de unión y la miosina se asocia de nuevo a una actina, separada de la inicial.

el ATP. El ADP se desprende del sitio de unión y la miosina se asocia de

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Bioquímica estructural

Proteínas globulares
Proteínas globulares

Las proteínas globulares presentan una mayor compactación y complejidad que las fibrosas (lo que también les aporta funciones más complejas).

Suelen tener más propiedades funcionales que estructurales y son más solubles que las fibrosas. Al plegarse, las proteínas globulares presentan zonas con balsillas hidrofóbicas y otras, expuestas al agua, con grupos polares (solubles) que formas puentes de H (pdH) con el agua y los grupos R.

que formas puentes de H (pdH) con el agua y los grupos R. Mioglobina  Estructura
Mioglobina
Mioglobina

Estructura determinada en 1950 por J.Kendrew, con 153 aminoácidos distribuidos por 8 hélices α (con entre 7 y 23 aminoácidos cada una), conectadas con giros β y un grupo hemo.

Está presente en los músculos y es una proteína transportadora de oxígeno en sangre. Es abundante en mamíferos buceadores, como cachalote.

Tiene un grupo hemo, que también posee la hemoglobina y los citocromos. El grupo hemo está situado en una hendidura o bolsillo de la molécula, el átomo de hierro (Fe+) presente en este bolsillo tiene dos posiciones de enlace (de coordinación) perpendiculares al plano hemo. Una de estas posiciones se une al grupo R de un residuo de His en la posición 93; la otra posición es el sitio de unión al O₂.

93; la otra pos ición es el sitio de unión al O₂ . Ejemplo: determinación de
93; la otra pos ición es el sitio de unión al O₂ . Ejemplo: determinación de

Ejemplo: determinación de la estructura de una proteína.

DILASLDRPGALISTVK La zona RPGA forma un giro β porque son todos aa muy voluminosos y lleva una Pro, por lo que no puede ser α-hélice. Luego tenemos dos tramos de α-hélice (DILASLD y LISTVK) y un giro β (RPGA).

Si dos proteínas tienen una estructura primaria similar es muy posible que tengan una estructura secundaria también similar.

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MOTIVOS O ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIA O PLEGAMIENTOS
MOTIVOS O ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIA O PLEGAMIENTOS
MOTIVOS O ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIA O PLEGAMIENTOS DOMINIOS Se denomina domino a cualquier parte de la cadena
DOMINIOS
DOMINIOS

Se denomina domino a cualquier parte de la cadena polipeptídica estable por sí misma o podría someterse a movimientos como una única entidad con respecto a la proteína entera. Pueden estar formada por una o por varias cadenas polipeptídicas (en proteínas oligoméricas) y su plegamiento tridimensional suele ocurrir de manera independiente. Se consideran estructuras subterciarias (la unión de los dominios de una proteína conformará la estructura terciaria).

Polipéptidos con más de unos cientos residuos de aminoácidos a menudo se pliegan en dos o más unidades estables, globulares, llamadas dominio (normalmente más grandes que motivos).

menudo se pliegan en dos o más unidades estables, globulares, llamadas dominio (normalmente más grandes que

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Bioquímica estructural

5.

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 5. 37

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 38
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 38

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Estructura terciaria LRR : posee regiones ricas en Leucina. Está
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Estructura terciaria LRR : posee regiones ricas en Leucina. Está
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Estructura terciaria LRR : posee regiones ricas en Leucina. Está
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Estructura terciaria LRR : posee regiones ricas en Leucina. Está
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Estructura terciaria LRR : posee regiones ricas en Leucina. Está
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Estructura terciaria LRR : posee regiones ricas en Leucina. Está

Estructura terciaria LRR: posee regiones ricas en Leucina. Está formado por repeticiones de tramo β-loop tramo α. Cuando se pliega tridimensionalmente da lugar a una estructura con forma de herradura en la que pueden entrar determinados ligandos. Esto es muy estable porque las leucinas encajan perfectamente entre ellas. Con la unión de un ligando esta estructura cambia considerablemente, (colesterol en este caso).

entre ellas. Con la unión de un ligando esta estructura cambia considerablemente, (colesterol en este caso).

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ESTRUCTURAS CUATERNARIAS
ESTRUCTURAS CUATERNARIAS

Este nivel de estructura está presente en las proteínas oligoméricas y consiste en la asociación de varias cadenas polipeptídicas (formando proteínas oligómeras). Esta asociación determina su estructura cuaternaria.

Cada tipo de cadena está codificada por un gen, a veces están repetidas.

Cada subunidad es una porción funcional de la proteína, es decir, cada subunidad posee una función.

Se estabiliza por enlaces débiles (hidrofóbicos, iónicos, de van der Waals, puentes de hidrógeno… Nunca con puentes disulfuro).

Se trata de proteínas con funciones complejas (alosterismo, complejos multienzimáticos…) que mejoran el rendimiento de la proteína.

Pueden ser globulares o fibrosas.

Simetría en las proteínas oligoméricas:

En la simetría cíclica, las subunidades están relacionadas por rotación alrededor de un único eje de orden n, donde n es el número de subunidades relacionadas.

En la simetría diédrica, todas las subunidades se pueden relacionar mediante la rotación alrededor de uno, o ambos, de los dos ejes, uno de los cuales es binario. Es la simetría más común.

Simetría iscosaédrica. Para relacionar 20 caras triangulares de un icosaedro se necesita rotar alrededor de uno o más ejes rotacionales separados: binario, terciario y quíntuplo. Se encuentran en la cápside de los virus.

y quíntuplo. Se encuentran en la cápside de los virus. Inmunoglobulinas Las proteínas relacionadas con la
Inmunoglobulinas
Inmunoglobulinas

Las proteínas relacionadas con la inmunidad también son cuaternarias.

en la cápside de los virus. Inmunoglobulinas Las proteínas relacionadas con la inmunidad también son cuaternarias.

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Hemoglobina 
Hemoglobina

Es una proteína formada por 4 cadenas polipeptídicas con un grupo hemo en cada una. Presenta simetría D2 (diédrica).

Hay dos tipos de estado dependiendo de la disposición de los grupos en función de si el hierro del grupo hemo está o no unido al O₂.:

Tenso (T): no está unido al O₂.

Relajado (R): está unido al O₂, esto provoca un cambio conformacional en las subunidades que ahora

se unirán al O₂ más fácilmente.

La transición de T/R está provocada por cambios en las posiciones laterales de aa clave que rodean al grupo hemo. En estado T la porfirina está curvada provocando que el hierro sobresalga hacia la His proximal. La unión del O₂ hace que el grupohemo adquiera una conformación más plana, cambiando la posición de la His. Esto se debe a una propiedad de las proteínas oligoméricas denominada alosterismo. Una proteína alostérica es aquella en la que la unión de un ligando a un sitio afecta a las propiedades de unión de otro sitio de la misma proteína. Por esta razón la hemoglobina es una mejor transportadora de O₂ que la mioglobina, esto es, una proteína que una O₂ con una alta afinidad en los pulmones no liberaría gran parte de él en los tejidos y viceversa. La hemoglobina soluciona esto con el estado T, de baja afinidad, y el estado R, de alta afinidad.

Una enfermedad asociada a la hemoglobina es la anemia falciforme. En los extremos de la subunidad β1 aparecen aminoácido no polares, que son “pegajosos”, lo que provoca que los glóbulos rojos se empiecen a unir hasta alinearse y cristalizar, formando una fibra.

lo que provoca que los glóbulos rojos se empiecen a unir hasta alinearse y cristalizar, formando
lo que provoca que los glóbulos rojos se empiecen a unir hasta alinearse y cristalizar, formando
lo que provoca que los glóbulos rojos se empiecen a unir hasta alinearse y cristalizar, formando

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural El efecto Bohr es una propiedad de la hemoglobina descrita
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural El efecto Bohr es una propiedad de la hemoglobina descrita

El efecto Bohr es una propiedad de la hemoglobina descrita por primera vez en 1904 por el fisiólogo danés Christian Bohr (padre del físico Niels Bohr), que establece que a un pH menor (más ácido, más hidrogeniones), la hemoglobina se unirá al oxígeno con menos afinidad. Puesto que el dióxido de carbono está directamente relacionado con la concentración de hidrogeniones (iones H), liberados en la disociación del CO que conduce finalmente a una disminución de la afinidad por el oxígeno de la hemoglobina.

En la desoxihemoglobina, la N-terminal de los grupos amino de las subunidades α y el C-terminal de la histidina de la subunidad β participan en las interacciones iónicas. La formación de pares iónicos hace que disminuya la acidez. Así, la desoxihemoglobina une un hidrón por cada dos O₂ liberados. En la oxihemoglobina, estas parejas de iones están ausentes y, por lo tanto, aumenta la acidez. Consecuentemente, un hidrón se libera por cada dos O₂. En concreto, este acoplamiento recíproco de los protones y el oxígeno es el efecto Bohr.

El efecto Bohr depende de las interacciones cooperativas entre los grupos hemo tetrámero de la hemoglobina. Esto se evidencia por el hecho de que la mioglobina, un monómero sin cooperatividad, no muestra el efecto Bohr. Mutantes de la hemoglobina con cooperatividad más débil pueden mostrar un efecto Bohr reducido.

En la hemoglobina Hiroshima, variante de la hemoglobina, la cooperatividad de la hemoglobina es reducida, y el efecto Bohr también. Durante los períodos de ejercicio, la hemoglobina mutante tiene una mayor afinidad por el oxígeno y los tejidos pueden sufrir falta de oxígeno.

la hemoglobina mutante tiene una mayor afinidad por el oxígeno y los tejidos pueden sufrir falta

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DESNATURALIZACIÓN
DESNATURALIZACIÓN

Es la pérdida de la conformación nativa de una proteína y puede ser debida a variaciones de pH, de temperatura o de agentes químicos. En realidad no hay 3 150 posibilidades porque no todos los ángulos pueden ser cubiertos según los grupos R. Las proteínas tardan en plegarse 1ms-1s, pero el proceso es cooperativo, ya que si no lo fura el tiempo sería enorme. La desnaturalización puede ser reversible o irreversible, en cuyo caso dará lugar a enfermedades.

sería enorme. La desnaturalización puede ser reversible o irreversible, en cuyo caso dará lugar a enfermedades.
sería enorme. La desnaturalización puede ser reversible o irreversible, en cuyo caso dará lugar a enfermedades.
sería enorme. La desnaturalización puede ser reversible o irreversible, en cuyo caso dará lugar a enfermedades.
sería enorme. La desnaturalización puede ser reversible o irreversible, en cuyo caso dará lugar a enfermedades.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Modelo del glóbulo fundido Si una proteína empieza a plegarse
Modelo del glóbulo fundido
Modelo del glóbulo fundido

Si una proteína empieza a plegarse bien, entonces “entra en el embudo” y cada vez hace falta menos energía y se pliega bien del todo., es decir, es un proceso cooperativo.

La termodinámica del plegamiento de una proteína es representada como un embudo de energía libre: En la parte superior, el número de conformaciones y la entropía conformacional es grande. A medida que el plegamiento avanza, el número de conformaciones posibles se reduce y la entropía y la energía libre. Los escalones laterales representan intermediarios de plegamiento semiestables, los cuales en algunos casos pueden hacer más lento el plegamiento.

Plegamiento asistido por Chaperonas
Plegamiento asistido por Chaperonas

El plegamiento de las proteínas también puede estar asistido por otras proteínas como por ejemplo chaperoninas (GroEL/GroES), Hsp 70 (Dnak), Hsp 40 (DnaJ), presentes en procariotas, aunque también hay sistemas similares en eucariotas.

Las chaperonas son proteínas especializadas que interaccionan con polipéptidos parcial o incorrectamente plegados, facilitando las rutas de plegamiento correctas o aportando microentornos en los que pueda tener lugar el plegamiento.

También hay actividades enzimáticas que contribuyen al plegamiento. Por cada proteína que plegamos gastamos energía, necesitamos ATP. En las bacterias, DnaJ y DnaK contribuyen al plegamiento, también se llaman proteínas de choque térmico o HS (Heat Shock). La PDI (proteína disulfuro isomerasa) y el PPI (péptido prolil cis-trans isomerasa) también contribuyen al plegamiento modificando proteínas y añadiendo puentes disulfuro.

prolil cis-trans isomerasa) también contribuyen al plegamiento modificando proteínas y añadiendo puentes disulfuro. 44

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a

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural a 45
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural a 45
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural a 45

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ENFERMEDADES ASOCIADAS A DEFECTOS EN EL PLEGAMIENTO DE LAS PROTEÍNAS
ENFERMEDADES ASOCIADAS A DEFECTOS EN EL PLEGAMIENTO DE LAS PROTEÍNAS

Diabetes tipo 2: La anilina en las células β de los islotes del páncreas está mal plegada, lo que provoca un precipitado de proteínas y, más tarde, apoptosis, secretando insulina.

Alzheimer: Mal plegamiento delas proteínas β-amiloide y tau.

Huntington, ELA: Presentan huntingtina con regiones de poliglutamina.

Párkinson: Mal plegamiento de α-sinucleína y cuerpos de Lewy.

Fibrosis quísctica

Amiloidosis: nombre general de las enfermedades que crean fibras amiloides. Encefalopatía espongiforme bovina (BES)
Amiloidosis: nombre general de las enfermedades que crean fibras amiloides.
Encefalopatía espongiforme bovina (BES)
fibras amiloides. Encefalopatía espongiforme bovina (BES) La enfermedad aparece sólo cuando la forma normal PrP o

La enfermedad aparece sólo cuando la forma normal PrP o PrPC, pasa a una conformación alterada denominada PrPSc (Sc denotes scrapie). La interacción de PrPSc con PrPC convierte a la última en PrPSc (contagio) iniciando un efecto domino en el que cada vez se hace mayoritaria la forma que causa la enfermedad en el cerebro. El mecanismo por el cual la presencia de PrPSc da lura a la encefalopatía espongiforme vacualar no se conoce.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural INTRODUCCIÓN: CONCEPTO, FUNCIONES Y CLASIFICACIÓN La célula es la
INTRODUCCIÓN: CONCEPTO, FUNCIONES Y CLASIFICACIÓN
INTRODUCCIÓN: CONCEPTO, FUNCIONES Y CLASIFICACIÓN

La célula es la unidad básica de producción de energía. Necesita transformar un número limitado de sustratos en un elevado número de productos de manera rápida y en función se van necesitando (y eliminar los sobrantes). La célula, además, debe percibir el medio externo y responder adecuadamente. Para ello, la célula engloba todos sus compuestos en una membrana que controla sus interacciones y coloca un elevado número de enzimas que realicen la transformación de sustratos específicos en productos específicos de una manera muy eficaz para coordinar adecuadamente todas las rutas metabólicas.

Las enzimas son biocatalizadores, es decir, catalizadores biológicos. Un catalizador es una sustancia química que aumenta la velocidad de reacción mediante la disminución de la energía de activación sin modificar el equilibrio. Sólo disminuye el tiempo en que se alcanza dicho equilibrio. La mayoría de los enzimas son proteínas excepto los ribozimas, que son moléculas catalíticas de ARN. La primera enzima purificada y cristalizada fue la ureasa.

La primera enzima purificada y cristalizada fue la ureasa. Propiedades de los enzimas o biocatalizadores: 
Propiedades de los enzimas o biocatalizadores: 
Propiedades de los enzimas o biocatalizadores:

Tienen un alto poder catalítico: aumentan la velocidad de reacción desde 10^5 a 10^17 veces. Su capacidad catalítica es mayor que la de un catalizador no enzimático. Por ejemplo, la reacción 2H₂O₂ -> 2H₂O + O₂, si es catalizada por Fe 3+ aumenta la velocidad 10^2 veces, mientras que si es catalizada por catalasa la velocidad de reacción aumenta a 10^9.

No alteran la constante de equilibrio (k), es decir, no alteran el equilibrio.

Alta especificidad de sustrato y reacción, lo cual se debe al centro activo. Las enzimas son mucho más específicas que los catalizadores no enzimáticos. Por ejemplo, el Fe 3+ cataliza muchas reacciones, al contrario que la catalasa, que actúa cuando detecta H₂O₂.

No se alteran ni se consumen en la reacción.

Son unidades funcionales del metabolismo o rutas metabólicas.

Su actividad depende de la integridad de su conformación proteica. Tienen que tener conformación nativa en su entorno natural (pH) y su PI.

Nomenclatura de enzimas: 
Nomenclatura de enzimas:

Nombre común: el del sustrato terminado en asa. Ej: HEXOQUINASA= Hexosa, quinar, asa= se añade un ác. Fosfórico a una hexosa.

Nombre sistemático: descripción de la reacción.

Ej: Hexoquinasa = ATP:glucosafosfotransferasa.

Número

sistemático:

letras

Commisionnumber) + 4 dígitos.

Ej: Hexoquinasa= E.C.2.7.1.1

E.C

(Enzyme

Además, las enzimas se pueden clasificar en función de su clase: Oxidoreductasas (transfiere electrones), Transferasas (transfiere grupos de una molécula a otra), Hidrolasas (hidroliza), Liasas (rompe en ausencia de agua), Isomerasas (transforma en isómeros) y Ligasas (forma enlaces utilizando ATP).

Liasas (rompe en ausencia de agua), Isomerasas (transforma en isómeros) y Ligasas (forma enlaces utilizando ATP).

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Sitio o centro activo: •
Sitio o centro activo:

Es el sitio de unión al sustrato y proporciona especificidad a los enzimas.

Es una parte pequeña que suele estar en un bolsillo hidrofóbico: estructura terciaria.

Está formado por aminoácidos no adyacentes, es decir, en la secuencia primaria están lejos y cuando se pliegan se acercan.

Sus aminoácidos contribuyen a la formación y rotura de enlaces.

Es lo que da capacidad catalítica al enzima, está implicado en la rotura del enlace peptídico.

Tipos de enzimas
Tipos de enzimas

Ácidos nucleicos: Ribozimas, ARN.

Se piensa que fueron los primeros biocatalizadores.

El ARN de los viroides (ssvv más ancestrales) tienen actividad enzimática.

Proteínas: aparte del componente proteico pueden tener otro componente no proteico necesario para la actividad del enzima que se llama cofactor, y puede ser un ión metálico( Cu2+, Fe2+/Fe3+(en la catalasa),K+, Mg2+(en enzimas que usarán ATP o GTP)) o una molécula orgánica, en cuyo caso se llama coenzima.

Las coenzimas actúan como portadores transitorios de grupos funcionales específicos. En muchos casos son derivados de vitaminas (requeridos en la dieta).Una enzima puede tener más de un cofactor, combinándose iones y coenzimas. Cuanto más complejo sea el enzima, más cofactores tendrá. Ejemplo: La dinitrogenasa convierte y fija el nitrógeno inorgánico en orgánico. Tiene como cofactor el molibdeno.

PRINCIPIOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA
PRINCIPIOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA
cofactor el molibdeno. PRINCIPIOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA En función del signo de ΔG, encontramos do s

En función del signo de ΔG, encontramos dos tipos de reacciones: las reacciones endergónicas (ΔG>0, reacción no espontánea: necesita aporte energético) o las reacciones exergónicas (ΔG<0, reacción espontánea, no necesita aporte energético). Tanto los catalizadores como los biocatalizadores necesitan que ΔG<0 para producir la reacción.

Un enzima o catalizador sólo podrá actuar si la reacción es favorable, es decir, si la reacción es exergónica. (variación de energía libre (∆G) es menor que cero). La reacción tiene que ser termodinámicamente favorable. Para ello, G productos < G reactivos. Una reacción con ∆G>0 podrá producirse en un ser vivo cuando se acople a otra reacción cuya ∆G sea mucho menor que cero, es decir, que libere mucha energía.

Incluso las reacciones espontáneas requieren una iniciación: la energía de activación (Ea). La energía de activación es la energía necesaria para que los reactivos pasen del estado basal al estado de transición y se disminuye gracias al complejo enzima-sustrato. El estado de transición fomenta la distorsión de enlaces, la orientación de grupos funcionales, etc. Tras alcanzar este estado, se libera energía y se forman los productos. Un enzima no modifica la ∆G, tampoco altera los equilibrios de la reacción pero consigue que se alcancen de forma más rápida. En los seres vivos, todas las reacciones están catalizadas excepto una.

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¿Qué hacen las enzimas? 
¿Qué hacen las enzimas?

Disminuyen la E a , aumentando la velocidad de la reacción; es decir, aceleran las reacciones químicas creando vías alternativas de menor E a .No modifican la constante de equilibrio (K eq ) ni la variación de energía libre (ΔG’)

Catalizan reacciones termodinámicamente posibles.

Formación del complejo binario E-S y mecanismos para bajar la Ea
Formación del complejo binario E-S y mecanismos para bajar la Ea

Se producen numerosas interacciones no covalentes entre E y S. La mayoría de la energía requerida para bajar la Ea proviene de la suma de estas interacciones débiles (puentes de H, fuerzas hidrofóbicas, fuerzas iónicas). La creación de estas uniones no covalentes provoca la liberación de una energía de fijación que baja la Ea. Las interacciones débiles contribuyen a la especificidad de la catálisis, y son óptimas en el estado de transición. Las interacciones débiles E-S que se forman en el estado de transición contribuyen inicialmente a la catálisis enzimática.

Tríada catalítica
Tríada catalítica

El término tríada catalítica refiere a los tres residuos de aminoácidos (asp, ser, his) que funcionan en conjunto en el centro del sitio activo de algunas enzimas hidrolasas y transferasas (por ejemplo, proteasas, amidasas, esterasas, acilasas, lipasas y β-lactamasas). Una tríada Ácido-Base-Nucleófilo es un motivo común para la generación de un residuo nucleofílico para la catálisis covalente.

Los residuos aminoacídicos forman una red de relevamiento de cargas que polarizan y activan al nucleófilo, el cual ataca al sustrato, formando un intermediario covalente el cual es luego hidrolizado para regenerar la enzima libre. El residuo nucleofílico es por lo general una serina o una cisteína pero algunas veces puede ser una treonina.

Debido a que las enzimas se pliegan en complejas estructuras tridimensionales, los residuos de la tríada catalítica pueden estar muy alejados unos de otros sobre la secuencia primaria, sin embargo, se encuentran estrechamente relacionados en el plegamiento final.

Además de ejemplificar a la perfección la evolución divergente de función (incluso con el nucleófilo de la tríada), las tríadas catalíticas muestran algunos de los mejores ejemplos de evolución convergente. Las limitaciones químicas del proceso catalítico han conducido a la misma solución catalítica para al menos 23 superfamilias diferentes de enzimas que evolucionaron en forma independiente. Su mecanismo enzimático es por lo tanto uno de los mejor estudiados en toda la bioquímica.

lo tanto uno de los mejor estudiados en toda la bioquímica. Modelos de interacción E-S 
Modelos de interacción E-S 
Modelos de interacción E-S

El primer modelo, el de llave/cerradura (Fischer, 1894), proponía que cada enzima presentaba un sitio de unión al sustrato con su forma exacta. Es un modelo poco frecuente.

Otro modelo es el de ajuste inducido (Koshland), en el que el centro activo no tiene la forma perfecta, sino que una serie de aminoácidos permiten la introducción y modificación del sustrato.

Mecanismos para bajar la Ea 
Mecanismos para bajar la Ea

Aproximación del sustrato y orientación: Se produce el “secuestro” del sustrato y la consecuente eliminación de la capa de solvatación. Se reduce la entropía y la libertad de movimiento. Se lleva por tanto al sustrato al estado de transición y se libera energía de unión.

Catálisis por distorsión mediante un cambio conformacional.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Concepto importante: las interacciones débiles E-S que se forman en
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Concepto importante: las interacciones débiles E-S que se forman en

Concepto importante: las interacciones débiles E-S que se forman en el estado de transición contribuyen inicialmente a la catálisis enzimática.

Grupos catalíticos específicos que contribuyen a la catálisis 
Grupos catalíticos específicos que contribuyen a la catálisis

Catálisis por iones metálicos: las interacciones iónicas entre un metal jado a la enzima y el sustrato, pueden ayudar a orientar a un sustrato o estabilizar estados de transición de la reacción. También pueden facilitar reacciones de oxidación-reducción mediante cambios reversibles en el estado de oxidación del ión metálico. Casi una tercera parte de las enzimas conocidas requieren uno o más iones metálicos para su actividad catalítica.

Catálisis ácido-base. El centro activo de la enzima proporciona grupos R que son buenos dadores o aceptores de H+. Varias cadenas laterales de aminoácidos pueden actuar como dadores o aceptores de H+ en el centro activo.

Catálisis covalente. Algunas enzimas se unen al sustrato para dar intermediarios covalentes inestables.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural CINÉTICA ENZIMÁTICA Es el estudio cuantitativo de la catálisis
CINÉTICA ENZIMÁTICA
CINÉTICA ENZIMÁTICA
Melero G2 Bioquímica estructural CINÉTICA ENZIMÁTICA Es el estudio cuantitativo de la catálisis enzimática (de

Es el estudio cuantitativo de la catálisis enzimática (de la velocidad a la que ocurre una reacción y de los parámetros que influyen en la misma).

V= k (S)

V= -d(S)/dt=d(P)/dt

Efecto de la concentración de sustrato sobre la velocidad inicial de una reacción catalizada por una enzima:

Se representan valores de velocidad inicial, Vo (=dP/dt), para distintos valores de concentración inicial de sustrato [S]1, [S]2

Vo aumenta al aumentar [S], hasta llegar a la saturación ([ES] ≈ [E]total, se alcanza Vmax).

Km representa la [S] para la cual se alcanza la mitad de la Vmax.

Vmax es un valor asintótico (se alcanza para [S] = ). No se puede obtener de la representación hiperbólica.

La Vmax depende de la concentración total de la enzima. La Vo aumenta proporcionalmente a la concentración de sustrato.

Vmax depende de la concentración total de la enzima. La Vo aumenta proporcionalmente a la concentración
Vmax depende de la concentración total de la enzima. La Vo aumenta proporcionalmente a la concentración
Vmax depende de la concentración total de la enzima. La Vo aumenta proporcionalmente a la concentración
Vmax depende de la concentración total de la enzima. La Vo aumenta proporcionalmente a la concentración

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Ecuación de (Leonor) Michaelis & (Maud) Menten Michaelis y Menten
Ecuación de (Leonor) Michaelis & (Maud) Menten
Ecuación de (Leonor) Michaelis & (Maud) Menten

Michaelis y Menten definieron dos fases en las reacciones enzimáticas: una primera fase reversible y rápida (formación del complejo E-S) y una segunda fase irreversible y lenta, limitante de la velocidad (separación de enzima y productos).

El modelo de Michaleis-Menten contiene 4 premisas simplificadas en: 1) El primer paso es un equilibrio, 2) El segundo paso es irreversible, 3) La enzima se une a un único sustrato (E y E-S son las únicas formas de la enzima) y 4) La concentración dela enzima es mucho menor que la del sustrato, por lo que V0=k2·[E-S].

La velocidad de una reacción enzimática mide la tasa de producción de productos por segundo. Con concentraciones de sustrato crecientes, la enzima va acercándose a su valor de Vmax, sin llegar a alcanzarlo, por lo que es imposible de determinar exactamente. Sin embargo, se puede cuantificar la concentración de sustrato necesaria para alcanzar la mitad de dicha velocidad. Esta concentración es la constante de Michaelis-Menten (km), que es igual a la constante de disociación ks.

Esta concentración es la constante de Michaelis-Menten (km), que es igual a la constante de disociación
Esta concentración es la constante de Michaelis-Menten (km), que es igual a la constante de disociación
Esta concentración es la constante de Michaelis-Menten (km), que es igual a la constante de disociación

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Consideraciones sobre la km 
Consideraciones sobre la km

Cada encima posee una km característica para cada sustrato que varía dependiendo del pH, la temperatura, la fuerza iónica… y su determinación se realiza gráficamente.

La km se mide en las unidades de [S]: mol/l.

Representa la [S] necesaria para que ocurra una catálisis significativa.

La km refleja la inversa de la afinidad de la enzima por el sustrato: ↓ km → ↑afinidad

Consideraciones sobre la Vmax 
Consideraciones sobre la Vmax

Varía proporcionalmente en función de la concentración de la enzima y según la naturaleza del sustrato y las condiciones de la reacción (Tª, pH, fuerza iónica).

Ecuación Lineweaver-Burk
Ecuación Lineweaver-Burk
(Tª, pH, fuerza iónica). Ecuación Lineweaver-Burk Expresión de la actividad enzimática  Unidades de
Expresión de la actividad enzimática 
Expresión de la actividad enzimática

Unidades de actividad enzimática: 1 UI es la cantidad de enzima que transforma un µmol de sustrato/minuto, a 25ºC y en condiciones óptimas de medida (pH, presencia de cofactores…)

Actividad específica: es el número de UI enzima /mg de proteína. Medida de la pureza del preparado enzimático.

Catal: actividad enzimática capaz de transformar un mol de sustrato en 1 segundo, en condiciones óptimas. 1 Catal = 6*10 ⁷ UI

Factores externos que modifican la actividad enzimática. Son la temperatura, el pH y los iones.

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K cat: constante catalítica (número de recambio o “turnover”)
K cat: constante catalítica (número de recambio o “turnover”)
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural K cat: constante catalítica (número de recambio o “turnover”) 54
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural K cat: constante catalítica (número de recambio o “turnover”) 54
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural K cat: constante catalítica (número de recambio o “turnover”) 54

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Factores externos que alteran la actividad enzimática
Factores externos que alteran la actividad enzimática

La actividad enzimática depende de su conformación nativa y en condiciones fisiológicas tiene su funcionamiento óptimo. Los factores que hacen variar la actividad enzimática son la temperatura, el pH y la presencia de iones. Todos los seres vivos han adaptado las proteínas para tener conformación nativa en sus condiciones habituales. Al modificar estos factores se desnaturalizan y se detiene su actividad catalítica.

La actividad enzimática es óptima a pH=7,4 y Tª=37ºC, por esta razón es importante controlar la fiebre, porque a 40ºC las proteínas se desnaturalizan.

la fiebre, porque a 40ºC las proteínas se desnaturalizan. Cofactores Los cofactores son componentes no proteicos

Cofactores Los cofactores son componentes no proteicos necesarios para la actividad de una enzima. Pueden ser iones metálicos o una molécula orgánica o metaloorgánica (coenzima).

Las coenzimas actúan como portadores transitorios de grupos funcionales específicos (iones o grupos) y, en muchos casos, derivan de las vitaminas. Las vitaminas son moléculas necesarias para la dieta ya que son coenzimas de muchas enzimas de las rutas metabólicas. Por ejemplo, las vitaminas B6 y B12 son coenzimas.

Una coenzima o un cofactor unido covalentemente, se denomina grupo prostético. Una apoenzima (o apoproteína; porción proteica) unida a este grupo prostético (porción no protéica) forman una holozima (enzima completa).

no protéica) forman una holozima (enzima completa). INHIBICÓN ENZIMÁTICA Son sustancias orgánicas o
INHIBICÓN ENZIMÁTICA
INHIBICÓN ENZIMÁTICA

Son sustancias orgánicas o inorgánicas que se unen a los enzimas formando un complejo enzima-inhibidor que disminuye su actividad catalítica. El complejo EI dificulta la unión del sustrato y afecta a la Km, a la Vmax o a ambas, siempre de forma negativa (aumenta Km, o baja Vmax o ambas). Se utilizan para identificar cuáles son los centros activos (CA) de las enzimas y su actividad. Existen dos tipos de inhibidores.

Inhibidor irreversible (venenos)
Inhibidor irreversible (venenos)

Se une al enzima covalentemente provocando la destrucción del grupo esencial, por lo que no se produce reacción enzimática, es decir, se inactiva el enzima. En ellos no hay equilibrio de asociación/disociación del complejo EI. No desaparece la inactivación tras eliminar la enzima.

Hay un tipo de inhibidores irreversibles que se unen al CA del enzima, un caso particular es el de los llamados inhibidores suicidas, que se unen al centro activo del enzima y éste modifica al inhibidor (hace una catálisis con el inhibidor), así se unen covalentemente. El enzima pierde su actividad. Así se conoce la localización del CA y podremos, por ejemplo, diseñar un fármaco que inhiba la acción de dicha enzima.

El estudio de los inhibidores irreversibles proporciona información sobre la especificidad, el centro activo y el mecanismo de reacción del enzima. Se trata de fármacos, plaguicidas, herbicidas… Algunos ejemplos son:

DIFP: inhibidor de la Quimotripsina, que se une covalentemente a la serina, bloqueándose. La serina dificulta la transmisión del impulso nervioso. De este compuesto derivan el Paratión y el Gas Mostaza (inhibidores de la acetilcolinesterasa).

Cianuro: reacciona con iones metálicos.

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Penicilina y Amoxicilina: Antibióticos β-lactámicos inhibidores de la transpeptidasa (implicada en la síntesis de peptidoglicano).

Ácido clavulánico: Inhibidor de β-lactamasas. Debido al uso excesivo de antibióticos, las bacterias han desarrollado β-lactamasas para protegerse de la penicilina y la amoxicilina; el uso de ácido clavulánico es esencial para que estos antibióticos puedan actuar.

Indinavir, Nelfinavir y Lopinavir: Son inhibidores de las proteasas del VIH. Impiden la replicación.

Inactivadores suicidas: Se unen no covalentemente y la enzima modifica al inhibidor, perdiendo la enzima la actividad por unión covalente al inhibidor modificado.

y la enzima modifica al inhibidor, perdiendo la enzima la actividad por unión covalente al inhibidor
y la enzima modifica al inhibidor, perdiendo la enzima la actividad por unión covalente al inhibidor
y la enzima modifica al inhibidor, perdiendo la enzima la actividad por unión covalente al inhibidor

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 57
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 57
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 57

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Inhibidores reversibles (fármacos)
Inhibidores reversibles (fármacos)

Existe en ellos un equilibrio de inhibición que viene dado por una Ki. La unión no es covalente, por lo que si se disocia el inhibidor, el enzima puede volver a realizar la catálisis. En función de los parámetros cinéticos a los que afecta se dan varios tipos de inhibición:

Inhibición competitiva: el inhibidor compite con el sustrato por el centro activo de la enzima. El inhibidor

y el sustrato son análogos estructurales. La inhibición depende de las concentraciones de sustrato e

inhibidor y de sus afinidades relativas con la enzima: E-S=km’ (o kmap: aparente) y E-I=ki. El inhibidor competitivo aumenta la kmap, mientras que la Vmax permanece inalterada (se necesita una mayor concentración de sustrato para alcanzar Vmax). Siendo α el cambio en la pendiente de la curva. Si α=1, no hay inhibidor. Si α>1, hay inhibición competitiva. Ejemplo:

(1) Tratamiento con etanol a pacientes que han ingerido una alta dosis de metanol. (2) Methrotrexano: inhibidor competitivo de dihidrofolatoreductasa (anticancerígeno). (3) Ibuprofeno (4) Estatinas: inhibidor de la síntesis del colesterol.

(4) Estatinas: inhibidor de la síntesis del colesterol.  Inhibición acompetitiva: la unión del I se

Inhibición acompetitiva: la unión del I se produce cuando se ha formado el complejo ES. Existe un equilibrio regulado por Ki’. Tanto la Km como la Vmax disminuyen, pero no en la misma proporción que la anterior sino que viene determinada por el factor α’. Como actúa una vez que se ha formado el complejo ES es como si hubiese menos cantidad de E, por lo que el valor de la Km disminuye, pero lo

importante es que baja la Vmax. Ejemplo: Glifosfato: es un inhibidor que se usa de herbicida que detiene

la síntesis de los aminoácidos aromáticos.

Ejemplo: Glifosfato: es un inhibidor que se usa de herbicida que detiene la síntesis de los

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Inhibición mixta: el I se puede unir tanto al E como al complejo ES. Esto provoca que baje la Vmax y suba la Km en función de α y α’.

que baje la Vmax y suba la Km en función de α y α’.  Inhibición

Inhibición no competitiva: disminuye la Vmax y no afecta a la Km. Tampoco afecta a la afinidad del sustrato y el enzima, ya que no compite porque se une a un sitio distinto del CA, el centro alostérico. Se puede unir al E y al ES. Depende sólo de [I] y la afinidad I-E (Ki).

sitio distinto del CA, el centro alostérico. Se puede unir al E y al ES. Depende
sitio distinto del CA, el centro alostérico. Se puede unir al E y al ES. Depende

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MECANISMOS DE REGULACIÓN ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
MECANISMOS DE REGULACIÓN ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
Enzimas alostéricas
Enzimas alostéricas

La regulación alostérica puede permitir un control más fino de las rutas metabólicas que se requieren de modo continuado pero a distintos niveles de actividad (según las condiciones celulares). Las enzimas alostéricas tienen actividad catalítica modulada por la unión reversible de metabolitos específicos denominados moduladores o efectores alostéricos. Se unen no covalentemente a un lugar específico (sitio regulador) y producen un cambio conformacional. Los moduladores cambian la afinidad por el sustrato, pudiendo ser activadores (con efecto positivo para la afinidad) o inhibidores (con efecto negativo). El propio producto producido por la enzima puede servir a veces de inhibidor de la misma. A esto se le llama retroinhibición por producto o retroalimentación negativa.

Características
Características

1.

2. Generalmente, se trata de proteínas oligoméricas, con estructura cuaternaria.

3. El complejo enzima-modulador es activo: el modulador positivo favorece la unión del sustrato mientras que el negativo la dificulta.

4. Presentan dependencia atípica de la velocidad. Siguen una cinética no michaeliana, aunque la velocidad sigue dependiendo de [S]. A la km se la denomina k0.5, pero tiene distinto significado.

5. Las curvas (V frente a [S]) no son hiperbólicas sino sigmoidales, típicas de las proteínas alostéricas, reflejo de las interacciones cooperativas entre cadenas peptídicas.

6. Catalizan reacciones irreversibles.

7. Pueden cooperar entre ellas positiva o negativamente. Por ejemplo, la hemoglobina transporta O2 a los tejidos y la mioglobina lo distribuye.

Presentan un gran tamaño y PM.

Clasificación 
Clasificación

Según el número de moduladores:

Monovalentes: un modulador.

Polivalentes: varios moduladores.

Según la naturaleza del control.

Homotrópico: el sustrato es el modulador. Casi siempre es positiva.

Heterotrópico: el modulador es distinto del sustrato.

o

Enzimas K. Un modulador altera k0.5

(los negativos aumentan la concentración de

sustrato necesaria y los positivos la reducen) pero no la Vmax.

o

Enzimas V. Un modulador altera Vmax (los negativos la disminuyen y los positivos la

aumentan) pero no la k0.5.4.

Homo-heterotrópico: El sustrato es uno de los moduladores de encimas multivalentes.

aumentan) pero no la k0.5.4.  Homo-heterotrópico: El sustrato es uno de los moduladores de encimas

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 61

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Bioquímica estructural

Sistemas Multienzimáticos
Sistemas Multienzimáticos

En las rutas metabólicas el sustrato inicial es catalizado para dar un producto, que a su vez es sustrato de la siguiente reacción, y así sucesivamente hasta que finaliza dicha ruta. Esto se regula mediante sistemas multienzimáticos. Las enzimas que en ellas participan pueden asociarse físicamente formando complejos multienzimáticos, que suelen tener una regulación de tipo alostérico.

que suelen tener una regulación de tipo alostérico. Modificación covalente reversible Estas enzimas presentan
Modificación covalente reversible
Modificación covalente reversible

Estas enzimas presentan dos formas: activa e inactiva. Pueden cambiar de una forma a otra (son interconvertibles) por modificación covalente reversible, catalizada por otras enzimas (p. ej.: las quinasas fosforilan y las fosfatasas defosforilan).

Por ejemplo, en el caso de la glucógeno fosforilasa puede estar menos activa (fosforilasa b: HO-GPasa-OH) y por la acción de una enzima quinasa en presencia de 2ATP, activarse (fosforilasa α: PO-GPasa-OP). Puede hacer el recorrido contrario, defosforilándose por la acción de una fosfatasa. No siempre la fosforilación activa a una enzima.

fosfatasa. No siempre la fosforilación activa a una enzima.  Fosforilación: necesitamos aminoácidos que tengan OH.

Fosforilación: necesitamos aminoácidos que tengan OH.

Adenilación: se añade adenina monofosfato

Acetilación: está relacionado con la expresión génica, se añade un grupo aceto.

Miristoilación: el ácido graso miristoilco-A se une al extremo amino de algunos enzimas.

Ubiquitinación: se añade ubiquitina a otra proteína, se utiliza para marcar las proteínas que hay que digerir.

ADP-ribosilación: se incorpora ADP-ribosa al enzima

Metilación: ocurre en residuos de glutamato, utilizándose adenosil metionina y adenosilhomocisteina.

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Proenzimas Las proenzimas (o zimógeno o proproteína) son enzimas cuyo
Proenzimas
Proenzimas

Las proenzimas (o zimógeno o proproteína) son enzimas cuyo precursor está inactivado y requiere una activación por proteólisis, es decir, la ruptura por hidrólisis de enlaces peptídicos (proteasas y peptidasas). Esta activación proteólica es covalente e irreversible. La rotura específica produce cambios conformacionales que hacen asequible el centro activo de la enzima.

Muchas proenzimas se encuentran y se regulan en el estómago y en el páncreas, tales como proteasas, colágeno, fibrina…

Por ejemplo, la fibrina forma una malla y retiene glóbulos rojos y plaquetas para realizar la coagulación. Si la producción de fibrina no estuviera controlada, se producirían trombos, por lo que está inactivada en forma de fibrinógeno. Para su activación se utiliza la proteasa trombina (que a su vez se sintetiza inactivada en forma de protrombina y son necesarios los factores 5 y 10 para activarla).

(que a su vez se sintetiza inactivada en forma de protrombina y son necesarios los factores

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Bioquímica estructural

INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN
Pardo Melero G2 Bioquímica estructural INTRODUCCIÓN Los carbohidratos o glúcidos son polihidroxihaldehidos o

Los carbohidratos o glúcidos son polihidroxihaldehidos o polihidrocetonas que derivan de gliceraldehidos o de dihidroxiacetona, que son tautómeros (isómeros funcionales), ambos son triasonas (monosacáridos más simples). Su fórmula molecular es (CH₂O)n, siendo n mayor o igual que 3.

Se clasifican según el número de sillares estructurales que presenten: monosacáridos (1), disacáridos (2), oligosacáridos (<10) o polisacáridos (>10). A su vez, los polisacáridos se dividen en homopolisacáridos, como el almidón (repetición de un mismo monosacárido) y heteropolisacáridos (repetición de distintos monosacáridos). Los sillares se unen entre sí por enlace O-glucosídico.

Están distribuidos por todos los tejidos de los organismos superiores, pero destacan en las plantas, ya que en estas mantienen la estructura de las células.

Funciones 
Funciones

Elementos estructurales: la rigidez, forma y resistencia viene determinada por el tipo de enlace. Por ejemplo, la celulosa, la quitina y el péptidoglicano tienen función estructural.

Reserva energética: esta función es debida a que su oxidación produce mucha energía. Por ejemplo, almidón (plantas) y glucógeno (vegetales).

Componentes de metabolitos: por ejemplo de ATP, de ácidos nucleicos, coenzimas…

Reconocimiento molecular: es una función emergente. El tipo de glúcidos asociados a lípidos y proteínas tiene un papel importante en la identificación celular. Por ejemplo, los glúcidos forman parte de los antígenos.

Por ejemplo, los glúcidos forman parte de los antígenos. MONOSACÁRIDOS  Son sillares estructurales de glúcidos
MONOSACÁRIDOS
MONOSACÁRIDOS

Son sillares estructurales de glúcidos caracterizados porque:

Son sólidos blancos cristalizables.

Son solubles en agua, pero poco solubles en etanol.

Se hidrolizan con ácidos fuertes, pero no con débiles.

El más abundante en la naturaleza es la glucosa.

Generalmente son dulces: tienen capacidad edulcorante.

Su fórmula general es (CH₂O) n , tienen una función carbonílica (aldehído o cetona) y n-1 funciones alcohol, se clasifican en función del número de carbonos y su grupo funcional. Por ejemplo: aldotriosa (aldehído de 3 carbonos), cetohexosa (cetona de 6 carbonos).

Estereoisomería
Estereoisomería

Presentan isomería óptica por tener carbonos asimétricos (son moléculas quirales), excepto la dihidroxiacetona. El número de isómeros ópticos viene dado por 2 n , donde n es igual al número de carbonos asimétricos (C * ). Los isómeros ópticos rotan la luz polarizada en diferente ángulo. En las cetonas el número de carbonos asimétricos es la mitad de los que poseería una aldosa con el mismo número de carbonos.

Enantiómeros: imágenes especulares. En función del sentido en que rotan la luz polarizada pueden ser destrógiros (más abundantes) o levógiros.

Diasteroisómeros: isómeros ópticos pero no imágenes especulares.

Epímeros: son diastereoisómeros que se diferencian en un solo C*. Por ejemplo, la manosa se diferencia en la glucosa en el carbono 2; y la galactosa de la glucosa en el carbono 4.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Normalmente la configuración D coincide con Dextrógiro y la L

Normalmente la configuración D coincide con Dextrógiro y la L con levógiro, pero no siempre es así. Si tiene el OH a la derecha es D. Para los monosacáridos con más de un C* se determina que sea L o D según el C* más alejado del grupo carbonilo.

D-aldosas: derivan del D- gliceraldehido

del grupo carbonilo.  D-aldosas: derivan del D- gliceraldehido  D-cetosas: derivan de la dihidroxicetona. 65

D-cetosas: derivan de la dihidroxicetona.

del grupo carbonilo.  D-aldosas: derivan del D- gliceraldehido  D-cetosas: derivan de la dihidroxicetona. 65

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Mutarrotación. Formas cíclicas: cambio de poder rotatorio.
Mutarrotación. Formas cíclicas: cambio de poder rotatorio.

Los monosacáridos en medio fisológico se ciclan formando un enlace hemiacetal o hemicetal entre el grupo funcional y el –OH más alejado. Al ciclarse, aparece un carbono anomérico, que puede ser α ó β en función de si su grupo OH está orientado hacia abajo o hacia arriba respectivamente (para isómeros D).

Los carbohidratos que se diferencian en este carbono se denominan anómeros. Además, todos los grupos que se sitúan a la derecha en la proyección de Fischer se dibujan hacia abajo en la proyección de Haworth (carbohidratos cíclicos).

en la proyección de Haworth (carbohidratos cíclicos). La mutarrotación es el cambio del poder rotatorio que
en la proyección de Haworth (carbohidratos cíclicos). La mutarrotación es el cambio del poder rotatorio que
en la proyección de Haworth (carbohidratos cíclicos). La mutarrotación es el cambio del poder rotatorio que

La mutarrotación es el cambio del poder rotatorio que experimenta un azúcar desde que se pone en disolución hasta que alcanza el equilibrio debido a la existencia de formas cíclicas interconvertibles (anómeros). Esto ocurre de forma espontánea aunque la reacción también puede estar catalizada por unas enzimas mutarrotatorias. El equilibrio entre las formas α y β depende de la estabilidad estérica, los grupos más voluminosos tienden a situarse alejados.

Los carbohidratos ciclados pueden ser pirano o furano en función de si el anillo está formado por 4 (con forma de pentágono) o por 5 carbonos (forma de hexágono). Además, los monosacáridos pueden tomar diferentes conformaciones: forma de silla, e bote, C-3-endo y C-2-endo. Sus sustituciones serán axiales o ecuatoriales en función de si están paralelas al eje o al plano, respectivamente.

Sus sustituciones serán axiales o ecuatoriales en función de si están paralelas al eje o al
Sus sustituciones serán axiales o ecuatoriales en función de si están paralelas al eje o al

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Poder reductor Los azúcares que están en medio fisiológico y

Poder reductor Los azúcares que están en medio fisiológico y que tengan un carbonilo libre presentan mutarrotación y tienen carácter reductor (se oxidan en el grupo carbonilo en presencia de agentes oxidantes).

La ciclación no hace que los azúcares pierdan sus propiedades, ya que pueden volver a abrirse. La forma lineal es la única que permite al monosacárido participar en las reacciones.

que permite al monosacárido participar en las reacciones. Sin embargo, cualquier azúcar con el grupo carbonilo
que permite al monosacárido participar en las reacciones. Sin embargo, cualquier azúcar con el grupo carbonilo

Sin embargo, cualquier azúcar con el grupo carbonilo bloqueado no tendrá poder rotatorio ni mutarrotacional, estará bloqueado cuando forme un enlace con otra molécula que implique la pérdida de una molécula de agua. De esta manera perderá su grupo OH, así que también perderá su poder reductor. Por ejemplo, en la fotosíntesis se sintetiza glucosa que inmediatamente se une a otra y forma sacarosa porque ésta no presenta mutarrotación, no se oxida y así se puede producir el transporte.

Derivados de monosacáridos 
Derivados de monosacáridos

Alditoles: grupo carbonilo reducido.

de monosacáridos  Alditoles: grupo carbonilo reducido.  Ésteres fosfato: cualquier OH esterificado con P. Por
de monosacáridos  Alditoles: grupo carbonilo reducido.  Ésteres fosfato: cualquier OH esterificado con P. Por

Ésteres fosfato: cualquier OH esterificado con P. Por ejemplo, al fosforilar la glucosa 6-P, se evita que salga de la célula.

Ésteres sulfato: cualquier OH esterificado con S. Por ejemplo, la heparina, que es un anticoagulante con componentes muy ácidos que le otorgan carga negativa a pH fisiológico.

Aminoazúcares: sustitución de OH por el grupo amino.

Desoxiaxúcares: OH sustituido por H (por ejemplo, desoxirribosa) o reducción del C₆ (α-L-fructosa).

Glucosídicos: enlaces entre el carbono del aldehído con otro grupo. Se elimina una molecula de agua.

O-glucosídico: el otro grupo es un OH. Si el OH proviene de otro monosacárido se crea un disacárido.

N-glucosídico: el otro grupo es un NH₂, forma los nucleótidos.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural 69
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ENLACE O-GLUCOSÍDICO: DISACÁRIDOS
ENLACE O-GLUCOSÍDICO: DISACÁRIDOS

Es la unión covalente de dos monosacáridos. Este enlace consiste en la reacción del C carbonílico del primer monosacárido con un grupo OH del segundo monosacárido, eliminándose una molécula de agua. Este enlace es estable en medio básico, es hidrolizable por ácidos concentrados (en el estómago) y enzimas específicas (disacarasas).

Para nombrarlos se menciona primero el enlace (O-,N-), después el primer monosacárido acabado en il, la posición del enlace y, por último, el segundo monosacárido acabado en osa.

Se debe tener en cuenta que el enlace O-glucosídico elimina el poder reductor y la mutarrotación de, al menos, uno de los monosacáridos; pudiendo incluso afectar a ambos si el enlace se produce entre los dos carbonos.

a ambos si el enlace se produce entre los dos carbonos. Maltosa  α -D-Glc (1-
a ambos si el enlace se produce entre los dos carbonos. Maltosa  α -D-Glc (1-
Maltosa
Maltosa

α-D-Glc (1-> 4) α-D-Glc (α-D-Glucopiranosil-(1-4)-D-Glucopiranosa).

Es un azúcar reductor que aparece en plantas por hidrólisis parcial de almidón por la β-amilasa.

Es hidrolizable por la α-amilasa, presente en la saliva e intestino (páncreas).

Se produce comercialmente por hidrólisis de almidón con β-amilasas de bacterias (Bacillus) o de semillas de cebada o soja.

En algunas ocasiones se utiliza como edulcorante (dulzor suave).

Forma la isomaltosa, también reductor: α-D-Glc(1-> 6)α-D-Glc.

también reductor: α -D-Glc(1- > 6)α -D-Glc. Lactosa  β -D-Gal (1-> 4) β -D-Glc (
Lactosa 
Lactosa

β-D-Gal (1-> 4) β-D-Glc (β-D-Galactopiranosil (1-> 4) β-D-Glucopiranosa).

Sólo existe en la leche, principalmente libre y como componente de otros oligosacáridos que forman el 0.3/0.6% de la leche.

Es hidrolizable con β-galactosidasa, (específica de este enlace), que es una lactasa presente en células epiteliales del intestino delgado, y por ácidos, aunque es más resistente que la sacarosa.

Algunos de estos oligosacáridos son importantes fuentes de energía para una variedad de Lactobacillus bifidus predominante en la flora intestinal de lactantes.

Estimula la absorción intestinal y la retención de calcio presente en productos lácteos no fermentados como los helados.

La concentración de lactosa es del 4.5% en leche de vaca y cabra y del 7% en leche humana, y es la primera fuente de glúcidos para mamíferos en desarrollo, aportando el 40% de energía durante la lactancia.

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Intolerancia a la lactosa: si la lactosa no se digiere correctamente, forma una película en el intestino que permite la entrada de más agua de la debida, provocando gases, diarreas, problemas de colon, etc.

En este caso si el oligosacárido presenta un C anomérico libre, hay mutarrotación α o β y poder reductor.

libre, hay mutarrotación α o β y poder reductor. Sacarosa  α -D-Glc (1- > 2)
Sacarosa 
Sacarosa

α-D-Glc (1-> 2) β-D-Fru (α-D-Glucopiranosil (1-> 2) β-D-Fructofuranosa)

Los dos C anoméricos están bloqueados, por lo tanto carece de mutarrotación y poder reductor.

Es exclusiva de vegetales (forma de transporte).

Producida en la fotosíntesis y en tubérculos se transforma en almidón.

Es hidrolizable por la invertasa en el tracto intestinal dando como productos glucosa y fructosa.

Es fácil de hidrolizar por ácidos a azúcares invertidos (miel).

Obtenida comercialmente de caña de azúcar en climas tropicales y de remolacha azucarera (contiene rafinosa y estaquiosa) en climas templados. Se usa para la producción de bioetanol.

climas templados. Se usa para la producción de bioetanol. Celobiosa  β -D-Glc(1->4)D-Glc  La segunda
Celobiosa 
Celobiosa

β-D-Glc(1->4)D-Glc

La segunda glucosa puede ser α o β.

Es un disacárido que se repite en la celulosa.

POLISACÁRIDOS
POLISACÁRIDOS

Los polisacáridos están formados por la unión de monosacáridos mediante enlace O-glucosídico. Si se unen menos de 10 monosacáridos estamos hablando de oligosacáridos.

La mayor parte de los glúcidos son polisacáridos de elevado peso molecular.

Pueden ser lineales o ramificados.

Se hidrolizan por ácidos o enzimas.

No son moléculas informativas, es decir, el orden de los monosacáridos no importa.

No tienen PM fijo.

El tipo de polisacárido viene determinado por factores como: la naturaleza de los monosacáridos que lo forman, la posición de los enlaces entre monosacáridos, la longitud de la cadena y el grado de ramificación.

Sus funciones son de reserva energética (almidón, glucógeno), estructurales (celulosa, péptidoglicano, quitina) y de reconocimiento molecular. A parte se clasifican en:

y de reconocimiento molecular. A parte se clasifican en:  Homopolisacáridos: los monosacáridos que lo forman

Homopolisacáridos: los monosacáridos que lo forman son todos iguales. Por ejemplo, la celulosa (lineal) y el almidón o l glucógeno (ramificado).

Heteropolisacáridos: los monosacáridos que lo forman son distintos entre ellos, por ejemplo el ácido hialurónico y el péptidoglicano.

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Polisacáridos de reserva
Polisacáridos de reserva

Se encuentran en forma de gránulos en el citoplasma y en los cloroplastos. Están asociados a enzimas de síntesis y degradación. Se encuentran en estado semiinsoluble para evitar problemas osmóticos. Son el glucógeno y el almidón.

Almidón
Almidón

Es la principal reserva energética en vegetales (semillas, tubérculos). Es una mezcla de α-amilosa y amilopectina. La α-amilosa es una cadena lineal de α-D-Glucosa (la unidad repetitiva es la maltosa: α-D-Glu (1-4) α-D-Glu) con un extremo reductor. Forma una estructura helicoidal, en la que cada estructura está girada 60º respecto a otra. La amilopectina está formada por cadenas lineales de α-D-Glu α-(1,4) α-D-Glu. Presenta ramificaciones debido a que cada 24-30 residuos encontramos cadenas laterales de α-D-glu (1->6) α-D-glu.

ramificaciones debido a que cada 24-30 residuos encontramos cadenas laterales de α -D-glu (1->6) α -D-glu.
ramificaciones debido a que cada 24-30 residuos encontramos cadenas laterales de α -D-glu (1->6) α -D-glu.

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 Glucógeno
 Glucógeno

Es la principal reserva energética en animales, aunque también en algas, bacterias y levaduras. Está formado por cadenas lineales de α-D-Glucosa (1->4) y presenta más ramificaciones que la amilopectina, ya que cada 8- 12 residuos encontramos cadenas laterales de α-D-glucosa(1->6). Tiene la capacidad de ser hidrolizado debido a estas ramificaciones.

Abunda en el hígado (7% de su peso húmedo, equivale a una [Glu]= 0.4M). En sangre la concentración de glucosa es de 5mM. La concentración real de glucógeno, que es insoluble y contribuye poco a la osmolaridad del citosol es aproximadamente 0.01μM.

a la osmolaridad del citosol es aproximadamente 0.01μM.  Dextranos Son polisacáridos de D-glucosa que están
 Dextranos
 Dextranos

Son polisacáridos de D-glucosa que están presentes en bacterias, levaduras y la placa dental, que es rica en dextranos (sarro). Sus cadenas lineales de D-glucosa α(1->6) con ramificaciones α(1->3) α(1->2) o α(1->4).

Existen dextranos sintéticos entre los que destaca el SEPHADEX, que se utiliza para la cromatografía debido a su diferente porosidad en función del tipo de ramificación.

diferente porosidad en función del tipo de ramificación.  Amilasas Son las enzimas hidrolíticas del almidón
 Amilasas
 Amilasas

Son las enzimas hidrolíticas del almidón y el glucógeno.

La α-amilasa está presente en el jugo pancreático y en la saliva. Rompe enlaces α(1->4) al azar, dando lugar a glucosa, maltosa e isomaltosa.

La β-amilasa se encuentra en la malta. Rompe enlaces alternos α(1->4) desde el extremo no reductor, dando lugar a maltosa y dextrina, que es el esqueleto no digerible del almidón o glucógeno, aunque puede digerirse con α-amilasa.

Los enlaces α(1->6) se hidrolizan con enzimas desrramificantes y con α(1->6)glucosidasas. En general las glucosidasas hidrolizan enlaces entre glucosas.

Polisacáridos estructurales
Polisacáridos estructurales

Son elementos estructurales en paredes de microorganismos, plantas y cubiertas celulares de animales.

estructurales Son elementos estructurales en paredes de microorganismos, plantas y cubiertas celulares de animales. 73
estructurales Son elementos estructurales en paredes de microorganismos, plantas y cubiertas celulares de animales. 73

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 Celulosa
 Celulosa

Es el principal componente de las paredes celulares vegetales, junto con la pectina (RGI,RGII,HGs), la hemicelulosa (XGs,GAXs) y la extensina. Este polisacárido acumula el 50% del C terrestre.

Es un homopolisacárido lineal D-glucosa-β(1->4) y son los enlaces β(1->4) (no ramificados) los que permiten una configuración muy extendida que favorece la formación de puentes de H entre cadenas formando regiones cristalinas y amorfas. Es el disacárido que se va repitiendo es la celobiosa (β -D-Glc (1-> 4) β-D-Glc).

es la celobiosa (β -D-Glc (1- > 4) β -D-Glc). Las celulosa son muy fuertes y

Las

celulosa son muy fuertes y constituyen la mayor parte de la fibra de nuestra dieta (no pueden ser hidrolizadas por humanos). Forma el exoesqueleto de tunicados. Es hidrolizable por calentamiento en ácidos fuertes y no es hidrolizable por las amilasas sino que se hidroliza por celulasas, enzimas presentes en bacterias, hongos,

de

fibras

celulasas, enzimas presentes en bacterias, hongos, de fibras oomicetos, termitas, etc. Forma fibras textiles como el

oomicetos, termitas, etc. Forma fibras textiles como el algodón, lino o ramio.

 Quitina
 Quitina

Homopolisacárido lineal formado por residuos de N-acetilglucosamina unidas por enlace β(1->4). Forma fibras extendidas similares a las de la celulosa y no es digrible por los vertebrados. Es el segundo polisacárido más abundante. Se encuentra en el exoesqueleto de insectos, crustáceos y artrópodos. Forma las paredes de hongos.

crustáceos y artrópodos. Forma las paredes de hongos.  Agar El agar (heteropolisacárido de agarosa y
 Agar
 Agar

El agar (heteropolisacárido de agarosa y agaropectina) se encuentra en las paredes celulares de las algas rojas. Es un heteropolisacárido sulfatado (D-galactosa y derivados de la L-galactosa). Se utiliza en microbiología y biología molecular y en farmacia para el recubrimiento de pastillas.

la L-galactosa). Se utiliza en microbiología y biología molecular y en farmacia para el recubrimiento de

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Figura : mapa de las conformaciones más favorables de oligosacáridos

Figura:

mapa de las conformaciones más favorables de oligosacáridos y polisacáridos. Los ángulos de torsión ψ y ϕ en principio pueden tener cualquier valor entre 0 y 360º. De hecho, algunos ángulos de torsión dan lugar a conformaciones estéricamente prohibidas, mientras que otras dan lugar a conformaciones que maximizan los puentes de hidrógeno. Cuando la energía relativa se representa para cada valor de ψ y ϕ, con los contornos de isoenergía (misma energía) dibujados a intervalos de 1kcal/mol por encima del estado de mínima energía se obtiene un mapa de las conformaciones más favorables, análogo a la representación de Ramachandrán de proteínas. Las zonas de montaña son inestables y presentan una ɅG muy alta, mientras que las zonas de valle son más estables y presentan una ɅG más baja.

de valle son más estables y pres entan una ɅG más baja.  Péptidoglucano: mureina. Es
 Péptidoglucano: mureina.
 Péptidoglucano: mureina.

Es un heteropolisacárido formado por N-acetilglucosamina y N-acetilmurámico, las cuales difieren en el grupo R. Es el principal componente de las paredes celulares bacterianas. Es una estructura fibrosa unida a aminoácidos. Del N-acetilmurámico cuelga un tetrapéptido, y están unidos entre sí por puentes peptídicos de glicina.

están unidos entre sí por puentes peptídicos de glicina. La enzima lisozima (presente en virus, lágrimas…)

La enzima lisozima (presente en virus, lágrimas…) destruye las bacterias hidrolizando el enlace glucosídico entre la N-acetilglucosamina y el ácido N- acetilmurámico. Otros antibióticos como la penicilina impiden la síntesis de entrecruzamiento dejando la pared bacteriana demasiado débil como para resistir la lisis osmótica.

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GLUCOCONJUGADOS
GLUCOCONJUGADOS

El espacio extracelular de los tejidos animales multicelulares está ocupado por un material gelatinoso: la matriz extracelular está compuesta por una red de moléculas interconectadas de heteropolisacáridos (glucosaminoglucanos) y proteínas fibrosas (colágeno, elastina, fibronectina, laminina…). Esta estructura (la matriz extracelular) es importantísima en organismos multicelulares en general y en mamíferos en particular.

Glucosaminoglucanos
Glucosaminoglucanos

Son heteropolisacáridos ácidos, componentes importantes de la matriz extracelular.Son polímeros lineales formados por unidades repetitivas de disacáridos: azúcar aminado (N-acetilglucosamina (GlcNAc) o N- acetilgalactosamina (GalNAc)) unidos a ácido glucurónico (GlcA) o al ácido L-Idurónico .

En algunos glucosaminoglucanos, uno o más de los hidroxilos del aminoazúcar se encuentra esterificado con un grupo sulfato. Por ello, posen una elevada densidad de carga negativa. Son ácidos por tener carga negativa a pH fisiológico.

Ácido hialurónico
Ácido hialurónico

Está formado por más de 50000 repeticiones del disacárido GlcA+GlcNAc unidos por enlace β(1->4) y

β(1->3).

Su masa molecular es mayor 10⁶ Da.

Se enrolla de forma helicoidal con 3 disacáridos (6 monosacáridos) por vuelta de hélice.

Tiene gran capacidad para ligar iones Ca2+ e hidratarse. Pueden fijar agua hasta 1000 veces su propio volumen.

Forma disoluciones viscosas: lubricante, líquido sinovial, humor vítreo (ác. Hialurónico y 98% agua), matriz extracelular de cartílagos y tendones.

Sulfato de condroitina
Sulfato de condroitina

[GlcA β(1->3)GlcNAc]β(1->4)[GlcA β(1->3)GlcNAc]

Es el polímero más corto unido covalentemente a proteínas (proteoglucanos).

Contribuye a la resistencia a la tensión de los cartílagos, tendones, ligamentos y paredes de la aorta.

Constituido por (GlcA β(1->3) GalNAc 4S) β(1->4); 4S significa que el carbono 4 está sulfatado.

Es mucho más corto que el ácido hialurónico, y una deficiencia de sulfato de condroitina tiene consecuencias sanitarias.

de sulfato de condroitina tiene consecuencias sanitarias. [GlcA β(1 - >3) GalNAc 4S] β(1 - >4)

[GlcA β(1->3) GalNAc 4S] β(1->4) [GlcA β(1->3) GalNAc 4S]

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Heparina 
Heparina

Es un anticoagulante natural producido por un tipo de leucocitos (mastocitos) y liberado en la sangre, donde inhibe la coagulación al unirse a la proteína Antitrombina (permite que esta se una a la trombina y la inhibe).

La heparina tiene la densidad de carga más alta entre las biomoléculas conocidas y es un compuesto muy sulfatado.

[IdoA(2S)α(1->4)GlcN(3S,6S)] α(1->4) [IdoA(2S)α(1->4)GlcN(3S,6S)]

Sulfato de queratán  No tiene ácidos urónicos y tiene una cantidad de sulfato variable.
Sulfato de queratán
No tiene ácidos urónicos y tiene una cantidad de sulfato variable.

Está presente en la córnea, el cartílago, hueso y estructuras córneas formadas por células muertas (cuernos, pezuñas, uñas, etc)

[Galβ(1->4)GlcNAc(6S)] β(1->3) [Galβ(1->4)GlcNAc(6S)]

Sulfato de dermatán
Sulfato de dermatán

Proporciona flexibilidad a la piel, a los vasos sanguíneos, y a las válvulas cardíacas ,etc.

Su fromula puede variar y tener el IdoA sulfatado y el GalNAc más sulfatado.

[IdoA α(1->3)GalNAc(4S)] β(1->4) [IdoA α(1->3)GalNAc(4S)]

[IdoA (4S) α(1->3)GalN (4S,6S)] β(1->4) [IdoA (4S) α(1->3)GalN (4S,6S)]

β(1 ->4) [IdoA (4S) α(1 ->3)GalN (4S,6S)] NOTA: si el enantiómero que tengo es L, el

NOTA: si el enantiómero que tengo es L, el enlace que tengo hacia arriba es α y no β.

Enfermedades asociadas a defectos en glucosaminoglucanos
Enfermedades asociadas a defectos en glucosaminoglucanos

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Una acumulación de glucosaminoglucanos da lugar a un exceso de acumulación de líquidos que origina el gargolismo o síndrome de Hurler. Existen diferentes formas de la enfermedad causadas a su vez por diversas mutaciones que afectan al gen que codifica la enzima alfa-L-iduronidasa (IDUA). La forma severa presente desde la infancia se conoce como síndrome de Hurle, y se manifiesta en los primeros años de vida. Los bebés enfermos parecen normales al nacer pero a medida que crecen, dejan de desarrollarse correctamente, concretamente cuando llegan a la edad de 2 y 4 años. Después le sigue un deterioro mental progresivo y pérdida de habilidades físicas. Los niños dejan de crecer a los 3 años y presentan unos rasgos faciales particulares como cara plana, frente abombada y puente nasal deprimido. Otra consecuencia de la enfermedad es el agrandamiento del corazón, del hígado y del bazo. También son propensos a sufrir infecciones en el tracto respiratorio superior y el oído. Por otro lado, la alimentación puede ser difícil para algunos niños, ya que presentan problemas intestinales periódicos. Los niños que padecen este síndrome, mueren antes de los 10 años, normalmente por obstrucción e infección de las vías respiratorias y complicaciones cardíacas.

Proteoglucanos 
Proteoglucanos

Son macromoléculas (que tienen más glúcido que proteína) de la superficie celular o de la matriz extracelular en la que una o más cadenas de glucosaminoglucanos están unidas covalentemente a una proteína de membrana o de secreción (PROTEÍNA NÚCLEO).

proteína de membrana o de secreción (PROTEÍNA NÚCLEO).  Son los principales componentes de todas las

Son los principales componentes de todas las matrices extracelulares (hay 40 tipos distintos)

La unión suele ser a través de residuos de serina (-Ser-Gly-X-Gly) mediante un puente tetrasacárido.

Existen dos familias:

Sindecanos: tienen un único dominio transmembrana y un dominio extracelular de 3-5 cadenas de sulfato heparán. Se anclan a la membrana a través de una proteína directal.

Glupicanos: unidos a la membrana mediante un anclaje lipídico (mediante GPI)

Las cadenas de glucosaminoglucanos se unen a una gran variedad de ligandos extracelulares. El patrón exacto de sulfatación en los dominios NS (dominios sulfatados con carga negativa para que se unan otras moléculas) dependen de cada proteoglucano mientras que los NA son dominios sin sulfatar.

dependen de cada proteoglucano mientras que los NA son dominios sin sulfatar. Anclaje glucosil fosfatidilinositol 78

Anclaje glucosil fosfatidilinositol

dependen de cada proteoglucano mientras que los NA son dominios sin sulfatar. Anclaje glucosil fosfatidilinositol 78

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Bioquímica estructural

Funciones 
Funciones

Activación conformacional: un cambio conformacional en la proteína antitrombina (AT) al unirse al dominio S de un pentasacárido específico permite su interacción con el factor Xa, un factor de coagulación en la sangre, impidiendo la coagulación.

Potenciación de la interacción proteína-proteína: la unión de la AT y de la trombina a dos dominios S adyacentes coloca las proteínas próximas unas a otra, favoreciendo su interacción, que inhibe la coagulación sanguínea.

Correceptor para ligandos extracelulares: los dominios S interaccionan a la vez con el factor de crecimiento de los fibroblastos (FGF) y con su receptor, favoreciendo la formación del complejo oligomérico y aumentando la efectividad de FGF a baja concentración.

Localización/concentración en la superficie celular: la elevada densidad de cargas negativas en el sulfato de heparán aproxima las moléculas cargadas positivamente de lipoproteínas lipasa y mantiene así mediante interacciones electrostáticas y por interacciones específicas de secuencia con los dominios S. Tales interacciones también son esenciales en el primer paso de la entrada de ciertos virus dentro de las células, por ejemplo, virus del herpes simplex HSV-1 y HSV-2.

por ejemplo, virus del herpes simplex HSV-1 y HSV-2. Figura izquierda : agregado de proteoglucano a
por ejemplo, virus del herpes simplex HSV-1 y HSV-2. Figura izquierda : agregado de proteoglucano a

Figura izquierda: agregado de proteoglucano a la matriz extracelular:

una molécula muy larga de ácido hialurónico se asocia de manera no covalente a unas 100 moléculas de proteína de núcleo agrécan, cada una de las cuales contiene muchas moléculas de sulfato de condroitina y de queratán unidas covalentemente.

Figura derecha: (A) micrográfico electrónico y (B) representación esquemática de la figura izquierda.

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Glucoproteínas 
Glucoproteínas

Moléculas que tienen más proteína (está en ramificaciones) que glúcido.

Poseen uno o varios oligosacáridos de diversa complejidad unidos covalentemente a una proteína.

Se encuentran en la matriz extracelular, en el lado externo de la membrana y en la sangre. Se encuentran también en el aparato de Golgi, en gránulos d secreción y en lisosomas.

Forman sitios altamente específicos para el reconocimiento y la unión de lectinas (proteínas de unión específica a glúcidos).

El glúcido se une por su C anomérico con el OH de Ser o Thr mediante O-glucosídico (glucoproteínas O- linked) o mediante un N-glucosídico con el N de Asn (glucoproteínas N-linked).

Funciones: son proteínas secretadas de la sangre, la leche, inmunoglobulinas, hormona luteinizante, estimuladora del tiroides, estimuladora del folículo

la sangre, la leche, inmunoglobulinas, hormona luteinizante, estimuladora del tiroides, estimuladora del folículo … 80
la sangre, la leche, inmunoglobulinas, hormona luteinizante, estimuladora del tiroides, estimuladora del folículo … 80
la sangre, la leche, inmunoglobulinas, hormona luteinizante, estimuladora del tiroides, estimuladora del folículo … 80

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Glucolípidos 
Glucolípidos
Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Glucolípidos  Los más importantes son esfingolípidos (muy glucosilados)

Los más importantes son esfingolípidos (muy glucosilados) de membrana (gangliósidos) en los que los grupos hidrofílicos de cabeza son oligosacáridos, y determinan la identidad celular (compatibilidad en trasplantes). Unidos a lípidos determinan el grupo sanguíneo.

Actúan como sitios específicos para el reconocimiento por lectinas (cerebro y neuronas), en la cara externa d la membrana plasmática.

Los lipopolisacáridos son los componentes principales de la membrana externa de las bacterias Gram negativas como E. Coli y Salmonella typhimurium. Son las dianas principales de los anticuerpos en respuesta a las infecciones bacterianas.

CARBOHIDRATOS COMO MOLÉCULAS INFORMATIVAS Los polisacáridos son transportadores de información:  Sirven de
CARBOHIDRATOS COMO MOLÉCULAS INFORMATIVAS
Los polisacáridos son transportadores de información:
 Sirven de etiquetas de destino de algunas proteínas.
 Actúan como mediadores de las interacciones
específicas intercelulares y entre las células y la
matriz extracelular.
Los oligosacáridos poseen mucha información estructural,
presentan un aspecto tridimensional único. En los sitios de
unión de glúcidos, las lectinas poseen una sutil
complementariedad molecular necesaria para permitir la
interacción sólo con los glúcidos adecuados. Dominio de
unión de glúcido (CBD).

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PRINCIPALES RUTAS METABÓLICAS.
PRINCIPALES RUTAS METABÓLICAS.

Los glúcidos tienen un papel muy importante en el metabolismo, ya que son moléculas que poseen mucha energía. Las principales rutas catabólicas de carbohidratos son la glicólisis (fase preparativa y fase de rendimiento, en la que se empieza a generar energía) y la ruta de las pentosas fosfato. La principal ruta anabólica es la gluconeogénesis, que sintetiza glucosa. Se produce en el hígado.El ciclo de Cori integra la gluconeogénesis del hígado con la glicólisis, producida principalmente en músculo.

DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE OLIGOSACÁRIDOS
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE OLIGOSACÁRIDOS
músculo. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE OLIGOSACÁRIDOS Metilación: con hidrólisis los monosacáridos que no se
músculo. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE OLIGOSACÁRIDOS Metilación: con hidrólisis los monosacáridos que no se

Metilación: con hidrólisis los monosacáridos que no se metilan es porque están formandos parte de un enlace O-glucosídico.

HCl: rompe los enlaces O-glucosídicos formando una sopa de monosacáridos

MS-MALDI-TOF: separa por pesos moleculares.

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INTRODUCCIÓN
INTRODUCCIÓN

Los nucleótidos son las unidades estructurales de los ácidos nucleicos (ADN y ARN), aunque no son el único tipo de molécula que componen sino que constituyen también los intermediarios energéticos en procesos de transferencia energética de la célula (ADP/ATP), componen coenzimas como la coenzima A, y son intermediarios metabólicos y en señales celulares (AMPc).

Es decir, pueden oxidarse y reducirse, por lo que, en reacciones de transferencia electrónica funcionan como transportadores de electrones (coenzimas NAS, NADP, FAD). Funcionan además como transportadores de sillares estructurales energizados en diferentes rutas metabólicas (la glucosa se incorpora a una cadena tras la unión a un UDP que eleva su poder energético y forma glucógeno). Pueden funcionar también como mensajeros secundarios, amplificando señales celulares, por ejemplo, el AMPc en el que amplifican la señal que se produce cuando una hormona se une al receptor para llevar a cabo la ruta de transducción de la señal.

Están compuestos por bases nitrogendas (aportan la información), una pentosa (actúa de soporte) y, como poco, un ácido fosfórico (sirve de conector.

BASES NITROGENADAS
BASES NITROGENADAS
un ácido fosfórico (sirve de conector. BASES NITROGENADAS  No aparecen en forma libre, es decir,

No aparecen en forma libre, es decir, sólo se sintetizan cuando son necesarios, por ejemplo, la guanina solo es sintetizada cuando es necesaria para la célula y la purina y la pirimidina sólo aparecen como intermediarios en la formación de nucleótidos.

Son anillos planos (pirimidinas: T,U y C) o casi planos (púricas: A y G), débilmente básicos.

Son insolubles en agua, a pH fisiológico no están cargadas.

Presentan formas tautoméricas ceto-enólicas:

dos o más estructuras de una molécula fácilmente interconvertibles entre sí, difieren en su distribución electrónica y posición de un átomo móvil que suele ser el H. A pH neutro predomina la forma ceto.

Forma puentes de hidrógeno entre ellas: dos puentes, A=T/U, y tres en CG.

Presentan interacciones hidrofóbicas por apilamiento, lo que hace que formen estructuras muy estables.

Fuerte absorción de luz UV (260-280 nm) debido a sus dobles enlaces conjugados. Cuanto mayor sea la absorción más proteína tiene la muestra de ADN. Son de mejor calidad las lecturas de onda menores.

mayor sea la absorción más proteína tiene la muestra de ADN. Son de mejor calidad las

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Existen también otras bases nitrogenadas que no se corresponden con las habituales adenina, guanina, citosina, tirosina y uracilo. Se suelen encontrar en ARN transferente. Son análogos de los nucleótidos y, ante el ataque de virus, sirven para “engañarlos” haciendo que introduzcan uno de estos nucleótidos en lugar de las bases habituales, deteniendo la replicación.

lugar de las bases habituales, deteniendo la replicación. NUCLEÓSIDOS Están formados por la unión de un
NUCLEÓSIDOS
NUCLEÓSIDOS

Están formados por la unión de un azúcar y una base nitrogenada por medio de un enlace β-N-glucosídico. El azúcar es una pentosa que puede ser ribosa (ARN) o desoxirribosa (ADN). En las bases pirimidínicas, la pentosa se une al N1 y en la púricas se unen al N9. Ambos están en forma NH, y se forma un enlace con pérdida de una molécula de agua.

Son moléculas mucho más solubles en agua que las bases nitrogenadas debido al azúcar. A pH 7 no poseen carga y, como las bases nitrogenadas, no aparecen en forma libre.

Los nucleósidos pueden ser:

no aparecen en forma libre. Los nucleósidos pueden ser:  R ibonucleósidos si el azúcar es

Ribonucleósidos si el azúcar es β-D-ribofuranosa (adenosina, guanosina, citidina y uridina).

Desoxirribonucleósidos si el azúcar es 2’-desoxi-β-D-ribofuranosa (desoxiadenosina, desoxiguanosina, desoxicitidina y desoxitimidina). Los carbonos del azúcar se nombran con un apóstrofe para diferenciarlos de los de la base nitrogenada.

Los carbonos del azúcar se nombran con un apóstrofe para diferenciarlos de los de la base

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Bioquímica estructural

Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural NUCLEÓTIDOS Son ésteres fosfóricos de los nucleósidos, esto es, se
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural NUCLEÓTIDOS Son ésteres fosfóricos de los nucleósidos, esto es, se
NUCLEÓTIDOS
NUCLEÓTIDOS
Pardo Melero G2 Bioquímica estructural NUCLEÓTIDOS Son ésteres fosfóricos de los nucleósidos, esto es, se

Son ésteres fosfóricos de los nucleósidos, esto es, se forman por la unión de un grupo fosfato mediante un enlace éster al azúcar de un nucleósido en el carbono 5´. Pueden ser syn (fosfato y base nitrogenada en la misma orientación) o anti (fosfato y base nitrogenada en orientaciones opuestas).

Los nucleótidos pueden presentar tanto uno como dos o tres grupos fosfato en el carbono 5’ (NMP, NDP, NTP) mediante enlace anhídrido, nombrándose como α, β y γ respectivamente. Pueden tener también grupos fosfato en otros carbonos, nombrándose como “base nitrogenada nº-mono/di/trifosfato”, siendo nº el carbono al que está unido el grupo fosfato.

como “base nitrogenada nº - mono/di/trifosfato”, siendo nº el carbono al que está unido el grupo

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En cuanto a sus propiedades, los nucleótidos con moléculas muy abundantes en la célula, formados por anillos planos (correspondientes a la base nitrogenada) perpendiculares al azúcar. Además, a pH 7 tienen carga negativa (gracias al grupo fosfato).

Funciones
Funciones

Sistema AMP/ADP/ATP de transferencia energética: su importancia radica en la gran cantidad de energía que se libera por ruptura de los enlaces fosfoanhídrido. Se da la transferencia de un grupo fosforilo (Pi) a otro compuesto y se capta una molécula de agua.

(Pi) a otro compuesto y se capta una molécula de agua. ATP + H₂O → ADP+
ATP + H₂O → ADP+ Pi ATP + H₂O → AMP+ PPi
ATP + H₂O → ADP+ Pi
ATP + H₂O → AMP+ PPi

Conenzimas: FAD, NAD+ (dinucleótidos que trasportan H+ o electrones oxidándose y reduciéndose), Coenzima A (transporta grupos acilo mediante enlace tioéster).

A (transporta grupos acilo mediante enlace tioéster).  AMPc mensajero secundario por excelencia, amplifica
A (transporta grupos acilo mediante enlace tioéster).  AMPc mensajero secundario por excelencia, amplifica

AMPc mensajero secundario por excelencia, amplifica señales.

Son transportadores de moléculas energizadas, como la UDP-glucosa.

secundario por excelencia, amplifica señales.  Son transportadores de moléculas energizadas, como la UDP-glucosa. 86
secundario por excelencia, amplifica señales.  Son transportadores de moléculas energizadas, como la UDP-glucosa. 86

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ÁCIDOS NUCLEICOS
ÁCIDOS NUCLEICOS

Se trata de polímeros de nucleótidos monofosfato unidos entre sí por enlaces fosfodiester entre pentosa (por el OH del carbono 3’) y fosfato (por el OH del carbono 5´). Esto determina la polaridad en ácidos nucleicos: en el extremo 5’ tendré un ácido fosfórico y en el extremo 3’ el C está con el OH libre, no fosforilado.

En función de su base nitrogenada y del ácido nucleico al que pertenezcan, los nucleótidos del ADN son dA, dG, dC, dT; y los del ARN, rA, rG, rC, rT. Los ácidos nucleicos son moléculas polares muy solubles cargadas negativamente a pH fisiológico. Interaccionan con Mg2+ para estabilizarse.

Hidrólisis de los ácidos nucleicos
Hidrólisis de los ácidos nucleicos

Lo que determinará la estructura de un ácido nucleico será la secuencia de las bases nitrogenadas de sus ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos tienen dos formas de hidrolizarse: química y enzimáticamente.

La hidrólisis química puede realizarse con HCl concentrado, que rompe los enlaces fosfodiester, y obtenemos una sopa de nucleótidos (ÁCIDOS) y con NaOH que rompe los enlaces sólo del ARN (BASES).

En la hidrólisis enzimática se utilizan nucleasas para romper el enlace fosfodiester de forma indiscriminada o dejando secuencias de nucleótidos libres o trozos. Existen dos tipos de nucleasas:

Las exonucleasas empiezan a hidrolizar por los extremos de la secuencia, empezando por el extremo 3’ o por el 5’, por eso hay dos tipos.

Las endonucleasas (o enzimas de restricción) son enzimas de alta especificidad que hidrolizan

Las enzimas de restricción hidrolizan ADN de doble cadena, donde

reconocen secuencias polindrómicas (simétricas). Generan extremos cohesivos si el corte es asimétrico y romos si el corte es simétrico. Normalmente reconocen secuencias de 4 o 6 nucleótidos:

secuencias

---5’ GGG||CCC 3’--- ---3’ CCC|| GGG5’--- Extremos romos

--- 5’ G A A T T C 3’---

--- 3’ C T

T A A G 5’---

Extremos cohesivos

Los ADN plasmídicos son ADN circulares de doble cadena que se utilizan como herramienta para experimentos. En ellos se pueden introducir secuencias de clonaje múltiple (150-200 nucleótidos) mediante ingeniería genética. Puedo generar una molécula (vector) en la que introduzco un fragmento de un gen de interés, por ejemplo el gen que codifica la hormona del crecimiento.

G G G C C C C A A T T C C C C G G G G T T C C T El gen una vez dentro del plásmido se puede replicar junto con el plásmido. Al hidrolizarlo con Eco-R1 quedan extremos cohesivos, el gen se acopla a la secuencia del plásmido por complementariedad de bases.

Naturaleza bioquímica del material genético
Naturaleza bioquímica del material genético

La primera purificación de ácidos nucleicos la realizó Friedrich Miescher y los llamó nucleínas. En los años 20 Griffiths descubrió el proceso de transformación bacteriana midiendo la virulencia de bacterias que, en principio, no eran virulentas pero que habían estado en contacto con DNA de bacterias que sí lo eran.

que, en principio, no eran virulentas pero que habían estado en contacto con DNA de bacterias

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Sin embrago, no fue hasta el experimento de Hersey y Chase en 1952 que se determinó que los ácidos nucleicos constituían el material genético. Se marcaron diferentes partes de virus bacteriófagos T2 con P32 y S35. Al estudiar la descendencia de dichos virus, se observó que solo mantenían el marcaje los virus procedentes de otros cuyos ácidos nucleicos estaban marcados. Los virus que provenían de otros cuya cápsida estaba marcada no presentaban marcaje, determinándose así que el material hereditario se encuentra en los ácidos nucleicos.

material hereditario se encuentra en los ácidos nucleicos. Modelo de la doble hélice La estructura del
Modelo de la doble hélice
Modelo de la doble hélice

La estructura del ADN fue determinada por James Watson y Francis Crick en 1953. Se trata de dos cadenas helicoidales enrolladas en hélice dextrógira. Las cadenas son antiparalelas (5’ con 3’ y 3’ con 5´) y sus hebras complementarias y estabilizadas por puentes de hidrógeno. Los azúcares y los fosfatos (hidrofílicos lo que implica que el ADN ácido con fuerte carga negativa) se encuentran en el exterior de la doble hélice y las bases nitrogenadas en el interior. Además, existen otras estructuras, como el Z-DNA, que es una hélice levógira, o el B-DNA. Cada vuelta de hélice es de 36Å, correspondiéndose a 10.5 nucleótidos, y un diámetro de 20Å.

a 10.5 nucleótidos, y un diámetro de 20Å. El modelo de Watson y Crick predecía el
a 10.5 nucleótidos, y un diámetro de 20Å. El modelo de Watson y Crick predecía el
a 10.5 nucleótidos, y un diámetro de 20Å. El modelo de Watson y Crick predecía el

El modelo de Watson y Crick predecía el mecansismo de transferencia de la información genética entre generaciones (replicación semiconservativa).

Formas estructurales de la doble hélice de ADN
Formas estructurales de la doble hélice de ADN

Las diferentes estructuras del DNA vienen determinadas por la capacidad de giro de los átomos de la desoxirribosa.

El DNA tiene tres formas estructurales principales: A, B y Z; y vienen determinadas por el ángulo de giro de la desoxirribosa. En una misma hebra podemos encontrar diferentes combinaciones de estas estructuras. Además, las bases nitrogenadas pueden orientarse hacia dentro del azúcar (syn) o hacia fuera (anti).

estructuras. Además, las bases nitrogenadas pueden orientarse hacia dentro del azúcar (syn) o hacia fuera (anti).

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La estructura de A-DNA es una hélice dextrógira con surcos idénticos que se encuentra en soluciones pobres en H₂O. Tiene el diámetro más grande (26Å) y sus bases se encuentran en anti. Tiene 11 nucleótidos por vuelta.

La estructura del B-DNA (estructura de Watson y Crick) es una hélice dextrógira que se encuentra en condiciones fisiológicas. No es homogénea, sino que posee un surco mayor y otro menor, haciéndola más compacta (10.5 nucleótidos por vuelta), con un diámetro intermedio entre las otras dos (20Å). Sus bases se encuentran en anti.

La estructura Z-DNA es una hélice levógira rica en GC o en 5-metil-C y G que existe en condiciones fisiológicas. Su surco mayor es casi imperceptible y el menor es estrecho y profundo; tiene el diámetro más pequeño (18Å) y es mucho más compacta (12 nucleótidos por vuelta). Sus bases pirimidínicas están en anti y las púricas en syn. Está relacionada con procesos de recombinación.

en syn. Está relacionada con procesos de recombinación. Algunas secuencia de ADN adoptan estructuras poco
en syn. Está relacionada con procesos de recombinación. Algunas secuencia de ADN adoptan estructuras poco

Algunas secuencia de ADN adoptan estructuras poco habituales. Siempre que se encuentran 4 o más adeninas consecutivas en una hebra se produce una curvatura de la hélice. Un tipo de secuencia bastante común en el ADN es un palíndromo, una región con repeticiones invertidas de secuencia de bases. Estas secuencias son autocomplementarias en cada una de las hebras y suelen formar estructuras en horquilla o cruciformes. Si la secuencia repetida está en ambas hebras se denomina repetición especular.

está en ambas hebras se denomina repetición especular. Además, las bases nitrogenadas pueden formar puentes de
está en ambas hebras se denomina repetición especular. Además, las bases nitrogenadas pueden formar puentes de
está en ambas hebras se denomina repetición especular. Además, las bases nitrogenadas pueden formar puentes de

Además, las bases nitrogenadas pueden formar puentes de hidrógeno con otras bases a la vez que están en la hélice, creando estructuras más complejas llamadas Posiciones de Hoogsten. (DNA triple)

a la vez que están en la hélice, creando estructuras más complejas llamadas Posiciones de Hoogsten.

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Existe también un caso particular en el que el DNA, el DNAH, está formado por regiones de polipurinas con cuatro hélices paralelas o antiparalelas. Regulan la expresión génica ya que se unen a factores de transcripción.

génica ya que se unen a factores de transcripción. Estructura terciaria de ARNs El ARN desempeña
génica ya que se unen a factores de transcripción. Estructura terciaria de ARNs El ARN desempeña
Estructura terciaria de ARNs
Estructura terciaria de ARNs

El ARN desempeña numerosas funciones; en la expresión génica actúa de intermediario en la conversión de la información codificada en el ADN en la secuencia de aminoácidos de las proteínas funcionales. Las moléculas de ARN están formadas generalmente por una sola cadena y son más cortas que las de ADN. Encontramos tres tipos de ARN: ARNm, ARNt, ARNr.

las de ADN. Encontramos tres tipos de ARN: ARNm, ARNt, ARNr.  ARNm: es monocatenario pero

ARNm: es monocatenario pero puede sufrir apareamientos internos adoptando una conformación helicoidal dextrógira, determinada por interacciones de apilamiento entre las bases. Estas interacciones son más fuertes entre dos purinas que entre una purina y una pirimidina o entre dos pirimidinas.

(a) Protuberancia, bucle interno y bucle horquilla (b) Las regiones apareadas adoptan generalmente una estructura
(a) Protuberancia, bucle interno y bucle
horquilla
(b) Las regiones apareadas adoptan
generalmente una estructura en hélice
dextrógira en la forma A.
ARNr: constituye los ribosomas.

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ARNt: es también monocatenario y puede presentar apareamientos internos.

monocatenario y puede presentar apareamientos internos. Propiedades de los ácidos nucleicos Están formados por
monocatenario y puede presentar apareamientos internos. Propiedades de los ácidos nucleicos Están formados por
Propiedades de los ácidos nucleicos
Propiedades de los ácidos nucleicos

Están formados por largas cadenas de moléculas. A veces son tan largas que tienen que enrollarse para caber en su destino. Debido a esto, el ADN tiende a superenrollarse. Esto se produce mediante su asociación a unas proteínas básicas denominadas histonas. Como el ADN tiene carga negativa (por los grupos fosfato) no podría enrollarse sobre sí mismo, ya que se repelería. Las histonas tienen carga positiva, lo que compensa su carga negativa. Además esta estructura es estabilizada por las topoisomerasas.

El calor y los valores extremos de pH provocan la desnaturalización o fusión del ADN de doble hélice. La rotura de los puentes de hidrógeno de los pares de bases y del apilamiento de estas provoca el desenrollamiento de la doble hélice. La renaturalización del ADN es un proceso rápido siempre que todavía exista un tramo de hélice de una docena o más residuos. Cuando la temperatura y el pH vuelven a la normalidad, los segmentos desenrollados vuelven a enrollarse o hibridarse para restablecer la estructura.

El ADN se puede desnaturalizar, este proceso consiste en la eliminación de todas las estructuras de ADN menos la primaria, es decir, se separan las cadenas. Así, en determinadas condiciones puede volver a la estructura inicial. Para desnaturalizar la molécula de ADN se aumenta la temperatura. La Tm es la temperatura a la cual se alcanza un 50% de desnaturalización. Esta temperatura de fusión (Tm) se mide por el porcentaje de para GC, ya que, entre ellas hay 3 pdH que son muy fuertes. A mayor porcentaje de GC mayor será la Tm. (Tm depende del pH, de la fuerza iónica y del tamaño y composición de bases del ADN.

Podemos calcular la temperatura de fusión de un oligonucleótido teóricamente: para separar A/T necesitamos 2ºC y para separar C/G necesitamos 4ºC. Luego para el oligonucleótido AGTCAGTC necesitaremos Tm=24ºC (tenemos el 50% unido y el 50% desapareado).

Tm=24ºC (tenemos el 50% unido y el 50% desapareado).  A 100ºC todos los oligonucleótidos se

A 100ºC todos los oligonucleótidos se desnaturalizan.

El proceso de renaturalización se produce disminuyendo la temperatura.

Un efecto hipercrómico implica un apareamiento de bases, no un ADN bicatenario.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural Hibridación del ADN: dos muestras de ADN que deben compararse

Hibridación del ADN: dos muestras de ADN que deben compararse se desnaturalizan completamente por calor. Cuando las dos disoluciones se mezclan y se enfrían lentamente, las hebras de ADN de cada muestra se asocian con las hebras complementarias normales para formar dúplex. Si los dos ADN tienen secuencias que presentan una homología significativa, también tienden a formar dúplex parciales o híbridos entre sí: cuanto más similares sean las secuencias de los dos ADN, mayor será el número de híbridos formados. La formación de híbridos puede medirse usando diferentes procedimientos. Generalmente, uno de los ADN está marcado con un isótopo radiactivo para simplificar las mediciones.

con un isótopo radiactivo para simplificar las mediciones. Mutaciones Los ácidos nucleicos pueden sufrir mutaciones
Mutaciones
Mutaciones

Los ácidos nucleicos pueden sufrir mutaciones que podrán ser hereditarias. Estas mutaciones pueden ser:

Desaminación: se pierde el grupo amino y puede producirse por compuestos nitrosos y precursores. Por ejemplo, la desaminación de la citosina da uracilo, esta desaminación es lenta pero pueden darse unas 100 mutaciones por día en cada célula. Esta probablemente sea la razón por la que el ADN contenga timina en lugar de uracilo ya que de otra forma sería mucho más difícil el reconocimiento de los uracilos procedentes de la citosina.

uracilo ya que de otra forma sería mucho más difícil el reconocimiento de los uracilos procedentes

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Luz ultravioleta: Es producida por compuestos nitrosos y sus precursores. Provocan dímeros de timina haciendo que se aproximen y se formen enlaces entre las T y se forma un codo que se puede romper, en cuyo caso, se rompe la secuencia del ácido nucleico.

en cuyo caso, se rompe la secuencia del ácido nucleico.  Agentes alquilantes: introducen metilaciones. 
en cuyo caso, se rompe la secuencia del ácido nucleico.  Agentes alquilantes: introducen metilaciones. 

Agentes alquilantes: introducen metilaciones.

Depurinación: se pierde la base nitrogenada y consecuentemente el apareamiento. Si esto ocurre durante la replicación se produce una mutación.

Bromuro de etidio: se intercala entre las bases nitrogenadas y absorbe luz ultravioleta. Si se incorpora en nuestro ADN, éste se replica mal y da lugar a mutaciones.

nuestro ADN, éste se replica mal y da lugar a mutaciones. SECUENCIACIÓN Se trata de la
SECUENCIACIÓN
SECUENCIACIÓN
éste se replica mal y da lugar a mutaciones. SECUENCIACIÓN Se trata de la síntesis de

Se trata de la síntesis de ADN mediante las ADN polimerasas, que necesitan un cebador (un oligonucleótido corto) al que añadir los nucleótidos y una hebra molde que dirija la selección de cada uno de los nuevos nucleótidos que van a incorporarse a la secuencia.

Necesitamos también didesoxinucleótidos trifosfato (ddNTP), para que se realice la síntesis necesitamos tener en el C’3 un OH, por lo que al introducir un ddNTP en lugar de un dNTP se detiene la continuación de la cadena porque no hay OH en el C’3. Obtenemos una mezcla en la que en algunos ADN en un extremo hay un ddNTP, el último nucleótido incorporado. Sanger marcó algunos dNTP radiactivamente con P32 y P33 y realizó una electroforesis. Después se puso una película para ver qué bandas son radiactivas y se va realizando la secuencia del nucleótido. Esto ha evolucionado hasta una secuenciación automática por máquinas, y ahora se marcan con fluoróforo los ddNTP y luego se detectan con un láser.

Cada didesoxinucleótido usado como cebador en la síntesis de Sanger puede unirse a una molécula fluorescente que confiere a todos los fragmentos terminados en ese nucleótido un color determinado. A continuación, se realiza una electroforesis.

La secuencia del ADN se lee a partir de la secuencia de los colores de los picos a medida que van pasando por el detector y la información obtenida se envía a un ordenador que determina la secuencia.

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Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural SÍNTESIS DE OLIGONUCLEÓTIDOS Los oligonucleótidos son necesarios para
Antonio Pardo Melero G2 Bioquímica estructural SÍNTESIS DE OLIGONUCLEÓTIDOS Los oligonucleótidos son necesarios para
SÍNTESIS DE OLIGONUCLEÓTIDOS
SÍNTESIS DE OLIGONUCLEÓTIDOS
G2 Bioquímica estructural SÍNTESIS DE OLIGONUCLEÓTIDOS Los oligonucleótidos son necesarios para que la ADN

Los oligonucleótidos son necesarios para que la ADN polimerasa comience la síntesis. La síntesis química consiste en una reacción química no catalizada para sintetizar oligonucleótidos.

la síntesis. La síntesis química consiste en una reacción química no catalizada para sintetizar oligonucleótidos. 94

Antonio Pardo Melero G2

Bioquímica estructural

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