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La segunda fase, también conocida como fase de la ocupación, abarcó desde finales de
1808 a 1812 y comenzó con la llegada a España de Napoleón, acompañado por la Grande
Armée, quien restituyó a José I en el trono y dirigió personalmente parte de la ocupación,
misión que, más adelante, encargó al general Soult. En esta época destacaron la batalla de
Somosierra, tras la que los franceses tomaron Madrid, y la batalla de Ocaña (1809), tras la cual
tomaron toda Andalucía, excepto Cádiz, protegida por mar por Inglaterra. Tras esto habían
logrado ocupar toda España, a excepción de Cádiz, pero no la sometieron, pues los españoles
organizaron guerrillas, que eran pequeños grupos de combatientes, con apoyos civiles, que
atacaban por sorpresa a las tropas enemigas minando su moral. Entre los principales líderes
guerrilleros destacaron Espoz y Mina, “El empecinado” y el Cura Merino.
La tercera fase, transcurrida entre 1812 y 1814, quedó marcada por las victorias
españolas ya que, aprovechando la retirada de las tropas francesas a Rusia, España firmó un
tratado con Inglaterra y, con la ayuda de Wellington, entre otros británicos, consiguieron las
victorias de Arapiles (1812), Vitoria, Irún y San Marcial. Tras esto los franceses tuvieron que
replegarse y Napoleón firmó el 11 de diciembre de 1813 el Tratado de Valençay, que puso fin a
la guerra y en el que se reconocía la liberta de España y se le devolvía la Corona a Fernando VII.
El reinado de José I, entre 1808 y 1814, fue un reinado muy débil debido a la situación
de guerra y a la falta de apoyo popular. Sin embargo contó con el apoyo de un reducido grupo
de ilustrados españoles, los afrancesados, que fueron considerados traidores y exiliados al final
de la guerra.
José I comenzó su reinado introduciendo reformas moderadas como la disolución de la
Inquisición y la promulgación del Estatuto Real de Bayona (1808), que fue una carta otorgada
en la que estableció un régimen autoritario pero con unas Cortes con poderes limitados, y en
la que reconocía ciertos derechos y libertades económicas. Sin embargo, tras la Batalla de
Bailén, decidió radicalizar su política reformista mediante le Decretos de Chamartín, con los
que pretendía desmantelar el Antiguo Régimen. Mas ninguna de estas reformas se aplicó ni
tuvieron una gran relevancia histórica.
Por otro lado, la resistencia se organizó en juntas locales y provinciales, las cuales
asumieron la soberanía y actuaron en nombre del rey, por lo que fueron instituciones muy
revolucionarias. Las juntas más destacadas fueron la de Sevilla y la de Granada, que se unieron
para organizar el ejército de Bailén. Tras el éxito de esta batalla, se decidió crear una Junta
Suprema Central que coordinara las demás. Esta, presidida por el Conde de Floriblanca, llevó a
cabo un gobierno de tipo reformista, firmó un tratado de alianza con Inglaterra y convocó las
Cortes. En un principio se instaló en Aranjuez pero, debido al avance de las tropas francesas, se
trasladó a Sevilla y, por último, a Cádiz (1810) donde se auto disolvió para dejar paso a un
Consejo de Regencia, que reunió finalmente las Cortes de Cádiz.
Estas Cortes estuvieron formadas por diputados elegidos por los ciudadanos, aunque
muchos de los diputados no pudieron asistir debido a la ocupación francesa y fueron
designados sustitutos de entre los gaditanos. Había diputados de los tres estamentos, aunque
la mayoría eran burgueses. En las Cortes de Cádiz se vieron representadas tres ideologías: los
liberales, que pretendían acabar con el Antiguo Régimen y eran muy numerosos debido al
asunto de los sustitutos gaditanos, ya que Cádiz era la ciudad más liberal de España; los
absolutistas, quienes querían mantener el Antiguo Régimen; y los renovadores o reformistas,
que buscaban hacer reformas sin romper con la tradición.
Las cortes se reunieron por primera vez el 24 de septiembre de 1810 en la Isla de León,
en el Teatro de San Fernando. Más tarde, se tuvieron que trasladar a la ciudad de Cádiz ,
donde la mayoría de las reuniones tuvieron lugar en el Oratorio de San Felipe Neri.
Sin embargo, todas estas medidas fueron suprimidas por Fernando VII a su llegada tras
la guerra.