UNIVERSIDAD NACIONAL

DE MOQUEGUA

ESCUELA PROFESIONAL DE
INGENIERIA AMBIENTAL

INFORME N° 01:
ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S

DOCENTE:
DR. Hebert Hernán Soto Gonzales

ESTUDIANTE:
CUTIRE VARGAS, MARIA FERNANDA

CURSO:
BIOTECNOLOGIA

CICLO:
VII Ciclo

Ilo, Perú
2021

1
Contenido
I. INTRODUCCION ......................................................................................... 3
II. OBJETIVOS ................................................................................................ 4
II.1 Objetivo General .............................................................................................. 4
II.2 Objetivos Específicos ................................................................................ 4
III. MARCO TEÓRICO ...................................................................................... 5
III.1 BIOEDIT ................................................................................................................ 5
III.2 SECUENCIAMIENTO DE ADN ........................................................................... 5
III.3 ALINEACIÓN DE SECUENCIAS DE ADN ......................................................... 5
III.4 ANALISIS DEL GEN 16S ...................................................................................... 5
IV. MATERIALES Y EQUIPOS ............................................................................. 7
V. METODOLOGIA .......................................................................................... 7
VI. RESULTADOS.............................................................................................. 10
VII. CONCLUSION ........................................................................................... 22
VIII.BIBLIOGRAFIA...................................................................................................23

2
I. INTRODUCCION
El ARN ribosómico 16S (ARNr 16S o ARNr 16S) es un componente de la
subunidad ribosómica procariota pequeña (30S) que se une a la secuencia de
Shine-Dalgarno. Los genes que lo codifican se denominan genes de ARNr 16S y
se utilizan para reconstruir la filogenia debido a su baja tasa de evolución. La
comparación de secuencias de ARNr 16S (o los genes que las codifican) puede
establecer relaciones filogenéticas existentes entre procariotas. Este hecho tuvo
un gran impacto en la taxonomía bacteriana, lo que resultó en el sistema de
clasificación actual y permitió una identificación rápida y precisa de las bacterias.
Las bacterias son microorganismos con una extraordinaria capacidad para
adaptarse a diferentes condiciones ambientales. Para comprender la naturaleza
de esta capacidad, es importante comprender su base genética, es decir, cómo
están compuestos, su información genética y cómo llevan a cabo y regulan su
expresión a través de su mecanismo de variación genética.

El programa que se ejecutará es el programa "BioEdit", que es un editor de

secuencias biológicas diseñado para manejar la mayoría de las funciones simples
de editar y manipular secuencias de proteínas y alineaciones de secuencias.
Durante el proceso de implementación, se analiza visualmente el cromatograma
para encontrar fácilmente algunos problemas comunes que pueden existir en la
secuencia. Aprendiendo a distinguir cuando el cromatograma es de buena calidad
(mostrando picos individuales y picos independientes).

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II. OBJETIVOS

II.1 Objetivo General

Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en
específico el estudio del gen ribosomal 16S.

II.2 Objetivos Específicos

 Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos
nucleicos.

 Utilizar datos del NCBI (Centro Nacional para la Información

Biotecnológica de los Estados Unidos).

 Manejar el software BioEdit.

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III. MARCO TEÓRICO

III.1 BIOEDIT
BioEdit es un programa de software que incorpora las herramientas que los científicos y
técnicos necesitan para realizar tareas específicas, como la manipulación de la
alineación de secuencias, el rastreo ABI o el análisis de ARN. BioEdit siendo además un
editor de alineación de secuencias biológicas. Una interfaz intuitiva para varios
documentos con prestaciones convenientes hace relativamente sencilla la alineación y
manipulación de secuencias en su computadora. Varias opciones de manipulación de
secuencias y análisis, además de enlaces a programas externos de análisis facilitan un
entorno de trabajo que le permite ver y manipular secuencias. (Software.informer,
2020).

III.2 SECUENCIAMIENTO DE ADN

El secuenciamiento de ADN determina el orden de las bases de un segmento específico
de ADN. Las técnicas de secuenciamiento se basan en el método de síntesis enzimática
o método de Sanger. La técnica de secuenciamiento de Sanger se basa en la propiedad
de la ADN polimerasa de sintetizar una copia complementaria de una cadena simple de
ADN molde a partir del uso de 2-3 - dideoxinucleótidos (ddNTPs) como substratos.

Los ddNTPs son análogos de nucleótidos que carecen de un OH en el Carbono 3 (C3),

los cuales una vez incorporados en la nueva cadena de ADN, la polimerasa no puede
incorporar bases adicionales al extremo de la cadena, deteniéndose la reacción de
síntesis (Figura 6 y 7). En esta técnica los dideoxinucleótidos actúan como terminadores
de la síntesis de ADN (Hardin, 2001; Wilton, 2002).

III.3 ALINEACIÓN DE SECUENCIAS DE ADN

Las secuencias de ADN y proteína definen la función de las proteínas en los
seres vivos. Cuando más similares sean dos secuencias más similares tenderán
a ser las funciones de las proteínas codificadas por ellas. Las secuencias de
un mismo gen en un conjunto de especies serán más distintas cuanto
más alejadas filogenéticamente estén las especies comparadas. Normalmente
dos secuencias tienen una alta similitud porque son homólogas, es decir
comparten un ancestro común. (Cañizares, Blanca, & Ziarsolo)

III.4 ANALISIS DEL GEN 16S

El 16S ARNr es un polirribonucleótido de aproximadamente 1.542 nucleótidos,
codificado por el gen 16S ARNr. El número de copias del operón ribosómico por
genoma bacteriano varía considerablemente encontrándose entre 1 y 15 copias.

5
El ARNr 16S se pliega en una estructura secundaria, caracterizada por la
presencia de segmentos de doble cadena, alternando con regiones de cadena
sencilla.

El gen 16S ARNr es altamente conservado, presentando regiones conservadas

comunes a todos los géneros bacterianos alternados de regiones variables
altamente específicas para la identificación de especies bacterianas (Téllez y
col., 2006) debido a esto es posible amplificarlo mediante el uso de cebadores
universales para todos los géneros bacterianos a partir de las regiones
conservadas.

Las regiones filo genéticamente informativas para la identificación bacteriana se

encuentran en las primeras 500 bases del extremo 5’ del gen (Tang, 2000; Patel,
2001). Actualmente existen bases de datos públicas y privadas, que almacenan
información de secuencias del gen 16S ARNr como GenBank NCBI (National
Center for Biotechnology lnformation), EMBL (European Molecular Biology
Laboratory), RDP (Ribosomal Database Project), RIDOM (Ribosomal
Differentiation of Medical Microorganisms), MicroSeq (Applied Biosystems) y
SmartGen e IDNS (Integrated Database Network System), siendo RDP
(Ribosomal Data Project) (http://rdp.cme.msu.edu/html/) la principal base de
datos de secuencias de genes ribosomales (16S, 23S. 18S y 28S) (Patel.2001;
Tang, 2000).

Sin embargo, solo la comparación de genomas completos, y no la comparación

de fragmentos y/o gen 16S ARNr completo aportan información exacta acerca
de las relaciones evolutivas e identificación bacteriana. Taxonómicamente, se
define una especie bacteriana como el conjunto de cepas que comparten una
similitud del 70% o más, en experimentos de re asociación ADN-ADN e identidad
mayor del 97% (Stackebrandt y Goebel, 1994)

6
IV. MATERIALES Y EQUIPOS
 Una laptop
 Software BioEdit
 Secuencias del Gen 16S
 Carpeta con muestra de la Secuencia

V. METODOLOGIA
METODOLOGIA BIOEDIT

1 Primero se necesita instalar el software BioEdit, debemos tenerla

instalada en nuestro equipo y lista para su ejecución.
2 Al tener el programa ya abierto, procedemos a ubicar nuestras carpetas
donde se encuentran nuestras secuencias de ADN.
3 Luego de ubicar las carpetas, debemos seleccionar la muestra con la
que vamos a trabajar. (una a una)

4 Después analizamos el cromatograma para poder identificar la calidad

de la secuencia analizada, clasificándola como buena, regular o mala.

7
5 A continuación exportamos los datos seleccionando lo siguiente en ese
mismo orden: File – Exportar Fasta – (Colocamos un nombre a nuestro
archivo) – Guardar.

6 Luego abrimos nuestro archivo guardado con el Blog de Notas.

7 Analizamos la secuencia que aparece en el Blog de Notas y procedemos

a eliminar lo que no es necesario.

8 Una vez eliminado lo que no es necesario, con la secuencia correcta

ayudándonos con el NCBI (Centro Nacional para la Información
Biotecnológica) podremos identificar el tipo de microorganismo.

9 Ingresamos a la página NCBI, hacemos clic en BLAST y vamos a copiar

la secuencia que corregimos para proceder con el análisis.

10 Hacemos clic en BLAST, de manera automática se hará un análisis de la

información insertada de la secuencia genómica, eligiendo el dato con
mayor porcentaje de identidad de la muestra.

8
11 Finalmente adjuntamos todos los datos obtenidos de cada una de las
secuencias y los plasmamos en una tabla de Excel clasificándolos.

9
VI. RESULTADOS
Resultados de 10 secuencias seleccionadas al azar.
 Muestra N° D09_4_07 Calidad de la Frecuencia: Mala

Cromatograma

 Muestra N° 07_419Y1_G01_13 Calidad de la Frecuencia: Regular

Cromatograma

10
 Muestra N° B11_18_03 Calidad de la Frecuencia: Mala

Cromatograma

 Muestra N° C10_11_06 Calidad de la Frecuencia: Buena

Cromatograma

11
 Muestra N° 13_483NZ_E02_10 Calidad de la Frecuencia: Regular
Cromatograma

 Muestra N° E08_13H_10 Calidad de la Frecuencia: Mala

Cromatograma

12
 Muestra N° 03_C03_05 Calidad de la Frecuencia: Regular
Cromatograma

 Muestra N° C07_3H_05 Calidad de la Frecuencia: Mala

Cromatograma

13
 Muestra N° D07_4H_07 Calidad de la Frecuencia: Mala
Cromatograma

 Muestra N° 05_88AZ_E01_09 Calidad de la Frecuencia: Regular

Cromatograma

14
 Muestra N° D08_12H_08 Calidad de la Frecuencia: Buena
Cromatograma

 Muestra N° C11_19_05 Calidad de la Frecuencia: Regular

Cromatograma

15
 Muestra N° E09_5_09 Calidad de la Frecuencia: Buena

Cromatograma

 Muestra N° C08_11H_06 Calidad de la Frecuencia: Buena

Cromatograma

16
 Muestra N° 14_F04_12 Calidad de la Frecuencia: Regular

Cromatograma

 Muestra N° 16_H04_16 Calidad de la Frecuencia: Regular

Cromatograma

17
 Muestra N° E07_5H_09 Calidad de la Frecuencia: Buena

Cromatograma

 Muestra N° C09_3_05 Calidad de la Frecuencia: Mala

Cromatograma

18
 Muestra N° H10_16_16 Calidad de la Frecuencia: Regular

Cromatograma

 Muestra N° D10_12_08 Calidad de la Frecuencia: Buena

Cromatograma

19
CUADRO N°1: Identificación y Análisis de las secuencias de ADN

20
21
VII. CONCLUSION

El programa BioEdit es una herramienta que nos ayuda a analizar

secuencias de ADN, de esta forma se pueden analizar cromatogramas para
determinar la calidad de las muestras, ya sean buenas, malas o regulares,
las diversas funciones de reconocimiento y comparación de secuencias de
ADN nos permiten comparar e identificar microorganismos de manera
sencilla y desde la comodidad de nuestro hogar con solo contar con el
software y las muestras a estudiar.

De la misma manera, durante el desarrollo del programa Bioedit se hizo uso

del NCBI (Centro Nacional de Información Biotecnológica), para poder
almacenar y actualizar constantemente la información sobre la secuencia
genética, y así poder determinar el tipo de microorganismo y el porcentaje
de identidad que la secuencia corresponde a la secuencia.

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VIII. BIBLIOGRAFIA

Betancor, L., Gadea, P., & Flores, K. (s.f.). Genética bacteriana.Obtenido

de http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/GeneticaBacteriana.pdf

Briceño, G. (2020).Euston Obtenido de Árbol filogenético:

https://www.euston96.com/arbol-filogenetico/

Cañizares, J., Blanca, J., & Ziarsolo, P.

(s.f.).Alineamiento de secuencias. Bioinformatics & genomics. Obtenido de
https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/index.htm

Stakebrandt E. and Goebel B.M.1994. Taxonomic note: A place for DNA-

DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species
definition in bacteriology. Int J Syst Bacteriol 44:846-9.

Tajima K., Aminov R., Nagamine T., Ogata K., Nakamura M., Matsui H.,
Benno Y. 1999. Rumen bacterial diversity as determined by sequence analysis
of 16S rDNA libraries. FEMS Microbiology Ecology 29:159-169

23