Bioinformática Clínica - Evidencia clase 30 de agosto

2023.
Cruz Zarabia Ana Daniela
20020676
Gen OmpA Salmonella
Nucleótidos

>KJ097415.1 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium strain ompA382 OmpA
(ompA) gene, partial cds

ATGAAAAAGACAGCTATCGCGATTGCAGTGGCACTGGCTGGTTTCGCTACCGTAGCGCAGGCCGCTCCGA

AAGATAACACCTGGTACGCTGGTGCTAAACTGGGCTGGTCTCAGTACCATGACACCGGCTTCATTCACAA

TGATGGCCCGACTCATGAAAACCAACTGGGCGCAGGTGCTTTTGGTGGTTACCAGGTTAACCCGTATGTT

GGCTTTGAAATGGGCTACGACTGGTTAGGCCGTATGCCGTACAAAGGCGACAACATCAATGGCGCTTATA

AAGCTCAGGGCGTTCAGTTGACCGCTAAACTGGGTTATCCAATCACTGACGATCTGGACGTTTATACCCG

TCTGGGTGGTATGGTATGGCGTGCAGACACCAAGTCTAACGTCCCTGGCGGCCCGTCTACTAAAGACCAC

GACACCGGCGTTTCCCCGGTATTCGCGGGCGGTATCGAGTATGCTATCACCCCTGAAATCGCAACCCGTC

TGGAATACCAGTGGACTAACAACATCGGTGATGCCAACACCATCGGCACCCGTCCGGACAACGGCCTGCT

GAGCGTAGGTGTTTCCTACCGTTTCGGCCAGCAAGAAGCTGCTCCGGTAGTAGCTCCGGCACCAGCTCCG

GCTCCGGAAGTACAGACCAAGCACTTCACTCTGAAGTCTGACGTACTGTTCAACTTCAACAAATCTACCC

TGAAGCCGGAAGGCCAGCAGGCTCTGGATCAGCTGTACAGCCAGCTGAGCAACCTGGATCCGAAAGACGG

TTCCGTTGTCGTTCTGGGCTTCACTGACCGTATCGGTTCTGACGCTTACAACCAGGGTCTGTCCGAGAAA

CGTGCTCAGTCTGTTGTTGATTACCTGATCTCCAAAGGTATTCCGTCTGACAAAATCTCCGCACGTGGTA

TGGGCGAATCTAACCCGGTTACCGGCAACACCTGTGACAACGTGAAACCTCGCGCTGCCCTGATCGATTG

CCTGGCTCCGGATCGTCGCGTAGAGATCGAAGTTAAAGGCGTTAAAGACGTGGTAACTCAGCCGCAGGCT

Aminoácidos

>NP_460044.1 putative membrane component hydrogenase [Salmonella enterica subsp. enterica

serovar Typhimurium str. LT2]

MKKTAIAIAVALAGFATVAQAAPKDNTWYAGAKLGWSQYHDTGFIHNDGPTHENQLGAGAFGGYQVNPYV
GFEMGYDWLGRMPYKGDNINGAYKAQGVQLTAKLGYPITDDLDVYTRLGGMVWRADTKSNVPGGPSTKDH

DTGVSPVFAGGIEYAITPEIATRLEYQWTNNIGDANTIGTRPDNGLLSVGVSYRFGQQEAAPVVAPAPAP

APEVQTKHFTLKSDVLFNFNKSTLKPEGQQALDQLYSQLSNLDPKDGSVVVLGFTDRIGSDAYNQGLSEK

RAQSVVDYLISKGIPSDKISARGMGESNPVTGNTCDNVKPRAALIDCLAPDRRVEIEVKGVKDVVTQPQA

Función:

Desempeña un papel en el mantenimiento de la posición de la pared celular de peptidoglicano en

el periplasma. Actúa como una porina de baja permeabilidad que permite la penetración lenta de
pequeños solutos; una puerta interna ralentiza el paso de solutos.

Requerido para la conjugación con plásmidos de tipo F; Probablemente sirve como receptor de
apareamiento en las células receptoras.

OmpD Salmonella
Nucleótidos

>NC_021870.1:1593978-1595066 Salmonella bongori N268-08, complete sequence

ATGAAACTTAAGTTAGTGGCAGTGGCAGTGACTTCCCTGTTGGCAGCAGGCGTGGTAAACGCAGCCGAGG

TATATAACAAAGACGGTAATAAACTGGATCTGTACGGCAAAGTTCATGCTCAGCATTATTTCTCTGATGA

TAACGGAAGTGATGGCGACAAAACTTACGCGCGACTGGGTTTTAAAGGCGAAACGCAGATCAACGACCAA

CTGACCGGTTTTGGTCAGTGGGAATATGAATTCAAAGGCAACCGTACTGAAAGCCAGGGTTCTGACAAAG

ATAAAACTCGTCTGGCGTTTGCTGGCCTGAAATTCGCTGACTACGGTTCTTTCGACTATGGCCGTAACTA

CGGCGTTGCTTACGACATCGGCGCATGGACCGACGTTCTGCCGGAATTCGGCGGCGACACCTGGACTCAG

GCTGATGTCTTCATGACTGGCCGTACTACTGGCGTTGCAACCTACCGTAACACTGACTTCTTCGGTCTGG

TTGATGGTCTGAATTTTGCCGCACAGTATCAGGGCAAAAACGACCGTGCCAATGCTTATGAGTCTAACGG

CGACGGTTTCGGTTTGTCCGCAACGTATGAATACGAAGGCTTTGGCGTAGGTGCGGCCTATGCGAAATCT

GACCGTACTAACAACCAGGTTAAAGCTGCAAGCAATCTGAACGCCGCAGGTAAAAATGCTGAAGTCTGGG

CTGCTGGCCTGAAATATGATGCGAACAACATCTACCTGGCGACGACCTACTCCGAAACGCTGAACATGAC

CAACTTCGGTGAAGATGCCGTAGGTAACGCGTTTATCGCAAACAAAACCCAGAACTTTGAAGCGGTTGCT

CAGTACCAGTTTGACTTCGGTCTGCGTCCATCTATCGCTTACCTGAAATCCAAAGGTAAAAACCTCGGTA

CTTTCGGTGACCAGGATCTGGTTGAGTACATCGATCTCGGCGCAACCTACTACTTCAACAAAAACATGTC

TACCTTCGTTGATTACAAAATCAACCTGCTGGACGACAGCAACTTCACCAAAGCAGCTAAAGTGTCTACC

GACAACATCGTTGCTGTTGGTCTGAACTATCAGTTCTAA
Aminoácidos

>WP_000769042.1 porin OmpD [Salmonella bongori]

MKLKLVAVAVTSLLAAGVVNAAEVYNKDGNKLDLYGKVHAQHYFSDDNGSDGDKTYARLGFKGETQINDQ

LTGFGQWEYEFKGNRTESQGSDKDKTRLAFAGLKFADYGSFDYGRNYGVAYDIGAWTDVLPEFGGDTWTQ

ADVFMTGRTTGVATYRNTDFFGLVDGLNFAAQYQGKNDRANAYESNGDGFGLSATYEYEGFGVGAAYAKS

DRTNNQVKAASNLNAAGKNAEVWAAGLKYDANNIYLATTYSETLNMTNFGEDAVGNAFIANKTQNFEAVA

QYQFDFGLRPSIAYLKSKGKNLGTFGDQDLVEYIDLGATYYFNKNMSTFVDYKINLLDDSNFTKAAKVST

DNIVAVGLNYQF

Función:

Forma poros que permiten la difusión pasiva de moléculas pequeñas a través de la membrana
externa.

EntA Staphylococcus aureus

Nucleótidos

>FJ495182.1 Staphylococcus aureus strain S6 enterotoxin A precursor (entA) gene, complete cds

ATGAAAAAAACAGCATTTACATTACTTTTATTCATTGCCCTAACGTGGACAACAAGTCCACTTGTAAATG

GTAGCGAGAAAAGCGAAGAAATAAATGAAAAAGATTTGCGAAAAAAGTCTGAATTGCAGGGAGCAGCTTT

AGGCAATCTTAAACAAATCTATTATTACAATGAAAAAGCTAAAACTGAAAATAAAGAGAGTCACGATCAA

TTTTTACAGCATACTATATTGTTTAAAGGCTTTTTTACAAATCATTCATGGTATAACGATTTATTAGTAG

ATTTTGATTCAAAGGATATTGTTGATAAATATAAAGGGAAAAAAGTAGACTTATATGGTGCTTATTATGG

TTATCAATGTGCGGGTGGTACACCAAACAAAACAGCTTGCATGTATGGTGGTGTAACGTTACATGATAAT

AATCGATTGACCGAAGAGAAAAAAGTGCCAATCAATTTATGGCTAGACGGTAAACAAAATACAGTACCTT

TGGAAACGGTTAAAACGAATAAGAAAAATGTAACTGTTCAGGAGTTGGATCTTCAAGCAAGACGTTATTT

ACAGGAAAAATATAATTTATATAACTCTGATGTTTTTGATGGGAAGGTTCAGAGGGGATTAATCGTGTTT

CATACTTCTACAGAACCTTCGGTTAATTACGATTTATTTGGTGCTCAAGGACAGAATTCAAATACACTAT

TAAGAATATATAGAGATAATAAAACGATTAACTCTGAAAACATGCATATTGATATATATTTATATACAAG

TTAA

Aminoácidos

>sp|P0A0L2|ETXA_STAAU Enterotoxin type A OS=Staphylococcus aureus OX=1280 GN=entA PE=1

SV=1
MKKTAFTLLLFIALTLTTSPLVNGSEKSEEINEKDLRKKSELQGTALGNLKQIYYYNEKAKTENKESHDQFLQHTILF
KGFFTDHSWYNDLLVDFDSKDIVDKYKGKKVDLYGAYYGYQCAGGTPNKTACMYGGVTLHDNNRLTEEKKVPI
NLWLDGKQNTVPLETVKTNKKNVTVQELDLQARRYLQEKYNLYNSDVFDGKVQRGLIVFHTSTEPSVNYDLFGA
QGQYSNTLLRIYRDNKTINSENMHIDIYLYTS

Función:

Enterotoxina estafilocócica que activa el sistema inmunológico del huésped uniéndose como
moléculas no procesadas al complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) de clase II y a
moléculas del receptor de células T (TCR).

A su vez, las ondas de activación celular, la producción de citocinas y la migración hacia el tejido
pulmonar y las vías respiratorias se producen a través de las células T.

También provoca el síndrome de intoxicación alimentaria estafilocócica. La enfermedad se

caracteriza por fiebre alta, hipotensión, diarrea, shock y, en algunos casos, la muerte (probable).