EJERCICIO PARA ENTREGAR TAR

CUESTIÓN 1:

¿Cuál sería la secuencia de los oligonucleótidos que se usarían para amplificar mediante PCR el
siguiente amplicón?

5’-NNNGGCCCACTTCACCGTACTAA-------- ACATCTGGCCTTGAAACCACNNN-3’
CCGGGTGAAGTGGCATGATT TGTAGACCGGAACTTTGGTG
GGCCCACTTCACCGTACTAA ACATCTGGCCTTGAAACCAC
5’ CACCAAAGTTCCGGTCTACA 3’
5´ GGCCACTTCACCGTACTAA-------------ACATCTGGCCTTGAAACCAC 3´
CUESTIÓN 2:

- Se ha secuenciado el genoma de un paciente que presenta dificultad respiratoria. Una de las

lecturas obtenidas ha rendido la siguiente secuencia (se representa en sentido 5’ -> 3’):
TAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG

GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGA

AGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTAT

CTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAA

GGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTC

¿A qué genoma y organismo se corresponde dicha secuencia?

Organismo

 Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2

Genoma

 Human/USA/CT-DPH-1183351001/2023 Poliproteína ORF1ab (ORF1ab), poliproteína

ORF1a (ORF1ab), glicoproteína de superficie (S), proteína ORF3a (ORF3a), proteína
de envoltura (E), glicoproteína de membrana (M), proteína ORF6 (ORF6), proteína
ORF7a (ORF7a) y genes ORF7b (ORF7b), cds completos; gen ORF8, secuencia
completa; y genes de la fosfoproteína (N) de la nucleocápside y de la proteína ORF10
(ORF10), cds completos.
CUESTIÓN 3:
- Una vez identificada la secuencia señalada en la Cuestión 2, diseñe dos pares de oligos para
analizar la expresión de este gen mediante qPCR, señalando las características de los cebadores
diseñados y comprobando su especificidad de anillamiento con la secuencia diana
correspondiente.

Características