Clase Introduccion Bioinformatica

Introducción a la Bioinformatica
Universidad Nacional Mayor de San Marcos

Facultad de Farmacía y Bioquímica
INTRODUCCIÓN A LA
BIOINFORMÄTICA
CHRISTIAN SOLIS CALERO

Biofaral@hotmail.com
Lima- Perú
2005
Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú
Facultad de Ciencias Biológicas. UNMSM, Junio 2005
INDICE
• Introducción
• Bioinformática
• Dominio de
aplicación
• Áreas de interés
• Tecnologías base
• Perspectivas

INTRODUCCIÓN

ERA GENÓMICA
ACTCGTCGTCGTCAATCCCGA
CTCGTCGTCGTCAATCCCGGT
ACTTCGACGTCACTGCGTACT
TCGACGTCACTGCACTCGTCG
TCGTCAATCCCGGTACTTCGA
CGTCACTGCACTCGTCGTCGT
PDB
NR CAATCCCGGTACTTCGACGTC
ACTGC
CAATCCCGGTACTTCGACGTC
ACTGC
ACTGC
ACTGC
Secuencias de DNA Estructuras de Proteínas

(16 770 000 registros) (18 283 registros)
EBI
>3913308-
Steroldemethylase
>3913308- MSAVALPRVSGGH
DEHGHLEEFRTDPIGLMQRVRDECGDVGTFQLAGKQ
Steroldemethylase
VVLLSGSHANEFFFRAGDDDLDQAKAYPFMTPIFGE
GVVFDASPERRKEMLHNAALRGEQMKGHAATIEDQV
Steroldemethylase
RRMIADWGEAGEIDLLDFFAELTIYTSSACLIGKKF
SteroldemethylaseMSAVALPRVSGGH
RDQLDGRFAKLYHELERGTDPLAYVDPYLPIESFRR
SWISS RRMIADWGEAGEIDLLDFFAELTIYTSSACLIGKKF
RDEARNGLVALVADIMNGRIANPPTDKSDRDMLDVL
IAVKAETGTPRFSADEITGMFISMMFAGHHTSSGTA
MED
PROT GVVFDASPERRKEMLHNAALRGEQMKGHAATIEDQV
SWTLIELMRHRDAYAAVIDELDELYGDGRSVSFHAL
RQIPQLENVLKETLRLHPPL
LINE
Secuencias-aminoácidos Bibliografia (documentos)

(109 798 registros) (10 millones)
ERA POST-GENÓMICA

¿Qué hacer ante esa información?
Enfoque
Traditional Enfoque a gran
•Consume escala
tiempo –Rápido
•Labor- –Eficiente
Intensiva
•Costoso –Económico
•Enfocado a –Basada en
la molécula Modelos
•Intuitivo –Sistematizado

Bioinformatica en las Noticias
Proteomica?
Genomica?
Bioinformatica?
Qué significa?
Qué es la Bioinformática?
Bioinformatica = Biología + Tecnología de la

Informacion
La Biología se está convirtiendo en una

Ciencia Informática?
Los métodos computacionales son

necesarios para analizar una
cantidad masiva de información que
proviene de los proyectos genómicos
y proteómicos.

BIOLOGÍA
Física &
La Química, 1950s
Bioinformática
es parte de una
nueva Biología Molecular
revolución en la Bioquímica
Biología Biofísica
Informática &
Estádistica, 1970s
BIOINFORMATICA

Bioinformática...

Qué es la Bioinformática?
Respuesta fácil -
Usar computadoras para
resolver problemas
biológicos
Respuesta complicada -
Técnicas computacionales para
manejar y análizar datos biológicos
y obtener conocimiento.

Biología in silico
in vivo, in vitro, …….. in silico
La Bioinformatica no es precisamente almacenar

información en el computador, o hacer más
rápido el procesamiento de datos en Biología
Con la bioinformatica, tu puedes hacer Hipótesis

Biológicas y probarlas in silico

Tradicionalmente...

Un Bioinformático simplemente...

La Bioinformática comprende tres subespecialidades:
-Desarrollo de Bases de datos / Dataminig

-Redes de Información
BIOINFORMATICA -Desarrollo de software para el procesamiento
de la información (imágenes)
Modelización y Simulación
BIOLOGIA !Sistemas de Vida Artificial
COMPUTACIONAL !Algoritmos genéticos
!Redes de neuronas artificiales
Sistemas computacionales basados en modelos

y materiales biológicos
BIOCOMPUTACIÓN
!Biochips
!Biosensores
!Algoritmos
!Redes neuronales
genéticos
!Computadoras basadas en DNA

DOMINIO DE APLICACIÓN

A nivel de DNA
Secuenciadores Cromatogramas
Secuencias

AIntroducción a la Bioinformatica
nivel de Proteína
>3913308-Sterol 14-alpha demethylase- (P450-14DM)

Secuencia MSAVALPRVSGGHDEHGHLEEFRTDPIGLMQRVRDECGDVGTFQLAGKQVVLLSGSHANE
FFFRAGDDDLDQAKAYPFMTPIFGEGVVFDASPERRKEMLHNAALRGEQMKGHAATIEDQ
de VRRMIADWGEAGEIDLLDFFAELTIYTSSACLIGKKFRDQLDGRFAKLYHELERGTDPLA
Aminoácidos YVDPYLPIESFRRRDEARNGLVALVADIMNGRIANPPTDKSDRDMLDVLIAVKAETGTPR
A) FSADEITGMFISMMFAGHHTSSGTASWTLIELMRHRDAYAAVIDELDELYGDGRSVSFHA
LRQIPQLENVLKETLRLHPPLIILMRVAKGEFEVQGHRIHEGDLVAASPAISNRIPEDFP
DPHDFVPARYEQPRQEDLLNRWTWIPFGAGRHRCVGAAFAIMQIKAIFSVLLREYEFEMA
QPPESYRNDHSKMVVQLAQPACVRYRRRTGV
ATOM 1 C ORG 1 0.506 -0.466 0.058 0.00 0.00

ATOM 2 C ORG 1 0.788 0.741 0.980 0.00 0.00
ATOM 3 C ORG 1 1.474 0.563 2.203 0.00 0.00
Estructura ATOM 4 C ORG 1 1.827 1.659 3.008 0.00 0.00
ATOM 5 C ORG 1 1.537 2.965 2.585 0.00 0.00
3D ATOM 6 C ORG 1 0.912 3.166 1.345 0.00 0.00
(Formato ATOM
ATOM
7
8
C
C
ORG
ORG
1
1
0.561
-0.620
2.065
-0.165
0.545
-0.950
0.00
0.00
0.00
0.00
PDB) ATOM 9 C ORG 1 -0.536 -0.528 -2.311 0.00 0.00
ATOM 10 C ORG 1 -1.604 -0.303 -3.195 0.00 0.00
ATOM 11 C ORG 1 -2.796 0.271 -2.728 0.00 0.00
ATOM 12 C ORG 1 -2.915 0.607 -1.371 0.00 0.00

Estructura 3D de
Proteina del
Estructuras
Mycobacterium
Secundarias
tuberculosis

Introducción
Información a lade
Bioinformatica
Expresión: MICROARRAYS
Información de
Intensidades en
cada chip de DNA
por cada spot
Estádistica

Introducción
Información a lade
Bioinformatica
Expresión: PROTEÓMICA
Información de
Intensidades en
cada spot del gel
pI, PM,
secuencias
N-terminal
Bases de
Db
Datos

¿Dónde esta
esa
información?
Bases de Datos
Biológicas

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

http://srs.ebi.ac.uk/

http://www.ebi.ac.uk/
EBI

Información actualizada
(GenBank)
Crecimiento
del GenBank
Year Base Pairs Sequences
2004 44,575 ’745,176 40’604,319
Revised: February 16, 2005.

Información
actualizada (Pdb) Crecimiento de PDB

Datos del día

PDB Holdings List:
31-May-2005
Molecule Type
Proteins,
Protein/Nucleic
Peptides, and Nucleic Acids Carbohydrates Total
Acid Complexes
Viruses
X-ray
Diffraction 24574 1172 806 11 26563
and other
NMR 3791 114 653 2 4560
Total 28365 1286 1459 13 31123

ÁREAS DE INTERÉS

Tópicos en Bioinformatica
Biología Computational
Aplicaciones Post-genómicas:
Bioinformatica y medicina
Bioinformatica y biodiversidad
Bioingenieria
Expresión geníca
Redes de genes (Gene Network)
Análisis de secuencias
Bioinformática estructural
Redes de estructuras (Structure Network)
Evolución Molecular
Gene finding.
Etc, etc…

¿Aplicaciones en la Biotecnología?
La Biotecnología al igual que la Bioinformática no es una

Ciencia, sino un conjunto de aplicaciones de
conocimientos procedentes de distintas áreas de las
ciencias y las ingenierías para la manipulación de los
organismos vivos con fines de interés humano.
Es una tecnología horizontal, ya

que la Biotecnología se aplica a
distintos sectores económicos,
tan diversos como la Sanidad
Humana y Animal, Suministros
para la Industria, la Agricultura y
Energético, entre otros.

Datos
INVESTIGACIÓN BIOINFORMÁTICA
BIOTECNOLÓGICA
Genómica Data mining
Algoritmia
Transcriptómica •Gene Finding
•Predicción de estructuras 3D
Proteómica •Búsqueda de mótivos

•Alineamiento Múltiple
•Filogenía molecular
Metabolómica
Desarrollo de la
Celómica estadística
Conocimiento
TECNOLOGÍAS BASE

Procesamiento Computacional
Procesamiento Procesamiento Procesamiento de

de SEÑALES de DATOS CONOCIMIENTO
MUESTRAS DATOS INFORMACION PREDICCION
Secuencia de Secuencia Secuencia de Estructura 3D

nucleótidos correspondiente aminoácidos de Proteína
(DNA) a un gen

Gestión de Datos:
Bases de datos;
Mediación-Integración de
bases de datos.
Reconocimiento de patrones.
Aprendizaje Automático
(machine learning):
Redes Neuronales,

Estadística:
Sistemas Expertos;
Minería de datos biológicos y

Texto;
Procesamiento de Imagen.
Procesamiento de Señales.
Computación de alto
rendimiento: Paralelismo y
mallas.

Un Ejemplo....
Minería de datos
Definición del Base de Selección
problema Datos de datos
Preprocesamiento
Análisis
Descubrimiento Interpretación y
generación de
de conocimiento conocimiento

Introducción
LIMITES DE a laLA
Bioinformatica
BIOINFORMÁTICA
-Data Mining
-Bases de datos relacionadas
•Secuencias de nucleótidos y de
Demasiada proteínas
•Vías metabólicas
Información •Referencias Bibliograficas
-Software especilaizado en linea
-Incrementar las velocidades de los

ordenadores (Se requieren grandes
Velocidad de las capacidades de cálculo)
Computadoras -Algoritmos eficientes
-Clusters de Computadoras
- Nuevos Algoritmos
*Agrupamineto de datos
(clustering)
Capacidad Predictiva *Tamizaje de datos
discutible -Desarrollo de la estadística
-Mejora de la tecnología experimental

PERSPECTIVAS

Introducción
RECURSOS a laGENÉTICOS
Bioinformatica

El Primer paso.....
- Generación de Marcadores
Moleculares
- Información de secuencia

AGRADECIMIENTOS
Universidad Internacional de Centro

Anadalucía Internacional de la Papa

Clase Introduccion Bioinformatica

Cargado por

Información del documento

Título original

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

Clase Introduccion Bioinformatica

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

Introducción a la Bioinformatica

Universidad Nacional Mayor de San Marcos

CHRISTIAN SOLIS CALERO

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Secuencias de DNA Estructuras de Proteínas

Secuencias-aminoácidos Bibliografia (documentos)

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

¿Qué hacer ante esa información?

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Bioinformatica en las Noticias

Bioinformatica = Biología + Tecnología de la

La Biología se está convirtiendo en una

Los métodos computacionales son

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

La Bioinformatica no es precisamente almacenar

Con la bioinformatica, tu puedes hacer Hipótesis

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

La Bioinformática comprende tres subespecialidades:

-Desarrollo de Bases de datos / Dataminig

Sistemas computacionales basados en modelos

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

>3913308-Sterol 14-alpha demethylase- (P450-14DM)

ATOM 1 C ORG 1 0.506 -0.466 0.058 0.00 0.00

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Year Base Pairs Sequences

2004 44,575 ’745,176 40’604,319

Revised: February 16, 2005.

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Datos del día

NMR 3791 114 653 2 4560

Total 28365 1286 1459 13 31123

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

La Biotecnología al igual que la Bioinformática no es una

Es una tecnología horizontal, ya

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Genómica Data mining

Proteómica •Búsqueda de mótivos

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Procesamiento Procesamiento Procesamiento de

MUESTRAS DATOS INFORMACION PREDICCION

Secuencia de Secuencia Secuencia de Estructura 3D

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Por: CHRISTIAN SOLIS CALERO – Centro Internacional de la Papa – Lima - Perú

Minería de datos biológicos y