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ANÁLISIS MANUAL TUTORIAL VERSIÓN 1.6

ANÁLISIS MANUAL TUTORIAL

VERSIÓN 1.6

ANÁLISIS MANUAL TUTORIAL VERSIÓN 1.6

INTRODUCCIÓN

Infinicyt TM es el software más potente para la integración de datos y el análisis multidimensional de datos procedentes de citometría de flujo.

Presenta un amplio rango de posibilidades en un número de dimensiones potencialmente infinito que incrementará la eficiencia en su laboratorio.

Este tutorial le mostrará cómo realizar un análisis sencillo utilizando Infinicyt TM .

Infinicyt TM le permitirá:

Fusionar diferentes archivos de datos de una o más muestras, realizando un análisis de múltiples archivos en un solo paso.

Representar información integrada de un modo sencillo con las herramientas más potentes de análisis con N-colores, estadísticas e informes.

En las páginas siguientes podrá ver el poder de esta herramienta de análisis de un modo bastante sencillo. En este tutorial encontrará varios ejemplos de análisis y los principales pasos de los que consta el análisis de los archivos; tras su lectura, será capaz de manejar Infinicyt TM .

su lectura, será capaz de manejar Infinicyt T M . Figura 1 Fecha de publicación: 19

Figura 1

OBTENCIÓN DE ARCHIVOS DE DATOS DE MUESTRA

Visite www.infinicyt.com y haga clic en Support Tutorials and Videotutorials Tutorials o use el acceso rápido a los tutoriales (Tutorials) en el menú inferior de la página de inicio.

( Tutorials ) en el menú inferior de la página de inicio. Figura 2. Descarga de

Figura 2. Descarga de archivos de muestra desde el directorio

Descargue el Tutorial de Análisis Manual (documento en PDF) y la carpeta con archivos de muestra (Sample Folder; 001 Tutorial), que contiene el archivo Tutorial.fcs.

Este archivo FCS pertenece a una sangre periférica patológica marcada con los siguientes anticuerpos conjugados con fluorocromos: CD8+IgL-FITC, CD56+IgK-PE, CD5-PerCP-Cy5.5, CD19+TCRgd-PE-Cy7, CD3-APC, CD38-APC-H7, CD20+CD4-PB and CD45-PO (tubo de screening de patologías linfoides de 8 colores).

Con estos marcadores seremos capaces de distinguir diferentes poblaciones, como leucocitos totales (CD45+), células T (CD3+\CD45+), células B (CD19+\CD45+) y células NK (CD56+\CD45+), además de otras subpoblaciones que veremos a lo largo de este tutorial.

En este archivo hay dos marcadores conjugados en el mismo fluorocromo para varias fluorescencias; esto sólo es posible porque cada uno de estos marcadores es específico para una población diferente. Por ejemplo, CD8 es un marcador específico para células T, mientras que IgL es un marcador para células B. Por tanto, al realizar el análisis de la muestra es posible identificar la expresión de un marcador específico de cada población modificando visibilidad de las poblaciones.

Paso 1: ABRIR Infinicyt TM

Una vez que esté instalado, abrimos Infinicyt TM haciendo doble-clic sobre el icono que aparece en el escritorio.

Paso 2: IR A LA OPCIÓN DE ANÁLISIS MANUAL

Manual Analysis

Al hacer clic sobre Análisis Manual, se abrirá una ventana de selección de archivo.

Manual , se abrirá una ventana de selección de archivo. Figura 3. Pantalla principal de Infinicyt

Figura 3. Pantalla principal de Infinicyt TM (Infinicyt v1.6)

Escogemos el archivo Tutorial.fcs (desde la carpeta en que se haya guardado) y hacemos clic en Seleccionar.

en que se haya guardado) y hacemos clic en Seleccionar . Figura 4. Ventana de selección

Figura 4. Ventana de selección de archivos

También podemos abrir directamente un archivo FCS con la opción de Análisis Manual arrastrando y soltando dicho archivo (“Drag & Drop”) desde la carpeta en que esté guardado al icono de Infinicyt TM que aparece en el escritorio.

CONSEJOS PARA EMPEZAR A ANALIZAR CON INFINICYT

Algunos diagramas de puntos (DotPlots) aparecerán abiertos por defecto. También se mostrarán la ventana de Análisis Manual y el Árbol de Poblaciones . Los datos aparecerán como puntos grises en los diagramas de puntos.

Secciones en la ventana de Análisis Manual:

La ventana de Análisis Manual mostrada en la figura 5 incluye la Barra de Menú de Infinicyt TM . Podemos controlar todo el programa desde esta ventana ya que desde aquí podemos seleccionar las estadísticas, distintos gráficos y diferentes vistas.

El Árbol de Poblaciones puede contener tantas categorías, leyendas y colores como necesitemos para clasificar las distintas poblaciones celulares. El diseño de un Árbol de Poblaciones apropiado es muy importante para conseguir una buena clasificación de nuestros eventos.

El Árbol de Poblaciones de la Figura 5 es el que aparece ligado al Perfil por defecto, pero el usuario puede personalizarlo por completo.

Véase Anexo 1 para obtener más información sobre el Árbol de Poblaciones.

obtener más información sobre el Árbol de Poblaciones. Figura 5. Ventana de Análisis Manual por defecto

Figura 5. Ventana de Análisis Manual por defecto

Si en algún momento, al hacer clic sobre alguna zona de la pantalla, los diagramas y la ventana de Análisis desaparecen, sólo hay que hacer clic sobre el botón de Análisis Manual y los datos aparecerán de nuevo en la pantalla. También puede utilizarse el atajo de teclado Ctrl+A.

Si se comete un error al dibujar una región o asignar una población, se pueden deshacer los cambios de edición en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual, seleccionando Edit Undo (Ctrl+Z).

EDITAR UN ÁRBOL DE POBLACIONES

Por defecto se muestran algunos diagramas de puntos y un Árbol de Poblaciones ya creado. En este capítulo aprenderemos cómo editar el Árbol de Poblaciones.

Eliminar todas las poblaciones

Haciendo clic-derecho sobre cualquiera de las poblaciones existentes (sobre la etiqueta en color) en el Árbol de Poblaciones, obtenemos el menú de poblaciones. En este menú encontramos la opción “Eliminar todas las poblaciones”; si hacemos clic en esta opción se eliminarán todas las poblaciones que estaban creadas.

se eliminarán todas las poblaciones que estaban creadas. Figura 6. Árbol de Poblaciones por defecto Si

Figura 6. Árbol de Poblaciones por defecto

Si se eliminan las poblaciones por error, se pueden volver a visualizar en el Árbol de Poblaciones seleccionando Edit Undo (Ctrl+Z).

Añadir y Editar una Población

Ahora crearemos un nuevo Árbol de Poblaciones. Hacemos clic-derecho sobre la población gris denominada “Eventos” y seleccionamos “Añadir población”.

Figura 7. Añadir una nueva población Asignar nombre y color a una población: Al seleccionar

Figura 7. Añadir una nueva población

Asignar nombre y color a una población:

Al seleccionar “Añadir población”, aparecerá un cuadro de diálogo:

- Escribimos el nombre “Leucocitos” en el cuadro Nombre, por ejemplo.

- Seleccionamos el color que deseamos asignar a la población entre los colores disponibles (podemos encontrar colores adicionales en las pestañas “Muestras”, “HSB” y “RGB”).

- Podemos destacar la población si queremos visualizar los puntos en un tamaño mayor. En este caso, dejaremos esa opción desactivada (Visualización normal).

dejaremos esa opción desactivada ( Visualización normal ). Figura 8. Ventana Añadir Población Cuando hayamos

Figura 8. Ventana Añadir Población

Cuando hayamos terminado, hacemos clic en “Aceptar” y una nueva población llamada “Leucocitos” aparecerá en azul en el Árbol de Poblaciones.

Figura 9. Árbol de Poblaciones con una nueva población añadida N N o o t

Figura 9. Árbol de Poblaciones con una nueva población añadida

NNoottaa ::

Si creamos una etiqueta de población por error, podemos eliminarla haciendo clic- derecho sobre la población en cuestión y seleccionando “Eliminar seleccionado”. Si queremos cambiar el nombre o el color de una determinada etiqueta, seleccionaremos “Editar población” o haremos doble-clic sobre la etiqueta a modificar.

Véase Manual de Usuario, capítulo 3, ventana de Análisis Manual, Árbol de Poblaciones, para más información.

Manual, Árbol de Poblaciones, para más información. Figura 10. Eliminar o editar poblaciones Fecha de

Figura 10. Eliminar o editar poblaciones

Añadir y editar subpoblaciones

Crearemos ahora una nueva población que dependerá de la población “Leucocitos”. Hacemos clic-derecho sobre la población de interés, en este caso, “Leucocitos” y seleccionamos “Añadir población”.

Leucocitos ” y seleccionamos “ Añadir población ”. Figura 11. Añadir Población Nombramos la nueva población

Figura 11. Añadir Población

Nombramos la nueva población como “Linfocitos”. Escribimos el nombre de la etiqueta en el cuadro Nombre, elegiremos un color (por ejemplo, verde) y aceptamos.

elegiremos un color (por ejemplo, verde) y aceptamos. Figura 12. Ventana Añadir Población Visualizar una

Figura 12. Ventana Añadir Población

Visualizar una subpoblación

Para visualizar la nueva población creada, hacemos clic en el símbolo izquierda de la etiqueta “Leucocitos”.

en el símbolo izquierda de la etiqueta “ Leucocitos ”. situado a la Fecha de publicación:

situado a la

Figura 13. Nueva población creada La población “ Linfocitos ” aparecerá subordinada a la población

Figura 13. Nueva población creada

La población “Linfocitos” aparecerá subordinada a la población “Leucocitos”.

aparecerá subordinada a la población “ Leucocitos ”. Figura 14. Nueva población creada (Linfocitos) subordinada

Figura 14. Nueva población creada (Linfocitos) subordinada a Leucocitos

Crear el resto de las poblaciones requeridas en este tutorial

Para crear las poblaciones solicitadas en este tutorial, seguiremos los pasos mostrados previamente; las poblaciones serán: “Células T”, “Células B” y “Células NK”, todas ellas dependientes de “Linfocitos”.

Hacemos clic derecho en la etiqueta “Linfocitos” y seleccionamos “Añadir población”; asignamos un nombre y un color a la nueva población de células T y aceptamos. Repetimos los mismos pasos para crear las poblaciones de células B y NK dependientes de la población “Linfocitos”.

Figura 15. Árbol de Poblaciones Resumen Hemos aprendido a configurar el Árbol de Poblaciones, añadir

Figura 15. Árbol de Poblaciones

Resumen

Hemos aprendido a configurar el Árbol de Poblaciones, añadir y eliminar poblaciones y crear subpoblaciones.

La forma en que creemos un Árbol de Poblaciones nos permitirá obtener porcentajes no sólo de los eventos totales, sino también de la población que nosotros consideremos que es nuestro 100% (importante para columna de % parcial).

CREAR DIAGRAMAS

Este paso en necesario para crear los gráficos adecuados para llevar a cabo el análisis.

Cerrar todos los diagramas

Por defecto, algunos de los diagramas se encuentran abiertos. Vamos a aprender a crear diagramas, por lo que primero cerraremos todos los gráficos que aparecen por defecto.

Existen dos formas de cerrar todos los diagramas:

1. Cerrando cada diagrama uno a uno en el botón de cierre del diagrama).

2. Cerrando todos los diagramas al tiempo con la opción “Cerrar Todos los Diagramas” disponible en “Diagramas” en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual (atajo de teclado Ctrl+B)

(barra superior

de Análisis Manual (atajo de teclado Ctrl+B ) (barra superior Fecha de publicación: 19 diciembre 2011.
Figura 16. Cerrar diagrama ❷ Crear nuevos diagramas Si queremos crear un nuevo diagrama (véase

Figura 16. Cerrar diagrama

Crear nuevos diagramas

Si queremos crear un nuevo diagrama (véase Manual de Usuario, capítulo 3, Barra de Menú de la ventana de Análisis Manual Diagramas), seleccionaremos Diagramas Nuevo Diagrama o usaremos el atajo de teclado Ctrl +D.

Nuevo Diagrama o usaremos el atajo de teclado Ctrl +D . Figura 17. Crear Nuevo Diagrama

Figura 17. Crear Nuevo Diagrama

Seleccionar Diagrama de Puntos, elegir 2D y aceptar.

Figura 18. Crear Nuevo Diagrama Por defecto, el programa generará un diagrama de puntos mostrando

Figura 18. Crear Nuevo Diagrama

Por defecto, el programa generará un diagrama de puntos mostrando FSC vs. SSC.

generará un diagrama de puntos mostrando FSC vs. SSC. Figura 19. Diagrama de puntos 2D por

Figura 19. Diagrama de puntos 2D por defecto, representando FSC vs.SSC

En este tutorial necesitaremos las siguientes combinaciones de diagramas de puntos:

FSC-A Linear\ SSC-A (ExpSSC LOW) *

CD45 PO \ SSC-A (ExpSSC LOW)

CD3 APC \ SSC-A (ExpSSC LOW)

CD56 + IgK PE \ SSC-A (ExpSSC LOW)

CD19 + TCRgd PE Cy7 \ SSC-A (ExpSSC LOW)

CD20 + CD4 PB \ SSC-A (ExpSSC LOW)

CD20 + CD4 PB \ CD8 + IgL FITC

CD8 + IgL FITC \ CD56 + IgK PE

*ExpSSC LOW es la transformación matemática que se elige para expandir los valores en la parte inferior de la escala de SSC.

Seleccionar los parámetros a mostrar

Repetiremos el paso para crear siete nuevos diagramas. Haciendo clic-derecho sobre las etiquetas de los ejes de cada gráfico podemos ver todos los parámetros del archivo. Elegiremos así el parámetro apropiado para cada eje.

Elegiremos así el parámetro apropiado para cada eje. Figura 20. Parámetros, ejes X e Y Ej.:

Figura 20. Parámetros, ejes X e Y

Ej.: Elegimos APC-A: CD3 en el eje X haciendo clic en el botón de selección del parámetro y el diagrama de puntos se actualizará.

Seguimos los pasos y , y configuramos todos los diagramas de puntos que hemos mencionado.

Figura 21. Cambio de parámetros N N o o t t a a : :

Figura 21. Cambio de parámetros

NNoottaa::

Si hacemos clic de nuevo en la etiqueta APC-A: CD3, podemos elegir la

representación “Logarithmic” (escala logarítmica, si los datos ya están compensados)

o “Logical” (representación lógica, que sólo está disponible cuando aparecen valores

negativos resultado de la aplicación de la compensación después de la adquisición en

el citómetro).

Mosaico

Los diagramas pueden solaparse. Para resolver esta situación, en la barra de menú de

la ventana de Análisis Manual seleccionamos Diagramas Mosaico (Ctrl+T).

El programa ordenará los gráficos por toda la pantalla de análisis aprovechando al máximo el espacio disponible. El usuario puede redimensionar los gráficos a su elección, pero también, moverlos y reorganizarlos; para ello sólo tiene que arrastrar el gráfico con el ratón y reubicarlo.

Figura 22. Mosaico (Ctrl+T) ❺ Redimensionar diagramas Al hacer clic una vez en la parte

Figura 22. Mosaico (Ctrl+T)

Redimensionar diagramas

Al hacer clic una vez en la parte superior del diagrama CD45 vs. SSC, seleccionamos dicho gráfico; al hacer clic dos veces, se muestra en modo pantalla completa.

Cuando hacemos clic-derecho en el área de trazado del gráfico desplegamos su menú contextual y podemos seleccionar Ventana Maximizar (Ctrl+Más) para ampliar el tamaño de la ventana. Para devolver el diagrama a su tamaño original, seleccionaremos en ese mismo menú Ventana Minimizar (Ctrl+Menos).

en ese mismo menú Ventana  Minimizar ( Ctrl+Menos ). Figura 23. Maximizar y minimizar ventana

Figura 23. Maximizar y minimizar ventana

Configuración de Etiqueta/Escala

Esta opción nos permite cambiar la configuración de las etiquetas y escalas que se aparecen en los diagramas. Existen varias formas de mostrar esta opción: haciendo doble-clic sobre la etiqueta del parámetro; haciendo clic-derecho sobre la etiqueta del parámetro y seleccionando “Configuración de Etiqueta/Escala”; o abriendo el menú contextual con clic-derecho sobre el área del gráfico y seleccionando Configuración de Diagrama Configuración de Etiqueta/Escala.

Véase Manual de Usuario, capítulo 2, Menú contextual de Diagramas Configuración de Diagramas Configuración de Etiqueta/Escala para una información más detallada sobre la configuración de etiqueta y escala.

A través de esta ventana podemos configurar por completo nuestras etiquetas, siendo posible cambiar el tipo de fuente, el color, el tamaño e incluso el texto en todos los diagramas.

ETIQUETA

Desde esta pestaña es posible cambiar la configuración de las siguientes etiquetas:

cambiar la configuración de las siguientes etiquetas: Figura 24. Ventana de Configuración de Etiqueta/Escala

Figura 24. Ventana de Configuración de Etiqueta/Escala

Etiquetas de diagramas: seleccionando esta opción podemos cambiar la configuración de las etiquetas presentes en el diagrama o diagramas seleccionados.

Etiquetas de parámetros: podemos cambiar la configuración de todas las etiquetas presentes en el archivo, pero también podemos elegir configurar sólo las etiquetas de ciertos parámetros.

Etiquetas de poblaciones: mediante esta opción podemos modificar la etiqueta asociada a una población en los Diagramas de Bandas por Población (véase Manual de Usuario, capítulo 3, Diagramas). Los cambios se aplicarán sólo a los diagramas y no al Árbol de Poblaciones, donde las etiquetas permanecerán inalteradas,

Otras etiquetas: mediante esta opción podemos modificar las etiquetas de Densidad y de Diagramas de Cajas.

Para estas etiquetas es posible configurar las siguientes opciones:

Configuración del texto

- Visualización de etiquetas:

- Etiqueta personalizable:

Podemos seleccionar qué elementos de la etiqueta

queremos mostrar: marcador, fluorescencia y/o representación; además, el orden de visualización de marcador y fluorescencia puede invertirse.

Podemos personalizar el texto que queremos mostrar

en una etiqueta.

Configuración del color

Opciones de fuente

En todas estas opciones siempre es posible restaurar los valores por defecto haciendo clic en el botón “Texto / Color / Fuente Defecto”, que se encuentra en la parte inferior de la ventana.

Paso 3: ANÁLISIS DE LA MUESTRA

Una vez que hemos creado los diferentes gráficos con los parámetros de interés y el Árbol de Poblaciones con sus correspondientes etiquetas y colores, comenzaremos el análisis de la muestra. Empezaremos con la caracterización de la población “Leucocitos”.

Dibujar regiones y asignar eventos a una población

Dibujamos una región con el ratón que rodee las células de interés en el diagrama de puntos 2D CD45 vs. SSC.

La línea marcada se cerrará automáticamente cuando soltemos el ratón. Los

eventos seleccionados aparecerán por defecto en negro. Al hacer clic en la etiqueta de “Leucocitos” del Árbol de Poblaciones, esto es, al asignar los eventos

a una población determinada, los eventos cambiarán de color

una población determinada, los eventos cambiarán de color Figura 25. Cómo dibujar una región y cómo

Figura 25. Cómo dibujar una región y cómo caracterizar una población

NNoottaa :

Si cometemos un error al dibujar una región o al asignar una población, podemos

ir al comando “Editar” en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual y seleccionar “Deshacer Dibujar Región” o “Deshacer Asignar Población” (Ctrl+Z), según cual sea la última acción realizada.

Figura 26. Deshacer la última acción realizada ❷ Ocultar poblaciones Si deseleccionamos la casilla VIS.

Figura 26. Deshacer la última acción realizada

Ocultar poblaciones

Si deseleccionamos la casilla VIS. (Visibilidad) correspondiente a la población “Eventos”, sólo estará visible la población de “Leucocitos” en los gráfico. Para mostrar de nuevo la población “Eventos” sólo tendremos que hacer clic de nuevo en la casilla VIS. de “Eventos” en el Árbol de Poblaciones.

casilla VIS. de “ Eventos ” en el Árbol de Poblaciones. Figura 27. Ocultar una población

Figura 27. Ocultar una población

Selección mediante regiones consecutivas

Infinicyt TM nos permite dibujar regiones consecutivas en diferentes gráficos para definir mejor una población.

La primera población que vamos a seleccionar de este modo son las células T. Para ello, dibujaremos una nueva región en el diagrama 2D FSC vs. SSC en la zona de linfocitos.

Figura 28. Región en linfocitos (FSC vs. SSC) Para definir mejor la población de linfocitos,

Figura 28. Región en linfocitos (FSC vs. SSC)

Para definir mejor la población de linfocitos, hacemos otra región en el diagrama 2D CD45 vs. SSC.

hacemos otra región en el diagrama 2D CD45 vs. SSC. Figura 29. Región en linfocitos (CD45

Figura 29. Región en linfocitos (CD45 vs. SSC)

Con los linfocitos seleccionados en el resto de los gráficos, dibujamos otra región en el diagrama 2D CD3: APC vs. SSC.

Figura 30. Región en células T (CD3 vs. SSC) En este punto, sólo los eventos

Figura 30. Región en células T (CD3 vs. SSC)

En este punto, sólo los eventos incluidos en las tres regiones que hemos dibujado están seleccionados. Asignamos estos eventos a la población de “Células T” haciendo clic sobre la etiqueta correspondiente en el Árbol de Poblaciones.

la etiqueta correspondiente en el Árbol de Poblaciones. Figura 31. Células T seleccionadas Después de seleccionar

Figura 31. Células T seleccionadas

Después de seleccionar la población de “Células T”, aprenderemos cómo analizar las subpoblaciones correspondientes dado que, como mencionamos con anterioridad, los marcadores específicos para dichas subpoblaciones están combinados con otros marcadores conjugados con el mismo fluorocromo.

Para ello, necesitaremos los siguientes diagramas:

CD20 + CD4 PB \ CD8 + IgL FITC

CD19 + TCRgd PE Cy7 \ SSC-A (ExpSSC LOW)

También necesitaremos añadir al Árbol de Poblaciones las siguientes cinco subpoblaciones que dependerán de la población “Células T”:

Figura 32. Subpoblaciones de células T en el Árbol de Poblaciones Antes de continuar con

Figura 32. Subpoblaciones de células T en el Árbol de Poblaciones

Antes de continuar con el análisis, dejaremos sólo visible la población de “Células T” (sólo tendremos esa población seleccionada en la casilla VIS. del Árbol de Poblaciones).

Posteriormente, realizaremos las siguientes regiones consecutivas con objeto de definir las subpoblaciones de “Células T”:

objeto de definir las subpoblaciones de “ Células T ”: Figura 33. Regiones consecutivas para definir

Figura 33. Regiones consecutivas para definir las subpoblaciones de células T

Una vez que hemos seleccionado la población “Células T CD4-/CD8-”, el siguiente paso es analizar las “Células T TCRgd”. Dejaremos sólo visible la población “Células T CD4-/CD8-”, haremos dos regiones consecutivas en CD19+TCRgd/SSC y CD3/SSC, como se muestra en la siguiente figura, y asignaremos a la población correspondiente:

Figura 34. Regiones consecutivas para definir la subpoblación de células T TCRgd N N o

Figura 34. Regiones consecutivas para definir la subpoblación de células T TCRgd

NNoottaass::

Si dibujamos una región que no es válida por algún motivo, podemos corregirla. Haciendo clic dentro de la región (antes de asignar la población), dicha región quedará seleccionada y podemos tanto moverla a través del gráfico como cambiar su tamaño. Podemos deshacer la última acción realizada con “Ctrl+Z” o rehacer con “Ctrl+Y”.

Continuamos con el análisis pero antes de clasificar otra población, ocultaremos las poblaciones de “Células T” y “Eventos” para facilitar el análisis.

Tras ello, repetiremos los pasos previos para definir la población de “Células B”, pero en este caso dibujando regiones en los siguientes diagramas de puntos 2D: FSC/SSC, CD45/SSC, CD19+TCR /SSC y CD20+CD4/SSC.

puntos 2D: FSC/SSC, CD45/SSC, CD19+TCR /SSC y CD20+CD4/SSC. Figura 35. Regiones consecutivas para definir la población

Figura 35. Regiones consecutivas para definir la población de células B

Del mismo modo que hemos trabajado con las subpoblaciones de “Células T”, vamos a aprender a analizar las subpoblaciones de “Células B”.

Dejaremos sólo visible la población de “Células B” y usaremos el siguiente diagrama para seleccionar las subpoblaciones:

CD8 + IgL FITC vs. CD56 + Ig K PE

Añadiremos al Árbol de Poblaciones las siguientes subpoblaciones dependientes de “Células B”: “Kappa” y “Lambda”.

de “ Células B ”: “ Kappa ” y “ Lambda ”. Figura 36.Árbol de Poblaciones

Figura 36.Árbol de Poblaciones mostrando las subpoblaciones de células B

Definiremos ambas subpoblaciones, “Kappa” y “Lambda”, dibujando dos regiones en CD8 + IgL vs. CD56 + IgK.

”, dibujando dos regiones en CD8 + IgL vs. CD56 + IgK . Figura 37. Células

Figura 37. Células B Kappa y Lambda

Realizaremos la misma operación para definir la población de “Células NK” (CD3- y

CD56+).

Resumen del análisis de la muestra

Tras definir todas las poblaciones, deberíamos tener una pantalla de análisis como la siguiente:

tener una pantalla de análisis como la siguiente: Figura 38. Pantalla de análisis Fecha de publicación:

Figura 38. Pantalla de análisis

Paso 4: ESTADÍSTICAS

En este punto, la muestra debería estar ya analizada. Por tanto, ahora nos centraremos en la ventana de Análisis Manual antes de crear el Informe.

Información estadística en el Árbol de Poblaciones

El Árbol de Poblaciones aporta información estadística sobre las poblaciones analizadas, tales como el número de eventos dentro de cada población, % total, % parcial, % visibilidad y Comentarios (véase Anexo 1 de este tutorial).

visibilidad y Comentarios (véase Anexo 1 de este tutorial). Figura 39. Ventana de Análisis Manual tras

Figura 39. Ventana de Análisis Manual tras el análisis

En la ventana de Análisis Manual hay diferentes columnas con información sobre las poblaciones:

Población: Muestra las poblaciones creadas con el color y la etiqueta seleccionadas por el usuario.

Eventos: Muestra el número de eventos que pertenecen a cada población. En nuestro ejemplo (Figura 39), tenemos 30.000 eventos totales y de ellos, 10574 corresponden a la población “Linfocitos”.

% Visibilidad: En esta columna se indica el porcentaje relativo de las poblaciones visualizadas en un momento concreto del análisis, siendo el 100% el total de las poblaciones mostradas.En nuestro ejemplo, si deseleccionamos la población “Eventos”, ésta tendrá una visibilidad del 0.0% mientras que “Leucocitos” tendrá un % de visibilidad del 100%; de este porcentaje, el 43.84% corresponderá a la población “Linfocitos” mientras que el 56.16% corresponderá a “Otros Leucocitos” (es decir, a eventos seleccionados como

Leucocitos” pero no asignados aún a ninguna población concreta; ej. neutrófilos, eosinófilos). Es importante recordar que el % Visibilidad está relacionado sólo con los eventos visibles en un momento determinado (i.e., marcados en la casilla VIS.) y no con el % total de eventos.

marcados en la casilla VIS.) y no con el % total de eventos. Figura 40. Columna

Figura 40. Columna % Visibilidad

% Parcial: En esta columna se indica el porcentaje de eventos atribuidos a una población en relación con el número total de eventos de la población considerada “jerárquicamente superior” en el diseño de nuestro Árbol de Poblaciones. Por ejemplo, “Linfocitos” es la población jerárquicamente superior a la que se subordinan las poblaciones “Células T”, “Células B” y “Células NK”; la suma de los % parciales de dichas poblaciones será el 100%.

suma de los % parciales de dichas poblaciones será el 100%. Figura 41. Columna % Parcial

Figura 41. Columna % Parcial

% Total: Esta columna muestra el porcentaje que representa cada población en relación con el número total de eventos incluidos en el archivo de datos.

número total de eventos incluidos en el archivo de datos. Figura 42. Columna % Total El

Figura 42. Columna % Total

El formato en que se muestran las estadísticas en relación con el separador decimal, separador en archivos CSV y número de decimales es configurable.

Para ello, iremos a la barra de menú de la ventana de Análisis Manual y seleccionaremos: Estadísticas Configuración Formato, donde podremos configurar las opciones mencionadas. El nuevo formato se aplicará a todos los valores que se muestran tanto en las columnas de la ventana de Análisis Manual como las que aparecen en el Informe (véase Manual de Usuario, capítulo 2, Perfil).

el Informe (véase Manual de Usuario, capítulo 2, Perfil). Figura 43. Configuración de las estadísticas Fecha

Figura 43. Configuración de las estadísticas

Comentarios: Podemos añadir comentarios acerca de los parámetros de una determinada población. Para ello, haremos clic sobre la etiqueta correspondiente de la columna “Comentarios” y aparecerá la ventana de Comentarios donde podremos escribir las anotaciones pertinentes. Cuando se añadan comentarios, aparecerá un símbolo de información en la etiqueta de la población correspondiente. Estos comentarios quedarán guardados y se mostrarán cada vez que hagamos clic sobre la etiqueta; además, están disponibles para incluirse en el Informe.

además, están disponibles para incluirse en el Informe. Figura 44. Comentarios Fecha de publicación: 19 diciembre

Figura 44. Comentarios

Paso 5: INFORME

El Informe es un elemento esencial en el análisis que forma parte del Perfil. Una vez que se ha completado el análisis, es posible diseñar un resumen personalizado de toda la información que puede imprimirse y guardarse. El informe del análisis se actualizará cada vez que se cargue un nuevo archivo con el mismo Perfil.

Infinicyt TM facilita al usuario la posibilidad de editar un informe de forma sencilla, incluyendo diferentes elementos como gráficos, cuadros de estadísticas, texto, imágenes y otros elementos que el usuario quiera añadir.

Crear un informe

Para iniciar la edición del informe seleccionaremos Archivo Informe en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual y se abrirá la hoja del informe.

de Análisis Manual y se abrirá la hoja del informe. Figura 45. Apertura de la hoja

Figura 45. Apertura de la hoja de informe

Este es un ejemplo de informe final:

Este es un ejemplo de informe final: Figura 46. Ejemplo de un informe final Fecha de

Figura 46. Ejemplo de un informe final

Los principales componentes que pueden añadirse y configurarse en la hoja del informe son los siguientes:

1.- Imágenes, dibujos o logos

2.- Texto

3.- Datos de la muestra o del paciente

4.- Árbol de Poblaciones con estadísticas

5.- Diagramas

6.- Fecha

7.- Compass

Eliminar Componente

Haciendo clic-derecho sobre los componentes del informe y seleccionando “Eliminar Componente”, podemos eliminarlos uno a uno. Si eliminamos los componentes que aparecen en el informe por defecto, podremos crear nuevos componentes para diseñar nuestro propio modelo de informe.

componentes para diseñar nuestro propio modelo de informe. Figura 47. Eliminar Componente ❸ Añadir Componente

Figura 47. Eliminar Componente

Añadir Componente

Haciendo clic-derecho en el área libre de la Hoja de Informe y seleccionando “Añadir Componente”, podemos añadir tantos componentes como queramos.

”, podemos añadir tantos componentes como queramos. Figura 48.Añadir Componente Fecha de publicación: 19

Figura 48.Añadir Componente

Añadir Componente Imagen

Haciendo clic-derecho en el área libre de la Hoja de Informe y seleccionando Elegir un Componente Imagen, podremos seleccionar una imagen o un logo desde nuestro ordenador.

seleccionar una imagen o un logo desde nuestro ordenador. Figura 49. Añadir Componente Imagen Añadir Componente

Figura 49. Añadir Componente Imagen

Añadir Componente Texto

Haciendo clic-derecho en el área libre de la Hoja de Informe y seleccionando Elegir un Componente Texto, podemos añadir un texto personalizado, cambiando la fuente, el color y el alineamiento a nuestra elección.

la fuente, el color y el alineamiento a nuestra elección. Figura 50. Añadir Componente Texto Fecha

Figura 50. Añadir Componente Texto

Añadir Componente Datos

Para añadir un componente Datos, haremos clic-derecho en el área libre de la Hoja de Informe y seleccionaremos Elegir un Componente Datos. Esta opción nos permitirá añadir información sobre la muestra y/o paciente. Aparecerán una serie de campos por defecto; para configurar nuestro Informe podemos añadir nuevos campos (diseñándolos nosotros mismos con el botón “Añadir” que se encuentra en la parte inferior de la ventana con el botón o importándolos desde el fichero FCS, como veremos más adelante) o eliminar

desde el fichero FCS, como veremos más adelante) o eliminar campos (con el botón ). Figura

campos (con el botón ).

veremos más adelante) o eliminar campos (con el botón ). Figura 51. Ventana de datos Añadir

Figura 51. Ventana de datos

Añadir información FCS: También es posible incluir información que se encuentra almacenada en los archivos FCS. Para ello, seleccionaremos la opción “Añadir información FCS” en la ventana de Datos y se abrirá otra ventana con la información interna del archivo FCS. Marcaremos las casillas correspondientes a los parámetros que queremos incluir en la caja de datos y aceptaremos.

que queremos incluir en la caja de datos y aceptaremos. Figura 52. Ventana de Configuración Fecha

Figura 52. Ventana de Configuración

Podemos configurar un campo con información interna incluida en el fichero FCS, como por ejemplo el nombre del paciente, fecha de adquisición, nombre del instrumental, etc. Al abrir otro fichero empleando este mismo Perfil, la información se actualizará automáticamente con los datos del nuevo archivo.

Añadir Componente Árbol de Poblaciones

Haciendo clic-derecho en el área libre del informe y seleccionando Añadir Componente Árbol de Poblaciones, obtendremos la lista de poblaciones localizadas en el Árbol de Poblaciones.

de poblaciones localizadas en el Árbol de Poblaciones. Figura 53. Seleccionar población Haciendo doble-clic sobre

Figura 53. Seleccionar población

Haciendo doble-clic sobre la tabla de poblaciones que se ha creado, se abrirá un menú. Esta ventana nos permitirá seleccionar tanto la población como los parámetros que queremos mostrar en el informe; en este caso mostraremos sólo las poblaciones con eventos (“Seleccionar solo poblaciones con eventos”).

eventos (“ Seleccionar solo poblaciones con eventos ”). Figura 54. Menú pop-up del Componente Población Fecha

Figura 54. Menú pop-up del Componente Población

Haciendo clic en el símbolo de una población podemos seleccionar los parámetros estadísticos de dicha

Haciendo clic en el símbolo de una población podemos seleccionar los parámetros estadísticos de dicha población que queremos mostrar en el informe.

de dicha población que queremos mostrar en el informe. Figura 55. Selección de poblaciones y parámetros

Figura 55. Selección de poblaciones y parámetros

Seleccionar Información Estadística

La información estadística de los parámetros que queremos que sea mostrada en el componente Población del informe puede seleccionarse en el campo “Columnas”.

informe puede seleccionarse en el campo “ Columnas ”. Figura 56. Seleccionar información estadística de los

Figura 56. Seleccionar información estadística de los parámetros

Una vez seleccionadas las poblaciones, los archivos (sólo para archivos fusionados o calculados) y las estadísticas, pulsamos Aceptar.

Añadir Componente Diagrama

Seleccionamos Añadir Componente Diagrama.

Diagrama Seleccionamos Añadir Componente  Diagrama . Figura 57. Seleccionar Diagrama Al seleccionar esta opción,

Figura 57. Seleccionar Diagrama

Al seleccionar esta opción, se abrirá una ventana de configuración de Diagramas para poder editarlos. El ejemplo que realizaremos en este tutorial es el siguiente: Diagrama de Puntos 2D con CD3 en el eje Y y CD19+TCR en el eje X, como se describe en el siguiente apartado.

en el eje X, como se describe en el siguiente apartado. Figura 58. Ventana de Configuración

Figura 58. Ventana de Configuración de Diagrama

Editar Diagramas en el Informe

1. Seleccionamos el tipo de gráfico que deseamos insertar en el informe. En este caso, seleccionaremos un Diagrama de Puntos 2D.

En este caso, seleccionaremos un Diagrama de Puntos 2D. Figura 59. Selección de tipo de diagrama

Figura 59. Selección de tipo de diagrama

2. Después seleccionamos los parámetros que queremos representar en los ejes del gráfico.

que queremos representar en los ejes del gráfico. Figura 60. Selección de los parámetros de los

Figura 60. Selección de los parámetros de los ejes

3. Configuramos las opciones de etiqueta y escala.

los ejes 3. Configuramos las opciones de etiqueta y escala. Figura 61. Configuración de Etiqueta/Escala 4.

Figura 61. Configuración de Etiqueta/Escala

4. Configuramos las opciones de visualización.

4. Configuramos las opciones de visualización. Figura 62. Configuración de la visualización de la

Figura 62. Configuración de la visualización de la población

Añadir Componente Compass

Seleccionamos Añadir Componente Compass.

Compass Seleccionamos Añadir Componente  Compass . Figura 63. Seleccionar Compass Al seleccionar esta

Figura 63. Seleccionar Compass

Al seleccionar

esta opción,

se abrirá una

ventana de configuración del

diagrama.

abrirá una ventana de configuración del diagrama. Figura 64. Ventana de Configuración de Diagrama Compass

Figura 64. Ventana de Configuración de Diagrama Compass

Disponemos de varias opciones de configuración:

1. Seleccionamos la población que queremos comparar con nuestra base de datos.

población que queremos comparar con nuestra base de datos. Figura 65. Seleccionar Población a comparar 2.

Figura 65. Seleccionar Población a comparar

2. En caso de estar trabajando con un archivo fusionado (véase tutorial Fusión de Archivos), podremos seleccionar los archivos que queremos mostrar en el diagrama mediante la opción “Mostrar archivo”.

en el diagrama mediante la opción “ Mostrar archivo ”. Figura 66. Seleccionar Mostrar archivo Fecha

Figura 66. Seleccionar Mostrar archivo

3.

Configuramos las opciones de etiqueta y escala.

3. Configuramos las opciones de etiqueta y escala. Figura 67. Seleccionar Mostrar archivo 4. Podemos imprimir

Figura 67. Seleccionar Mostrar archivo

4. Podemos imprimir las Comparativas (diagramas comparativos) correspondientes, todos (“Todas las Comparativas”) o solo los relevantes (“Comparativas Relevantes”). Estos diagramas no se previsualizarán en el Informe, pero sí aparecerán al imprimirlo o al exportarlo a cualquiera de los formatos disponibles.

o al exportarlo a cualquiera de los formatos disponibles. Figura 68. Seleccionar Imprimir Comparativas N N

Figura 68. Seleccionar Imprimir Comparativas

NNoottaa :: La opción “Añadir Componente Compass” sólo estará disponible si tenemos abierta la herramienta Compass en Análisis Manual. En caso contrario, obtendremos el siguiente aviso:

Manual. En caso contrario, obtendremos el siguiente aviso: Figura 69. Aviso Compass está cerrado Para más

Figura 69. Aviso Compass está cerrado

Para más información, véase tutorial “Compass”.

Guardar y cerrar el informe

Seleccionando el menú “Archivo”, en la parte superior izquierda de la ventana del Informe, podemos “Imprimir” el informe, o “Exportar a XML / Imagen / PDF”.

Para una información más detallada sobre la exportación en XML, véase Manual de Usuario, capítulo 7, Exportar Archivo.

véase Manual de Usuario, capítulo 7, Exportar Archivo. Figura 64. Guardar e Imprimir el Informe Si

Figura 64. Guardar e Imprimir el Informe

Si cerramos el informe (Archivo Salir), la ventana de Análisis Manual aparece de nuevo. La configuración del informe se guarda como parte del Perfil. La información incluida se actualiza automáticamente si hacemos modificaciones en el Análisis Manual o bien con los nuevos datos si abrimos otro fichero diferente con el mismo Perfil.

Podemos encontrar información más detallada sobre el Informe en el Manual de Usuario, capítulo 3.

Paso 6: GUARDAR PERFIL

En función del tipo de estudio que estemos llevando a cabo, puede ser de utilidad trabajar siempre con la misma configuración de Árbol de Poblaciones, Diagramas, etc.

Cuando guardamos un Perfil estamos guardamos las opciones definidas para nuestro análisis:

Árbol de Poblaciones

Tipo de Gráficos

Configuración de los parámetros estadísticos

Informe

Imagen de Referencia

Estrategia de Análisis

Etc.

Para guardar el Perfil, en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual seleccionaremos Perfil Guardar Perfil.

Elegiremos un nombre y una carpeta para salvar el Perfil y aceptamos. El nuevo Perfil se guardará en formato .inp (Perfil Infinicyt TM ).

guardará en formato .inp (Perfil Infinicyt T M ). Figura 65. Guardar Perfil Fecha de publicación:

Figura 65. Guardar Perfil

Paso 7: SALVAR ARCHIVO ANALIZADO

Utilizamos esta opción cuando queremos guardar el análisis de un fichero.

Para guardar un archivo analizados, en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual seleccionaremos Archivo Guardar Archivo Analizado. El programa abrirá una ventana donde podremos elegir el nombre del archivo analizado y el directorio donde queremos salvarlo. El formato de estos ficheros es formato .cyt. El archivo de datos originales permanecerá en la misma carpeta de origen porque el archivo .cyt no afecta al archivo original.

Un archivo .cyt incluirá el análisis de las poblaciones con los colores correspondientes, diagramas, estadísticas, informe y toda la información incluida en el Perfil durante el análisis del archivo.

incluida en el Perfil durante el análisis del archivo. Figura 66. Guardar Archivo Analizado Cuando guardamos

Figura 66. Guardar Archivo Analizado

Cuando guardamos un archivo analizado, tenemos la posibilidad de crear archivos anónimos. Para ello, hacemos clic en la casilla correspondiente (“Anónimo”) y se activará el botón “Configuración”; seleccionando esta opción podemos configurar los parámetros que queremos eliminar cuando guardemos el archivo anónimo. El archivo se guardará excluyendo toda la información relativa a la identificación del mismo.

la información relativa a la identificación del mismo. Figura 67. Anonimizar Archivos Fecha de publicación: 19

Figura 67. Anonimizar Archivos

INFORMACIÓN ADICIONAL

ANEXO 1: Componentes de la ventana de Análisis

INFORMACIÓN DE LA VENTANA DE ANÁLISIS

En

información:

el

Árbol

de

Poblaciones

hay

varias

columnas

que

muestran

la

siguiente

de Poblaciones hay varias columnas que muestran la siguiente Eventos : Información sobre el número de

Eventos: Información sobre el número de eventos incluidos en cada grupo o población.

% Total: Información sobre el porcentaje que representa cada grupo en relación con el

número total de eventos incluidos en el archivo de datos.

% Parcial: Información sobre el porcentaje de eventos atribuidos a una población dada

en relación con el número total de eventos de la población considerada “jerárquicamente superior” a dicha población.

% Visibilidad: Información sobre el porcentaje de cierta población en relación con el

número de eventos visualizados en un momento concreto del análisis. Recordemos que podemos marcar la casilla “VIS.” o no para visualizar o no una determinada población; por tanto, la columna “% Visibilidad” dependerá siempre de la visibilidad de las poblaciones.

Comentarios: En esta columna podemos escribir comentarios sobre una determinada población; éstos aparecerán en el informe.

Revisión : Desde esta columna podemos revisar el análisis de cada población haciendo clic en el icono lupa que aparece junto a la población que queremos revisar.

Haciendo clic-derecho sobre cualquiera de estas columnas podemos seleccionar qué columnas queremos visualizar u ocultar en la ventana de Análisis Manual.

visualizar u ocultar en la ventana de Análisis Manual. ESTADÍSTICAS DE LOS PARÁMETROS Haciendo clic en

ESTADÍSTICAS DE LOS PARÁMETROS

Haciendo clic en el componente “Estadísticas” de la barra de menú, aparecerá un menú con tres opciones:

de la barra de menú, aparecerá un menú con tres opciones: Fecha de publicación: 19 diciembre

Opciones Estadísticas:

1. Mostrar Estadísticas: Al hacer clic sobre este componente, se mostrarán las estadísticas de los parámetros en el Árbol de Poblaciones.

de los parámetros en el Árbol de Poblaciones. 2. Exportar Estadísticas : Esta opción nos permite

2. Exportar Estadísticas : Esta opción nos permite exportar las estadísticas en formato hoja de cálculo (.csv). Al seleccionar “Exportar Estadísticas” se abrirá una nueva ventana que nos permitirá configurar la exportación; trabaja del mismo modo que el componente “Población” del informe (véase página 36 de este tutorial).

Si desplegamos el menú de la parte superior de la ventana, podremos seleccionar varias opciones,

Si desplegamos el menú de la parte superior de la ventana, podremos seleccionar varias opciones, entre ellas “Seleccionar solo poblaciones con eventos”; con esta opción seleccionaremos sólo las poblaciones que ya han sido analizadas para exportar sus estadísticas.

que ya han sido analizadas para exportar sus estadísticas. Es posible seleccionar los parámetros estadísticos que

Es posible seleccionar los parámetros estadísticos que queremos exportar; las opciones a seleccionar están enumeradas en el campo “Columnas”: Eventos, % Total, % Parcial, Media, SD, Moda, CV, etc.

También es posible guardar la configuración de las estadísticas exportadas; asignamos un nombre a la

También es posible guardar la configuración de las estadísticas exportadas; asignamos un nombre a la nueva configuración y guardamos.

asignamos un nombre a la nueva configuración y guardamos. Al hacer clic en nombrar el archivo
asignamos un nombre a la nueva configuración y guardamos. Al hacer clic en nombrar el archivo

Al hacer clic en

nombrar el archivo (que se guarda en formato .csv) y elegir el directorio donde se salvarán las estadísticas exportadas.

, aparece una ventana de diálogo en el que podremos

, aparece una ventana de diálogo en el que podremos Fecha de publicación: 19 diciembre 2011.

3. Configurar Estadísticas: Esta opción nos permitirá configurar las estadísticas que se muestran, tanto las funciones que aparecen en el Árbol de Poblaciones como el formato de las mismas. Cuando seleccionamos esta opción en la ventana de Configuración, se abrirá un cuadro de diálogo en el que podemos seleccionar dichas opciones.

de diálogo en el que podemos seleccionar dichas opciones. Cada columna muestra las estadísticas de cada

Cada columna muestra las estadísticas de cada parámetro para cada población. Las columnas pueden abrirse o cerrarse para ver los datos seleccionados; para ello, haremos clic sobre la etiqueta del parámetro de la columna para abrir y clic para cerrar.

del parámetro de la columna para abrir y clic para cerrar. Fecha de publicación: 19 diciembre

Para visualizar las estadísticas de todos los parámetros al mismo tiempo, podemos hacer clic-derecho sobre cualquier etiqueta de parámetro para mostrar el menú contextual y seleccionar “Expandir Estadísticas”; si queremos cerrar todas las estadísticas seleccionaremos “Colapsar Estadísticas”.

seleccionaremos “ Colapsar Estadísticas ”. Comentarios Para escribir comentarios sobre los parámetros,

Comentarios

Para escribir comentarios sobre los parámetros, haremos clic sobre la etiqueta “Comentarios” correspondiente. Estos comentarios se podrán incluir en el informe.

Estos comentarios se podrán incluir en el informe. Fecha de publicación: 19 diciembre 2011. Edición 01

ANEXO 2: GUARDAR Y APLICAR ESTRATEGIAS

GUARDAR ESTRATEGIAS

Una vez que hayamos analizado nuestras poblaciones, podemos guardar la estrategia que hemos empleado para dibujar las regiones.

Para ello, seleccionaremos Perfil Guardar Estrategia de Análisis en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual.

en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual. Se abrirá un cuadro de

Se abrirá un cuadro de diálogo para que asignemos un nombre a nuestra estrategia.

diálogo para que asignemos un nombre a nuestra estrategia. Esta nueva Estrategia de Análisis quedará guardada

Esta nueva Estrategia de Análisis quedará guardada en el Perfil actual.

Para revisar la estrategia, seleccionaremos Perfil Configuración en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual. Se abrirá una ventana con las opciones de Configuración. Si seleccionamos “Regiones y Estrategias” podremos revisar las estrategias de análisis guardadas.

Fecha de publicación: 19 diciembre 2011. Edición 01 55
Fecha de publicación: 19 diciembre 2011. Edición 01 55

También es posible guardar una secuencia de las regiones dibujadas antes de asignar los eventos a una población. Para ello, dibujaremos la región que deseamos salvar y antes de asignar los eventos, seleccionamos Perfil Guardar Estrategia de Análisis Regiones.

 Guardar Estrategia de Análisis  Regiones . También en este caso pueden revisarse en Perfil

También en este caso pueden revisarse en Perfil Configuración Regiones y estrategias.

APLICAR ESTRATEGIAS

Para aplicar una estrategia de análisis previamente guardada, abriremos el archivo al queremos aplicar la estrategia y seleccionamos Perfil Cargar Estrategia de Análisis en la barra de menú de la ventana de Análisis Manual. Aparecerá una ventana en la que podemos seleccionar la estrategia guardada que queremos aplicar.

seleccionar la estrategia guardada que queremos aplicar. Fecha de publicación: 19 diciembre 2011. Edición 01 56

La estrategia de análisis seleccionada se aplicará al nuevo archivo no analizado.

seleccionada se aplicará al nuevo archivo no analizado. Podemos comprobar que las regiones aplicadas sean correctas

Podemos comprobar que las regiones aplicadas sean correctas haciendo clic en la lupa que aparece junto a cada población. Aparecerán destacadas las regiones empleadas para seleccionar la población en los diagramas correspondientes y estas regiones pueden modificarse si se considera necesario.

estas regiones pueden modificarse si se considera necesario. Coincidencia de Parámetros Infinicyt T M sólo aplica

Coincidencia de Parámetros

Infinicyt TM sólo aplica las Estrategias de Análisis guardadas si los parámetros de ambos archivos son coincidentes, lo que implica que los parámetros de ambos archivos no sólo tienen que ser los mismos, sino que deben estar escritos de la misma forma.

Si las etiquetas no están escritas exactamente igual, Infinicyt TM nos sugerirá opciones para hacer coincidir los parámetros.

En nuestro ejemplo, los parámetros que aparecen en el archivo 1, donde se ha creado la estrategia, son los siguientes:

1, donde se ha creado la estrategia, son los siguientes: Los parámetros que aparecen en el

Los parámetros que aparecen en el archivo 2, en el cual vamos a aplicar la estrategia guardada, son los siguientes:

vamos a aplicar la estrategia guardada, son los siguientes: Si nos fijamos en ambos listados, hay

Si nos fijamos en ambos listados, hay varios parámetros que no están escritos exactamente de la misma forma en los dos archivos (aquí marcados con un rectángulo azul). Al aplicar la estrategia sobre el archivo 2, el programa nos mostrará un cuadro para comprobar la concordancia de parámetros.

Si aceptamos las concordancias propuestas, Infinicyt T M las guardará y construirá un diccionario con

Si aceptamos las concordancias propuestas, Infinicyt TM las guardará y construirá un diccionario con todas las concordancias aprobadas.

Es posible visualizar los grupos previamente creados al cargar la Estrategia de Análisis seleccionando Perfil Configuración Grupos Previos.

Perfil  Configuración  Grupos Previos . Fecha de publicación: 19 diciembre 2011. Edición 01 59

Al aceptar, se aplicará al nuevo archivo el análisis de la población (regiones) correspondiente a la Estrategia de Análisis guardada. Si las regiones no se ajustan correctamente, podemos hacer clic sobre la región y reajustarla.

Revisión de la Estrategia de Análisis

Cuando aplicamos una Estrategia de Análisis a un nuevo archivo, siempre podemos revisar las poblaciones que han sido seleccionadas mediante regiones.

Por ejemplo, en este caso revisaremos la población “Leucocitos”.

Si hacemos clic en la lupa que hay en la Columna Revisión, se mostrará toda la información relacionada con la población a revisar.

la información relacionada con la población a revisar. Revisión de la región: Hacemos clic en la

Revisión de la región:

Hacemos clic en la región correspondiente para modificarla.

Hacemos clic en la región correspondiente para modificarla. Fecha de publicación: 19 diciembre 2011. Edición 01

Información de la Estrategia de Análisis:

La información relacionada con las regiones que ya están diseñadas se muestra en la parte inferior del Árbol de Poblaciones en la ventana de Análisis Manual.

del Árbol de Poblaciones en la ventana de Análisis Manual. En esa parte de la ventana,

En esa parte de la ventana, podemos visualizar información sobre dónde y cómo se han realizado las regiones para la selección de poblaciones:

realizado las regiones para la selección de poblaciones: • Este símbolo indica regiones positivas (en este

Este símbolo indica regiones positivas (en este caso, dentro de Leucocitos); significa que la región para Leucocitos es positiva porque se han asignado eventos a esta región.

es positiva porque se han asignado eventos a esta región. • Este símbolo indica regiones positivas

Este símbolo indica regiones positivas (en este caso, dentro de Leucocitos); significa que algunos eventos previamente asignados a Leucocitos han sido asignados posteriormente a otras poblaciones (células B, células T y células NK).