Ejercicios de Genómica

Citogenética
Carrera de Biología. Semestre 2015 - I
UNSAAC

Nombre: RAMIREZ APARCO JOSÉ LUIS Código: 042329

-Preguntas a responder tras la lectura del artículo:
Marx, V., The Genome Jigsaw. Nature (2013) 501, 263-268.
-Enviar por e-mail a Paul Iturbe (iturbe555@hotmail.com) antes del 03 de julio 2015.
-Usar SOLO el espacio dado entre pregunta y pregunta: se penalizará usar más espacio!!!

The Genome Jigsaw:

1. ¿Por qué la calidad del ensamblaje de las secuencias genómicas ha bajado en los últimos
años?
Eichler dice que durante este tiempo se han secuenciados genomas que presentaban segmentos
repetitivos, los cuáles han dejado información faltante en los resultados finales, por lo que esto se
ha registrado en un aumento generalizado en la adquisición de secuenciadores de última
generación, también nos dice que podemos generar más y más secuencias cortas de lectura
traducido en más vacíos, faltando información y dando como resultados reportes incompletos.

2. ¿Por qué es incompleta la versión del genoma humano con que se trabaja actualmente?
El genoma humano tiene alrededor de 3000 millones de pares de bases y 30,000 genes
aproximadamente que codifican para proteínas, es decir 10 genes por 1,000,000 pares de bases. La
mayor parte del genoma está constituido por secuencias repetitivas de nucleótidos. Secuenciar estas
regiones repetitivas es laborioso porque el método de secuenciación de alto rendimiento requiere
fragmentar el genoma en trozos pequeños y luego ensamblarlos nuevamente. Como son secuencias
que se repiten y se fragmentan para ser reensamblados existen múltiples posiciones donde pueden
ubicarse estos trozos del genoma, de esta manera solo se construye un genoma aproximado del
organismo. Esta aproximación representa un error y muestra que la versión del genoma humano es
incompleta. Por otro lado como señala Eichler, más de 900 genes están en regiones donde hay
muchas repeticiones, alrededor de la mitad están en áreas tan mal entendidas que frecuentemente se
excluyen de estudios biomédicos. Danna Church indica que existe más de 350 vacíos en el genoma
humano.

3. ¿Cuáles acostumbran a ser las áreas incompletas en la actual secuencia del genoma
humano?
Según Eichler, regiones cerca a los centrómeros (donde se unen las dos mitades de los cromosomas)
y los telómeros (sección terminal de los cromosomas) están especialmente incompletos en el genoma
humano.

4. ¿Cuáles son los problemas de las regiones ricas en GCs?

En la secuenciación de alto rendimiento el DNA es fragmentado en pequeños trozos que luego serán
amplificados por la técnica PCR, pero la enzima usada en la amplificación del DNA tiene problemas
con las regiones ricas en G-C, sesgando así la información. Una de las causas para que las regiones
ricas en G-C sean más estables no son precisamente los 3 enlaces de hidrógeno sino las
interacciones de apilamiento, llamado apilamiento de bases. Para la técnica de PCR, esto significa que
cuanto mayor es el contenido de GC mayor es el punto de fusión del DNA, desfavoreciendo las
regiones pobres en G-C. Adicionalmente las regiones ricas en G-C son estables porque pueden formar
estructuras secundarias, llamadas bucles en horquilla, impidiendo el progreso de la enzima DNA
polimerasa en la técnica de PCR. Es decir no es posible usar las mismas condiciones de
secuenciamiento para todo el genoma porque las regiones ricas en G-C son más densas y estables
que el resto de regiones.
5. ¿Cuáles son los principales problemas de los genomas vegetales? Pon un ejemplo.
El genoma de muchas plantas tienen más de 2 copias de cromosomas, por ejemplo el trigo (Triticum
aestivum) es hexaploide, la fresa comercial (Fragaria x ananassa) es octaploide y la caña de azúcar
tiene 12 copias de cada cromosoma. Es decir, presentan genomas grandes y secuenciarlos requiere
de equipos con una alta calidad de lectura, más de 500 pares de bases, cuanto más largo la lectura
más fácil el ensamblaje.

6. ¿Qué estrategia se usó para secuenciar el genoma de la palma?

El método clásico de secuenciación hubiera sido muy laborioso y caro para el proyecto de la palma
aceitera. Así la estrategia de secuenciación se basó en el descubrimiento de Martienssen en 1998,
sobre la presencia de grupos metilo en las citosinas para distinguir los genes que se repiten en el
genoma de la palma. Antes que los fragmentos se enviaran al secuenciador, fueron tratados con
enzimas que digieren el DNA metilado, removiéndose así las repeticiones. La técnica se llama
metilación-filtración y es comercializada por la firma Orion Genomics.

7. Los genomas bacterianos, ¿están completamente exentos de repeticiones? Comenta 1

ejemplo.
Los genomas bacterianos también tienen regiones duras de secuenciar. Por ejemplo Bordetella
pertussis, presenta tramos de DNA móviles dispersos por todo su genoma – secuencias de elementos
de inserción – aproximadamente de 1000 pares de bases de longitud. Por otro lado, en numerosas
bacterias patógenas se han identificado genes que se activan o inactivan, estos cambios pueden,
desde variar los niveles de expresión a incluso interrumpir la pauta de lectura, produciendo una
proteína truncada. Como estos cambios son reversibles, las secuencias repetidas actuarían como
potenciómetros de regulación génica, generando un gran número de fenotipos que permitan una
rápida adaptación a cambios del entorno, por ejemplo, para evadir la respuesta inmune.

8. ¿Cómo están evolucionando los secuenciadores automáticos de DNA para solucionar sus
limitaciones actuales?
Una limitación actual es que los secuenciadores clásicos actuales, solo pueden leer secuencias cortas
de lectura por lo que es preciso fragmentar el genoma en trozos pequeños, y este procedimiento no es
útil cuando se trabaja con genomas largos y ricos en secuencias de G-C. Los secuenciadores
automáticos planean hacer lecturas de secuencias largas, de más de 20,000 pares de bases como el
que actualmente tienen algunas compañías como Pacific Biosciences. Por otro lado también están
surgiendo compañías especializadas en preparar muestras de DNA con segmentos largos de más de
50,000 pares de bases, por lo que el futuro se centrará en la secuenciación de trozos largos de
genoma para su secuenciación.

9. ¿Es suficiente con tener secuenciadores de DNA capaces de leer fragmentos largos de DNA?
¿Por qué?
No es suficiente. También es necesario crear buenas muestras de DNA que van a ser analizados
porque los resultados que obtengamos de los secuenciadores dependerán de la calidad de
ingredientes que estamos agregando. Según Shendure, los algoritmos pueden hacer con los
ingredientes, solo aquello que proporcionamos con la tecnología. Además señalan que es necesario
que los softwares de ensamblaje deban ser personalizados para cada metodología de secuenciación.
También depende de la complejidad de los genomas que vayamos a estudiar.