PRACTICA 9

Predicción de la ubicación subcelular de las proteínas.

Las proteínas sintetizadas por la célula se encuentran localizadas en diferentes sitios de esta, así

como proteínas reconocidas de secreción, por su diversidad se han clasificado de acuerdo con su

jerarquía, composición, conformación, solubilidad, función y estructura además de por su

localización en la célula. La relación estructura-forma-función está íntimamente relaciona a la

ubicación de las proteínas. De acuerdo con la posición en la célula se pueden localizar:

Citosólicas

 Las “solubles” no están localizadas en ningún organelo en particular. Son componentes

del citosol, entra las que se encuentras las enzimas que funcionan como centros

catalíticos individuales, que actúan sobre metabolitos que están en solución en el citosol.

 Estructuras macromoleculares formadas por proteínas (y a veces otros componentes)

pueden estar localizadas en sitios concretos del citoplasma; por ejemplo, los centriolos

están asociados a las regiones polares.

Nucleares

 Las proteínas nucleares han de ser transportadas desde su lugar de síntesis en el

citoplasma a través de la membrana nuclear, antes de que puedan ocupar su sitio en el

núcleo. Muchas proteínas nucleares son componentes de la cromatina propiamente

dicha; otras forman parte de la lámina nuclear o de la matriz.

Organelos

 Los organélos citoplasmáticos contienen proteínas sintetizadas en el citosol y

transportadas específicamente a (o a través de) la membrana del organelo (por ejemplo,

a las mitocondrias o, en células vegetales, a los cloroplastos).

 El citoplasma contiene una serie de cuerpos membranosos como el retículo endoplásmico

liso y rugoso, el aparato de Golgi, los lisosomas, los peroxisomas. Las proteínas destinadas

a esos compartimentos son insertadas en la membrana del retículo endoplásmico desde

el comienzo de su síntesis. Posteriormente son llevadas a su destino por el complejo

sistema de transporte del aparato de Golgi.

Secreción
  Las proteínas secretadas por la célula llegan al exterior pasando a través de la membrana

plasmática. Las síntesis de estas proteínas comienzan de la misma forma que de las

proteínas asociadas a la membrana, pero recorren enteramente el sistema de transporte,

en lugar de quedarse en algún punto intermedio del recorrido.

Objetivo general

Predecir la ubicación de las proteínas mediante PSORT con el fin de relacionarlo con su función.

Objetivos particulares

➢ Interpretar la información de la ubicación del proteoma para predecir la relación

estructura, función y localización en la célula.

➢ Predecir el destino final de las proteínas mediante PSORT con el fin de determinar la

ubicación su función extracelular biológica/bioquímica

Requerimientos para la práctica

Computadora con conexión a Internet.

Procedimiento

Esta práctica se realizará con las siguientes proteínas:

➢ Insulin [Homo sapiens].

➢ Green-fluorescent protein [Aequorea victoria].

➢ RecName: Full=Collagen alpha-1(I) chain; AltName: Full=Alpha-1 type I collagen; Flags:

Precursor.

➢ Class II beta tubulin isotype [Homo sapiens].

➢ Hepatocyte nuclear factor 1-alpha isoform 2 [Homo sapiens].

Procedimiento
1. Se obtuvo el formato FASTA de las proteínas en NCBI/Protein/FASTA.
2. Se accede a la página principal de PSORT en el siguiente enlace
https://www.psort.org/. En la práctica se utilizara las herramientas Wolf PSORT y
PSORT II. En el caso de que se requiera predecir la ubicación celular de una
proteína en plantas, se utiliza la herramienta PSORT. Adicionalmente se encuentran
recursos relacionados con la predicción de la ubicación subcelular de las proteínas.

3. Dar clic en PSORT II, se abrirá la siguiente pantalla

4. Se dio clic en “PSORT II Prediction” y se introdujo la secuencia de la proteína en formato

FASTA. En “Submit”. El procedimiento se realiza por separado con cada una de las
proteínas, por practicidad únicamente se muestran los recuadros del proceso para
obtener la localización de la insulina.
 Fig. Insulin [Homo sapiens].

Fig. Green-fluorescent protein [Aequorea

victoria]

Fig. RecName: Full=Collagen alpha-1(I) chain;

AltName: Full=Alpha-1 type I collagen; Flags: Precursor.
 Fig. Class II beta tubulin isotype [Homo
sapiens].

Fig. Hepatocyte nuclear factor 1-alpha isoform 2

[Homo sapiens]

Fig. Cation-transporting ATPase 13A2 isoform 1

[Homo sapiens].
5. Se obtuvieron sus resultados de cada proteína.

Fig. Resultado Insulin [Homo sapiens].

Fig. Resultado Green-fluorescent protein

[Aequorea victoria]
 Fig. Resultado RecName: Full=Collagen
alpha-1(I) chain; AltName: Full=Alpha-1 type I collagen; Flags: Precursor.

Fig. Resultado Class II beta tubulin isotype

[Homo sapiens].

Fig. Resultado Hepatocyte nuclear factor 1-alpha

isoform 2 [Homo sapiens].

Fig. Resultado Cation-transporting ATPase 13A2

isoform 1 [Homo sapiens].
Conclusión:
La predicción de la ubicación subcelular de las proteínas es una herramienta importante para la
comprensión de la función celular y molecular de las proteínas. Existen varios enfoques y métodos
para realizar esta tarea, que incluyen el uso de algoritmos de aprendizaje automático, la
comparación con proteínas conocidas y la identificación de señales específicas en la secuencia de
la proteína. Cada método tiene sus ventajas y desventajas, y la elección del método adecuado
dependerá del tipo de proteína y del objetivo de la investigación. La precisión de las predicciones
también puede variar según la complejidad de la proteína y el conocimiento previo sobre su
función y localización. A pesar de estas limitaciones, la predicción de la ubicación subcelular de las
proteínas es una herramienta valiosa para la investigación en biología molecular y celular, y puede
tener aplicaciones prácticas en campos como la medicina y la biotecnología.

Bibliografía
Atwood, T. K., & Parry-Smith, D. J. (2002). Introducción a la Bioinformática. Madrid, España:
Pearson Educación, S.A.

Capel, J., & Yuste, F. J. (2016). Manual de prácticas de bioinformática. Andalucía España: Almería.

Lewin, B. (1996). Genes. Barcelona España: Ed Reverte.

Roldan, M. D. (2015) Bioinformática, el ADN en un solo clic. Bogotá, Colombia: Ed. Ediciones de la