RUBEN LOPEZ ALADID

Hospital Clinic
Universitat de Barcelona
 Conceptos básicos y actuales sobre el microbioma respiratorio.

BREVE REVISION SOBRE EL MICROBIOMA RESPIRATORIO

RELACION DEL MICROBIOMA INTESTINAL Y RESPIRATORIO

BACTERIAS DEPREDADORAS

MICROBIOMA 16S
BREVE REVISIÓN SOBRE EL MICROBIOMA
RESPIRATORIO
PUBLICACIONES MICROBIOMA POR AÑO
 MICROBIOMA RESPIRATORIO

Ante la negatividad de las muestras de cultivo obtenidas distalmente a la glotis, el

árbol bronquial y el pulmón han sido considerados estériles en el sujeto sano.
El uso de técnicas microbiológicas independientes del cultivo ha confirmado, que el
árbol broncopulmonar aloja una gran cantidad de microorganismos, conocido como
el microbioma, compuesto por bacterias, virus y hongos.

Solo un 1% de este conjunto crece en cultivo.

 • Linea de investigación:
Asociacion entre el microbioma de vías altas y bajas, establecer patrones i/o relaciones entre ambos
microbiomas.
 Objetivo: Análisis para determinar las contribuciones de dos sitios superiores de la mucosa
(boca y nariz) como comunidades de origen para el microbioma bacteriano de sitios
inferiores (pulmones y estómago)

La mayoria de comunidades bacterianas del pulmón sano se superponen a las que se

encuentran en la boca, pero se encontraron en concentraciones más bajas y con una
composición diferente de la comunidad.

Christine M. Bassis et al. mBio 2015;
doi:10.1128/mBio.00037-15
Los estudios de los microbiomas nasales, orales, pulmonares y estomacales
en un individuo:
• Permiten observar la continuidad microbiológica del tracto
aerodigestivo en adultos sanos
 Años atras se ha reconocido que el pulmón tiene su
propio microbioma. Es mucho más pequeño que el
microbioma intestinal, pero es un microbioma único
que puede influenciar en la salud y en enfermedades
del paciente.

¿De qué tipo de microbios estamos hablando?

DRGILBERT: Cuando hablamos sobre el microbioma, estamos hablando de muchas cosas diferentes,
no solo bacterias.

He visto mucha literatura del 16S, poca del 18S y por ahora menos metagenomica de virus
Entonces, la exposición a patógenos de granja en una edad muy temprana parece entrenar a los Amish a nivel del
sistema inmunológico, por lo que no desarrollan alergias más adelante?

DR GILBERT: Correcto. La interrupción de la microbiota durante el desarrollo del sistema inmune, debido a los
antibióticos, conduce a un problema crónico a largo plazo.
El microbioma intestinal no solo afecta el intestino. Tiene efectos muy distales que alteran las respuestas inmunes
en otros órganos, como el corazón, hígado y riñones. Es muy probable que lo mismo sea cierto para el pulmón.

DE HECHO…HAY PAPERS SOBRE LA RELACION DE MICROBIOMAS PULMON Y INTESTINOS

Relación del Microbioma intestinal y respiratorio
FACTORES QUE AFECTAN AL MICROBIOMA

CONCLUSIONES:
Asociaciones entre el microbioma del pulmón y el intestino, así como las células inmunitarias y los mediadores
que pueden vincular estos dos sitios de la mucosa, parecen ser importantes en la patogénesis de las afecciones
pulmonares.
CONOCER MICROBIOMA=NUEVAS TERAPIAS MEDIANTE EL USO DEL PROPIO MICROBIOMA
 Los cambios en la composición y función microbiana, denominados
disbiosis, en el tracto respiratorio y el intestino se han relacionado
recientemente con alteraciones de la respuesta inmune y con el
desarrollo de la enfermedad en los pulmones.

En este artículo revisan:

• Las especies microbianas que se encuentran en los tractos

gastrointestinal y respiratorio sanos
• Su disbiosis en la enfermedad
• Las interacciones con el axis del intestino-pulmón

La evidencia indica que la manipulación de la microbiota intestinal es un potencial factor a tener en cuenta para el tratamiento
de enfermedades pulmonares
Describe:
• El papel de la microbiota GI en la regulación de la respuesta
inmune pulmonar.
• Comprensión de cómo la "disbiosis" intestinal afecta la salud
pulmonar.
Bacterias depredadoras
Monitorización del microbioma pulmonar

El objetivo de esta investigación fue monitorizar durante 1

año las fluctuaciones del microbioma pulmonar en un
grupo de pacientes con fibrosis quística.

• NGS, la composición del microbioma.

• 156 especies bacterianas diferentes
• Detección de bacterias muy minoritarias, entre
ellas las bacterias depredadoras:
Bdellovibrio y Vampirovibrio
 MICROBIOMA RESPIRATORIO-HALLAZGO: BACTERIAS
DEPREDADORAS EN PULMON

Bacterias depredadoras
Bdellovibrio bacteriovorus es capaz de introducirse en el espacio periplásmico de Pseudomonas, reproducirse y
“matar”

Hipótesis: Inoculando este tipo de depredadores, ya existentes en microbioma pulmonar, podría contribuir a erradicar
los patógenos de la fibrosis quística en los estadios iniciales de dicha colonización.

Nueva línea de investigación:

ANALISI DEL MICROBIOMA RESPIRATORIO, encontrar poblaciones minoritarias de bacterias depredadoras.

TERAPIA CON BACTERIAS DEPREDADORAS que controlen el curso de la infección en la fibrosis quística.
Modelo animal: terapia con concentraciones crecientes de estas bacterias para estudiar los cambios en el
microbioma y en curso de la enfermedad.
MICROBIOMA 16S
 NGS VS SANGER

1 pool=20 pacientes con 1 pool= 1 amplicon de 1

40 amplicones diferentes paciente
Tiempo: 4-5 días aprox Tiempo: 2-3 días aprox
TOTAL: 800 amplicones TOTAL: 1 amplicon
No permite estudiar
microbioma
 IMPORTANCIA DE LOS ESTUDIOS DEL 16S
Aunque el cultivo ha sido la herramienta tradicional de trabajo en microbiologia en general
y en el estudio de las bacterias que habitan en los distintos nichos del cuerpo humano, se
estima que alrededor del 50% de los organismos del microbioma humano no son
cultivables. Ello hace necesario el desarrollo de NGS.

NGS permite tener acceso al repertorio genético completo de una muestra

Uno de los mayores retos para poder caracterizar el microbioma humano:

1. Una toma de muestras adecuada que represente la diversidad real del ambiente.
• Por ejemplo, estudios de pirosecuenciacion del gen 16S muestran que el esputo tiene una diversidad
muy inferior a las biopsias de la mucosa bronquial, ademas de estar contaminado con un elevado
numero de bacterias de la cavidad oral.
2. El analisis bioinformatico de los datos masivos que las nuevas tecnologias suelen
generar, haciendo deseable la formacion de los microbiologos en este campo.
El análisis de la composición bacteriana independiente del cultivo se ha basado en el gen que codifica el ARN ribosómico (16S rRNA).
El ribosoma es esencial para la transcripción del ARN mensajero y, en las bacterias, el gen 16S rRNA se ha mantenido inalterado a lo largo de los
siglos, ya que cualquier mutación limita su viabilidad.

El análisis del gen 16S rRNA permite así la clasificación taxonómica de cada estirpe bacteriana y su secuenciación es utilizada para describir la
composición de las bacterias presentes en un ecosistema.
 CLASIFICACION TAXONOMICA
La identificación bacteriana se aborda utilizando el término de «unidad taxonómica funcional» (operational
taxonomic unit [OTU]) y considerando como tal cada unidad taxonómica similar a la secuencia de referencia.
Una OTU se estimará como equivalente a género si su coincidencia con la referencia alcanza un 94%, o a
especie,cuando llega al 97%.
La limitación más importante del uso del análisis del gen 16S rRNA es la
imposibilidad de obtener información de virus y hongos por esta vía.

Por lo tanto, el microbioma no es solo el análisis del 16S rRNA!!

 MICROBIOMA NO ES SOLO 16S
Aunque se empieza a conocer la composición microbiana de la flora respiratoria en las
enfermedades respiratorias crónicas

La implicación del microbioma en su patogenia, es prácticamente desconocida.

El análisis del Microbioma por NGS, permite:

• información funcional del microbioma respiratorio

• detallar interacciones entre virus, hongos y bacterias

• facilitar el diseño de estudios dirigidos a conservar la flora microbiana que actúa como mutualista y facilita la
funcionalidad del sistema respiratorio frente a los patógenos respiratorios que la sustituyen progresivamente
ante una determinada enfermedad (EPOC o fibrosis pulmonar idiopática).
 MICROBIOMA NO ES SOLO 16S
Los cambios en la composición bacteriana del microbioma respiratorio se ven favorecidos por las infecciones virales.

En las semanas posteriores a un resfriado común la abundancia relativa de proteobacterias aumenta.

INTERES: ESTUDIOS 16S, 18S Y METAGENOMICOS PARA OBSERVAR TODOS

LOS MICROORGANISMOS Y SUS RELACIONES EN EL MICROBIOMA

INTERES posterior: ESTUDIOS DE MICROBIOMA EN PACIENTES CON

INFECCIONES VIRALES, VRS, INFLUENZAS, ETC PARA OBSERVAR LOS
CAMBIOS EN EL MISMO
NGS Presente / Futuro cercano
Para dudas, crear ideas, discutir y aportar información adicional:
ruben.aladid@gmail.com
652959284

GRACIAS POR VUESTRA ATENCIÓN