Químico Farmacéutico Biólogo, Facultad de Química, Universidad Autónoma de Querétaro, C.U.

Cerro de las campanas. Querétaro, Qro. 76010, México. Septiembre 2022.

Práctica (5).Extracción de ADN

Diego Jesús Pérez Gutiérrez 1 1, Iñaki Estrada Serrano 2 1, María Fernanda Herrera Zamoano 3 1, Pamela
Torres Valdés 4 1M en C. Alma Delia Bertadillo Jilote 12.
Laboratorio de Experimentación Bioquímica Biológica 1; Facultad de Química2; Universidad Autónoma de
Querétaro3.

RESUMEN

El ADN es una molécula bicatenaria que contiene información genética, gracias a su

estructura y a las interacciones que éste puede tener, nos permite extraerlo de una
manera casera con componentes sencillos. En esta práctica se realizó la extracción de
ADN del plátano con distintas variantes para ver cómo afectaba tanto en su obtención
como en su purificación y su identificación por medio de electroforesis; componentes tales
como la sal, ablandador de carne, etanol a temperatura ambiente, y etanol añadido
bruscamente fueron algunas de las variantes modificadas para observar su
comportamiento, donde, se logró un resultado favorable al añadir ablandador de carne
debido a las enzimas que contiene, mientras que, al prescindir la sal o al agregar etanol a
temperatura ambiente, provocaron un efecto negativo en la cantidad de material genético
extraído, además, cabe mencionar que, al agregar el etanol de una forma brusca, dio
cabida a un material genético más impuro que en los demás experimentos. Dicho material
obtenido en las diferentes pruebas se llevó a una electroforesis para su identificación
posterior concluyendo así en el efecto que una u otra variable tiene sobre su precipitación
y pureza, además de confirmar la presencia de ácidos nucleicos.

Palabras clave: ADN, extracción, identificación, electroforesis.

INTRODUCCIÓN enlaces covalentes de miles de

De acuerdo a Alberts, B. (2011), el ácido
desoxirribonucleico (DNA),
descubrimiento de la década de 1940,
es el portador de esta información
genética; se considera como el material
genético fundamental para el
pensamiento biológico.
Complementando con lo descrito por los
autores Jiménez, L. y Merchant, H.
(2003), la molécula de DNA es un
polímero que se forma a través de
desoxinucleótidos. El desoxinucleótido,
o unidad estructural del DNA contiene
un ácido fosfórico, un azúcar de 5
átomos de carbono (pentosa) y una
base nitrogenada. El DNA contiene 4
bases nitrogenadas: adenina (A) y
guanina (G), que son derivados de la
purina, y citosina (C) y timina (T) que, a
su vez, derivan de la pirimidina.
Los desoxinucleótidos se unen para
formar el polímero lineal, o
polidesoxinucleótido, en el cual el grupo
1
fosfato en posición 5’ de la desoxirribosa
se une por un enlace éster con el
hidroxilo 3’ de la desoxirribosa del
nucleótido vecino de manera sucesiva.
Por lo que el polímero formado resulta
en una hebra donde se alternan una
desoxirribosa y un fosfato, mientras que
las bases se unen perpendicularmente a
ésta.
La estructura de la macromolécula está
compuesta por dos de las cadenas
antes mencionadas manteniéndose
unidas por la acción de enlaces de
hidrógeno entre pares de pares de
bases con un apareamiento
complementario purina-pirimidina (2
enlaces AT, 3 enlaces CG). La forma en
que se unen entre sí concede una
polaridad química a las cadenas,
formando una doble hélice compactando
la distribución de manera favorable
desde el punto de vista energético. Los
miembros de cada par de bases pueden
encajar dentro de la doble hélice porque
las dos cadenas de la hélice corren de
manera antiparalela una con respecto a
la otra. (Alberts, R., 2011)
La distribución helicoidal de los
desoxinucleótidos determina la
formación de una superficie exterior con
un surco mayor ancho y uno menor
angosto (Jimenez, L.., Merchant, H.,
2003)
“(...) La mayoría de las biomoléculas
poseen una carga eléctrica cuya
magnitud depende del pH del medio en
el que se encuentran; como
consecuencia, pueden desplazarse
cuando se ven sometidas a un campo
eléctrico hacia el polo de carga opuesta
al de la molécula. A diferencia de las
proteínas, que pueden tener una carga
positiva o negativa, los ácidos nucleicos
sólo poseen carga negativa debido a su
esqueleto de fosfatos”. (López, D.,
Sandoval, A., 2022)
La técnica de purificación y separación
para las macromoléculas de DNA y
proteínas, denominada electroforesis,
consiste en la carga de una mezcla de
material genético y proteínas en un gel
polimérico, el cuál se somete a un
campo eléctrico, donde el efecto de
migración de las moléculas será
proporcional al tamaño y carga neta de
éstas, correspondiente a su velocidad
de migración. Estos enfoques
electroforéticos generan una serie de
bandas o manchas que pueden ser
visualizadas por tinción, cada una
conteniendo material genético o proteico
diferente. Los elementos requeridos
para esta técnica son una cámara de
electroforesis, gel, fuente de poder,
transiluminador, peine para pocillos,
soluciones buffer de reconocimiento,
marcador de peso molecular y buffer de
carga. (López, D., Sandoval, A., 2013)
La electroforesis en gel de poliacrilamida
SDS (SDS-PAGE; vertical), donde las
cadenas polipeptídicas individuales
forman un complejo con moléculas de
carga negativa del dodecil sulfato de
sodio (SDS) y, por lo tanto, migran como
un complejo SDS-proteína de carga
negativa a través de una depresión del
gel de poliacrilamida poroso. Por lo
regular, se agrega un agente reductor
para romper cualquier enlace S-S dentro
de las proteínas o entre ellas,
permitiendo a las proteínas viajar a una
velocidad que refleja su peso molecular.
La electroforesis bidimensional en gel de
poliacrilamida (horizontal), combina dos
métodos de separación diferentes que
permiten resolver más de 1000
proteínas en un mapa proteico
bidimensional, utilizado en mezclas
complejas de proteínas. Se separan las
proteínas nativas en un gel angosto
sobre la base de su carga intrínseca
mediante focalización isoeléctrica, se
coloca este gel en la parte superior de
una cubeta de gel, y se somete a las
proteínas a SDS-PAGE en una dirección
perpendicular a la usada en el primer
2
paso; cada proteína migrando y
formando manchas separadas hacia su
gradiente de pH estable (Alberts, R.,
2011)

Las especies con una mayor cantidad

de cromosomas, o material genético,
permiten una extracción en mayor
cantidad del DNA compactado en su
estructura. Las frutas: plátano y fresa,
respectivamente, cuentan con 22 y 56
cromosomas, de acuerdo a las
evaluaciones cariológicas reportadas
por Román, M, et. al. (2004) y Navarro,
C., Morales, R. (1997).

OBJETIVOS

● Extraer el ADN de material RESULTADOS Y DISCUSIÓN

biológico mediante un método
casero, distinguiendo los Para la realización del experimento
elementos que influyen en dicha normal, utilizamos como muestra
extracción. plátano y fresa, para el resto de
● Realizar una electroforesis para experimentos únicamente plátano.
la identificación del ADN
extraído. Nomenclatura para los
experimentos:
METODOLOGÍA N: Experimento normal con plátano
PARTE A. EXTRACCIÓN DE ADN NF: Experimento normal con fresa
S/Sal: Experimento sin sal
Car: Experimento con ablandador de
carne
ET: Experimento con etanol a
temperatura ambiente
EB: Experimento con etanol añadido
de forma brusca.

PARTE 1 EXTRACCIÓN :

Experimento normal:

Tabla 1. Experimento Normal

Evidencia Observaciones

PARTE B. ELECTROFORESIS

3
 de proteínas, también se desnaturalizan
En la figura 1 en
estas con el jabón, favoreciendo aún
ambos tubos de
más a la ruptura de la membrana
ensayo, se puede
(Martínez-Martín, L., 2015).
observar el
material genético
obtenido, este se
observa como
filamentos
subiendo a la
parte orgánica
(parte superior)
Figura 1. A la En el de NF, se
derecha el puede notar más
resultado de N y cantidad de DNA
a la izquierda el extraído, debido
de NF. a su mayor
contenido de Figura 3.Separación de la membrana
cromosomas. plasmática, envoltura nuclear y la liberación
del ADN.

Los fosfolípidos de las membranas

celulares de la muestra biológica, al ser
anfipáticas (parte polar y no polar),
formaron micelas o bicapas debido a la
unión de sus partes apolares entre ellas
y de sus partes polares con el agua, en
la figura 2 se muestran estas
interacciones (1) bicapa y (2) micela, las
regiones polares se mantuvieron en
contacto con el agua (Gilbert, S., 2003).

Figura 4.Formación de burbujas entre el

detergente y los fosfolípidos.

Al romper la membrana, el ADN se

Figura 2. Estructuras formadas por
moléculas anfipáticas en medio acuoso.
Al añadir las tres cucharadas de jabón,
este ayudó a romper la capa lipídica y
envoltura nuclear como se puede
apreciar en la figura 3, el jabón deshizo
las uniones que mantienen la membrana
junta, rompiéndola. La estructura de los
lípidos al ser similar a la del jabón hace
que se “combinen y formen una burbuja
de detergente y lípidos (figura 4),como
la membrana también está compuesta
disuelve, como se explica a
continuación.
En la mezcla hecha para la obtención de
ADN, el agua (presente a la hora de
triturar y en la misma célula) actuó como
disolvente del ADN, formando una
mezcla homogénea, ya que el agua es
una molécula polar, propiedad que le
permite establecer interacciones
electrostáticas (a través de puentes de
hidrógeno) con otras moléculas
cargadas o polares, el ADN posee
grupos fosfato en sus nucleótidos, los
cuales tienen una carga negativa tal
como se observa en la figura 5, lo cual
le permite formar puentes de hidrógeno
4
con el agua, a través de esas cargas
negativas (Merino M. y col., 2019).
Figura 5. Estructura de un nucleótido.
Como el DNA se encontraba en solución
acuosa la sal permitió insolubilizar al
ADN. La sal es una red cristalina
formada por átomos de Cl- y Na+,
unidos mediante un enlace iónico
(atracción electrostática entre los iones
de distinto signo). El agua actúa sobre la
sal estableciendo puentes de hidrógeno
con el Cl- y el Na+, venciendo las
fuerzas intermoleculares que los
mantienen unidos e hidratándolos, como
se muestra en la figura 6 Cada catión
Na+ queda rodeado de moléculas de
agua debido a la ligera carga negativa
de estas (Ortolani A., y col., 2012). Al
añadir la sal a la solución de ADN con
agua sal, los iones sodio con carga
positiva fueron atraídos por la carga
negativa de los fosfatos del ADN,
neutralizando la carga de este,
permitiendo a las moléculas de ADN
unirse entre sí en vez de repelerse unas
a otras (Martínez-Martín, L., 2015).
Figura 6. Disolución polar de Na+ en agua.
La adición de alcohol frío lentamente, se
realizó con el propósito de separar al
DNA de las otras moléculas presentes,
donde este será el que no es soluble en
etanol, causando su precipitación en la
parte de abajo del tubo de ensayo. En la
interfase etanol-agua, las moléculas de
alcohol se unen a las de agua,
desplazando así al agua que
interacciona con el ADN y a la que
interacciona con los iones de Na+, y que
hacía posible su disolución. Este
desplazamiento permite que algunos
iones Na+ se unan a los iones fosfato
del ADN, neutralizando su carga,
perdiendo su solubilidad y causando la
precipitación del ADN en filamentos
(Merino M. y col., 2019)., como se
observa en la Figura.1 de Tabla.1,
donde se pueden apreciar un poco estos
filamentos que precipitaron estos se
hicieron visibles en la fase del solvente
orgánico (sobre todo al mezclar un poco
con el palillo), el al etanol al ser menos
denso que el agua, se mantuvo en la
parte de arriba. Otra cosa sumamente
importante es que el alcohol al añadirse
frió y lentamente, se disminuyó la
energía cinética, permitiendo aún menos
solubilidad del ADN en etanol
(Martínez-Martín, L., 2015).
5
 Evidencia Observaciones
Experimento sin sal:
En la figura 8 se
Tabla 2. Experimento sin sal observa
Evidencia Observaciones claramente la
separación de
En la figura 7 se fases y no se
observa el encuentra una
resultado de gran diferencia
S/sal, donde se en cuanto a
observaron coloración, con
menos respecto a los
filamentos. resultados
obtenidos en la
figura 8, sin
embargo a
comparación de
los mostrados en
la figura 7, se
Figura 8. muestra un color
Resultado de más claro.
Car.
En este experimento no se observó un
cambio tan perceptible en la figura 8,
Figura 7.
Resultado de debido a que la adición del ablandador
S/Sal de carne sirve más que nada para la
purificación del ADN, el cual está
La sal como ya se explicó ayudó a la asociado a proteínas. Las moléculas
solubilización del ADN y a su de ADN están rodeadas de proteínas
precipitación, sin embargo al no agregar del tipo histonas, por lo qué es
sal se obtuvo menor cantidad de ADN, necesario purificarlo.
puesto que no se favorece su
precipitación. Es por eso que se El ablandador de carne contiene
observaron menos filamentos y al bromelina (Ananas comosus), una
momento de recolectar el ADN fue más proteasa, es decir una enzima que
difícil hacerlo. degrada proteínas, la cual pudo
separar al ADN de las proteínas (figura
9), haciendo que se obtuviera de una
forma más purificada (Pérez, Aurora,
T., y col., 2006). Este proceso ayudó a
desempacar el ADN para una mejor
extracción.

Experimento con ablandador de

carne:
Tabla 3. Experimento con ablandador
de carne
6
 En la figura 11 se
observa el
resultado de Eb,
cuya coloración
es parecida a ET.

Figura 9. Liberación del DNA

Experimento con etanol a
temperatura ambiente: Figura 11.
Resultado de EB.
Evidencia Observaciones
Al agregar bruscamente el etanol, se
En la figura 10 se causó una interacción mayor con lo
observa ET, con contenido en la mezcla y se logró una
un color verde un mayor cantidad de extracción, sin
poco menos embargo este fue menos impuro, pues
intenso que el debido a las interacciones que se
obtenido en los formaron hubo una mayor mezcla de
otros los componentes, al contrario de los
experimentos. sucedido con el ablandador de carne
donde esté ayudó a eliminar las
impurezas (Pérez, Aurora, T., y col.,
2006).

Figura 10.
Resultado de ET. PARTE 2: ELECTROFORESIS

Una de las formas de corroborar el ADN,

Al agregar el etanol a temperatura
ambiente la energía cinética no
disminuyó, desfavoreciendo la
extracción del ADN, pues no se
favorece la precipitación de este,
además de que como se mencionó la
reducción de la energía cinética
permite aún menos solubilidad del
ADN en etanol (Martínez-Martín, L.,
2015).
Experimento con etanol adicionado
bruscamente:
Evidencia Observaciones
extraído de la muestra de plátano y
fresa, es mediante la electroforesis. Se
extrajo el ADN de las muestras de NF,
N, EB y Car; se agregaron a tubos
eppendorf y se conservaron en el
refrigerador del laboratorio.
Se preparó la muestra con colorante
(suele usarse bromuro de etidio, pero en
la práctica se usó uno parecido) y se
agregó en la celda correspondiente con
cuidado de no romper el gel e ingresar
la muestra completa. El colorante se usa
para teñir el ADN y revelar su posición
en el gel, asimismo su fluorescencia se
exaltará al unirse con el ADN debido a
que es un entorno hidrófobo y al entrar
en contacto con la luz UV será visible
7
con un color rosado anaranjado. en la figura 13, se observa en la cámara
(Herráez, 2015). UV que la muestra NF, N, EB y Car, se
tiñeron de color anaranjado
En la cámara de la electroforesis, fluorescente.
aparte de tener la muestra de ADN
con el colorante, se necesitan más
componentes para llevar a cabo la
electroforesis. En la electroforesis se
necesita un gel (figura 12), el cual
nos servirá de tamiz molecular que
potencia la separación. Las
moléculas más pequeñas que los
poros del gel se desplazan con
mayor facilidad, mientras que los de
mayor tamaño se mantienen
inmóviles. (Berg, et. al., 2007). Figura 13. Electroforesis en cámara UV.

En la figura 13 se observa al inicio las 4

Figura 12. Gel de electroforesis.
El gel se prepara a partir de agarosa
y de buffer TAE al 1x. La agarosa se
disuelve a 60°C y se va solidificando,
formando un gel de alta porosidad.
Este gel forma la matriz y provoca el
retardo dependiente del tamaño que
marca la separación. (Herráez, 2015).
celdas correspondientes a las muestras
utilizadas, esta varía en su intensidad
del olor debido a la cantidad de ADN
que se extrajo de las muestras, sin
embargo, aún se identifica la presencia
de ácidos nucleicos (ADN). En estas se
observa que se desplazaron del lugar en
que se aplicaron, debido a la carga que
tenían, al aplicarse la corriente eléctrica
(120 V) se desplazaron hacia el ánodo
(+).
Esto debido a que en este tipo de
electroforesis se forma un complejo de
carga negativa y, por lo tanto, los ácidos
nucleicos que estén en la muestra se
desplazarán hacia el ánodo (+) de la
electroforesis. (Lodish, et. Al., 2006)

El buffer TAE 1x para la práctica se

preparó de un TAE de 50x, su
función en la electroforesis es como
el medio utilizado en la preparación
del gel, ayudar a estabilizar el pH y a
las moléculas de ADN,
manteniéndose con carga negativa y
constante. (Herráez, 2015).

En este caso, como se puede observar Figura 14. Barrido en la electroforesis.

8
 Berg, J. M., Stryer, L. & Tymoczko, J.
En la figura 13, aparte de las muestras L. (2007). Bioquímica. Recuperado el
utilizadas por el equipo, se observa la 03 de octubre de 2022, de:
muestra de otro equipo. La https://books.google.com.mx/books?id
característica que presenta esta =HRr4MNH2YssC&source=gbs_navlin
muestra, en comparación con las otras, ks_s
es el barrido (figura 14). Este barrido se
debe a que se llegó a degradar el ADN Castiñeiras, J. y Odetti, H. (2012).
Aplicación de una propuesta de
en la muestra. Esta degradación de
enseñanza sobre el tema
ADN, se observa como un “barrido” a lo
«Disoluciones» en la escuela
largo del carril. Este “barrido” es secundaria: Un estudio de caso.
causado por la presencia de fragmentos Educación Química , 23(2), 212-221.
de oligonucleótidos de diferentes pesos
moleculares. (Damián Matzumura, 2013) Damián Matzumura, P. G., González
Nuñez, L., Lopéz Yañez, A. & Espino
Rivera, N, R. (2013). Manual de
CONCLUSIÓN
prácticas de laboratorio. Técnicas
básicas de biología molecular.
En conclusión, la extracción de ADN de
Recuperado el día 03 de octubre de
manera casera se ve afectada al
2022, de:
cambiar variables en la metodología
http://publicacionescbs.izt.uam.mx/DO
debido a las interacciones que éstas
CS/biomolec.pdf
tienen con la molécula de ADN, en
particular, al omitir la sal en la solución
de precipitación se obtuvo menor
Gilbert, S. (2003). Lipid bilayer and
cantidad de material genético con
micelle [Figura]. Recuperado de
respecto a las demás variables,
https://commons.wikimedia.org/wiki/Fil
mientras que el ablandador de carne
e:Lipid_bilayer_and_micelle.png
aumentaba la cantidad de ADN extraído.
Al igual que en el caso de la sal, al
Herráez, A. (2015). Plasmidos en
añadir etanol a temperatura ambiente
electroforesis. Recuperado el día 03
tuvimos una disminución del ADN, en
de octubre de 2022, de:
tanto que al adicionar el etanol
https://biomodel.uah.es/an/plasmido/0/
bruscamente se tuvo una fibra de ADN
comp.htm#:~:text=Bromuro%20de%20
más impuro.
etidio,hidr%C3%B3fobo%20de%20la%
Asimismo, se concluye que el material
20doble%20h%C3%A9lice.
extraído en el procedimiento anterior si
es ADN.
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