Espaciador transcrito interno

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El espaciador transcrito interno (ITS, del inglés Internal transcribed spacer) es

un fragmento del genoma llamado ADN espaciador, situado entre el ADN ribosómico
(ADNr) para la subunidad pequeña y el de la subunidad grande. También se lo puede
definir como la región ya transcrita en ARN, o precursor policistrónico que le
corresponde al ADN espaciador luego de la transcripción.
Índice

1 ITS en los dominios de la vida

2 Organización
3 Uso en filogenia
3.1 Código de barras micológico
4 Referencias
5 Enlaces externos

ITS en los dominios de la vida

En bacterias y arqueas, existe un único ITS, ubicado entre los genes de ARNr 16S y
23S. Por el contrario, hay dos ITS en eucariotas: ITS1 se encuentra entre los genes
de ARNr 18S y 5.8S, mientras que ITS2 está entre los genes de ARNr 5.8S y 28S (en
opistocontes o 25S en plantas). ITS1 corresponde al ITS en bacterias y arqueas,
mientras que ITS2 se originó como una inserción que interrumpió el gen ancestral
ARNr 23S.12
Organización

En bacterias y arqueas, el ITS se produce en una o varias copias, al igual que los
genes 16S y 23S flanqueantes. Cuando hay varias copias, estas no ocurren adyacentes
entre sí. Más bien, ocurren en ubicaciones discretas en el cromosoma circular. No
es infrecuente que las bacterias porten genes de ARNt en el ITS.34
Organización de las repeticiones en tándem de ADN ribosómico nuclear eucariota
(arriba en azul). Arriba se representan los espaciadores no transcritos (NTS) en
blanco. Abajo se representan los ETS y ITS, en blanco y los fragmentos de ARNr
(ribosómicos) estructurales 18S, 5,8S y 28S en naranja.

En eucariotas, los genes que codifican el ARN ribosómico y los espaciadores ocurren
en repeticiones en tándem que tienen miles de copias de longitud, cada una separada
por regiones de ADN no transcrito denominadas espaciador intergénico (IGS, del
inglés intergenic spacer) o espaciador no transcrito (NTS, del inglés non-
transcribed spacer).

Cada grupo ribosómico eucariota contiene el espaciador transcrito externo 5 '(5'

ETS), el gen ARNr 18S, el ITS1, el gen ARNr 5.8S, el ITS2, el gen ARNr 26S o 28S, y
finalmente el gen ARNr 3'.5

Durante la maduración del ARNr, se escinden las piezas de ETS e ITS. Como
subproductos no funcionales de esta maduración, se degradan rápidamente.6
Uso en filogenia

La comparación de secuencias de las regiones ITS eucariotas se usa ampliamente en

taxonomía y filogenia molecular debido a varias propiedades favorables:7

Se amplifica de forma rutinaria gracias a su pequeño tamaño asociado a la

disponibilidad de secuencias flanqueantes altamente conservadas.
Es fácil de detectar incluso a partir de pequeñas cantidades de ADN debido al
alto número de copias de los grupos de ARNr.
 Sufre una rápida evolución concertada a través de un cruce desigual y
conversión de genes. Esto promueve la homogeneidad intragenómica de las unidades
repetidas, aunque la secuenciación de alto rendimiento mostró la ocurrencia de
variaciones frecuentes dentro de las especies de plantas.8
Tiene un alto grado de variación incluso entre especies estrechamente
relacionadas. Esto puede explicarse por la presión evolutiva relativamente baja que
actúa sobre tales secuencias espaciadoras no codificantes.

Por ejemplo, los marcadores ITS han demostrado ser especialmente útiles para
dilucidar las relaciones filogenéticas entre los siguientes taxones.
Grupo taxonómico Nivel taxonómico Año Autores con referencias
Asteraceae: Compositae Especie (congenérica) 1992 Baldwin y col.9
Viscaceae: Arceuthobium Especie (congenérica) 1994 Nickrent y col.10
Poaceae: Zea Especie (congenérica) 1996 Buckler y Holtsford11
Leguminosas: Medicago Especie (congenérica) 1998 Bena y col.5
Orchidaceae : Diseae Géneros (dentro de las tribus) 1999 Douzery y col.12
Odonata: Calopteryx Especie (congenérica) 2001 Weekers y col.13
Levaduras de importancia clínica Género 2001 Chen y col.14
Poaceae: Saccharinae Géneros (dentro de las tribus) 2002 Hodkinson y col.15
Plantaginaceae: Plantago Especie (congenérica) 2002 Rønsted y col.16
Jungermanniopsida: Herbertus Especie (congenérica) 2004 Feldberg y col.17
Pinaceae: Tsuga Especie (congenérica) 2008 Havill y col.18
Chrysomelidae: Altica Géneros (congenérico) 2009 Ruhl y col.19
Simbiodinio Clado 2009 Stat y col.20
Brassicaceae Tribus (dentro de una familia) 2010 Warwick y col.21
Ericaceae: Erica Especie (congenérica) 2011 Pirie y col.22
Dípteros: Bactrocera Especie (congenérica) 2014 Boykin y col.23
Scrophulariaceae: Scrophularia Especie (congenérica) 2014 Scheunert y
Heubl24
Potamogetonaceae: Potamogeton Especie (congenérica) 2016 Yang y col.25

Se sabe que ITS2 está más conservado que ITS1. Todas las secuencias de ITS2
comparten un núcleo común de estructura secundaria,26 mientras que las estructuras
de ITS1 solo se conservan en unidades taxonómicas mucho más pequeñas.
Independientemente del alcance de la conservación, la comparación asistida por
estructuras puede proporcionar una mayor resolución y solidez.27
Código de barras micológico

La región ITS es la región de ADN más secuenciada en la ecología molecular de los

hongos28 y se ha recomendado como la secuencia universal de códigos de barras de
hongos.29 Por lo general, ha sido más útil para la sistemática molecular a nivel de
especie, a nivel de género, e incluso dentro de las especies (por ejemplo, para
identificar razas geográficas). Debido a su mayor grado de variación que otras
regiones génicas de ADNr (por ejemplo, ARNr de subunidades pequeñas y grandes), a
veces se puede observar variación entre repeticiones de ADNr individuales dentro de
las regiones ITS e IGS. Además de los cebadores universales ITS1 + ITS43031
utilizados por muchos laboratorios, se han descrito varios cebadores específicos de
taxón que permiten la amplificación selectiva de secuencias fúngicas (por ejemplo,
amplificación de secuencias ITS de basidiomicetos de muestras de micorrizas).32 A
pesar de que los métodos de secuenciación de escopeta se utilizan cada vez más en
la secuenciación microbiana, la baja biomasa de hongos en las muestras clínicas
hace que la amplificación de la región ITS sea un área de investigación en curso.33
34
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Enlaces externos

Medicina de laboratorio de la Universidad de Washington: Diagnóstico molecular

| Secuenciación de levadura
ITSone DB
Base de datos ITS2 (Schultz et al.)

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