Base de datos brenda
BRENDA es la principal colección de datos funcionales enzimáticos disponibles para la
comunidad científica. Está disponible de forma gratuita a través de Internet ( www.brenda-
enzymes.org ) y como base de datos interna para usuarios comerciales (solicitudes a nuestro
distribuidor geneXplain ).
BRENDA se mantiene y desarrolla en el Instituto de Bioquímica y Bioinformática de la
Universidad Técnica de Braunschweig, Alemania. Los datos sobre la función de las enzimas
se extraen directamente de la literatura primaria por científicos con un título en Biología o
Química. Los controles formales y de consistencia se realizan mediante programas de
computadora, cada conjunto de datos sobre una enzima clasificada es verificado
manualmente por al menos un biólogo y un químico.
Cabe mencionar aquí que los datos son extraídos de la literatura y evaluados críticamente por
científicos calificado
El desarrollo de un sistema de información de datos de enzimas se inició en 1987 en el Centro
Nacional de Investigación de Biotecnología de Alemania en Braunschweig (GBF), continuó en
la Universidad de Colonia, y ahora está comisariado y alojado en la Universidad Técnica de
Braunschweig, Instituto de Bioquímica y Bioinformática.
Contenido de brenda
BRENDA contiene todas las enzimas clasificadas de acuerdo con el sistema de los números
de la CE, que se implementó en 1955 por la Comisión Internacional de Enzimas [ahora la
Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular, IUBMB ( 2)]. Esta nomenclatura
se basa en la reacción de las enzimas cataliza y no en la molécula de enzima
individual. Actualmente BRENDA contiene datos de 3900 números CE aproximadamente,
que representan más de 40 000 moléculas de proteína diferentes, dado por la combinación
de número de CE y organismo (obviamente, en muchos casos los organismos tienen más de
una enzima con el mismo número CE, pero, como el funcional datos sobre las enzimas
como se da en la literatura primaria raramente se asocian a una secuencia específica, una
estimación más fiable no es posible en la situación actual; esto va a cambiar con el progreso
de los proyectos de secuenciación del genoma).
La base de datos cubre información específica del organismo sobre propiedades funcionales
y moleculares, en detalle sobre la nomenclatura, reacción y especificidad, estructura
enzimática, estabilidad, aplicación e ingeniería, organismo, ligandos, referencias
bibliográficas y enlaces a otras bases de datos
Los datos de todas las enzimas que tienen el mismo número CE se actualizan
periódicamente mediante la extracción manual de parámetros de las referencias
bibliográficas accesibles a través de bases de datos bibliográficas
Ejemplo de como utilizar brenda buscando ec
Una vez en la página BRENDA, selecciona las enzimas descritas en el organismo humano,
marcando “Homo sapiens”en el menú desplegable.
En el menú de la izquierda se recogen los vínculos a la información sobre: nomenclatura
enzimática, interacción enzima-ligando (incluyendo sustratos y productos, reversibilidad ó
irreversibilidad de la reacción), parámetros funcionales, información relacionada con el organismo,
estructura enzimática, propiedades moleculares
Selecciona con un clic la opción “Natural Substrates”. Aparecerá una lista con referencia a los
sustratos naturales con los que interacciona la enzima así como a los productos naturales que se
generan por la acción catalítica de la misma. Pulsando sobre el símbolo se visualiza la reacción
con las fórmulas de las moléculas correspondientes.
Ahora pulsa, dentro del mismo menú de la izquierda de tu pantalla, el apartado substrate/product
y accederás a distintos sustratos y productos (naturales y otros) que se describen en la literatura
científica. En la última columna se indica la reversibilidad o no de la reacción.
Indica qué cofactores requiere la enzima para desarrollar su actividad
catalítica. Nombra 3 enzimas que hayas estudiado en el metabolismo
que actúen con el mismo coenzima
Accede a la opción cofactores y a la de metales e iones del menú lateral en la página
de tu enzima en BRENDA.
Anota lo que recoge esta base de datos BRENDA, asumiendo que no tiene por qué contener todos
los cofactores posibles de la enzima. Las bases de datos se van completando con el tiempo y las
aportaciones de los científicos y gestores de las mismas.
