Unidad ll

Estructura proteica y función de enzimas.

 Cuatro estructuras de la proteína.

 Proteína está estructurado por una cadena de aminoácidos.

Aminoácidos: es una molécula que cuenta con su grupo amino (+) y grupo carboxilo (-).

Parte que hace especial a cada aminoácido: arilo, carboxilo, átomo de hidrógeno y el grupo R que
se le agrega.

Generalidades.

Varían de tamaño: péptidos pequeños hasta proteínas enormes con masas moleculares del orden
de millones.

Diversidad en funciones biológicas y producto final de las rutas de información expresión genética.

 Glutatión: tiene 3 aminoácidos.

 Mioglobina: almaceno oxígeno.
 Hemoglobina. Transporta el oxígeno a la sangre.

A partir de los bloques estructurales (aminoácidos) los organismos:

Enzimas, hormonas, anticuerpos, transportadores, fibras musculares, plumas, telarañas, cuernos,

antibióticos, veneno.

Enzimas son

Los productos más variados y especializados.

Prácticamente todas las reacciones celulares están catalizadas por enzimas

Aminoácidos.
Moléculas (monomeros) que confirman las proteínas.

Molécula orgánica con un grupo (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH)

Unen mediante enlaces peptídicos

Proteicos, grupos carboxilo y amino se encuentra ionizados debido a su proximidad.

Aminoácidos proteicos existen como iones dobles o "zwitteriones"

R= representa la cadena lateral del aminoácido, también se le conoce como resto, residuo o
radical aminoácido.

Radical: especie química que posee uno o más electrones desapareados.

Estructura fue establecido por Emil Fischer y designadas D y L en base a su actividad óptica.

Existen 20 aminoácidos distintos y se caracterizan por su radical R.

Alifaticl: cadena (grupo R) están formadas solo por carbonos e hidrogenos...

Glysina, Aladina, valina, leusyna, prolina, lleusina.

Aromático: tienen anillos aromáticos tipo benceno.

Fenil-alanina, tirocina y triptófano.

Por qué aromáticos? Tienen anillos bencenico.

Hidroxilados: cadenas laterales tienen grupos -OH.

Serina y treonina

Azufrados: cadenas con azufre en forma de mercapti (-SH) o tioeter (-S-)

Metyonina y sisteonina.

Ácidos: cadenas laterales tienen radicales carboxilo.

Aspartato y glutamato.

Amidas: son las amigas de los aminoácidos asp y glu.

Asparagina( ácido aspartico)

Glutamina (ácido glutamico)

Clasificación de acuerdo a síntesis biológica:

-Esenciales aminoácidos. Son aquellos que el cuerpo no puede sintetizar por si mismo

-no esenciales. Aquellos que el organismo si puede sintetizar.

Tenemos 9 esenciales: triptófano, treonina, valina, lisina, leucina, metionina, histidina, fenilanina e
isoleucina.

No esenciales: alanina, glicina, asparagina, cisteína, Arginina, glutamina, tirocina, Ac. Aspartico,
prolina, serina y Ac. Glutámico.

Clasificación de acuerdo a su destino metabólico:

Glucógenicos: gly, Val, pro, met, ser, thr, cys, asn, gln, ARG, his, asp y glu.

-Cetogenicos: leu y lys

Mixtos: lle, trp,phe y tyr.

Historia aminoácidos

Primer descubierto fue la asparagina (ASn) 1806 y 3) último fue la treonina (thr) 1938.

Asn= se encontró en el e…
 Peptidos.

Polímeros de los aminoácidos son: peptidos y polipeptidos o proteínas:

-peptidos son moléculas pequeñas ( hasta 50 a.a) .

- peptido pequeño (<20 a.a) u oligopeptido.

- peptido grande (>20 a.a y <50 a.a).

-proteina o polipeptido (>50a.a)

Un aminoácido con otro aminoácido se hace un enlace peptidico.

Enlace peptidico

-∆G= 10kj/mol.

-formación está acoplado a la hidrólisis de ATP.

- corto y rígido.

-cis y trans.

Hidrólisis del enlace peptidico es exergonica lenta debido a su elevada energía de activacion.

-enlace peptidico estable, vida media (t1/2) de siete años en condiciones intracelular.

-peptidos pequeños tienen funciones biológicas importantes:

-dipeptido: L-aspartil-L-fenilalanil metió Ester: aspartano (e) o nutrasweet.

Hormonas: oxitocina (nueve residuos), contracciones uterinas y el amor.

-bradiquinina(nueve residuos), vasodilatación.

-factor libertador de la tirotropona (tres residuos), tirotropias (regula hormonas tiroideas.

oxitocina la hormona del amor

Nombre proteína, 1838 por Jobs Jakob berzelius.

- sustancias complejas y ricas en nitrógeno presente en las células de todas las plantas y animales.

-deriva del griego proteios" cuyo significado es de "primera importancia".

- macromoleculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos unidos por enlaces peptidicos.
Proteína formada por 50% C, 7%H, 20%O y 19%N, contener pequeñas cantidades de azufre.

Diferencias estructurales y funcionales de las proteínas se debe a la secuencia de aminoácidos que

están unidos mediante enlaces peptídicos.

Función?

Estructural: forma y soporte a las estructuras de célula y tejido. Colágeno ( tejido conjuntivo)

-elastina: proteína encargada de darle la elasticidad a la piel.

-queratina: uñas, pelo

-tubulina: forman parte del citoesqueleto.

Transporte y almacenamiento.

-hemiglobina: transporte de oxígeno a los tejidos

-mioglobina: reserva de oxígeno es músculo esquelético y cardíaco

-transferrina: transporte de hierro en el plasma.

-Albúmina.

Catalisis: incluye a todas las enzimas

-anhidrasa carbónica

-metaloenzima, depende de Zn+²

-formar ácido carbónico a partir de CO2

Movimiento: proteínas contractiles

-actina.

-miosina

-tubulina del citoesqueleto.

Protección y defensa.

-anticuerpos

Interferones a,B y Y.

Proteínas señalizadoras como respuesta a la presencia de patógenos, virus, bacterias, parásitos.

-fibrina ( fibrinógeno, coagulación).

Comunicación: transducen las señales físicas o químicas que reciben.

-rodopsina: visión en condiciones de baja luminosidad.

-proteina transmembranal.

Clasificación de las proteínas

-segun su función

-composicion química:

Simples: aquellas que están constituidas solamente por aminoácidos.

-albumina

-enzuma ribonucleasa

Complejas o conjugadas: además de aminoácidos tiene compuestos no proteicos

-hemiglobina

-citocromos
Clasificación según su estructura:

-monomericas: una sola cadena de aminoácidos (albúmina, mioglobina, ribonucleasa).

-oligomericas: tienen más de una cadena (hemoglobina, lactato deshidrogenasa, ac).

-complejas; formadas por varias cadenas que realizan distintas actividades (cadena respiratoria y
piruvato deshidrogenasa).

Las proteínas que se encuentran en cualquier de sus conformaciones funcionales se denomina

proteína nativa.

Confirmación de una proteína está estabilizada principalmente por interacciones débiles.

Estabilidad, importante para mantener su forma nativa.

Conformación proteica más estable (menor energía lo libre) será la que tenga el mayor número de
interacciones débiles.

Conformación (acomodo espacial) se refiere a cualquier estado estructural que pueda lograrse sin
romper enlaces covalentes.

-conformaciones predominantes en estado biológico.

Termodinámicamente sea la más estable y la de menor energía libre de Gibbs.

Proteína que se encuentran en su confirmación funcional plegada se denominan proteínas nativas.

Por ejemplo el cabello cuando se calienta con la plancha

Proteínas

Cadenas polipéptidos pueden plegarse para adoptar estructuras secundarias y terciarias

específicas.

Combinarse con otras para formar una estructura cuaternaria.

-rotura de un enlace covalente (disulfuro) requieren de 200 a 400 kj/mol.

-Estructura primaria (secuencia de aminoácidos)

-estructura secundaria (hélice).

-estructura terciarias (peptido individual doblado).

Estructura cuaternaria (agregados de dos o más peptidos).

Niveles estructurales de las proteínas:

-estructura primaria

-estructura secundaria

-estructura terciarias

-estructura cuaternaria.

Estructura primaria: enlaces covalentes (peptidico y puentes de disulfuro principalmente) que

unen los aminoácidos.

Secuencia de los aminoácidos.

Estructura secundaria: describe el arreglo espacial de los átomos de la cadena principal.

Peatones de plegamiento más destacados son:

Hélice alfa y beta

-1951, Linus pauling y Robert Corey

-helice alfa es una estructura habitual en las proteínas.

Forman hélices alfa con mayor facilidad?

-puentes de hidrógeno

Estructura hélice alfa se forma:

-L-aminoacido

-D-aminoacido.
No todos los aminoácidos favorecen una estructura alfa hélice estable.

-interacciones pueden estabilizar o desestabilizar.

Ejemplo:

Proteína posee muchos residuos de glu de forma consecutiva no se podrá formar una hélice.

Grupos cargados negativamente se repelen y sobrepasan la capacidad estabilizadora de las

interacciones no covalentes.

Restricciones que afectan la estabilidad de una hélice a:

1-repulsiin o atracción electrostática entre residuos de aminoácidos con grupo R cargados.

2-volumen de los grupos R

3-interaccion entre cadenas laterales separadas tres o cuatro residuos.

4- presencia de residuos de pro y gly.

5- interaccion entre residuos en los estaremos de la hélice.

Catalisis incluye a todas las enzimas.

-anhidrasa carbonica.

Estructura cuaternaria

-cada cadena polipeptidica se conoce como

Que sucede cuando una proteína se pliega mal? Ya no obtiene la configuración que debería y se
les nombra.

Agente etiológico "priones": producen las células nerviosas.

-composicion parcial o total de una proteína celular llamada PrP (proteína celular prion)

-prion proteina-infeccion.

PROTEINAS

Límites para el tamaño de proteínas

- tamaño es un reflejo de su función.

-ejemplo: enzima requiere de una estructura está le que contenga una bolsa suficiente grande
para unirse al sustrato y catalizar la reacción.
1- capacidad de codificar genéticamente.

2- exactitud del proceso biosintetico.

-capacidad de error 1/10000 residuos añadidos.

-codificsciones diferentes a las célula, pueden provocar cambios en la estructura de la proteína

Perdida de la estructura tridimensional se le llama desnaturalización.

- calor

-pH.

Proteínas globulares desnaturalizadas por calor, pH o agente desnaturalizantes pueden recuperar

su estructura nativa y actividad biológica, si son devueltas a una conformación nativa estable.

-renaturalizacion.

Proteínas

Enzimas:

Hay dos condiciones fundamentales para la vida:

 Poder replicarse.
 -catalizar reacciones químicas eficientes y selectivas.
Conversión de sacarosa en CO2 y H2O en presencia de oxígeno es un proceso exergonico, libera
energía!.

Se puede almacenar (años) una bolsa de azúcar sin ninguna transformación, aunque es un proceso
termodinamicamente favorable, ¡es lento!

-el ser humano consume sacarosa la energía se libera en segundos!!

Enzimas:

Proteínas de mayor especialización.

Poder catalítico= los catalizadores sintéticos o inorgánicos son:

Paladino, aluminio, flúor, sol. Ácidos, zinc, titanio, niquel.

Trabajan en soluciones acuosas en condiciones suaves de T y pH.

Presentes en todos los procesos bioquímicos, catalizan cientos de reacciones consecutivas.

Enzimas:

En algunas enfermedades (hereditarias) puede haber una deficiencia o ausencia total de la

enzima:

- una o varias enzimas.

-exceso de actividad enzimática.

Fármacos ejercen sus efectos biológicos a través de la interacción con enzimas.

-pravastatina: inhibidor competitivo de la HMG-CoA reductasa, enzima que cataliza el paso inicial
de la biosintesis de colesterol

Enzimas:

-Frederick W. Kühne, nombró a esas moléculas enzimas.

-James summer (1926) aisló y cristalizó la ureasa. Postuló que todas las enzimas eran proteínas

- 1930 John Northrop y Moses Kunitz cristalizaron la Pepsina, tripsina y otras enzimas digestivas,
descubrieron que también eran proteínas.

LA MAYORIA DE ENZIMAS SON PROTEINAS!!!

Disociación de una enzima en sus subunidades pierde normalmente la actividad catalitica.

- descompone en sus aminoácidos constituyentes.

Estructuras primarias, secundarias, terciarias y cuaternarias de las proteínas enzimaticas son

necesarias para su actividad catalitica.
No enzimas que No requieren para su actividad catalitica otros grupos químicos, solamente sus
aminoácidos

Otras enzimas son activadas por modificación covalente por fosforilación, glucosilacion, etc.

Enzima se clasifica según la reacción que cataliza.

enzimas se nombraron agregando el sufijo "asa" al nombre del sustrato o descripción de su

actividad.

-ureasa, cataliza la hidrólisis de la urea (CO2 y NH3)

-ADN polimerasa, cataliza la polimerización de nucleotidos en la síntesis del ADN.

Nombres generales antes de saber su reacción específica.

-pepsina, griego "Pepsi" digestión.

Pepsina actúa en el estómago.

Dónde se forma la Pepsina? Se forma en una forma inactiva y se le conoce como pepsinogeno
(inactiva).

Para tenerla activa tendrá que estar en un lugar muy ácido para que pueda desprenderse de la
colita verde.

Lisozima sobre que sustrato actúa? Lisa las paredes bacterianas.

Otras se nombraron de acuerdo a cómo se obtuvieron.

Tripsina del griego "tryein' desgastar. Obtuvo frotando tejido pancreático con glicerina.
Enzimas tienen dos nombres o dos enzimas diferentes tiene el mismo nombre!!

Anhidrads carbonica (E.C.4.2.1.1) o carbonato deshidratada. Nombre sistematico

Sistema internacional distribuye a las enzimas en seis clases y cada una de ellas con subclases.

- a cada enzima de le asigna un número clasificatorio con cuatro apartados

Ejemplo ATP+ D-glucosa = ADP + D-glucosa 6-,fosfato.

ATP: glucosa fosfotrandferasa.

Cataliza la transferencia de un grupo fosfato del ATP a la glucosa.

Nuenri de clasificación de la enzima (E.C): 2.7.1.1

-primer dígito: clase (transferasa)

-segundo dígito: subclase (fosfotransferasa)

-tercer dígito: fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como receptor.

-cuargo dígito: glucosa como aceptar del grupo fosfato.

Generalmente se usa un nombre más sencillo: hexoquinasa

Página: genome.jp/dbget-bin/www_bget.

qmul.ac.uk/sbcs/iubmb/enzyme/EC7/cont7a.html.
Una reacción catalizada enzimaticamente tiene un lugar dentro de una bolsa (hendidura) de la
enzima llamada sitio activo!.

- molécula fijada en el sitio activo y sobre la cual actúa la enzima se le llama sustrato.

Este es un modelo de la cerradura

Formacion del complejo enzima-sustrato fue propuesta por primera vez por charles-adolphr wurtz
(1880).

Punto de partida que define el comportamiento cinético de las reacciones catalizados por enzimas

Fórmula

E+S=ES=EP=E+P.

-ES y EP, son complejos transitorios.

Catalizador es una sustancia que aumenta la rapidez o velocidad de una reacción química.

Ejemplo: descomposición de peróxido de hidrógeno (H2O2).

Termodinámicamente favorecida, pero lenta!!

Ejemplo de la reacción cuánto te pintas el pelo o te cortas.

Añade ión ferrico (FeCl3) la reacción aumenta 1000 veces.

Hemoglobina contiene hierro, incrementa aún más la velocidad de la reacción.

Cuando las moléculas A y B se aproximan para reaccionar se forma un complejo: estado de
transición.

Posteriormente el complejo del estado de transición se descompone en los productos C y D.

Las enzimas reúnen al sustrato en un lugar especial denominado centro activo o sitio activo.

-ninguna reacción química puede alcanzar un rendimiento del 100%, sea catalizada o no. Por qué
no puede catalizar se al 100%?

Cento activo de una enzima está presentes los residuos que participan en la producción y ruptura
de enlaces.

-grupos catalítico

Cómo se le llama a la parte proteica de una enzima? Apoenzima cuando se le une al cofactor sería
haloenzima.

Funciones de los cofactores:

Aspectos generales:

1- centro activo representa una parte muy pequeña de toda la enzima.

2- centro activo es tridimensional.

3- sustratos se unen a las enzimas por numerosas fuerzas débiles.

4- centro activos son hoyos o hendiduras.

5-Especificifad del enlace depende de la disposición definida de los átomos del centro activo. 1890
Emil Fisher establece la metáfora sobre la llave y la cerradura (pieza de rompecabeza).

Correcta y en gran parte ha ayudado a entender la estereoespecificidad de la catalisis.

Otras enzimas, el centro activo se modifica sensiblemente al unirse al sustrato, ajuste inducido!.

Ajuste inducido:

Enzima cambia "ligeramente si forma" cuando de une a su sustrato.

Algunas enzimas poseen especificidad "absoluta' para un sustrato.

Que significa que algunas enzimas poseen especificidad absoluta'? Únicamente va reconocer un
sustrato no más.

Aspartasa (presente en la plantas y bacterias): cataliza la reacción reversible de adición de

amoniaco al doble enlace del ácido fumarico para dar L-aspartago.

Posee una rígida especificidad óptica y geométrica, no actúa sobre el D-aspartato.

Algunas enzimas poseen especificidad "relativa" para un sustrato.

Ejemplo quimotripsina, corta lo enlace (nivel intestinal) dónde se encuentre aminoácidos grandes
como la fenil-alanina, tirosina,triptófano,metionina y leucina.
Las proteínas llevan un doble proceso digestivo 1 a nivel de estómago 2 a nivel intestinal!!.

Hidrilisis ácida e hidrilisis alcalina!!

Enzimas con especificidad relativamente amplia y actúa sobre varios compuestos.

Especificidad relativa, amplia y absoluta

Enzimas con especificidad relativamente amplia y actúa sobre varios compuestos.

-papaina

-bromelina

-Ficina.

Enzimas proteolitica.