Nucleósidos, Nucleótidos y Ácidos Nucleicos

Los estudios con los que se determinaron las estructuras de los ácidos nucleicos y que
prepararon el camino para el descubrimiento de la doble hélice del ADN fueron hechos
por Sir Alexander Todd.
Los ácidos nucleicos son cadenas de azúcares cíclicos de cinco miembros unidos por
grupos fosfato. El carbono anomérico de cada azúcar forma un enlace b-glicosídico con
el nitrógeno de un compuesto heterocíclico, comúnmente llamado base. En el ARN, el
azúcar es D-ribosa, mientras que en el ADN es 2'-desoxi-D-ribosa. El ácido fosfórico,
precursor de los grupos fosfato en ARN y ADN, enlaza los azúcares en los ácidos
nucleicos.
Cada grupo OH del ácido fosfórico puede formar fosfomonoéster, fosfodiéster o
fosfotriéster, dependiendo de la cantidad de grupos OH involucrados. En los ácidos
nucleicos, el grupo fosfato es un fosfodiéster. Los ácidos nucleicos están compuestos
por cadenas de azúcares y bases unidas por enlaces fosfodiéster, con el ácido fosfórico
actuando como puente entre los azúcares. En el ADN, la D-ribosa es reemplazada por
2'-desoxi-D-ribosa. Estos componentes forman la estructura fundamental para la
información genética en los organismos.
La diversidad en la herencia entre especies y dentro de la misma especie se debe a las
secuencias de bases en el ADN. El ADN y el ARN tienen cuatro bases nitrogenadas:
adenina (A) y guanina (G) son purinas, mientras que citosina (C) y timina (T) son
pirimidinas en el ADN. En el ARN, la timina se reemplaza por uracilo (U). La timina y el
uracilo difieren en un grupo metilo, siendo la timina 5-metiluracilo. La razón de la
presencia de timina en el ADN en lugar de uracilo se abordará en la sección 27.9. Estas
bases forman las instrucciones genéticas que determinan las características de los
organismos.
Las purinas (adenina y guanina) y las pirimidinas (citosina, timina en el ADN y uracilo en
el ARN) se unen al carbono anomérico del anillo de la furanosa (D-ribosa o 2'-desoxi-D-
ribosa) mediante enlaces b-glicosídicos. Un compuesto que consta de una base unida a
D-ribosa o 2'-desoxi-D-ribosa se llama nucleósido.
Las posiciones en el anillo del azúcar en un nucleósido se indican con números
primados ('). Por ejemplo, al componente azúcar del ADN se le llama 2'-desoxi-D-ribosa
debido a esta numeración. Existe una diferencia en los nombres de las bases y sus
nucleósidos correspondientes, como adenina (base) y adenosina (nucleósido), o
citosina (base) y citidina (nucleósido).
El uracilo se encuentra solo en el ARN y se muestra unido a la D-ribosa, mientras que la
timina, exclusiva del ADN, se une a la 2'-desoxi-D-ribosa. Esta distinción se refleja en la
terminología de los nucleósidos (por ejemplo, uridina en lugar de uracilo en el ARN y
timidina en lugar de timina en el ADN).
Un nucleótido es un nucleósido con el grupo hidroxilo (OH) en posición 5' o 3' unido al
ácido fosfórico mediante un enlace éster. Los nucleótidos del ARN, con D-ribosa como
azúcar, se llaman ribonucleótidos, mientras que los del ADN, con 2'-desoxi-D-ribosa, se
llaman desoxirribonucleótidos.
Dado que el ácido fosfórico puede formar anhídridos, los nucleótidos pueden existir
como monofosfatos, difosfatos y trifosfatos. Sus nombres se forman agregando
"monofosfato," "difosfato," o "trifosfato" al nombre del nucleósido. Las abreviaturas de
los nucleótidos incluyen letras (A, G, C, T, U), seguidas por MP, DP o TP según si son
monofosfato, difosfato o trifosfato, y con una "d" al principio si contienen 2'-desoxi-D-
ribosa.
Nucleósido = base + azúcar.
Nucleótido = base + azúcar + fosfato.
27.2 Otros nucleótidos importantes
El ATP (adenosín trifosfato) es conocido como el principal portador de energía química
en las células. Sin embargo, no es el único nucleótido importante en biología. Por
ejemplo, el GTP (guanosina trifosfato) también desempeña un papel en ciertas
reacciones de transferencia de fosfato.
Además, existen otros nucleótidos significativos. Uno de ellos es el AMP cíclico
(adenosina monofosfato cíclico), que a menudo se llama "segundo mensajero". Este
nucleótido conecta hormonas (los "primeros mensajeros") con enzimas que regulan
funciones celulares. Cuando ciertas hormonas, como la adrenalina, son liberadas,
activan una enzima llamada adenilato ciclasa, que convierte el ATP en AMP cíclico. A su
vez, el AMP cíclico activa enzimas regulando funciones celulares a través de procesos
de fosforilación.
Estos nucleótidos desempeñan un papel crucial en la regulación de las actividades
celulares, y su estudio se ha convertido en un campo importante de investigación
biológica.

27.3 Los ácidos nucleicos están formados por subunidades de nucleótidos

Los ácidos nucleicos, como el ADN y el ARN, están compuestos por cadenas largas de
subunidades llamadas nucleótidos, unidas por enlaces fosfodiéster. Los enlaces
fosfodiéster conectan el grupo 3'-OH de un nucleótido con el grupo 5'-OH del siguiente
nucleótido. Un dinucleótido tiene dos subunidades, un oligonucleótido tiene de tres a
diez subunidades y un polinucleótido tiene muchas subunidades.
En la biosíntesis de ácidos nucleicos, las ADN polimerasas sintetizan ADN, y las ARN
polimerasas sintetizan ARN. Los trifosfatos de nucleótidos son las materias primas para
esta síntesis. La síntesis ocurre mediante la formación de enlaces fosfodiéster, donde el
grupo 3'-OH de un trifosfato de nucleótido ataca el fósforo de otro trifosfato, rompiendo
un enlace fosfoanhídrido y liberando pirofosfato. Esto implica que la cadena polimérica
se construye en la dirección 5' a 3', es decir, los nuevos nucleótidos se agregan al
extremo 3'. La hidrólisis del pirofosfato hace que la reacción sea irreversible. La síntesis
de ARN sigue un proceso similar, pero utiliza ribonucleótidos en lugar de 2'-
desoxirribonucleótidos.
La estructura primaria de un ácido nucleico es la secuencia de bases en la hebra, escrita
en dirección 5' a 3'. Watson y Crick propusieron que el ADN consta de dos hebras
antiparalelas con el esqueleto de azúcar-fosfato en el exterior y las bases en el interior,
unidas por puentes de hidrógeno entre adeninas y timinas, así como guaninas y
citosinas.
La constante anchura de la molécula exige que una purina se aparee con una pirimidina
para evitar salientes o tensiones. Erwin Chargaff demostró que la cantidad de adeninas
es igual a la de timinas, y la de guaninas es igual a la de citosinas, con proporciones
características de cada especie.
El apareamiento específico de las bases se explica por la formación de puentes de
hidrógeno. Adenina forma dos puentes con timina, mientras que guanina forma tres con
citosina. La longitud similar de los enlaces N—H----N y N—H----O que mantienen
unidas las bases contribuye a la estabilidad de la estructura del ADN.
La estructura secundaria del ADN se denomina doble hélice, donde las hebras de ADN
forman una espiral alrededor de un eje común. Los pares de bases, que son planos y
paralelos entre sí en el interior de la hélice, se asemejan a los peldaños de una escalera
enroscada. El esqueleto de azúcar-fosfato rodea las bases. Las interacciones de
apilamiento entre las bases aromáticas planas contribuyen significativamente a la
estabilidad de la doble hélice, siendo más fuertes entre dos purinas y más débiles entre
dos pirimidinas.
Además de los puentes de hidrógeno, las interacciones de van der Waals y el
confinamiento de las bases en el interior de la hélice aumentan la estabilidad. La doble
hélice presenta surcos mayores y menores, donde moléculas y proteínas pueden unirse.
Las propiedades de formación de puentes de hidrógeno de los grupos funcionales que
miran hacia cada surco determinan qué tipo de moléculas se unen, como el caso del
antibiótico netropsina que se une al surco menor del ADN.

27.4 El ADN es estable pero el ARN se rompe con facilidad

En contraste con el ADN, el ARN es más propenso a la ruptura debido a que el grupo 2'-
OH de la ribosa puede actuar como nucleófilo y romper la cadena. Esta diferencia se
debe a que el ADN carece del grupo 2'-OH. La presencia del grupo 2'-OH en el ARN
facilita su degradación y explica por qué el ARN es más susceptible a la rotura.
El ADN, por otro lado, debe mantenerse íntegro a lo largo de la vida de una célula para
preservar la información genética. La fragilidad del ARN es ventajosa, ya que permite su
síntesis cuando es necesario y su degradación una vez que ha cumplido su función, sin
tener que mantenerse estable durante períodos prolongados como el ADN.

27.5 Biosíntesis de ADN: replicación

La información genética en una célula humana está almacenada en 23 pares de
cromosomas, y cada cromosoma contiene miles de genes, que son segmentos de ADN.
El genoma humano completo, que es la totalidad del ADN en una célula, consta de
3,100 millones de pares de bases.
La estructura del ADN propuesta por Watson y Crick sugiere cómo se puede transmitir la
información genética a generaciones futuras. Dado que las dos hebras del ADN son
complementarias, ambas contienen la misma información genética. Sirven como
plantillas para la síntesis de nuevas hebras complementarias en un proceso llamado
replicación. Las nuevas moléculas de ADN, conocidas como moléculas hijas, son
idénticas a la molécula original y contienen toda la información genética.
Todas las reacciones de síntesis de ácidos nucleicos son catalizadas por enzimas. La
replicación del ADN ocurre en una región llamada horquilla de replicación, donde las
hebras han comenzado a separarse. La hebra hija en la dirección 5' a 3' se sintetiza de
manera continua, mientras que la hebra hija en la dirección 3' a 5' se sintetiza de manera
discontinua en tramos pequeños. La enzima ADN ligasa une estos fragmentos. Cada
molécula hija de ADN replicado resultante contiene una hebra parental original y una
hebra recién sintetizada, lo que se conoce como replicación semiconservativa.

27.6 La transcripción es la biosíntesis de ARN

En el proceso de decodificación de la información genética, se lleva a cabo la
transcripción y la traducción.

1. Transcripción:
- El ADN contiene sitios promotores que marcan el inicio de los genes.
- Una enzima se une al sitio promotor, desenrollando el ADN y exponiendo las bases.
- El ADN tiene una cadena de codificación (sentido) y una cadena de plantilla
(antisentido).
- Se lee la cadena de plantilla en dirección 3' a 5', y el ARN se sintetiza en dirección 5' a
3'.
- Las bases en la cadena de plantilla especifican las bases a incorporar en el ARN.
- Por ejemplo, guanina en la cadena de plantilla indica la incorporación de citosina en el
ARN, y adenina indica la incorporación de uracilo.
- Los sitios en el ADN indican el final de la síntesis de ARN.

2. Traducción:
- La secuencia de bases en el ARN determina la secuencia de aminoácidos en una
proteína.
- La síntesis de proteínas a partir del ARN se llama traducción.
- La información genética se transfiere del núcleo al citoplasma, donde ocurre la
traducción.
En resumen, la transcripción convierte la información del ADN en ARN en el núcleo, y la
traducción utiliza la secuencia de bases en el ARN para sintetizar proteínas en el
citoplasma. Este proceso asegura la transferencia precisa de la información genética a
través de las generaciones celulares.
Encontramos una sorprendente característica en los genes: no son secuencias de bases
continuas. Frecuentemente, un gen está interrumpido por bases que aparentemente no
aportan información útil. Los tramos informativos de un gen se llaman exones, mientras
que los tramos que carecen de información genética se denominan intrones.
Durante la transcripción, se sintetiza un ARN complementario de toda la secuencia de
bases del ADN, incluyendo exones e intrones, entre el sitio promotor y la señal de paro.
Sin embargo, antes de que el ARN salga del núcleo, ocurre un proceso llamado corte y
empalme de ARN. Durante este paso, se eliminan las bases superfluas codificadas por
los intrones, y los fragmentos informativos (exones) se unen, resultando en una
molécula de ARN mucho más corta.
Este proceso de corte y empalme de ARN es esencial para la formación de ARN
funcional y diverso. Se ha observado que solo alrededor del 2% del ADN contiene
información genética, mientras que el restante 98% está compuesto por intrones. Se
sugiere que los intrones podrían conferir versatilidad al ARN, permitiendo la generación
de diversas formas cortas de ARN a partir de una cadena larga original.

27.7 Hay tres clases de ARN

Las moléculas de ARN, generalmente de una sola hebra, son significativamente más
cortas que las de ADN, raramente superando los 10,000 nucleótidos. Existen tres clases
principales de ARN:
1. ARN mensajero (ARNm):
- Determina la secuencia de aminoácidos en una proteína.
- Su secuencia de bases sirve como un "mensaje" para la síntesis de proteínas.
2. ARN ribosomal (ARNr):
- Componente estructural de los ribosomas, donde ocurre la síntesis de proteínas.
- Participa en la estructura de las partículas responsables de la biosíntesis de
proteínas.
3. ARN de transferencia (ARNt):
- Actúa como el portador de aminoácidos durante la síntesis de proteínas.
- Son considerablemente más pequeños que ARNm o ARNr, con solo 70 a 90
nucleótidos.
 - Su estructura única forma un trébol con un saliente pequeño y contiene regiones con
apareamiento de bases complementarias.
- Todos los ARNt tienen una secuencia CCA en el extremo 3'.
- Las tres bases en la parte inferior del asa, llamadas anticodón, se encuentran
directamente opuestas en los extremos 5' y 3'.
Durante la biosíntesis de proteínas, cada ARN de transferencia (ARNt) lleva un
aminoácido específico unido a su grupo 3'-OH terminal. La aminoacilación del ARNt
implica varios pasos:
1. Activación del aminoácido:
- El grupo carboxilato del aminoácido ataca el fósforo β del ATP, formando un adenilato
de acilo.
- El pirofosfato expulsado se hidroliza, garantizando la irreversibilidad de la reacción de
transferencia de fosforilo.
2. Reacción de sustitución nucleofílica:
- El grupo 3'-OH del ARNt ataca el carbono del grupo carbonilo del adenilato de acilo,
formando un intermediario tetraédrico.
3. Formación del aminoacil-ARNt:
- Se expulsa AMP del intermediario tetraédrico, resultando en la formación del
aminoacil-ARNt.
Cada aminoácido tiene su propia aminoacil-ARNt sintetasa, con dos sitios específicos
de unión: uno para el aminoácido y otro para el ARNt que transporta ese aminoácido. La
sintetasa corrige errores para garantizar la correcta unión del aminoácido al ARNt. Por
ejemplo, si dos aminoácidos de tamaños similares, pero con diferencias funcionales
entran al sitio de unión de la valina en la sintetasa, se activará preferentemente el que
sea hidrofóbico. Sin embargo, si el aminoácido incorrecto se activa, la sintetasa lo
hidrolizará, evitando su transferencia al ARNt. Este proceso garantiza la fidelidad en la
síntesis de proteínas.

27.9 Por qué el ADN contiene timina y no uracilo

La síntesis de timina (TMP) a partir de uracilo (UMP) implica la metilación de UMP para
formar TMPd (desoxitimidina monofosfato). La síntesis de timina se considera
energéticamente costosa, ya que cada NADPH utilizado en este proceso puede generar
tres moléculas de ATP. La razón de esta inversión energética es la necesidad de
mantener la presencia de timina en lugar de uracilo en el ADN. La citosina, una base
similar al uracilo, puede sufrir desaminación, transformándose en uracilo. Si esto
ocurriera y el uracilo no se corrigiera, durante la replicación del ADN, se podría insertar
adenina en lugar de guanina, generando potencialmente mutaciones letales.
La presencia de timina en el ADN permite que la enzima de reparación distinga entre
uracilo normal y uracilo formado por desaminación de citosina. Así, los uracilos
anómalos se reconocen como errores y se corrigen, evitando mutaciones perjudiciales.
Mientras que el ADN, que se replica a sí mismo, tiene mecanismos para corregir errores,
el ARN, que se degrada y se sintetiza continuamente, no conserva errores por mucho
tiempo. Por lo tanto, no se justifica gastar energía adicional para incorporar timidina (T)
en el ARN.

27.10 Determinación de la secuencia de bases en el ADN

La secuenciación del ADN implica dividir el ADN en fragmentos usando enzimas
llamadas endonucleasas de restricción, que cortan el ADN en ubicaciones específicas.
Estos cortes se realizan en secuencias específicas de bases, llamadas palíndromos.
Después, los fragmentos se etiquetan y se someten a un proceso de separación en un
gel de poliacrilamida y se exponen a una placa fotográfica para realizar la
autorradiografía. En el método de Sanger, se utiliza un cebador y se agrega ADN
polimerasa junto con pequeñas cantidades de sustancias especiales que detienen la
síntesis del ADN en ubicaciones específicas. Luego, los fragmentos resultantes se
separan por tamaño en un gel y se exponen a una placa fotográfica, generando una
imagen que revela la secuencia de bases.
Este proceso permite leer la secuencia de bases en un fragmento específico,
contribuyendo al entendimiento de la genética y la biología molecular.
Después de determinar la secuencia de bases en un fragmento de restricción, se puede
verificar la información obtenida repitiendo el proceso para obtener la secuencia de
bases en la hebra complementaria del fragmento. Este procedimiento implica utilizar
una endonucleasa de restricción diferente y considerar el traslape de los fragmentos
resultantes. En conjunto, estas técnicas permiten obtener la secuencia completa de
bases en una región específica del ADN.

27.11 Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) es una técnica desarrollada en 1983 que
permite amplificar rápidamente segmentos específicos de ADN, generando millones de
copias. Para realizar la PCR, se agrega a una muestra que contiene el segmento de ADN
a amplificar lo siguiente:
- Un exceso de cebadores, que son pequeños fragmentos de ADN que se unen a los
lados del ADN objetivo.
- Los cuatro trifosfatos de desoxirribonucleótidos (ATPd, GTPd, CTPd, TTPd).
- Una enzima llamada ADN polimerasa termoestable.
La PCR tiene diversas aplicaciones clínicas, como la detección de mutaciones
cancerígenas, el diagnóstico de enfermedades genéticas, la revelación de la presencia
del VIH que podría no ser detectado por otras pruebas, el monitoreo de la quimioterapia
del cáncer y la identificación rápida de enfermedades infecciosas. Esta técnica es
especialmente útil para obtener suficiente ADN para análisis a partir de pequeñas
muestras, como un solo cabello o un espermatozoide.

27.12 Ingeniería genética

Las moléculas de ADN recombinante son ADN, ya sea natural o sintético, que se ha
incorporado al ADN de una célula anfitriona compatible. Este proceso, conocido como
tecnología de ADN recombinante o ingeniería genética, tiene diversas aplicaciones. Una
de ellas es la producción de grandes cantidades de proteínas al insertar el ADN que
codifica para una proteína específica en un vector (un microorganismo capaz de replicar
ADN). Por ejemplo, la insulina humana se produce utilizando esta técnica.
La ingeniería genética también se utiliza en la agricultura, introduciendo genes que
confieren resistencia a la sequía o a los insectos en cultivos. Por ejemplo, los cultivos de
algodón modificados genéticamente son resistentes a la oruga del algodón, y el maíz
modificado genéticamente resiste al gusano de la raíz. Estos cultivos genéticamente
modificados pueden reducir la necesidad de herbicidas, lo que beneficia a las reservas
de agua freática. A pesar de los beneficios, algunas personas tienen preocupaciones
sobre las posibles consecuencias de manipular los genes de las especies.

27.13 Síntesis de hebras de ADN en el laboratorio

Se busca desarrollar métodos prácticos para sintetizar oligonucleótidos con secuencias
específicas de bases por varias razones. Una aplicación es la síntesis de genes que
pueden insertarse en el ADN de microorganismos para inducir la producción de
proteínas específicas. Además, se podría corregir defectos genéticos al insertar un gen
sintético en el ADN de un organismo que carece de un gen particular, en una estrategia
conocida como terapia génica.
La síntesis de oligonucleótidos, que implica la construcción de cadenas de ADN o ARN
con secuencias específicas, es un desafío mayor que la síntesis de polipéptidos debido
a la necesidad de proteger y desproteger grupos en cada nucleótido en momentos
específicos. Se utilizan métodos automáticos similares a la síntesis de péptidos, donde
el nucleótido en crecimiento se fija a un soporte sólido para facilitar la purificación y
evitar la pérdida de productos durante este proceso.
Dos métodos comunes para la síntesis de oligonucleótidos son el uso de monómeros
de fosforamidita y monómeros de H-fosfonato.
En el método de fosforamidita, el grupo 5'-OH de cada monómero se une a un grupo
protector DMTr, y el tipo específico de grupo protector depende de la base. La
fosforamidita es una herramienta clave en la ingeniería genética y la síntesis de
oligonucleótidos, facilitando la construcción controlada y precisa de secuencias de ADN
y ARN.
En el método de H-fosfonato, los monómeros se activan con un cloruro de acilo y se
unen al nucleósido en el soporte sólido, formando un dímero. Los monómeros se
incorporan uno por uno hasta completar la hebra, y luego se realiza la oxidación para
convertir los grupos H-fosfonato en grupos fosfato. Los grupos protectores en la base se
eliminan con amoníaco acuoso. Ambos métodos permiten la síntesis de
oligonucleótidos con secuencias específicas de bases.

Preguntas del Cuestionario

42. ¿Qué son ácidos nucleicos?
43. ¿Qué es un nucleósido?
44. ¿Qué es un nucleótido?
45. ¿Cuántos tipos de ácidos nucleicos hay?
46. ¿Qué es el ADN?
47. ¿Qué es una replicación?
48. ¿Qué es la transcripción?
49. ¿Qué es la traducción?
50. ¿Cuántas clases de ARN hay?
51. ¿Qué es el metabolismo?
52. ¿Qué es una ruta catabólica?
53. ¿Qué es el ATP?