Parcial I.

Ingeniería enzimática 2020-I

Mayo 13 de 2020. Rubén Darío Godoy Silva

1- Consideremos el camino de reacción propuesto en clase en el juego de diapositivas Ingeniería

enzimática 3 – 2020, en la diapositiva 19. En él explicábamos que la enzima redce
significantemente la energía de activación necesaria para los reactivos sin catalizador o con un
catalizador inorgánico. El camino de reacción que se ve allí es a través de una serie de complejos
intermedios.

AB*
Energía libre

CatAB* Energía de activación (G*a) sin catalizador

Energía de activación (G*a,c) con catalizador

EAB*
EP
Energía de activación (G*a,e) con enzima
A,B,Cat,E EAB G*a3
Energía de G*a1 G*a2
los reactivos Cambio de energía libre de la reacción (G)
E+P

Energía de los productos

Progreso de la reacción
Con nuestro conocimiento actual, ya debemos ser capaces de desarrollar un modelo para dicho
camino. La enzima primero se une al sustrato, luego se lleva a cabo la transformación química y,
posteriormente, la enzima libera el producto como se propone en el siguiente modelo:
k 1 k2 k3
E+ S ⇄ ES ⇄ EP⇄ E + P
k −1 k −2 k−3

Considere que, inicialmente, se agrega al tubo de ensayo una cantidad de enzima E 0. Considere
ahora que la reacción, sigue el modelo mostrado en la ecuación anterior. Su asignación consiste
en derivar la ecuación de velocidad para este sistema enzimático. Sin embargo, ahora tenemos
dos equilibrios actuando simultáneamente sobre los complejos ES y EP, por lo que el método
que hemos estado usando de Michaelis-Menten, descrito en las diapositivas 6 a 9 del juego de
diapositivas Ingeniería enzimática 6 – 2020, nos llevaría a un problema para resolver este
modelo. Sin embargo, podemos usar el método de Briggs-Haldane propuesto en las diapositivas
12-15 del mismo juego de diapositivas.

2- Las medidas que aparecen en la tabla, corresponden a la velocidad r de una reacción catalizada
por una enzima en un intervalo de temperatura T en el que no se detectó ninguna inactivación
 térmica. ¿Pueden estas medidas ser explicadas como efecto directo de la variación típica de la
temperatura sobre r max =k 2 ∙ E0, donde la concentración de enzima inicial E0 se mantuvo
constante en todos los experimentos y k 2 es la constante de velocidad para el paso en el
mecanismo de Henri-Michaelis-Menten que da lugar al producto? Si es así, explique por qué. Si
no es así, ¿qué otro mecanismo puede causar la desviación?

T r
[°C] [mmol·L-1·min-1]
5 0,32
10 0,75
15 1,67
20 3,46
25 6,68
30 11,9
35 19,7
40 30,9

3- Abra la página de Alazar (http://www.alazar.info/generador-de-numeros-aleatorios-sin-

repeticion), página que tiene un generador de números al azar. Genere 10 números al azar entre
0 y 99 y escríbalos en una tabla. Si Ud. gusta, puede usar otras páginas como
http://www.generarnumerosaleatorios.com/, la cual puede generar los 10 números con una
sola pulsación. Ahora súmele 100 a esos números. Por ejemplo, usando uno de los generadores
se obtuvo la siguiente tabla:

14 53 38 31 62 8 2 94 87 48

Después de sumarte 100, ahora tendremos la siguiente tabla:

114 153 138 131 162 108 102 194 187 148

Repita el procedimiento para obtener otros 10 números al azar, pero esta vez súmele 200. Por
ejemplo,

221 253 283 206 238 293 260 244 273 246

Ahora, trate los primeros 10 datos como si fuesen 10 medidas experimentales de la constante
catalítica k 2 a 5 °C de enzimas con la misma actividad (p. ej. EC 1.1.1.1) pero aisladas de 10
especies diferentes. Trate los segundos diez datos como el equivalente, pero a 30 °C. Asuma que
los datos están en unidades del Sistema Internacional. Para cada enzima, estime la energía de
activación y la constante k 0 de la ecuación de Arrhenius. Recuerde, esto lo puede hacer
sacándole logaritmo natural a la ecuación de Arrhenius para linealizarla, como se muestra
continuación: (recuerde: por dos puntos solo pasa una línea recta; recuerde que debe usar
temperatura absoluta).
E

k 2=k 0 ∙e
(
−
R ∙T )
a
 ln ( k 2 )=ln ( k 0 )− ( ER ) ∙ T1
a

Recuerde que R=8,314 J·mol-1·K-1. Una vez calculadas k 0 y Ea para cada una de las 10 enzimas a
partir del intercepto y la pendiente de cada gráfica, respectivamente, recuerde que en el juego
de diapositivas Ingeniería enzimática 3 – 2020, en las diapositivas 14 y 15 mencionamos que la
teoría del estado de transición nos permitía definir que:

−∆G ¿ kT −∆ G¿ RT −∆ G¿ RT −∆ H ¿ ∆ S¿
k 2=k 0 exp ( RT )=λ
h
exp
RT
=λ (
Nh )
exp
RT (=λ
Nh )
exp
RT
exp (R ) ( )
Es decir, que al sacar el logaritmo natural:

RT ∆ S¿ ∆ H ¿
[( ) ]
ln ( k 2 )= ln λ
Nh
+
R
−
RT

Lo que quiere decir que a partir de k 0 se puede obtener ∆ S y Ea es idéntico a ∆ H . Asuma,

¿ ¿

para el cálculo que λ=1, R=8,314 J·mol-1·K-1, T=300 K, Nh/RT=1,6×10-13 s.

¿ ¿
Para cada enzima encuentre el conjunto de datos ∆ H y ∆ S . Ahora, grafique las parejas de
¿ ¿ ¿
datos (∆ H , ∆ S ¿ de todas las 10 enzimas en una gráfica en la que el eje x es ∆ S y el eje Y es
∆ H ¿.
¿Encuentra alguna relación aparente? Si la hay, comente sobre dicha relación.

Ahora, bien. DESPUES!!! De que haya hecho el análisis anterior, lea el artículo de George
McBane, quien es un profesor de química de la Universidad donde yo hice mi doctorado. El
artículo se llama “Chemistry from Telephone Numbers: The False Isokinetic Relationship”, J.
Chem. Educ. 1998, 75, 7, 919-922, y lo pueden encontrar adjunto al presente documento. Una
vez leído, Ud. encontrará la razón de la modificación del ejercicio del profesor McBane en el
ejercicio que Ud. acaba de realizar. Por favor, sírvase volver a comentar sobre la validez de los
resultados obtenidos.

Para entregar…en algún momento antes de las 12 m. del lunes 18 de mayo de 2020.

Éxitos.