TRANSCRIPTÓMICA

Genética Molecular

Cuevas Nava Luz Sharmell

Hernández Hernández Alan Yeudiel
Moreno Paulin Leonardo
Villegas Solís Omar Joel
Transcriptómica.

La transcriptómica es el estudio del transcriptoma de una

célula o de un tejido en una situación concreta, basándose
en el análisis de sus perfiles de expresión génica.

También se puede definir como: disciplina de la biología

molecular que estudia los perfiles de expresión génica;
evaluación simultánea de los niveles de expresión de
múltiples genes en un tejido determinado en un momento
concreto.
 Transcriptoma.

El transcriptoma es el
conjunto de moléculas
de ARN mensajero
(mARN) y de ARN no
codificante presente
en una célula o tejido
concreto.
Características del
transcriptoma

▪ Es dinámico
▪ Cambia en respuesta a estímulos externos
(factores ambientales) o endógenos (factores
fisiológicos o genéticos)
Variación en el
transcriptoma

Variación cuantitativa:
▪ Niveles de expresión.
Variación en el
transcriptoma

Variación cualitativa:

▪ Estructura. ▪ Secuencia.
Aplicaciones.

▪ El diagnóstico y clasificación molecular de las

enfermedades
▪ Predicción de la respuesta terapéutica.
▪ Identificar las funciones de los genes o identificar a los
responsables de fenotipos particulares.
▪ Entre otros.
Estudio de los transcritos
Microarrays
Mediante hibridación
➔ Permite la hibridación simultánea de miles de secuencias conocidas
inmovilizadas con ácidos nucleicos presentes en una muestra
problema.
➔ Se diseña de modo tal que se contengan la información posible de
transcritos que podría expresar una célula (principalmente mRNAs).
➔ Son similares a los que se utilizan para estudiar diversidad poblacional
de genomas, pero concentrados en el análisis de mRNAs.
➔ Se apoya en la propiedad biomolecular fundamental del DNA que es la
de "complementariedad” de las bases nitrogenadas.
➔ Es un "chip" del tamaño aproximado de un sello donde, sobre una
matriz inerte, se depositan miles de “hebras simples” de DNA de
secuencias génicas, oligonucleótidos, de modo que sobre ellos pueden
hibridar las secuencias complementarias correspondientes que son las
que se obtienen del mRNA de las muestras biológicas que queremos
analizar.
 Procedimiento

1. Marcar la muestra con tinte fluorescente

2. Aislar el mRNA de las células de interés para pasarlo a cDNA.
3. Desnaturalizar ese cDNA para obtener hebras simples.
4. Poner el cDNA troceado sobre el microarray, las hebras son
atraídas por las hebras simples de oligonucleótidos del microarray
para volver a conformar la estructura de doble-hélice (proceso
conocido como hibridación).
5. Lavar el microarray
6. Escanear el microarray con un láser para cuantificar la
fluorescencia de cada gen.
En general, la actividad de un gen está representada por el número
de copias de mRNA de ese gen en una muestra de células. Un alto
(bajo) nivel de fluorescencia indica que muchas (pocas) copias del
mRNA de ese gen han hibridado en el chip y que, por tanto, el gen
tiene mucha (poca) actividad en la célula.
Videos

Microarrays:
https://youtu.be/itZq0DMk404

Metodología de un microarrays:
https://youtu.be/0ATUjAxNf6U
 RNA-Seq
(Mediante secuenciación de ARN)
Principio.

El RNA-seq es una herramienta transcriptómica

actual que está fundamentada en la secuenciación
de ADNc.

En esta tecnología se captura el ARN total o ARNm, el

cual se fragmenta y convierte en una librería de
ADNc.
Usos del RNA-Seq

RNA-seq proporciona:
▪ Cobertura completa de transcritos.
▪ Genera información no solo de la secuencia, sino
también de la estructura de exones.
▪ Proporciona información de posibles eventos de
splicing alternativo.
.
Procedimiento.

1. El ARNm se extrae usando sondas que se unen a sus colas poli-A.

2. Fragmentación de ARN largos por hidrólisis química, nebulización,
por digestión con enzimas de restricción.
3. Se copia en ADNc bicatenario estable (ADNc-ds).
4. El ds-cDNA se secuencia usando métodos de secuenciación de
lectura corta de alto rendimiento.
5. Estas secuencias se pueden alinear con una secuencia del genoma de
referencia para reconstruir qué regiones del genoma se
transcribieron
6. Estos datos se usan para anotar dónde están los genes expresados,
sus niveles de expresión relativos y cualquier variante de empalme
alternativa.
Videos.

Introducción al RNA-Seq:
https://youtu.be/tlf6wYJrwKY
Artículos.
Una visión transcriptómica
sobre el impacto de las
células cancerosas de colón
en los mastocitos.

Se utilizó la técnica de RNA-seq para entender cómo las células

cancerosas de colon pueden moldear el fenotipo y la función de los
mastocitos y viceversa, cómo los mastocitos pueden contribuir al
desarrollo del cáncer de colon.

Esto se realizó comparando el perfil transcriptómico de los cultivos de

mastocitos con cáncer de colon frente a los cultivos de mastocitos de
control y se reveló que genes como MMP-2, VEGF-A, PDGF-A, COX2,
NOTCH1 e ISG15 utilizando Ingenuity Pathway Analysis (IPA) están
involucrados en la señalización asociada al cáncer.
Una nueva estrategia de vacunación
que emplea vectores adenovirales de
chimpancé serológicamente
diferentes para la prevención de la
coinfección por VIH-1 y VHC

▪ Desarrollaron un nuevo régimen de vacunación que involucra

cebado de vector de adenovirus de chimpancé con defectos de
replicación y serológicamente distintos (ChAd3, ChAd63) seguido de
un refuerzo de vacunas modificadas Ankara (MVA), para el
suministro simultáneo de HCV no estructural (NSmut) y VIH-1
conservado (HIVconsv)
▪ La inmunogenicidad se evaluó utilizando grupos de péptidos ex vivo
ELISpot y ensayos de citocinas intracelulares.
▪ Los cambios en el transcriptoma de sangre completa inducidos por
la vacuna se evaluaron mediante análisis de microarrays.
▪ Se ha demostrado que la expresión génica innata después de la
vacunación determina las respuestas inmunes adaptativas
funcionales, por lo tanto, se realizó un análisis imparcial de los
transcriptomas de sangre completa.

▪ El transcriptoma de sangre completa mostró una regulación

significativa hacia arriba y hacia abajo de los genes involucrados en
la locomoción y la regulación de la activación de los linfocitos,
respectivamente.

▪ En los tres grupos de vacunas, las principales vías que se vieron

modificadas por la expresión de genes incluyeron la respuesta
antiviral, la señalización y respuesta de IFN-I e IFN-II, la regulación
de la secreción de IL-1-β, las respuestas inflamatorias, la regulación
negativa del ciclo de vida viral y la regulación de la activación de las
células T.
▪ En conclusión, se demostró la viabilidad de coadministrar dos
regímenes de vacunas de vectores virales a sujetos humanos sanos
sin socavar la seguridad, la tolerabilidad o la inducción de
respuestas de células T específicas.
Referencias.

▪ Lowe, R., Shirley, N., Bleackley, M., Dolan,S. & Shafee, T. (2017) Transcriptomics
technologies. PLoS Comput Biol 13(5): e1005457.
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005457
▪ Gironella Cos, M. (2011) Nuevos métodos de diagnóstico molecular: Transcriptómica
(mARN y miR) Elsevier 9(4): S1578155010700358. https://www.elsevier.es
▪ Hartnell F, Brown A, Capone S, Kopycinski J, Bliss C, Makvandi-Nejad S, Swadling L,
Ghaffari E, Cicconi P, Del Sorbo M, Sbrocchi R, Esposito I, Vassilev V, Marriott P,
Gardiner CM, Bannan C, Bergin C, Hoffmann M, Turner B, Nicosia A, Folgori A,
Hanke T, Barnes E and Dorrell L (2019) A Novel Vaccine Strategy Employing
Serologically Different Chimpanzee Adenoviral Vectors for the Prevention of HIV-1
and HCV Coinfection. Front. Immunol. 9:3175. doi: 10.3389/fimmu.2018.03175.
▪ Yu Y, Blokhuis BR, Garssen J, Redegeld FA. A Transcriptomic Insight into the Impact
of Colon Cancer Cells on Mast Cells. International journal of molecular sciences.
2019;20(7). doi:10.3390/ijms20071689.
 Referencias

● Wu J. Transcriptomics and Gene Regulation. Springer; 2016.

http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&db=cat02025a&AN=lib.MX001001883
377&lang=es&site=eds-live Accessed April 9, 2020
● Sedano, Johana & López, Camilo (2012). RNA-seq: herramienta transcriptómica útil para el
estudio de interacciones planta-patógeno. PDF recuperado el 4 de Abril de 2020 de:
redalyc.com
● Westermann, A. (2012) Microbiology. Revista Nature. (10). 18-30
● Rivas, M. & Sánchez, J. (2005) Estructura y análisis de microarrays. PDF recuperado el 4 de
Abril de 2020 de: www.seio.es
 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO
FACULTAD DE ESTUDIOS SUPERIORES CUAUTITLÁN
LICENCIATURA EN BIOQUÍMICA DIAGNÓSTICA
SEMESTRE 2020-II
GENÉTICA MOLECULAR 2601
CUEVAS NAVA LUZ SHARMELL
HERNANDEZ HERNANDEZ ALAN YEUDIEL
MORENO PAULIN LEONARDO
VILLEGAS SOLIS OMAR JOEL

Transcriptómica.
Los últimos avances científicos y tecnológicos conducen inexorablemente a un nuevo concepto
de la Medicina, en el que el diagnóstico molecular desempeñará un papel central. En este
contexto, el desarrollo de la transcriptómica, junto con la bioinformática, ha supuesto un
impulso determinante en la investigación, que ya está teniendo importantes consecuencias
clínicas en cuanto al diagnóstico, el pronóstico y el tratamiento de los pacientes.

La transcriptómica es el estudio del transcriptoma de una célula o de un tejido en una situación

concreta, basándose en el análisis de sus perfiles de expresión génica. También se puede
definir como la disciplina de la biología molecular que estudia de los perfiles de expresión
génica; evaluación simultánea de los niveles de expresión de múltiples genes en un tejido
determinado en un momento concreto.

El transcriptoma es el conjunto de moléculas de ARN mensajero (mARN) y de ARN no

codificante presente en una célula o tejido concreto. Todos los transcritos derivados de genes
que se producen en una célula en un momento y bajo una condición fisiológica determinada se
denomina ​transcriptoma.
El estudio y análisis del transcriptoma es esencial para el entendimiento de la función de genes,
ya que se puede establecer que si un gen se expresa en una condición o célula determinada es
porque cumple allí una función. El estudio global del transcriptoma permite también establecer
patrones de regulación génica coordinada, lo que contribuye a identificar elementos promotores
comunes a varios genes.
Características de la transcriptoma:
● Es dinámico.
● Cambia en respuesta a estímulos externos (factores ambientales) o endógenos
(factores fisiológicos o genéticos).
Variación en el transcriptoma:
● Variación cuantitativa:
❖ Niveles de expresión.
● Variación cualitativa:
❖ Estructura.
❖ Secuencia.
Aplicaciones.
1. El diagnóstico y clasificación molecular de las enfermedades
2. Búsqueda de nuevas dianas
3. Pronóstico de enfermedades.
4. Predicción de la respuesta terapéutica.
5. Identificación de genes y vías que responden y contrarrestan las tensiones ambientales
bióticas y abióticas.
6. Proporciona información crucial sobre los mecanismos de resistencia a los
medicamentos.
7. Identificar las funciones de los genes o identificar a los responsables de fenotipos
particulares.

Estudio del transcriptoma.

El estudio del transcriptoma en diferentes contextos se lleva a cabo desde hace décadas y se
ha ido adaptando y mejorando en función de los avances tecnológicos. Inicialmente se usaban
técnicas de bajo rendimiento, como Northern-blot, hibridación in situ y la reacción en cadena de
la polimerasa en transcripción inversa (RT-PCR), que sólo permiten el análisis cualitativo o
semicuantitativo de un gen candidato por análisis.

Existen dos técnicas contemporáneas clave en el campo: ​microarrays​, que cuantifican un

conjunto de secuencias predeterminadas, y ​secuenciación de ARN (RNA-Seq), que utiliza
secuenciación de alto rendimiento para capturar todas las secuencias.

Microarrays.
Los microarrays son dispositivos construidos usando microtécnicas de alta precisión capaces
de sintetizar en superficies muy pequeñas (del orden de uno o varios cm​2 ) miles de copias de
moléculas. La tecnología utilizada en el diseño de los microarrays se apoya en la propiedad
biomolecular fundamental del DNA que es la de "complementariedad” de las bases
nitrogenadas. Un microarray es un "chip" del tamaño aproximado de un sello donde, sobre una
matriz inerte, se depositan miles de “hebras simples” de DNA de secuencias génicas,
oligonucleótidos, de modo que sobre ellos pueden hibridar las secuencias complementarias
correspondientes que son las que se obtienen del mRNA de las muestras biológicas que
queremos analizar.

El procedimiento básico para trabajar con ellos es el siguiente:

1. Marcar la muestra del tejido a estudiar con un tinte fluorescente.
2. Aislar el mRNA de las células de interés y proceder a copiarlo mediante una síntesis in vitro
para pasarlo a cDNA.
3. Desnaturalizar ese cDNA para obtener hebras simples.
4. Poner el cDNA troceado sobre el microarray donde las hebras simples de cDNA son atraídas
por las hebras simples de oligonucleótidos del microarray uniéndose a ellas para volver a
 conformar la estructura de doble-hélice similar a la del DNA (proceso conocido como
hibridación).
5. Lavar el microarray para quitar las hebras simples de la muestra que no han hibridado.
6. Escanear el microarray con un láser para cuantificar la fluorescencia de cada gen.
En general, la actividad de un gen está representada por el número de copias de mRNA de ese
gen en una muestra de células. Un alto (bajo) nivel de fluorescencia indica que muchas (pocas)
copias del mRNA de ese gen han hibridado en el chip y que, por tanto, el gen tiene mucha
(poca) actividad en la célula.

RNA-Seq.
El RNA-seq es una herramienta transcriptómica actual que está fundamentada en la
secuenciación de ADNc. En esta tecnología se captura el ARN total o ARNm, el cual se
fragmenta y convierte en una librería de ADNc.

RNA-Seq puede usarse para identificar genes dentro de un genoma o identificar qué genes
están activos en un punto particular en el tiempo, y los recuentos leídos pueden usarse para
modelar con precisión el nivel relativo de expresión génica. RNA-seq, proporciona una
cobertura completa de transcritos, genera información no solo de la secuencia, sino también de
la estructura de exones y posibles eventos de splicing alternativo.

En experimento típico de RNA-seq consiste en los siguientes pasos principales:

1. RNA-Seq comienza con el aislamiento de ARN total de alta calidad usando sondas de
oligonucleótidos que se unen a sus colas poli-A.
2. Fragmentación de ARN largos para permitir la secuenciación esto se realiza por
hidrólisis química, nebulización, por digestión con enzimas de restricción o a través del
uso de cationes divalentes bajo condiciones de presiones elevadas y se liga a un
adaptador.
3. Se copia en ADNc bicatenario estable (ADNc-ds).
4. El ADNc fragmentado se usa para construir una biblioteca para la secuenciación.
5. El ds-cDNA se secuencia usando métodos de secuenciación de lectura corta de alto
rendimiento.
6. Estas secuencias se pueden alinear con una secuencia del genoma de referencia para
reconstruir qué regiones del genoma se transcribieron, de tal forma que cada fragmento
generado contendrá un adaptador ligado en sus extremos 3´y 5´
7. Estos datos se usan para anotar dónde están los genes expresados, sus niveles de
expresión relativos y cualquier variante de empalme alternativa.

Tabla 1. Comparación de métodos contemporáneos.

Método RNA-Seq Microarray

Rendimiento Alto Más alto

Cantidad de ARN de entrada Bajo ~ 1 ng de ARN total Alto ~ 1 μg de ARNm

 Alto (preparación de muestras y análisis
Intensidad laboral Bajo
de datos)

No se requiere ninguno, aunque la Transcripciones de referencia requeridas

Conocimiento previo
secuencia del genoma es útil para sondas

~ 90% (limitado por la cobertura de > 90% (limitado por la precisión de

Precisión de cuantificación
secuencia) detección de fluorescencia)

Puede detectar polimorfismos de un solo Las matrices dedicadas pueden detectar

nucleótido y variantes de empalme variantes de empalme (limitadas por el
Resolución de secuencia
(limitado por una precisión de secuencia diseño de la sonda y la hibridación
de ~ 99%) cruzada)

10​−3​ (limitado por detección de

Sensibilidad 10​−6​ (limitado por cobertura de secuencia)
fluorescencia)

> 10​5​ (limitado por cobertura de 10​3​-10​4​ (limitado por saturación de

Rango dinámico
secuencia) fluorescencia)

Reproducibilidad técnica > 99% > 99%

Artículos.

1. A Novel Vaccine Strategy Employing Serologically Different Chimpanzee

Adenoviral Vectors for the Prevention of HIV-1 and HCV Coinfection
Se desarrolló un nuevo régimen de vacunación que involucra cebado de vector de adenovirus
de chimpancé con defectos de replicación y serológicamente distintos (ChAd3, ChAd63)
seguido de un refuerzo de vacunas modificadas Ankara (MVA), para el suministro simultáneo
de HCV no estructural (NSmut) y VIH-1 conservado (HIVconsv).
Para lo cual 33 voluntarios sanos se inscribieron secuencialmente y se vacunaron por vía
intramuscular de la siguiente manera: 9 recibieron ChAd3-NSmut [2.5 × 10^10 vp] y
MVA-NSmut [2 × 10^8 pfu] a las semanas 0 y 8, respectivamente; 8 recibieron ChAdV63-
HIVconsv [5 × 10^10 vp] y MVA.HIVconsv [2 × 10^8 pfu] en el mismo intervalo; 16 fueron
cebados conjuntamente con ChAd3-NSmut [2.5 × 10^10 vp] y ChAdV63.HIVconsv [5 × 10^10
vp] seguidos en la semana 8 por MVA-NSmut y MVA.HIVconsv [ambos 1 × 10^8 pfu].

Para obtener resultados se evaluaron 2 cosas principalmente la inmunogenicidad utilizando

grupos de péptidos ex vivo ELISpot y el transcriptoma sanguíneo por análisis de microarrays,
este último se realizó con la finalidad de evaluar el sistema inmune innato pues se ha
comprobado que la expresión génica innata determina las respuestas inmunes adaptativas
funcionales.
En los tres grupos de vacunas, las principales vías que se vieron modificadas por la expresión
de genes incluyeron la respuesta antiviral, la señalización y respuesta de IFN-I e IFN-II, la
regulación de la secreción de IL-1-β, las respuestas inflamatorias, la regulación negativa del
ciclo de vida viral y la regulación de la activación de las células T.
Los vectores adenovirales que codifican los inmunógenos del VHC y del VIH-1 se pueden
administrar de forma segura sin reducir la inmunogenicidad de ninguna de las vacunas. Esto
proporciona una nueva estrategia para atacar estos virus simultáneamente.

2. A Transcriptomic Insight into the Impact of Colon Cancer Cells on Mast Cells.
Los mastocitos son una de las primeras células inmunitarias reclutadas en un tumor. Es bien
sabido que los mastocitos se acumulan en la lesión de cáncer de colon y su densidad se asocia
con los resultados clínicos.

Se utilizó la técnica de RNA-seq para entender cómo las células cancerosas de colon pueden
moldear el fenotipo y la función de los mastocitos y viceversa, cómo los mastocitos pueden
contribuir al desarrollo del cáncer de colon. Esto se realizó comparando el perfil transcriptómico
de los cultivos de mastocitos con cáncer de colon frente a los cultivos de mastocitos de control
y se reveló que genes como MMP-2, VEGF-A, PDGF-A, COX2, NOTCH1 e ISG15 utilizando
Ingenuity Pathway Analysis (IPA) están involucrados en la señalización asociada al cáncer.

Descripción esquemática de genes desregulados y vías asociadas. Los genes diferencialmente

regulados hacia arriba se muestran en rojo y los genes regulados hacia abajo en azul. Se
predicen las rutas y las moléculas asociadas aguas arriba/aguas abajo asociadas.
Referencias.

● Lowe, R., Shirley, N., Bleackley, M., Dolan,S. & Shafee, T. (2017) Transcriptomics
technologies. PLoS Comput Biol 13(5): e1005457.
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005457
● Gironella Cos, M. (2011) Nuevos métodos de diagnóstico molecular: Transcriptómica
(mARN y miR) Elsevier 9(4): S1578155010700358. ​https://www.elsevier.es
● Wu J. ​Transcriptomics and Gene Regulation.​ Springer; 2016.
http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&db=cat02025a&AN=lib.MX0010018
83377&lang=es&site=eds-live​ Accessed April 9, 2020
● Hartnell F, Brown A, Capone S, Kopycinski J, Bliss C, Makvandi-Nejad S, Swadling L,
Ghaffari E, Cicconi P, Del Sorbo M, Sbrocchi R, Esposito I, Vassilev V, Marriott P,
Gardiner CM, Bannan C, Bergin C, Hoffmann M, Turner B, Nicosia A, Folgori A, Hanke
T, Barnes E and Dorrell L (2019) A Novel Vaccine Strategy Employing Serologically
Different Chimpanzee Adenoviral Vectors for the Prevention of HIV-1 and HCV
Coinfection. Front. Immunol. 9:3175. doi: 10.3389/fimmu.2018.03175.
● Yu Y, Blokhuis BR, Garssen J, Redegeld FA. A Transcriptomic Insight into the Impact of
Colon Cancer Cells on Mast Cells. International journal of molecular sciences.
2019;20(7). doi:10.3390/ijms20071689.
● Sedano, Johana & López, Camilo (2012). RNA-seq: herramienta transcriptómica útil
para el estudio de interacciones planta-patógeno. PDF recuperado el 4 de Abril de 2020
de: redalyc.com
● Rivas, M. & Sánchez, J. (2005) Estructura y análisis de microarrays. PDF recuperado el
4 de Abril de 2020 de: ​www.seio.es
● Bernal, Luisa. (2015) La era de las ciencias ómicas. PDF recuperado el 4 de Abril de
2020 de: ​www.academiadefarmaciadearagon.es
 Universidad Nacional Autónoma de México
Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán

Carrera: Bioquímica Diagnóstica

Clave: 10569
Genética molecular Grupo: 2601

TRASCRIPTÓMICA
Alumnos:
Cuevas Nava Luz Sharmell
Hernández Hernández Alan Yeudiel
Moreno Paulin Leonardo
Villegas Solís Omar Joel

Profesora:
M en C. Maritere Domínguez Rojas
 TRASCRIPTÓMICA
Con la secuenciación del genoma humano se han desarrollado nuevas tecnologías que están
revolucionando la biomedicina y el diagnóstico médico. En esta línea, las llamadas ciencias
“ómicas” han ocasionado un cambio en la perspectiva de análisis al realizar un estudio
conjunto de las moléculas. De manera que el sufijo “-oma” significa “conjunto de” y la
adición de este sufijo a diferentes estudios en Biología constituye- estas nuevas
aproximaciones masivas en las que se está enfocando la Biología en la actualidad.

La transcriptómica es el estudio del transcriptoma de una célula o de un tejido en una

situación concreta, basándose en el análisis de sus perfiles de expresión génica. ES una
disciplina de la biología molecular que estudia los perfiles de expresión génica; evaluación
simultánea de los niveles de expresión de múltiples genes en un tejido determinado en un
momento concreto.

Transcriptoma
El transcriptoma es el conjunto de moléculas de ARN mensajero (mARN) y de ARN no
codificante presente en una célula o tejido concreto.

*Características

*Es dinámico

*Cambia en respuesta a estímulos externos (factores ambientales) o endógenos (factores

fisiológicos o genéticos)

Variación
Variación cuantitativa:

*Niveles de expresión *Estructura *Secuencia

Aplicaciones
*El diagnóstico y clasificación molecular de las enfermedades
*Predicción de la respuesta terapéutica.
*Identificar las funciones de los genes o identificar a los responsables de fenotipos
particulares.
Entre otros.
Estudio de los transcritos
Metodo Usos
Microarrays Permite la hibridación simultánea de
miles de secuencias conocidas
inmovilizadas con ácidos nucleicos
presentes en una muestra problema.
Se diseña de modo tal que se
contengan la información posible de
transcritos que podría expresar una
célula (principalmente mRNAs).
Son similares a los que se utilizan
para estudiar diversidad poblacional
de genomas, pero concentrados en el
análisis de mRNAs.
Procedimiento
. Marcar la muestra con tinte
fluorescente
2. Aislar el mRNA de las células de
interés para pasarlo a cDNA.
3. Desnaturalizar ese cDNA para
obtener hebras simples.
4. Poner el cDNA troceado sobre el
microarray, las hebras son atraídas
por las hebras simples de
oligonucleótidos del microarray para
volver a conformar la estructura de
doble-hélice (proceso conocido
como hibridación).
5. Lavar el microarray
6. Escanear el microarray con un
láser para cuantificar la fluorescencia
de cada gen.
Metodo Principio Procedimiento Usos
RNA-Seq El RNA-seq es una El ARNm se extrae usando Cobertura
herramienta sondas que se unen a sus colas completa de
transcriptómica actual poli-A. transcritos.
que está Fragmentación de ARN largos Genera
fundamentada en la por hidrólisis química, información no
secuenciación de nebulización, por digestión con solo de la
ADNc. enzimas de restricción. secuencia, sino
Se copia en ADNc bicatenario también de la
En esta tecnología se estable (ADNc-ds). estructura de
captura el ARN total o El ds-cDNA se secuencia usando exones.
ARNm, el cual se métodos de secuenciación de Proporciona
fragmenta y convierte lectura corta de alto rendimiento. información de
en una librería de Estas secuencias se pueden posibles eventos
ADNc. alinear con una secuencia del de splicing
genoma de referencia para alternativo.
reconstruir qué regiones del
genoma se transcribieron
Estos datos se usan para anotar
dónde están los genes
expresados, sus niveles de
expresión relativos y cualquier
variante de empalme alternativa.
Comparación
Artículos
Articulo Resumen Descarga completa
Una visión Desarrollaron un nuevo régimen
transcriptómica sobre de vacunación que involucra
el impacto de las cebado de vector de adenovirus de
células cancerosas de chimpancé con defectos de
colón en los replicación y serológicamente
mastocitos. distintos (ChAd3, ChAd63)
seguido de un refuerzo de vacunas
modificadas Ankara (MVA), para
el suministro simultáneo de HCV
no estructural (NSmut) y VIH-1
conservado (HIVconsv) https://mail.google.com/mail/
La inmunogenicidad se evaluó u/1/?tab=wm&ogbl#inbox/F
utilizando grupos de péptidos ex MfcgxwHMjqkKKVhFjkmDr
vivo ELISpot y ensayos de tXRPPltpDt?projector=1&me
citocinas intracelulares. ssagePartId=0.1
Los cambios en el transcriptoma
de sangre completa inducidos por
la vacuna se evaluaron mediante
análisis de microarrays.
Una nueva estrategia Desarrollaron un nuevo régimen
de vacunación que de vacunación que involucra
emplea vectores cebado de vector de adenovirus de
adenovirales de chimpancé con defectos de
chimpancé replicación y serológicamente
serológicamente distintos (ChAd3, ChAd63)
diferentes para la seguido de un refuerzo de vacunas
prevención de la modificadas Ankara (MVA), para
coinfección por VIH- el suministro simultáneo de HCV
1 y VHC no estructural (NSmut) y VIH-1
conservado (HIVconsv)
La inmunogenicidad se evaluó https://www.ncbi.nlm.nih.gov
utilizando grupos de péptidos ex /pmc/articles/PMC6346592/?f
vivo ELISpot y ensayos de bclid=IwAR3Dv7M1binm9U
citocinas intracelulares. B4voeG4Wu3n9P_wAE2OU
Los cambios en el transcriptoma yXZxK7nb-fFh2e64-
de sangre completa inducidos por 6QYpxDwg#B40
la vacuna se evaluaron mediante
análisis de microarrays.
Referencias
Rowe, R., Shirley, N., Bleackley, M., Dolan,S. & Shafee, T. (2017) Transcriptomics
technologies. PLoS Comput Biol 13(5): e1005457.
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005457

Gironella Cos, M. (2011) Nuevos métodos de diagnóstico molecular: Transcriptómica

(mARN y miR) Elsevier 9(4): S1578155010700358. https://www.elsevier.es

Hartnell F, Brown A, Capone S, Kopycinski J, Bliss C, Makvandi-Nejad S, Swadling L,

Ghaffari E, Cicconi P, Del Sorbo M, Sbrocchi R, Esposito I, Vassilev V, Marriott P,
Gardiner CM, Bannan C, Bergin C, Hoffmann M, Turner B, Nicosia A, Folgori A, Hanke
T, Barnes E and Dorrell L (2019) A Novel Vaccine Strategy Employing Serologically
Different Chimpanzee Adenoviral Vectors for the Prevention of HIV-1 and HCV
Coinfection. Front. Immunol. 9:3175. doi: 10.3389/fimmu.2018.03175.

Yu Y, Blokhuis BR, Garssen J, Redegeld FA. A Transcriptomic Insight into the Impact of
Colon Cancer Cells on Mast Cells. International journal of molecular sciences. 2019;20(7).
doi:10.3390/ijms20071689.