Virologia 09/02

Virion structure

Conceptos
Ciclo activo del virus dentro de la celula donde no hay estructura definida, dentro de la célula se
forman partículas vírales o viriones, constituidos por un acido nucleico y en mayoría una o más
proteínas estructurales que interáctuan con el genoma formando una cápsida, un ensamblado
cristalográficamente definible que está compuesto por unidades que se repiten llamados
capsómeros (unidades estructurales que repiténdose en la estructura de la partícula viral dan
lugar a la cápsida y a su vez const por subunidades proteicas). Muchos virus tienen lo que se
llaman partículas simples const solo por las partículas proteicas que interactúan con el núcleo
central. En los más complejos el núcleo de acido nucleico y capside es la nucleocapside y
además pueden tener envueltas lipoproteicas membranosas o más capas de prot estructurales.
Estos virus con envuelta no se pueden cristalizar, por que la estructura lipidica es liquida y no
tiene estructura definida, muchos de los estructura sencilla sí se pueden cristalizar.

Functions of structural proteins(proteínas codificadas por el genoma viral, todos los

genomes vírales codifican sus proteínas estructurales): protection of the genome,
capacidad de producir infección es de las prot estructurales.
- Assembly of a stable protective protein shell
- Specific recognition and packaging of the nucleic acid group para que no se encapsiden
los mensajeros del huésped o los de otro Virus que coinfecta. No es especificidad del
100%! Si no hubiese especificidad el porcentaje de partículas vírales con su genoma solo
dependería del numero de moléculas presentes de forma relativa.
- Interaction with host cell membranes to form the envelope.

Si fuesen partículas demasiado estables no podrían infectar, tienen que tener funcion de
liberación del genoma durante la infección, p ej unirse a receptores de células y reconocer el
huésped, desensamblarse y liberar el genoma, etc. Las partículas vírales no son solo estructuras
estables para la supervivencia del virus libre pero tambien algo inestables para permitir
liberación de genoma -> partículas vírales son metaestables.
Ejemplo: union virus a receptor membrana causa proceso de endocitosis, una vez se ha unido al
receptor ha cambiado la estructura de la partícula (cambia por pH...) Ese cambio permite que
en un momento dado se libere el acido nucleico. (Diapo “virus particles are metastable")
Las partículas no están en estado de E mínima sino que el paso de estado 1 a 3 supone pasar
una barrera energética, el proceso de ensamblado y el proceso de desensamblado consumen E
que está en las propias estructuras de las proteínas (los enlaces de estructura 3D de las
proteinas tienen E).

Variations in Virus Structure

Particle cores are either rod-shaped (helical) or spherical (icosahedral). Phage may have both
types. Proteínas deben tener misma relación entre sí con algún punto de inestabilidad para
permitir desensamblado. Esto último lo cumplen las proteínas de los extremos en la estructura
de cilindro. Los virus con envuelta pueden tener estructuras geométricas definidas dentro de la
envuelta pero la membrana no puede (mirar arriba).

(15/02)
Para que capsidas sean estables las unidades que las forman tienen que tener relaciones
equivalentes, si no son idénticas se producen distorsiones que desestabilizan la partícula. Las
partículas virales constan del ensamblado de una serie de subunidadesproteicasidénticas y en
igual posición(¿) No se pueden formar uniones covalentes entre ellos porque sino no se podrían
desensamblar, las uniones que se forman son pues de H, fuerzas iónicas y fuerzas de Van der
Waals.
El TMV es el único virus tubular cuya estructura se ha conocido a través de rayos X. TMV
tambien se distingue porque suelen ser rígidos y poder cristalizar, en cambio los virus tubulares
normalmente son flexuosas.
Tubo formado por disposición helical de una única proteína y forma un tubo de 12-18nm que
tiene un hueco central de radio 1-2nm. Lo que hace que sea tan estable es el hecho que hay
17.3 subunidades por vuelta de hélice y que el paso de la hélice es de 2.3nm; TMV es muy
compacta. Los demás virus tubulares más flexibles porque estructura menos compacta.
Recordar que en estructura tubular las subunidades de los extremos le dan la inestabilidad para
permitir el desensamblado.
TMV puede incluir genomas de tamaños muy variables ya que simplemente alarga más o
menos el tubo. Los extremos carboxi y amino terminales están hacia el exterior y …, además
tienen los principales determinantes antigénicos del virus. La proteína se organiza
fundamentalmente en alfa-hélices, hay 4 que se disponen ~ perpendiculares al eje del tubo.
Hay una region interior desorganizada, mientras se produce el desensamblado e interaccionan
con RNA también conformación alfa hélice paralela al eje. (MIRAR Y COMPROBAR)
(Modelo con fondo negro puesto al revés que anterior; en verde aa con grupo carboxilo con
importancia para estabilizar, pueden formar puentes iónicos fuertes, residuos conservados
entre especies).
NOTA: Estructura TMV estudiado por análisis mutacional, por ejemplo variando estos aa
(verdes en imagen) viendo variación en actividad.

TMV Virion Assembly

Partículas TMV y general de virus sencillos se pueden ensamblar y desensamblar in vitro. No
sabemos que se produce ensamblado in vivo! Se supone que debe seguir principios similares al
procesoin vitro.
SI tenemos una solución de proteína de la capside del virus que hemos desensamblado
(jugando con pH y Fuerza iónica) se mantiene con subunidades sueltas, pH alta y FI baja, o
estructura de trímeros. Según bajamos pH o subimos FI se unen esos trímeros en discos de 17
subunidades. Si seguimos bajando pH o subiendo FI esos discos se activan, cambian de
conformación, se forma el alfa hélice central paralela al eje y conseguimos estructura de
falsovirión (sin RNA) Si solo subimos FI pero no bajamos pH no se cambia a la hélice.
Evidencia: en todas esas condiciones examinamos estructuras al µscopio electrónico. Nos
permite entender ensamblado de virus además de usarlos, p ej en nanotecnología.
Si experimento lo hacemos en presencia de RNA, en condiciones menos extremos de pH y FI la
interacción del disco con el RNA produce el cambio de conformacional que lleva del disco a la
hélice. Interacción con estructura concreta de RNA, origen de encapsidado, le da la
especificidad de ensamblado. Estructura de horquilla que se inserta entre el doble disco tiene
efecto de cambio de conformación, los nuevos discos según interaccionan con RNA cambian de
conformación A a B. ORE está en el tercer gen, no se encapsida el mensajero subgenomico de la
proteína de la capside.
El inicio del ensamblado de las partículas consiste en formación de trímeros -> disco 17 Ud ->
interacción con horquilla de ORE -> cambio conformacional -> apilamiento.
Encapsida rápido hasta 5´y lento hasta 3´pero acaban a la vez en ambos extremos (ORE a 1/3 de
3 y 2/3 de 5)
Interacción ac nucleico con aa porque tienen carga negativa. Además las distintas bases pueden
formar pdH (guanina 3 pdH p ej con citosina) tanto como otros ácidos nucleicos como con aa.
Hay aa que están cargados + que hacen más estable la interaccion según cuantas guaninas
tienen. Entre cada dos prot de la capside caben 3 bases. A lo largo de TMV en cada tercera
posición hay un numero alto de guaninas, (técnicamente podrían valer citosinas pero hay
variaciones en volumen y forma 3D que no lo favorecen) evolución para formación de
interacciones estables.

El desensamblado procede de la forma inversa, se piensa que en el extremo 5´del genoma hay
una región sin ninguna guanina (50-75nt) En esa región la union RNA-proteinas es más débil
que en resto del genoma, además corresponde a extremos 5´del tubo que es punto de
inestabilidad. En estructura hay átomos de Ca para …?
En plantas pH básico y concentración Ca bajo por lo que grupos carboxilo pierden protones y se
producen carboxilatos que hace que se repelen y se queda más abierto por lo que los
ribosomes con capaces de acceder a la partícula y comenzar la traducción. (¿?)

Hay virus con partículas tubulares con más de una especie de prot de la capside, no establecen
relaciones idénticas. P Ej Beet Yellows Mosaic Virus, el extremo tiene segundo tipo de proteína
de capside. No claro cómo se produce la transición entre los 2 tipos de proteinas de capside.

Análisis TMV ilustra: 1. Partículas virales simples agregados de macromoléculas, se ensamblan o

desensamblan por las propiedades de dichas macromoléculas con variaciones pH y FI. 2. Hay
especificada de reconde RNA por regiones específicas del genoma del virus y que en
condiciones que están juntos el ensamblado reconoce específicamente a ese RNA por esas
regiones pero no depende más que de las capacidades de enlace. Eso es característica de todos
los virus con RNA!!! (Ensamblado pasivo y a la vez de ensamblado capside, los de DNA
bombean hacia el interior el DNA con gasto de E). 3. No todos los virus pero aquellos muy
estables sí pueden formar pseudoviriones, igual pero sin RNA y estabilizadas solo por
interacciones entre proteinas.

Spherical structures
Estructura cerrada no puedo incorporar genomas de distintos tamaños sin variar su diámetro.
Las estructuras derivan de icosaedros, 20 caras triangulares. Como mucho puede tener 60
subunidades.
Principios estrucutras virus esféricas:
1. Virus particles have icosahedral symmetry with 20 triangular faces and 12 vertices.
2. …
3.
4.
Proteínas pueden encapsidar más y ser mayores siempre que los enlaces entre ellos sean
casi equivalentes. Por µscopia electrónica virus con est ~esférica que al resolver es
icosaedro pero tiene demasiadas subunidades. ¿Cómo se estructura entonces? Se dividen
las caras según un numero de triangulation.
En icosaedro normal capsomero es un pentámero. Si dividimos la cara del icosaedro en 3
tenemos un numero de triangulation 3 por lo que podemos alojar 3 subunidades que
forman un pentaedro más 6 subunidades que forman un hexaedro, de forma que los que
tienen números de triangulación 3 tienen combinación de capsomeros hexa y pentaedrico,
las interacciones que forman entre si y con el otro tipo son casi equivalentes. Los de
pentaedros tienen que estar en los vértices. Para que sean interacciones casi equivalentes
los números que podemos alojar dependen de unas reglas que permiten determinados
números de triangulación. No pueden ser 2 ni 5… Diapo con fórmula. No vale cualquiera
porque los enlaces no serian equivalentes.
Lo que varía es el numero y posición de los hexaedros.
(EJES DE SIMETRÍA IMPORTANTE!!!)
Qué es un eje de simetría? Algo que nos permite rotar un solido alrededor de el y verlo
idéntico en n posiciones. Partícula viral sigue teniendo ejes de simetria del icosaedro, eso le
permite tener interacciones casi equivalentes, además tiene ejes Q3 y Q6 no son ejes de
simetría total.
El aumento de volumen por los sucesivos numero de triangulacion se debe a ensamblado
de moléculas químicamente idénticas. Posiciones A,B,C (¿)
Hay virus que tienen distintas especies moleculares en cada posición, p ej en picornavirus
donde hay 3 especies moleculares que ocupan cada ella una de las posiciones A, B o C.
Podemos construir una capside a base de moléculas no idénticas que ocupan las posiciones
casi equivalentes. Los comovirus tienen 2 especies moleculares, una que ocupa A y otra que
ocupa B y C.
Caupichlorotic mosaic virus (CCMV) imagen muestra existencia pentameros y hexameros
porque las prot tienen protuberancias hacia el exterior que se perciben.

Independiente de la secuencia polipeptidica todas las proteinas de la capside tienen las

misma estructura 3D, barriles ß. Láminas ß que forman un trapezoide que se coloca más o
menos perpendicular al radio. Los extremos pueden estar hacia fuera o hacia dentro,
normalmente uno de cada uno. Lo que está hacia fuera crea las protuberancias visibles
alµscopcio electrónico lo de dentro desorganizado y tiene aa básicos que interactúan con
RNA.
 En CMV hueco en centro de hexamero mayor, que está ocupado por alfas hélices que
interactúan con RNA.

RNA Packaging in CCMV

No se sabe como se dispone RNA con virus icosaedro. Parece ser que RNA forma pelota
cargada negativamente y luego hay una distancia entre las proteinas y el grueso del RNA
pero tambien hay puntos de anclaje mediante horquillas del RNA a las proteinas. La
difraaccion por rayos X no puede distinguir las reacciones de las regiones de forma
detallada.
No se conoce proceso de ensamblado. No es proceso continuo como en los tubulares. Aquí
se sabe cuales son elementos esenciales, se ensamblan muy deprisa in vitro.
2 estadios intermedios en CCMV: 1. Formación dímeros 2. Formación pentámeros de
dímeros 3. Al interactuar con monómeros forman pentámeros de trímeros y la estructura
del virus.
SI no se mantienen los monomeros se forman capsidas pseudo T2.

Bacteriofago MS2
Primero en secuenciar totalidad genoma. En distintos puntos de su genoma se forman
horquillas ORE. En solución el RNA forma una pelota porque es monocatenario y aparean
regiones próximas o distales con secuencias complementarias. El radio es de aprox 30%
superior a particula viral, a lo largo del genoma hay puntos con afinidad para dímeros de
proteina. Cuando solucion RNA con partículas viricas y condiciones pH etc adecuadas, los
dímeros se unen a esas regiones de RNA con los ORE, intermediario de vida muy corta. Esa
union hace que se colapse el RNA a una estructura mucho menor y que los dímeros
empiezan a agregarse entre si, dando lugar al complejo nucleado. Mecanismo distinto al de
CCMV. Precisa de interacción prot-prot y RNA-prot.
Estabilidad depende de prot-prot e virus donde se pueden formar capsidas vacías.

- Two-Phase Assembly of Spherical Particles: En virus con genomas de RNA el ensamblado

es por las condiciones del medio llevan a que se establezcan enlaces entre las subidas de
las prot de la capside y la RNA, lo cual hace que se ensamblen.
En virus con genomas de DNA el encapsidado es un proceso activo que consume E y que
se realiza en unas estructuras denominadas por capsidas, una vez se encuentra DNA
dentro de procapsidas hay variaciones estructurales que les convierten en capsidas.
Durante el proceso actúan proteinas vírales que no son estructurales que se llaman
proteinas de andamiaje, ayudan el anclaje de las proteínas estructurales propiamente.

Bacteriofago Fi X 174
En cadena complementaria ORF solapantes. Proteínas maduras con simetría formada por 12
pentameros, en cada vértice hay una lanza o “spike” (agregado de más proteinas virales).
Durante encapsidado lo primero que ocurre es que las proteinas F (subid de capsida) forman
pentameros con coeficiente sedimentación 9S, estos reclutan a las proteinas B o proteinas de
anclaje en su cara interna. Por otro lado la proteina que forma el spike se agrega en
pentameros y da lugar a unas estructuras con coeficientede sedimentación 6S. Estos se unen
formando estructura 12S por proteina H y luego union de proteina andamiaje externa D. Dos
dímeros de prot D se une a cada proteina F de la capsida. La interaccion entre las prot D y prot F
mantiene a los pentameros de las proteinas F yG en posición, pero no la interaccion directa
entre las prot estructurales. La síntesis de DNA se realiza asociada a las partículas virales, la prot
H roconoce el origen de encapsidado y en el interior del capside se produce la síntesis por un
proceso de círculo rodante* (DNA circular) La proteina J se integra en las procapsidas en la
razón de 5 por cada pentamero (60ud) y cada una se une a una molécula de DNA hijo, esta
union tira hacia el interior de la procapsida del DNA y lo mete en ella, tras ello las prot de
andamiaje se salen y el encapsidado ha producido un cambio conformacional en las proteinas F
que hace que los pentameros ya interactuan entre si y con el DNA y proteinas J, etc.
Función proteina J: se une a DNA descendiente que se está sintetizando, al estar en interior
de procapsida hace que entre el DNA, proceso activo con consumo de E.

Importante: las prot estructurales tienen est 3D distinta según medio (subdominios celulares
con condiciones muy distintas), estas est le permiten interactuar o no con otras prot, estas
interacciones varian sus estructuras y es lo que permite el ensamblado.

Otros
- Virus papiloma o virus polioma con est de tipo T7. En ellas siempre
tenemos12pnetameros y un numero creciente de hexameros, permitiendo hacer
partículas mayores y encapsidar ácidos nucleicos mayores. Entre ellos virus JC (ha
evolucionado con humanos, marcador genético muy util para ver migraciones, etc).
Diámetro CCMV es de 25nm, estos de antes en torno a…
- Reovirus: genomes RNA bicatenarios, infectan plantas, insectos y mamíferos. Part´ciulas
muy complejas, capsida externa y capsida interna, en ambos se mantienen los ejes de
simetria. Las prot exteriores ensambladas con interiores yen vértices unas prot
particulares. Genoma segmentarlo, cada segmento codifica para una de las prot. Según
tamaño del segmento que les codifica… No sale el genoma al infectar.
Ejemplo de partícula compleja debida solo a prot de capsida, codificadas por virus. En
interior de estas capsidas se sint los RNAs que salen por ella. Formación nuevas
partículas se ensamblan en torno a segmentos de acido nucleico y vuelven a entrar.
- Fagos con cola: Cabeza icosaédrica con triángulos isosceles y cola de estructura tubular,
conectadas por una estructura y con una placa base donde se produce perforación de la
pared de la bacteria. En la cabeza 12 pentameros en vertices de icosaedro y número
elevado de hexameros. La est del conector solo resuelta por análisis de …
En muchos de estos fagos la cola es retráctil de forma que al contactar con pared
bacteriana la cola se extrae y deja una estructura perforante (formada por 3
subunidades de misma prot, con region desordenada termínal que se mantiene por
complejo con átomo de Fe) La cola funciona como un tubo por el cual pasa el DNA que
se encontraba en la cabeza. Las prot fibrilares de la placa implicadas en recon de las
bacterias a infectar.

Partículas complejas: virus con envuelta

Envuelta: membrana lipoproteica que deriva de la del huésped. Sin forma definida.
 Las estructuras de estos virus no se pueden resolver. Sí estructuras compactas.
- Gripe A: DNA asociado a nucleocapsida, en membrana lipoprotein que se recluta por la
interaccion con la proteina M1 (o M2) prot … de la membrana. Atravesando la
membrana y ancladas en la matriz hay dos glicoproteinas codificados por el virus y
glicosilados por el huésped (cuales?) Muchas estirpes porque se definen por el tipo de
neuroamidina? Y hhh, son las regiones antigenicas del virus frente a las cuales Ac. Por
eso a veces no funciona la vacuna.
Genoma de RNA monocat -, 9segmentos. 3 mayores codifican las proteinas … que se
encuentran en el “lazo abierto”. Cada nucleocapsida lleva las prot necesarias para
transribir. Sobre est … está el RNA. ¿????

NOTA: RNA monocat + solo necesitan genoma para infectar porque el genoma mismo es
el mensajero y codifica las enzimas que necesita. En caso de RNA monocat – no es el
caso porque genoma no funciona de mensajero. .