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BIOQUIMICA ANALITICA
ESTRUCTURA PRIMARIA DE PROTEINAS
Que fragmentos podrían resultar si se rompiera la angiotensina II con tripsina en un caso y Quimotripsina en el otro?
2. Los extractos de Bacillus brevis contienen un péptido con propiedades antibióticas. Este péptido forma complejos
con iones e interfiere con el transporte de iones a través de la membrana celular de las bacterias y las mata. La estructura
primaria del péptido ha sido determinada de las siguientes observaciones:
a.La hidrólisis completa seguida por análisis de aminoácidos dio cantidades equimolares de Leu, Orn, Phe, Pro y Val. Orn
(Ornitina) es un aminoácido no proteico pero está en algunos péptidos. Consulte cual es la estructura y resalte las
diferencias con respecto a los aminoácidos proteicos.
b.Por otra parte el peso molecular del péptido fue estimado en 1.200 Da (1.2 kDa)
c.El péptido se trató con carboxipeptidasa (enzima que hidroliza el aminoácido C-terminal) pero no arrojó ningún
resultado; tenga en cuenta que esto ocurre cuando hay una Prolina o cuando no tiene el C-terminal libre, por
modificaciones postraduccionales.
d.El tratamiento con 1-flluoro-2,4 dinitrobenceno, posterior hidrólisis y cromatografía dio tres aminoácidos libres y el
derivado ( ver figura):
Con la anterior información deducir el análisis de aminoácidos y la secuencia del péptido, explique sus respuestas.
4. Que información se puede obtener respecto a péptidos o proteínas por espectrometría de masas en la modalidad
de electrospray? Plantee 5 diferencias con respecto a la espectrometría de masas en la modalidad MALDI.
5. Para el siguiente péptido proponga y explique (señales) el espectrómetro de masas que se puede generar durante
su secuenciación empleando la técnica Collision induced disociation (CID)
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Nota: las señales y la fragmentación que Usted considere relevante; No proponga fragmentaciones de la cadena lateral
(iones w, v)
6.Proponga la estrategia que seguiría para establecer la estructura primaria de una glicoproteína (De origen animal o
vegetal), en la cual se desconoce la naturaleza del enlace glicosídico que está unido a la cadena polipeptídica. Responda
los siguientes puntos:
a. ¿Cuál podría ser la fuente de la glicoproteína y porque su escogencia?
b. ¿Cuáles son los requerimientos que debe cumplir una glicoproteína para llegar a estudios de secuencia
o de estructura primaria?
c. Como escogería los procesos de fragmentación químicos o enzimáticos para que la estrategia sea
exitosa.
d. ¿Cómo se podría determinar la secuencia de cada uno de los péptidos? ¿Cómo se podría hacer la
superposición de fragmentos? ¿La superposición es necesaria para establecer la estructura primaria de
una proteína?
e. Como se podría determinar la estructura primaria del oligosacárido? ¿Sin hacer deducciones
experimentales se podría hacer un acercamiento a su estructura?
f. Si la proteína tiene puentes disulfuro, cómo establecería la localización de ellos en una proteína. ¿Qué
importancia tiene esta determinación?
7.Porque se puede secuenciar un péptido por Espectrometría de masas? Que diferencias en establecimiento de secuencia
se presentan con respecto a la secuenciación por el método de Edman.
8.Que es y como se determina la huella peptídica de una proteína y cual es su significado?
Nota : Se puede hacer una selección de péptidos largos y cortos, eliminar los que están repetidos y proponer una
secuencia parcial y un porcentaje de cobertura.
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