CERTIFICADO EN GENTICA MDICA

CONCEPTOS GENERALES DE GENTICA HUMANA

ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO Y

MECANISMOS DE EXPRESIN GNICA

Nuria Paricio Ortiz

Departamento de Gentica
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 Estructura del genoma humano

CERTIFICADO EN GENTICA MDICA

CONCEPTOS GENERALES DE GENTICA HUMANA

1. ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO

2
 Estructura del genoma humano

Estructura del genoma humano

El genoma es el contenido total de DNA de la clula (genoma nuclear y mitocondrial)

http://www.mitomap.org
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 Estructura del genoma humano

El proyecto genoma humano (I)

2001

http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index 4
 Estructura del genoma humano

El proyecto genoma humano (II)

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 Estructura del genoma humano

Caractersticas generales del genoma humano

http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index

* 6
 Estructura del genoma humano

DNA repetido en el genoma humano

Familias gnicas

agrupadas en tndem

dispersas en el
genoma

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem

*Satlite gamma 220 regiones pericentromricas de los crom. 8, X e Y

(GC-rich) 8
 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA satlite

A B

ratn humanos
C

* Localizado en regiones centromricas

y pericentromricas (A)

* Centrmero: estructura esencial para la

segregacin cromosmica (B)

* El DNA centromrico y pericentromrico

se transcribe en diferentes contextos
Eymery et al. 2009 celulares (C)
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 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA minisatlite (I)

TELMEROS: Extremos de los cromosomas
Mantenimiento de la longitud
de los cromosomas lineales

Proteccin de los extremos de los cromosomas

De Lange 2009 10
 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA minisatlite (II)

DNA minisatlite (VNTRs: variable number of tandem repeats)

Repeticiones en tndem de secuencias de tamao moderado ( 60 pb)

Distribuidas por todo el genoma
Frecuentes y altamente polimrficas (en cuanto al n de repeticiones)

Identidad gentica (DNA fingerprinting)

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA minisatlite (III)

Deteccin del polimorfismo: Southern blot + hibridacin con sonda especfica

Sonda monolocus

Sonda multilocus

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA microsatlite (I)

DNA microsatlite (STRs: short tandem repeats; SSR: simple sequence repeats)

Repeticiones en tndem de secuencias muy simples (1-7 pb)

Distribuidas por todo el genoma
Frecuentes y altamente polimrficas

Identidad gentica (DNA fingerprinting)

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA microsatlite (II)

Deteccin del polimorfismo:
PCR + electroforesis en gel PCR multiplex + electroforesis capilar

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido en tndem: DNA microsatlite (III)

Implicaciones de las secuencias microsatlites en Medicina

Tambin repeticiones de
tetra o pentanucletidos

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido y disperso en el genoma: elementos transponibles (I)

secuencias derivadas de
procesos de transposicin

LINES:
Long Interspersed Nuclear Elements

SINES:
Short Interspersed Nuclear Elements

* Retrotransposones
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 Estructura del genoma humano

DNA repetido y disperso en el genoma: elementos transponibles (II)

Interrupcin de genes Transduccin en 3 (nuevos genes)

Efectos de LINE-1
en el genoma humano

Reordenaciones Cambios en la expresin gnica

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 Estructura del genoma humano

DNA repetido y disperso en el genoma: pseudogenes procesados

* Se pueden reactivar si se insertan cerca de un promotor (retrogenes)

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 Estructura del genoma humano

Genes de RNAs no codificantes (I)

Esteller 2011 19
 Estructura del genoma humano

Genes de RNAs no codificantes (II)

Esteller 2011

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 Mecanismos de expresin gnica

CERTIFICADO EN GENTICA MDICA

CONCEPTOS GENERALES DE GENTICA HUMANA

2. MECANISMOS DE EXPRESIN GNICA

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 Mecanismos de expresin gnica

Expresin gnica

Dogma central de la biologa molecular

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 Mecanismos de expresin gnica

Transcripcin: modificaciones de la cromatina (I)

Nucleosoma:
200 pb (147 pb + linker)
octmero de histonas
H2A, H2B, H3, H4 (2X)

Modificacin de histonas
Un patrn particular de modificacin de histonas es caracterstico de genes activos o
potencialmente activos

acetilacin (lisinas)
ubiquitinacin/sumolizacin (lisinas)
fosforilacin (serinas)
metilacin (lisinas, argininas)
otras:

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 Mecanismos de expresin gnica

Transcripcin: modificaciones de la cromatina (II)

Metilacin del DNA
La metilacin juega un papel importante en la
regulacin de la estructura de la cromatina

Sobre todo en citosinas (CpG)

En general: Metilacin = inactivacin

No metilacin (o infra) = activacin

Complejos remodeladores de la cromatina

Modifican el estado de la cromatina al desplazar

nucleosomas o alterar su estructura
Funcin dependiente de ATP (actividad ATPasa)

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 Mecanismos de expresin gnica

Transcripcin: promotores, enhancers, silenciadores y aislantes (I)

Ncleo del promotor y elementos proximales

Secuencias posibles en
el ncleo del promotor XCPE1/2

CpG CpG
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 Mecanismos de expresin gnica

Transcripcin: promotores, enhancers, silenciadores y aislantes (II)

Elementos distales

Enhancers o amplificadores :

Son elementos distales (10-50 kb)

Carecen de actividad promotora
Activan la expresin de genes
En 5, 3 y en intrones
Pueden controlar grupos de genes
Unin de protenas especficas
Los silenciadores o represores tienen las mismas
caractersticas pero reprimen la expresin gnica
Los aislantes limitan la accin de enhancers y
silenciadores
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 Mecanismos de expresin gnica

Procesado de los mRNAs: capping en 5

Funciones de la caperuza en 5:

* Reconocimiento por el ribosoma

* Proteccin contra exonucleasas
* Eficiencia del transporte al citoplasma

(Hce)

(Hcm)

CTD: dominio Ct de la RNApol II, CBC: complejo de unin a cap

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 Mecanismos de expresin gnica

Procesado de los mRNAs: eliminacin de intrones (splicing)

AG espliceosoma

AG El espliceosoma est formado por:

RNAs (56-217 pb) ricos en U

snRNPs protenas asociadas p.e. Sm
otras protenas p.e. SR

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 Mecanismos de expresin gnica

Procesado de los mRNAs: splicing alternativo (I)

Un pre-mRNA puede ser procesado de formas distintas dando lugar a RNAm maduros diferentes

Ejemplo:
gen -tropomiosina

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 Mecanismos de expresin gnica

Procesado de los mRNAs: splicing alternativo (II)

Factores de procesado: activadores o represores

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 Mecanismos de expresin gnica

Procesado de los mRNAs: poliadenilacin en 3

AAUAAA=seal de poliadenilacin

CPSF=factor de especificidad de corte

y poliadenilacin (nucleasa)

CstF=factor de estimulacin del corte

PAP=polimerasa poli-A

CFs=factores de corte

Funciones de la cola poliA:

* Proteger contra exonucleasas

* Regular la eficiencia de la traduccin
CPSF CstF * Eficiencia del transporte al citoplasma
5 3 5 3
AAUAAA G/U
polimerasa
poli-A
5 (A)200 3 Degradacin
Asociado con el final de la transcripcin
(Xrn2) (se desestabiliza el complejo)

No todos los RNAm se poliadenilan (p.e. RNAm de histonas) 31

 Mecanismos de expresin gnica

Acoplamiento de transcripcin y procesado

CTD: dominio Ct de la RNApol II 32

 Mecanismos de expresin gnica

Transporte del mRNA al citoplasma

TRADUCCIN
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 Mecanismos de expresin gnica

Traduccin (I)

Inicio de la traduccin

eIF1, 1A: reclutamiento TC y scanning

eIF2: une tRNAiMet a 40S (GTPasa)
eIF3: unin mRNA al complejo 43S
eIF4s: facilitan unin mRNA (cap)
eIF5: estimula hidrlisis GTP (eIF2)
reconocimiento codn inicio?
eIF5B: promueve unin de 60S (GTPasa)

Secuencia Kozak: GCCA/GCCAUGG TC: ternary complex, PIC: preinitiation complex, IC: initiation complex
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 Mecanismos de expresin gnica

Traduccin (II)

Elongacin Terminacin

eEF2:Translocacin

eEF1A: transporte del aminoacil-tRNA eRF1: reconocimiento de codones de

al ribosoma parada y liberacin de la protena
eEF1B: estimula la actividad de eEF1A eRF3: estimula a eRF1
Sitios en el ribosoma: A (aminoacil), P (peptidil) y E (exit o salida) 35
 Mecanismos de expresin gnica

Modificaciones postraduccionales de las protenas

Algunas protenas tienen que ser modificadas para ser funcionales

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 Mecanismos de expresin gnica

Las mutaciones pueden ocurrir en diferentes regiones de los genes

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 Mecanismos de expresin gnica

Las mutaciones pueden afectar

diferentes etapas durante
la expresin gnica

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 Mecanismos de expresin gnica

El proyecto ENCODE (I)

http://encodeproject.org/ENCODE/
http://www.nature.com/encode/#/threads
2012 39
 Mecanismos de expresin gnica

El proyecto ENCODE (II)

2012

El 80.4% del genoma humano participa al menos en un proceso bioqumico asociado a RNA o cromatina en
al menos un tipo celular.
Muchos SNPs asociados con enfermedades por GWAS se localizan en elementos funcionales no
codificantes, en o cerca de regiones definidas por ENCODE que estn fuera de genes que codifican proteinas.
Alrededor del 75% del genoma se transcribe en algn momento y tipo celular, y los genes estn entrelazados
de forma que se sintetizan transcritos solapantes de ambas cadenas de DNA. Estos descubrimientos obligan a
replantear la definicin de gen y de la mnima unidad de la herencia.
40
 Anexo

Principales caractersticas del genoma humano

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 CERTIFICADO EN GENTICA MDICA

CONCEPTOS GENERALES DE GENTICA HUMANA

1. ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO

2. MECANISMOS DE EXPRESIN GNICA

Nuria Paricio Ortiz

Departamento de Gentica
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