Qu es Gepasi?

Gepasi es un paquete de software para el modelado de sistemas bioqumicos. Se

simula la cintica de los sistemas de reacciones bioqumicas y proporciona un
nmero de herramientas para ajustar los modelos a los datos, optimizar cualquier
funcin del modelo, realizar anlisis de control metablico y anlisis de
estabilidad lineal.
Gepasi simplifica la tarea de la construccin de modelos, ayudando al usuario en
la traduccin del lenguaje de la qumica (reacciones) a las matemticas (matrices
y ecuaciones diferenciales) de una manera transparente. Esto se combina con un
conjunto de algoritmos numricos sofisticados que aseguren los resultados se
obtienen rpido y preciso.
Caractersticas
Gepasi es software libre ( licencia de usuario )
Gepasi ejecuta bajo Microsoft Windows (95 y ms).
Modelos en Gepasi v 3 puede estar compuesto de varios compartimentos
con diferentes volmenes
El nmero de reacciones y metabolitos en cada modelo slo est limitada
por la memoria disponible.
Las simulaciones pueden ser seguidas de forma interactiva (incluyendo la
adicin de perturbaciones para un curso de tiempo)
Gepasi caracteriza estados estacionarios que utilizan el anlisis del control
metablico y anlisis de estabilidad lineal.
Gepasi 's exploracin utilidad proporciona un camino para la exploracin
avanzada de la conducta de un modelo en el espacio de parmetros
multidimensional
Gepasi es capaz de hacer de ajuste de datos (la estimacin de parmetros)
con los datos experimentales.

 Gepasi es capaz de encontrar mximos o mnimos de las variables del

modelo con cualquier nmero de parmetros del modelo ajustables.
Los resultados de las simulaciones se pueden trazar en 2D y 3D
directamente
desde
el
programa
( Gepasi utiliza
la
excelente Gnuplot paquete).
Gepasi apoya SBML nivel 1 para el intercambio de modelo con otro
software de modelado de la biologa de sistemas.

GEPASI: TUTORIAL EXPLICATIVO

EL MODELO DE LA VA

La
1 repr
una

figura
esenta
va

metablica ramificada controlado por un metabolito de la seal a travs de una

cascada enzimtica. Haga clic en cada componente de la imagen para conocer sus
detalles. El modelo se puede dividir en dos partes: el metabolismo y
la sealizacin:

Metabolismo
La parte del metabolismo de este modelo es un camino sencillo ramificado (parte
inferior de la Fig. 1). El sustrato S se convierte en un metabolito intermedio
M (reaccin 7) que luego se puede transformar en productos P1 o P2 , como
reacciones 8 y 9 competir por este metabolito. Reaccin 8 es catalizada por la
enzima-A que es parte de la cascada de sealizacin. Todas las reacciones en esta
parte del modelo son qumicamente reversibles. [ S ], [ P1 ] y [ P2 ] se mantienen
constantes (respectivamente a 10, 0,00001 y 0,00001), que mantiene la va bien
lejos de equilibrio (relaciones de desequilibrio de 5E-11 a P1 y 5.55E-10 a P2 ).
Sealizacin
La seal se detecta y transducted por una cascada de enzimas (parte superior de .
Fig. 1 ). La externa de seal metabolito inhibe la fosfatasa (reaccin 2) y activa la
quinasa (reaccin 1) del primer ciclo. Kinase1-P cataliza la (irreversible) de la
fosforilacin de Kinase2 (reaccin 3), la reaccin inversa es catalizada por una
fosfatasa (implcita En la reaccin 4). A su vez Kinase2-P cataliza la conversin
de una incactive Enzima-I a su forma activa, la enzima-A . Enzima-A es lo que las
parejas de la va metablica con la cascada de sealizacin.
Una simplificacin notable de este modelo es que el ATP, ADP y fosfato
inorgnico no se representan explcitamente en las reacciones de quinasas y
fosfatasas.

Las reacciones qumicas del modelo

Las reacciones qumicas son tan importantes que a menudo son lo que tenemos
en mente cuando usamos la palabra "modelo". Pero en realidad son slo
la estequiomtrica parte del modelo: las vas de transferencia de masa.
Al crear un nuevo modelo en Gepasi, la definicin de las reacciones qumicas es
ms a menudo la primera cosa que va a hacer. Este es el procedimiento a seguir:
1. seleccione el modelo de definicin de pgina (pulsando la tecla "tab"
apropiado, justo debajo del men).
2. pulse el Reacciones botn, y aparecer un cuadro de dilogo (ver Figura
2).
3. escribir una reaccin qumica en la notacin normal en la Reaccin campo
de edicin y su nombre en el Nombre del campo de edicin.
4. pulse el botn Aadir y volver al paso anterior hasta que haya introducido
todas las reacciones.
5. pulse Ok para tener las reacciones aceptadas.
Puede corregir los errores haciendo doble clic en una reaccin en la lista, el
cambio en la Reaccin campo de edicin y pulsando Aadir nuevo. Tambin
puede eliminar una reaccin a partir del modelo pulsando Eliminar despus de
haber seleccionado la reaccin en la lista.

Adicin de metabolitos adicionales para un modelo

Cuando usted agrega las reacciones al modelo, GEPASI crea automticamente

una lista de todos los metabolitos. Sin embargo, puede haber algunos metabolitos
en un modelo que no participan en la cadena de transferencia de masa de
reacciones y son slo efectores de algunas reacciones. En este ejemplo va que es
el caso de la seal.
Para aadir este metabolito, activar el modelo de definicin de pgina (pulse en
la pestaa con ese nombre justo debajo del men de la aplicacin) y de
prensa metabolitos. Una vez en el cuadro de dilogo metabolitos
pulse Agregar. Esto activa una ms cuadro de dilogo con un nico campo de
texto, rellenarlo con el nombre del nuevo metabolito y pulse Ok , a continuacin,
pulse OK de nuevo y eso es todo!

Tipos de cinticas definidas por el usuario

Gepasi 3.0 viene con una serie de tipos de cinticas predefinidos. Estos son los
tipos ms utilizados en los modelos bio / qumicos. Sin embargo, usted
encontrar muchas circunstancias en las cuales se necesitar tipos cinticos que
no estn en esa lista. Gepasi le permite definir su propia, que luego se almacenan
en el archivo de simulacin y se utiliza en los clculos.

Este modelo utiliza dos tipos de cintica que no estn predefinidos. Para
aadirlos al principio tiene que ir a la del modelo de definicin de pgina y
pulse el botn con la etiqueta Tipos Kinetic (el sealado por el cursor en la Fig.
4). Esto nos lleva a un cuadro de dilogo con una lista de todos los tipos de
cinticas definidas por el usuario saber para su instalacin de Gepasi 3. Para
agregar una nueva, pulse Agregar.
Cuando se define un nuevo tipo de cintica recuerde los siguientes puntos:
Si marca el tipo "reversible" slo estar disponible para las
reacciones reversibles (definidas con un = en lugar de un > ) y vice-versa.
Un cierto tipo cintica slo se presenta como una opcin
para las reacciones que tienen el mismo nmero de
sustratos como se marca en ese tipo. Si se trata de una

reaccin reversible, entonces tambin debe coincidir con el

nmero de productos.
El nmero de productos en los tipos irreversibles es
irrelevante (ya que es irreversible la tasa no es sensible a
la concentracin de los productos).
El nmero de sustratos es el nmero de molculas
individuales que reaccionan, por lo que la reaccin de 2 * A
-> B tiene dos sustratos (a pesar de que son de la misma
naturaleza qumica). Lo mismo se aplica para los
productos.
Si el tipo tiene ms de un sustrato, el orden en que los
sustratos se escriben en la reaccin define su asociacin
con los smbolos en la funcin cintica. Lo mismo se aplica
para los productos.
Los dos tipos cintica necesaria en este modelo
De Michaelis-Menten (explcita enzima)

Este tipo de cintica se rige por la misma ecuacin que la (predefinido) Tipo de
Henri-Michelis-Menten. Sin embargo, en este caso tenemos en cuenta la
concentracin de la enzima sea una variable de de el modelo, y por lo que tiene
que entrar en la ecuacin de forma explcita. La ecuacin es:

Necesitamos decirle Gepasi lo que los smbolos en la ecuacin significan:

E

modificador

kcat

constante

sustrato

Km

constante

Tenga en cuenta que la enzima se establece como un modificador. Esto puede

parecer extrao si normalmente piensa de modificadores como inhibidores o

activadores. Pero al igual que los inhibidores o activadores clsicos, la enzima es

una especie qumica que afecta a la velocidad de reaccin sin sufrir ningn
transformaciones qumicas en s (al final de un ciclo de reaccin). En Gepasi si
usted quiere tener la concentracin de la enzima de tipo cintico como una
variable del modelo que usted debe escribir explcitamente en la ecuacin y
que debe ser establecido como un modificador (excepto en el caso ms
complicado de la auto-catlisis cuando se debe establecer como sustrato).
Toda la informacin necesaria para definir este tipo de cintica se introduce en un
cuadro de dilogo (Fig. 5).

Rev Michaelis-Menten (enzima explcito)

Este tipo cintico es el equivalente reversible de la que acabamos de definir (y

tambin similar a la del tipo predefinido "Reversible Michaelis-Menten"). En este
caso, la concentracin de la enzima es una variable de del modelo. La ecuacin
es:

Necesitamos decirle Gepasi lo que los smbolos en la ecuacin significan:

E

modificador

kcatf

constante

sustrato

Kms

constante

kcatr

constante

producto

Kmp

constante

Toda la informacin necesaria para definir este tipo de cintica se introduce en un

cuadro de dilogo (Fig. 6).

Definicin de la cintica de cada reaccin

Una vez que haya definido todas las reacciones del modelo, debe asignar un tipo
de cintica para cada uno. usted tambin tendr que proporcionar valores para
todas las constantes Kineti e informacin acerca de los modificadores (si el tipo
de cintica que ha seleccionado tiene alguno). para entrar en estos datos hay que
ir a la determinacin del modelo de la pgina y pulse el botn
denominado cintica . esto nos lleva a un cuadro de dilogo que contiene una
lista de todas las reacciones que usted tendr que seleccionar uno por uno. cada
vez que seleccione una GEPASI reaccin presenta una lista de todos los tipos de
cintica que se ajusten a las caractersticas de que la reaccin ( es decir, nmero
de sustratos, el nmero de productos y si es reversible o irreversible). usted tiene
que seleccionar un tipo de la lista y luego rellenar los valores de las constantes
cinticas y asignar los metabolitos de cada modificador (si los hay). si usted
requiere un tipo de cintica que no est en la lista, debe salir de este cuadro de
dilogo y volver a definir el tipo de cintica requerida .
Este proceso se describe paso a paso para todas las reacciones del
modelo. Comience con la reaccin 1.
Reaccin 1

Esta reaccin es la fosforilacin de Kinase1 , y est en s catalizada por una

quinasa. Esta ltima no est representada explcitamente en el modelo, pero su
concentracin
es
parte
del
parmetro
V
(limitante
de
la
velocidad). La seal metabolito es el activador.

Reaccin

Cintica

Kinase1 -> Ki Activacin cataltica

nase1-P
(irreversible)

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas
De
seal ( A )

Kms = 1.E-003
V = 10
Ka = 0,5

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 2

Esta reaccin es la desfosforilacin de Kinase1-P , y es catalizada por una

fosfatasa. Esta ltima no est representada explcitamente en el modelo, pero su
concentracin
es
parte
del
parmetro
V
(limitante
de
la
velocidad). La seal metabolito es el inhibidor.
Reaccin

Cintica

Kinase1-P -> Kin Inhibicin no

ase1
competitiva

Modificad Las constantes

ores
cinticas
De
seal ( I )

Km = 1.E-3
V = 10
Ki = 0,5

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 3

Como reaccin 1 , esta reaccin es una fosforilacin, en este caso

de kinase2 . Pero en este caso la enzima que cataliza esta reaccin es explcita en
el modelo y es kinase1-p . esto requiere un tipo de cintica definida por el
usuario como GEPASI 3 no viene con ningn tipo donde la concentracin de la
enzima aparece explcitamente en la ecuacin. Antes de definir la cintica de esta
reaccin entonces tienes que definir el tipo "de Michaelis-Menten (enzima
explcita).

Reaccin

Cintica

Kinase2 -> Ki de Michaelis-Menten

nase2-P
(enzima explcito)

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas
Kinase1-P ( Kcat = 10
E)
Km = 0,01

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 4

Esta reaccin es la desfosforilacin de Kinase2-P , y es catalizada por una

fosfatasa. Esta ltima no est representada explcitamente en el modelo, pero su
concentracin es parte del parmetro V (limitante de la velocidad).

Reaccin

Cintica

Kinase2-P - Henri-Michaelis-Menten (tipo

> Kinase2 predefinido - ecuacin en el

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas
ninguno

Km = 0,1
V = 10

archivo de ayuda)

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 5

Esta reaccin convierte la enzima I- a la forma activa de la enzima-A (a travs de

una fosforilacin) y est catalizada por Kinase2-P . En trminos de cintica, esto
es similar a la de reaccin 3 , en el que se utiliza el mismo tipo de cintica
definida por el usuario . antes de definir la cintica de esta reaccin entonces
tienes que definir el tipo "de Michaelis-Menten (enzima explcita)" .

Reaccin

Cintica

Enzima-i -> E de Michaelis-Menten

nzima-A
(enzima explcito)

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas
Kinase2-P ( Kcat = 1
E)
Km = 0,01

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 6

Esta reaccin convierte la enzima-A en su forma inactiva de la enzima-i , la

desfosforilacin de Kinase2-P , catalizada por una fosfatasa. Esta ltima no est
representada explcitamente en el modelo, pero su concentracin es parte del
parmetro V (limitante de la velocidad).

Reaccin

Cintica

Enzima-A - Henri-Michaelis-Menten (tipo

> Enzima-i predefinido - ecuacin en el

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas
ninguno

Km = 1
V=1

archivo de ayuda)

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 7

Esta reaccin es parte de la seccin de metabolismo. Convierte S en M. La

enzima de esta reaccin no est representada explcitamente en el modelo, pero
su concentracin es parte del parmetro V (limitante de la velocidad).
Reacci
Cintica
n

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas

S=M

ninguno

Reversible Michaelis-Menten (tipo

predefinido - ecuacin en el archivo de
ayuda)

Kms = 1
Kmp =1
Vf = 100
Vf = 10

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 8

Esta reaccin es parte de la seccin de metabolismo. Convierte M en P1 y es

catalizada por la enzima-una . Debido a que la enzima es una variable del modelo
es necesario definir un tipo de cintica definida por el usuario como Gepasi 3
no viene con ningn tipo en el que la concentracin de enzima aparece
explcitamente en la ecuacin. Antes de definir la cintica de esta reaccin
entonces tienes que definir el "rev. de Michaelis-Menten (enzima explcita)"
tipo .
Reacci
Cintica
n
M = P2 rev. de Michaelis-Menten
(enzima explcito)

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas
Enzima-A

Kcatf = 2.000
Kms = 1
kcatr = 1
Kmp = 1

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

Reaccin 9

Esta reaccin es parte de la seccin de metabolismo. Convierte M en P2. La

enzima de esta reaccin no est representada explcitamente en el modelo, pero
su concentracin es parte del parmetro V (limitante de la velocidad).
Reacci
Cintica
n

Las
Modificad
constantes
ores
cinticas

M = P2 Reversible Michaelis-Menten (tipo

ninguno

predefinido - ecuacin en el archivo de

ayuda)

Kms = 1
Kmp = 1
Vf = 180
Vf = 1

Para definir la cintica de este paso se pulsa el Kinetics botn en el modelo de

definicin de pgina. Aparecer el cuadro de dilogo Kinetics que debern
rellenar en este aspecto:

El examen de las relaciones de conservacin

Muchos esquemas de la va metablica contienen relaciones de conservacin de

masas que se deben tener en cuenta para poder llevar a cabo la simulacin. Estas
relaciones a menudo toman la forma de los ciclos de restos conservados
[ Hofmeyr et al. (1986) . Eur. J. Biochem 155 631-641 ], tales como el par NADNADH donde la concentracin total de la fraccin de NAD se conserva durante
todo el tiempo curso (si la biosntesis y degradacin de NAD no se
considera). Otras relaciones de conservacin son ms difciles de interpretar, ya
que son sumas algebraicas de las concentraciones de metabolitos en que algunos
toman un signo negativo. En cualquier caso, no es posible ejecutar una
simulacin sin identificar primero todas las relaciones de conservacin.
Por suerte, Gepasi detecta automticamente todas las relaciones de conservacin
de masa en un camino de la estequiometra (usando el mtodo descrito en [ Reder
(1988) J.Theor.Biol. 135 175-20 ]. El usuariono tenga que identificarlos (que
pueden ser bastante difciles de identificar por la inspeccin). Para comprobar las
relaciones de conservacin de masa de un modelo que debe ir a la del modelo de
definicin de pgina y pulse el botn etiquetado Restos.
La va se considera aqu contiene tres ciclos de restos conservados (los pares de
enzimas), fig. La figura 7 muestra cmo podemos inspeccionarlos con Gepasi. El
cuadro denominado Masa total muestra el (conservada) masa total de los
metabolitos seleccionados en la lista. Tenga en cuenta que esto slo es igual a la

concentracin total si el modelo tiene un solo compartimento de volumen

unitario (como es el caso de este ejemplo).

Las

propiedades de metabolitos

En Gepasi propiedades metabolitos se encuentran en un cuadro de dilogo ( Fig.

8) que se llama desde el modelo de definicin pgina pulsando
el metabolitos botn. Este cuadro de dilogo muestra 10 metabolitos en cada
momento; para ver las otras pulse Ms ... tantas veces como sea necesario (ciclos
de nuevo a la primera 10). Para este modelo, un solo metabolito se deja fuera de
la primera 10.

Cambio de nombres

Si por alguna razn usted desea cambiar el nombre de un metabolito simplemente

edite su nombre en la columna de la izquierda en este cuadro de dilogo.
Las variables o parmetros?

Los metabolitos pueden ser variables o parmetros del modelo. Por defecto todos
son varibles, es decir, se permite su concentracin vara durante un transcurso de
tiempo o el clculo del estado estacionario. En este modelo particular, los
siguientes metabolitos son fijos (parmetros): de seal , ya que no se transforma
por cualquier reaccin; s , P1 y P2 para asegurarse de que la seccin metablica
pueden alcanzar un estado de equilibrio. para ajustar la concentracin de estos
metabolitos es constante a lo largo de las simulaciones, marque la casilla en la
columna titulada fijo ( Fig. 8).
Las concentraciones iniciales

Cada metabolito necesita ser ajustado a una concentracin inicial. Este es el valor
de la concentracin en el beggining de un curso de tiempo, o la aproximacin
inicial para el clculo de estado estacionario. Las concentraciones iniciales se
establecen en el mismo cuadro de dilogo (Fig. 8) en los campos de edicin
titulado Concentracin inicial. .
Tenga en cuenta que los participantes de la cascada de la enzima se ajustan a
estar en su forma inactiva en el estado inicial.
Los compartimentos

Por ltimo, en los modelos de mltiples compartimentos tambin debe

seleccionar el compartimento donde cada metabolito reside pulg Como este
modelo tiene un solo compartimiento, no hay nada que hacer.De lo contrario,
tendra que hacerlo en la columna de la derecha.
Creacin de funciones de monitorizacin

Cuando se ejecuta una simulacin, salidas GEPASI (en la seleccin del usuario)
las concentraciones de metabolitos, los flujos, la elasticidad y coeficientes de
control (ver [Fell (1992) Biochem. 286 313-330] para una revisin), tiempos de
paso [ Easterby (1981) . Biochem 199 155-161 ] y Indices de estabilidad. Sin
embargo, a menudo se requiere que las funciones de esos datos en bruto se
calcular tambin.

En el modelo considerado aqu queremos seguir la relacin de los flujos

hacia P1 y P2 . Lo ideal sera que esto sera simplemente sus relaciones, pero
como denominador podra ser cero esto causara Gepasi para abortar la
simulacin. As definimos esta funcin como:

Pero tenga en cuenta que esta funcin no es vlida para valores

de flujo, ya sea cerca de 0.00001.
Higo. La figura 9 muestra cmo podra ser definido en Gepasi. En primer lugar
debe estar en el modelo de definicin de pgina, en el que pulsa
el Funciones botn para que aparezca este cuadro de dilogo.La funcin se
define con smbolos abstractos que luego se asignan a los elementos de modelo
apropiadas. As, la funcin se define como (un 1 e-5) / (B +1 E-5) y luego el
smbolo de un asociado con el flujo de reaccin 8 y B con la de reaccin 9.

Las tareas de simulacin

Una vez que el modelo se ha definido uno puede entonces instruir Gepasi cules
son las tareas que se quieren llevar a cabo. Esto incluye si la simulacin va a ser
un curso de tiempo, el estado de equilibrio o ambos; qu datos se incluirn en th
los

archivos de salida y en qu formato; y si un informe se va a producir y con qu

componentes opcionales. Todo esto se encuentra en el Tareas pgina, se muestra
en la figura. 10.
La Tareas pgina est dividida en tres secciones correspondientes a los cursos de
tiempo, el estado de equilibrio y de informes opciones. Para elegir una de stas
para la simulacin, marque la casilla inmediatamente debajo del ttulo de la
seccin.
Curso Tiempo

Coloque una marca en la casilla de abajo las palabras Lapso de tiempo de la

izquierda para tener Gepasi despus ejecutar una simulacin de evolucin en el
tiempo. Ajuste el punto final de la evolucin en el tiempo y el nmero de puntos

de datos de muestreo equidistantes en los campos de edicin etiquetados End

Time y Puntos.
Como se necesitarn los datos de simulacin ms tarde (por ejemplo, para ser
visualizados en el Terreno de pgina) debe escribir un nombre para el archivo de
salida que se crear en la misma carpeta que el archivo de simulacin. Este
archivo contendr los datos en formato ASCII (texto plano) para que se pueda
leer fcilmente en otro software.
Para seleccionar los elementos de simulacin para su inclusin en el fichero
ouptut, pulse el Editar botn. Con ello se abre un cuadro de dilogo donde se
selecciona todos los elementos necesarios. Los datos correspondientes a cada uno
de estos elementos se incluirn en una columna (la primera columna de la
primera partida, etc.) Usted puede configurar el ancho de las columnas (en
caracteres), ya sea que estn separados por comas, espacios o caracteres de
tabulacin, si una primera fila con los ttulos ser incluida y si estos ttulos han de
incluirse entre comillas dobles pueden ser orientados en la Tareas pgina (ver
Fig. 10)
Estado estable

Coloque una marca en la casilla debajo de la palabra de estado estacionario de la

izquierda para tener Gepasi tarde encontrar un estado de equilibrio del modelo.
Los resultados de estado estacionario se pueden emitir en un archivo de texto
como (pero independiente de los) archivo de datos de evolucin en el
tiempo. Procede como se describe ms arriba para curso de tiempo para
establecer las propiedades de este archivo (pero tenga en cuenta que los dos
archivos deben tener nombres diferentes). A menudo uno no requiere un archivo
de datos de estado estacionario como uno va a leer los resultados desde el archivo
de informe (vase ms adelante). Archivos de datos en el estado estacionario son
importantes al realizar exploraciones de los parmetros, sin embargo.
Informe

El informe es un archivo de texto con formato de una manera que hace que sea
ms fcil de leer que los archivos de datos (que estn destinados para el trazado,
su posterior anlisis con hojas de clculo, etc.) El archivo de informe contiene un
resumen de los parmetros del modelo y los resultados de la evolucin en el
tiempo y simulaciones de estado estable, ms los datos de anlisis de estabilidad

y de control lineal. El archivo de informe siempre tiene un nombre derivado del

archivo de simulacin, pero con un . txt extensin (en lugar de . gps ).
Para seleccionar la produccin de un archivo de salida puso una marca en la
casilla debajo de la palabra Informe. A continuacin, seleccione las opciones que
desee para el archivo de salida, usted puede incluir los comentarios que escribi
en la determinacin del modelo de la pgina, anlisis metablico de control
( mca ) y la estabilidad lineal de anlisis de ndices y un resumen del anlisis
estructural (efectuado tras [ Reder (1988) J.Theor.Biol. 135 175 - 20 ]). Esto,
adems de los resultados de la evolucin temporal y / o las simulaciones de
estado estacionario.
Despus de un transcurso de tiempo de forma interactiva

Simulaciones del curso Tiempo se puede seguir de forma interactiva, es decir, un

mximo de cuatro de simulacin (*) Los artculos se pueden seguir en la pantalla,
mientras que los clculos estn llevando a cabo. Los artculos pueden ser
seleccionados de la serie completa de parmetros, variables y funciones de
monitorizacin.
* Tenga en cuenta que los resultados de trazado despus de la simulacin termina no se limita a slo cuatro
puntos, cualquier elemento puede ser utilizado en las parcelas despus de que finalice la simulacin.

Pulse la Seleccin de datos botn para mostrar un cuadro de dilogo en el que

elegir los cuatro elementos de inters. En el presente caso (vase la fig. 11 a
continuacin) son las concentraciones transitorias dekinase1-p , kinase2-p , -un
enzima y el flujo de P1 formacin ( reaccin 8 ).
La velocidad de ejecucin de la simulacin se puede reducir colocando el control
de seguimiento a la derecha por debajo de la ms rpido valor. La simulacin
tambin se puede ejecutar en "tiempo real". Si se selecciona esta ltima opcin
Gepasi intenta procesar la simulacin a la tasa de una unidad de tiempo
(simulado) por segundo de tiempo real. Por supuesto, esto slo ser posible si los
clculos reales se pueden procesar a esta velocidad. Computadoras lentas de
procesamiento de simulaciones de modelos de gran tamao probablemente no
ser capaz de mantener este ritmo. (Adems, si la unidad de tiempo en el modelo
no es el segundo que esto, obviamente, no es "tiempo real".)

Para iniciar la simulacin de imprenta el Run botn. La simulacin puede ser

interrumpida en cualquier momento pulsando la pausa botn. En este estado,
cualquiera de los cuatro elementos se puede cambiar editando el valor en el
cuadro de texto correspondiente a la izquierda. Al pulsar el mismo botn de
nuevo (ahora marcado Continuar) continuar la simulacin en el que se detuvo
teniendo en cuenta la perturbacin (s) introducida. Para abortar una simulacin
de imprenta en el botn Detener.

Simulaciones de exploracin

Gepasi tiene la capacidad de ejecutar automticamente una serie de simulaciones,

donde algunos de los parmetros se cambian de una simulacin a la
siguiente. Este servicio es muy til, ya que permite que uno mira para las
propiedades del modelo de muchas regiones del espacio de parmetros.
Simulaciones de exploracin se configuran en el Scan pgina se muestra en la
figura. 13. Esta pgina est dividida en dos secciones. La seccin superior,
titulada Artculos disponibles es donde selecciona los parmetros para
escanear; la seccin inferior, titulado elementos de exploracin es donde
aparecern los elementos seleccionados y sus propiedades se pueden establecer.

Habilitacin simulaciones de escaneo

Para establecer Gepasi en modo de exploracin, hay que pulsar el

botn Activar en el Scan pgina (a la derecha). Este botn cambiar entonces su

ttulo a Desactivar y usted debe presionar de nuevo cada vez que desee volver al
modo de simulacin nica.
Seleccin de los parmetros para escanear

Despus de activar el modo de exploracin, usted tiene que seleccionar los

parmetros a analizar. Esto se hace en la seccin superior ( Artculos
disponibles ): las cuatro clases de parmetros se presentan en el lado izquierdo,
seleccione uno de los dos para tener los elementos reales de esa clase que
aparecen en el cuadro de lista de la derecha. Seleccione un elemento de la
derecha y pulse el botn Aadir para seleccionarla para escanear.
Puede seleccionar tantos parmetros como desee. Sin embargo, tenga en cuenta
que el nmero de simulaciones para ejecutar crecer exponencialmente con el
nmero de parmetros de anlisis, si la digitalizacin se va a hacer en una malla
regular (ver ms abajo).
Para el ejemplo en cuestin slo seleccionaremos [ seal ] i, la concentracin
inicial de la seal .
Ajuste de los lmites de la exploracin

Despus de haber seleccionado los parmetros que uno necesita para establecer
los lmites de la exploracin, as como la forma en que se va a ejecutar. Esto se
hace en la seccin inferior de la Scan pgina (elementos de exploracin, ver fig.
13).
1. Seleccione la primera opcin del cuadro de lista de la
izquierda
2. Rellena las casillas marcadas Min y Max con los lmites
inferior y superior de la exploracin. En este caso, utilice el
0,3 y el 0,7.
3. Rellene la casilla Densidad con el nmero de simulaciones
que quieres ver ejecutado con valores entre los lmites. En
este caso 50.
4. Marque la casilla logartmica para que los valores
distribuidos de manera uniforme en el espacio logartmico,
o lo contrario, deje la casilla sin marcar para que los

valores distribuidos de manera uniforme en el espacio

lineal. Por lo general, uno choses un espaciamiento
logartmico si los lmites inferior y superior difieren en ms
de un orden de magnitud. En este ejemplo, deje la casilla
vaca.
5. Elija cuadrcula regular si quieres Gepasi para generar
valores igualmente espaciados entre las fronteras. Elija
cualquiera de las tres distribuciones aleatorias para tener
los valores distribuidos al azar:Uniforme difunde los valores
entre Min y Max ,
con
una
distribucin
uniforme, normal ser difundir los valores en torno a
una media y Std.Dev. (las cajas de Min y Max sostendrn
estos valores) con la distribucin normal; Pos.Normal har
lo mismo como normal excepto que los nmeros negativos
no se utilizan, slo los positivos (tiles si el parmetro no
puede tomar valores negativos). Para este ejemplo,
seleccione cuadrcula regular.
6. Seleccionar el siguiente elemento en el cuadro de lista de
la izquierda y vuelva al paso nmero 2 hasta que todos los
parmetros se han tratado.

RESULTADOS
Evolucin temporal y de estado estable

Para esta simulacin sencilla la concentracin de la seal se ha establecido en 1,

el doble del valor tanto de la ka para la reaccin 1 y Ki para la reaccin 2 . Se
simul la simulacin curso de tiempo de los primeros 5 segundos con 50 puntos
de muestreo y se sigui de forma interactiva en el curso de tiempo de la pgina,
como se representa en la fig. 11 . de que uno puede ver que kinase1 rpidamente
se convierte en un 99,9% fosforilada, kinase2 toma un poco ms de tiempo para
convertirse en 90,8% fosforilada y enzima-a es ms lento el aumento de su
concentracin, pero despus de 2,3 segundos que an no ha saturado (y ya es el
97,2% del total). el flujo a travs de reaccin 8 es despus de 2,3 segundos 82.8.
Figura 12, obtenido directamente de la pgina Plot, representa la evolucin en el
tiempo de todas las especies de la enzima. La enzima que se activa ms rpido es
que ms cerca de seal en la va (Kinase1/ Kinase1-P) , mientras que el que est
ms lejos ( Enzyme-i / Enzima-A ) la ms lenta.

Los resultados de estado estacionario estn disponibles en el archivo de

informe y se resumen en las Tablas 1-3 a continuacin. En esta [Seal] la mayor
parte del flujo metablico va hacia P1 y la mayora de las enzimas de la cascada
estn en sus formas activas. En este estado, el control del flujo hacia P1 es
bsicamente todo en la reaccin 7; esto significa que, en este estado, la mejor
manera de aumentar el flujo sera la mejora de la velocidad de reaccin 7. Pero
en cuenta que esto no es un resultado general, slo se aplica a este estado. Los
resultados de la siguiente seccin mostrar que en otros niveles de [seal] el
control de este flujo se distribuye entre muchos ms pasos.
Tabla 1 - flujos
reaccin
flujo
(s)
1y2
3&4

Tabla 2 concentraciones

Tabla 3 - Control de flujo de P1

reaccin coeficiente de control

metaboli concentrac (s)
de flujo.
to
in
3.332
1y2
0.000
Kinase1 0.000993
9.008
3
0.002
Kinase1-P 0.999

5y6

0.497
0

90.50

82.95

7.556

-0.002

0.002

Kinase1-P 0.908

-0.002

Enzima-i 0.0121

0.995

Enzima-A 0.988

0.009

-0.009

Kinase2

0.0917

0.0438

La respuesta de los flujos de salida a la concentracin

de Seal
Todos los parmetros se configuran como antes excepto por [seal], que ahora
oscila entre 0,3 y 0,7. La Figura 14 muestra la dependencia de los dos flujos de
salida metablicos en [seal]. De esto podemos ver que hay un cambio muy
fuerte en los flujos de cooperacin. Para los valores de [seal] por debajo de 0,5
la mayor parte del flujo metablico de salida va hacia P2 mientras que a valores
superiores a 0,5 se va todo a P1, la transicin que tiene caractersticas de un
interruptor.

La figura 15 muestra el coeficiente de respuesta con particiones del flujo

a P1 hacia [seal]. A valores de [Seal] alrededor de 0,5 (en donde se activa el
interruptor de) la respuesta del flujo a P1 es muy grande, y es cercana a cero en
otros puntos, lo que confirma que el efecto de la cascada de la enzima es para
aplastar la seal lineal en una curva sigmoidea muy empinada.

El efecto de la concentracin de la seal en la distribucin de control para el flujo

hacia P1 se representa en la figura. 16. A continuacin [seal] = 0,5 el control se
distribuye entre muchos pasos. Las reacciones de activacin de los ciclos de la
enzima todos tener un control negativo sobre el flujo de referencia, mientras que
las reacciones de activacin tienen un control positivo. Reacciones 1 y 2 pueden
tener un control bastante grande mientras que las reacciones 3, 4, 5 y 6 tienen
coeficientes de control de 1 o -1 (que son, por supuesto, no es pequeo!) En
cuanto a las reacciones que forman la seccin metablica, por debajo de [ seal]
= 0,5 reaccin 8 tiene un coeficiente de control de 1 sobre su propio flujo (que es
prcticamente cero por encima [seal] = 0,5); mientras que las reacciones y 7 y 9
tienen coeficientes de control de 0,8 y -0,8, respectivamente. Es importante darse
cuenta de que, aunque hay muchas coeficientes control con valores de 1 y uno
que puede ser mayor que 100 la suma de todos los coeficientes de control es
siempre la unidad, como se ha demostrado por primera vez por Kacser y Burns

((1973) Symp.Soc.Exp .. Biol. 27 , 65-104 o su reimpresin: Kacser . et

al (1995) . Biochem.Soc.Trans 23 , 341-366). La transicin entre los dos
regmenes en [seal] = 0,5 es de nuevo muy fuerte, se asemeja a una transicin
de fase o un interruptor.