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Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas

Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico
El proceso general: adaptadores
Caractersticas del cdigo

tRNA y aa-tRNA-sintetasas
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y
tipos
Interaccin codn-anticodn:
Hiptesis del balanceo

Estructura de los ribosomas


Papel del rRNA
Tipos y mecanismos generales

Sntesis ribosomal de protenas


iniciacin
elongacin
terminacin
regulacin

Procesamiento post-traduccional
Plegamiento
Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.

Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

Para Enrique Castro


Los trabajos de terceros
retienen su licencia original

2011 Enrique Castro

Descodificacin:adaptadortRNA
Descodificacin:adaptadortRNA

Papeles del RNA

mRNA
rRNA
tRNA

Enrique Castro, 2003

Caractersticas del cdigo


tripletes
no solapado
no puntuado
degenerado
universal

2011 Enrique Castro

Elcdigogentico
Elcdigogentico
Degeneracin

origen evolutivo
no aleatoria

2 primeras bases significativas


tercera posicin hipervariable

Seales de control
Codones inicio
Codones stop

ventajas de la degeneracin

resistencia a mutaciones
independencia secuencia/composicin
3

2011 Enrique Castro

Marcosdelectura
Marcosdelectura
Enrique Castro, 2003

Mutaciones de
cambio del marco de lectura

2011 Enrique Castro

Mutaciones:cambiosdebases
Mutaciones:cambiosdebases

2011 Enrique Castro

Variacionesdelcdigomitocondrial
Variacionesdelcdigomitocondrial
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico

Sntesis ribosomal de protenas

El proceso general: adaptadores

iniciacin

Caractersticas del cdigo

elongacin
terminacin

tRNA y aa-tRNA-sintetasas
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y
tipos
Interaccin codn-anticodn:
Hiptesis del balanceo
Estructura de los ribosomas
Papel del rRNA

regulacin
Procesamiento post-traduccional
Plegamiento
Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.
Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

Tipos y mecanismos generales

2011 Enrique Castro

Latraduccinesunadescodificacinbifsica
Latraduccinesunadescodificacinbifsica
Reconocimiento del tRNA
Formacin del aminoacil-tRNA
Aminoacil-tRNA sintetasas

Enrique Castro, 2003

Reconocimiento del codn


Apareamiento codn-anticodn

2011 Enrique Castro

EstructuradeltRNA
EstructuradeltRNA

2011 Enrique Castro

Balanceo:apareamientosexticosen3base
Balanceo:apareamientosexticosen3base
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

Lodish, Figure 4-27

10

FuncionesdelaaminoaciltRNAsintetasas
FuncionesdelaaminoaciltRNAsintetasas
Reconocimiento del tRNA

brazo aceptor
brazo anticodn/microhlice/brazo DHU

activacin aa

Enlace anhdrido

Correcin

Todos
Varios
Uno

hidrlisis mal-esterificado

11

2011 Enrique Castro

AminoaciltRNAsintetasas:activacinyunin
AminoaciltRNAsintetasas:activacinyunin
Enrique Castro, 2003

EachtRNAmoleculeis
recognizedbyaspecific
aminoacyltRNAsynthetase

Figure429
2011 Enrique Castro

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Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
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Cdigo gentico

Sntesis ribosomal de protenas

El proceso general: adaptadores

iniciacin

Caractersticas del cdigo

elongacin
terminacin

tRNA y aa-tRNA-sintetasas

regulacin

Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del
balanceo

Procesamiento post-traduccional
Plegamiento
Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.

Estructura de los ribosomas


Papel del rRNA
Tipos y mecanismos generales

Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

13

2011 Enrique Castro

Ribosomestructureinprokaryotes&eukaryotes
Ribosomestructureinprokaryotes&eukaryotes
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

Figure432

14

Estructuraderibosomas:RNAvs.protena
Estructuraderibosomas:RNAvs.protena

rRNA

bases exticas
alta estructura secundaria
cataltico

Proteina

pequea
estructurales

L19(50S)

rRNA16S(30S)

15

2011 Enrique Castro

ImagereconstructionofanE.coliribosome
ImagereconstructionofanE.coliribosome
Enrique Castro, 2003

Figure434

2011 Enrique Castro

16

SitiosdeunindetRNAenelribosoma
SitiosdeunindetRNAenelribosoma

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2011 Enrique Castro

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Cdigo gentico
El proceso general: adaptadores
Enrique
Castro, 2003
Caractersticas

del cdigo

tRNA y aa-tRNA-sintetasas
Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del
balanceo

Sntesis ribosomal de protenas


iniciacin
elongacin
terminacin
regulacin
Procesamiento post-traduccional
Plegamiento

Estructura de los ribosomas


Papel del rRNA

Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.

Tipos y mecanismos generales


Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

2011 Enrique Castro

18

Iniciacinenprocariotas
Iniciacinenprocariotas
Seleccin codn inicio (procariotas)
AUG internos (mltiples, policistrnico)
AUG precedido Shine-Dalgarno

Shine-Dalgarno

GDP + Pi

19

2011 Enrique Castro

Factoresdeiniciacin
Factoresdeiniciacin
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

20

Etapasdelaelongacindelacadenapolipeptdica
Etapasdelaelongacindelacadenapolipeptdica

2011 Enrique Castro

21

EntradadelaatRNA:funcindeEFTu/EFTs
EntradadelaatRNA:funcindeEFTu/EFTs
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

22

Formacindelenlacepeptdico
Formacindelenlacepeptdico
rRNA=peptidil-transferasa

Alta conservacin rRNA


Actividad PT tras inactivar protenas
Mutaciones de resistencia a antibiticos ocurren
en rRNA, no protenas

Reaccin espontnea (ster -> peptdico)


G invertido en especificar secuencia

23

2011 Enrique Castro

Translocacin:papeldeEFG
Translocacin:papeldeEFG
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

24

Terminacindelatraduccin
Terminacindelatraduccin

25

2011 Enrique Castro

Antibioticos(1)
Antibioticos(1)
Enrique Castro, 2003

Bloquea unin del


aa-tRNA al sitio A
2011 Enrique Castro

[baja]: impide comprobacin


bases 1-2 del codn
[alta]: bloquea C. iniciacin

Bloquea translocacin
26

Antibioticos(2)
Antibioticos(2)
O
NH

CH

OH

CH2

CHCl 2

Eucariotas, 60S

CH

O N
2

H
N

CH2
C H

HO

OH

O
Cloranfenicol
H3C

CH3
Cicloheximida
H C
3

CH3

H C

CH3
OH

H C
3
HO

CH
2

H3C

CH3

CH3

CH3
O

CH3

NH

OH

CH3
O

CH3
N

OH

HO

HO
H3C
H2C

CH3

3
Procariotas,
50S
N

H N
2

CH2

OH
Inhibe peptidil-transferasa

Terminacin prematura:
reemplaza a aa-tRNA

CH3

2011 Enrique Castro

27

O
Eritromicina

CH3
Puromicina

Factoresdeiniciacin
Factoresdeiniciacin
Enrique Castro, 2003

2011 Enrique Castro

28

Procesosesencialeseniniciacindeeucariotas
Procesosesencialeseniniciacindeeucariotas
Activacin del mRNA:

Formacin del PIC 43S:

unin de caperuza / poliA

unin subunidad pequea


y complejo ternario

Reconocimienro del inicio:

Formacin de PIC 48S:

unin AUG-tRNAi
GTPasa de eIF2

reclutamienro del mRNA activado


escaneo 5'UTR

Reclutamiento de 60S:
GTPasa eIF5B
29

2011 Enrique Castro

FormacindelPIC43S
FormacindelPIC43S
Enrique Castro, 2003

recycled

Ayuno/hambre
Estrs
Virus
2011 Enrique Castro

30

ReconocimientodelmRNA
ReconocimientodelmRNA
Nutrientes
Insulina

Actividad helicasa eIF4A/eIF4B


elimina Est. secundaria 5'UTR
avance 50-100 nt

eIF4F =
eIF4E (unin 5'Cap)
eIF4A (helicasa)
eIF4G (andamio)

mRNA circularizado
(iF4E-5' / PAB-3')

Regulacin
eIF4-BP inactivado por fosforilacin (mTOR)
eIF4E activado por fosforilacin (MNK1)

31

2011 Enrique Castro

DelPIC48Salcomplejodeelongacin80S
DelPIC48Salcomplejodeelongacin80S
Enrique Castro, 2003

Actividad helicasa eIF4A/eIF4B


elimina Est. secundaria 5'UTR
avance 50-100 nt
-3
+1
GCCA/GCCAUGG
secuencia de Kozack

Reconocimiento AUG (Kozack)


Primer AUG desde 5'CAP, Kozack
IRES internos
eIF5 estimula GTPasa eIF2
alivia inhibicin eIF1 liberacin Pi
doble comprobacin de apareamiento

eiF5B recluta 60S


eIF5B reclutado tras eiF2GDP
eIF5B es GTPasa (60S=GAP)

2011 Enrique Castro

32

Elongacinyterminacineneucariotas
Elongacinyterminacineneucariotas
Elongacin

EF1() = EF-Tu () + EF-Ts ()


EF2 = EF-G
EF2 inactivado por fosforilacin

Terminacin

nico eRF1 reconocimiento de codn


(=RF1+RF2). GTPasa.
eRF3: unin a eIF4G (circularizacin)
eRF3 (disociacin)

Traduccin mltiple simultnea y reciclado rpido


son las claves de sintesis eficiente de protenas
33

2011 Enrique Castro

ToxinasinhibidorasdeTrad.eucariota
ToxinasinhibidorasdeTrad.eucariota
T. diftrica

Castro, 2003
Enrique

EF2 + NAD+ nicotinamida + E2F-ADPR

A (cataltico) B (transporte)
ADPribosilacin de EF2
Bloqueo de translocacin
(eucariotas)

Cicloheximida

Inhibicin peptidil- tranferasa

Ricina

Despurinacin A en 23 S
(cataltica)
Inactivacin de 60S

2011 Enrique Castro

34

Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico

Sntesis ribosomal de protenas

El proceso general: adaptadores

iniciacin

Caractersticas del cdigo

elongacin
terminacin

tRNA y aa-tRNA-sintetasas

regulacin

Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del
balanceo
Estructura de los ribosomas
Papel del rRNA

Procesamiento post-traduccional
Plegamiento
Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.

Tipos y mecanismos generales


Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

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2011 Enrique Castro

Plegamientoasistido
Plegamientoasistido

Chaperonas

unen zonas hidrofbicas


evitan agregacin/plegamiento
prematuro

Enrique Castro, 2003

HSP70 ubicuo (citosol/RE)


HSP 90 (citoslico)

Chaperoninas

Complejo con cavidad de plegado


Dependiente de ATP
complejo HSP60 (exclusivo citosol)

Enzimas auxiliares

Proteina-disulfuro-isomerasa (PDI) (exclusivo ER)


Proteina-prolil-isomerasa (PPI)

2011 Enrique Castro

36

ProcesamientoPT:modificacionescovalentes
ProcesamientoPT:modificacionescovalentes
Generacin de extremos

N-terminal: eliminacin Met (+hidrlisis)


N-terminal: acetilacin (50%)
C-terminal: hidrlisis

Anclaje a membrana (citosol)


miristoilacin N-terminal
palmitoilacin Cys
prenilacin C-terminal (Cys)

Procesamiento ER/Golgi

Eliminacin Secuencia seal


Glucosilacin (N-, O-)
Insercin en membrana
Puentes disulfuro
Proteolisis/maduracin

Unin de cofactores
Enzimas

Modificaciones funcionales

Fosforilacin constitutiva (casena)


Hidroxilacin Pro, Lys (colgeno, desmosinas)
Metilacin Lys, Glu
-carboxilacin Glu (F. coagulacin)

2011 Enrique Castro

37

Distribucindeprotenassintetizadas
Distribucindeprotenassintetizadas
Enrique Castro, 2003

Ruta
citoslica
2011 Enrique Castro

Ruta
secretora
38

PapeldelRE/Golgienlasntesisdeprotenas
PapeldelRE/Golgienlasntesisdeprotenas
Plegamiento

plegamiento inducido por chaperonas


formacin de puentes disulfuro

Insercin en membrana
todas las transmembrana

Glucosilacin

ER: N-glucosilacin estndar


Golgi: O-glucosilacin, especfica

Maduracin proteoltica
Golgi y grnulos de secrecin

Ensamblaje de complejos multiproteicos

39

2011 Enrique Castro

Secuenciaseal:DestinoRE
Secuenciaseal:DestinoRE
Enrique Castro, 2003

Seal N-terminal con corte:


protena N-terminal extracitoslico

(secrecin)

Seal interna sin corte: segmentos transmembrana


Longitud: 13-36 aa
1 bsico (+) en lado N-terminal
Tramo central hidrofbico (10-15 aa)
Corte: R pequea, neutra (opcional)

2011 Enrique Castro

Seal reconocida
por partcula de
reconocimiento
de la seal

SRP

RNP
poli-Met en p54
40

ImportacinalRE:SRP
ImportacinalRE:SRP

peptidasa
de seal

SRP-R

Reconocimiento SRP
GTPasa. GTP hidrolizado

Translocn
2011 Enrique Castro

Une secuencia seal (N)


Transferencia ATP-dependiente

41

Insercindeprotenasdemembrana
Insercindeprotenasdemembrana
Seales topognicas

secuencia seal N-terminal


secuencia seal interna
secuencia de parada de
transferencia

Enrique Castro, 2003

secuencia seal:
Bsico + 10-15 hidrfobos
2011 Enrique Castro

parada de transferencia:
20-25 hidrfobos (transmembrana)
42

PlegamientoasistidodeprotenasenER
PlegamientoasistidodeprotenasenER

(anclada a
membrana)
(luminal)

Asistentes de plegado

chaperonas: HSP, calnexina, calreticulina


(retencin en ER)

Protena-disulfuro isomerasa
Prolil-isomerasa (cis/trans)

Control de calidad:
Slo protenas plegadas correctamente
abandonan el ER
43

2011 Enrique Castro

Glicosilacinestndard
Glicosilacinestndard
Enrique Castro, 2003

Oligosacrido estereotipado
Construido ntegramente sobre Dolicol-P
Tranferido ntegro sobre N-Asn
Bloqueable por tunicamicina

-N-X-S/T-

2011 Enrique Castro

44

Maduracinporproteolisis
Maduracinporproteolisis
va de secrecin constitutiva

va de secrecin regulada
Proinsulina

Proalbmina

en el Golgi

Albmina

en grnulos
de secrecin

Insulina
circulante
45

2011 Enrique Castro

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Traduccin:Sntesisyprocesamientodeprotenas
Cdigo gentico

Sntesis ribosomal de protenas

El proceso general: adaptadores


Enrique
Castro, 2003
Caractersticas

del cdigo

iniciacin
elongacin
terminacin

tRNA y aa-tRNA-sintetasas

regulacin

Estructura de tRNAs
aa-tRNA sintetasas: mecanismo y tipos
Interaccin codn-anticodn: Hiptesis del
balanceo
Estructura de los ribosomas
Papel del rRNA
Tipos y mecanismos generales

Procesamiento post-traduccional
Plegamiento
Modificaciones covalentes
Distribucin de protenas a orgnulos.

Recambio y degradacin
Ubiquitinacin y proteasoma
Lisosomas

2011 Enrique Castro

46

Mecanismosdedegradacindeprotenas
Mecanismosdedegradacindeprotenas
Citoslico

Ubiquitina/proteasoma
Dependiente de ATP
Regulado por seales en sustratos

Lisosomal

Hidrolasas lisosomales (acdicas)


Independiente de ATP
Muerte por necrosis

Ca2+-proteasas

Citoslico
Muerte por necrosis

sustratos:
Protenas T1/2 corto (seales)
Protenas defectuosas

sustratos:
Protenas T1/2 largo
Protenas de membrana
Protenas extracelulares

sustratos:
inespecfico

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2011 Enrique Castro

Recambioreguladodeprotenas:ubiquitina
Recambioreguladodeprotenas:ubiquitina
Enrique Castro, 2003

pequea, 76 aa
muy conservada
7 Lys (aceptoras)

Genes de Ub:
Fusin (Ub-L40, Ub-S27)
Locus poli-Ub
proteasa de procesamiento

Ubiquitina= etiqueta de destruccin


C-terminal Ub
se une a -N-Lys

poli-Ubiquitinacin:
Ub-COOH --> N-Lys-Ub
2011 Enrique Castro

48

Mecanismodeubiquitinacin
Mecanismodeubiquitinacin
Una E1 (enzima activadora de ubiquitina)
Pocas E2 (UBC enzima conjugante de ubiquitina)
Muchas E3 (protena-Ub ligasas)
(reconocimiento del sustrato)

E1:
activa Ub (AMP)
Transfiere a E2 (SH)

E3:

2011 Enrique Castro

Transferencia al sustrato
Determinante de especificidad
de sustrato
(reconocimiento de seales)

E2:
reserva de Ub activada
Donador de Ub
49

Sealesdeubiquitinacin:especificidadE3
Sealesdeubiquitinacin:especificidadE3
N-Terminal

mecanismo bsico (procariotas)

Enrique Castro, 2003

D-box

ciclinas

KEN-box
Securinas

Secuencias PEST

F. transcripcin hometicos
Enzimas metablicas
Protenas de sealizacin

Seales ledas por E3


(especificidad de unin)

Dao molecular

Oxidacin/desplegado
2011 Enrique Castro

50

Proteasoma26S:degradadordeprotenas
Proteasoma26S:degradadordeprotenas
Complejo 26S:
Barril 20S: cataltico
Tapa 19S: reguladora

19S:
impide acceso inespecfico
Unin poli-Ub
Isopeptidasa (liberacin Ub)
ATPasa: transferencia a cavidad

20S:
Centro activo interno
(N-terminal de beta)
Procesiva, intermedios no
liberados
Producto:pptidos 7-9

nucleofilo interno:
previene ataque inespecfico
2011 Enrique Castro

Enrique Castro, 2003

51